单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
961	2025-04-11	Integrating mitochondrial and lysosomal gene analysis for breast cancer prognosis using machine learning 2025-01-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86970-4 PMID:39865118	research paper	该研究通过整合线粒体和溶酶体基因分析，利用机器学习开发预测模型，以改善乳腺癌患者的预后分层和个性化干预	首次结合线粒体和溶酶体共调控因子构建机器学习模型，并发现B细胞免疫浸润减少与mlMSGs活性增加是影响预后的关键因素	研究样本量未明确说明，且模型需进一步临床验证	开发乳腺癌预后预测模型并探索免疫微环境特征	乳腺癌患者及其相关基因数据	machine learning	breast cancer	scRNA-seq, CNV分析, SNPs分析, WGCNA, Cox回归	coxboost + Survivor-SVM	基因表达数据, 单细胞RNA测序数据	NA
962	2025-04-11	Gene function revealed at the moment of stochastic gene silencing 2025-01-19, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07530-0 PMID:39828795	research paper	介绍了一种名为scSGS的新方法，利用单细胞基因表达的自然变异性来解读基因功能	提出了scSGS方法，通过分类转录活跃和沉默的细胞样本，识别差异表达基因来推断目标基因功能，避免了基因敲除和扰动研究中的生存偏差	未提及具体的技术限制或样本量限制	开发一种高效预测基因功能的方法，减少基因功能研究中转基因动物的使用	单细胞基因表达数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞基因表达数据	NA
963	2025-04-11	The Role of Zuo Jin Wan in Modulating the Tumor Microenvironment of Colorectal Cancer 2025, Combinatorial chemistry & high throughput screening IF:1.6Q3 DOI:10.2174/0113862073281374231228041841 PMID:38284730	研究论文	探讨左金丸在调节结直肠癌肿瘤微环境中的作用	首次研究左金丸在结直肠癌免疫调节中的作用，揭示其通过调节多种细胞类型及下调TIMP1和MTDH表达来影响肿瘤微环境	研究主要基于数据库分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索左金丸对结直肠癌免疫微环境的调节作用	结直肠癌细胞、免疫细胞（T细胞、B细胞、肥大细胞等）及基质细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、RT-qPCR	NA	基因表达数据	基于已发表研究的单细胞RNA测序数据（PMID: 32451460, 32103181, 32561858）
964	2025-04-11	Novel insights into Cntnap4 in Alzheimer's disease: Intestinal flora interaction 2025-Jan, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.138508 PMID:39647729	研究论文	本研究探讨了Cntnap4基因在阿尔茨海默病中的作用及其与肠道菌群的相互作用	揭示了Cntnap4缺陷如何通过影响Tau蛋白磷酸化、淀粉样斑块积累和神经元损失加剧AD，并首次提出肠道菌群与AD进展的潜在联系	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	阐明Cntnap4在AD发病机制中的作用及肠道菌群的可能参与	AD模型小鼠及其肠道菌群	神经退行性疾病研究	阿尔茨海默病	scRNA-seq、高通量转录组测序、16s rRNA测序	动物模型	基因表达数据、微生物组数据	未明确说明数量的AD模型小鼠
965	2025-04-11	Glucocorticoid receptor inhibits Th2 immune responses by down-regulating Pparg and Gata3 in schistosomiasis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1518586 PMID:40196108	研究论文	研究糖皮质激素受体（GR）激活对血吸虫病中Th2免疫反应的影响	揭示了GR激活通过下调Gata3和Pparg抑制Th2免疫反应的新机制	需要进一步研究靶向GR激活治疗血吸虫病的可行性和安全性	探究GR激活对血吸虫病中Th2免疫反应的潜在影响	血吸虫感染的小鼠和体外培养的Th2细胞	免疫学	血吸虫病	RNA测序和单细胞测序	NA	基因表达数据	血吸虫感染的小鼠和体外培养的Th2细胞
966	2025-04-11	A tumor-infiltrating B lymphocytes -related index based on machine-learning predicts prognosis and immunotherapy response in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1524120 PMID:40196113	研究论文	本研究基于机器学习方法开发了一个与肿瘤浸润B淋巴细胞相关的指数（BRI），用于预测肺腺癌患者的预后和免疫治疗反应	首次系统地描述了肺腺癌中肿瘤浸润B淋巴细胞的特征，并利用十种不同算法开发了BRI指数	研究结果需要更多独立队列验证，且BRI与CD8+ T细胞浸润的负相关机制尚不明确	开发预测肺腺癌患者预后和免疫治疗反应的生物标志物	肺腺癌患者和肿瘤微环境中的免疫细胞	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序	机器学习（十种算法组合）	基因表达数据	TCGA、GSE31210、GSE72094等多个数据集
967	2025-04-11	Immune cells differentiation in osteoarthritic cartilage damage: friends or foes? 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1545284 PMID:40201177	综述	本文综述了骨关节炎(OA)中免疫细胞分化的复杂作用及其在疾病进展中的双重角色	深入分析了OA中免疫细胞亚群的组成、分布和功能异质性，并比较了OA与类风湿关节炎(RA)在诊断和免疫治疗上的异同	未涉及具体实验验证，主要基于现有文献分析	阐明OA关节中免疫细胞的动态变化和相互作用，为未来临床精准靶向干预提供理论基础	骨关节炎(OA)中的免疫细胞亚群	免疫学	骨关节炎	单细胞测序和免疫组学技术	NA	NA	NA
968	2025-04-11	Characterizing the immune infiltrate in secondary syphilis: implications for transmission and pathology 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1549206 PMID:40201184	研究论文	本研究通过免疫组织化学、批量RNA测序和单细胞RNA测序等方法，探讨了二期梅毒皮肤病变中的免疫浸润特征及其对传播和病理的影响	揭示了表皮TLR通过MYD88感知对梅毒感染宿主反应的贡献，突出了梅毒螺旋体在皮肤中逃避免疫反应的机制	研究主要基于皮肤活检样本，可能无法全面反映全身免疫反应	研究二期梅毒的免疫浸润特征及其对传播和病理的影响	二期梅毒患者的皮肤活检样本、健康个体的PBMCs以及原代或MyD88敲除的角质形成细胞	免疫学	梅毒	免疫组织化学(IHC)、批量RNA测序、单细胞RNA测序	NA	组织样本、RNA测序数据	二期梅毒患者的皮肤活检样本、健康个体的PBMCs
969	2025-04-11	Single-cell RNA sequencing advances in revealing the development and progression of MASH: the identifications and interactions of non-parenchymal cells 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1513993 PMID:40201243	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在揭示代谢相关脂肪性肝炎（MASH）发展和进展中的作用，特别是非实质细胞（NPCs）的鉴定和相互作用	利用单细胞转录组测序技术深入理解非实质细胞在MASH中的异质性和细胞间相互作用，为疾病机制和潜在药物靶点提供新见解	综述性质，未涉及具体实验数据或新发现	探讨单细胞RNA测序技术在MASH研究中的应用，揭示非实质细胞的作用	代谢相关脂肪性肝炎（MASH）中的非实质细胞（如Kupffer细胞、肝星状细胞和肝窦内皮细胞）	数字病理学	代谢相关脂肪性肝炎	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
970	2025-04-11	Single-cell sequencing and spatial transcriptomics reveal the evolution of glucose metabolism in hepatocellular carcinoma and identify G6PD as a potential therapeutic target 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1553722 PMID:40201344	研究论文	本研究通过单细胞测序和空间转录组学技术，揭示了肝细胞癌中葡萄糖代谢的时空演变，并验证了G6PD作为潜在治疗靶点	首次从时空角度解析肝细胞癌中葡萄糖代谢的变化，并实验验证G6PD在调控癌细胞增殖、迁移和侵袭中的作用	样本量相对较小（7例单细胞测序样本和4例空间转录组样本）	探索肝细胞癌中葡萄糖代谢的时空演变并寻找潜在治疗靶点	肝细胞癌组织及癌旁组织	数字病理学	肝细胞癌	单细胞测序、空间转录组学(ST)、高通量测序、伤口愈合实验、CCK-8实验、transwell实验	NA	单细胞测序数据、空间转录组数据	7例HCC及癌旁组织的单细胞测序数据，4例HCC组织的空间转录组数据
971	2025-04-11	Single-cell sequencing reveals the role of aggrephagy-related patterns in tumor microenvironment, prognosis and immunotherapy in endometrial cancer 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1560625 PMID:40201347	research paper	该研究通过单细胞测序技术揭示了聚集自噬相关模式在子宫内膜癌肿瘤微环境、预后及免疫治疗中的作用	首次在子宫内膜癌中系统研究了聚集自噬相关基因在肿瘤微环境中的功能，并发现其与免疫治疗反应和预后的关联	样本量相对较小（5个肿瘤样本），且需要进一步实验验证	探究聚集自噬在子宫内膜癌肿瘤微环境中的作用及其临床意义	子宫内膜癌肿瘤微环境中的细胞（成纤维细胞、巨噬细胞、CD8+T细胞和淋巴管内皮细胞）	digital pathology	endometrial cancer	single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq, 免疫组化	NMF	RNA-seq数据	5个EC肿瘤样本的36,227个单细胞
972	2025-04-11	Comprehensive Analyses of Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Data From M2 Macrophages to Elucidate the Immune Prognostic Signature in Patients with Gastric Cancer Peritoneal Metastasis 2025, ImmunoTargets and therapy IF:6.2Q1 DOI:10.2147/ITT.S506143 PMID:40201390	研究论文	通过单细胞和批量RNA测序数据分析M2巨噬细胞，构建胃癌腹膜转移患者的免疫预后特征模型	首次结合单细胞RNA测序和加权基因共表达网络分析构建基于M2巨噬细胞的预后风险模型，用于预测胃癌腹膜转移患者的预后和化疗免疫治疗反应	模型仅在内部和外部验证集中进行了验证，需要更大规模的前瞻性研究进一步确认其临床适用性	提高胃癌腹膜转移患者预后的预测精度并指导个体化治疗	胃癌腹膜转移患者	数字病理学	胃癌	scRNA-seq, WGCNA, LASSO分析	预后风险模型	RNA测序数据	TCGA、GSE62254和IMvigor210数据集
973	2025-04-11	Single-nucleus chromatin accessibility and transcriptomic map of breast tissues of women of diverse genetic ancestry 2024-Dec, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03011-9 PMID:39122969	研究论文	通过单核染色质可及性和转录组图谱分析，研究不同遗传背景女性乳腺组织的细胞类型和基因表达差异	首次构建了涵盖多种遗传背景女性乳腺组织的染色质可及性和基因表达图谱，揭示了新的细胞亚型标记和基因调控网络	样本量相对有限（92名女性），可能无法涵盖所有遗传背景的多样性	探索健康乳腺组织中遗传背景依赖的细胞类型和基因表达变异性	92名不同遗传背景女性的乳腺组织样本	单细胞组学	乳腺癌	单核染色质可及性分析、单细胞转录组测序、空间转录组学	NA	单细胞RNA-seq数据、染色质可及性数据	92名女性乳腺组织样本
974	2025-04-11	Transcriptomic and spatial dissection of human ex vivo right atrial tissue reveals proinflammatory microvascular changes in ischemic heart disease 2024-May-21, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101556 PMID:38776872	研究论文	通过单核RNA测序和空间转录组学技术，研究人类离体右心房组织和心包液在缺血性心脏病、心肌梗死及缺血性和非缺血性心力衰竭中的基因表达变化	首次在人类右心房组织和心包液中应用单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了疾病相关基因表达的显著差异，特别是炎症性微血管功能障碍的发现	研究样本为离体组织，可能无法完全反映体内生理状态	探讨心血管疾病在右心房电学和结构重塑中的作用，及其与心律失常、心力衰竭和猝死的关系	人类离体右心房组织和心包液	心血管疾病研究	缺血性心脏病、心肌梗死、心力衰竭	单核RNA测序(snRNA-seq)、空间转录组学	NA	基因表达数据	无症状瓣膜疾病患者作为对照组，具体样本数量未明确说明
975	2025-04-11	Single-cell analysis revealed a potential role of T-cell exhaustion in colorectal cancer with liver metastasis 2024-04, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18341 PMID:38647235	研究论文	通过单细胞分析揭示了T细胞耗竭在结直肠癌肝转移中的潜在作用	首次通过单细胞测序技术揭示了T细胞耗竭在结直肠癌肝转移中的具体作用机制，并发现了CEACAM5和ADGRE5-CD55在Tex与Treg细胞-上皮细胞相互作用中的关键角色	研究基于公共数据库数据，缺乏实验验证	探究T细胞耗竭对结直肠癌肝转移的影响	结直肠癌肝转移患者的单细胞测序数据	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序，ssGSEA分析	Seurat包分析	单细胞RNA测序数据	NA
976	2025-04-11	Integrated analysis highlights the significance role of ITGAL in lung adenocarcinoma 2024-04, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18289 PMID:38613346	研究论文	本研究通过整合分析揭示了ITGAL在肺腺癌中的重要作用	首次全面分析ITGAL在肺腺癌中的表达及其与临床预后的关系，并探索其在肿瘤微环境中的调控机制	研究主要基于TCGA数据集和体外实验，缺乏大规模临床样本验证	探究ITGAL在肺腺癌中的生物学功能及其临床意义	肺腺癌组织和细胞	肿瘤生物学	肺腺癌	单细胞测序、3D Matrigel培养、BrdU ELISA、伤口愈合迁移实验	NA	mRNA表达数据、单细胞测序数据	TCGA数据集中的肺腺癌样本及配对正常组织样本
977	2025-04-11	Detecting early-warning biomarkers associated with heart-exosome genetic-signature for acute myocardial infarction: A source-tracking study of exosome 2024-04, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18334 PMID:38661439	研究论文	通过血浆外泌体源追踪分析，检测与心脏外泌体遗传特征相关的急性心肌梗死早期预警生物标志物	首次通过源追踪分析心脏外泌体遗传特征，识别出三个与急性心肌梗死相关的早期预警基因标志物	研究仅关注心脏来源外泌体，可能忽略了其他组织来源外泌体的潜在影响	发现急性心肌梗死的早期预警生物标志物	血浆外泌体及其遗传特征	数字病理学	心血管疾病	单细胞测序、加权基因校正网络、机器学习分析	机器学习	遗传数据	住院患者队列
978	2025-04-11	Identification of PPAR-related differentially expressed genes liver hepatocellular carcinoma and construction of a prognostic model based on data analysis and molecular docking 2024-04, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18304 PMID:38652093	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析肝细胞癌（LIHC）的分子机制，构建了一个基于PPAR相关基因的预后模型，并预测了潜在的小分子药物	利用单细胞RNA测序数据识别PPAR相关基因在LIHC中的差异表达，构建预后模型并预测潜在治疗药物	研究依赖于公共数据集，未进行大规模临床验证	探索LIHC的分子机制并寻找潜在治疗靶点	肝细胞癌（LIHC）样本中的多种细胞群体（自然杀伤细胞、T细胞、B细胞、髓系细胞、内皮细胞、成纤维细胞和肝细胞）	生物信息学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子对接	LASSO-Cox回归模型	RNA测序数据	TCGA-LIHC、ICGI-LIRI和GSE14520数据集中的样本
979	2025-04-11	Integrative analysis unveils ECM signatures and pathways driving hepatocellular carcinoma progression: A multi-omics approach and prognostic model development 2024-04, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18230 PMID:38568083	研究论文	通过多组学方法揭示细胞外基质（ECM）在肝细胞癌（LIHC）进展中的特征和通路，并开发预后模型	整合单细胞转录组分析和多组学数据，揭示ECM在LIHC中的关键作用，并构建基于ECM的预后模型	样本量较小（10个LIHC样本），且依赖公共数据库数据	探索ECM在LIHC免疫浸润和预后分层中的潜在价值	肝细胞癌（LIHC）患者样本和细胞系	数字病理学	肝癌	scRNA-seq, Western blotting, 侵袭实验, Transwell实验	Lasso回归	单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据	10个LIHC样本（scRNA-seq数据）, TCGA-LIHC队列, CheckMate研究队列
980	2025-04-11	Integration of single-cell and RNA-seq data to explore the role of focal adhesion-related genes in osteoporosis 2024-04, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18271 PMID:38534087	研究论文	通过整合单细胞和RNA-seq数据，探索粘着斑相关基因在骨质疏松症中的作用	结合单细胞RNA测序和RNA测序数据，鉴定了两个与粘着斑相关的枢纽基因（FAM129A和RNF24），并构建了竞争性内源RNA网络和转录因子-枢纽基因网络	研究仅基于两个队列（GSE56815和GSE56116）的数据，样本量可能有限	挖掘与粘着斑相关的枢纽基因并研究它们在骨质疏松症中的作用	骨质疏松症患者和小鼠模型	生物信息学	骨质疏松症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和RNA测序（RNA-seq）	NA	基因表达数据	两个队列（GSE56815和GSE56116）的数据，具体样本数量未明确说明