单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
961	2025-07-24	Single-cell and spatial transcriptomics of stricturing Crohn's disease highlights a fibrosis-associated network 2025-Jul, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02225-y PMID:40562913	研究论文	本文通过单细胞和空间转录组学技术研究了克罗恩病（CD）狭窄病变中的纤维化相关网络	结合单细胞和空间转录组学技术，揭示了克罗恩病狭窄病变中的关键转录组和细胞网络，以及多细胞遗传风险因子的空间组织	样本量相对较小（61个样本，来自21名CD患者和10名非IBD患者），可能影响结果的普遍性	研究克罗恩病狭窄病变的纤维化机制及其相关细胞和基因网络	克罗恩病患者的肠道狭窄病变组织	数字病理学	克罗恩病	单细胞转录组学，空间转录组学	NA	转录组数据	61个样本（来自21名CD患者和10名非IBD患者）
962	2025-07-24	Atlas of amnion development during the first trimester of human pregnancy 2025-Jul, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01696-9 PMID:40659869	研究论文	通过单细胞转录组学技术，研究人类妊娠早期羊膜的细胞类型及其动态重塑过程	首次系统鉴定了人类妊娠早期羊膜的主要细胞类型和亚型，揭示了上皮-间质和上皮-免疫细胞间的动态转变及关键细胞间通讯通路	研究仅聚焦于妊娠早期羊膜发育，未涵盖整个妊娠周期	阐明羊膜在早期妊娠中的细胞组成、动态重塑及发育机制	人类妊娠早期羊膜组织	发育生物学	NA	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量（人类早期妊娠羊膜组织）
963	2025-07-24	Featured Immune Characteristics of Periodontitis and Primary Sjögren's Syndrome Revealed by Single-Cell Transcriptome Analyses 2025-Jul, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70713 PMID:40696268	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示牙周炎和原发性干燥综合征的免疫特征	首次在单细胞水平上全面比较了牙周炎和原发性干燥综合征的免疫细胞景观，并揭示了两种疾病之间的共同分子机制	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	探究牙周炎和原发性干燥综合征在免疫细胞层面的关联和共同分子机制	健康对照组、牙周炎患者和原发性干燥综合征患者的外周血单个核细胞	生物信息学	牙周炎, 原发性干燥综合征	单细胞转录组测序, NicheNetr分析	Seurat, NicheNetr	单细胞RNA测序数据	来自NCBI和NGDC数据库的健康对照组、牙周炎和原发性干燥综合征患者的PBMC数据
964	2025-07-24	Extracellular Origins of Cognition: Lessons from Primate Neocortical ECM 2025-Jul, Proteomics IF:3.4Q2 DOI:10.1002/pmic.13979 PMID:40696865	comments	本文评论了Vilicich等人的研究，该研究通过多模态方法构建了人类和非人灵长类动物发育中新皮质的ECM图谱	研究整合了单细胞转录组学、蛋白质组学和免疫组织荧光技术，揭示了ECM在皮质层和发育阶段的特异性分布	评论文章未直接进行实验研究，主要基于对他人研究的分析和讨论	探讨ECM在神经发育中的作用及其与神经发育障碍的潜在关联	人类和非人灵长类动物的发育中新皮质	神经科学	神经发育障碍	单细胞转录组学、蛋白质组学、免疫组织荧光	NA	分子数据、图像数据	NA
965	2025-07-24	Leveraging hypoxia-related genes signature for predicting the prognosis of bladder cancer 2025-Jun-30, Translational andrology and urology IF:1.9Q3 DOI:10.21037/tau-2025-118 PMID:40687655	研究论文	本研究探讨了缺氧相关基因（HRGs）在膀胱癌（BC）中的功能作用，并构建了一个预后风险模型	开发了一个基于HRGs的新型预后风险模型，并分析了其与免疫微环境、突变模式、药物敏感性及基因发育轨迹的关系	研究对缺氧在膀胱癌中的机制探讨仍有限，且模型需进一步验证	探索HRGs在膀胱癌中的功能作用，并构建预后风险模型以优化患者治疗效果	膀胱癌患者及其缺氧相关基因	生物信息学	膀胱癌	ssGSEA、qRT-PCR、单细胞测序	预后风险模型	基因表达数据、单细胞测序数据	NA
