单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28135 篇文献，本页显示第 9841 - 9860 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9841 | 2024-09-06 |
Identification and Validation of Prognostic Model for Tumor Microenvironment-Associated Genes in Bladder Cancer Based on Single-Cell RNA Sequencing Data Sets
2024-Aug, JCO precision oncology
IF:5.3Q1
DOI:10.1200/PO.23.00661
PMID:39151107
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据，识别并验证了与膀胱癌肿瘤微环境相关的预后模型 | 首次基于单细胞RNA测序数据构建了膀胱癌的预后模型，并验证了其预测性能 | 研究主要基于公共数据库的数据，未来需进行体外验证 | 阐明膀胱癌进展中肿瘤微环境与细胞多样性的关系，并构建预后模型 | 膀胱癌的肿瘤微环境相关基因及预后模型 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO回归和多变量Cox回归分析 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的正常和肿瘤膀胱细胞数据，以及TCGA的病人随访数据 |
| 9842 | 2024-09-06 |
Dystrophin deficiency impairs cell junction formation during embryonic myogenesis from pluripotent stem cells
2024-Jul-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110242
PMID:39040067
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研究论文 | 研究了肌营养不良蛋白缺乏对人类多能干细胞在胚胎肌生成过程中细胞连接形成的影响 | 首次通过单细胞转录组分析揭示了肌营养不良蛋白缺乏导致细胞在体节阶段分化为替代分支，并影响了细胞状态转换相关的细胞连接蛋白 | 研究仅限于体外实验，未涉及体内模型 | 探讨肌营养不良蛋白缺乏对胚胎肌生成过程中细胞连接形成的影响 | 人类多能干细胞在胚胎肌生成过程中的细胞连接形成 | 数字病理学 | 肌肉疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 9843 | 2024-09-06 |
Single-cell decoding of drug induced transcriptomic reprogramming in triple negative breast cancers
2024-Jul-18, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03318-3
PMID:39026273
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研究论文 | 研究探讨了三阴性乳腺癌中单细胞转录组在药物诱导下的重编程机制 | 首次结合单细胞转录组和基因组拷贝数数据，揭示了药物诱导下三阴性乳腺癌细胞的克隆响应和转录重编程 | 研究仅限于三阴性乳腺癌，且样本量相对较小 | 探讨药物诱导下三阴性乳腺癌细胞的转录组重编程机制 | 三阴性乳腺癌细胞的单细胞转录组和基因组拷贝数数据 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 53,641个过滤后的细胞 |
| 9844 | 2024-09-06 |
Salivary Gland Tissue Recombination Can Modify Cell Fate
2024-07, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345241247484
PMID:38715201
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研究论文 | 研究探讨了唾液腺组织重组对细胞命运的影响 | 首次全面无偏倚地利用单细胞RNA测序和成像分析，探索组织重组方法对细胞命运调控的影响 | 研究主要集中在胚胎小鼠唾液腺的组织重组，未涉及其他物种或成体组织 | 阐明组织间相互作用在细胞分化中的作用 | 胚胎小鼠唾液腺的间质和上皮组织 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 胚胎小鼠唾液腺的间质和上皮组织 |
| 9845 | 2024-09-06 |
A Novel Mechanism of MSCs Responding to Occlusal Force for Bone Homeostasis
2024-06, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345241236120
PMID:38665065
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研究论文 | 研究了咬合力对骨稳态的影响机制，特别是MSC在失去咬合力后对牙槽骨的影响 | 首次揭示了咬合力通过Yap/Taz/Ptn轴调控MSC介导的血管生成，从而维持牙槽骨稳态的机制 | 研究仅在鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 探讨失去咬合力后牙槽骨损失的机制 | 鼠牙槽骨中的非造血细胞（CD45细胞） | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 鼠牙槽骨中的非造血细胞 |
| 9846 | 2024-09-06 |
Single cell transcriptomics reveals distinct transcriptional responses to oxycodone and buprenorphine by iPSC-derived brain organoids from patients with opioid use disorder
2024-Jun, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-022-01837-8
PMID:36302966
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研究论文 | 研究使用单细胞转录组学分析了来自阿片类药物使用障碍患者的iPSC衍生的脑类器官对羟考酮和丁丙诺啡的不同转录反应 | 首次在单细胞水平上揭示了羟考酮和丁丙诺啡对iPSC衍生的脑类器官的不同转录反应，特别是丁丙诺啡对胶质细胞的显著影响和羟考酮诱导的I型干扰素信号 | 研究仅限于男性OUD患者，样本量较小，且仅进行了7天的药物处理 | 探讨阿片类药物对脑细胞类型功能的单细胞水平调控机制 | 来自阿片类药物使用障碍患者的iPSC衍生的脑类器官 | 单细胞转录组学 | 阿片类药物使用障碍 | 单核RNA测序（snRNA-seq） | Seurat整合分析管道 | 转录组数据 | 3名男性OUD患者 |
| 9847 | 2024-09-06 |
BEST4+ cells in the intestinal epithelium
2024-05-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00042.2024
PMID:38557358
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综述 | 本文综述了BEST4+细胞在人类肠上皮中的新发现及其潜在功能 | BEST4+细胞是单细胞转录组学揭示的一种新型成熟吸收细胞，具有独特的基因表达谱 | 大多数关于BEST4+细胞功能的假设缺乏功能验证，特别是由于小鼠中不存在BEST4+细胞 | 总结现有关于BEST4+细胞的文献，强调其在健康和疾病中肠上皮的预测作用 | BEST4+细胞及其在肠上皮中的功能 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 人类、猕猴、猪、斑马鱼和兔子的肠上皮细胞 |
| 9848 | 2024-09-06 |
Distinct subpopulations of human subcutaneous adipose tissue precursor cells revealed by single-cell RNA sequencing
2024-04-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00726.2023
PMID:38581663
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示了人体皮下脂肪组织前体细胞的不同亚群 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了人体皮下脂肪组织前体细胞的不同亚群，并分析了这些亚群在不同部位的特异性表达 | 研究样本仅来自八名女性，且未涉及男性样本，可能存在性别差异的影响 | 探讨人体皮下脂肪组织前体细胞在不同部位的差异及其对脂肪生成的影响 | 人体皮下腹部和臀股部脂肪组织中的脂肪来源干细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 八名女性 |
| 9849 | 2024-09-06 |
IL-36 Regulates Neutrophil Chemotaxis and Bone Loss at the Oral Barrier
2024-04, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345231225413
PMID:38414292
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研究论文 | 研究探讨了IL-36家族在口腔屏障中调节中性粒细胞趋化性和骨丢失的机制 | 首次揭示了IL-36γ在口腔屏障中通过纤维母细胞促进中性粒细胞趋化性的作用，并阐明了其在牙周炎中的病理生理功能 | 研究主要集中在体外和体内实验，缺乏临床数据支持 | 探讨纤维母细胞在口腔屏障中驱动中性粒细胞趋化信号的特定调节机制 | IL-36家族在口腔屏障中的作用及其对中性粒细胞趋化性和骨丢失的影响 | NA | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 人类和鼠类牙龈上皮细胞及鼠类中性粒细胞 |
| 9850 | 2024-09-06 |
CD52 mRNA expression predicts prognosis and response to immune checkpoint blockade in melanoma
2024-03, Pigment cell & melanoma research
IF:3.9Q2
DOI:10.1111/pcmr.13151
PMID:37975535
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研究论文 | 研究CD52 mRNA表达在黑色素瘤中的预后和免疫检查点阻断反应预测价值 | 首次分析了CD52 mRNA表达在黑色素瘤中的预后和预测免疫检查点阻断反应的作用，并探讨了其与不同免疫细胞亚群和免疫检查点表达的关系 | 研究样本量有限，且仅基于TCGA数据库和单细胞RNA测序数据，缺乏临床试验验证 | 探讨CD52 mRNA表达在黑色素瘤中的预后和免疫检查点阻断反应的预测价值 | CD52 mRNA表达在黑色素瘤中的预后和免疫检查点阻断反应 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | mRNA表达数据 | 445例未治疗的黑色素瘤患者和121例接受抗PD-1免疫检查点阻断的黑色素瘤患者 |
| 9851 | 2024-09-06 |
A Cell Cycle-aware Network for Data Integration and Label Transferring of Single-cell RNA-seq and ATAC-seq
2024-Feb-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.31.578213
PMID:38352302
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研究论文 | 本文开发了一种细胞周期感知网络（CCAN），用于去除单细胞多组学数据集成中的细胞周期效应，同时保留细胞类型特异性变异 | 首次提出了一种计算模型来研究单细胞多组学数据集成中的细胞周期效应 | 未提及 | 研究单细胞多组学数据集成中的细胞周期效应 | 单细胞RNA测序和ATAC测序数据的集成 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序 | 细胞周期感知网络（CCAN） | 单细胞RNA测序数据，单细胞ATAC测序数据 | 多个基准数据集 |
| 9852 | 2024-09-06 |
IRF9 and STAT1 as biomarkers involved in T-cell immunity in atherosclerosis
2024, Journal of biosciences
IF:2.1Q2
PMID:39234946
|
研究论文 | 研究旨在识别与程序性细胞死亡（PCD）相关的生物标志物，并探索动脉粥样硬化的关键调控机制 | 通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）和单细胞RNA测序数据，识别了与动脉粥样硬化相关的免疫细胞类型和关键基因 | 研究主要基于基因表达数据和单细胞RNA测序数据，缺乏实验验证 | 识别与动脉粥样硬化相关的生物标志物和调控机制 | 动脉粥样硬化和对照组的基因表达数据，以及单细胞RNA测序数据 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA），单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据，单细胞RNA测序数据 | GSE20129和GSE23746的基因表达数据，GSE159677的单细胞RNA测序数据 |
| 9853 | 2024-09-06 |
Radiotherapy-Induced Neurocognitive Impairment Is Driven by Heightened Apoptotic Priming in Early Life and Prevented by Blocking BAX
2023-10-13, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-1337
PMID:37470810
|
研究论文 | 本文研究了放射治疗引起的神经认知功能障碍的机制，并发现通过阻断BAX可以预防这种损伤 | 开发了一种新的放射治疗诱导神经认知功能障碍的小鼠模型，并发现BAX在其中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨放射治疗引起的神经认知功能障碍的机制，并寻找预防方法 | 放射治疗对不同年龄段小鼠神经认知功能的影响 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 |
| 9854 | 2024-09-06 |
Transcriptomic profiling of cardiac tissues from SARS-CoV-2 patients identifies DNA damage
2023-03, Immunology
IF:4.9Q2
DOI:10.1111/imm.13577
PMID:36107637
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研究论文 | 研究分析了SARS-CoV-2患者心脏组织的转录组图谱，发现DNA损伤相关基因的上调 | 首次揭示了SARS-CoV-2感染患者心脏组织中DNA损伤和修复相关基因的上调，并通过γ-H2Ax免疫组化进一步验证 | 样本量较小，且仅包括SARS-CoV-2、pH1N1和对照组患者，可能影响结果的普适性 | 探讨SARS-CoV-2感染对心脏组织的分子影响 | SARS-CoV-2、pH1N1和对照组患者的心脏组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 7例SARS-CoV-2患者、2例pH1N1患者和6例对照组患者的心脏组织 |
| 9855 | 2024-09-06 |
Differential cell composition and split epidermal differentiation in human palm, sole, and hip skin
2023-01-31, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.111994
PMID:36732947
|
研究论文 | 研究通过批量和单细胞RNA测序分析了人类手掌、脚底和臀部皮肤的细胞组成和表皮分化差异 | 揭示了手掌和脚底皮肤中免疫环境的改变，以及特定成纤维细胞在细胞间通信中的关键作用 | NA | 探讨手掌和脚底皮肤的转录程序及其独特性 | 人类手掌、脚底和臀部皮肤 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | RNA | 涉及手掌、脚底和臀部皮肤的多个样本 |
| 9856 | 2024-09-06 |
AntiSplodge: a neural-network-based RNA-profile deconvolution pipeline designed for spatial transcriptomics
2022-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqac073
PMID:36225530
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研究论文 | 本文介绍了一种基于神经网络的RNA表达谱反卷积管道AntiSplodge，用于空间转录组学研究 | 提出了一种简单、快速且直观的反卷积管道，利用合成空间转录组数据进行有效反卷积 | NA | 开发一种高效的反卷积工具，用于解析空间转录组数据中的细胞类型 | 人类心脏和小鼠大脑的空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | RNA-seq | 前馈神经网络 | RNA表达谱 | 人类心脏和小鼠大脑的多个时间点样本 |
| 9857 | 2024-09-06 |
Tumor microbiome links cellular programs and immunity in pancreatic cancer
2022-10-10, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2022.09.009
PMID:36220074
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研究论文 | 本文通过单细胞分析技术研究了胰腺癌中的肿瘤微生物组与宿主细胞和免疫系统的相互作用 | 开发了单细胞分析宿主-微生物组相互作用（SAHMI）计算管道，用于从宿主组织的单细胞测序中恢复和去噪微生物信号 | NA | 研究肿瘤微生物组在胰腺癌中的作用及其对肿瘤发生和抗肿瘤反应的影响 | 胰腺癌患者的肿瘤微生物组及其与宿主细胞和免疫系统的相互作用 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序 | NA | 单细胞数据 | 两个胰腺癌患者队列 |
| 9858 | 2024-09-06 |
Transcriptome Analysis Identifies Accumulation of Natural Killer Cells with Enhanced Lymphotoxin-β Expression during Glioblastoma Progression
2022-Oct-07, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers14194915
PMID:36230839
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研究论文 | 本文通过转录组分析，研究了胶质母细胞瘤进展过程中自然杀伤细胞的积累及其淋巴毒素-β表达的增强 | 本文整合了多个小鼠和人类数据集，采用无假设的探索性方法，发现了自然杀伤细胞亚群的积累及其淋巴毒素-β基因的上调，并验证了其与胶质母细胞瘤区域的相关性 | 本文主要基于小鼠和人类数据集的整合分析，未涉及临床试验验证 | 研究胶质母细胞瘤进展过程中免疫微环境的变化，寻找潜在的治疗靶点 | 胶质母细胞瘤及其相关的免疫细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个小鼠和人类数据集 |
| 9859 | 2024-09-06 |
Deciphering transcriptome alterations in bone marrow hematopoiesis at single-cell resolution in immune thrombocytopenia
2022-10-07, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-022-01167-9
PMID:36202780
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了免疫性血小板减少症（ITP）患者骨髓中CD34造血干细胞和祖细胞（HSPCs）的转录组变化，揭示了ITP中巨核细胞生成缺陷的机制 | 首次在单细胞分辨率下解析了ITP患者骨髓中HSPCs的转录组变化，并发现了与ITP相关的巨核细胞前体（MkP）亚群及其特定基因表达模式 | 研究仅限于ITP患者，未探讨其他血液疾病或健康对照的比较 | 探究免疫性血小板减少症（ITP）中巨核细胞生成缺陷的分子机制 | ITP患者骨髓中的CD34造血干细胞和祖细胞（HSPCs） | 数字病理学 | 血液疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | ITP患者和健康对照（HCs）的骨髓样本 |
| 9860 | 2024-09-06 |
SoloTE for improved analysis of transposable elements in single-cell RNA-Seq data using locus-specific expression
2022-10-06, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-022-04020-5
PMID:36202992
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SoloTE的管道，用于改进单细胞RNA-Seq数据中转座元件的分析，通过引入位点特异性表达 | SoloTE管道在计算资源方面优于现有方法，并允许在scRNA-Seq表达矩阵中包含位点特异性转座元件活性 | NA | 开发一种改进的计算方法，用于分析单细胞RNA-Seq数据中的转座元件表达 | 转座元件在不同细胞组中的转录活性及其对基因表达的潜在影响 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-Seq) | NA | 基因表达数据 | 多个数据集 |