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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9801 | 2025-10-07 | An Integrative Analysis of Transcriptome Combined with Machine Learning and Single-Cell RNA-Seq for the Common Biomarkers in Crohn's Disease and Kidney Stone Disease 
          2025, Journal of inflammation research
          
          IF:4.2Q2
          
         
          DOI:10.2147/JIR.S502513
          PMID:40242727
         | 研究论文 | 通过整合转录组分析结合机器学习和单细胞RNA测序技术,鉴定克罗恩病和肾结石病的共同生物标志物 | 首次整合机器学习算法和单细胞RNA测序技术识别克罗恩病与肾结石病的共同生物标志物 | 研究基于公共数据库数据,样本量有限,需要进一步实验验证 | 识别能够预测克罗恩病合并肾结石病的生物标志物 | 克罗恩病和肾结石病患者数据及人肠道细胞和近端肾小管上皮细胞模型 | 生物信息学 | 克罗恩病,肾结石病 | 转录组分析,机器学习,单细胞RNA测序 | Limma,WGCNA,机器学习算法 | 基因表达数据 | 三个克罗恩病数据集和一个肾结石病数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 9802 | 2025-10-07 | Cross one single body 49 tissues single-cell transcriptome reveals detailed macrophage heterogeneity during pig pregnancy 
          2025, Frontiers in immunology
          
          IF:5.7Q1
          
         
          DOI:10.3389/fimmu.2025.1574120
          PMID:40242774
         | 研究论文 | 通过单头健康怀孕猪49个组织的单细胞转录组测序,揭示妊娠期间巨噬细胞的详细异质性 | 首次在单一个体水平构建了涵盖49个组织的巨噬细胞单细胞转录组图谱,揭示了妊娠期巨噬细胞的跨组织异质性和物种间保守性 | 研究仅基于单一个体,样本量有限,需要在更多个体中验证结果 | 研究妊娠期间巨噬细胞的转录组异质性和组织特异性适应机制 | 健康怀孕猪的巨噬细胞 | 单细胞转录组学 | 妊娠相关生理变化 | 单细胞RNA测序,免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据 | 单头怀孕猪的49个组织,共114,881个巨噬细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 9803 | 2025-04-19 | Editorial: Spatial transcriptome and single-cell sequencing for exploring molecular mechanisms of neuroimmunity and discovering novel markers of neurological diseases 
          2025, Frontiers in neurology
          
          IF:2.7Q3
          
         
          DOI:10.3389/fneur.2025.1582019
          PMID:40248015
         | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 
| 9804 | 2025-10-07 | PPARγ-dependent remodeling of translational machinery in adipose progenitors is impaired in obesity 
          2024-Dec-24, Cell reports
          
          IF:7.5Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.celrep.2024.114945
          PMID:39579770
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和核糖体分析揭示了PPARγ激动剂如何通过调控翻译机制促进肥胖状态下脂肪组织的可塑性 | 首次发现PPARγ直接调控核糖体因子表达并通过促进特定mRNA的翻译选择性来增强脂肪生成 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类样本中验证 | 探究PPARγ激动剂在肥胖状态下对脂肪组织前体细胞翻译机制的重塑作用 | 肥胖小鼠的基质血管组分细胞 | 单细胞生物学 | 肥胖 | 单细胞RNA测序, 核糖体分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 肥胖小鼠的腹股沟和附睾脂肪组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 9805 | 2025-10-07 | PIEZO-dependent mechanosensing is essential for intestinal stem cell fate decision and maintenance 
          2024-11-29, Science (New York, N.Y.)
          
         
          DOI:10.1126/science.adj7615
          PMID:39607940
         | 研究论文 | 本研究揭示了PIEZO机械敏感通道通过感知细胞外机械刺激调控肠道干细胞命运决定和维持的机制 | 首次在体内证实PIEZO通道在肠道干细胞机械感知中的关键作用,并建立了从机械信号感知到干细胞功能调控的完整机制通路 | 研究主要基于小鼠模型,在人类肠道干细胞中的适用性需要进一步验证 | 探究肠道干细胞如何感知机械信号并维持稳态 | 小鼠肠道干细胞及其微环境 | 干细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,小鼠遗传学,生物工程基质,拉伸装置 | NA | 基因表达数据,机械性能测量数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 9806 | 2025-10-07 | Epigenetic dysregulation in Alzheimer's disease peripheral immunity 
          2024-Apr-17, Neuron
          
          IF:14.7Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.neuron.2024.01.013
          PMID:38340719
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示了阿尔茨海默病外周免疫系统的表观遗传调控异常 | 首次系统研究AD外周免疫系统的表观遗传变化,发现CD8 T细胞中CXCR3基因启动子的顺式调控元件和单核细胞中AD特异的RELA转录因子结合位点 | 外周免疫系统研究相对有限,样本规模未明确说明 | 探究阿尔茨海默病外周免疫系统的表观遗传和转录调控改变 | 阿尔茨海默病患者的外周免疫细胞(CD8 T细胞和单核细胞) | 表观遗传学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞测序,转座酶可及染色质测定,RNA测序 | NA | 表观遗传数据,转录组数据 | NA | NA | single-cell ATAC-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA | 
| 9807 | 2025-10-07 | Mechanisms of sex differences in Alzheimer's disease 
          2024-Apr-17, Neuron
          
          IF:14.7Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.neuron.2024.01.024
          PMID:38402606
         | 综述 | 探讨阿尔茨海默病性别差异的潜在生物学机制 | 整合单细胞RNA测序、代谢组学和多组学分析等先进技术,系统研究性别差异在阿尔茨海默病中的作用机制 | NA | 理解阿尔茨海默病性别差异的生物学基础 | 阿尔茨海默病发病机制中的性别相关因素 | NA | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 代谢组学, 多组学分析 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序, 多组学 | NA | NA | 
| 9808 | 2025-10-07 | Mutation S139N on Zika virus prM protein shifts immune response from Asian to contemporary strain 
          2025-May, Brain, behavior, and immunity
          
         
          DOI:10.1016/j.bbi.2025.02.012
          PMID:39986659
         | 研究论文 | 通过单细胞测序技术揭示寨卡病毒prM蛋白S139N突变如何改变免疫反应模式 | 首次发现S139N单点突变可使亚洲株免疫反应特征转变为当代流行株模式 | 研究仅使用1日龄小鼠模型,未在更成熟动物模型或人体中验证 | 探究寨卡病毒prM蛋白S139N突变对免疫反应的影响 | 寨卡病毒感染的小鼠脑组织免疫细胞 | 单细胞生物学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 1日龄小鼠感染三种寨卡病毒株 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 9809 | 2025-10-07 | CD44+ cells enhance pro-tumor stroma in the spatial landscape of colorectal cancer leading edge 
          2025-May, British journal of cancer
          
          IF:6.4Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41416-025-02968-9
          PMID:40069574
         | 研究论文 | 本研究通过空间转录组和单细胞RNA测序揭示了结直肠癌前缘CD44+肿瘤细胞通过PTN信号重塑肿瘤微环境的机制 | 首次发现CD44+肿瘤细胞在肿瘤前缘通过PTN信号诱导CAFs表型转换,揭示了肿瘤异质性在空间结构上的作用机制 | 研究主要基于小鼠模型,临床样本验证相对有限 | 探索结直肠癌异质性如何影响肿瘤空间结构并促进疾病进展 | AOM/DSS诱导的结直肠癌小鼠模型和临床患者样本 | 空间转录组学 | 结直肠癌 | 空间转录组分析, 单细胞RNA测序, 伪时间轨迹分析, 细胞间通讯分析, 免疫荧光染色 | NA | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 图像数据 | AOM/DSS诱导的结直肠癌模型和临床样本 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 9810 | 2025-10-07 | Single-cell profiling reveals monocyte heterogeneity and association with liver fibrosis in patients with chronic HBV 
          2025-May-01, Hepatology communications
          
          IF:5.6Q1
          
         
          DOI:10.1097/HC9.0000000000000672
          PMID:40227083
         | 研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示慢性乙型肝炎患者循环单核细胞的异质性及其与肝纤维化的关联 | 首次在慢性乙型肝炎患者中发现单核细胞-血小板聚集体(MPA)亚群,并揭示其通过CCL5信号通路促进肝纤维化的新机制 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证发现;机制研究主要基于体外实验 | 探究慢性乙型肝炎患者循环单核细胞的异质性及其在肝纤维化进展中的作用机制 | 慢性乙型肝炎伴肝纤维化患者和健康对照者的循环单核细胞 | 单细胞组学 | 慢性乙型肝炎、肝纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 慢性乙型肝炎患者组和健康对照组 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 9811 | 2025-04-18 | Identification of Novel Protein Biomarkers for Intrahepatic Cholangiocarcinoma by Integrating Human Plasma Proteome with Genome 
          2025-Apr-17, Journal of gastrointestinal cancer
          
          IF:1.6Q4
          
         
          DOI:10.1007/s12029-025-01226-8
          PMID:40240670
         | 研究论文 | 本研究通过整合人类血浆蛋白质组与基因组数据,识别出与肝内胆管癌(ICC)潜在相关的蛋白质生物标志物 | 首次对ICC进行蛋白质组-MR分析,揭示了其复杂的遗传结构,并鉴定出5种与疾病有潜在因果关联的新型血液蛋白 | 研究主要基于欧洲人群数据,可能在其他人群中的普适性有待验证 | 发现ICC的潜在治疗和诊断靶点 | 肝内胆管癌(ICC)相关蛋白质生物标志物 | 生物信息学 | 肝内胆管癌 | 蛋白质组范围孟德尔随机化(MR)、ELISA、scRNA-seq | 孟德尔随机化模型 | 基因组数据、蛋白质组数据、RNA-seq数据 | 来自deCODE血浆蛋白质组GWAS和欧洲meta分析的遗传数据,TCGA和GTEx数据库样本 | NA | NA | NA | NA | 
| 9812 | 2025-04-18 | Single-cell hdWGCNA reveals a novel diagnostic model and signature genes of macrophages associated with chronic obstructive pulmonary disease 
          2025-Apr-17, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.]
          
          IF:4.8Q2
          
         
          DOI:10.1007/s00011-025-02025-4
          PMID:40244418
         | 研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序和高维加权基因共表达网络分析,揭示了慢性阻塞性肺病(COPD)中巨噬细胞亚群的诊断模型和特征基因 | 首次使用hdWGCNA方法识别与COPD相关的巨噬细胞亚群及其特征基因,并构建了基于机器学习的临床诊断模型 | 研究样本量未明确说明,且仅基于RNA测序数据,缺乏实验验证 | 探索COPD的免疫机制并开发临床诊断模型 | 慢性阻塞性肺病(COPD)患者和正常个体的巨噬细胞亚群 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),高维加权基因共表达网络分析(hdWGCNA) | 随机森林(RF),卷积神经网络(CNN) | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA | 
| 9813 | 2025-10-07 | Human long noncoding RNA VILMIR is induced by major respiratory viral infections and modulates the host interferon response 
          2025-Apr-15, Journal of virology
          
          IF:4.0Q2
          
         
          DOI:10.1128/jvi.00141-25
          PMID:40130878
         | 研究论文 | 本研究鉴定了一种新型长链非编码RNA VILMIR,发现其在主要呼吸道病毒感染中被诱导表达并调控宿主干扰素反应 | 首次发现并表征了VILMIR这一新型干扰素刺激基因,证明其在多种呼吸道病毒感染中均被上调表达并参与调控宿主抗病毒反应 | 需要进一步的机制研究来阐明VILMIR调控干扰素反应的具体分子机制 | 鉴定在人类主要呼吸道病毒感染中起关键作用的新型lncRNA靶标 | 人类上皮细胞系(A549)、免疫细胞系(SUP-T1、THP-1)、COVID-19患者支气管肺泡灌洗液样本 | 功能基因组学 | 呼吸道病毒感染 | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 多种人类细胞系和COVID-19患者样本 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA | 
| 9814 | 2025-10-07 | Virus-associated inflammation imprints an inflammatory profile on monocyte-derived macrophages in the human liver 
          2025-Apr-15, The Journal of clinical investigation
          
          IF:13.3Q1
          
         
          DOI:10.1172/JCI175241
          PMID:40231469
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了慢性乙型肝炎患者肝脏中单核细胞来源的炎症性巨噬细胞的特征及其在炎症消退后的持续存在 | 首次在人类肝脏中鉴定出具有炎症转录特征的单核细胞来源巨噬细胞,并证明其在炎症消退后仍保留核心转录特征 | 研究样本仅限于慢性乙型肝炎患者,未涵盖其他病因的肝病 | 探究病毒相关炎症对肝脏巨噬细胞组成的重塑作用 | 慢性乙型肝炎患者的肝脏组织和血液单核细胞 | 单细胞生物学 | 乙型肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 慢性乙型肝炎患者纵向样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 9815 | 2025-10-07 | How is single-cell RNA sequencing contributing to the advancement of cancer therapeutics? 
          2025-Apr-15, World journal of gastrointestinal oncology
          
          IF:2.5Q3
          
         
          DOI:10.4251/wjgo.v17.i4.103480
          PMID:40235873
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析胃癌肿瘤微环境中细胞群体的分布和动态变化 | 利用scRNA-seq技术全面揭示胃癌不同阶段肿瘤微环境中的关键细胞相互作用 | NA | 探索单细胞RNA测序在癌症治疗进展中的贡献,特别关注胃癌治疗策略开发 | 胃癌患者的肿瘤微环境细胞群体 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 9816 | 2025-10-07 | Parallel comparison of T cell and B cell subpopulations of adenoid hypertrophy and tonsil hypertrophy of children 
          2025-Apr-14, Nature communications
          
          IF:14.7Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41467-025-58094-w
          PMID:40229254
         | 研究论文 | 通过单细胞RNA测序比较儿童腺样体肥大和扁桃体肥大的T细胞和B细胞亚群差异 | 首次在单细胞水平上平行比较AH和TH的免疫微环境差异,发现AH具有更多幼稚B细胞和调节性CD4 T细胞,但浆细胞较少 | 样本量相对有限,仅包含12对配对样本 | 探究儿童腺样体肥大和扁桃体肥大的免疫微环境差异 | 1209名1-15岁被诊断为腺样体肥大的儿科患者,其中12对配对AH和TH样本 | 单细胞生物学 | 儿童耳鼻喉疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 1209名患者,12对配对AH和TH样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 9817 | 2025-10-07 | Multi-omics analysis identifies diagnostic circulating biomarkers and potential therapeutic targets, revealing IQGAP1 as an oncogene in gastric cancer 
          2025-Apr-14, NPJ precision oncology
          
          IF:6.8Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41698-025-00895-9
          PMID:40229327
         | 研究论文 | 通过多组学整合分析识别胃癌循环生物标志物和潜在治疗靶点 | 首次通过多组学整合方法识别出IQGAP1等8个胃癌生物标志物,并揭示IQGAP1在胃癌中的致癌作用 | NA | 识别胃癌诊断性循环生物标志物和潜在治疗靶点 | 胃癌患者 | 生物信息学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 基因定量性状位点分析, 蛋白定量性状位点分析, 共定位分析, 孟德尔随机化 | NA | 血浆样本, 肿瘤组织样本, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 9818 | 2025-10-07 | IL1RAP is an immunotherapeutic target for normal karyotype triple-mutated acute myeloid leukemia 
          2025-Apr-14, Biomarker research
          
          IF:9.5Q1
          
         
          DOI:10.1186/s40364-025-00769-z
          PMID:40229904
         | 研究论文 | 本研究通过多组学分析鉴定IL1RAP作为正常核型三重突变急性髓系白血病的免疫治疗靶点 | 首次通过多组学方法系统识别IL1RAP作为NKt-AML特异性表面抗原,并证明其可作为抗体-药物偶联物的潜在靶点 | 样本量有限(仅12例NKt-AML样本进行表面蛋白质组分析),需进一步验证 | 寻找NKt-AML特异性表面抗原以开发新型免疫疗法 | 原发性急性髓系白血病样本 | 生物医学 | 急性髓系白血病 | 表面蛋白质组富集、转录组分析、单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质组数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 100例原发性AML样本(表面蛋白质组),691例原发性AML样本(转录组),23例原发性AML样本(单细胞RNA测序) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 9819 | 2025-10-07 | Extracellular vesicle-derived miRNA-mediated cell-cell communication inference for single-cell transcriptomic data with miRTalk 
          2025-Apr-14, Genome biology
          
          IF:10.1Q1
          
         
          DOI:10.1186/s13059-025-03566-x
          PMID:40229908
         | 研究论文 | 开发了一种名为miRTalk的新方法,用于从单细胞转录组数据推断细胞外囊泡来源的miRNA介导的细胞间通讯 | 首次提出通过细胞外囊泡来源的miRNA-靶标相互作用推断细胞间通讯的创新方法 | NA | 开发从单细胞RNA测序数据推断细胞间通讯的计算方法 | 细胞外囊泡来源的miRNA及其靶标相互作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | miRTalk(专门开发的推断算法) | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 9820 | 2025-10-07 | Comprehensive bioinformatics and immunohistochemical analyses identify phosphoinositide metabolism and PNPLA7 as potential biomarkers in urological cancers 
          2025-Apr-12, Scientific reports
          
          IF:3.8Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41598-025-97118-9
          PMID:40221501
         | 研究论文 | 通过生物信息学和免疫组化分析发现磷酸肌醇代谢和PNPLA7基因可作为泌尿系统癌症的潜在生物标志物 | 首次系统研究磷酸肌醇代谢在泌尿系统癌症中的作用,并发现PNPLA7作为新型生物标志物 | 基于公共数据库的分析,需要进一步实验验证 | 探讨磷酸肌醇代谢在泌尿系统癌症中的预后价值和治疗指导意义 | 透明细胞肾癌、膀胱癌和前列腺腺癌 | 生物信息学 | 泌尿系统癌症 | 生物信息学分析,单细胞RNA测序,免疫组化 | NA | 基因表达数据,临床样本 | 公共数据库中的泌尿系统癌症数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |