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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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961 | 2025-10-05 |
Elucidating anti-triple-negative breast cancer mechanisms and mitigating toxicity of Fritillaria thunbergii Miq.: A multi-omics and network pharmacology approach
2025-Sep-13, Journal of ethnopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.jep.2025.120600
PMID:40953776
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研究论文 | 本研究通过多组学和网络药理学方法评估浙贝母抗三阴性乳腺癌的潜在治疗机制和安全性 | 整合网络药理学、机器学习、单细胞RNA测序和分子对接模拟,首次系统阐明浙贝母抗TNBC的分子机制,并通过结构优化降低毒性 | 计算生物学研究,缺乏实验验证 | 评估传统中药浙贝母抗三阴性乳腺癌的潜在治疗机制和安全性 | 浙贝母生物活性成分及其与三阴性乳腺癌的相互作用 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 网络药理学、机器学习、单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟、网络毒理学 | 机器学习算法 | 组学数据、化合物结构数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
962 | 2025-10-05 |
Elevated P4HB expression in hepatocellular carcinoma and its role in UCA1-mediated malignant progression
2025-Sep-12, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112131
PMID:40945634
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研究论文 | 本研究探讨P4HB在肝细胞癌中的表达及其通过UCA1促进恶性肿瘤进展的作用机制 | 首次发现P4HB与lncRNA UCA1之间的相互作用,并揭示其通过增强糖酵解促进HCC恶性行为的新机制 | 未明确说明样本量大小及研究人群的具体特征 | 研究P4HB在肝细胞癌进展中的作用及其作为诊断生物标志物的潜力 | 肝细胞癌细胞及患者血清样本 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | 单细胞测序,ROC分析,体外和体内功能实验 | NA | 基因表达数据,血清蛋白水平数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
963 | 2025-10-05 |
DAESC+: High-performance, integrated software for single-cell allele-specific expression data
2025-Sep-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.03.674100
PMID:40964337
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研究论文 | 开发了用于单细胞等位基因特异性表达数据处理和分析的高性能集成软件DAESC+ | 提供了首个端到端的单细胞ASE专用计算工具,预处理模块DAESC-P比现有SALSA流程更准确,分析模块DAESC-GPU比前代方法DAESC快数十倍且可扩展至百万级细胞 | NA | 开发高性能的单细胞等位基因特异性表达数据分析工具 | 单细胞等位基因特异性表达数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | GPU加速计算 | 单细胞RNA测序数据 | OneK1K队列子集(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
964 | 2025-10-05 |
Spatiotemporal analysis of Crohn's disease reveals PECAM2 signaling at the basis of the inflammation-to-fibrosis transition
2025-Sep-07, Journal of Crohn's & colitis
DOI:10.1093/ecco-jcc/jjaf130
PMID:40680170
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研究论文 | 通过时空转录组学分析克罗恩病,揭示PECAM2信号在炎症向纤维化转变中的关键作用 | 首次结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术,系统解析克罗恩病中炎症向纤维化转变的细胞分子机制,并发现PECAM2-CD38信号轴的关键驱动作用 | 样本量相对有限(13个手术标本),研究结果需要在更大队列中进一步验证 | 阐明克罗恩病从慢性炎症向纤维化发展的分子机制 | 克罗恩病患者手术标本、TNBS诱导的慢性结肠炎小鼠模型 | 空间转录组学 | 克罗恩病 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 免疫染色, 配体-受体相互作用分析, 伪时间分析 | 计算分析流程, TNBS诱导的小鼠结肠炎模型 | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 免疫染色图像 | 13个手术标本(包括炎症组织、纤维化组织和健康对照) | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
965 | 2025-10-05 |
Differential Localization of β-Catenin Protein in CTNNB1 Mutant Endometrial Cancers Results in Distinct Transcriptional Profiles
2025-Sep, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.modpat.2025.100791
PMID:40348058
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析CTNNB1突变子宫内膜癌中β-连环蛋白不同亚细胞定位导致的转录谱差异 | 首次发现β-连环蛋白在CTNNB1突变子宫内膜癌中的亚细胞定位差异导致瘤内转录异质性,并鉴定出TROP2作为Wnt/β-连环蛋白信号通路的新治疗靶点 | 研究样本量有限,未明确说明具体病例数量;空间转录组学分析仅针对选定区域 | 确定β-连环蛋白不同亚细胞定位对子宫内膜癌下游基因表达的影响 | CTNNB1外显子3突变的子宫内膜样子宫内膜癌组织 | 空间转录组学 | 子宫内膜癌 | 空间转录组学,差异表达分析,层次聚类分析 | NA | 空间转录组数据,蛋白质定位数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
966 | 2025-10-05 |
Nerve-associated macrophages control adipose homeostasis across lifespan and restrain age-related inflammation
2025-Sep, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-025-00952-9
PMID:40897908
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研究论文 | 本研究揭示了神经相关巨噬细胞在调控脂肪组织稳态和抑制年龄相关炎症中的关键作用 | 首次发现并定义了神经相关巨噬细胞这一特殊脂肪组织巨噬细胞亚群,揭示了其在控制脂肪组织稳态和抑制年龄相关炎症中的新机制 | 研究仅在鼠类模型中进行,尚未在人类中验证;具体分子机制仍需进一步研究 | 探究脂肪组织巨噬细胞在年龄相关炎症中的作用机制 | 小鼠脂肪组织中的巨噬细胞亚群 | 免疫学 | 老年疾病 | 单细胞测序,多参数流式细胞术,血管内标记 | NA | 单细胞测序数据,流式细胞数据 | 不同年龄段的小鼠脂肪组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
967 | 2025-10-05 |
MIG-21 interacts with Wnt and Netrin signaling in gonad migration in C. elegans
2025-Sep, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011866
PMID:40953068
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现mig-21基因在线虫生殖腺迁移中的新调控作用 | 首次在线虫生殖腺迁移研究中应用单细胞RNA测序技术,发现mig-21与Wnt和Netrin信号通路协同调控远端尖端细胞的迁移 | 研究主要基于已发表的单细胞RNA测序数据集,实验验证仍依赖传统遗传学方法 | 探究线虫生殖腺迁移过程中新的遗传调控机制 | 秀丽隐杆线虫的生殖腺远端尖端细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序,RNAi敲低,活细胞成像,经典遗传学技术 | NA | 单细胞RNA测序数据,显微成像数据 | 已发表的成年秀丽隐杆线虫单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
968 | 2025-10-05 |
Spatial gene expression at single-cell resolution from histology using deep learning with GHIST
2025-Sep, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02795-z
PMID:40954301
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研究论文 | 开发了一种基于深度学习的框架GHIST,能够从组织学图像预测单细胞分辨率空间基因表达 | 利用亚细胞空间转录组学和多层生物信息协同关系,实现单细胞分辨率的空间基因表达预测 | 未明确说明具体的技术限制 | 开发从常规组织学图像预测空间基因表达的方法 | 公共数据集和癌症基因组图谱数据 | 数字病理学 | 癌症 | 深度学习 | 深度学习框架 | 组织学图像、空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
969 | 2025-10-05 |
Single-cell consequences of X-linked meiotic drive in stalk-eyed flies
2025-Sep, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011816
PMID:40966227
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序研究马来西亚突眼蝇X连锁减数分裂驱动对睾丸转录组景观和性染色体调控的影响 | 首次在非模式生物突眼蝇中构建睾丸单细胞图谱,揭示减数分裂驱动系统对性染色体调控的独特影响 | 研究局限于单一物种,缺乏与其他驱动系统的比较分析 | 探究性连锁减数分裂驱动的分子机制及其对配子发生和性染色体调控的影响 | 马来西亚突眼蝇(Teleopsis dalmanni)的睾丸组织 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 驱动型和标准型睾丸样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
970 | 2025-10-05 |
Mitoepigenetic Targeting of Age-Related Dysfunction: Mechanisms, Therapeutic Avenues, and Transgenerational Implications
2025-Sep, Aging advances
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综述 | 探讨线粒体表观遗传学在衰老及相关疾病中的作用机制与治疗前景 | 系统整合线粒体表观遗传调控机制,提出跨代表观遗传记忆和精准医疗新策略 | 线粒体DNA甲基化检测技术存在标准化难题,临床转化面临挑战 | 阐明线粒体表观遗传在年龄相关功能障碍中的调控机制与治疗潜力 | 线粒体DNA、核小体动力学、非编码RNA、代谢产物修饰 | 表观遗传学 | 衰老相关疾病 | 单细胞测序、CRISPR技术、表观遗传分析 | NA | 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
971 | 2025-10-05 |
Graph-based deep learning for integrating single-cell and bulk transcriptomic data to identify clinical cancer subtypes
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf467
PMID:40966644
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研究论文 | 提出一种基于图深度学习的单细胞和批量转录组数据整合方法,用于识别临床癌症亚型 | 开发了scBGDL方法,通过构建样本特异性基因图来建模基因-基因相互作用和细胞关系,结合图注意力网络、MinCutPool层和Transformer模块 | 未明确说明方法在处理特定数据类型或技术变体时的局限性 | 整合单细胞和批量转录组数据以精确识别癌症亚型和预测临床结局 | 癌症患者转录组数据 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序,批量转录组测序 | 图注意力网络,Transformer,图深度学习 | 基因表达数据 | 16种TCGA癌症类型,肺癌1099例,卵巢癌762例,黑色素瘤305例 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
972 | 2025-10-05 |
ISENICS: a model for identifying senescent immune cells and samples and characterization of their roles in tumor microenvironment
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf469
PMID:40966646
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研究论文 | 开发ISENICS模型识别衰老免疫细胞并研究其在肿瘤微环境中的作用 | 首次开发了能够量化不同免疫细胞类型衰老水平的模型,并系统分析了23种癌症类型中衰老免疫细胞的特征 | NA | 探索衰老免疫细胞在肿瘤免疫微环境中的作用及其与免疫治疗反应的关系 | 23种癌症类型的肿瘤样本和正常样本中的免疫细胞 | 生物信息学 | 癌症 | RNA-seq | 去卷积算法 | 基因表达数据 | 23种癌症类型的样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
973 | 2025-10-05 |
A STAT3/integrin axis accelerates pancreatic cancer initiation and progression
2025-Aug-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116010
PMID:40701148
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研究论文 | 本研究揭示了STAT3通过调控ITGB3表达加速胰腺癌发生发展的新机制 | 发现STAT3通过染色质可及性调控ITGB3表达的塑性调控机制,并建立了18基因特征用于生存分层 | NA | 探究STAT3信号通路在胰腺癌发生发展中的调控机制 | 胰腺导管腺癌细胞 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | ChIP-seq, 单细胞转录组学 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
974 | 2025-10-05 |
Aggrecan protects against plaque accumulation and is essential for proper microglial responses to plaques
2025-Aug-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116064
PMID:40748756
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研究论文 | 本研究探讨了聚集蛋白聚糖在阿尔茨海默病中对斑块积累的抑制作用及其对小胶质细胞反应的关键调控作用 | 首次通过基因敲除方法证明聚集蛋白聚糖缺失会增强疾病相关小胶质细胞表型并改变斑块形态 | 研究基于5xFAD小鼠模型,结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探究神经周围网络在阿尔茨海默病发病机制中的作用 | 5xFAD转基因小鼠模型和Acan条件性敲除小鼠 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞空间转录组学,基因敲除技术 | 条件性基因敲除模型 | 基因表达数据,组织成像数据 | 转基因小鼠模型 | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
975 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptional landscape of liver transplant rejection reveals tissue persistence of clonally expanded, treatment-resistant T cells
2025-Aug-12, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons
IF:8.9Q1
DOI:10.1016/j.ajt.2025.08.004
PMID:40812614
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示肝移植排斥中克隆扩增、治疗抵抗性T细胞的持续存在机制 | 首次在肝移植排斥中系统描绘CD8 T细胞的克隆扩增、表型特征和空间定位,发现其治疗后的持续存在现象 | 样本量相对有限(30例),主要针对儿科患者,结果在成人中的普适性需进一步验证 | 探究肝移植T细胞介导排斥中CD8 T细胞的克隆动态和分子特征 | 儿科肝移植患者的冷冻保存肝活检组织 | 单细胞生物学 | 肝移植排斥 | 单细胞RNA测序,免疫受体谱分析,MultiNicheNet分析 | NA | 单细胞转录组数据,免疫受体序列数据 | 30例冷冻保存肝活检组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
976 | 2025-10-05 |
Identification and validation of mitochondrial ferroptosis and immune microenvironment-related hub biomarkers in liver cirrhosis by integrated bioinformatics analysis
2025 Jul-Sep, Science progress
IF:2.6Q2
DOI:10.1177/00368504251380638
PMID:40966021
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研究论文 | 通过整合生物信息学分析鉴定并验证了与肝硬化中线粒体铁死亡和免疫微环境相关的关键生物标志物 | 首次将线粒体铁死亡与免疫微环境结合,通过多组学数据分析鉴定肝硬化关键生物标志物 | 研究主要基于公共数据库的转录组数据,需要进一步实验验证 | 鉴定肝硬化诊断和治疗的可靠生物标志物 | 肝硬化患者转录组数据 | 生物信息学 | 肝硬化 | 转录组测序,单细胞测序,免疫组化,分子对接 | LASSO回归,随机森林,WGCNA,机器学习 | 基因表达数据,单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
977 | 2025-10-05 |
Heterogeneity of mature oligodendrocytes in the central nervous system
2025-May-01, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00055
PMID:38934385
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综述 | 本文系统总结了成熟少突胶质细胞在中枢神经系统中的异质性特征 | 整合了从20世纪早期研究到现代单细胞技术的证据,首次全面梳理成熟少突胶质细胞的功能和分子多样性 | 细胞亚型分类存在简化风险,且现有研究受限于时间分辨率和技术手段 | 探讨成熟少突胶质细胞在中枢神经系统中的异质性特征 | 成熟少突胶质细胞 | 神经科学 | 多发性硬化症,阿尔茨海默病,精神疾病 | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,空间转录组学,单细胞蛋白质组学 | NA | 转录组数据,形态学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
978 | 2025-10-05 |
Distinct adipose progenitor cells emerging with age drive active adipogenesis
2025-Apr-25, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adj0430
PMID:40273250
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现中年小鼠内脏脂肪中出现独特的脂肪祖细胞亚群CP-A,揭示其驱动年龄依赖性脂肪重塑的机制 | 首次鉴定出年龄富集的定向前脂肪细胞亚群CP-A,并证明其通过白血病抑制因子受体信号通路驱动内脏脂肪扩张 | 研究主要基于小鼠模型,人类相关性尚需进一步验证 | 探究年龄依赖性脂肪组织重塑的细胞机制 | 小鼠脂肪祖细胞 | 单细胞生物学 | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序,谱系追踪,细胞移植,药理学和遗传学操作 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
979 | 2025-10-05 |
Multi-omics integration uncovers key transcriptional regulators in triple-negative breast cancer spatial heterogeneity
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1614254
PMID:40969325
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研究论文 | 通过多组学整合方法构建三阴性乳腺癌空间细胞图谱,揭示关键转录调控因子 | 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学构建TNBC空间细胞图谱,识别细胞类型特异性转录调控网络 | 研究样本量有限,需要更大规模验证;空间分辨率的限制可能影响细胞互作分析的精确性 | 解析三阴性乳腺癌空间异质性及其调控机制 | 三阴性乳腺癌组织样本 | 空间转录组学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫组织化学验证 | 转录因子调控网络, 受体-配体相互作用分析 | 单细胞基因表达数据, 空间基因表达数据, 组织图像数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
980 | 2025-10-05 |
NADH supplementation improves human oocyte maturation and developmental competence of resulting embryos in controlled ovarian hyperstimulation cycles: a pilot study implicating the CDK2/GAS6 signaling pathway
2025, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2025.1627679
PMID:40969372
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研究论文 | 本研究探讨NADH补充对人类卵母细胞成熟及胚胎发育能力的影响 | 首次研究NADH(NAD+还原形式)对人类卵母细胞成熟的直接影响,并揭示CDK2/GAS6信号通路在此过程中的作用机制 | 初步研究,样本量有限,需要更大规模研究验证 | 评估NADH对人类卵母细胞体外成熟和胚胎发育能力的影响 | 控制性卵巢刺激周期中废弃的GV/MⅠ期人类卵母细胞 | 生殖医学 | 卵巢功能减退 | 单细胞RNA测序,免疫荧光,线粒体表型分析 | NA | 基因表达数据,图像数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |