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当前共找到 39013 篇文献，本页显示第 961 - 980 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 961 | 2026-03-19 |
Correction to 'Integrating Bulk RNA and Single-Cell RNA Sequencing Identifies and Validates Lactylation-Related Signatures for Intervertebral Disc Degeneration'
2026-Mar, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.71061
PMID:41845558
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 962 | 2026-04-24 |
Old Blood, Young Bones: Identification of Middle-Aged Myeloid Cells That Limit Cortical Bone Loss
2026-Mar, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.71094
PMID:41873045
|
研究论文 | 通过骨髓移植实验和单细胞RNA测序，发现中年小鼠的CD11B+CD36+髓系细胞通过分泌Wnt配体增强皮质骨形成，限制年龄相关的骨丢失 | 首次鉴定出中年阶段特有的CD11B+CD36+髓系细胞群，发现其通过Wnt6信号通路具有促骨合成作用，并证实该细胞群在人类骨髓中也存在 | 未明确这些髓系细胞在更老龄化阶段的长期作用，且Wnt信号对骨形成的精确调控机制需进一步研究 | 探究中年阶段骨髓细胞变化对皮质骨丢失的影响及机制 | 8周龄和40周龄小鼠的骨髓细胞，以及人类骨髓样本 | 数字病理学 | 老年性疾病 | 骨髓移植、显微CT、流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 图像、文本、测序数据 | 8周龄和40周龄小鼠（具体数量未提及），以及人类骨髓样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台用于比较性单细胞转录组分析 |
| 963 | 2026-04-24 |
Spatial-ZEDNet : a unified spatial transcriptomics framework for detecting differential gene activation and expression
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag166
PMID:42001470
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研究论文 | 提出Spatial-ZEDNet框架，用于在空间转录组学中检测差异表达基因和差异激活基因，并处理零膨胀问题 | 首次联合检测空间差异表达基因和差异激活基因，显式建模零膨胀，且无需空间坐标匹配即可对齐不同条件下的生物信号 | 文本未明确提及局限性，但可能受限于层次高斯随机场模型的计算复杂性及对大规模数据集的可扩展性 | 开发一种统计严谨的空间转录组学方法，以准确量化暴露引起的组织重塑中的基因调控变化 | 模拟数据及结肠炎和疟原虫感染数据集中的空间基因表达 | 机器学习 | 结肠炎 | 空间转录组学 | 层次高斯随机场 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 964 | 2026-04-24 |
AICellType: a large language model-based platform for accurate cell type annotation
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag151
PMID:42001469
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研究论文 | 提出AICellType平台，利用大语言模型实现单细胞和空间转录组数据的准确细胞类型注释 | 系统评估了79种大语言模型在1130个单细胞和空间转录组数据集上的性能，并结合本体结构和语义推理构建评估框架，开发了集成多种模型部署方式的免费开源平台 | 文本未明确说明具体局限性，但可能涉及对罕见细胞类型或低质量数据的处理能力有限 | 开发一种基于大语言模型的细胞类型注释工具，解决现有方法依赖静态基因标记导致适应性不足的问题 | 单细胞和空间转录组数据集中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组学，空间转录组学 | 大语言模型 | 单细胞转录组数据，空间转录组数据 | 1130个单细胞和空间转录组数据集 | NA | 单细胞转录组学，空间转录组学 | NA | NA |
| 965 | 2026-04-24 |
Spatial multi-omics integration by cross-modal graph contrastive learning
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag192
PMID:42001472
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研究论文 | 提出了一种基于图的跨模态对比学习框架CoMo，用于整合分析空间多组学数据，包括空间转录组、蛋白质组和表观基因组 | 首次通过交叉注意力机制和双重对比损失（邻域感知对比损失和聚类感知对比损失）实现空间多组学特征融合与空间域识别 | 未提及潜在局限性 | 开发一种计算工具，用于空间多组学数据的集成分析和空间域识别 | 五种空间组学数据集 | 机器学习 | NA | 空间多组学 | 图神经网络, 交叉注意力机制 | 空间组学数据 | 五种数据集 | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 空间表观基因组学 | NA | NA |
| 966 | 2026-04-24 |
Causal modeling reveals cell-cell communication dynamics in the tumor microenvironment during anti-PD-1 therapy in breast cancer patients
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag139
PMID:42001468
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研究论文 | 提出因果推断框架scIVCCC，利用单细胞数据分析抗PD-1治疗前后乳腺癌肿瘤微环境中的细胞间通讯动态 | 创新性地使用治疗作为工具变量，构建因果推断框架scIVCCC，避免传统相关性方法中的混杂关联，从单细胞数据中准确识别基因信号转导的因果网络 | 该框架可能受限于工具变量假设的满足程度（如治疗随机性），且仅基于单细胞RNA-seq数据，未整合其他组学或空间信息 | 阐明抗PD-1免疫检查点阻断治疗如何通过细胞间通讯重塑乳腺癌肿瘤微环境，并识别可靶向的联合治疗候选受体 | 31名乳腺癌患者在抗PD-1治疗前后的肿瘤组织单细胞RNA-seq数据 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA-seq | 因果推断模型（工具变量方法） | 单细胞转录组数据 | 31名乳腺癌患者，治疗前后配对样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 967 | 2026-04-24 |
GALA: a unified landmark-free framework for coarse-to-fine spatial alignment across resolutions and modalities in spatial transcriptomics
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag181
PMID:42007518
|
研究论文 | 提出一个名为GALA的统一无地标框架，用于解决空间转录组学中跨分辨率和模态的粗细粒度空间对齐问题 | 创新地将全局仿射变换与局部微分同胚变形集成在单一优化中，实现无需地标的多模态对齐，并利用模态感知栅格化统一转录组和组织学数据 | 未明确提及局限性 | 开发一个高效、准确且生物学可解释的框架，以克服空间转录组学数据对齐中的技术变异和复杂场景 | 人类和小鼠的空间转录组学及组织学数据集 | 计算机视觉 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像、文本 | 多样化的人类和小鼠数据集（未提供具体数量） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 968 | 2026-04-24 |
Evaluating reference-mixture matching in cell-type deconvolution with single-cell RNA-seq references
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag184
PMID:42007519
|
研究论文 | 系统评估单细胞RNA-seq参考数据在细胞类型解卷积中的匹配效果对解卷积性能的影响 | 首次系统地比较不同单细胞RNA-seq参考匹配条件（匹配、不匹配和混合）对七种细胞类型解卷积算法性能的影响，并提出方法选择比参考匹配更为关键 | 仅使用了来自系统性红斑狼疮患者和健康对照的外周血单核细胞数据集，可能限制了向其他组织或疾病类型的推广 | 评估在各种参考匹配条件下，不同细胞类型解卷积方法的准确性 | 系统性红斑狼疮患者和健康对照的外周血单核细胞样本 | 机器学习 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | CIBERSORTx, MuSiC2, InstaPrism, BLADE, DISSECT, Scaden | 基因表达数据 | 40名系统性红斑狼疮患者和40名健康对照的PBMC样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | 使用scRNA-seq数据构建参考，并模拟批量RNA-seq混合物 |
| 969 | 2026-04-24 |
CD8+ T cells cross-restricted by HLA-B*57 and HLA-E*01 recognize HIV Gag with different functional profiles
2026-Feb-09, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.189909
PMID:41411059
|
研究论文 | 本研究评估了由HLA-E或HLA-B57限制的针对HIV Gag表位KF11的CD8+ T细胞的功能特征 | 首次揭示HIV特异性CD8+ T细胞可被HLA-B*57和HLA-E*01:03双重限制，且产生功能不同的免疫反应 | 样本量较小（仅8名HIV感染者），且未深入探讨双重限制T细胞在病毒控制中的具体机制 | 探究非经典HLA-E限制的HIV特异性CD8+ T细胞的功能特征及其与HLA-B57限制的差异 | 8名HIV感染者的CD8+ T细胞 | 免疫学，单细胞组学 | 艾滋病 | 单细胞RNA测序，TCR测序，细胞因子分析，多聚体筛选 | NA | 单细胞基因表达，TCR序列，细胞因子数据 | 8例HIV感染者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 970 | 2026-04-24 |
Spatial multi-omics unveils the monoclonal origin, neuroendocrine plasticity, and microenvironment niches in combined small cell lung cancer
2026-Feb-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.31.702982
PMID:41684943
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研究论文 | 通过空间多组学揭示了联合性小细胞肺癌的单克隆起源、神经内分泌可塑性和微环境生态位 | 首次对联合性小细胞肺癌进行空间全外显子测序、空间转录组学和单核RNA测序的多组学分析，发现其单克隆起源和神经内分泌可塑性，并开发了基于突变的诊断检测方法 | 未明确说明，但从研究设计推断可能受限于样本量（19例）和单一肿瘤类型 | 探究联合性小细胞肺癌的分子特征、谱系可塑性和肿瘤微环境 | 联合性小细胞肺癌患者肿瘤组织 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间全外显子测序、空间转录组学、单核RNA测序 | NA | 基因表达、突变、拷贝数变异数据 | 19 例未经治疗的联合性小细胞肺癌肿瘤 | Illumina, 10x Genomics | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq, 10x Visium, 10x Chromium | 10x Visium 用于空间转录组学, 10x Chromium 用于单核RNA测序 |
| 971 | 2026-04-24 |
Pre-B-cell leukemia transcription factor 1 contributes to liver fibrosis by enabling IL-7 signaling in HSC
2026-Feb-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001302
PMID:40080840
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研究论文 | 本研究揭示了Pre-B细胞白血病转录因子1（PBX1）在肝星状细胞（HSC）激活中的作用，并通过IL-7信号通路促进肝纤维化 | 首次发现PBX1通过Notch3介导的转录上调在HSC激活中起关键作用，并揭示IL-7受体（IL7R）与TGF-β受体相互作用促进纤维化的新机制 | 未明确提及研究局限性，但可能包括动物模型与人类疾病的差异、样本量限制或未深入探讨其他信号通路的交互作用 | 探究PBX1在肝星状细胞激活及肝纤维化中的分子机制 | 肝星状细胞（HSC）、小鼠肝纤维化模型、肝硬化患者样本 | 数字病理学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序、报告基因检测、染色质免疫沉淀、整合转录组分析 | NA | 单细胞RNA测序数据、转录组数据 | 小鼠模型及肝硬化患者样本（具体数量未提供） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 972 | 2026-04-24 |
Microoxic conditions promote Escherichia-associated cellulase expression in the giant panda gut
2026-Jan-14, The ISME journal
DOI:10.1093/ismejo/wrag068
PMID:41925227
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研究论文 | 通过构建大熊猫肠道微生物组物种解析参考目录，结合培养组学、HiFi宏基因组和微生物单细胞RNA测序，揭示了大肠杆菌在微氧条件下表达纤维素酶并参与纤维素处理的机制 | 首次利用微生物单细胞RNA测序技术在大熊猫肠道原位鉴定出大肠杆菌亚群异质性，并发现呼吸富集亚群集中表达纤维素酶和裂解多糖单加氧酶相关转录本，结合分离菌株表型验证了微氧条件下大肠杆菌对纤维素处理的贡献 | 未直接测量体内氧气水平，仅通过体外实验模拟微氧条件，且样本量有限（4只动物进行单细胞测序） | 探究大熊猫肠道微生物组中纤维素的降解机制及大肠杆菌在其中的作用 | 大熊猫肠道微生物组，包括466个物种水平基因组和三种肠型（大肠杆菌、梭菌和乳酸链球菌） | 微生物组学，宏基因组学，单细胞转录组学 | NA | PacBio HiFi宏基因组测序，微生物单细胞RNA-seq（微流控液滴法），培养组学，多组学整合分析 | NA | 宏基因组序列数据，微生物单细胞转录组数据，分离菌株表型数据 | 142个粪便样本（16种测序方法评估），4个样本进行单细胞RNA-seq（16659个细胞），另有大肠杆菌分离菌株 | PacBio, 10x Genomics | 宏基因组测序，单细胞RNA-seq | PacBio HiFi测序系统，10x Chromium（液滴式单细胞平台） | PacBio HiFi宏基因组测序，10x Chromium单细胞3'端测序（微生物单细胞RNA-seq） |
| 973 | 2026-04-24 |
Mesenchymal Stem Cell-Derived Extracellular Vesicles Modulate the Course of Peritoneal Inflammation Through Metabolic and Epigenetic Regulation
2026-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202508645
PMID:41293953
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研究论文 | 揭示乳酸积累通过组蛋白H3K18乳酰化促进腹膜纤维化的代谢-表观遗传机制，并证明间充质干细胞来源细胞外囊泡可通过调控该通路改善腹膜损伤 | 首次发现乳酸诱导的组蛋白乳酰化在腹膜纤维化中的关键作用，并揭示间充质干细胞来源细胞外囊泡通过代谢-表观遗传调控抑制巨噬细胞招募的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化仍需进一步验证；未探讨其他可能参与纤维化的代谢通路或细胞类型 | 阐明腹膜纤维化的代谢-表观遗传机制并评估间充质干细胞来源细胞外囊泡的治疗潜力 | 人骨髓间充质干细胞来源细胞外囊泡、小鼠腹膜纤维化模型、腹膜间皮细胞 | 机器学习 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠腹膜纤维化模型（使用氯己定葡萄糖酸盐或腹膜透析液诱导） | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞3'测序 |
| 974 | 2026-04-24 |
Integrated RNA-seq and scRNA-seq to explore the biological mechanisms of mitophagy-related genes in ulcerative colitis
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0346974
PMID:42008502
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研究论文 | 通过整合RNA-seq和scRNA-seq数据，探索线粒体自噬相关基因在溃疡性结肠炎中的生物学机制并构建诊断模型 | 首次结合转录组数据集和单细胞RNA测序，系统分析线粒体自噬相关基因在溃疡性结肠炎中的作用，并构建高精度诊断模型 | 研究基于公共数据集，可能需要更多外部验证来确认诊断模型的临床适用性 | 探讨线粒体自噬在溃疡性结肠炎中的影响并创建诊断模型 | 溃疡性结肠炎患者和健康对照者的转录组数据及小鼠结肠炎模型 | 自然语言处理 | 溃疡性结肠炎 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 逻辑回归 | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 未明确说明样本数量，使用公共数据集和动物模型 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 975 | 2026-04-24 |
Single-cell RNA sequencing identifies microglial state changes associated with iTBS after ischemia-reperfusion injury
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0346888
PMID:42008609
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序解析间歇性Theta爆发刺激(iTBS)对缺血再灌注损伤后小胶质细胞状态变化的影响 | 首次在单细胞转录组水平揭示iTBS治疗缺血性中风的细胞机制，发现小胶质细胞状态转变及其与Vav3和Cblb等基因表达变化的关联 | 研究仅基于大鼠模型，未涉及人体样本验证；未明确iTBS调控小胶质细胞状态的具体分子机制路径 | 阐明间歇性Theta爆发刺激(iTBS)在脑缺血再灌注损伤后发挥神经保护作用的细胞机制 | 大脑中动脉闭塞(MCAO)模型大鼠的神经元和小胶质细胞 | 单细胞转录组学 | 缺血性中风/脑卒中 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 接受iTBS治疗的MCAO大鼠模型（具体样本数未提及） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
| 976 | 2026-04-24 |
Optimized Retinal Cell Dissociation for Downstream Analysis of Cone Photoreceptors
2026, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-5198-8_3
PMID:42020900
|
研究论文 | 开发了一种优化的视网膜细胞解离方案，用于下游锥体感光细胞的分子分析 | 提出了一种改进的视网膜细胞解离方法，使用木瓜蛋白酶消化、机械解离和过滤，提高了锥体感光细胞的活性和质量 | 未提及具体限制，但可能包括解离效率对不同视网膜细胞类型的差异及对脆弱细胞的潜在影响 | 开发一种可靠高效的视网膜细胞解离方法，以改善锥体感光细胞的下游分子分析 | 视网膜细胞，特别是锥体感光细胞 | 数字病理学 | 视网膜退行性疾病 | 单细胞测序、转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 977 | 2026-04-24 |
FUNCellA: A Tool for Single-Sample Enrichment Analysis and Relative Pathway Activity Estimation in Single-Cell RNA Sequencing Data
2026, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.34133/csbj.0053
PMID:42021835
|
研究论文 | 提出FUNCellA工具，用于单细胞RNA测序数据的单样本富集分析和相对通路活性评估 | 整合7种单样本富集算法与新颖的相对激活阈值方法，利用无监督工具（k-means和高斯混合模型）进行单通路活性向量聚类，实现细胞亚群功能分类 | 未提及具体局限性 | 开发一种针对单细胞RNA测序数据的相对通路活性评分框架，解决数据稀疏性和噪声问题，并支持单通路活性向量聚类以发现亚群 | 单细胞RNA测序数据（包括真实和模拟数据）以及批量RNA测序和微阵列转录组数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、批量RNA测序(bulk RNA-Seq)、微阵列 | k-means、高斯混合模型 | 基因表达数据 | 单细胞RNA测序数据集（真实和模拟）、批量RNA测序和微阵列转录组数据 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 978 | 2026-04-24 |
Mapping the function of EF-hand domain-containing protein 2 and determining its clinical relevance in non-small-cell lung cancer through single-cell transcriptomics
2026, CytoJournal
IF:2.5Q2
DOI:10.25259/Cytojournal_29_2025
PMID:42022043
|
研究论文 | 利用单细胞转录组学绘制非小细胞肺癌肿瘤微环境中的细胞图谱，并评估EFHD2在肿瘤进展中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序分析非小细胞肺癌中EFHD2的表达异质性及其与免疫细胞浸润的关联 | 未说明具体局限性 | 探讨非小细胞肺癌中EFHD2在肿瘤进展和免疫调节中的作用及JAK-STAT信号通路机制 | 非小细胞肺癌肿瘤组织及癌旁组织样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序，免疫组化，蛋白质印迹，实时定量PCR | NA | 单细胞转录组数据，组织切片图像 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 979 | 2026-04-24 |
Osteopontin-expressing valvular interstitial cell subpopulation as a driver of extracellular matrix remodeling in aortic valve disease
2026, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2026.1755830
PMID:42022532
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研究论文 | 通过生物信息学再分析公开的单细胞RNA测序数据，鉴定出骨桥蛋白表达阳性的瓣膜间质细胞亚群，该亚群通过细胞外基质重塑驱动主动脉瓣疾病进展 | 首次在主动脉瓣疾病中鉴定出Spp1+瓣膜间质细胞亚群，并揭示其通过细胞外基质重构参与早期瓣膜硬化的分子机制 | 研究基于公开数据集的小鼠模型再分析，缺乏人类样本验证和功能实验 | 探究主动脉瓣疾病中致病性瓣膜间质细胞亚群及其细胞间通讯网络 | Apoe-/-和Ldlr-/-小鼠主动脉瓣组织的单细胞转录组数据 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 980 | 2026-04-24 |
From genes to clinical application: a circulating four-gene signature for early diagnosis model of refractory Mycoplasma pneumoniae pneumonia
2026, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2026.1741058
PMID:42022810
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研究论文 | 基于外周血单个核细胞中四个基因标志物建立难治性肺炎支原体肺炎早期诊断模型 | 首次结合单细胞RNA测序与RT-qPCR筛选出四个特异性上调基因（IGHM, NEAT1, IL32, ACTG1）并构建三分类逻辑回归模型，实现难治性肺炎支原体肺炎的早期鉴别诊断 | 研究样本量相对有限，外部验证队列仅54例，且模型基于单一中心数据，可能影响泛化性 | 识别难治性肺炎支原体肺炎的早期诊断生物标志物并构建诊断模型 | 儿童外周血单个核细胞 | 机器学习 | 肺炎支原体肺炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）, RT-qPCR | 多项逻辑回归模型 | 基因表达数据 | 349名儿童（117名健康对照，123名普通MPP，109名RMPP），其中8名用于scRNA-seq发现队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |