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当前共找到 39637 篇文献，本页显示第 961 - 980 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 961 | 2026-05-12 |
Functional Diversity of Two Novel Embryonic Microglial Subpopulations and Their Developmental Trajectories in Developing Mouse Brains
2025-11, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.70064
PMID:40714978
|
research paper | 发现小鼠胚胎大脑中两种新型小胶质细胞亚群及其发育轨迹 | 首次通过无分选单细胞RNA测序识别出两种新型胚胎小胶质细胞亚群EM1和EM2，并揭示其从CD68阴性向CD68阳性转化的发育轨迹 | 尚未在其他物种或人类中验证这些亚群的存在及其功能 | 探究胚胎小胶质细胞的异质性和发育轨迹 | 小鼠胚胎期第14天及出生后第1、14、90天的大脑细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序，多重免疫荧光染色 | 无监督聚类 | 单细胞转录组数据 | 胚胎期第14天小鼠大脑样本，以及出生后不同时间点样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 962 | 2026-05-12 |
Shared Lineage, Distinct Outcomes: Yap and Taz Loss Differentially Impact Schwann and Olfactory Ensheathing Cell Development Without Disrupting GnRH-1 Migration
2025-10, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.70057
PMID:40631762
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示Yap和Taz缺失对施万细胞和嗅鞘细胞发育的不同影响，且不影响GnRH-1神经元迁移 | 首次发现Yap和Taz在嗅鞘细胞发育中的重要性，并证明施万细胞与嗅鞘细胞共享共同起源但存在显著遗传差异 | 未完全阐明Yap/Taz调控嗅觉上皮发育的分子机制 | 探究Yap和Taz在嗅鞘细胞和施万细胞发育中的作用及其对GnRH-1神经元迁移的影响 | 小鼠胚胎鼻组织中的嗅鞘细胞、施万细胞、黑色素细胞及嗅觉感觉神经元 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 小鼠胚胎鼻组织样本（数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 963 | 2026-05-12 |
Diverse Subpopulations of Reactive Astrocytes Following Chronic Toxoplasma Infection
2025-10, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.70053
PMID:40635167
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序研究慢性弓形虫感染后反应性星形胶质细胞的异质性亚群及其动态变化 | 首次揭示慢性神经炎症期间反应性星形胶质细胞亚群的长期演变过程，并发现表达转甲状腺素蛋白的新型免疫调节亚群 | 仅使用一种感染模型（弓形虫）和一种报告基因小鼠品系，可能无法完全代表所有慢性神经炎症情况 | 探究慢性神经炎症过程中反应性星形胶质细胞亚群的多样性和功能 | 反应性星形胶质细胞亚群 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | Lcn2CreERT2报告基因小鼠模型中的脑组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 964 | 2026-05-12 |
ArchVelo: Archetypal Velocity Modeling for Single-cell Multi-omic Trajectories
2025-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.14.676182
PMID:41000980
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研究论文 | 介绍了ArchVelo，一种利用单细胞同时测定的染色质可及性（scATAC-seq）和转录组（scRNA-seq）数据来建模基因调控和推断细胞轨迹的新方法 | 将染色质可及性表示为基因调控程序的集合（原型），并建模其对转录的动态影响，与传统方法相比提高了推理准确性和基因级潜伏时间对齐能力 | NA | 从静态单细胞测量中推断动态细胞过程，建模基因调控并识别细胞轨迹 | 发育中的小鼠大脑、人类造血系统以及响应病毒感染的CD8 T细胞 | 机器学习 | NA | scATAC-seq, scRNA-seq | 原型模型（Archetypal Velocity Model） | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞ATAC测序， 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 965 | 2026-05-12 |
Spatial Transcriptomic Analysis Reveals HDAC Inhibition Modulates Microglial Dynamics to Protect Against Ischemic Stroke in Mice
2025-09, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.70035
PMID:40415727
