单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
961	2025-07-18	An unbiased genomewide screen uncovers 7 genes that drive hematopoietic stem cell fate from mouse embryonic stem cells 2025-Jul-17, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024027742 PMID:40209065	研究论文	通过全基因组CRISPR激活筛选，发现了7个基因在小鼠胚胎干细胞向造血干细胞分化过程中的关键作用	采用了一种新颖且无偏的全基因组CRISPR激活筛选方法，首次鉴定了7个在造血干细胞命运决定中起关键作用的基因	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类细胞中验证	探索体外生成造血干细胞的关键调控因素	小鼠胚胎干细胞和造血干细胞	再生医学	血液系统疾病	全基因组CRISPR激活筛选、单细胞RNA测序	小鼠模型	基因组数据、转录组数据	未明确说明具体样本数量，使用了小鼠胚胎干细胞和免疫缺陷NSG小鼠
962	2025-07-18	PLAUR+ Neutrophils Drive Anti-PD-1 Therapy Resistance in Patients with Hepatocellular Carcinoma by Shaping an Immunosuppressive Microenvironment 2025-Jul-17, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202507167 PMID:40673864	研究论文	该研究揭示了PLAUR+中性粒细胞在肝细胞癌患者中通过塑造免疫抑制微环境驱动抗PD-1治疗耐药的作用	首次发现PLAUR+中性粒细胞在免疫治疗无应答者中富集，并通过多组学分析揭示其在塑造免疫抑制微环境中的关键作用，同时发现一种新型PLAUR抑制剂可逆转中性粒细胞的免疫抑制表型	研究主要基于临床队列和临床前模型，需要进一步在更大规模的临床试验中验证PLAUR抑制剂的疗效	探索肝细胞癌中免疫治疗耐药的机制并寻找潜在的治疗策略	肝细胞癌患者和临床前模型中的PLAUR+中性粒细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	多组学分析、空间转录组学、单细胞RNA测序、基于结构的虚拟筛选	NA	临床数据、测序数据	未明确提及具体样本数量，涉及临床队列和多种体内肿瘤模型
963	2025-07-18	ER-phagy Activation by AMFR Attenuates Cardiac Fibrosis Post-Myocardial Infarction via mTORC1 Pathway 2025-Jul-17, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202504552 PMID:40673870	研究论文	本研究探讨了自分泌运动因子受体(AMFR)通过激活ER-phagy减轻心肌梗死后心脏纤维化的机制	首次揭示了AMFR通过调节FAM134B介导的ER-phagy活性抑制心脏纤维化的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	探究ER-phagy在心肌梗死后心脏纤维化中的作用机制	心肌梗死后的小鼠心脏组织和心脏成纤维细胞	心血管疾病	心血管疾病	scRNA-seq分析	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	小鼠心脏组织和体外培养的心脏成纤维细胞
964	2025-07-18	The Evolutionary Trajectory and Prognostic Value of GITR+ Tregs Reprogramed by Tumor-Intrinsic PD-1/c-MET Signaling in Pancreatic Cancer 2025-Jul-17, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500806 PMID:40673866	研究论文	本研究探讨了胰腺导管腺癌(PDAC)中肿瘤固有PD-1/c-MET信号通路对GITR+ Tregs的进化轨迹和预后价值的影响	首次揭示了MET-IL-23-STAT4轴在PDAC中介导GITR+ Tregs免疫逃逸的机制，并证明MET抑制与GITR激动剂联合治疗可增强抗肿瘤免疫	研究主要基于临床前模型，需要进一步临床试验验证	探究PDAC中肿瘤固有PD-1/c-MET信号通路的免疫调节作用及其治疗潜力	胰腺导管腺癌(PDAC)患者样本和原位PDAC模型	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序	原位PDAC模型	基因表达数据	未明确说明患者样本数量，使用原位PDAC模型
965	2025-07-18	Antibiotic treatment limits survival of peripheral and bone marrow B cell populations 2025-Jul-16, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024013694 PMID:40668665	研究论文	该研究探讨了长期或广谱抗生素治疗对小鼠骨髓和外周B细胞群体的影响	首次发现抗生素治疗会导致骨髓B细胞在所有发育阶段的显著耗竭，并揭示了MYC信号通路在维持B细胞祖细胞存活中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究抗生素治疗对造血系统特别是B细胞群体的影响机制	小鼠骨髓和外周B细胞群体	免疫学	NA	单细胞RNA测序、流式细胞术	小鼠模型	基因表达数据、细胞计数数据	NA
966	2025-07-18	Systemic administration of an RNA binding and cell-penetrating antibody targets therapeutic RNA to multiple mouse models of cancer 2025-Jul-16, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adk1868 PMID:40668891	研究论文	本研究开发了一种名为TMAB3的抗体，能够与RNA形成稳定的复合物，实现RNA在肿瘤细胞中的特异性递送，并在多种癌症小鼠模型中展现出抗肿瘤效果	利用具有肿瘤靶向、细胞穿透和RNA结合能力的单克隆抗体TMAB3，形成稳定的抗体/RNA复合物，实现RNA在肿瘤细胞中的高效特异性递送	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	开发一种能够特异性递送治疗性RNA至肿瘤细胞的抗体平台，用于癌症治疗	胰腺癌、髓母细胞瘤和黑色素瘤的小鼠模型	肿瘤治疗	胰腺癌、髓母细胞瘤、黑色素瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术	小鼠模型	RNA测序数据、流式细胞数据	多种癌症小鼠模型（具体数量未明确说明）
967	2025-07-18	Long-read RNA sequencing of transposable elements from single cells using CELLO-seq 2025-Jul-16, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-025-01203-2 PMID:40670609	研究论文	介绍了一种名为CELLO-seq的单细胞长读RNA测序协议，用于将转座元件(TEs)来源的读数映射到独特的基因组位点	CELLO-seq通过整合长50核苷酸独特分子标识符和高PCR重复数，实现了对长读的错误校正，从而能够高保真地将表达数据映射到高度序列相似的年轻TEs以及基因和TE异构体	需要具备分子生物学和转录组分析经验的用户，且从细胞分离到定量需要一周时间完成	开发一种能够高保真映射转座元件(TEs)表达数据到独特基因组位点的单细胞长读RNA测序方法	转座元件(TEs)和基因在单细胞中的表达	基因组学	NA	长读RNA测序(CELLO-seq)	NA	RNA序列数据	NA
968	2025-07-18	Ongoing genome doubling shapes evolvability and immunity in ovarian cancer 2025-Jul-16, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09240-3 PMID:40670783	研究论文	探讨全基因组加倍（WGD）对卵巢癌体细胞进化和免疫逃逸的影响	首次在单细胞分辨率下研究WGD对卵巢癌的影响，并开发了新的WGD时序分析方法doubleTime	研究样本仅限于高级别浆液性卵巢癌，可能不适用于其他癌症类型	理解WGD在卵巢癌发展和免疫逃逸中的作用	高级别浆液性卵巢癌患者肿瘤样本	癌症基因组学	卵巢癌	单细胞全基因组测序，单细胞RNA测序，高分辨率免疫荧光显微镜	NA	基因组数据，转录组数据，图像数据	41名患者的70个高级别浆液性卵巢癌样本（30,260个肿瘤基因组）
969	2025-07-18	A Machine Learning-Based Strategy Predicts Selective and Synergistic Drug Combinations for Relapsed Acute Myeloid Leukemia 2025-Jul-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3840 PMID:40354625	研究论文	本研究开发了一种基于机器学习的策略，用于预测复发/难治性急性髓系白血病（AML）的选择性和协同药物组合	利用单细胞转录组学和单药响应谱，结合机器学习，个性化预测针对治疗耐药性癌细胞的药物组合	初步实验仅在临床试验样本中进行，需要更大规模的验证	改善复发/难治性急性髓系白血病（AML）患者的治疗效果	复发/难治性急性髓系白血病（AML）患者	机器学习	急性髓系白血病	单细胞转录组学	机器学习	转录组数据	临床试验样本（具体数量未提及）
970	2025-07-18	Interferon-responsive HEVs drive tumor tertiary lymphoid structure formation and predict immunotherapy response in nasopharyngeal carcinoma 2025-Jul-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102200 PMID:40543508	研究论文	该研究通过整合空间转录组学和泛癌单细胞图谱，揭示了鼻咽癌中三级淋巴结构（TLSs）的特征，并发现了一类干扰素反应性高内皮小静脉（IFN-HEVs）与肿瘤特异性趋化因子CXCL9的关联	首次揭示了IFN-HEVs在肿瘤TLS形成中的作用，并开发了预测免疫检查点阻断（ICB）治疗效果的CTRscore评分系统	研究主要聚焦于鼻咽癌，其他癌症类型中IFN-HEVs的作用尚不明确	探究肿瘤TLS形成的驱动因素及其在免疫治疗中的作用	鼻咽癌患者样本	肿瘤免疫学	鼻咽癌	空间转录组学、单细胞测序	NA	转录组数据	三个独立的鼻咽癌队列
971	2025-07-18	Cardiolipin-mimic lipid nanoparticles without antibody modification delivered senolytic in vivo CAR-T therapy for inflamm-aging 2025-Jul-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102209 PMID:40602406	研究论文	本研究开发了一种基于mRNA的体内CAR-T细胞疗法，使用模拟心磷脂的脂质纳米颗粒递送senolytic药物，无需抗体修饰	首次发现心磷脂类似物二磷酰胺脂质可提高T细胞转染效率，无需靶向配体，并利用PL40脂质纳米颗粒递送靶向uPAR的CAR mRNA	未明确说明该疗法的长期安全性和潜在副作用	开发更高效的体内CAR-T细胞疗法以治疗衰老相关炎症性疾病	T细胞、衰老相关炎症性疾病（如肝纤维化和类风湿性关节炎）	生物医学工程	类风湿性关节炎、肝纤维化	mRNA递送技术、单细胞测序、scFv人源化筛选	NA	实验数据、单细胞测序数据	未明确说明具体样本数量，但涉及体外和体内实验
972	2025-07-18	Deciphering the role of CAPZA2 in neurodevelopmental disorders: insights from mouse models 2025-Jul-15, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08385-1 PMID:40659881	research paper	本研究通过小鼠模型探讨CAPZA2基因在神经发育障碍中的作用	首次使用CAPZA2杂合敲除和点突变小鼠模型揭示CAPZA2在神经发育中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	阐明CAPZA2基因在神经发育障碍中的分子机制	CAPZA2杂合敲除(CAPZA2)和点突变(CAPZA2)小鼠模型	神经科学	神经发育障碍	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠基因编辑模型	基因表达数据、行为学数据、形态学数据	未明确说明具体数量，使用CAPZA2和CAPZA2两种基因编辑小鼠品系
973	2025-07-18	Blocking calcium-MYC regulatory axis inhibits early dedifferentiation of chondrocytes and contributes to cartilage regeneration 2025-Jul-15, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04483-3 PMID:40660304	研究论文	本研究通过单细胞测序和转座酶可及染色质测序技术，揭示了软骨细胞体外扩增过程中的去分化现象及其机制，并提出了通过抑制钙-MYC调控轴来优化软骨再生系统的新策略	首次发现钙内流增加与软骨细胞早期去分化密切相关，并证实抑制钙信号可逆转细胞表型并促进软骨再生	研究主要基于体外实验，未在体内模型中验证钙-MYC调控轴的作用	阐明软骨细胞去分化机制并优化软骨再生系统	耳廓软骨细胞	组织工程	软骨缺损	单细胞测序、转座酶可及染色质测序(ATAC-seq)	NA	单细胞转录组数据、染色质可及性数据	不同传代次数的软骨细胞(P3和P6)
974	2025-07-18	Exploring the Role of Cuproptosis-related Genes in Acute Myeloid Leukemia Through WGCNA, Single-cell Sequencing and Experiments 2025-Jul-15, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673363210250618120652 PMID:40671235	研究论文	本研究通过WGCNA、单细胞测序和实验探索铜死亡相关基因在急性髓系白血病(AML)中的作用	首次系统研究铜死亡在AML中的作用，并鉴定出TLR4和NCF2等新型生物标志物	样本量相对有限(151例AML患者和70例健康对照)，且机制研究仍需进一步验证	探索铜死亡在AML发病机制中的作用并寻找潜在治疗靶点	急性髓系白血病(AML)患者和THP-1细胞系	生物信息学与肿瘤学	急性髓系白血病	RNA-seq、单细胞RNA测序、WGCNA、CIBERSORT、ssGSEA、RT-qPCR	NA	基因表达数据	151例AML患者和70例健康对照的RNA-seq数据，以及10例AML患者的单细胞RNA-seq数据
975	2025-07-18	ZEB2 is a master switch controlling the tumor-associated macrophage program 2025-Jul-14, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.021 PMID:40215981	研究论文	该研究通过整合人类肿瘤单细胞RNA测序数据和CRISPR筛选，构建了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的调控网络，并发现ZEB2是TAM程序的主调控因子	使用深度生成模型构建基因扰动网络，首次将ZEB2鉴定为TAM程序的主调控因子，并展示其在肿瘤免疫逃避中的关键作用	研究主要基于人类肿瘤的scRNA-seq数据，可能需要在更多肿瘤类型中进行验证	探索肿瘤相关巨噬细胞的调控机制及其在肿瘤免疫逃避中的作用	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其调控网络	肿瘤免疫学	癌症	scRNA-seq, CRISPR筛选	深度生成模型	单细胞RNA测序数据	人类肿瘤样本（具体数量未提及）
976	2025-07-18	Exploring SERTAD4 as a prognostic biomarker and therapeutic target in breast cancer: insights from multidatabase analyses and in vitro studies 2025-Jul-14, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-025-01792-y PMID:40658117	研究论文	探索SERTAD4作为乳腺癌预后生物标志物和治疗靶点的潜力，通过多数据库分析和体外研究提供见解	首次揭示SERTAD4在乳腺癌中的上调表达及其与预后的关联，并探索其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于数据库分析和体外实验，需要进一步的体内实验验证	探索SERTAD4在乳腺癌中的生物学功能及其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	乳腺癌组织和细胞	癌症研究	乳腺癌	siRNA敲低、分子对接、Co-IP	NA	基因表达数据、临床样本数据、单细胞测序数据	来自多个数据库的乳腺癌样本数据及临床乳腺癌标本
977	2025-07-18	Human adipose-derived mesenchymal stem cell-derived exosomes induce epithelial remodeling and anti-scar healing revealed by single-cell RNA sequencing 2025-Jul-14, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03548-y PMID:40660260	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示了人类脂肪源性间充质干细胞外泌体(hADSC-Exos)如何诱导上皮重塑和无疤痕愈合	首次利用单细胞RNA测序技术揭示了hADSC-Exos通过调节上皮细胞和成纤维细胞促进无疤痕愈合的分子机制，并发现14-3-3 zeta-YES-associated protein-Hippo信号通路在抑制伤口纤维化中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探索hADSC-Exos促进无疤痕伤口愈合的分子机制	野生型和hADSC-Exos处理的小鼠伤口组织	干细胞治疗	伤口愈合障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	术后14天的野生型和hADSC-Exos处理小鼠样本
978	2025-07-18	Targeted Inhibition of cGAS/STING signaling induced by aberrant R-Loops in the nucleus pulposus to alleviate cellular senescence and intervertebral disc degeneration 2025-Jul-14, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03579-5 PMID:40660286	研究论文	该研究通过单细胞RNA-seq数据分析，揭示了异常R-Loops积累如何通过激活cGAS/STING信号通路导致髓核细胞衰老和椎间盘退变，并开发了一种靶向纳米递送平台用于治疗	首次发现R-Loops通过cGAS/STING信号通路导致髓核细胞衰老的机制，并开发了靶向ERCC5的纳米递送治疗平台	研究主要基于大鼠穿刺模型，临床转化效果仍需进一步验证	探索椎间盘退变的分子机制并开发靶向治疗策略	髓核细胞(NPCs)和椎间盘退变(IVDD)大鼠模型	分子生物学与纳米医学	椎间盘退变	单细胞RNA-seq、纳米递送技术	大鼠穿刺模型	基因表达数据	NA
979	2025-07-18	DnaK of Parvimonas micra extracellular vesicles interacts with the host fibroblasts BAG3-IKK-γ axis to accelerate TNF-α secretion in oral lichen planus 2025-Jul-14, Microbiome IF:13.8Q1 DOI:10.1186/s40168-025-02151-5 PMID:40660385	研究论文	本研究揭示了Parvimonas micra及其细胞外囊泡通过DnaK-BAG3-IKK-γ轴在口腔扁平苔藓中抑制自噬并促进TNF-α分泌的机制	首次发现Parvimonas micra是口腔扁平苔藓的关键病原体，并阐明其细胞外囊泡通过DnaK-BAG3-IKK-γ轴调控自噬和TNF-α分泌的分子机制	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，缺乏更深入的体内功能验证	探究口腔扁平苔藓的发病机制	口腔扁平苔藓患者的口腔微生物群和成纤维细胞	微生物学与免疫学	口腔扁平苔藓	微生物组分析、单细胞RNA测序、网络分析、随机森林分析、NetShift分析	NA	微生物组数据、单细胞RNA测序数据	非糜烂型/糜烂型口腔扁平苔藓患者和健康个体的颊黏膜、唇黏膜、舌背和唾液样本
980	2025-07-18	A scRNA-seq reference contrasting living and early post-mortem human retina across diverse donor states 2025-Jul-14, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-025-00796-9 PMID:40660409	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，对比分析了活体和早期死后人类视网膜的细胞状态，为视网膜研究提供了新的参考资源	首次生成了活体人类视网膜的单细胞转录组参考图谱，并对比了活体与死后组织的转录动态差异	样本量相对有限（9个未冷冻样本），且死后样本采集时间窗口较窄（6小时内）	建立人类视网膜细胞类型和状态的单细胞参考图谱	人类视网膜组织（活体和早期死后）	单细胞基因组学	视网膜疾病	scRNA-seq, 10x Genomics 3' RNA-seq, scVI, RNA velocity, CellChat	scVI（单细胞变分推断模型）	单细胞转录组数据	106,829个单细胞（来自9个未冷冻样本，包括5个活体和4个死后样本）