单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
961	2025-06-05	Understanding psoriatic disease at single-cell resolution: an update 2025-Jul-01, Current opinion in rheumatology IF:5.2Q1 DOI:10.1097/BOR.0000000000001085 PMID:40160177	综述	本文综述了单细胞技术在银屑病研究中的最新进展，包括单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学，揭示了银屑病的细胞多样性及其在疾病进展中的关键作用	利用单细胞技术和空间转录组学揭示了银屑病中免疫细胞、角质形成细胞和成纤维细胞亚型的作用，以及代谢失调在慢性炎症中的关键性	NA	探讨单细胞技术在银屑病研究中的应用及其对精准治疗的潜在影响	银屑病中的免疫细胞、角质形成细胞和成纤维细胞	数字病理学	银屑病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
962	2025-06-05	RETRACTION: Single-Cell Transcriptome Sequencing Analysis Reveals Intra-Tumor Heterogeneity in Esophageal Squamous Cell Carcinoma 2025-Jul, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24542 PMID:40358431	撤稿声明	该文章因提交和同行评审过程存在问题，且作者未回应验证肿瘤样本和细胞系来源的要求而被撤稿	NA	提交和同行评审过程被破坏，且作者未验证样本来源	NA	NA	NA	食管鳞状细胞癌	单细胞转录组测序	NA	NA	NA
963	2025-06-05	Mesenchymal Stem Cells and Fibroblasts Contribute to Microvascular Proliferation in Glioblastoma and are Correlated with Immunosuppression and Poor Outcome 2025-Jun-04, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0743 PMID:40131028	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了胶质母细胞瘤中的微血管增殖（MVP）机制及其与免疫抑制和不良预后的关联	揭示了PDGFRB作为引导间充质干细胞向更成熟的血管/血管周围基质细胞（PVSC）分化的潜在驱动基因，并发现了PVSCs与免疫抑制性髓系细胞亚群之间的相互作用	样本量较小（16例原发性胶质瘤患者样本），且机制研究仍需进一步验证	探究胶质母细胞瘤中微血管增殖（MVP）的机制及其临床意义	胶质母细胞瘤患者样本中的血管/血管周围基质细胞（PVSC）和免疫细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序，RNA速度分析，数字空间分析	NA	RNA测序数据	16例原发性胶质瘤患者样本
964	2025-06-05	Malvidin Alleviates Lipopolysaccharide-Induced Acute Lung Injury by Modulating JAK2/STAT3 Signaling to Inhibit Macrophage M1 Polarization and Oxidative Stress 2025-Jun-04, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.5c00077 PMID:40397040	研究论文	研究探讨了花青素Malvidin通过调节JAK2/STAT3信号通路抑制巨噬细胞M1极化和氧化应激，从而缓解脂多糖诱导的急性肺损伤的作用	首次揭示了Malvidin通过JAK2/STAT3信号通路抑制巨噬细胞M1极化和氧化应激来缓解急性肺损伤的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	评估Malvidin对急性肺损伤的治疗效果并探究其作用机制	脂多糖诱导的急性肺损伤小鼠模型	生物医学	急性肺损伤	单细胞转录组学、药物靶点预测、RNA测序、分子对接和动力学模拟、Western blot	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明小鼠数量
965	2025-06-05	Cross-Analysis of Single-Cell Transcriptomic Datasets Reveals Conserved Neurogenic Gene Signatures and New Insights Into Neural Stem Cell Aging 2025-Jun-04, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70106 PMID:40464165	research paper	该研究通过跨分析单细胞转录组数据集，揭示了神经干细胞（NSCs）在神经发生和衰老过程中的保守基因特征和新见解	提出了新的标记物作为标准化参考，并通过伪时间推断分析探索了NSCs的时间动态及其向神经祖细胞的进展	研究中提到的NSCs分子分类和功能解析的挑战尚未完全解决	解决当前文献中细胞类型注释的不一致性，并提供一个研究NSCs不同状态的框架	海马成体神经干细胞（NSCs）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	伪时间推断分析	转录组数据	公开可用的单细胞RNA测序数据集
966	2025-06-05	HLA-DR⁺ Tumor Cells Show an Association with a Distinct Immune Microenvironment and CD8⁺ T-Cell Exhaustion in HBV-Associated Hepatocellular Carcinoma 2025-Jun-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202502979 PMID:40464412	研究论文	该研究通过整合最大的公开可用的肝细胞癌单细胞RNA测序数据集和多尺度蛋白质水平验证，发现HLA-DR⁺肿瘤细胞是HBV相关肝细胞癌的独特特征，并与免疫抑制微环境和CD8⁺ T细胞耗竭相关	首次发现HLA-DR⁺肿瘤细胞是HBV相关肝细胞癌的独特特征，并揭示了其与免疫抑制微环境和T细胞耗竭的关联	研究主要基于回顾性数据，需要进一步实验验证HLA-DR⁺肿瘤细胞的功能机制	探索HBV相关肝细胞癌中肿瘤微环境的免疫抑制机制	HBV相关肝细胞癌患者	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、多重免疫荧光、组织微阵列	NA	单细胞RNA测序数据、蛋白质表达数据	160个样本(来自124名患者)的scRNA-seq数据，198个HCC标本的组织微阵列数据
967	2025-06-05	Local inflammation at the salmon louse (Lepeophtheirus salmonis) attachment site contributes to copepodid rejection in coho salmon (Oncorhynchus kisutch) 2025-Jun-04, Cell and tissue research IF:3.2Q3 DOI:10.1007/s00441-025-03976-0 PMID:40464919	research paper	研究探讨了大西洋鲑鱼和太平洋鲑鱼对寄生鲑鱼虱的易感性，并比较了不同鲑鱼种类在鲑鱼虱附着部位的细胞反应	首次详细描述了四种鲑鱼鳞状皮肤的形态学特征，并揭示了银鲑鱼在鲑鱼虱附着部位通过中性粒细胞驱动的快速大规模炎症反应来抵抗寄生	仅在第三次试验中使用轻度麻醉才成功在所有四种鲑鱼中实现鲑鱼虱的侵染，可能影响结果的普遍性	研究鲑鱼对鲑鱼虱的易感性及抵抗机制	大西洋鲑鱼和太平洋鲑鱼（粉红鲑鱼、银鲑鱼和狗鲑鱼）	水产病理学	寄生虫感染	组织学分析、蛋白质组学分析和空间转录组学分析	NA	组织样本、蛋白质组数据和转录组数据	四种鲑鱼种类，在侵染后12、24、36、48、60和168小时采集皮肤和鳍样本
968	2025-06-05	Analyzing the potential targets and mechanism of per- and polyfluoroalkyl substances (PFAS) on breast cancer by integrating network toxicology, single-cell sequencing, spatial transcriptomics, and molecular simulation 2025-Jun-04, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01616-y PMID:40465018	研究论文	本研究通过整合网络毒理学、单细胞测序、空间转录组学和分子模拟，分析了全氟和多氟烷基物质（PFAS）对乳腺癌的潜在靶点和作用机制	首次采用多组学整合方法揭示PFAS通过影响脂质代谢、氧化磷酸化和免疫调节等关键细胞过程促进乳腺癌发展的分子机制	研究主要基于计算模拟和组学分析，缺乏体内实验验证	探究PFAS促进乳腺癌发展的分子机制	全氟和多氟烷基物质（PFAS）及其对乳腺癌的影响	计算生物学	乳腺癌	网络毒理学、单细胞测序、空间转录组学、分子模拟	PPI网络分析	组学数据	NA
969	2025-06-05	Deciphering the temporal transcriptional landscape of human fetal leptomeninges 2025-Jun-03, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awae397 PMID:39657259	研究论文	该研究通过单核RNA测序技术，揭示了人类胚胎发育过程中软脑膜的细胞异质性和转录组动态	首次全面描绘了人类胎儿软脑膜的转录组景观，识别了特定发育阶段的细胞亚群和分子标记，并比较了人类与小鼠的保守性	样本量较小（仅8个人类胚胎），且未涵盖胚胎发育的完整时期	探索人类胚胎软脑膜的发育和成熟过程	人类胚胎软脑膜组织	生物信息学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）、免疫染色	NA	RNA测序数据	8个人类胚胎的软脑膜组织
970	2025-06-05	Single-cell epigenomic and transcriptomic analysis unveils the pivotal role of GATA5/ISL1+ fibroblasts in cardiac repair post-myocardial infarction 2025-Jun-03, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvaf101 PMID:40460294	研究论文	通过单细胞RNA测序和单细胞转座酶可及染色质测序技术，揭示了心肌梗死后心脏组织中GATA5/ISL1+成纤维细胞在心脏修复中的关键作用	首次在单细胞水平上鉴定了心肌梗死后心脏组织中的两种新型成纤维细胞亚群，并阐明了GATA5/ISL1+成纤维细胞通过调控Wnt信号通路促进心脏修复的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	阐明心肌梗死后心脏修复的分子机制	心肌梗死后小鼠和人类心脏组织	单细胞组学	心血管疾病	scRNA-seq, scATAC-seq, RNA测序, 蛋白质组学分析	小鼠心肌梗死模型	单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 蛋白质组数据	心肌梗死后1、3、7和14天的小鼠心脏组织及人类心肌梗死患者的瘢痕组织
971	2025-06-05	Epigenetic regulation of neural stem cell aging in the mouse hippocampus by Setd8 downregulation 2025-Jun-03, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-025-00455-8 PMID:40461639	研究论文	本研究探讨了Setd8下调对小鼠海马神经干细胞衰老的表观遗传调控机制	通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序技术，揭示了海马神经干细胞及其子代细胞从新生儿到成熟成年阶段的染色质和转录组变化，并发现Setd8表达下降是导致年龄相关变化的关键因素	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究表观遗传重塑与转录调控在海马神经干细胞衰老早期阶段的关系	小鼠海马神经干细胞及其新生成的神经元	表观遗传学	老年疾病	scRNA-seq, scATAC-seq	小鼠模型	单细胞测序数据	不同发育阶段的小鼠海马神经干细胞和新生神经元
972	2025-06-05	CCR2+ monocytes promote memory CD8+ T-cell differentiation via membrane-bound TGF-β 2025-Jun-03, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-025-01299-2 PMID:40461701	研究论文	本研究揭示了CCR2+单核细胞通过膜结合TGF-β促进记忆CD8+ T细胞分化的新机制	整合单细胞RNA测序和空间转录组学，揭示了单核细胞通过膜结合TGF-β促进记忆CD8 T细胞分化的新空间机制	研究主要关注急性感染期间CD8 T细胞的分化机制，可能不适用于其他免疫环境	探究CD8 T细胞在急性感染期间分化为效应和记忆细胞的机制	CD8 T细胞、单核细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
973	2025-06-05	The Application of Omics Technologies in Type II Diabetes Mellitus Research 2025-Jun-03, Current diabetes reviews IF:2.4Q3 DOI:10.2174/0115733998362669250424162654 PMID:40464182	综述	本文探讨了组学技术在2型糖尿病研究中的应用及其最新进展	介绍了单细胞测序和基于LC-MS的蛋白质组学与代谢组学在揭示2型糖尿病分子机制中的创新应用	多组学数据整合仍面临挑战	探索组学技术对2型糖尿病研究的推动作用	2型糖尿病及其分子机制	生物医学	2型糖尿病	单细胞测序、LC-MS、蛋白质组学、代谢组学	NA	组学数据	NA
974	2025-06-05	A Genetic Perspective to Reveal the Impact of Mitochondrial Dysfunction-related Genes on Diabetic Kidney Disease: A Multi-omics Study 2025-Jun-03, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673401081250523061057 PMID:40464186	研究论文	本研究通过多组学方法探讨了线粒体功能障碍相关基因对糖尿病肾病的影响，并确定了与糖尿病肾病相关的基因，特别是那些具有显著遗传因果效应的基因	发现了7个与糖尿病肾病具有显著遗传因果效应的线粒体功能障碍相关基因，并深入研究了ACTN1作为治疗靶点的潜力	NA	探究线粒体功能障碍在糖尿病肾病进展中的作用，并寻找潜在的治疗靶点	线粒体功能障碍相关基因及其在糖尿病肾病中的作用	多组学研究	糖尿病肾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、SMR和MR分析、共定位分析、分子动力学分析、免疫荧光	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	NA
975	2025-06-05	TFcomb identifies transcription factor combinations for cellular reprogramming based on single-cell multiomics data 2025-Jun-02, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279955.124 PMID:40210438	研究论文	本文介绍了一种名为TFcomb的计算方法，利用单细胞多组学数据识别重编程转录因子及其组合	TFcomb通过将重编程转录因子及其组合的识别建模为逆问题，并利用Tikhonov正则化保证解的泛化能力，同时设计图注意力网络增强基因调控网络	NA	开发一种计算方法，识别能够指导细胞状态转变的重编程转录因子及其组合	转录因子及其组合	计算生物学	NA	单细胞RNA-seq, ATAC-seq	图注意力网络	单细胞多组学数据	人类胚胎干细胞数据和小鼠毛囊发育数据集
976	2025-06-05	Dissecting multilayer cell-cell communications with signaling feedback loops from spatial transcriptomics data 2025-Jun-02, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279857.124 PMID:40262896	研究论文	本文提出了一种名为stMLnet的方法，用于从空间转录组数据中解析多层细胞间通讯及其信号反馈环路	stMLnet方法首次整合空间信息和多层信号调控机制，以识别空间转录组数据中的多层细胞间通讯信号反馈环路	NA	开发一种能够整合空间信息和复杂信号机制的工具，以推断功能性细胞间通讯	空间转录组数据中的多层细胞间通讯及其信号反馈环路	空间转录组学	COVID-19	seqFISH+, Slide-seq v2, MERFISH, Stereo-seq	扩散模型和质量作用模型	空间转录组数据	多种空间分辨率和基因覆盖率的ST数据，包括COVID-19感染的肺组织数据
977	2025-06-05	STCC enhances spatial domain detection through consensus clustering of spatial transcriptomics data 2025-Jun-02, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.280031.124 PMID:40355284	研究论文	本文提出了一种名为STCC的新型共识聚类框架，用于整合不同空间转录组学工具的结果，以提高空间域检测的准确性和稳定性	开发了STCC框架，通过多种共识策略整合现有工具的结果，显著提高了空间域检测的准确性和稳定性	未明确提及具体局限性，但可能包括对不同数据类型的适应性有待进一步验证	提高空间转录组学数据中空间域检测的准确性和稳定性	空间转录组学数据	空间转录组学	NA	共识聚类策略（Onehot-based, average-based, hypergraph-based, wNMF-based）	NA	空间转录组学数据	模拟数据和来自不同实验平台的真实数据
978	2025-06-05	Spatial omics enters the microscopic realm: opportunities and challenges 2025-Jun-02, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2025.05.002 PMID:40461389	综述	本文综述了显微分辨率空间转录组学（μST）的最新进展、面临的挑战及未来发展方向	介绍了显微分辨率空间转录组学（μST）这一新兴领域，并探讨了其在细胞和亚细胞尺度上的应用潜力	面临每个亚微米（或微米）大小空间单元的转录本发现稀疏以及跨平台数据碎片化等问题，阻碍了数据整合和分析	探讨显微分辨率空间转录组学（μST）的机遇与挑战，并展望其未来发展	空间转录组学技术及其在显微分辨率下的应用	空间转录组学	NA	测序和成像技术	AI驱动的空间分析	转录组数据	NA
979	2025-06-05	Exosomal PKM2: A Noninvasive Diagnostic Marker Linking Macrophage Metabolic Reprogramming to Gastric Cancer Pathogenesis 2025-Jun, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70056 PMID:40126044	研究论文	研究探讨了血浆外泌体PKM2作为胃癌诊断标志物的潜力及其在肿瘤微环境中通过调控巨噬细胞代谢重编程促进胃癌发展的机制	首次发现血浆外泌体PKM2可作为早期胃癌诊断标志物，并阐明其通过SCAP/SREBP1通路调控巨噬细胞脂质合成促进胃癌发展的新机制	样本量相对有限（216例），且机制研究主要基于体外实验	探索外泌体PKM2在胃癌诊断和发病机制中的作用	胃癌患者和健康供体的血浆样本及肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤生物学	胃癌	单细胞转录组测序	NA	血液样本数据、单细胞测序数据	216份血液样本（来自胃癌患者和健康供体）
980	2025-06-05	Targeting INF2 with DiosMetin 7-O-β-D-Glucuronide: a new stratagem for colorectal cancer therapy 2025-Jun-01, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14357-9 PMID:40452021	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习技术，识别INF2作为结直肠癌的特异性生物标志物，并发现DiosMetin 7-O-β-D-Glucuronide作为INF2抑制剂具有潜在的治疗价值	首次将INF2识别为结直肠癌的特异性生物标志物，并发现天然化合物DiosMetin 7-O-β-D-Glucuronide作为其抑制剂	未提及样本量大小，且研究结果需进一步临床验证	开发针对结直肠癌的靶向治疗策略	结直肠癌组织和细胞	生物医学	结直肠癌	单细胞RNA测序、机器学习、免疫组织化学、细胞生物学实验、计算对接	NA	RNA测序数据、图像数据	NA