单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27279 篇文献，本页显示第 9801 - 9820 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9801 | 2024-08-08 |
Immunological profile of lactylation-related genes in Crohn's disease: a comprehensive analysis based on bulk and single-cell RNA sequencing data
2024-03-23, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05092-z
PMID:38521905
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研究论文 | 本研究通过综合分析批量和单细胞RNA测序数据，探讨了乳酸化相关基因在克罗恩病中的免疫学特征 | 首次系统分析了乳酸化相关基因在克罗恩病发病机制中的作用，并利用单细胞测序数据揭示了不同免疫细胞中乳酸化水平的差异 | 研究仅基于公开数据库中的数据，未涉及临床样本的直接验证 | 探讨乳酸化相关基因在克罗恩病中的免疫学特征及其在疾病发病机制中的作用 | 克罗恩病患者肠道中的乳酸化相关基因及其在免疫细胞中的表达 | 数字病理学 | 克罗恩病 | RNA测序 | NA | RNA | 使用了三个克罗恩病相关的数据集（GSE16879, GSE75214, 和 GSE112366） |
| 9802 | 2024-08-08 |
Potential anti-tumor effects of regulatory T cells in the tumor microenvironment: a review
2024-03-20, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05104-y
PMID:38509593
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综述 | 本文综述了调节性T细胞（Tregs）在肿瘤微环境中的潜在抗肿瘤作用 | Tregs在肿瘤微环境中展现出显著的可塑性和功能多样性，不仅支持肿瘤进展，还表现出抗肿瘤活性 | NA | 总结Tregs的潜在抗肿瘤作用，并强调其在肿瘤治疗策略中的重要性 | 调节性T细胞（Tregs）及其在肿瘤微环境中的功能 | NA | 恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序（ScRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 9803 | 2024-08-08 |
Investigation of the acute pathogenesis of spondyloarthritis/HLA-B27-associated anterior uveitis based on genome-wide association analysis and single-cell transcriptomics
2024-03-12, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05077-y
PMID:38475831
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研究论文 | 本研究通过全基因组关联分析和单细胞转录组学探讨了脊柱关节病/HLA-B27相关急性前葡萄膜炎的急性发病机制 | 本研究首次揭示了AIF1在脊柱关节病/HLA-B27相关急性前葡萄膜炎发病机制中的关键作用，并发现髓样细胞向DC分化及AIF1水平下降在此过程中的重要性 | NA | 探讨脊柱关节病/HLA-B27相关急性前葡萄膜炎的急性发病机制，以期为有效预防和治疗提供进一步的理解 | 脊柱关节病/HLA-B27相关急性前葡萄膜炎的发病机制 | 数字病理学 | 脊柱关节病 | 孟德尔随机化分析、单细胞转录组分析 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 使用了来自Gene Expression Omnibus (GEO)数据库的前葡萄膜炎数据集 |
| 9804 | 2024-08-08 |
nf-core/airrflow: an adaptive immune receptor repertoire analysis workflow employing the Immcantation framework
2024-Jan-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.18.576147
PMID:38293151
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研究论文 | 本文介绍了nf-core/airrflow，一个集成Immcantation框架的适应性免疫受体谱分析工作流程，用于处理批量和单细胞的AIRR-seq数据 | nf-core/airrflow提供了跨样本的并行化、可扩展性和对高性能计算基础设施的便携性，这是现有工具所不具备的 | NA | 开发一个端到端的工作流程，用于处理和分析AIRR-seq数据，以研究免疫状态 | B细胞和T细胞受体序列的重建以及克隆关系的推断 | 生物信息学 | 传染病 | AIRR-seq | NA | 序列数据 | 分析了97名COVID-19感染者和99名健康对照者的数据 |
| 9805 | 2024-08-08 |
Advancing bladder cancer management: development of a prognostic model and personalized therapy
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1430792
PMID:39104534
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研究论文 | 本研究旨在通过单细胞和批量RNA测序数据，开发和验证一种基于基底鳞状亚型相关基因的膀胱癌预后模型，并探索个性化治疗策略。 | 本研究首次基于基底鳞状亚型相关基因开发了一种新的膀胱癌预后模型，并验证了其在不同临床环境中的预测性能。 | NA | 提高对膀胱癌分子异质性的理解，并开发有效的预后模型和个性化治疗策略。 | 膀胱癌的分子亚型、预后模型和个性化治疗策略。 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序 | LASSO和Cox回归分析 | RNA测序数据 | 使用了来自多个来源的单细胞和批量RNA测序数据，包括GSE135337、GSE13507、GSE31684、GSE32894、GSE69795和TCGA-BLCA。 |
| 9806 | 2024-08-08 |
Multiplexed spatial transcriptomics methods and the application of expansion microscopy
2024, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2024.1378875
PMID:39105173
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综述 | 本文综述了空间转录组学方法，特别是序列（ISS）方法、杂交（ISH）技术以及基于下一代测序（NGS）的区域捕获测序技术，并探讨了扩展显微镜（ExM）在这些技术中的应用 | 扩展显微镜（ExM）通过控制生物样本的放大，实现了超分辨率成像，克服了传统显微镜的衍射极限，使得在空间转录组学方法中精确观察RNA成为可能 | 空间转录组学实验的一个挑战是细胞内RNA检测的光学拥挤限制 | 探讨空间转录组学方法及其在生物学和医学中的应用 | 空间转录组学技术及其与扩展显微镜（ExM）的结合 | NA | NA | 扩展显微镜（ExM） | NA | 转录组数据 | NA |
| 9807 | 2024-08-08 |
Transcriptomic profiling of SARS-CoV-2 infected human cell lines identifies HSP90 as target for COVID-19 therapy
2021-Mar-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.102151
PMID:33585804
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研究论文 | 研究报道了SARS-CoV-2感染的人类细胞系的基因表达谱，并识别出HSP90作为COVID-19治疗的目标 | 首次揭示了SARS-CoV-2在人类上皮细胞系Calu-3中引发的大约两倍于SARS-CoV的固有免疫反应刺激，并通过单细胞RNA测序分析了病毒感染细胞的基因表达模式 | NA | 深入了解SARS-CoV-2感染的分子生物学机制，包括病毒复制、宿主反应和疾病进展 | SARS-CoV和SARS-CoV-2感染的人类细胞系，以及HSP90在感染中的作用 | 数字病理学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 三个SARS-CoV和SARS-CoV-2感染的人类细胞系 |
| 9808 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptional changes associated with drug tolerance and response to combination therapies in cancer
2021-03-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-21884-z
PMID:33712615
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术，研究了癌症细胞在药物耐受和联合治疗反应中的转录变化 | 首次展示了癌症细胞系、异种移植瘤和患者肿瘤中存在的多种癌症细胞亚群，并揭示了这些亚群的表观遗传变化和治疗敏感性的差异 | NA | 研究癌症细胞在药物耐受和联合治疗反应中的转录变化 | 癌症细胞的亚群及其对药物的耐受性和敏感性 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及细胞系、异种移植瘤和患者肿瘤中的多种癌症细胞亚群 |
| 9809 | 2024-08-08 |
Urinary Single-Cell Profiling Captures the Cellular Diversity of the Kidney
2021-03, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2020050757
PMID:33531352
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析技术，对17份尿液样本中的23,082个细胞进行了分析，揭示了尿液中细胞的多样性及其与肾脏和膀胱细胞的相似性和差异性 | 首次通过单细胞转录组分析技术全面地描述了尿液中细胞的类型和特征 | NA | 生成人类尿液中细胞的参考数据集，并探索尿液中细胞与肾脏和膀胱细胞的关系 | 尿液中的单细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 细胞 | 17份尿液样本，来自5名受试者在不同时间的收集 |
| 9810 | 2024-08-08 |
Single-cell lineage mapping of a diverse virus-specific naive CD4 T cell repertoire
2021-03-01, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20200650
PMID:33201171
