单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
961	2025-09-02	Spatiotemporal R-loop accumulation orchestrates microenvironmental remodeling after spinal cord injury 2025-Oct-01, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.107055 PMID:40789519	研究论文	本研究首次报道脊髓损伤后R-loop积累通过神经炎症驱动神经退行性变，并揭示其与微环境重塑的关联	首次发现R-loop在神经损伤背景下的积累现象及其通过神经炎症介导神经退行性变的机制	研究基于动物模型（夹挫伤模型），结果向人类临床应用的转化需进一步验证	探究脊髓损伤后R-loop积累的时空动态及其对微环境重塑的影响	脊髓损伤模型中的新鲜脊髓组织（包括灰质和白质）	神经科学	脊髓损伤	空间转录组学、免疫荧光染色、单细胞分析、HE/LFB染色、细胞反卷积计算	NA	基因表达数据、空间转录组数据、单细胞数据、组织图像数据	损伤腔组织（50-100mg），在损伤后0、1、3、7、14天多个时间点采集
962	2025-09-02	Unveiling the role of TAM-derived extracellular vesicles in glioma progression through Treg polarization and immune suppression 2025-Sep, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03497-8 PMID:40681801	研究论文	本研究揭示了肿瘤相关巨噬细胞（TAM）来源的细胞外囊泡（EVs）通过诱导调节性T细胞（Treg）分化和免疫抑制促进胶质瘤进展的机制	首次发现TAM EVs通过下调BPI蛋白诱导Treg分化，并证实其在体内促进胶质瘤生长和免疫抑制	NA	阐明TAM来源EVs在胶质瘤进展中的作用机制	胶质瘤肿瘤微环境中的TAMs和Tregs	肿瘤免疫学	胶质瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	小鼠胶质瘤模型
963	2025-09-02	Natural small molecule bergapten ameliorates rheumatoid arthritis by targeting STAT3 2025-Sep, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107878 PMID:40714303	研究论文	研究发现天然小分子佛手柑素通过靶向STAT3改善类风湿性关节炎	首次报道佛手柑素作为STAT3抑制剂治疗RA，并利用scRNA-seq揭示其调控炎症细胞互作的机制	机制研究部分依赖动物模型，尚未进行临床验证	探索天然小分子治疗类风湿性关节炎的疗效与机制	胶原诱导关节炎大鼠模型及滑膜组织细胞	生物医学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	动物疾病模型	基因表达数据	胶原诱导关节炎大鼠
964	2025-09-02	From molecular chaos to precision medicine in the treatment of cardiac hypertrophy: A rational use of natural products by integrating artificial intelligence and multi-omics data 2025-Sep, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107898 PMID:40754044	综述	本文综述了结合天然产物、人工智能和多组学技术治疗心脏肥大的创新策略	整合AI与多组学数据，提出天然产物在精准医疗中的理性应用新范式	NA	探索心脏肥大的精准药物治疗策略，实现从症状管理向疾病逆转的转变	心脏肥大（CH）的分子机制与治疗靶点	精准医疗	心血管疾病	多组学技术、单细胞空间转录组学、AI驱动方法	机器学习算法	多组学数据	NA
965	2025-09-02	Immunoregulatory Endothelial Cells Interact With T Cells After Myocardial Infarction 2025-Aug-29, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326145 PMID:40735785	研究论文	本研究揭示了心肌梗死后心脏内皮细胞的一种新型免疫调节功能，通过单细胞RNA测序和空间转录组学鉴定出一种免疫调节内皮细胞表型	首次发现并表征了心肌梗死后出现的CD45+CD11b+Cdh5+免疫调节内皮细胞表型(IMEC)，并阐明其通过IFN-γ信号通路诱导T细胞活化的机制	研究主要基于小鼠模型，人类中的相关性和临床转化价值需要进一步验证	探究心肌梗死后内皮细胞的免疫调节功能及其分子机制	小鼠心肌梗死模型中的内皮细胞和T细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 骨髓移植, 谱系追踪实验	NA	基因表达数据, 空间定位数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）
966	2025-09-02	Bacterial Infections Shape Cardiac Macrophages' Response to Ischemia 2025-Aug-29, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325147 PMID:40735767	研究论文	研究细菌感染如何通过改变心脏巨噬细胞特性加剧后续心肌缺血损伤	首次发现细菌感染后心脏巨噬细胞形成两个新亚群，并揭示其通过代谢活性和趋化特性放大缺血后炎症的机制	NA	探究细菌感染对心脏髓系细胞的长期影响及其在后续心肌缺血中的作用	心脏免疫细胞、外周白细胞、骨髓和脾脏中的造血干细胞与祖细胞	免疫学	心血管疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序、纳米颗粒介导的RNA干扰	NA	单细胞转录组数据、流式细胞数据	NA
967	2025-09-02	Leveraging RNA-seq deconvolution to improve complex in vitro model characterization 2025-Jul-21, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110510 PMID:40701251	研究论文	本文评估RNA-seq反卷积方法在复杂体外模型细胞组成分析中的应用与优化	利用公开scRNA-seq数据集通过反卷积方法预测复杂体外模型的细胞比例，并评估不同插补方法对反卷积准确性的提升	反卷积方法的准确性存在显著差异，需依赖不断增长的单细胞数据资源	开发复杂体外模型的表征方法以支持毒理学和药物研发	基于干细胞的人肠道类器官模型和新生啮齿动物睾丸模型	计算生物学	NA	RNA-seq, scRNA-seq, 反卷积分析	NA	bulk RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据	两种复杂体外模型系统
968	2025-09-02	StemDriver: a knowledgebase of gene functions for hematopoietic stem cell fate determination 2024-Jan-05, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkad1063 PMID:37953308	研究论文	介绍了一个名为StemDriver的综合性知识库，专注于造血干细胞命运决定中基因功能的注释	整合了42项研究的单细胞RNA测序数据，构建了从胚胎到成年期的造血全过程谱系图谱，并提供了标准化的数据分析流程	NA	为造血干细胞命运决定研究提供基因功能注释和数据分析支持	人类和小鼠的造血干细胞及相关基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	涵盖42项研究、14种组织类型，评估了人类23,839个基因和小鼠29,533个基因
969	2025-09-02	Amyloid-beta and tau pathologies act synergistically to induce novel disease stage-specific microglia subtypes 2022-12-17, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-022-00589-x PMID:36536457	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了Aβ和tau病理在阿尔茨海默病进展中协同诱导新型疾病阶段特异性小胶质细胞亚型	发现了由Aβ和tau病理协同诱导的疾病阶段特异性小胶质细胞新亚型EADAM和LADAM，并鉴定Siglec基因作为AD进展的生物标志物	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证仍需扩大样本量	探究Aβ和tau病理如何调控阿尔茨海默病进展中的小胶质细胞亚型	小鼠模型和人类脑组织（额上回和内嗅皮层）的小胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, snRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	多个疾病阶段的小鼠模型和人类脑组织样本（具体数量未明确说明）
970	2025-09-01	Exosomal gene signature in esophageal carcinoma: Insights from single-cell and bulk RNA sequencing 2025-Aug-14, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102490 PMID:40816225	研究论文	本研究结合单细胞和bulk RNA测序数据，开发并验证了一个与食管癌外泌体相关的九基因风险特征模型	首次整合单细胞和bulk RNA测序数据构建外泌体相关基因特征，并实验验证HAPLN3的肿瘤抑制功能	需要在外泌体特异性免疫治疗队列中进行进一步验证	开发食管鳞状细胞癌的预后生物标志物并探索其免疫治疗指导潜力	食管鳞状细胞癌(ESCA)患者	生物信息学	食管癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序, LASSO-Cox回归	九基因风险模型	RNA测序数据	TCGA-ESCA、GSE53625、GSE196756等多个队列数据
971	2025-09-01	Enhanced hematopoietic stem cell self-renewal and engraftment through human lung exosomal communication 2025-Aug-11, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.020 PMID:40798884	研究论文	研究发现人肺来源的外泌体通过细胞间通讯增强造血干细胞的自我更新和移植能力	首次揭示肺细胞通过外泌体通讯调控造血干细胞稳态，突破传统骨髓微环境单一调控的认知	研究主要基于实验条件，临床转化潜力尚需进一步验证	探究肺源外泌体对造血干细胞功能的调控机制	人造血干细胞和肺小气道上皮细胞	细胞生物学	血液疾病（镰状细胞病、骨髓衰竭）	单细胞外泌体追踪、单细胞RNA测序、外泌体miRNA分析、蛋白质组学、体内移植实验	NA	单细胞测序数据、miRNA数据、蛋白质数据	NA（未明确样本数量，但涉及原代细胞实验和移植研究）
972	2025-09-01	High-resolution spatial mapping of cell state and lineage dynamics in vivo with PEtracer 2025-Jul-24, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adx3800 PMID:40705858	研究论文	介绍PEtracer技术，一种基于prime editing的演化谱系追踪方法，用于高分辨率绘制细胞状态和谱系动态	开发了兼容单细胞测序和多模态成像的prime editing谱系追踪技术，可在保留组织空间背景的同时联合分析细胞状态和谱系	NA	绘制发育和疾病中细胞命运决定的时空动态	小鼠肿瘤转移模型中的细胞	生物技术	肿瘤	prime editing, MERFISH空间转录组分析	NA	空间转录组数据，成像数据	NA
973	2025-09-01	Spatial isoform sequencing at sub-micrometer single-cell resolution reveals novel patterns of spatial isoform variability in brain cell types 2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.25.661563 PMID:40667010	研究论文	开发并应用高分辨率空间异构体测序技术Spl-ISO-Seq2，揭示小鼠大脑中细胞类型内空间异构体变异的新模式	实现220纳米点大小和500纳米分辨率的亚微米单细胞分辨率空间测序，首次在兴奋性神经元等特定细胞类型中证实空间异构体变异的存在	NA	解析大脑空间转录组中异构体水平的变异模式，区分细胞类型内变异与区域间细胞丰度差异	成年小鼠大脑组织	空间转录组学	NA	Spl-ISO-Seq2, 长读长测序	NA	空间转录组数据	NA
974	2025-09-01	Hepatocyte Apolipoprotein J Accelerates Injury-induced Liver Fibrosis by Activation Signal Transducer and Activator of Transcription 3 Through Ranbp2 Mediated-SUMOylation 2025-Jun-20, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101556 PMID:40545037	研究论文	本研究探讨肝细胞载脂蛋白J通过Ranbp2介导的SUMO化激活STAT3通路，加速损伤诱导的肝纤维化进程	首次揭示ApoJ通过促进STAT3的K679位点SUMO化增强其核转位，激活STAT3通路并驱动肝星状细胞活化的分子机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床验证尚需进一步开展	阐明肝细胞ApoJ调控STAT3通路介导肝星状细胞活化的旁分泌信号机制	肝细胞、肝星状细胞、小鼠模型和肝硬化患者单细胞RNA测序数据	分子病理学	肝纤维化	单细胞RNA测序、基因敲除和过表达模型、细胞培养上清处理	NA	基因表达数据、病理学数据	肝硬化患者和健康对照的单细胞RNA测序数据集，以及多种肝纤维化小鼠模型
975	2025-09-01	Segger: Fast and accurate cell segmentation of imaging-based spatial transcriptomics data 2025-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.14.643160 PMID:40161614	研究论文	提出基于图神经网络的细胞分割工具Segger，用于成像空间转录组数据中快速准确的转录本-细胞分配	将细胞分割转化为转录本-细胞链接预测任务，利用异构图表示和单细胞RNA-seq信息提升分配准确性	NA	解决成像空间转录组技术中转录本细胞来源分配的准确性问题	成像空间转录组数据中的细胞和转录本	数字病理学	NA	成像空间转录组技术，单细胞RNA-seq	图神经网络(GNN)	空间转录组成像数据	多个Xenium数据集基准测试
976	2025-09-01	Integration of Imaging-based and Sequencing-based Spatial Omics Mapping on the Same Tissue Section via DBiTplus 2024-Dec-11, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5398491/v1 PMID:39711562	研究论文	介绍DBiTplus技术，整合基于测序和成像的空间组学方法在同一组织切片上实现转录组和蛋白质组的空间映射	开发了DBiTplus多模态空间组学方法，首次在同一组织切片上结合测序空间转录组和成像空间蛋白质分析，实现单细胞分辨率细胞分型和基因组尺度通路研究	NA	推进对异质性细胞过程的理解并连接细胞类型与功能	小鼠胚胎、正常人淋巴结、人类淋巴瘤FFPE组织	空间组学	淋巴瘤	空间转录组测序、CODEX高复用蛋白质成像、微流控DNA寡核苷酸递送、RNaseH酶处理	NA	空间转录组数据、蛋白质成像数据	多种组织类型包括小鼠胚胎、人淋巴结和淋巴瘤FFPE样本
977	2025-09-01	Role of Dual Specificity Phosphatase 1 (DUSP1) in influencing inflammatory pathways in macrophages modulated by Borrelia burgdorferi lipoproteins 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.20.624562 PMID:39605372	研究论文	本研究探讨了双特异性磷酸酶1（DUSP1）在伯氏疏螺旋体脂蛋白调控巨噬细胞炎症通路中的作用	应用单细胞RNA测序和无偏蛋白质组学方法，首次揭示DUSP1在早期宿主响应中的上调及其对NLRP3炎症信号和线粒体变化的双向调控作用	研究基于小鼠骨髓来源巨噬细胞模型，结果向人体或自然宿主的直接推广需进一步验证	解析宿主细胞对伯氏疏螺旋体脂蛋白的响应机制，并探索DUSP1作为治疗靶点的潜力	小鼠骨髓来源巨噬细胞（BMDMs）	免疫学与感染性疾病	莱姆病	scRNA-Seq, 蛋白质组学分析	NA	转录组数据, 蛋白质组数据	用不同浓度脂蛋白处理的小鼠BMDMs样本
978	2025-09-01	Integration of Imaging-based and Sequencing-based Spatial Omics Mapping on the Same Tissue Section via DBiTplus 2024-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.07.622523 PMID:39605581	研究论文	提出DBiTplus方法，整合基于测序和成像的空间组学技术，在同一组织切片上实现转录组和蛋白质组的空间映射	开发了结合空间转录组测序和高通量蛋白质成像的统一工作流程，首次实现同一组织切片的单细胞分辨率多模态空间组学分析	NA	开发整合多模态空间组学技术的方法，以促进对异质性细胞过程的理解	小鼠胚胎、正常人淋巴结、人类淋巴瘤FFPE组织	空间组学	淋巴瘤	空间转录组测序、CODEX蛋白质成像、微流控DNA寡核苷酸递送	NA	空间转录组数据、蛋白质成像数据	多种组织类型（包括小鼠胚胎、人淋巴结和淋巴瘤组织）
979	2025-09-01	Spatiotemporal lineage tracing reveals the dynamic spatial architecture of tumor growth and metastasis 2024-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.21.619529 PMID:39484491	研究论文	本研究整合空间转录组学和谱系追踪技术，揭示肺腺癌模型中肿瘤生长、可塑性和转移与微环境重塑的协同演化	结合高分辨率空间转录组学与动态谱系追踪技术，首次在时空维度解析肿瘤亚克隆与微环境的共进化关系	研究基于小鼠模型，人类肿瘤的适用性需进一步验证	阐明肿瘤细胞状态与微环境结构如何协同促进肿瘤进展	Kras驱动的肺腺癌小鼠模型	数字病理学	肺癌	空间转录组学, 谱系追踪	NA	空间转录组数据	小鼠模型样本（具体数量未明确说明）
980	2025-09-01	Monocyte Single-Cell Multimodal Profiling in Cardiovascular Disease Risk States 2024-Aug-30, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.324457 PMID:39105287	研究论文	通过单细胞多模态分析揭示心血管疾病风险状态下单核细胞的异质性和功能亚群	首次结合CITE-seq和scRNA-seq技术对超过43万单核细胞进行高维多模态分析，识别出多个功能独特的亚群并验证其存在	NA	解析单核细胞在心血管疾病风险状态下的转录组和表型景观	人类和小鼠模型的单核细胞	单细胞组学	心血管疾病	CITE-seq, 单细胞RNA测序, 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据, 表型数据	437,126个单核细胞