单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 9801 - 9820 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9801 | 2024-08-10 |
Single-Cell Spatial Transcriptomics Unveils Platelet-Fueled Cycling Macrophages for Kidney Fibrosis
2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202308505
PMID:38838052
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研究论文 | 本研究探讨了血小板在肾缺血/再灌注损伤后恢复中的有害作用及其对急性肾损伤向慢性肾病转变的贡献 | 发现了一种新的巨噬细胞亚型“cycling M2”，该亚型在损伤肾脏的恢复阶段出现，并受血小板衍生的血栓调节蛋白1（THBS1）信号调节，具有促纤维化特性 | NA | 研究血小板在肾脏损伤和修复过程中的具体作用，并探索其作为治疗靶点的潜力 | 血小板、巨噬细胞、肾脏纤维化 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞和空间转录组技术 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 9802 | 2024-08-10 |
Deep Batch Integration and Denoise of Single-Cell RNA-Seq Data
2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202308934
PMID:38778573
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DeepBID的新型深度学习方法，用于单细胞RNA测序数据的批次效应校正、非线性降维、嵌入和细胞聚类 | DeepBID利用基于负二项分布的自编码器和双Kullback-Leibler散度损失函数，通过迭代聚类逐步减少批次效应，并在多个批次scRNA-seq数据集上验证了其优于现有工具的批次效应去除和聚类准确性 | NA | 旨在开发一种高效且适用于下游分析的单细胞RNA测序数据集成和去噪方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | scRNA-seq | 自编码器 | 文本 | 多个批次的scRNA-seq数据集 |
| 9803 | 2024-08-10 |
Broadening oncological boundaries: the intratumoral microbiota
2024-Aug, Trends in microbiology
IF:14.0Q1
DOI:10.1016/j.tim.2024.01.007
PMID:38310023
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综述 | 本文综述了肿瘤内微生物群的研究现状，探讨了其在肿瘤发生和发展中的功能机制，并提出了未来研究面临的挑战和综合策略 | 本文利用先进技术如单细胞测序，以及逐步优化的功能实验和基于培养的方法，深入探讨肿瘤内微生物群的潜在机制 | 肿瘤内微生物群的低生物量给相关研究带来了重大挑战 | 探讨肿瘤内微生物群作为多种癌症潜在生物标志物的可能性 | 肿瘤内微生物群及其在肿瘤发生和发展中的作用 | NA | 癌症 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 9804 | 2024-08-10 |
GATA2 heterozygosity causes an epigenetic feedback mechanism resulting in myeloid and erythroid dysplasia
2024-Aug, British journal of haematology
IF:5.1Q1
DOI:10.1111/bjh.19585
PMID:38887897
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研究论文 | 本文通过生成带有gata2b杂合突变的斑马鱼模型，研究了GATA2半合子不足对造血的影响，并探讨了其导致的髓系和红细胞发育异常的表观遗传反馈机制。 | 首次通过斑马鱼模型研究GATA2半合子不足对造血的影响，并揭示了表观遗传反馈机制在髓系和红细胞发育异常中的作用。 | NA | 探索GATA2半合子不足对造血的影响及其表观遗传机制。 | GATA2半合子不足对造血的影响及其表观遗传机制。 | NA | 骨髓增生异常综合征 | 单细胞RNA测序、单核ATAC测序 | NA | RNA、染色质可及性数据 | 斑马鱼模型 |
| 9805 | 2024-08-10 |
Integrative and comprehensive pan-cancer analysis of ubiquitin specific peptidase 11 (USP11) as a prognostic and immunological biomarker
2024-Jul-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e34523
PMID:39114046
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研究论文 | 本文通过综合分析多个来源的数据，评估了泛癌研究中作为预后和免疫生物标志物的重要性 | 首次全面评估了在不同癌症类型中的表达及其对生存结果的预测作用 | NA | 研究作为泛癌研究中的预后和免疫生物标志物的作用 | 在不同癌症类型中的表达及其对生存结果的影响 | 数字病理学 | 多种癌症 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 包括五个免疫治疗队列，三十三个TCGA队列，十六个GEO队列，其中两个涉及单细胞转录组数据 |
| 9806 | 2024-08-10 |
Targeting CD73 limits tumor progression and enhances anti-tumor activity of anti-PD-1 therapy in intrahepatic cholangiocarcinoma
2024-Jul-13, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-024-05869-1
PMID:39002018
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研究论文 | 本研究旨在探讨免疫检查点阻断疗法（ICBs）在肝内胆管癌（iCCA）中疗效不佳的潜在机制，并探索基于ICB的合理联合治疗方案 | 发现CD73抑制剂AB680能限制肿瘤进展并增强GC化疗或抗PD-1治疗的疗效，同时有效引发抗肿瘤免疫反应 | NA | 解析免疫检查点阻断疗法在肝内胆管癌中疗效不佳的潜在机制，并探索有效的联合治疗方案 | 肝内胆管癌（iCCA）患者及肿瘤细胞 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA测序、Western blot、时间飞行质谱（CyTOF） | NA | 基因表达数据、蛋白质信号通路数据、免疫细胞功能数据 | 使用GSE151530数据集进行分析，构建了皮下肿瘤异种移植模型和自发性的AKT/NICD诱导的鼠iCCA模型 |
| 9807 | 2024-08-10 |
Deletion of the Mitochondrial Membrane Protein Fam210b Is Associated with the Development of Systemic Lupus Erythematosus
2024-Jul-01, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25137253
PMID:39000360
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研究论文 | 本研究通过CRISPR-Cas9方法构建Fam210b基因敲除小鼠，探讨Fam210b在系统性红斑狼疮（SLE）中的作用 | 首次实验证明Fam210b基因敲除与SLE发病机制的相关性，并揭示了通过ROS过量产生引发SLE的可能性 | NA | 验证Fam210b在SLE中的作用及其可能的分子机制 | Fam210b基因敲除小鼠及其在SLE中的表现 | NA | 系统性红斑狼疮 | CRISPR-Cas9 | NA | 单细胞测序数据 | Fam210b基因敲除小鼠 |
| 9808 | 2024-08-10 |
Age-associated reduction of sinus macrophages in human mesenteric lymph nodes
2024-Jun-27, Journal of clinical and experimental hematopathology : JCEH
IF:0.9Q4
DOI:10.3960/jslrt.24001
PMID:38462485
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研究论文 | 本研究评估了结直肠癌手术中切除的肠系膜淋巴结中窦状巨噬细胞（SMs）的分布情况，发现老年患者尤其是80岁以上患者中SMs显著减少 | 首次揭示了老年患者淋巴结中窦状巨噬细胞减少的现象，并探讨了其可能的免疫功能影响 | 研究仅基于手术中移除的肠系膜淋巴结样本，可能存在样本选择偏倚 | 探讨老年患者淋巴结中窦状巨噬细胞的分布及其与免疫功能的关系 | 肠系膜淋巴结中的窦状巨噬细胞 | NA | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 9809 | 2024-08-10 |
Single-cell and Spatial Transcriptomics Reveals Ferroptosis as The Most Enriched Programmed Cell Death Process in Hemorrhage Stroke-induced Oligodendrocyte-mediated White Matter Injury
2024, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.96262
PMID:39113700
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研究论文 | 研究使用单细胞转录组和空间转录组技术，探讨了脑出血后程序性细胞死亡相关基因表达趋势，发现铁死亡是主要程序性细胞死亡过程，主要影响成熟的少突胶质细胞 | 首次揭示了脑出血后铁死亡作为主要程序性细胞死亡过程，并阐明了微胶质细胞与少突胶质细胞之间的特定相互作用 | 研究仅在 rat 模型上进行，需要进一步在人类中验证 | 探讨脑出血后不同程序性细胞死亡模式的区别及其对白质损伤的影响 | 脑出血后的程序性细胞死亡过程及其对神经系统的影响 | 数字病理学 | 脑卒中 | 单细胞 RNA 测序，空间 RNA 测序 | NA | 转录组数据 | rat 脑组织样本 |
| 9810 | 2024-08-10 |
Aryl hydrocarbon receptor confers protection against macrophage pyroptosis and intestinal inflammation through regulating polyamine biosynthesis
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.95749
PMID:39113799
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研究论文 | 研究探讨了芳香烃受体（AhR）通过调节多胺生物合成在肠道炎症和巨噬细胞焦亡中的保护作用 | 首次揭示了AhR信号通过促进鸟氨酸脱羧酶1（ODC1）转录来抑制巨噬细胞焦亡，增强多胺生物合成，从而维持肠道稳态 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证AhR/ODC1/多胺轴的功能 | 探究AhR在调节肠道炎症和巨噬细胞功能中的作用机制 | 巨噬细胞、肠道炎症模型、多胺生物合成 | 生物医学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序、酶联免疫吸附试验、免疫荧光染色 | NA | RNA | 小鼠模型及人类肠道黏膜活检样本 |
| 9811 | 2024-08-10 |
scRNA sequencing technology for PitNET studies
2024, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2024.1414223
PMID:39114291
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综述 | 本文综述了使用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）研究垂体神经内分泌肿瘤（PitNETs）的最新进展 | scRNA-seq技术因其单细胞水平的高分辨率而在研究中发挥重要作用 | NA | 理解调控这些高度异质性肿瘤的分子机制 | 垂体神经内分泌肿瘤（PitNETs） | 数字病理学 | 垂体神经内分泌肿瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA数据 | NA |
| 9812 | 2024-08-10 |
Single-cell RNA sequencing in ovarian cancer: revealing new perspectives in the tumor microenvironment
2024, American journal of translational research
IF:1.7Q4
DOI:10.62347/SMSG9047
PMID:39114691
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在卵巢癌肿瘤微环境研究中的应用和进展 | 单细胞测序技术揭示了卵巢癌肿瘤微环境中细胞异质性和细胞间复杂交互作用的新视角 | NA | 探讨单细胞测序技术在卵巢癌肿瘤微环境研究中的应用，以改善诊断和治疗策略 | 卵巢癌肿瘤微环境中的细胞异质性和细胞间交互作用 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 9813 | 2024-08-10 |
scDiffCoAM: A complete framework to identify potential biomarkers for esophageal squamous cell carcinoma using scRNA-Seq data analysis
2024, Journal of biosciences
IF:2.1Q2
PMID:39119913
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研究论文 | 本文提出了一种完整的差异共表达分析框架scDiffCoAM，用于从scRNA-Seq数据中提取网络模块并识别关键基因，以发现食管鳞状细胞癌的潜在生物标志物 | 该方法在大多数情况下表现优于其他四种现有的关键基因发现方法，并能识别其他方法未检测到的独特潜在生物标志物 | NA | 旨在通过scRNA-Seq数据分析识别食管鳞状细胞癌的潜在生物标志物 | 食管鳞状细胞癌的scRNA-Seq数据 | 数字病理学 | 食管鳞状细胞癌 | scRNA-Seq | 差异共表达分析 | 单细胞RNA测序数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 9814 | 2024-08-10 |
Classic genetic and hormonal switches during fetal sex development and beyond
2023-Sep, Medizinische Genetik : Mitteilungsblatt des Berufsverbandes Medizinische Genetik e.V
IF:0.8Q4
DOI:10.1515/medgen-2023-2036
PMID:38840820
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研究论文 | 本文探讨了人类胎儿性别发育过程中的关键遗传和激素开关，以及这些开关如何决定性腺性别确定和后续的生殖和体细胞性别表型的分化 | 文章指出传统的性别发育模型是不充分的，并介绍了在特定突变情况下，这些开关可能表现出不同的功能，导致基因功能和剂量的连续变化，酶活性，性激素水平和敏感性的变化，从而产生广泛的生物性别发育差异（DSD）和潜在的生殖和体细胞性别表型的多样性 | NA | 探讨人类胎儿性别发育过程中的遗传和激素开关的作用 | 人类胎儿性别发育过程中的遗传和激素开关 | NA | NA | 单细胞和空间转录组学 | NA | 转录组 | NA |
| 9815 | 2024-08-10 |
Hypoxic niches attract and sequester tumor-associated macrophages and cytotoxic T cells and reprogram them for immunosuppression
2023-08-08, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2023.06.017
PMID:37451265
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研究论文 | 本文研究了胶质母细胞瘤（GBM）中肿瘤相关骨髓细胞（TAMs）和细胞毒性T淋巴细胞（CTLs）在低氧微环境中的分布及功能重编程 | 首次揭示了低氧微环境吸引并隔离TAMs和CTLs，并使其向免疫抑制状态重编程的机制 | NA | 探讨胶质母细胞瘤中免疫抑制的机制 | 肿瘤相关骨髓细胞（TAMs）和细胞毒性T淋巴细胞（CTLs） | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 9816 | 2024-08-10 |
Reference-free and cost-effective automated cell type annotation with GPT-4 in single-cell RNA-seq analysis
2023-May-02, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2824971/v1
PMID:37205379
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研究论文 | 本文展示了GPT-4这一强大的大型语言模型在单细胞RNA测序分析中自动准确地进行细胞类型注释的能力 | GPT-4无需高质量参考数据集和额外开发流程，能利用标准单细胞RNA测序分析流程生成的标记基因信息自动注释细胞类型 | NA | 探索在单细胞RNA测序分析中自动进行细胞类型注释的新方法 | 单细胞RNA测序分析中的细胞类型注释 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | GPT-4 | 文本 | 数百种组织类型和细胞类型 |
| 9817 | 2024-08-10 |
A Comprehensive Survey of Statistical Approaches for Differential Expression Analysis in Single-Cell RNA Sequencing Studies
2021-12-02, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes12121947
PMID:34946896
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序研究中差异表达分析的统计方法，并对19种常用方法在11个真实数据集上的表现进行了评估 | 本文首次全面评估了从批量RNA测序实践中改编的方法以及专门为单细胞RNA测序设计的方法，并提供了选择适当工具的指导 | 难以通过单一性能标准确定全局最佳表现的方法 | 为单细胞RNA测序中的差异表达分析选择合适的工具提供指导 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达分析方法 | RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 11个真实单细胞RNA测序数据集 |
| 9818 | 2024-08-10 |
Transfer learning between preclinical models and human tumors identifies a conserved NK cell activation signature in anti-CTLA-4 responsive tumors
2021-08-11, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-021-00944-5
PMID:34376232
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研究论文 | 本文通过计算转移学习方法projectR，在鼠和人的抗CTLA-4反应性肿瘤中识别出保守的NK细胞激活特征，并探讨了其在转移性黑色素瘤中的临床相关性 | 本文首次应用转移学习方法在临床前模型和人类肿瘤之间识别出保守的NK细胞激活特征，为癌症治疗提供了新的理解 | 目前的方法在临床前模型中识别的治疗机制未能完全转化为人类疾病，限制了转化研究的进展 | 通过转移学习方法识别肿瘤微环境中免疫细胞的保守转录变化，以提高免疫检查点抑制剂的疗效 | 研究对象包括鼠和人的抗CTLA-4反应性肿瘤，以及转移性黑色素瘤中的NK细胞激活特征 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | 转移学习 | 单细胞RNA测序数据 | 涉及鼠和人的肿瘤样本，具体数量未在摘要中提及 |
| 9819 | 2024-08-10 |
Transcriptional profiling of mouse peripheral nerves to the single-cell level to build a sciatic nerve ATlas (SNAT)
2021-04-23, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.58591
PMID:33890853
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研究论文 | 本文通过单细胞水平的转录组分析，构建了小鼠坐骨神经的转录组图谱（SNAT） | 首次结合了发育中的坐骨神经的批量RNA测序和Schwann细胞的批量及单细胞RNA测序，以及全坐骨神经的单细胞转录组分析 | NA | 促进对外周神经基本理解的研究 | 小鼠坐骨神经中的各种细胞类型 | NA | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 包括发育中的坐骨神经和成年坐骨神经的多个样本 |
| 9820 | 2024-08-10 |
A single-cell genomics pipeline for environmental microbial eukaryotes
2021-Apr-23, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.102290
PMID:33870123
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研究论文 | 本文描述了一种针对环境中低丰度未培养真核微生物的单细胞基因组学流程 | 该流程整合了先进的单细胞基因组学工具和优化协议，旨在提高低成本下基因组质量 | NA | 开发和评估一种针对环境中低丰度未培养真核微生物的单细胞基因组学流程 | 环境中低丰度未培养的真核微生物 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 环境样本和早期分化线菌及Chromista/SAR培养物 |