966	2025-07-24	A pre-menopausal single-cell atlas for ovarian drug discovery 2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.20.660779 PMID:40666883	研究论文	本文介绍了一个针对绝经前女性的单细胞图谱（PreMeno Atlas），旨在促进卵巢生物学研究和避孕靶点发现	首次整合了绝经前女性的单细胞数据集，包括14个组织的511,365个细胞，特别关注卵巢细胞基因特征和潜在药物靶点	研究主要基于绝经前女性数据，可能不适用于其他年龄段人群	促进对绝经前阶段卵巢生物学的理解，并支持针对年轻人群（如生育管理）的卵巢基因靶点识别	绝经前女性的卵巢细胞和其他13种组织细胞	单细胞生物学	生育管理	单细胞测序，空间转录组学	NA	单细胞转录组数据	511,365个细胞（来自14个组织）
967	2025-07-24	MHCIIhiLYVE1loCCR2hi Interstitial Macrophages Promote Medial Fibrosis in Pulmonary Arterioles and Contribute to Pulmonary Hypertension 2025-Jun-20, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326173 PMID:40357547	research paper	该研究探讨了间质巨噬细胞（iMΦ）在肺动脉高压（PH）中促进肺动脉中膜纤维化的作用及其机制	首次发现MHCIIhiLYVE1loCCR2hi iMΦs通过WNT11/PCP通路促进肺动脉平滑肌细胞向成纤维细胞样表型转化，从而加剧肺动脉中膜纤维化	研究主要基于动物模型和体外实验，临床样本验证相对有限	阐明间质巨噬细胞在肺动脉高压发病机制中的作用	肺动脉高压患者和实验性PH动物的肺组织样本	病理生理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序、谱系追踪、组织学分析、共培养实验、转基因动物实验	动物模型（Sugen-5416+缺氧+常氧刺激模型）	基因表达数据、组织学图像数据	患者样本和实验动物样本（具体数量未明确说明）
968	2025-07-24	Dissecting the liver inflammation ecosystem identifies annexin A1 as a pro-resolving target for liver failure 2025-Jun-12, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001427 PMID:40560812	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术，解析了急性-慢性肝衰竭（ACLF）中的免疫景观，并发现ANXA1作为潜在的治疗靶点	首次全面描述了ACLF的免疫特征，并鉴定出ANXA1-FPR1轴作为炎症调控的关键通路	研究主要基于观察性数据，需要进一步实验验证ANXA1的治疗效果	解析ACLF的免疫机制并寻找治疗靶点	急性-慢性肝衰竭患者的肝脏组织和免疫细胞	免疫学	肝衰竭	单细胞RNA测序、空间测序、生物信息学分析	NA	RNA测序数据	ACLF患者、急性肝衰竭患者、失代偿性肝硬化患者和对照组的肝脏样本
969	2025-07-24	Serum amyloid A1-induced intrahepatic regulatory T-cell dysfunction drives autoimmune hepatitis progression 2025-Jun-09, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001419 PMID:40489740	研究论文	本研究探讨了自身免疫性肝炎（AIH）中调节性T细胞（Tregs）的功能障碍及其与血清淀粉样蛋白A1（SAA1）的关系	揭示了AIH中肝内Tregs功能受损的机制，并发现SAA1通过toll样受体2影响Tregs功能，提出了针对SAA1的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类AIH患者中进行验证	探究AIH中Tregs功能障碍的机制及潜在治疗靶点	自身免疫性肝炎（AIH）小鼠模型中的调节性T细胞（Tregs）	免疫学	自身免疫性肝炎	单细胞RNA测序（10× Genomics平台）、AAV8介导的基因治疗	FoxP3-DTR/eGFP小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，使用AIH小鼠模型进行研究
970	2025-07-24	Deficient FANCL Predisposes Endothelial Damage: A New Therapeutic Target for Pulmonary Hypertension 2025-Jun-06, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202408-1655OC PMID:40479584	research paper	该研究探讨了FANCL缺陷如何促进肺动脉高压（PAH）的发展，并提出靶向修复FANCL作为治疗PAH的新策略	首次揭示了FANCL缺陷在PAH发病机制中的关键作用，并通过基因补充和药物干预验证了其治疗潜力	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人体临床试验中验证	阐明FA通路、DNA损伤与PAH之间的相互作用机制	FANCL基因缺陷小鼠模型、PAH患者肺标本和肺动脉内皮细胞、野生成和Fanclkf/kf小鼠的原代培养肺微血管内皮细胞	分子病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序、腺相关病毒介导的基因过表达	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	临床样本（PAH患者肺标本和PAECs）、小鼠模型和体外培养细胞
971	2025-07-24	A single-cell spatial chart of the airway wall reveals proinflammatory cellular ecosystems and their interactions in health and asthma 2025-Jun, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02161-3 PMID:40399607	研究论文	应用单细胞空间转录组学揭示健康和哮喘状态下气道壁的细胞生态系统及其相互作用	首次揭示了健康和哮喘气道壁中促炎性细胞生态系统的空间分布及其相互作用机制	研究样本可能不足以代表所有哮喘亚型，且未探讨其他呼吸道疾病中的类似现象	解析气道壁细胞的空间分布及其在健康和哮喘状态下的相互作用	健康和哮喘患者的气道壁细胞	单细胞空间转录组学	哮喘	单细胞空间转录组学	NA	空间转录组数据	健康和哮喘患者的气道壁样本
972	2025-07-24	Single-cell transcriptome analyses reveal the mechanism of mitochondrial activity in erectile dysfunction 2025-Jun, Sexual medicine IF:2.6Q2 DOI:10.1093/sexmed/qfaf049 PMID:40689149	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了线粒体功能在勃起功能障碍（ED）中的机制	首次在单细胞水平上系统性地描述了ED的细胞异质性，并识别了与ED相关的线粒体基因和功能通路	样本代表性有限且缺乏直接实验验证	探究线粒体功能对勃起功能障碍细胞异质性的影响	勃起功能障碍患者的组织样本	单细胞转录组学	勃起功能障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	64,993个高质量细胞
973	2025-07-24	Preterm birth increases susceptibility to hyperglycemia induced glomerular alterations in male mice 2025-May-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-00103-5 PMID:40442182	research paper	该研究探讨了早产对高血糖诱导的肾小球改变的影响	首次研究了早产对糖尿病肾病进展的影响，并揭示了早产如何增加高血糖诱导的肾损伤的易感性	研究仅针对雄性小鼠，未涉及雌性小鼠或人类数据	确定早产对高血糖暴露后肾脏健康的影响	早产和足月出生的CD-1小鼠	NA	糖尿病肾病	单细胞RNA测序、组织学、分子和成像技术	NA	分子和成像数据	早产和足月出生的CD-1小鼠
974	2025-07-24	D-SPIN constructs gene regulatory network models from multiplexed scRNA-seq data revealing organizing principles of cellular perturbation response 2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.19.537364 PMID:37131803	research paper	介绍了一种名为D-SPIN的计算框架，用于从单细胞mRNA测序数据中构建基因调控网络模型	D-SPIN能够从数千种不同扰动条件下的单细胞mRNA测序数据中构建基因调控网络的定量模型，揭示细胞对扰动的响应机制	未明确提及具体局限性	揭示细胞信息处理和生理控制的原则	单细胞mRNA测序数据	computational biology	NA	scRNA-seq	D-SPIN	gene expression data	数千种不同扰动条件下的数据
975	2025-07-24	Engineered vasculature induces functional maturation of pluripotent stem cell-derived islet organoids 2025-May-20, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.024 PMID:40412386	研究论文	该研究通过工程化血管系统，促进了多能干细胞来源的胰岛类器官的功能成熟	首次在非灌注模型和微流体装置中构建了三维血管化的SC-胰岛类器官，揭示了血管化对SC-β细胞功能成熟的关键作用	研究主要基于体外和小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索血管化对多能干细胞来源胰岛类器官功能成熟的影响	人多能干细胞来源的胰岛类器官(SC-islets)、人原代内皮细胞(ECs)和成纤维细胞	组织工程	糖尿病	scRNA-seq、微流体技术	NA	基因表达数据、生理功能数据	未明确说明具体样本数量，涉及体外培养的细胞和小鼠模型
976	2025-07-24	Quantification of single cell-type-specific alternative transcript initiation 2025-May-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.29.651292 PMID:40654755	研究论文	开发了一种新的生物信息学方法TSRdetector，用于检测不同组织、细胞类型或疾病中基因转录起始区域（TSR）的显著使用变化	TSRdetector是一种专门设计用于检测基因TSR在不同条件下使用变化的新方法，能够处理单细胞RNA测序和批量RNA测序数据	未明确提及方法的局限性	探索基因转录起始区域（TSR）在不同组织和细胞类型中的选择性激活机制	人类健康与糖尿病肾脏、小鼠B细胞分化、人类胚胎干细胞多能性转变	生物信息学	糖尿病	scRNA-seq, bulk-RNA-seq, Smart-seq2	NA	RNA-seq数据	10X snRNA-seq数据集、Smart-seq2数据集、批量RNA-seq数据集
977	2025-07-24	Neural signaling contributes to heart formation and growth in the invertebrate chordate, Ciona robusta 2025-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.28.651085 PMID:40654768	研究论文	该研究揭示了神经肽tachykinin与经典Wnt信号通路在调控脊索动物模型心肌祖细胞增殖中的作用	首次阐明了神经肽tachykinin及其受体在心肌祖细胞增殖和心肌心管形成中的具体作用机制	研究仅基于Ciona robusta模型，在高等脊椎动物中的普适性有待验证	探究神经信号对心脏发育和生长的调控机制	Ciona robusta（一种脊索动物）的心脏发育过程	发育生物学	心血管疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）, CRISPR-Cas9基因敲除	NA	基因表达数据	成年Ciona robusta心脏组织
978	2025-07-24	Integrating Single-Cell Sequencing and Transcriptome Analysis to Investigate the Role of Ferroptosis in Ischemic Stroke and the Molecular Mechanisms of Immune Checkpoints 2025-05, World neurosurgery IF:1.9Q2 DOI:10.1016/j.wneu.2025.123908 PMID:40118372	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和转录组分析，探讨铁死亡在缺血性卒中中的作用及免疫检查点的分子机制	利用单细胞转录组数据和机器学习算法识别了与铁死亡相关的关键基因，并验证了其诊断价值	研究仅基于公开数据集，缺乏实验验证	识别缺血性卒中中铁死亡相关的关键基因，探索其分子机制和潜在生物标志物	缺血性卒中患者和对照组的星形胶质细胞及T细胞亚群	生物信息学	缺血性卒中	单细胞转录组测序，Lasso回归，支持向量机算法	机器学习算法	转录组数据	公开数据集GSE247474
979	2025-07-24	Distinct adipose progenitor cells emerging with age drive active adipogenesis 2025-Apr-25, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adj0430 PMID:40273250	研究论文	研究揭示了中年时期脂肪祖细胞（APCs）在促进内脏脂肪形成中的关键作用及其机制	发现了一种新的脂肪祖细胞亚群CP-A，其在中年时期活跃增殖并促进脂肪生成，揭示了白血病抑制因子受体信号在此过程中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类中的相关性需要进一步验证	探究年龄依赖性脂肪重塑的分子机制	小鼠脂肪祖细胞（APCs）	细胞生物学	代谢性疾病	单细胞RNA测序、谱系追踪、移植实验	NA	基因表达数据	小鼠模型
980	2025-07-24	AI-based phenotyping of hepatic fiber morphology to inform molecular alterations in metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease 2025-Apr-22, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001360 PMID:40262132	研究论文	利用AI技术对代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）中的肝纤维形态进行表型分析，以揭示其分子改变	开发了基于AI的FibroNest算法，用于量化肝纤维形态表型，并发现这些表型能更敏感地捕捉MASLD相关分子改变	样本量较小（94例肝活检），且仅部分样本（13%）同时患有HCC	全面表征MASLD中肝纤维形态表型及其相关分子改变	代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）患者的肝活检样本	数字病理学	代谢功能障碍相关脂肪性肝病	多层组学分析、空间单细胞转录组（CosMx）	FibroNest算法	肝活检图像、转录组数据	94例MASLD患者的肝活检样本（其中12例并发HCC）