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研究论文 | 本文利用单细胞测序技术追踪了病毒特异性CD4 T细胞在淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒（LCMV）感染下的克隆扩增、分化轨迹和谱系选择 | 首次实现了对自然TCR库中单个初始T细胞克隆扩增、分化和谱系选择的追踪 | NA | 研究病毒特异性CD4 T细胞在感染过程中的克隆扩增、分化和谱系选择 | 病毒特异性CD4 T细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞测序技术 | NA | 序列数据 | NA |
| 9811 | 2024-08-08 |
A Single-Cell RNA Expression Map of Human Coronavirus Entry Factors
2020-09-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.108175
PMID:32946807
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学方法，分析了28种SARS-CoV-2及相关冠状病毒受体和因子（SCARFs）在健康人体组织中的表达，以预测冠状病毒的趋向性 | 首次全面分析了SCARFs在多种健康人体组织中的表达，并预测了非经典的病毒感染路径和特定性别易感性 | NA | 预测人类冠状病毒的趋向性及其在人体组织中的表达模式 | SARS-CoV-2及相关冠状病毒的受体和因子（SCARFs） | 数字病理学 | 冠状病毒病 | 单细胞转录组学 | NA | RNA表达数据 | 多种健康人体组织 |
| 9812 | 2024-08-08 |
Single-cell analysis of RORα tracer mouse lung reveals ILC progenitors and effector ILC2 subsets
2020-03-02, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20182293
PMID:31816636
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研究论文 | 本研究通过生成RORα谱系示踪小鼠并进行单细胞RNA测序、流式细胞术和功能分析，揭示了肺部ILC2的发育路径 | 发现了不同于传统IL-18Rα-ST2+ ILC2s的IL-18Rα+ST2-群体，并识别出新生儿肺部中的三种ILC群体 | NA | 阐明肺部ILC2的发育路径 | 肺部ILC2及其前体细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 成年和新生儿小鼠肺部样本 |
| 9813 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals that an imbalance in monocyte subsets rather than changes in gene expression patterns is a feature of postmenopausal osteoporosis
2024-Aug-05, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/jbmr/zjae065
PMID:38652170
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了绝经后骨质疏松症患者骨髓单核细胞的基因表达模式和亚群比例变化 | 首次揭示了绝经后骨质疏松症中单核细胞亚群比例失衡而非基因表达模式变化是其特征 | 研究样本量较小，需要进一步验证和扩大样本以增强结论的普遍性 | 探究绝经后骨质疏松症中单核细胞重编程的机制 | 绝经后骨质疏松症患者的骨髓单核细胞 | 数字病理学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 6名参与者（3名正常骨密度和3名绝经后骨质疏松症患者） |
| 9814 | 2024-08-07 |
Evaluating batch correction methods for image-based cell profiling
2024-Aug-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50613-5
PMID:39095341
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研究论文 | 本文评估了十种单细胞RNA测序（scRNA-seq）批次校正技术在图像细胞分析中的表现 | 提出了一个新的基准框架和评估指标，用于未来批次校正方法的评估 | NA | 解决不同实验室和设备间图像细胞分析数据集成和解释的批次效应问题 | 十种scRNA-seq批次校正技术在Cell Painting数据集上的表现 | 计算机视觉 | NA | scRNA-seq | NA | 图像 | 数十亿个细胞，数千种扰动 |
| 9815 | 2024-08-07 |
Unveiling novel double-negative prostate cancer subtypes through single-cell RNA sequencing analysis
2024-Aug-02, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-024-00667-x
PMID:39095562
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研究论文 | 本研究通过整合多个来源的单细胞RNA测序数据，建立了人类和小鼠的前列腺单细胞图谱，并识别出两种新的双阴性前列腺癌亚型 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别出两种新的双阴性前列腺癌亚型，并开发了一个用于可视化基因表达的网络应用 | NA | 揭示前列腺癌中未被识别的亚型，为临床诊断和治疗提供新策略 | 前列腺癌的亚型及其分子特征 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个公开可用的队列和本研究团队生成的数据 |
| 9816 | 2024-08-07 |
The cell fates of intermediate cell population in prostate development
2024-Aug, Cell insight
DOI:10.1016/j.cellin.2024.100182
PMID:39100536
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析新生泌尿生殖窦组织，揭示了前列腺中间细胞在前列腺发育中的身份、命运和功能 | 发现了前列腺中间细胞在前列腺发育中从表达神经内分泌标记物的中间细胞向神经内分泌细胞的转变，并展示了这些细胞具有显著的干细胞能力 | NA | 探究前列腺中间细胞在前列腺发育中的身份、命运和功能 | 前列腺中间细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 新生泌尿生殖窦组织 |
| 9817 | 2024-08-07 |
Feature selection followed by a novel residuals-based normalization that includes variance stabilization simplifies and improves single-cell gene expression analysis
2024-Jul-30, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05872-w
PMID:39080559
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研究论文 | 本文提出了一种新的单细胞RNA测序数据分析流程，包括特征选择和基于残差的方差稳定归一化方法 | 提出了一种新的特征选择方法和基于残差的方差稳定归一化方法，该方法在归一化前进行特征选择，并使用稳定基因来减少系统偏差 | NA | 改进单细胞RNA测序数据的分析流程，提高下游聚类分析的准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 生物已知和模拟的单细胞RNA测序数据集 |
| 9818 | 2024-08-07 |
Machine learning identifies key cells and therapeutic targets during ferroptosis after spinal cord injury
2024-Jul-29, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00037
PMID:39104165
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研究论文 | 本研究通过机器学习方法分析了脊髓损伤后铁死亡过程中的关键细胞和治疗靶点 | 首次通过随机森林和最小绝对收缩与选择算子算法识别了脊髓损伤后铁死亡的关键基因Atf3和Piezo1，并验证了潜在药物治疗的有效性 | NA | 揭示铁死亡在脊髓损伤治疗中的重要作用，并识别关键细胞类型和基因 | 脊髓损伤后的铁死亡过程及其治疗靶点 | 机器学习 | 脊髓损伤 | RNA测序 | 随机森林和最小绝对收缩与选择算子算法 | RNA测序数据 | 使用GSE47681、GSE5296和GSE162610数据集 |
| 9819 | 2024-08-07 |
Elucidating Microglial Heterogeneity and Functions in Alzheimer's Disease Using Single-cell Analysis and Convolutional Neural Network Disease Model Construction
2024-07-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-67537-1
PMID:39068182
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析和卷积神经网络模型，深入探索了阿尔茨海默病中微胶质细胞的异质性和功能 | 揭示了11种不同的微胶质细胞亚群，并发现了与阿尔茨海默病相关的关键基因和细胞间通信网络，同时开发了一种基于卷积神经网络的深度学习模型，用于提高阿尔茨海默病的诊断准确性 | NA | 深入理解阿尔茨海默病中微胶质细胞的分子机制，并探索潜在的治疗靶点和提高诊断精度 | 阿尔茨海默病中的微胶质细胞及其在疾病中的作用 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析 | 卷积神经网络 | 基因表达数据 | NA |
| 9820 | 2024-08-07 |
Identifying an immunosenescence-associated gene signature in gastric cancer by integrating bulk and single-cell sequencing data
2024-07-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-68054-x
PMID:39048596
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研究论文 | 本研究通过整合大量和单细胞测序数据，在胃癌中识别与免疫衰老相关的基因特征，用于胃癌的分层 | 首次在胃癌中识别出与免疫衰老相关的基因特征，并验证了其对预后和治疗反应的预测能力 | NA | 开发基于免疫衰老的基因特征，用于胃癌的分层和治疗选择 | 胃癌患者的免疫衰老特征及其对预后和治疗反应的影响 | 数字病理学 | 胃癌 | 测序技术 | 随机森林算法，多元Cox算法 | 转录组数据，单细胞数据 | 训练集为TCGA-STAD队列，验证集为Gene Expression Omnibus数据库中的两个独立队列，以及复旦队列 |