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当前共找到 34043 篇文献，本页显示第 961 - 980 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 961 | 2025-12-04 |
Immune cell type divergence in a basal chordate
2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.20.655184
PMID:40661343
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序等技术，定义了基础脊索动物血细胞状态的身份，揭示了其分化层次和免疫细胞类型的多样性 | 首次在基础脊索动物中应用单细胞RNA测序结合杂交和活体报告基因技术，系统性地定义了血细胞状态，并扩展了脊索动物免疫细胞的已知谱系 | 研究主要基于单一物种，且无脊椎动物免疫细胞的分子特征描述有限，与脊椎动物免疫细胞类型的同源性仍不明确 | 探究基础脊索动物免疫细胞类型的进化与分化，以理解细胞类型在进化中的适应性变化 | 基础脊索动物的循环血细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序, 杂交, 活体报告基因 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 962 | 2025-12-04 |
Neural signaling contributes to heart formation and growth in the invertebrate chordate, Ciona robusta
2025-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.28.651085
PMID:40654768
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研究论文 | 本研究揭示了神经肽速激肽与经典Wnt信号通路共同调控海鞘心肌祖细胞增殖的机制 | 首次在海鞘模型中阐明神经信号（速激肽）与Wnt信号协同调控心脏发育，并发现神经元细胞直接支配心肌祖细胞 | 研究主要基于无脊椎脊索动物模型，结论在脊椎动物中的普适性需进一步验证 | 探究神经信号在心脏发育与生长调控中的作用机制 | 海鞘（Ciona robusta）成体心脏组织 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR-Cas9基因敲除、药理学抑制 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 963 | 2025-12-04 |
CXCL6 Orchestrates Macrophage-Driven Inflammation in Diabetic Kidney Disease and Represents a Druggable Target
2025 Jan-Dec, Kidney diseases (Basel, Switzerland)
DOI:10.1159/000548806
PMID:41321788
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研究论文 | 本研究通过整合分析转录组数据，发现CXCL6是糖尿病肾病中驱动肾小管间质炎症的关键介质，并筛选出潜在抑制剂水溶性丹酚酸B | 首次将CXCL6确立为糖尿病肾病中连接肾小管损伤与巨噬细胞驱动炎症的核心枢纽基因，并通过虚拟筛选发现其新型抑制剂 | 研究主要基于细胞和小鼠模型，临床转化效果需进一步验证；虚拟筛选发现的抑制剂需更多实验确认其特异性 | 阐明糖尿病肾病肾小管间质损伤的分子机制并寻找治疗靶点 | 糖尿病肾病患者的肾脏组织、HK-2和THP-1细胞系、糖尿病肾病小鼠模型 | 生物信息学与分子生物学 | 糖尿病肾病 | 加权基因共表达网络分析、差异表达分析、单细胞RNA测序、虚拟筛选 | NA | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 三个糖尿病肾病转录组数据集、患者肾脏组织、细胞系和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 964 | 2025-12-04 |
CancerTrace: Multi-stage single-cell analysis of networked cancer evolution for driver and modulator gene identification
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.11.014
PMID:41322005
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CancerTrace的时间感知计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中识别癌症驱动基因及其上游调控因子 | 该框架结合转移熵和稀疏条件结构于变分贝叶斯模型中，能够直接从scRNA-seq数据中恢复动态、患者特异性的调控机制，无需匹配DNA或外部扰动数据 | 研究仅基于三名肺腺癌患者的九个纵向scRNA-seq文库，样本量较小，可能限制结果的普遍性 | 识别患者特异性癌症驱动基因及其上游调控因子，以推进机制理解和精准肿瘤学 | 肺腺癌患者的单细胞RNA测序数据 | 计算生物学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | 变分贝叶斯模型 | 单细胞RNA测序数据 | 三名肺腺癌患者的九个纵向scRNA-seq文库 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 965 | 2025-12-04 |
HeartMAP: A multi-chamber spatial framework for cardiac cell-cell communication
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.11.015
PMID:41322007
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研究论文 | 本研究提出了一个名为HeartMAP的计算框架，用于在心脏腔室分辨率下推断细胞间通讯网络 | 开发了首个能够整合单细胞RNA-seq共表达模式和配体-受体相互作用数据库，以解析心脏四个不同腔室特异性细胞通讯网络的计算平台 | 研究基于七名健康供体的数据，未包含疾病状态样本，且框架的性能依赖于现有配体-受体数据库的完整性 | 阐明心脏四个不同腔室内及腔室间的细胞通讯网络，为精准心脏病学提供分子基础 | 人类心脏细胞 | 计算生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 计算框架（包含基础流程分析、高级通讯建模和多腔室图谱构建的三层分析方法） | 单细胞RNA-seq数据 | 来自7名健康人类心脏供体的287,269个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 966 | 2025-12-04 |
NK cell-associated long non-coding RNAs reveal heterogeneity of colorectal cancer immune microenvironment
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1615942
PMID:41322425
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA-seq和TCGA-COAD/READ批量转录组数据，构建了一个基于NK细胞相关长链非编码RNA的预后模型，用于预测结直肠癌患者的预后 | 首次系统性地利用NK细胞相关lncRNAs构建结直肠癌预后模型，并揭示了AC010319.3通过抑制IFN-γ和颗粒酶B表达来减弱NK细胞毒性、促进结直肠癌细胞增殖和侵袭的新机制 | 研究主要基于回顾性数据，需要进一步的前瞻性临床验证；样本量相对有限，特别是独立临床样本仅76例 | 开发基于NK细胞相关lncRNAs的预后模型，以预测结直肠癌患者的预后并探索其在肿瘤免疫微环境中的调控作用 | 结直肠癌患者及其肿瘤组织样本 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA-seq, 批量转录组测序 | Cox回归模型, LASSO回归 | RNA-seq数据 | TCGA-COAD/READ数据集及76例独立临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | Smartseq2 | GSE146771_Smartseq2单细胞RNA-seq平台 |
| 967 | 2025-12-04 |
Single-cell atlas of the tumor immune microenvironment across syngeneic murine models
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1676581
PMID:41322421
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，构建了十种同基因小鼠肿瘤模型中的肿瘤免疫微环境图谱，并深入分析了免疫细胞亚群及其在抗PD-1治疗中的功能相关性 | 首次在多种同基因小鼠肿瘤模型中系统性地绘制了肿瘤免疫微环境的单细胞图谱，并识别了与抗PD-1治疗响应相关的干扰素刺激基因高表达单核细胞亚群 | 研究仅基于小鼠模型，结果向人类肿瘤的转化需进一步验证；且样本数量有限，可能无法完全覆盖所有肿瘤类型的免疫微环境异质性 | 全面解析肿瘤免疫微环境的细胞组成和异质性，并探究其在免疫治疗响应中的作用 | 从十种同基因小鼠肿瘤模型中分离的CD45+免疫细胞 | 数字病理学 | 多种癌症类型 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 十种同基因小鼠肿瘤模型，代表七种不同癌症类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 968 | 2025-12-04 |
Integrated multi-omics analysis reveals key hub genes and mechanisms in calcific aortic stenosis
2025, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2025.1640014
PMID:41322480
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学分析，揭示了钙化性主动脉瓣狭窄的关键枢纽基因及其机制 | 结合转录组、蛋白质组和单细胞RNA测序数据，系统性地识别了16个枢纽基因，并验证了MMP9和PLAU在单核细胞和巨噬细胞促炎效应中的作用 | 样本量较小（仅16例患者），且未进行功能验证实验以确认基因的因果作用 | 识别钙化性主动脉瓣狭窄的致病基因，以提供心脏病理学和治疗的新见解 | 主动脉瓣（来自8名AS患者和8名非AS患者） | 生物信息学 | 心血管疾病 | bulk RNA-seq, 蛋白质组测序, 单细胞RNA测序 | edgeR, GO, KEGG, GSEA, 五种算法（未指定具体名称） | 转录组数据, 蛋白质组数据, 单细胞RNA测序数据 | 16例患者（8例AS, 8例非AS） | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 969 | 2025-12-04 |
Investigating the molecular mechanisms of resveratrol in treating diabetic foot ulcers: a comprehensive analysis of network pharmacology and experiment validation
2025, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2025.1708426
PMID:41322696
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研究论文 | 本研究通过整合网络药理学、生物信息学分析和实验验证，探讨了白藜芦醇治疗糖尿病足溃疡的分子机制 | 首次通过生物信息学分析和机器学习算法联合鉴定出白藜芦醇/糖尿病足溃疡关键基因（RDGs），并揭示了其在免疫微环境和细胞异质性中的作用 | 研究主要基于公共数据库和计算预测，实验验证部分相对有限，需要进一步的功能性研究来确认机制 | 探究白藜芦醇治疗糖尿病足溃疡的分子机制，以改善临床管理 | 糖尿病足溃疡相关的基因表达数据和生物标志物 | 生物信息学 | 糖尿病足溃疡 | 网络药理学、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、机器学习、单细胞RNA测序、分子对接、免疫组织化学 | 机器学习算法（未指定具体模型） | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 970 | 2025-12-04 |
Metabolic-stem cell crosstalk in PD: NK1 cells as key mediators from a bioinformatics perspective
2025, Frontiers in neurology
IF:2.7Q3
DOI:10.3389/fneur.2025.1681261
PMID:41323222
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析揭示了帕金森病中BMX和CA4作为关键枢纽基因，并建立了CA4-NK1-PD轴的新机制 | 首次从代谢和干细胞角度整合分析，识别出CA4在NK1细胞亚型中的特异性表达，并提出了CA4-NK1-PD轴作为潜在治疗靶点 | 研究主要基于生物信息学分析和动物模型验证，尚未在人类临床样本中进行广泛验证 | 阐明帕金森病的分子发病机制并识别新的候选生物标志物 | 帕金森病相关的基因表达数据、动物模型以及单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 帕金森病 | 生物信息学分析、qRT-PCR、Western blotting、单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | GEO数据集中的帕金森病队列数据及动物标本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 971 | 2025-12-04 |
Single-cell RNA sequencing data analysis of the inner ear in gentamicin-treated mice via intraperitoneal injection
2025, Open medicine (Warsaw, Poland)
DOI:10.1515/med-2025-1242
PMID:41323644
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了腹腔注射庆大霉素对小鼠内耳细胞的影响机制 | 首次利用单细胞RNA测序技术系统分析庆大霉素腹腔注射后小鼠内耳细胞的转录组变化，并探讨了地塞米松的保护作用 | 研究仅使用昆明小鼠，样本量较小，且未进行长期观察或机制验证实验 | 阐明庆大霉素腹腔注射引起耳毒性的细胞和分子机制 | 小鼠内耳细胞，包括外毛细胞、支持细胞和免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 耳毒性听力损失 | 单细胞RNA测序 | Seurat分析流程 | 单细胞转录组数据 | 昆明小鼠，分为正常对照组、庆大霉素组和庆大霉素+地塞米松组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 972 | 2025-12-04 |
pyALRA: python implementation of low-rank zero-preserving approximation of single cell RNA-seq
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf279
PMID:41323649
|
研究论文 | 本文介绍了pyALRA，一个用于单细胞RNA-seq数据插补的Python实现，旨在提高工具的可访问性和计算效率 | 通过Python重新实现(r-)ALRA R包，实现了低秩零保留近似方法，并在速度和内存消耗上有所改进 | 未在摘要中明确提及具体局限性 | 开发一个高效且易于访问的单细胞RNA-seq预处理和校正工具 | 单细胞RNA-seq数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq | 低秩零保留近似模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 973 | 2025-12-04 |
Clustering single-cell RNA sequencing data via iterative smoothing and self-supervised discriminative embedding
2024-07, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-024-03074-5
PMID:38834657
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研究论文 | 本文提出了一种名为scRISE的深度聚类方法，用于单细胞RNA测序数据，通过迭代平滑和自监督判别嵌入来改善数据表示和聚类质量 | scRISE模型结合了基于图自编码器的迭代平滑模块和具有自适应相似性阈值的自监督判别嵌入模块，以去噪数据并优化聚类 | NA | 解决单细胞RNA测序数据聚类中相似性度量的鲁棒性挑战，以识别细胞类型和细胞间相互作用 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 图自编码器 | 基因表达数据 | 十七个scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 974 | 2025-12-04 |
Ursa: A Comprehensive Multiomics Toolbox for High-Throughput Single-Cell Analysis
2023-12-01, Molecular biology and evolution
IF:11.0Q1
DOI:10.1093/molbev/msad267
PMID:38091963
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研究论文 | 本文介绍了一个名为Ursa的自动化单细胞多组学R软件包，旨在为非生物信息学专家提供一站式单细胞分析解决方案 | 开发了首个集成6种自动化单细胞组学和空间转录组学工作流程的综合工具箱，通过自动化流程降低生物信息学分析门槛 | 未提及该工具包在特定疾病数据集上的验证效果，也未说明与现有工具的基准比较结果 | 开发易用的生物信息学工具以加速单细胞多组学研究，弥合生物信息学专家与非专家之间的技术鸿沟 | 单细胞多组学数据分析工具 | 生物信息学 | NA | 单细胞多组学分析 | 自动化分析流程 | 基因组学、转录组学、表观遗传学、蛋白质组学、免疫组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 975 | 2025-12-04 |
Population-level integration of single-cell datasets enables multi-scale analysis across samples
2023-11, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-02035-2
PMID:37813989
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研究论文 | 本文介绍了scPoli，一种用于整合单细胞数据集以支持跨样本多尺度分析的开源学习方法 | 提出了一种开放世界学习框架，能够整合异构队列数据，学习样本和细胞的表示，适用于数据整合、标签转移和参考映射 | 未明确说明方法在处理极大规模数据集时的计算效率或特定技术限制 | 开发一种工具以整合人群水平的单细胞图谱数据，实现样本与细胞数据的关联分析 | 肺和外周血单核细胞的单细胞图谱数据，包括约780万个细胞和2375个样本 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 生成模型 | 单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据 | 约780万个细胞，来自2375个样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 976 | 2025-12-04 |
Spatial transcriptomics reveals the distinct organization of mouse prefrontal cortex and neuronal subtypes regulating chronic pain
2023-11, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-023-01455-9
PMID:37845544
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术揭示了小鼠前额叶皮层在细胞类型组成和基因表达模式上的独特性，并识别了调节慢性疼痛的特定神经元亚型和环路 | 首次通过空间分辨单细胞转录组分析，系统描绘了成年小鼠前额叶皮层的细胞与环路组织，并发现了其与邻近皮层区域的差异，以及神经元亚型在慢性疼痛中的特异性作用 | 研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需进一步验证；空间转录组学技术可能受分辨率限制，影响细胞亚型精细识别 | 解码前额叶皮层在认知、情感、执行功能和疼痛处理等多样功能中的细胞与环路组织机制 | 成年小鼠的前额叶皮层组织 | 空间转录组学 | 慢性疼痛 | 空间分辨单细胞转录组分析 | NA | 空间转录组数据 | 未明确指定样本数量，基于成年小鼠前额叶皮层组织 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 977 | 2025-12-04 |
DNA-binding protein PfAP2-P regulates parasite pathogenesis during malaria parasite blood stages
2023-11, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-023-01497-6
PMID:37884813
|
研究论文 | 本研究鉴定并表征了恶性疟原虫中一个关键的AP2转录因子PfAP2-P，揭示了其在疟原虫血液阶段发育、致病性和有性阶段转换中的调控作用 | 首次系统性地揭示了PfAP2-P作为上游转录调控因子，在疟原虫血液阶段发育周期中两个不同时间点的表达高峰及其对多种致病相关基因的调控机制 | 研究主要基于体外实验和测序数据，体内功能验证和具体调控通路的分子机制仍需进一步探索 | 探究疟原虫血液阶段发育中转录因子对致病性的调控机制 | 恶性疟原虫（Plasmodium falciparum）及其AP2转录因子PfAP2-P | 分子生物学与寄生虫学 | 疟疾 | 染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、荧光激活细胞分选（FACS） | NA | 基因组测序数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 978 | 2025-12-04 |
A new Bayesian factor analysis method improves detection of genes and biological processes affected by perturbations in single-cell CRISPR screening
2023-11, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-02017-4
PMID:37770710
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研究论文 | 本文提出了一种名为引导稀疏因子分析（GSFA）的新统计方法，用于分析单细胞CRISPR筛选数据，以提高检测受遗传扰动影响的基因和生物过程的效率 | GSFA通过推断代表共调控基因或基因模块的潜在因子，并借用这些因子的信息来推断遗传扰动对单个基因的影响，从而在检测扰动效应方面比现有方法具有更高的统计功效 | NA | 开发一种统计方法以更有效地分析单细胞CRISPR筛选数据，检测受遗传扰动影响的基因和生物过程 | 单细胞CRISPR筛选数据，具体来自人类CD8 T细胞和神经祖细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序，CRISPR筛选 | 贝叶斯因子分析，引导稀疏因子分析（GSFA） | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 979 | 2025-12-04 |
The cellular states and fates of shed intestinal cells
2023-11, Nature metabolism
IF:18.9Q1
DOI:10.1038/s42255-023-00905-9
PMID:37857731
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研究论文 | 本研究通过批量及单细胞RNA测序分析雄性小鼠肠道粪便洗涤物，揭示了脱落肠上皮细胞在肠道腔内的存活状态及功能 | 首次证明脱落肠上皮细胞在肠道腔内保持活性，并上调独特的抗菌程序，同时识别了免疫细胞的脱落现象及其在结肠炎中的增加 | 技术限制先前阻碍了对脱落肠细胞状态和命运的研究，本研究可能受限于小鼠模型和粪便样本的复杂性 | 探究脱落肠细胞的细胞状态、命运及其在肠道腔内的潜在功能 | 雄性小鼠的肠道粪便洗涤物中的脱落肠上皮细胞和免疫细胞 | 单细胞组学 | 结肠炎 | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 雄性小鼠肠道粪便洗涤物样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 980 | 2025-12-04 |
Learning single-cell perturbation responses using neural optimal transport
2023-11, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01969-x
PMID:37770709
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研究论文 | 本文提出CellOT框架，利用最优传输理论和输入凸神经网络架构，从非配对分布中学习单个细胞对扰动的响应 | 结合最优传输理论与输入凸神经网络，首次实现从非配对单细胞数据中学习异质性扰动响应 | 方法依赖于单细胞测量需破坏细胞的限制，仅能处理非配对分布数据 | 预测单细胞在化学、遗传或机械扰动下的分子响应 | 单个细胞 | 机器学习 | NA | scRNA-seq, 多重蛋白质成像技术 | 神经网络 | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质成像数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |