单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
961	2025-07-17	Combining Machine Learning and Multiplexed, In Situ Profiling to Engineer Cell Type and Behavioral Specificity 2025-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.20.660790 PMID:40667316	研究论文	本文介绍了一种结合机器学习和多重原位分析的技术平台ESCargoT，用于加速背侧脊髓中增强子的发现，以实现对神经回路的精确控制	开发了ESCargoT平台，结合机器学习引导的增强子优先级排序、模块化AAV组装和多重筛选，实现了对背侧脊髓中多种细胞类型增强子的高效发现和验证	研究主要针对背侧脊髓，可能不适用于其他神经区域；增强子的功能特异性在跨物种应用中可能存在差异	加速背侧脊髓中增强子的发现，开发针对特定细胞类型的基因靶向工具和基因疗法	背侧脊髓中的少突胶质细胞和15种背角神经元亚型	机器学习	疼痛和瘙痒相关疾病	机器学习、多重AAV组装、原位分析	机器学习模型	染色质可及性数据、空间表达数据	27个增强子-AAV文库在小鼠中进行测试
962	2025-07-17	Thymic DC2 are heterogenous and include a novel population of transitional dendritic cells 2025-Jun-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.13.659520 PMID:40666966	research paper	该研究通过单细胞转录组学和谱系定义小鼠模型，揭示了胸腺髓系细胞的多样性和发育特性，特别是对DC2亚群的异质性进行了详细描述	发现胸腺DC2亚群实际上由4种不同的细胞谱系组成，包括单核细胞来源的DC和巨噬细胞，以及一种新型的CX3CR1+过渡性DC(tDC)群体	研究主要基于小鼠模型，结果在人类系统中的适用性需要进一步验证	阐明胸腺髓系细胞的起源、发育和稳态，特别是DC2亚群的异质性	胸腺髓系细胞，特别是DC2亚群	免疫学	NA	单细胞转录组学，谱系定义小鼠模型	NA	单细胞RNA测序数据	NA
963	2025-07-17	Exact Expectation of Complete Spatial Randomness for Nearest Neighbor G ( r ): A Scalable Alternative to Permutations 2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.11.659088 PMID:40666920	research paper	本文提出了一种无需置换的精确计算方法，用于计算最近邻G(r)的完全空间随机性（CSR）的期望值和方差，以提高计算效率和可重复性	提出了闭式解析解，用于快速计算样本特定的CSR期望值和方差，避免了计算成本高昂的置换方法	方法假设样本满足空间随机性，而实际生物系统可能不满足这一假设	开发一种快速、可重复的空间分析方法，用于流行病学、组织生物学等领域	透明细胞肾细胞癌样本中的细胞空间分布	空间分析	肾癌	多重免疫荧光	NA	空间数据	30个模拟点和1个真实透明细胞肾细胞癌样本
964	2025-07-17	Non-disruptive 3D profiling of combinations of epigenetic marks in single cells 2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.13.659535 PMID:40666962	研究论文	开发了一种名为Epi-PHR的非破坏性图像单细胞空间表观遗传分析技术，用于检测单细胞中多个表观遗传标记的组合，同时保持基因组的3D结构	Epi-PHR技术首次实现了在单细胞水平上高分辨率、位点特异性地检测表观遗传标记组合，并保留基因组的3D结构	技术可能仍存在检测灵敏度和通量的限制，且尚未在大规模样本中得到验证	研究单细胞三维表观基因组组织及其与染色质构象的关系	海马体组织切片中的单细胞	表观遗传学	NA	Epi-PHR（表观遗传邻近杂交反应）技术	NA	图像数据	数百个单基因靶点在单个细胞内
965	2025-07-17	The Human LRRK2-R1441G Mutation Drives Age-Dependent Oxidative Stress and Mitochondrial Dysfunction in Dopaminergic Neurons 2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.16.660029 PMID:40667152	研究论文	研究LRRK2-R1441G突变如何影响中脑多巴胺神经元的线粒体功能	揭示了LRRK2-R1441G突变导致的多巴胺神经元中线粒体功能障碍和氧化应激的年龄依赖性变化	研究仅基于转基因小鼠模型，未涉及人类样本	探讨LRRK2-R1441G突变在帕金森病发病机制中的作用	中脑多巴胺神经元	神经科学	帕金森病	双光子成像、空间转录组学、GeoMx Digital Spatial Profiler	BAC转基因小鼠模型	图像、转录组数据	3、6和10个月大的转基因小鼠
966	2025-07-17	Spatially-distinct programming of macrophage diversity within the granulomas of Mycobacterium tuberculosis infected nonhuman primates 2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.12.659348 PMID:40667206	研究论文	通过单细胞RNA测序和免疫荧光技术，研究了非人灵长类动物早期结核病模型中巨噬细胞在肺组织和肉芽肿中的表型和功能多样性	首次在非人灵长类动物模型中揭示了结核病肉芽肿中巨噬细胞的空间分布和功能多样性，并发现胚胎来源的组织驻留肺泡巨噬细胞和经历上皮-间质转化的亚群是结核分枝杆菌感染的主要细胞	研究仅针对早期结核病模型，未涵盖疾病进展的后期阶段	探究结核病肉芽肿中巨噬细胞的表型和功能多样性及其在结核病发病机制中的作用	非人灵长类动物早期结核病模型中的巨噬细胞	免疫学	结核病	单细胞RNA测序, 免疫荧光	NA	RNA-seq数据, 图像数据	非人灵长类动物早期结核病模型的肺组织和肉芽肿样本
967	2025-07-17	CrebA regulation of secretory capacity: Genome-wide transcription profiling coupled with in vivo DNA binding studies 2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.12.659381 PMID:40667345	研究论文	本研究通过DNA结合实验、表达分析和结合位点突变揭示了果蝇CrebA转录因子通过直接调控分泌途径组分基因（SPCGs）来增强胚胎唾液腺的分泌能力	发现CrebA及其哺乳动物同源物Creb3L家族在增强分泌能力中的高度保守作用，并通过单细胞RNA测序技术探索了CrebA结合与基因调控的关系	尚不清楚是什么区分了功能性结合，以及CrebA是否是驱动所有果蝇胚胎组织中SPCG基因表达的主要因子，或是否还调控其他组织特异性功能	探究CrebA转录因子在增强分泌能力中的作用及其调控机制	果蝇胚胎唾液腺及其分泌途径组分基因（SPCGs）	分子生物学	NA	DNA结合实验、表达分析、结合位点突变、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	野生型和CrebA缺失型果蝇胚胎
968	2025-07-17	Single-Cell Profiling of Lichen Planus Reveals Type I IFN Response Triggering the Interface Dermatitis Reaction 2025-Jun-09, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.04.043 PMID:40499747	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了扁平苔藓（LP）皮肤病变中I型干扰素（IFN）反应在界面皮炎反应中的关键作用	首次在LP病变皮肤中鉴定出I型IFN富集环境，并揭示了IFN对炎症性角质形成细胞和成纤维细胞的独特影响，以及IFN-β在角质形成细胞与CD8 T细胞相互作用中的功能效应	研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内复杂环境	探究LP的免疫发病机制及驱动界面皮炎反应的潜在机制	扁平苔藓患者病变皮肤与健康对照皮肤	免疫学	皮肤病	单细胞RNA测序	体外共培养模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量（LP患者与健康对照皮肤样本）
969	2025-07-17	OrgaCCC: Orthogonal graph autoencoders for constructing cell-cell communication networks on spatial transcriptomics data 2025-Jun, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013212 PMID:40577399	研究论文	提出了一种基于正交图自编码器的方法OrgaCCC，用于在空间转录组数据上构建细胞间通讯网络	使用两个正交耦合的变分图自编码器在细胞/点和基因维度上捕获特征，并通过最大化重建特征之间的相似性来结合它们	依赖于基因表达谱、空间位置和配体-受体关系的信息，可能受限于这些数据的质量和覆盖范围	提高细胞间通讯推断的准确性和可靠性	空间转录组数据中的细胞间通讯	生物信息学	NA	空间转录组学	变分图自编码器	基因表达数据、空间位置数据	五个空间转录组数据集
970	2025-07-17	Mechanisms of Sepsis from a Metabolic Immunology Perspective: A Bidirectional Mendelian Randomization and Single-Cell Sequencing Study of CD39+ Cells 2025-May-27, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002633 PMID:40663487	研究论文	该研究通过双向孟德尔随机化和单细胞测序技术，探讨了CD39+细胞在脓毒症发病机制中的代谢免疫学作用	首次整合双向孟德尔随机化和单细胞转录组学方法，揭示了CD39+CD8+T细胞通过代谢中间体如硫酸雄酮促进脓毒症进展的新机制	研究样本量相对有限，且仅分析了特定数据库的单细胞数据	阐明免疫表型与代谢物在脓毒症发病中的相互作用机制	脓毒症患者和对照组的免疫细胞及代谢物	代谢免疫学	脓毒症	双向孟德尔随机化(MR), 单细胞转录组测序	NA	基因组关联研究(GWAS)数据, 单细胞RNA测序数据	11,643例脓毒症病例, GSE167363数据库的脓毒症与对照样本
971	2025-07-17	Molecular pathology of acute spinal cord injury in middle-aged mice 2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.08.652873 PMID:40463189	研究论文	本研究比较了年轻和中老年小鼠在脊髓损伤后的行为、组织病理学和转录组学结果	首次对中老年小鼠脊髓损伤后的转录组学变化进行了全面研究	研究仅局限于小鼠模型，结果可能无法完全适用于人类	探究年龄对脊髓损伤病理生物学的影响	年轻(2-4个月)和中老年(10-12个月)小鼠	分子病理学	脊髓损伤	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	年轻和中老年小鼠群体
972	2025-07-17	Long-read sequencing transcriptome quantification with lr-kallisto 2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.19.604364 PMID:39071335	研究论文	本文介绍了一种名为lr-kallisto的方法，用于长读长测序数据的转录本定量分析	开发了lr-kallisto方法，将kallisto的RNA-seq定量方法适配于长读长测序技术，提高了定量分析的准确性和速度	未提及具体样本量或实验验证的广泛性	解决长读长测序数据中转录本异构体定量分析的生物信息学挑战	长读长测序数据中的转录本异构体	生物信息学	NA	ONT长读长测序	kallisto	RNA-seq数据	NA
973	2025-07-17	Overexpression of CX3CL1-CX3CR1 Signaling in the Stria Vascularis rather than the Basilar Membrane May Be the Trigger for Inflammaging in the Cochlea 2025, ORL; journal for oto-rhino-laryngology and its related specialties DOI:10.1159/000545134 PMID:40058359	研究论文	探讨CX3CL1-CX3CR1信号通路在耳蜗炎症衰老中的作用	首次揭示CX3CL1在耳蜗血管纹基底细胞中的过表达可能是激活老年性听力损失局部炎症微环境的触发点	需要进一步的体内干预实验验证	研究CX3CL1-CX3CR1信号通路在耳蜗炎症衰老中的角色	年轻和老年小鼠的耳蜗	生物医学	老年性听力损失	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光、实时定量PCR、Western blot、迁移实验	NA	基因表达数据、蛋白质数据	年轻和老年小鼠的耳蜗样本
974	2025-07-17	Inhibition of Aspartate β-Hydroxylase Enhances Anti-Tumor Immunity 2025, ImmunoTargets and therapy IF:6.2Q1 DOI:10.2147/ITT.S530987 PMID:40655119	研究论文	本研究探讨了抑制天冬氨酸β-羟化酶（ASPH）对增强抗肿瘤免疫力的影响	揭示了ASPH抑制与DNA疫苗接种联合治疗可显著增强CD8+ T细胞的抗肿瘤反应，并激活NK细胞、巨噬细胞和树突状细胞	研究仅在小鼠TC-1/A9模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	研究ASPH抑制对诱导抗肿瘤免疫力的影响及参与的免疫细胞	小鼠TC-1/A9模型中的肿瘤细胞和免疫细胞	肿瘤免疫学	癌症	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ELISPOT检测	小鼠模型	实验数据	NA
975	2025-07-17	The role of ATF3 in precision medicine of brain arteriovenous malformation: based on endothelial cell proliferation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1567970 PMID:40655140	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和多组学分析，揭示了ATF3在脑动静脉畸形内皮细胞增殖中的关键作用	首次发现ATF3在BAVM发病机制中的关键作用，为BAVM的精准治疗提供了新的可能性	研究主要基于体外细胞实验，需要进一步在动物模型和临床样本中验证	探索脑动静脉畸形的发病机制并开发新的治疗策略	脑动静脉畸形(BAVM)内皮细胞	精准医学	脑动静脉畸形	scRNA-seq, 多组学分析, 细胞实验(CCK-8, RT-qPCR, Transwell等)	NA	单细胞RNA测序数据	NA
976	2025-07-17	Using pseudotime derivative on single-cell RNA sequencing data to identify genes undergoing cell cycle regulation 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf123 PMID:40655197	研究论文	利用单细胞RNA测序数据的伪时间导数识别细胞周期调控基因	开发了一种通过单细胞RNA测序研究细胞周期的方法，避免了传统的细胞周期同步或选择实验	NA	研究细胞周期及其调控组件	细胞周期调控基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	伪时间方法	RNA测序数据	NA
977	2025-07-17	Single-cell analysis reveals the spatiotemporal effects of long-term electromagnetic field exposure on the liver 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1579121 PMID:40655943	研究论文	通过单细胞分析揭示了长期电磁场暴露对肝脏的时空影响	首次系统性评估长期电磁场暴露对肝脏的影响，并利用单细胞RNA测序和时空分辨分析揭示不同肝细胞对电磁辐射的敏感性和反应模式	研究仅在小鼠模型中进行，结果可能无法完全适用于人类	评估长期电磁场暴露对肝脏的影响	小鼠肝脏	生物医学	NA	单细胞RNA测序、脂质组学分析、组织学分析	NA	RNA测序数据、脂质组数据、组织学图像	小鼠暴露于2.45 GHz电磁场长达5个月
978	2025-07-17	Multi-Omics Analysis Reveals the transforming growth factor-β Signaling-Driven Multicellular Interactions with Prognostic Relevance in Cervical Cancer Progression 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.114505 PMID:40657372	研究论文	通过多组学分析揭示了转化生长因子-β信号驱动的多细胞相互作用在宫颈癌进展中的预后相关性	首次在单细胞分辨率下系统描绘了宫颈癌进展阶段肿瘤微环境（TME）的重塑过程，并发现了一个新的转移相关上皮亚群（Epi0_AGR2）以及TGF-β驱动的细胞协同作用作为转移开关	样本量相对较小（scRNA-seq n=11），需要在更大规模的队列中进行验证	解析宫颈癌进展中肿瘤微环境异质性的时空演变及其预后意义	宫颈癌患者的原发灶（局部n=3、区域n=4、转移n=4）和TCGA-CESC队列（n=304）	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、多重免疫组化（mIHC）	计算模型（基于TME转移生态位特征）	单细胞转录组数据、空间转录组数据、批量转录组数据	scRNA-seq样本11例（局部3例/区域4例/转移4例），TCGA队列304例
979	2025-07-17	Integration of Multi-Scale Profiling and Machine Learning Reveals the Prognostic Role of Extracellular Matrix-Related Cancer-Associated Fibroblasts in Lung Adenocarcinoma 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.113580 PMID:40657391	研究论文	本研究通过多尺度分析和机器学习，揭示了细胞外基质相关癌症相关成纤维细胞（eCAFs）在肺腺癌（LUAD）中的预后作用	首次将eCAFs与SPP1+巨噬细胞的相互作用机制作为肺腺癌进展和预后的关键因素，并开发了一个包含28个eCAFs相关基因的预后模型	需要进一步的实验验证	探索肺腺癌的新型治疗靶点和预后策略	肺腺癌（LUAD）患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序，机器学习	机器学习算法	转录组数据	15个LUAD肿瘤样本，整合了TCGA、GSE31210、GSE72094等多队列数据
980	2025-07-17	DISSyphilis and the risk of HIV infection: A Mendelian randomization study 2024-Jul-31, AIDS research and human retroviruses IF:1.5Q4 DOI:10.1089/AID.2024.0005 PMID:39086230	研究论文	通过孟德尔随机化分析评估梅毒对HIV感染的因果效应	揭示了梅毒与HIV感染之间的直接因果关系，并发现RPAIN基因上调可能是促进HIV感染进展的关键因素	研究依赖于基因组关联研究的数据，可能存在未测量的混杂因素	评估梅毒对HIV感染的因果效应	梅毒和HIV感染	遗传流行病学	HIV感染	孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序	加权中位数、MR Egger、逆方差加权	基因组关联研究数据、单细胞RNA测序数据	NA