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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9841 | 2025-10-07 | Female-biased vascular smooth muscle cell gene regulatory networks predict MYH9 as a key regulator of fibrous plaque phenotype 
          2025-Apr-02, bioRxiv : the preprint server for biology
          
         
          DOI:10.1101/2025.03.28.645955
          PMID:40236025
         | 研究论文 | 本研究通过性别特异性基因调控网络分析,揭示了女性偏向的血管平滑肌细胞调控机制,并确定MYH9为纤维斑块表型的关键调控因子 | 首次构建了性别特异性的血管平滑肌细胞基因调控网络,发现女性偏向的MYH9基因在纤维斑块形成中的关键作用 | 样本量相对有限(151名心脏移植供体),且主要基于相关性分析 | 探究动脉粥样硬化斑块性别差异的分子机制,特别关注纤维斑块的形成机制 | 血管平滑肌细胞和动脉粥样硬化斑块 | 计算生物学 | 心血管疾病 | 基因调控网络分析,单细胞RNA测序,贝叶斯网络建模,蛋白质组学分析 | 贝叶斯网络 | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据,蛋白质表达数据 | 119名男性和32名女性心脏移植供体的血管平滑肌细胞,以及颈动脉斑块样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 9842 | 2025-10-07 | Predicting Prognosis and Immunotherapy Response in Glioblastoma (GBM) With a 5-Gene CAF-Risk Signature 
          2025-Apr, Cancer reports (Hoboken, N.J.)
          
         
          DOI:10.1002/cnr2.70158
          PMID:40226936
         | 研究论文 | 本研究开发并验证了一个5基因CAF风险特征,用于预测胶质母细胞瘤患者的预后和免疫治疗反应 | 首次构建了针对胶质母细胞瘤的5基因CAF风险特征模型,并系统评估了其与免疫浸润和免疫治疗反应的关系 | 研究基于公共数据库的回顾性数据,需要前瞻性临床研究进一步验证 | 探究癌症相关成纤维细胞在胶质母细胞瘤中的作用及其临床意义 | 胶质母细胞瘤患者样本 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | WGCNA, LASSO Cox回归, GSEA, ssGSEA, scRNA-seq | CAF风险特征模型 | mRNA表达谱, 临床数据, 单细胞RNA测序数据 | 来自两个数据库的胶质母细胞瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序, 基因表达分析 | NA | NA | 
| 9843 | 2025-10-07 | Single-cell RNA Sequencing Contributes to the Treatment of Acute Myeloid Leukaemia With Hematopoietic Stem Cell Transplantation, Chemotherapy, and Immunotherapy 
          2025-Apr, Journal of biochemical and molecular toxicology
          
          IF:3.2Q2
          
         
          DOI:10.1002/jbt.70218
          PMID:40233268
         | 综述 | 本文探讨单细胞RNA测序在急性髓系白血病治疗中的应用,特别是对造血干细胞移植、化疗和免疫治疗的贡献 | 利用单细胞RNA测序技术识别细胞亚克隆和肿瘤特征,为AML治疗开辟新的诊断和治疗靶点 | NA | 研究单细胞RNA测序如何改善急性髓系白血病的治疗策略 | 急性髓系白血病患者和造血干细胞 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 9844 | 2025-10-07 | Tracing Early Migratory Neurons in the Developing Nose Using Contactin-2 (Cntn2)CreERT2 
          2025-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology
          
         
          DOI:10.1101/2025.03.27.645843
          PMID:40236046
         | 研究论文 | 本研究开发了Cntn2CreERT2诱导性小鼠品系,用于追踪发育过程中鼻部早期迁移神经元 | 首次创建Cntn2CreERT2诱导性小鼠品系,实现对特定神经元群体的时间可控性操作 | NA | 研究发育过程中鼻部神经元的迁移机制 | 啮齿类动物发育过程中的早期迁移神经元 | 发育神经生物学 | NA | 单细胞RNA测序,基因工程小鼠模型 | NA | 基因表达数据,组织学图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 9845 | 2025-10-07 | Loss of Kmt2c / d promotes gastric cancer initiation and confers vulnerability to mTORC1 inhibition and anti-PD1 immunotherapy 
          2025-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology
          
         
          DOI:10.1101/2025.03.27.645747
          PMID:40236091
         | 研究论文 | 本研究通过基因工程小鼠模型揭示了Kmt2c/d缺失在胃癌发生中的作用及其对mTORC1抑制剂和抗PD1免疫疗法的敏感性 | 首次发现Kmt2c/d缺失通过调控蛋白质合成和MHC-I表达促进胃癌发生,并揭示其对mTORC1抑制剂和免疫疗法的特殊敏感性 | 研究基于小鼠模型,在人类胃癌中的直接适用性需要进一步验证 | 探究Kmt2c/d基因缺失在胃癌发生中的作用及潜在治疗策略 | 基因工程小鼠模型的胃上皮细胞 | 癌症生物学 | 胃癌 | 基因敲除、单细胞RNA测序、组织学染色 | 基因工程小鼠模型 | 基因表达数据、组织图像 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 9846 | 2025-10-07 | mcDETECT: Decoding 3D Spatial Synaptic Transcriptomes with Subcellular-Resolution Spatial Transcriptomics 
          2025-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology
          
         
          DOI:10.1101/2025.03.27.645744
          PMID:40236251
         | 研究论文 | 开发mcDETECT框架,通过亚细胞分辨率空间转录组学解码3D空间突触转录组 | 首次整合机器学习算法与靶向基因panel的空间转录组学,实现在三维空间中基于突触mRNA聚集识别单个突触并构建单突触空间转录组谱 | NA | 研究神经退行性疾病中突触的分子机制 | 大脑神经网络中的突触结构 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学,靶向基因panel,机器学习 | 机器学习算法 | 空间转录组数据,电子显微镜数据,遗传标记数据 | NA | 10x Genomics, Vizgen, NanoString | 空间转录组学 | Xenium, Xenium 5K, MERSCOPE, CosMx | 多种空间转录组学平台数据 | 
| 9847 | 2025-10-07 | Gut microbiota-derived tryptophan metabolites improve total parenteral nutrition-associated infections by regulating Group 3 innate lymphoid cells 
          2025-Apr, iMeta
          
          IF:23.7Q1
          
         
          DOI:10.1002/imt2.70007
          PMID:40236767
         | 研究论文 | 本研究揭示了肠道微生物来源的色氨酸代谢物通过调节第3组先天淋巴细胞改善全肠外营养相关感染的机制 | 首次发现色氨酸代谢物通过激活核受体Rorγt促进ILC3分泌IL-22的分子机制 | 机制研究仍需进一步深入,临床转化需要更多验证 | 探究全肠外营养相关感染的发病机制及治疗策略 | 慢性肠衰竭患者和小鼠模型 | 免疫学 | 肠道感染 | RNA测序,单细胞RNA测序,16S rRNA基因测序,宏基因组测序 | NA | 基因表达数据,微生物组数据 | 慢性肠衰竭患者和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序,16S rRNA测序,宏基因组测序 | NA | NA | 
| 9848 | 2025-10-07 | HLF and PPARα axis regulates metabolic-associated fatty liver disease through extracellular vesicles derived from the intestinal microbiota 
          2025-Apr, iMeta
          
          IF:23.7Q1
          
         
          DOI:10.1002/imt2.70022
          PMID:40236774
         | 研究论文 | 本研究揭示肠道HLF/PPARα轴通过调控肠道微生物来源的细胞外囊泡改善代谢相关脂肪肝疾病的机制 | 首次发现肠道HLF通过抑制PPARα表达调节肠道屏障功能,并阐明微生物囊泡中牛磺鹅去氧胆酸在抑制肝细胞铁死亡中的关键作用 | 研究主要基于动物模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 探究肠道在代谢相关脂肪肝疾病发展中的分子机制 | 食蟹猴肠道组织、基因敲除小鼠、肠道微生物来源的细胞外囊泡 | 分子生物学 | 代谢相关脂肪肝病 | 单细胞转录组测序、脂质组学分析 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据、代谢物数据 | 食蟹猴肠道组织样本和基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 9849 | 2025-10-07 | The tectum transversum(TTR) maintains patency of the developing coronal suture 
          2025-Mar-31, bioRxiv : the preprint server for biology
          
         
          DOI:10.1101/2025.03.30.646197
          PMID:40236170
         | 研究论文 | 本研究通过小鼠模型探究了横梁软骨在冠状缝发育中的作用机制 | 首次通过遗传消融实验证明横梁软骨对维持冠状缝开放性的关键作用,并发现其可能作为BMP信号通路的屏障 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 探究横梁软骨在冠状缝发育过程中的功能机制 | 小鼠模型的冠状缝发育过程及相关组织 | 发育生物学 | 颅缝早闭 | 遗传消融技术,空间转录组学 | 小鼠模型 | 基因表达数据,组织形态数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA | 
| 9850 | 2025-10-07 | Androgen Deprivation-Induced TET2 Activation Fuels Prostate Cancer Progression via Epigenetic Priming and Slow-Cycling Cancer Cells 
          2025-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology
          
         
          DOI:10.1101/2025.03.26.645495
          PMID:40196510
         | 研究论文 | 本研究揭示了雄激素剥夺通过激活TET2驱动前列腺癌进展的表观遗传机制 | 首次提供了前列腺癌中5hmC动态的单核苷酸分辨率图谱,发现TET2是调控慢循环细胞的关键因子 | NA | 探索雄激素剥夺治疗诱导的前列腺癌进展机制 | 前列腺癌细胞和模型 | 表观遗传学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, 四环素诱导型H2BeGFP报告系统, 全基因组5-羟甲基胞嘧啶分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 9851 | 2025-10-07 | Extracellular vesicle-packaged GBP2 from macrophages aggravates sepsis-induced acute lung injury by promoting ferroptosis in pulmonary vascular endothelial cells 
          2025-Mar-25, Redox biology
          
          IF:10.7Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.redox.2025.103614
          PMID:40156957
         | 研究论文 | 本研究揭示了巨噬细胞来源的细胞外囊泡通过GBP2-OTUD5-GPX4轴促进肺血管内皮细胞铁死亡,从而加剧脓毒症诱导的急性肺损伤 | 首次发现巨噬细胞来源的细胞外囊泡中GBP2蛋白通过直接结合OTUD5促进GPX4泛素化,驱动内皮细胞铁死亡的新机制 | 研究主要基于细胞和小鼠模型,在人体中的临床验证仍需进一步研究 | 探究巨噬细胞来源的细胞外囊泡在脓毒症诱导的急性肺损伤中的作用机制 | 肺血管内皮细胞、巨噬细胞、脓毒症患者外周血样本、THP-1和RAW264.7细胞、CLP小鼠模型 | 分子生物学 | 脓毒症诱导的急性肺损伤 | 蛋白质组测序、转录组测序、单细胞测序、RNA干扰、腺相关病毒转染、分子对接、分子动力学模拟、细胞热位移分析 | NA | 蛋白质组数据、转录组数据、单细胞测序数据 | 脓毒症患者外周血样本、细胞系(THP-1、RAW264.7)、CLP小鼠模型 | NA | 单细胞测序 | NA | NA | 
| 9852 | 2025-10-07 | Deep learning powered single-cell clustering framework with enhanced accuracy and stability 
          2025-02-03, Scientific reports
          
          IF:3.8Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41598-025-87672-7
          PMID:39900656
         | 研究论文 | 提出了一种名为scG-cluster的深度结构聚类方法,用于提高单细胞RNA测序数据的聚类精度和稳定性 | 开发了双拓扑邻接图和双拓扑自适应图卷积网络(TAGCN),通过整合节点分布信息和注意力机制来增强图表示,并采用残差连接防止过平滑 | NA | 解决单细胞RNA测序数据聚类中图卷积网络的过平滑问题,提高细胞类型识别的准确性和稳定性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞群体 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图卷积网络(GCN), 双拓扑自适应图卷积网络(TAGCN) | 单细胞RNA测序数据 | 六个不同的scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 9853 | 2025-10-07 | Single-cell landscape of dynamic changes in CD8+ T cells, CD4+ T cells and exhausted T cells in hepatocellular carcinoma 
          2025-02-03, Scientific reports
          
          IF:3.8Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41598-025-88377-7
          PMID:39900964
         | 研究论文 | 通过单细胞测序分析肝细胞癌中CD8+ T细胞、CD4+ T细胞和耗竭T细胞的动态变化景观 | 首次使用hdWGCNA算法识别与T细胞亚群相关的基因模块,并揭示耗竭T细胞中信号通路活性的改变 | 仅包含12例肝细胞癌样本,样本量相对较小 | 研究T细胞相关基因在肝细胞癌预后中的价值 | 肝细胞癌患者组织样本 | 单细胞分析 | 肝细胞癌 | 单细胞测序, 免疫组化, 实时PCR | hdWGCNA, AUCell算法 | 单细胞测序数据, 转录组数据 | 12例肝细胞癌单细胞测序样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 9854 | 2025-10-07 | Exploring biomarkers and molecular mechanisms of Type 2 diabetes mellitus promotes colorectal cancer progression based on transcriptomics 
          2025-02-03, Scientific reports
          
          IF:3.8Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41598-025-88520-4
          PMID:39901036
         | 研究论文 | 本研究通过转录组学分析探索2型糖尿病促进结直肠癌进展的分子机制和生物标志物 | 首次发现O-连接糖基化相关过程在T2DM促进CRC进展中的关键作用,并鉴定COX11作为潜在的免疫相关分子标志物 | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步的实验验证 | 探索2型糖尿病促进结直肠癌进展的分子机制和潜在生物标志物 | 结直肠癌患者的肿瘤组织,包括伴有和不伴有2型糖尿病的患者 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 转录组学分析,基因本体分析,基因集富集分析,单细胞转录组分析 | 逻辑回归模型,LASSO正则化 | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | 结直肠癌患者肿瘤组织样本(具体数量未明确说明) | NA | 转录组测序,单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 9855 | 2025-10-07 | Multidimensional transcriptomics based to illuminate the mechanisms of taurine metabolism in immune resistance of pancreatic cancer 
          2025, Frontiers in immunology
          
          IF:5.7Q1
          
         
          DOI:10.3389/fimmu.2025.1567805
          PMID:40230840
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学分析揭示了牛磺酸代谢在胰腺癌免疫抵抗中的作用机制 | 首次识别了四种不同的肿瘤细胞亚群,建立了'牛磺酸-免疫互作'标准,发现了LY6D作为潜在治疗靶点 | NA | 探索牛磺酸代谢紊乱与胰腺癌免疫治疗之间的潜在治疗关系 | 胰腺癌肿瘤微环境中的免疫细胞和肿瘤细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | Seurat, DoubletFinder, Harmony, GSVA, CellChat | 单细胞数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA | 
| 9856 | 2025-10-07 | CD121b-positive neutrophils predict immunosuppression in septic shock 
          2025, Frontiers in immunology
          
          IF:5.7Q1
          
         
          DOI:10.3389/fimmu.2025.1565797
          PMID:40230851
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现脓毒症休克患者外周血中存在CD121b阳性中性粒细胞亚群,并证实其与免疫抑制状态相关 | 首次在脓毒症休克患者中鉴定出具有免疫抑制特性的CD10-CD121b+中性粒细胞亚群,并发现其与疾病严重程度正相关 | 样本量有限,需要更大规模研究验证CD121b作为生物标志物的可靠性 | 探讨中性粒细胞在脓毒症休克免疫抑制中的具体作用机制 | 健康供者和脓毒症休克患者的外周血免疫细胞 | 免疫学 | 脓毒症休克 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 人源化小鼠模型 | NA | RNA测序数据, 蛋白质表达数据 | 健康供者和脓毒症休克患者的外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA | 
| 9857 | 2025-10-07 | Discovering biomarkers associated with infiltration of CD8+ T cells and tumor-associated fibrosis in colon adenocarcinoma using single-cell RNA sequencing and gene co-expression network 
          2025, Frontiers in immunology
          
          IF:5.7Q1
          
         
          DOI:10.3389/fimmu.2025.1496640
          PMID:40230854
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和基因共表达网络分析,发现与结肠腺癌中CD8+ T细胞浸润和肿瘤相关纤维化相关的生物标志物 | 首次结合单细胞转录组分析、WGCNA和蛋白质相互作用网络,鉴定出LARS2、SEZ6L2和SOX7三个与CD8+ T细胞相关的关键基因 | 研究数据来源于公共数据库GEO,需要进一步实验验证 | 鉴定与结肠腺癌预后相关的生物标志物,阐明CD8+ T细胞和肿瘤相关纤维化的作用机制 | 结肠腺癌样本和细胞系 | 生物信息学 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序, 实时PCR, 免疫组化, 蛋白质印迹 | LASSO回归, Cox回归, WGCNA | 基因表达数据 | GEO数据库中的结肠腺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 9858 | 2025-10-07 | The role of transketolase in the immunotherapy and prognosis of hepatocellular carcinoma: a multi-omics approach 
          2025, Frontiers in immunology
          
          IF:5.7Q1
          
         
          DOI:10.3389/fimmu.2025.1529029
          PMID:40230848
         | 研究论文 | 通过多组学方法探讨转酮醇酶在肝细胞癌免疫治疗和预后中的作用 | 首次采用多组学方法系统分析TKT在HCC中的表达模式,结合单细胞分析和空间转录组学揭示其在免疫细胞浸润和细胞分化中的新功能 | 需要进一步研究来完全阐明TKT在免疫治疗中的具体作用机制 | 探索转酮醇酶在肝细胞癌免疫治疗和预后中的生物学作用 | 肝细胞癌患者样本和癌细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | bulk RNA-seq, 甲基化分析, 单细胞分析, 空间转录组学, RT-qPCR, siRNA转染, 荧光素酶报告基因检测, 染色质免疫沉淀 | 列线图模型 | 基因组数据, 转录组数据, 表观遗传数据, 空间表达数据 | 多种癌症样本和HCC患者队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA | 
| 9859 | 2025-10-07 | Modeling reproductive and pregnancy-associated tissues using organ-on-chip platforms: challenges, limitations, and the high throughput data frontier 
          2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology
          
          IF:4.3Q2
          
         
          DOI:10.3389/fbioe.2025.1568389
          PMID:40236940
         | 综述 | 本文综述了器官芯片技术在生殖和妊娠相关组织建模中的应用、挑战及高通量数据前沿 | 探讨了利用空间转录组学、飞行时间成像细胞术和外泌体分析等新方法克服器官芯片平台限制的创新途径 | 设备限制、分子和生化检测方法的不足、细胞数量少、上清液体积低以及制造材料限制 | 评估器官芯片技术在生殖和妊娠相关组织建模中的现状、挑战和发展前景 | 生殖和妊娠相关器官芯片平台 | 生物医学工程 | 生殖系统疾病 | 空间转录组学, 飞行时间成像细胞术, 外泌体分析, 显微成像, 免疫细胞化学, 实时聚合酶链反应, 细胞因子多重分析 | 器官芯片模型 | 图像, 分子数据, 细胞因子数据 | NA | NA | 器官芯片, 微生理系统 | NA | NA | 
| 9860 | 2025-10-07 | A spatial portrait of the human sebaceous gland transcriptional program 
          2024-07, The Journal of biological chemistry
          
          IF:4.0Q2
          
         
          DOI:10.1016/j.jbc.2024.107442
          PMID:38838779
         | 研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术首次绘制了人类皮脂腺分化过程的高分辨率转录图谱 | 首次利用空间转录组学结合伪时间分析、RNA速率和功能富集分析,详细描述了皮脂细胞分化为皮脂的渐进性转录变化 | 研究主要基于皮脂腺增生组织,可能不完全代表正常生理状态 | 解析皮脂腺分化过程中的转录变化及其功能调控 | 人类皮脂腺组织和皮脂细胞 | 空间转录组学 | 皮肤疾病 | 空间转录组学, 伪时间分析, RNA速率分析, 功能富集分析 | 无监督聚类分析 | 空间转录组数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |