单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
961	2025-04-20	Multiple machine learning algorithms identified SLC6A8 as a diagnostic biomarker of the late stage of Hepatocellular carcinoma 2025-Apr-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02351-3 PMID:40240560	研究论文	本研究通过整合多个数据集和机器学习算法，识别出SLC6A8作为肝细胞癌（HCC）晚期的诊断生物标志物，并探讨了其在免疫细胞浸润中的关联	使用多种机器学习算法（LASSO-LR/SVM-RFE/RF-Boruta）识别SLC6A8作为HCC晚期的诊断生物标志物，并通过单细胞转录组数据进一步验证其表达	研究基于已发表的数据集，可能受限于数据的质量和样本量	识别HCC早期诊断的关键基因，并研究早期和晚期HCC在免疫细胞浸润上的差异	肝细胞癌（HCC）患者	机器学习和生物信息学	肝细胞癌	机器学习算法（LASSO-LR/SVM-RFE/RF-Boruta）、GSEA、ImmuCellAI算法、单细胞转录组分析	LASSO-LR, SVM-RFE, RF-Boruta	基因表达数据、单细胞转录组数据	整合了两个已发表的数据集，具体样本量未明确说明
962	2025-04-20	Integrating bulk, single-cell, and spatial transcriptomics to identify and functionally validate novel targets to enhance immunotherapy in NSCLC 2025-Apr-16, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00893-x PMID:40240582	研究论文	通过整合大量、单细胞和空间转录组数据，识别并功能验证了增强非小细胞肺癌（NSCLC）免疫治疗的新靶点	提出了一个结合坏死性凋亡和自噬基因的多基因标志物CCDI，用于NSCLC患者的生存预后分层和免疫治疗反应预测	研究样本量相对较小，仅验证了12对NSCLC肿瘤和正常组织	识别和验证增强NSCLC免疫治疗的新靶点	非小细胞肺癌（NSCLC）	生物信息学	肺癌	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	转录组数据	12对NSCLC肿瘤和正常组织，5个单细胞RNA测序数据集和2个空间转录组数据集
963	2025-04-20	Targeting LHPP in neoadjuvant chemotherapy resistance of gastric cancer: insights from single-cell and multi-omics data on tumor immune microenvironment and stemness characteristics 2025-Apr-16, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07614-z PMID:40240758	研究论文	本研究通过单细胞和多组学数据分析，揭示了LHPP在胃癌新辅助化疗耐药性中的关键作用及其对肿瘤免疫微环境和干细胞特性的调控机制	首次发现LHPP通过调节GSK-3β磷酸化抑制胃癌干细胞特性和化疗耐药性，并开发了新型干细胞-免疫风险评分系统	研究主要基于TCGA数据库和有限临床样本(141例)，需要更大规模临床验证	探究胃癌新辅助化疗耐药的分子机制并寻找潜在治疗靶点	胃癌患者肿瘤组织(TCGA 375例 + 临床样本141例)	肿瘤基因组学	胃癌	单细胞测序、多组学分析	NA	基因组数据、转录组数据、临床数据	TCGA数据库375例胃癌样本 + 141例临床样本
964	2025-04-20	Deciphering the heterogeneity of epithelial cells in pancreatic ductal adenocarcinoma: implications for metastasis and immune evasion 2025-Apr-16, World journal of surgical oncology IF:2.5Q1 DOI:10.1186/s12957-025-03793-3 PMID:40240899	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术解析胰腺导管腺癌(PDAC)中上皮细胞的异质性及其在肿瘤进展、转移和免疫抑制中的作用	首次在单细胞水平系统揭示了PDAC上皮细胞亚群的异质性特征，发现KLF6等关键基因与免疫调节和转移的关联	研究仅基于两个公开数据集，缺乏实验验证环节	探究PDAC上皮细胞异质性对肿瘤生物学行为的影响	胰腺导管腺癌(PDAC)患者的上皮细胞	肿瘤基因组学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 拷贝数变异(CNV)分析, 轨迹分析	Harmony整合算法, CellChat细胞通讯分析平台	单细胞转录组数据	两个公共数据集(GSE154778和GSE158356)
965	2025-04-20	CAFs activated by YAP1 upregulate cancer matrix stiffness to mediate hepatocellular carcinoma progression 2025-Apr-16, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06325-5 PMID:40241143	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了肝细胞癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）亚群的功能，特别是YAP1阳性CAF亚群通过上调基质硬度相关基因表达促进肿瘤进展	首次在单细胞水平上鉴定出YAP1阳性CAF亚群是肝癌基质硬度的主要贡献者，并揭示了其通过激活自噬和GTPase活性调控等信号通路促进肿瘤进展的机制	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，临床样本验证有限	探索特定CAF亚群与肝癌基质硬度的关系，寻找新的治疗靶点	肝细胞癌（HCC）中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	癌症生物学	肝癌	单细胞测序、伪时间分析、细胞间通讯概率计算、转录因子活性分析	NA	单细胞转录组数据、TCGA肝癌数据集	未明确说明具体样本数量，使用了TCGA肝癌数据集和单细胞测序数据集
966	2025-04-20	Distribution of gut microbiota across intestinal segments and their impact on human physiological and pathological processes 2025-Apr-16, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01385-y PMID:40241220	综述	本文系统总结了肠道菌群在六个肠段的分布特征及其对人类生理和病理过程的影响	详细阐述了肠道菌群在不同肠段的分布特点及其与特定疾病进展的关系	未提及具体样本量或实验设计细节	阐明肠道菌群在特定解剖部位对疾病过程的精确调控作用	人类肠道菌群及其与宿主的相互作用	微生物组学	多种疾病	宏基因组学、代谢组学、单细胞测序	NA	微生物组数据	NA
967	2025-04-20	Multi-transcriptomics reveals niche-specific expression programs and endothelial cells in glioblastoma 2025-Apr-15, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06185-z PMID:40234880	研究论文	本研究通过多转录组学方法揭示了胶质母细胞瘤中特定微环境下的基因表达程序和内皮细胞的特征	发现了PAN和MVP区域中空间特异的转录特征和内皮细胞表型，揭示了胶质母细胞瘤干细胞向内皮细胞分化的轨迹	未明确说明样本量是否足够大以覆盖所有亚型变异	阐明胶质母细胞瘤特定组织病理学特征的分子和细胞空间组成	胶质母细胞瘤患者的肿瘤组织	数字病理学	胶质母细胞瘤	bulk RNA测序、空间转录组学、scRNA-seq	NA	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量
968	2025-04-20	Single-cell RNA sequencing indicates AP-1 as a potential therapeutic target for autoimmune uveitis 2025-Apr-12, Biochemical pharmacology IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.bcp.2025.116945 PMID:40228638	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究自身免疫性葡萄膜炎（AU）的发病机制，并发现AP-1作为潜在治疗靶点	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了AP-1在自身免疫性葡萄膜炎发病中的关键作用，并验证了AP-1抑制剂对症状的缓解效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证AP-1抑制剂的效果	探索自身免疫性葡萄膜炎的发病机制并寻找潜在治疗靶点	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）小鼠的脾脏和颈引流淋巴结（CDLNs）	生物医学研究	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	EAU小鼠模型	基因表达数据	正常和EAU小鼠的脾脏和颈引流淋巴结样本
969	2025-04-20	Avian photoreceptor homologies and the origin of double cones 2025-Apr-11, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2025.02.040 PMID:40250431	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了鸟类视网膜中光感受器的进化关系	首次系统地探索了鸟类光感受器与其他脊椎动物类群的进化关系，并提出了双锥细胞（DC-P和DC-A）分别起源于祖先红色和蓝色锥细胞的新假说	研究主要集中在新孵化的鸡视网膜，可能无法完全代表所有鸟类或脊椎动物的光感受器进化情况	探索鸟类光感受器与其他脊椎动物光感受器的进化关系	鸟类视网膜中的光感受器（包括单锥细胞和双锥细胞）	进化生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR基因敲除	NA	RNA测序数据	新孵化鸡的视网膜细胞
970	2025-04-20	Taurine ameliorates liver fibrosis by repressing Fpr2-regulated macrophage M1 polarization 2025-Apr-10, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2025.177614 PMID:40216178	研究论文	本研究探讨了牛磺酸通过抑制Fpr2/NF-κBp65调节的巨噬细胞M1极化来改善肝纤维化的机制	揭示了牛磺酸通过SLC6A6转运体和Fpr2/NF-κBp65通路调控巨噬细胞极化状态的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩大	阐明牛磺酸在肝纤维化中的作用机制	人类纤维化肝组织样本和两种不同的小鼠肝纤维化模型	肝脏病理学	肝纤维化	氨基酸代谢组学、基因表达微阵列分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	SLC6A6野生型和敲除小鼠模型	基因表达数据、单细胞转录组数据	人类纤维化肝组织样本和两种小鼠模型
971	2025-04-20	Cell-cycle dependence of bursty gene expression: insights from fitting mechanistic models to single-cell RNA-seq data 2025-Apr-10, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf295 PMID:40240003	研究论文	通过将机制模型拟合到单细胞RNA测序数据中，研究了基因表达的突发性在细胞周期中的依赖性	首次在转录组水平上广泛分析了突发性基因表达的突发频率和突发大小在细胞周期中的依赖性，并发现了DNA复制后突发频率的中位数大约减半，而突发大小基本保持不变	研究依赖于单细胞RNA测序数据，可能受到技术噪声的影响，尽管研究指出这种影响相对较小	探究突发性基因表达参数（突发频率和突发大小）在细胞周期中的变化规律	小鼠基因的等位基因在G1和G2/M细胞周期阶段的突发性表达参数	基因组学	NA	单细胞RNA测序	机制模型	RNA计数数据	数千个小鼠基因的单细胞RNA测序数据
972	2025-04-20	Benchmarking computational methods for detecting spatial domains and domain-specific spatially variable genes from spatial transcriptomics data 2025-Apr-10, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf303 PMID:40240000	研究论文	本文对19种用于从空间转录组数据中识别空间域和域特异性空间可变基因的计算方法进行了全面基准测试	提出了一个定量策略来评估域特异性空间可变基因识别结果，并整合不同方法的空间聚类结果以获得更稳健的聚类和基因识别结果	研究未涉及所有现有的空间转录组技术，且未考虑不同生物样本间的异质性	评估和比较现有计算方法在空间域和域特异性空间可变基因检测中的性能	19种计算方法和57个数据集（30个真实数据集和27个合成数据集）	生物信息学	NA	空间转录组技术	GNN	空间转录组数据	30个真实数据集和27个合成数据集
973	2025-04-20	Identification of biomarkers for endometriosis based on summary-data-based Mendelian randomization and machine learning 2025-Apr-04, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000041804 PMID:40193647	研究论文	该研究通过总结数据为基础的孟德尔随机化和机器学习方法，识别了子宫内膜异位症（EM）的生物标志物	结合基因组关联研究数据、差异表达基因分析和机器学习模型，成功识别出三个核心生物标志物，并利用单细胞RNA测序和共识聚类分析其表达模式及EM样本的亚组分类	研究依赖于现有数据集（FinnGen），可能受限于样本量和人群特异性	开发非侵入性生物标志物以改善子宫内膜异位症的早期诊断和个性化治疗	子宫内膜异位症（EM）患者	生物信息学	子宫内膜异位症	全基因组关联研究（GWAS）、多标记基因组注释分析（MAGMA）、单细胞RNA测序、共识聚类	机器学习模型	基因组数据、RNA测序数据	77个EM样本
974	2025-04-20	Single-cell multi-omics profiling uncovers the immune heterogeneity in HIV-infected immunological non-responders 2025-Apr-03, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105667 PMID:40184908	研究论文	通过单细胞多组学分析揭示HIV感染免疫无应答者的免疫异质性	开发了scGeneANOVA和VILDA两种新工具，用于检测差异表达基因和量化HIV-1转录本，揭示了IFN信号通路在免疫无应答者中的作用	研究样本可能不足以代表所有HIV感染免疫无应答者，且机制研究仍需进一步验证	探究HIV感染免疫无应答者免疫功能障碍的机制	HIV感染免疫无应答者（INRs）、免疫应答者（IRs）和健康对照（HCs）的外周血单个核细胞（PBMCs）	生物医学	HIV感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞VDJ测序（scVDJ-seq）	scGeneANOVA、VILDA	单细胞转录组数据、VDJ序列数据	未明确提及具体样本数量，但包括INRs、IRs和HCs的PBMCs
975	2025-01-16	Single-cell transcriptomics and epigenomics point to CD58-CD2 interaction in controlling primary melanoma growth and immunity 2025-Apr, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.12651 PMID:39812166	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
976	2025-04-20	NAT10 Promotes Gastric Cancer Liver Metastasis by Modulation of M2 Macrophage Polarization and Metastatic Tumor Cell Hepatic Adhesion 2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202410263 PMID:39985269	研究论文	本文探讨了RNA修饰模式与胃癌肝转移之间的关系，发现RNA乙酰转移酶NAT10在肝转移胃癌细胞中的异常表达及其作用机制	首次揭示了NAT10通过调控CXCL2和KLF5 mRNA的稳定性，促进M2型巨噬细胞极化和胃癌细胞肝粘附的新机制	研究主要基于临床样本分析和小鼠模型，尚未在更大规模的临床队列中验证	探究RNA修饰在胃癌肝转移中的作用机制	胃癌细胞、肝转移病灶、M2型巨噬细胞	癌症生物学	胃癌	单细胞测序、临床样本分析、小鼠模型、类器官模型	NA	基因表达数据、临床数据	临床样本和小鼠模型（具体数量未明确说明）
977	2025-04-20	CpG-Based Nanovaccines Enhance Ovarian Cancer Immune Response by Gbp2-Mediated Remodeling of Tumor-Associated Macrophages 2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202412881 PMID:39985265	研究论文	研究开发了一种基于CpG的纳米疫苗，通过Gbp2介导的肿瘤相关巨噬细胞重塑增强卵巢癌免疫反应	开发了一种新型纳米疫苗PLGA-CpG@ID8-M，通过封装CpG于PLGA中并使用ID8卵巢癌细胞膜，有效重编程肿瘤相关巨噬细胞，并揭示了Gbp2-Pin1-NFκB通路的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索纳米疫苗在卵巢癌免疫治疗中的效果及其作用机制	卵巢癌模型小鼠和乳腺癌模型小鼠	肿瘤免疫治疗	卵巢癌	RNA-seq, scRNA-seq, 质谱蛋白质组学	NA	基因表达数据、蛋白质数据	ID8卵巢癌模型小鼠和4T1乳腺癌模型小鼠
978	2025-04-20	Multiscale Dissection of Spatial Heterogeneity by Integrating Multi-Slice Spatial and Single-Cell Transcriptomics 2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413124 PMID:39999288	research paper	提出了一种名为SMILE的深度学习方法，用于整合多切片空间和单细胞转录组学数据，以多尺度解析空间异质性	SMILE方法结合了图对比自编码器和多层感知机，具有局部约束，能够学习多尺度和信息丰富的点表示，同时在空间对齐、区域识别和细胞类型反卷积方面表现出优越性能	未明确提及具体局限性	开发一种能够同时解析不同尺度空间变异和揭示疾病状态下细胞微环境变化的深度学习方法	空间分辨转录组学(SRT)数据	生物信息学	NA	空间分辨转录组学(SRT), 单细胞转录组学	图对比自编码器, 多层感知机(MLP)	空间转录组数据, 单细胞转录组数据	模拟数据集和真实数据集(未明确数量)
979	2025-04-20	Inhibition of bone morphogenetic protein 4 alleviates angiotensin II-induced abdominal aortic aneurysm by reducing inflammation and endothelial-mesenchymal transition 2025-Apr, Atherosclerosis IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.atherosclerosis.2025.119134 PMID:40081251	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，系统地研究了血管紧张素II诱导的腹主动脉瘤小鼠模型中内皮细胞功能和表型的变化，揭示了BMP4在促进腹主动脉瘤进展中的关键作用	首次揭示了BMP4在腹主动脉瘤进展中的关键作用，通过诱导内皮间质转化和内皮细胞炎症表型重编程促进疾病发展	研究主要基于小鼠模型，结果在人体中的适用性需要进一步验证	探究腹主动脉瘤的发病机制并寻找潜在治疗靶点	血管紧张素II诱导的腹主动脉瘤小鼠模型和小鼠主动脉内皮细胞	血管生物学	腹主动脉瘤	单细胞RNA测序、伪时间轨迹分析、蛋白质-蛋白质相互作用分析、免疫共沉淀	小鼠疾病模型	单细胞转录组数据	NA
980	2025-04-20	Integrative analysis of single-cell transcriptomics and genetic associations identify cell states associated with vascular disease 2025-Apr, Atherosclerosis IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.atherosclerosis.2025.119108 PMID:40120433	研究论文	通过整合单细胞转录组学和遗传关联分析，识别与血管疾病相关的细胞状态	结合新生成的单核RNA测序数据和已发表数据集，开发新的计算方法整合GWAS数据与单核主动脉表达谱，识别血管疾病相关的细胞类型和状态	样本量相对较小（正常n=7，动脉瘤n=9，动脉粥样硬化n=2），且仅针对人类升主动脉组织	研究血管疾病发病机制中的细胞状态变化	人类升主动脉组织中的内皮细胞（EC）和血管平滑肌细胞（VSMC）	数字病理学	心血管疾病	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA测序数据	18个样本（7个正常，9个动脉瘤，2个动脉粥样硬化）