单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
961	2025-05-27	Single-cell RNA sequencing in the study of human retinal organoids 2025-Jul, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2025.110417 PMID:40320034	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在人类视网膜类器官研究中的应用及其在视网膜发育和疾病研究中的重要作用	scRNA-seq技术能够识别不同的细胞群体、揭示发育轨迹和视网膜疾病的分子特征，为视网膜神经发生、细胞多样性及退行性疾病的病理生理学提供了新见解	NA	探讨scRNA-seq在视网膜类器官研究中的应用及其对理解视网膜发育和疾病的贡献	人类视网膜类器官（ROs）	生物医学研究	视网膜退行性疾病	scRNA-seq, 空间转录组学, CRISPR筛选	NA	单细胞RNA测序数据	NA
962	2025-05-27	Calceolarioside B targets MMP12 in the tumor microenvironment to inhibit M2 macrophage polarization and suppress hepatocellular carcinoma progression 2025-Jul, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156805 PMID:40347889	研究论文	本研究探讨了Calceolarioside B通过靶向肿瘤微环境中的MMP12抑制M2巨噬细胞极化，从而抑制肝细胞癌进展的机制	首次发现Calceolarioside B作为MMP12的新型抑制剂，能够调节肿瘤微环境中的TAMs，为肝细胞癌治疗提供了新的靶向策略	研究主要基于小鼠模型和体外共培养系统，尚未在人体临床试验中验证	探究Calceolarioside B对肝细胞癌中肿瘤相关巨噬细胞的影响及其潜在靶点和调控机制	肝细胞癌（HCC）及其肿瘤微环境中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	肝细胞癌	细胞热转移实验、小分子下拉实验、表面等离子体共振、单细胞RNA测序、TCGA数据分析	小鼠肝内移植HCC模型、巨噬细胞-HCC细胞共培养系统	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	NA
963	2025-05-27	Ophiopogonin C protects against acute lung injury by fatal sepsis through pyroptosis macrophage 2025-Jul, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156698 PMID:40397999	research paper	研究揭示了麦冬皂苷C通过抑制巨噬细胞焦亡来对抗致命性脓毒症引起的急性肺损伤的保护机制	发现麦冬皂苷C通过抑制DDX3X与NLRP3的相互作用来减少巨噬细胞焦亡，从而保护急性肺损伤	研究仅在小鼠模型和单细胞数据中进行，尚未进行人体临床试验	揭示麦冬皂苷C对致命性脓毒症引起的急性肺损伤的保护机制	小鼠模型和脓毒症患者的单细胞数据	医学研究	急性肺损伤	单细胞RNA测序、分子对接模型	小鼠脓毒症模型	实验数据、单细胞数据	小鼠模型及脓毒症患者的单细胞数据
964	2025-05-27	The upregulation of TNKS1 drives the phenotypic switching of vascular smooth muscle cells in aortic dissection through the activation of ferroptosis 2025-Jun-17, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114722 PMID:40359887	研究论文	本研究探讨了TNKS1在主动脉夹层（AD）中对人类主动脉平滑肌细胞（HASMCs）表型转换的影响，揭示了TNKS1通过激活铁死亡驱动HASMCs表型转换的机制	首次发现TNKS1通过激活铁死亡驱动HASMCs表型转换，揭示了TNKS1在AD发病中的关键作用	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在临床患者中进行验证	探究TNKS1在AD发病中的作用机制	人类主动脉平滑肌细胞（HASMCs）	心血管疾病研究	主动脉夹层	单细胞RNA测序、WB、免疫荧光、RT-q-PCR、划痕实验、Co-IP	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	NA
965	2025-05-27	Bile acids produced by gut microbiota activate TGR5 to promote colorectal liver metastasis progression by inducing MDSCs infiltration in liver 2025-Jun-17, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114829 PMID:40367692	research paper	该研究揭示了肠道微生物产生的胆汁酸通过激活TGR5促进结直肠肝转移的机制	发现了LCA通过TGR5-CCL3轴招募MDSCs的新机制，并揭示了MDSCs在肿瘤微环境中的双重作用	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	探究结直肠肝转移(CRLM)的免疫抑制微环境形成机制	结直肠癌肝转移小鼠模型	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光、Luminex多重检测	小鼠疾病模型	代谢组学数据、单细胞转录组数据	四个小鼠队列(CRC、CRLM、LCA-fed CRC和LCA-fed CRLM)
966	2025-05-27	Compromised adenosine-A2AR axis contributes to recurrent spontaneous abortion by promoting proinflammatory macrophage polarization 2025-Jun-17, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114838 PMID:40373597	研究论文	本研究探讨了复发性自然流产(RSA)与巨噬细胞极化之间的关系，发现腺苷(Ado)可能作为生物标志物和治疗靶点	揭示了腺苷-A2AR轴在RSA中的作用机制，发现HK2过表达与巨噬细胞极化相关	研究样本量未明确说明，且体外实验结果需进一步体内验证	探究RSA的发病机制并寻找潜在治疗靶点	RSA患者的蜕膜组织和正常妊娠组织	生殖医学	复发性自然流产	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
967	2025-05-27	Multidimensional bioinformatics analysis reveals the potential carcinogenic role of acrylamide in colorectal cancer 2025-Jun-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118281 PMID:40347726	研究论文	本研究通过多维生物信息学分析揭示了丙烯酰胺在结直肠癌中的潜在致癌作用	识别了四个关键的丙烯酰胺相关结直肠癌驱动基因，并揭示了它们通过PI3K-AKT通路和免疫抑制微环境的作用机制	需要在更多队列和实验模型中验证关键靶点	阐明丙烯酰胺诱导结直肠癌的分子机制，为早期诊断和预防提供理论基础	丙烯酰胺相关基因和结直肠癌差异表达基因	生物信息学	结直肠癌	双向双样本孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、分子对接	NA	基因表达数据	来自GEO和CTDbase数据库的数据，以及TCGA数据
968	2025-05-27	Network toxicological and single-cell sequencing reveals the potential mechanisms of psoriatic toxicity of polybrominated diphenyl ethers 2025-Jun-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118307 PMID:40367614	研究论文	本研究通过网络毒理学和单细胞测序技术探讨了多溴联苯醚（PBDEs）诱导银屑病毒性的潜在机制	结合网络毒理学和单细胞测序技术，首次在单细胞分辨率下揭示了PBDEs通过IL-24信号通路激活免疫细胞的机制，并鉴定了与银屑病发病相关的关键靶点	研究主要基于生物信息学分析和分子对接，缺乏体内或体外实验验证	探究多溴联苯醚（PBDEs）诱导银屑病毒性的分子机制	多溴联苯醚（PBDEs）与银屑病的关联机制	网络毒理学与单细胞测序	银屑病	网络毒理学分析、单细胞测序、分子对接	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	NA
969	2025-05-27	Machine Learning and Mendelian Randomization Reveal a Tumor Immune Cell Profile for Predicting Bladder Cancer Risk and Immunotherapy Outcomes 2025-Jun, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2025.01.016 PMID:40122457	研究论文	本研究旨在利用肿瘤浸润免疫细胞（TIIC）相关基因开发膀胱癌（BLCA）的预测模型	构建了一个新的TIIC特征评分，用于BLCA的预后和免疫治疗预测，并发现该评分与患者生存状态、肿瘤分期及PD-L1免疫治疗反应显著相关	未发现非癌性膀胱状况与BLCA之间的显著统计学关联，仅在SNP位点rs3763840上发现显著关联	开发膀胱癌的预测模型并评估其预后和免疫治疗反应	膀胱癌患者及其肿瘤浸润免疫细胞相关基因	机器学习	膀胱癌	RNA表达数据分析、scRNA-seq、孟德尔随机化	20种机器学习算法	RNA表达数据、单细胞RNA测序数据	来自TCGA和GEO数据库的多个RNA表达数据集和scRNA-seq数据
970	2025-05-27	Autophagy-related gene SQSTM1 predicts the prognosis of hepatocellular carcinoma 2025-Jun, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110358 PMID:40378566	研究论文	本研究通过结合生物信息学和实验方法，构建了一个基于自噬相关基因的预测模型，以预测肝细胞癌（HCC）的预后，并筛选出核心基因SQSTM1作为潜在的治疗靶点	构建了一个新的基于自噬相关基因的风险预测模型，并验证了其优于现有模型的预测性能，同时发现SQSTM1在肿瘤相关巨噬细胞中显著富集，可作为独立的预后因素	研究依赖于公开数据集（TCGA、GEO、ICGC）的数据，可能受限于数据的质量和样本量	阐明自噬通路在HCC中的作用，并识别潜在的治疗靶点，以改善HCC的诊断和治疗	肝细胞癌（HCC）患者及其相关基因表达数据	生物信息学	肝细胞癌	生物信息学分析、单细胞测序、药物敏感性分析	机器学习模型	基因表达数据	TCGA、GEO和ICGC数据集中的HCC样本
971	2025-05-27	Spatiotemporal transcriptome atlas of developing mouse lung 2025-May-30, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2025.03.012 PMID:40118721	research paper	该研究通过高通量空间转录组学技术，构建了小鼠肺部发育的时空转录组图谱，涵盖了从E12.5到P0的关键发育事件	首次报道了发育中肺部的全面时空转录组图谱，整合了单细胞RNA测序数据，识别了10个对功能性肺组织至关重要的空间域	研究仅限于小鼠模型，未直接验证人类肺部发育的相关性	理解哺乳动物肺部的功能发育过程及其分子机制	发育中的小鼠肺部	空间转录组学	NA	高通量空间转录组学, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	从小鼠E12.5到P0的肺部发育阶段
972	2025-05-27	An automatic annotation tool and reference database for T cell subtypes and states at single-cell resolution 2025-May-30, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2025.02.043 PMID:40157887	research paper	该研究构建了一个包含1,348,268个T细胞的人类T细胞参考数据库，并开发了一个名为STCAT的自动注释工具，用于从单细胞RNA测序数据中自动注释T细胞亚型和状态	构建了最大的人类T细胞参考数据库，开发了STCAT自动注释工具，其准确率比现有工具高28%，并创建了TCellAtlas数据库供用户浏览和分析数据	NA	为T细胞亚型和状态提供一个参考列表和自动注释工具，以促进T细胞免疫和肿瘤免疫学研究	人类T细胞	生物信息学	lung cancer, COVID-19, ovarian cancer	scRNA-seq	hierarchical models	单细胞RNA测序数据	1,348,268个T细胞，来自35种条件和16种组织
973	2025-05-27	Integrative Analysis of Bulk Multiomics and Single-Cell Transcriptomics Elucidates Age-Related Molecular Landscape Alterations in Cervical Cancer 2025-May-26, Annals of surgical oncology IF:3.4Q1 DOI:10.1245/s10434-025-17464-w PMID:40415156	研究论文	通过整合分析批量多组学和单细胞转录组学数据，揭示了宫颈癌中与年龄相关的分子景观变化	首次对不同年龄段的宫颈癌患者进行全面的分子特征比较，包括转录组、免疫微环境、基因组和表观遗传特征，并结合单细胞RNA测序数据验证	样本量相对有限，尤其是单细胞RNA测序数据仅来自11个样本	探究不同年龄段宫颈癌患者的分子特征差异，为年龄特异性治疗策略提供依据	307名宫颈癌患者的临床和多组学数据，以及11个宫颈癌样本的单细胞RNA测序数据	数字病理学	宫颈癌	批量多组学分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据、基因组数据、表观遗传数据、单细胞RNA测序数据	307名患者(TCGA数据库) + 11个单细胞样本(GEO数据库)
974	2025-05-27	Spatial Transcriptomic Analysis Reveals HDAC Inhibition Modulates Microglial Dynamics to Protect Against Ischemic Stroke in Mice 2025-May-26, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.70035 PMID:40415727	研究论文	通过空间转录组分析揭示HDAC抑制通过调节小胶质细胞动态以保护小鼠免受缺血性中风的影响	首次利用空间转录组学和3D形态重建技术研究HDAC抑制剂对小胶质细胞转录组和形态表型的影响，揭示了其促进缺血半影区修复性神经保护表型的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究HDAC抑制剂如何通过表观遗传调控小胶质细胞活性来改善缺血性中风	缺血性中风小鼠模型中的小胶质细胞	神经科学	缺血性中风	空间转录组学, 3D形态重建	啮齿动物中风模型	转录组数据, 形态数据	未明确说明数量的小鼠样本
975	2025-05-27	Mapping the peripheral immune landscape of Parkinson's disease patients with single-cell sequencing 2025-May-26, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awaf066 PMID:40417848	研究论文	通过单细胞测序技术绘制帕金森病患者外周免疫细胞图谱，揭示疾病相关免疫特征	首次全面描绘帕金森病患者外周免疫细胞的转录组变化，发现特定免疫细胞亚型的激活状态变化及共享T细胞克隆	样本量相对较小(14例患者)，未涵盖所有帕金森病亚型	探索帕金森病外周免疫特征，寻找潜在生物标志物	帕金森病患者和健康对照者的外周血单个核细胞	单细胞组学	帕金森病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和T细胞受体测序(TCR-seq)	NA	单细胞转录组数据	24例样本(10例健康对照和14例帕金森病患者)，共78,876个细胞
976	2025-05-27	SEC61G promotes colorectal cancer progression by regulating cytosolic Ca2+ concentration 2025-May-25, Journal of gastroenterology IF:6.9Q1 DOI:10.1007/s00535-025-02259-3 PMID:40413702	研究论文	本文研究了SEC61G通过调节胞质钙离子浓度促进结直肠癌进展的机制	揭示了SEC61G通过调节胞质钙离子浓度激活EGFR信号通路的新机制，并验证了其在结直肠癌中的预后和治疗潜力	未明确SEC61G与其他钙离子调节蛋白的相互作用机制	探究SEC61G在结直肠癌进展中的作用机制	结直肠癌细胞和组织	癌症生物学	结直肠癌	生物信息学分析、RT-qPCR、免疫组化、scRNA-seq、ST-seq	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	TCGA数据集中的结直肠癌样本、体外和体内实验数据
977	2025-05-27	Repetitive Transcranial Magnetic Stimulation Induces Cognitive Recovery in Alzheimer's Disease via GABAergic Neuron Activation of the Cx3cl1-Cx3cr1 Axis 2025-May-25, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70061 PMID:40415257	研究论文	本研究探讨了重复经颅磁刺激（rTMS）通过激活GABA能神经元和调节Cx3cl1-Cx3cr1信号轴在阿尔茨海默病（AD）认知恢复中的作用	揭示了rTMS通过激活GABA能神经元和增强Cx3cl1-Cx3cr1信号促进Aβ清除和认知恢复的新机制，为非侵入性AD治疗提供了新的分子靶点	研究基于5xFAD小鼠模型，结果在人类AD患者中的适用性需要进一步验证	探究rTMS对AD认知功能恢复的分子机制	5xFAD转基因小鼠模型	神经科学	阿尔茨海默病	scRNA-seq分析、rTMS	5xFAD小鼠模型	基因表达数据、行为数据	未明确说明样本量（使用5xFAD小鼠模型）
978	2025-05-27	Integrative multi-omics reveal NSUN2 facilitates glycolysis and histone lactylation-driven immune evasion in renal carcinoma 2025-May-24, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-025-00336-4 PMID:40413354	研究论文	本研究通过整合多组学数据揭示了NSUN2在肾癌中通过促进糖酵解和组蛋白乳酸化驱动的免疫逃逸机制	首次发现NSUN2通过m5C依赖的方式调控糖酵解和组蛋白乳酸化，进而影响PD-L1介导的免疫逃逸	研究主要基于体外和动物实验，临床转化仍需进一步验证	探索肾透明细胞癌中线粒体代谢基因的预后和治疗潜力	肾透明细胞癌(ccRCC)患者样本和细胞系	癌症研究	肾癌	批量RNA测序、单细胞测序、机器学习算法	机器学习模型(10种算法构建的117个预测模型)	RNA测序数据	多个ccRCC临床队列数据集
979	2025-05-27	Single-cell RNA sequencing and traditional RNA sequencing reveals the role of cancer-associated fibroblasts in head and neck squamous cell carcinomas cohort 2025-May-23, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02507-1 PMID:40407978	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和传统RNA测序技术，揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中的作用	构建了一个基于CAFs的预后预测模型和诺模图，强调了CAFs在肿瘤微环境中的重要性及其作为治疗和预后生物标志物的潜力	研究基于TCGA HNSC队列，可能需要更多独立队列验证	探究CAFs在HNSC中的潜在作用及其预后价值	头颈部鳞状细胞癌（HNSC）患者	生物信息学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单样本基因集富集分析（ssGSEA）、差异表达分析、Cox回归、LASSO回归、通路富集分析	LASSO回归、多变量Cox回归	RNA测序数据	TCGA HNSC队列
980	2025-05-27	Oligodendrocyte-astrocyte crosstalk in Parkinson's disease mediates neuronal ferroptosis via the FGF signaling pathway 2025-May-23, NPJ Parkinson's disease DOI:10.1038/s41531-025-00995-0 PMID:40410211	research paper	该研究探讨了帕金森病中少突胶质细胞与星形胶质细胞之间的相互作用如何通过FGF信号通路介导神经元铁死亡	首次揭示了少突胶质细胞与星形胶质细胞在帕金森病中的交互作用及其通过FGF信号通路导致神经元铁死亡的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	探究帕金森病中少突胶质细胞与星形胶质细胞的交互作用及其对神经元铁死亡的影响	少突胶质细胞、星形胶质细胞、多巴胺神经元	神经科学	帕金森病	单核测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	帕金森病小鼠模型