单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9781	2024-09-17	STGRNS: an interpretable transformer-based method for inferring gene regulatory networks from single-cell transcriptomic data 2023-04-03, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad165 PMID:37004161	研究论文	本文介绍了一种基于Transformer的可解释方法STGRNS，用于从单细胞转录组数据中推断基因调控网络	提出了基因表达基序技术，将基因对转换为连续子向量，作为Transformer编码器的输入，避免了网络中缺失的相位特异性调控，提高了不同类型单细胞转录组数据中基因调控网络推断的准确性	NA	解决从单细胞转录组数据中推断基因调控网络时面临的细胞异质性问题	单细胞转录组数据中的基因调控网络	机器学习	NA	单细胞RNA测序	Transformer	基因表达数据	21个静态和27个时间序列单细胞转录组数据集
9782	2024-09-17	Single-cell RNA-seq reveals intratumoral heterogeneity in osteosarcoma patients: A review 2023-Apr, Journal of bone oncology IF:3.1Q2 DOI:10.1016/j.jbo.2023.100475 PMID:37034356	综述	本文综述了单细胞RNA测序在揭示骨肉瘤患者肿瘤内异质性方面的应用	利用单细胞RNA测序技术分析了18个不同阶段的骨肉瘤病变，揭示了肿瘤内存在的不同细胞群和基因特征	NA	探讨单细胞RNA测序在骨肉瘤治疗中的潜在应用	骨肉瘤患者的肿瘤内异质性	数字病理学	骨癌	单细胞RNA测序	NA	基因数据	150,000个细胞，来自18个病变
9783	2024-09-17	Machine Learning for Uncovering Biological Insights in Spatial Transcriptomics Data 2023-Mar-29, ArXiv PMID:37033464	研究论文	本文总结了空间转录组学数据分析中机器学习的主要目标和当前趋势，并介绍了四个数据科学概念和相关启发式方法，以帮助从业者选择合适的工具	本文总结了空间转录组学数据分析中机器学习的主要目标和当前趋势，并介绍了四个数据科学概念和相关启发式方法，以帮助从业者选择合适的工具	本文未具体提及研究中的局限性	探讨机器学习在空间转录组学数据中揭示生物学见解的应用	空间转录组学数据	机器学习	NA	机器学习	深度学习	空间转录组学数据	NA
9784	2024-09-17	Cultured Mesenchymal Cells from Nasal Turbinate as a Cellular Model of the Neurodevelopmental Component of Schizophrenia Etiology 2023-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.28.534295 PMID:37034711	研究论文	研究使用从鼻甲中培养的间充质细胞作为精神分裂症神经发育病因学的细胞模型	首次比较了从精神分裂症患者和对照组中提取的CNON细胞系与中鼻甲活检样本的单细胞RNA测序数据，并将其与嗅觉神经上皮的数据进行了比较	研究仅限于特定的细胞系和样本，可能无法完全代表精神分裂症的复杂性	探讨精神分裂症神经发育分子机制的生物模型	从精神分裂症患者和对照组中提取的CNON细胞系和中鼻甲活检样本	细胞生物学	精神分裂症	单细胞RNA测序	NA	RNA	两个CNON细胞系和两个中鼻甲活检样本
9785	2024-09-17	Gene panel selection for targeted spatial transcriptomics 2023-Mar-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.03.527053 PMID:36993340	研究论文	本文介绍了一种名为gpsFISH的计算方法，用于优化已知细胞类型的基因选择，以实现目标空间转录组学	提出了一种新的计算方法gpsFISH，通过建模和调整平台效应来优化基因选择，超越了现有方法	现有基因选择方法依赖于scRNA-seq数据，忽略了技术之间的平台效应	开发一种新的基因选择方法，以优化目标空间转录组学中的基因检测	基因面板的选择，以优化已知细胞类型的检测	空间转录组学	NA	计算方法	NA	转录组数据	NA
9786	2024-09-17	Dimension-agnostic and granularity-based spatially variable gene identification 2023-Mar-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.21.533713 PMID:36993544	研究论文	本文介绍了一种名为BSP的新方法，用于在二维和三维空间转录组数据中快速且稳健地识别空间变异基因	BSP方法是一种空间粒度引导的非参数模型，能够处理二维和三维空间转录组数据，具有更高的准确性、鲁棒性和效率	NA	开发一种新的计算方法，用于在空间转录组数据中识别空间变异基因	二维和三维空间转录组数据中的空间变异基因	生物信息学	NA	空间转录组学	非参数模型	基因表达数据	NA
9787	2024-09-17	Dimension-agnostic and granularity-based spatially variable gene identification 2023-Mar-22, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2687726/v1 PMID:36993309	研究论文	本文介绍了一种名为BSP的新方法，用于从二维和三维空间转录组数据中识别空间变异基因	BSP方法是一种空间粒度引导的非参数模型，能够在二维和三维空间转录组数据中快速且稳健地识别空间变异基因	NA	开发一种新的计算方法，用于从二维和三维空间转录组数据中有效识别空间变异基因	空间变异基因	数字病理学	NA	空间转录组学	非参数模型	转录组数据	多种类型的空间转录组技术在癌症、神经科学、类风湿性关节炎和肾脏研究中的应用
9788	2024-09-17	Pioneer factor ASCL1 cooperates with the mSWI/SNF complex at distal regulatory elements to regulate human neural differentiation 2023-03-01, Genes & development IF:7.5Q1 DOI:10.1101/gad.350269.122 PMID:36931659	研究论文	研究了先驱转录因子ASCL1与mSWI/SNF复合物在远端调控元件上的相互作用，以调节人类神经分化	揭示了ASCL1在人类神经发生中激活长程调控元件的新机制，并发现了其染色质重塑功能依赖于合作伙伴ATPase活性	NA	探讨先驱转录因子ASCL1在人类神经分化中的作用及其与mSWI/SNF复合物的相互作用	ASCL1在人类神经分化中的功能及其与mSWI/SNF复合物的相互作用	基因表达调控	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
9789	2024-09-17	Diabetes mellitus induces a novel inflammatory network involving cancer progression: Insights from bioinformatic analysis and in vitro validation 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1149810 PMID:37033970	研究论文	研究探讨了糖尿病与癌症之间的关联，构建了一个基于糖尿病的癌症相关炎症网络，并通过生物信息学分析和体外实验验证了其机制	首次构建了一个基于糖尿病的癌症相关炎症网络，揭示了糖尿病如何增加肿瘤发生和发展的机制	需要进一步的研究来验证和扩展这些发现	探讨糖尿病与癌症之间的分子机制	糖尿病相关基因与癌症相关基因的关联	生物信息学	糖尿病	生物信息学分析、单细胞测序、体外实验	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	包括结肠腺癌在内的多种肿瘤样本
9790	2024-09-17	Monoacylglycerol lipase regulates macrophage polarization and cancer progression in uveal melanoma and pan-cancer 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1161960 PMID:37033945	研究论文	研究探讨了单酰甘油脂肪酶在葡萄膜黑色素瘤和泛癌中的作用及其对巨噬细胞极化和癌症进展的影响	首次揭示了单酰甘油脂肪酶在葡萄膜黑色素瘤中的作用，并提出了基于脂质代谢的风险模型	研究主要基于数据库分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨脂质代谢在葡萄膜黑色素瘤中的作用，并开发基于脂质代谢的风险模型	葡萄膜黑色素瘤患者和泛癌患者	数字病理学	葡萄膜黑色素瘤	共识聚类分析、ESTIMATE分析、TIMER分析、ssGSEA分析、Cox回归分析、Lasso回归分析、单细胞测序分析	风险模型	基因表达数据	80名葡萄膜黑色素瘤患者和泛癌患者的数据
9791	2024-09-17	Single-cell and long-read sequencing to enhance modelling of splicing and cell-fate determination 2023, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2023.03.023 PMID:37066125	综述	本文综述了单细胞和长读长测序技术在剪接和细胞命运决定建模中的最新进展	结合单细胞和长读长测序技术，提供了新的机会来建模细胞命运决定	NA	探讨单细胞和长读长测序技术在细胞命运决定和剪接建模中的应用	单细胞和长读长测序数据，以及相关的计算算法和数学模型	生物信息学	NA	单细胞测序，长读长测序	NA	基因组数据	NA
9792	2024-09-17	Identification of visual cortex cell types and species differences using single-cell RNA sequencing 2022-11-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34590-1 PMID:36371428	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了133,454个猕猴视觉皮层细胞，识别了多种细胞类型及其在不同物种间的基因表达差异	本文首次建立了大规模的猕猴视觉皮层单细胞RNA测序数据集，并发现了两种新的细胞类型，以及不同物种间在突触可塑性和神经调节相关基因表达上的差异	本文仅分析了猕猴、人类和小鼠的视觉皮层细胞，未涉及其他物种	研究灵长类视觉皮层的细胞类型及其在不同物种间的差异	猕猴、人类和小鼠的视觉皮层细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	133,454个猕猴视觉皮层细胞
9793	2024-09-17	Single-cell multi-omics of human clonal hematopoiesis reveals that DNMT3A R882 mutations perturb early progenitor states through selective hypomethylation 2022-10, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-022-01179-9 PMID:36138229	研究论文	本文利用单细胞多组学技术研究了DNMT3A R882突变在人类克隆造血中的影响	首次通过单细胞多组学技术捕获了DNMT3A R882突变个体的基因型、转录组和甲基化组，揭示了突变通过选择性低甲基化影响早期祖细胞状态的机制	研究仅限于DNMT3A R882突变个体，且样本量较小	探讨DNMT3A R882突变在克隆造血中的下游效应	DNMT3A R882突变个体的造血祖细胞	数字病理学	血液疾病	单细胞多组学测序	NA	基因型、转录组、甲基化组	少量DNMT3A R882突变个体
9794	2024-09-17	Self-supervised learning of cell type specificity from immunohistochemical images 2022-06-24, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac263 PMID:35758799	研究论文	本文开发了一种从无标签的免疫组化图像中预测蛋白质标记物细胞类型特异性的方法	利用自监督学习目标训练卷积神经网络生成图像嵌入，并通过非线性降维观察模型根据细胞类型和解剖区域对图像进行聚类，无需人工标注图像	NA	改进蛋白质标记物的细胞类型特异性识别	免疫组化图像中的细胞类型特异性	计算机视觉	NA	免疫组化	卷积神经网络	图像	数千个抗体在人体组织中的数据
9795	2024-09-17	Salivary gland organoid culture maintains distinct glandular properties of murine and human major salivary glands 2022-06-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-30934-z PMID:35672412	研究论文	本文介绍了在小鼠和人唾液腺类器官培养中维持特定腺体特性的方法	首次建立了长期的小鼠和人类唾液腺类器官培养，并展示了这些类器官在神经递质刺激下保持腺体功能的能力	未提及具体限制	开发一种实验平台，用于探索组织再生和抗癌治疗时代的精准医学	小鼠和人类唾液腺类器官	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因和蛋白质表达数据	小鼠和人类唾液腺细胞
9796	2024-09-16	Reconstitution of the Multiple Myeloma Microenvironment Following Lymphodepletion with BCMA CAR-T Therapy 2024-Sep-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-0352 PMID:39024031	研究论文	研究了BCMA CAR-T细胞疗法后多发性骨髓瘤微环境的重组	揭示了BCMA CAR-T疗法后多发性骨髓瘤微环境的动态变化，并提供了预测治疗反应性的线索	样本量较小，仅涉及七名患者	研究BCMA CAR-T细胞疗法后多发性骨髓瘤微环境的重组	多发性骨髓瘤患者的骨髓样本	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	14个骨髓样本，来自7名患者
9797	2024-09-15	Computational Strategies and Algorithms for Inferring Cellular Composition of Spatial Transcriptomics Data 2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae057 PMID:39110523	综述	本文综述了空间转录组学数据中细胞成分推断的计算策略和算法	总结了最新的细胞比例估计进展，并展望了该领域的未来方向	当前空间技术无法直接测量细胞信息，只能通过空间点进行特征化	总结和展望空间转录组学数据中细胞成分推断的计算方法	空间转录组学数据中的细胞成分	生物信息学	NA	空间转录组学技术	NA	转录组数据	NA
9798	2024-09-16	Exploring the relationship between the interleukin family and lung adenocarcinoma through Mendelian randomization and RNA sequencing analysis 2024-Sep-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01325-1 PMID:39264458	研究论文	本研究通过孟德尔随机化和RNA测序分析探索白细胞介素家族与肺腺癌之间的关系	首次通过孟德尔随机化和RNA测序分析揭示了白细胞介素因子与肺腺癌发生和进展的因果关系	研究主要基于数据集分析，缺乏体内实验验证	揭示白细胞介素因子与肺腺癌之间的关联	白细胞介素因子与肺腺癌	数字病理学	肺癌	RNA测序	NA	RNA	多个中心的患者样本
9799	2024-09-16	Cellular origin and clonal evolution of human dedifferentiated liposarcoma 2024-Sep-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52067-1 PMID:39266532	研究论文	研究了人类去分化脂肪肉瘤的细胞起源和克隆进化	通过单细胞RNA测序、DNA测序、原位多重免疫荧光和功能实验，揭示了去分化脂肪肉瘤中肿瘤脂肪干细胞的起源及其在克隆进化中的作用	NA	探讨去分化脂肪肉瘤的细胞起源和克隆进化机制	去分化脂肪肉瘤中的肿瘤脂肪干细胞及其在肿瘤微环境中的作用	数字病理学	脂肪肉瘤	单细胞RNA测序、DNA测序、原位多重免疫荧光	NA	基因组数据	来自原发性去分化脂肪肉瘤肿瘤的配对WD和DD成分
9800	2024-09-16	Maf expression in B cells restricts reactive plasmablast and germinal center B cell expansion 2024-Sep-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52224-6 PMID:39266537	研究论文	本文研究了Maf在B细胞中的表达对反应性浆母细胞和生发中心B细胞扩张的限制作用	首次揭示了Maf在B细胞中作为负调控因子，限制了浆母细胞的增殖和生发中心B细胞的形成	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类B细胞的研究	探讨Maf在B细胞分化和适应性免疫反应中的作用	小鼠B细胞中的Maf表达	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	Maf缺陷小鼠和野生型对照小鼠的脾脏B细胞