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研究论文 | 通过空间转录组学分析，揭示组蛋白去乙酰化酶抑制剂调节小胶质细胞动力学，从而保护小鼠免受缺血性卒中损伤 | 首次利用空间转录组学和3D形态测量重建技术，在空间水平上揭示HDAC抑制剂调控小胶质细胞表型转化及其在卒中脑中的区域特异性保护机制 | 未提及 | 探索组蛋白去乙酰化酶抑制剂（HDACi）通过表观遗传调控小胶质细胞转录组和空间分布，促进缺血性卒中后神经修复的机制 | 小鼠卒中模型中的小胶质细胞及其在梗死周边区的空间分布 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学、3D形态测量重建 | NA | 图像、转录组数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 966 | 2026-05-12 |
Nuclear Profilin-1 for DNA Damage Repair Is Involved in Phagocytic Impairment of Senescent Microglia
2025-08, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.70028
PMID:40317528
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研究论文 | 本研究发现核内profilin-1参与DNA损伤修复，并涉及衰老小胶质细胞吞噬功能障碍 | 首次揭示profilin-1从细胞质向细胞核的转位在DNA双链断裂修复中的作用，并阐明其与衰老小胶质细胞吞噬功能损伤的关联 | 细胞松弛素D处理未能促进PFN1返回细胞质，且研究主要基于体外实验，需进一步体内验证 | 探究profilin-1在小胶质细胞DNA损伤修复中的作用及其对衰老相关吞噬功能的影响 | 小胶质细胞（体外培养及离体衰老小胶质细胞） | 自然语言处理 | 老年性疾病（脑衰老相关） | 单细胞RNA测序 | NA | 文本、图像（单细胞RNA测序数据） | 体外细胞实验及公开的小鼠脑单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 967 | 2026-05-12 |
Decellularized small intestinal hydrogel-encapsulated BMSCs attenuate dextran sulfate sodium-induced colitis in mice via immunomodulation and tissue repair
2025-Jul-23, Journal of materials chemistry. B
DOI:10.1039/d5tb00706b
PMID:40566954
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研究论文 | 开发脱细胞小肠水凝胶包裹骨髓间充质干细胞，通过免疫调节和组织修复缓解小鼠结肠炎 | 首次使用脱细胞小肠水凝胶作为骨髓间充质干细胞递送系统，通过直肠给药靶向结肠炎病变，其生物活性、生物相容性、生物降解性和机械性能优于常规PLGA-PEG-PLGA水凝胶，并通过多靶点协同效应减轻炎症 | 未来需进一步研究脱细胞小肠水凝胶与骨髓间充质干细胞间的相互作用机制，优化给药方案，并采用单细胞RNA测序阐明间充质干细胞介导的肠道微环境免疫调节 | 开发一种有效且安全的基于间充质干细胞的炎症性肠病治疗策略 | 大鼠骨髓间充质干细胞及右旋糖酐硫酸钠诱导的结肠炎小鼠模型 | 机器学习 | 炎症性肠病 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 968 | 2026-05-12 |
GatorST: A Versatile Contrastive Meta-Learning Framework for Spatial Transcriptomic Data Analysis
2025-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.01.662625
PMID:40672304
|
研究论文 | 提出GatorST框架，通过图建模、伪标签与对比元学习整合空间与转录组数据，提升空间域识别、基因表达插补等下游任务性能 | 首次结合图建模与对比元学习框架，利用伪标签弱监督信号和两跳邻域子图捕获局部与全局空间上下文，采用情景训练策略增强模型泛化能力 | 未在更高分辨率或单细胞分辨率空间数据上评估，且依赖于k近邻图构建和软K均值聚类，可能受预设参数影响 | 开发一种能有效整合空间信息与转录组数据并提升多样下游分析性能的通用框架 | 空间转录组学数据及对应的空间域、基因表达插补、批次效应去除和轨迹推断任务 | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | 对比学习与元学习框架 | 空间转录组数据 | 14个空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 969 | 2026-05-12 |
DGAT: A Dual-Graph Attention Network for Inferring Spatial Protein Landscapes from Transcriptomics
2025-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.05.662121
PMID:40672156
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研究论文 | 提出一种名为DGAT的双图注意力网络，从转录组数据推断空间蛋白质表达图谱 | 通过构建整合转录组、蛋白质组和空间信息的异构图，利用图注意力网络学习RNA-蛋白质关系，实现对仅含转录组数据的空间蛋白表达推断 | 依赖空间CITE-seq数据集进行训练，可能受限于训练数据的多样性和代表性 | 从仅含转录组数据的空间转录组学中推断空间蛋白质表达水平 | 扁桃体、乳腺癌、胶质母细胞瘤和恶性间皮瘤的公共及内部数据集 | 机器学习 | 乳腺癌, 胶质母细胞瘤, 恶性间皮瘤 | NA | 图注意力网络 | 图像, 文本 | 包含扁桃体、乳腺癌、胶质母细胞瘤和恶性间皮瘤的公共及内部数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 970 | 2026-05-12 |
Spatial transcriptomic applications in orthopedics
2025-Jul, Connective tissue research
IF:2.8Q1
DOI:10.1080/03008207.2025.2501703
PMID:40347072
|
综述 | 本综述介绍了空间转录组学在骨科研究中的变革性应用，重点在于解析肌肉骨骼组织内复杂的基因表达模式 | 首次系统综述空间转录组学在骨科多种组织中的应用，并探讨成像与测序方法在假设检验和假设生成中的不同优势 | 仅纳入29篇已发表文献，样本量有限；主要基于公开数据，未涉及新实验验证 | 探索空间转录组学在骨科疾病（如软骨、肌腱、滑膜等组织）中的临床应用潜力 | 肌肉骨骼组织（软骨、关节、骨、肌腱、韧带和滑膜） | 数字病理学 | 骨科疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录数据 | 29篇已发表手稿的空间转录组数据 | 10x Genomics, Vizgen, NanoString | 空间转录组学 | 10x Visium, 10x Xenium, seqFISH+, MERFISH, NanoString GeoMx DSP | 10x Visium 用于22篇文献，seqFISH+和MERFISH为成像基础，NanoString GeoMx DSP为测序基础 |
| 971 | 2026-05-12 |
Association of Obesity and Innate Immune Markers With Resistance to Biologic Therapy in Psoriasis
2025-Jun-01, JAMA dermatology
IF:11.5Q1
DOI:10.1001/jamadermatol.2025.0288
PMID:40172874
|
研究论文 | 肥胖和先天免疫标志物与银屑病生物制剂治疗抵抗的关联 | 通过空间转录组学揭示了表皮先天免疫信号和中性粒细胞活性升高与生物制剂治疗反应持久性降低的关联 | 样本量相对较小（87例患者），且为单中心横断面研究 | 阐明影响重度银屑病患者对生物制剂持续治疗反应的炎症微环境因素 | 18岁以上重度银屑病患者 | 生物信息学 | 银屑病 | 空间转录组学 | NA | 组织切片 | 87例患者（平均年龄42.2岁，24例女性，63例男性） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 972 | 2026-05-12 |
Comparative spatial transcriptomics reveals root dryland adaptation mechanism in rice and HMGB1 as a key regulator
2025-05-05, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2025.04.001
PMID:40195115
|
研究论文 | 通过比较空间转录组学揭示旱稻根部干旱适应机制及HMGB1作为关键调控因子 | 首次构建了旱稻与水稻节间和根尖的空间转录组图谱，并鉴定了HMGB1作为促进旱稻根系伸长和增厚从而增强抗旱能力的关键转录调控因子 | NA | 揭示旱稻根部适应干旱的分子和发育机制，为培育抗旱水稻提供遗传资源 | 旱稻和水稻的根部 | 自然语言处理 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 节间和根尖样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 973 | 2026-05-12 |
Impaired megakaryopoiesis due to aberrant macrophage polarization via BTK/Rap1/NF-κB pathway in sepsis-induced thrombocytopenia
2025-Apr-02, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2024.12.048
PMID:39741411
|
research paper | 该研究揭示了脓毒症诱导的血小板减少症中，巨噬细胞通过BTK/Rap1/NF-κB通路异常极化导致巨核细胞生成受损的机制 | 首次阐明BTK/Rap1/NF-κB通路在巨噬细胞极化调控中对巨核细胞生成和血小板计数的影响，并提供单细胞RNA测序证据 | 研究主要基于小鼠模型，需在人类样本中进一步验证；未明确其他潜在信号通路的参与 | 探索脓毒症诱导的血小板减少症的发病机制，特别是巨噬细胞的作用及BTK信号通路的影响 | 脓毒症血小板减少症患者和小鼠模型中的巨噬细胞与巨核细胞 | machine learning | geriatric disease | 单细胞RNA测序 | NA | 测序数据 | 脓毒症患者和小鼠模型样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 974 | 2026-05-12 |
CSsingle: A Unified Tool for Robust Decomposition of Bulk and Spatial Transcriptomic Data Across Diverse Single-Cell References
2025-Mar-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.07.588458
PMID:38645128
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research paper | 介绍CSsingle，一种通过解决细胞异质性关键挑战来增强bulk和空间转录组数据分解的统一工具 | CSsingle利用ERCC spike-in对照进行细胞大小校正，能准确考虑不同细胞类型间RNA含量差异，实现精确的bulk数据反卷积，并在空间转录组数据中实现精细尺度分析 | 未明确提及局限性 | 开发一种统一工具，用于将bulk和空间转录组数据与单细胞RNA-seq数据整合，推进复杂生物系统和疾病过程的研究 | bulk和空间转录组数据，以及单细胞RNA-seq参考数据 | machine learning | 食管腺癌，巴雷特食管，食管鳞状细胞癌 | RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 超过700个正常和患病样本（来自胃食管组织） | NA | bulk RNA-seq, 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 975 | 2026-05-12 |
Cotton2035: From genomics research to optimized breeding
2025-02-03, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2025.01.010
PMID:39844464
|
综述 | 本文回顾了棉花基因组研究在过去十年中的进展，提出通过基因组到育种策略优化棉花育种，并倡议启动棉花ENCODE项目以系统解码基因组功能元件和调控网络 | 提出棉花ENCODE项目以系统解码功能元件和调控网络，强调单细胞测序和高分辨率时空组学技术结合多组学数据、基因编辑及人工智能推动基因组驱动育种 | 未具体讨论现有技术整合的挑战或潜在应用障碍 | 通过从基因组研究到育种的转变，优化棉花关键农艺性状的遗传改良 | 棉花（包括野生和栽培棉属物种） | 基因组学 | NA | 单细胞测序, 高分辨率时空组学, 基因组编辑, 人工智能 | NA | 基因组序列, 多组学数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 976 | 2026-05-12 |
SpatialSNV: A novel method for identifying and analyzing spatially resolved SNVs in tumor microenvironments
2025-01-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaf065
PMID:40515555
|
研究论文 | 开发了一种名为SpatialSNV的新方法，用于识别和分析肿瘤微环境中空间分辨的单核苷酸变异 | 首次利用多种空间转录组平台识别肿瘤切片中的有效SNV，揭示SNV反映区域肿瘤进化轨迹并超越RNA表达变化，发现肿瘤边缘具有独特突变谱，且新SNV随距离递减 | 未明确指出局限性 | 理解肿瘤微环境中SNV的动态及其对肿瘤免疫串扰的影响，并识别潜在治疗靶点 | 肿瘤组织切片中的单核苷酸变异 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | 多种空间转录组平台 | NA |
| 977 | 2026-05-12 |
SeuratExtend: streamlining single-cell RNA-seq analysis through an integrated and intuitive framework
2025-01-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaf076
PMID:40627366
|
研究论文 | SeuratExtend是一个基于Seurat框架的R包，通过集成多种工具和数据库，简化单细胞RNA-seq数据分析流程 | 通过统一R接口集成多个流行Python工具（如scVelo、Palantir、SCENIC），并引入通路水平分析和簇注释的新应用 | 未提及具体局限性 | 为scRNA-seq数据提供集成、直观且用户友好的分析框架 | 肿瘤相关高内皮小静脉和自身炎症性疾病的scRNA-seq数据 | 机器学习 | 癌症, 自身炎症性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 978 | 2026-05-12 |
A framework to mine laser microdissection-based omics data and uncover regulators of pancreatic cancer heterogeneity
2025-01-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaf101
PMID:40910795
|
研究论文 | 提出并验证了一个优化框架，用于对激光显微切割获取的多个空间分辨肿瘤区域进行RNA测序，以揭示胰腺导管腺癌的异质性及其调控机制 | 开发了LMD-seq优化框架，提高了检测低表达基因的灵敏度，优于单细胞RNA-seq方法，特别在识别稀有肿瘤细胞群体和低表达转录程序方面 | 未在标题和摘要中明确说明研究的局限性 | 挖掘基于激光显微切割的组学数据，揭示胰腺癌异质性的调控因子 | 胰腺导管腺癌的多个空间分辨肿瘤区域 | 机器学习 | 胰腺癌 | RNA测序 | NA | 测序数据 | 未在标题和摘要中明确说明样本数量 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 多个空间分辨激光显微切割肿瘤区域的RNA测序 |
| 979 | 2026-05-12 |
AEnet: a practical tool to construct the splicing-associated phenotype atlas at a single cell level
2025-01-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaf110
PMID:40990037
|
research paper | AEnet是一种结合基因表达与可变剪接模式的新型方法，用于在单细胞水平构建剪接相关表型图谱 | 首次将基因表达水平与可变剪接模式整合，提出'细胞亚群'新概念，并识别关键剪接事件及其调控机制 | 单细胞测序数据存在测序深度浅、高丢失率和批次效应等固有局限性 | 开发AEnet工具以剖析细胞异质性并定义细胞亚群 | 肿瘤细胞、泛癌免疫细胞和胚胎细胞 | machine learning | cancer | scRNA-seq | AEnet | gene expression profiles and splicing patterns | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 980 | 2026-05-12 |
GTestimate: improving relative gene expression estimation in scRNA-seq using the Good-Turing estimator
2025-01-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaf084
PMID:41159548
|
研究论文 | 提出了基于Good-Turing估计器的GTestimate方法，改进了scRNA-seq中相对基因表达估计并开发了验证方法cta-seq | 首次将Good-Turing估计器应用于单细胞RNA-seq数据标准化，解决传统方法忽略未观测基因的问题，并开发了细胞靶向PCR扩增方法cta-seq进行验证 | 未提及具体局限性，但依赖Seurat工作流可能限制了与其他工具的兼容性 | 改进单细胞RNA-seq数据中相对基因表达估计的准确性 | 单细胞RNA-seq数据中的相对基因表达估计 | 机器学习 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, PCR扩增 | Good-Turing估计器 | 基因表达数据 | 4个示例数据集 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | NA | NA |