单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
961	2025-07-24	From preneoplastic lesion to heterogenous tumor: recent insights into hepatoblastoma biology and therapeutic opportunities 2025-Jul-19, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02405-8 PMID:40684183	综述	本文综述了肝母细胞瘤生物学的最新发现和治疗机会，包括肿瘤异质性、疾病进展和治疗反应的分子机制	利用单细胞RNA-seq、多组学、空间转录组学和功能基因组学筛查揭示了肝母细胞瘤的复杂性和肿瘤微环境的作用	未提及具体临床应用的限制或挑战	探讨肝母细胞瘤的生物学特性和潜在治疗靶点	肝母细胞瘤细胞、肿瘤相关细胞类型和遗传依赖性	肿瘤生物学	肝母细胞瘤	单细胞RNA-seq、多组学、空间转录组学、功能基因组学筛查	NA	基因组数据、转录组数据	未提及具体样本数量
962	2025-07-24	Spatial-scERA: a method for reconstructing spatial single-cell enhancer activity in multicellular organisms 2025-Jul-19, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf684 PMID:40694852	研究论文	提出了一种名为spatial-scERA的新方法，用于重建多细胞生物中空间单细胞增强子活性	结合了并行报告基因检测、单细胞RNA测序和最优传输的空间重建技术，能够在3D虚拟样本上以单细胞分辨率映射细胞类型特异性增强子活性	NA	准确预测复杂多细胞样本中增强子活性模式并将增强子与其潜在靶基因联系起来	多细胞生物中的候选增强子区域	生物信息学	NA	单细胞RNA测序、最优传输	NA	转录组数据、空间数据	25个候选增强子在果蝇胚胎中进行了评估
963	2025-07-24	GeneSurfer enables transcriptome-wide exploration and annotation of gene co-expression modules in 3D spatial transcriptomics data 2025-Jul-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112713 PMID:40678514	research paper	介绍GeneSurfer，一种用于探索3D空间转录组数据中基因共表达模式的交互式工具	GeneSurfer提供了转录组范围内的基因过滤和基于空间局部共表达的基因聚类功能，支持多切片3D渲染和实时基因本体注释	未明确提及具体局限性	开发工具以探索和分析大规模3D空间转录组数据中的局部基因共表达模式	空间转录组数据和单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	空间转录组学，单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自Allen Brain Cell Atlas的数据
964	2025-07-24	Bering: joint cell segmentation and annotation for spatial transcriptomics with transferred graph embeddings 2025-Jul-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60898-9 PMID:40681510	research paper	提出了一种名为Bering的图深度学习模型，用于在2D和3D空间转录组数据中进行联合噪声感知细胞分割和分子注释	利用转录共定位关系进行细胞分割和分子注释，通过转移学习和自蒸馏构建预训练模型，提高了在新数据中的分割准确性	当前方法仍依赖于细胞核或细胞体染色，可能导致转录组深度的显著损失和空间共定位模式学习能力的限制	提高空间转录组学中的细胞分割和注释准确性	2D和3D空间转录组数据	digital pathology	NA	空间转录组学	graph deep learning model	spatial transcriptomics data	NA
965	2025-07-24	The pro-cancer and immunosuppressive activity of macrophage-transformed cancer-associated fibroblasts in oral squamous cell carcinoma 2025-Jul-18, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.07.027 PMID:40684939	研究论文	本研究探讨了口腔鳞状细胞癌(OSCC)中巨噬细胞转化的癌症相关成纤维细胞(MMT)的促癌和免疫抑制功能	首次揭示了MMT在OSCC中的存在及其通过CXCL10途径促进肿瘤免疫抑制微环境的机制	研究主要基于小鼠模型，人类OSCC中的验证仍需进一步研究	阐明MMT的起源、功能特征及其在OSCC中的作用机制	口腔鳞状细胞癌(OSCC)中的巨噬细胞-肌成纤维细胞转化(MMT)细胞	肿瘤微环境研究	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光、流式细胞术	小鼠皮下OSCC肿瘤模型	基因表达数据、病理切片图像、流式细胞数据	未明确说明具体样本数量，使用OSCC异种移植肿瘤和小鼠模型
966	2025-07-24	Machine learning assisted immune profiling of COPD identifies a unique emphysema subtype independent of GOLD stage 2025-Jul-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112966 PMID:40687815	研究论文	本研究利用机器学习辅助免疫分析，识别出一种独立于GOLD分期的独特肺气肿亚型	通过多层次的免疫炎症特征分析和机器学习算法，揭示了COPD患者中一种独特的免疫特征亚型，该亚型与肺气肿严重程度增加和气体交换参数降低相关	研究中未明确说明样本的具体数量或代表性	探索COPD的免疫炎症特征及其与疾病异质性的关系	慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者	机器学习	慢性阻塞性肺疾病	流式细胞术、细胞因子分析、单细胞转录组学、空间转录组学	机器学习算法	生物医学数据	NA
967	2025-07-24	Single cell immune profiling in ankylosing spondylitis reveals resistance of CD8+ T cells to immune exhaustion 2025-Jul-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112715 PMID:40687839	research paper	该研究通过单细胞免疫分析揭示了强直性脊柱炎中CD8+ T细胞对免疫耗竭的抵抗机制	发现了一种在强直性脊柱炎滑液中克隆扩增的CTL亚群，该亚群表达抑制性受体但保持效应功能，且下调了典型的耗竭标志物	研究样本仅限于强直性脊柱炎患者的滑液，未涉及其他组织或疾病对照	探究强直性脊柱炎中慢性炎症持续存在的免疫学机制	强直性脊柱炎患者的CD8+ T细胞	免疫学	强直性脊柱炎	质谱流式细胞术, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞基因表达数据, 蛋白质表达数据	强直性脊柱炎患者的滑液样本(具体数量未明确说明)
968	2025-07-24	Integrated single-cell and spatial transcriptomics uncover distinct cellular subtypes involved in neural invasion in pancreatic cancer 2025-Jul-17, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.06.020 PMID:40680743	研究论文	通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了胰腺癌神经侵袭中不同细胞亚型的作用	首次整合单细胞和空间转录组学技术，揭示了胰腺癌神经侵袭中独特的细胞亚型和空间组织模式	样本量相对较小（25名患者，62个样本），可能限制结果的普遍性	探索胰腺癌神经侵袭的细胞机制和微环境特征	胰腺导管腺癌（PDAC）患者的肿瘤组织	数字病理学	胰腺癌	sc/snRNA-seq（单细胞/单核RNA测序），空间转录组学	NA	RNA测序数据，空间转录数据	25名PDAC患者的62个样本
969	2025-07-24	Molecular characterization and functional prioritization of CD46, IL6R, KLRC1, LEAP2 and SMOX as candidate targets in acute kidney injury 2025-Jul-17, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.146096 PMID:40683494	研究论文	本研究通过多组学整合框架鉴定并验证了急性肾损伤（AKI）的候选治疗靶点	利用遗传信息筛选和多组学整合方法，鉴定了五个具有生物学合理性和治疗潜力的候选靶点，并进行了体内外验证	研究仅针对五个候选靶点进行了验证，可能忽略了其他潜在的重要靶点	鉴定和验证急性肾损伤的潜在治疗靶点	CD46、IL6R、KLRC1、LEAP2和SMOX五个候选靶点	分子生物学	急性肾损伤	多组学整合分析、bulk和单细胞RNA测序、计算机药物重定位	NA	基因组数据、转录组数据	NA
970	2025-07-24	Gastric cancer adapts high lipid microenvironment via suppressing PPARG-FABP1 axis after arriving in the lymph node 2025-Jul-17, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103759 PMID:40694956	研究论文	本研究探讨了胃癌细胞在淋巴结转移过程中通过抑制PPARG-FABP1轴适应高脂微环境的机制	揭示了胃癌细胞在淋巴结转移中通过代谢重编程适应高脂微环境的新机制，特别是PPARG-FABP1轴的抑制作用	研究主要基于体外实验和部分公共数据库分析，缺乏更多临床样本验证	探究胃癌细胞在淋巴结转移过程中的代谢适应机制，特别是脂质代谢重编程的作用	胃癌细胞及其在淋巴结转移过程中的代谢变化	癌症研究	胃癌	非靶向脂质组测序、肿瘤细胞流式分选、RNA测序、单细胞测序、透射电子显微镜、BODIPY 581/591染色、ChIP-qPCR	NA	测序数据、显微镜图像、染色数据	NA
971	2025-07-24	Cluster-independent multiscale marker identification in single-cell RNA-seq data using localized marker detector (LMD) 2025-Jul-16, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08485-y PMID:40670619	研究论文	介绍了一种名为LMD的新工具，用于在单细胞RNA-seq数据中识别局部基因，以多分辨率和细粒度的方式表征细胞多样性	LMD通过构建细胞-细胞亲和图并在细胞图上扩散基因表达值，基于扩散动力学为每个基因评分，从而识别局部基因	未提及具体限制	提高单细胞RNA-seq数据中细胞标记物的识别准确性，以更好地理解细胞多样性和功能	小鼠骨髓和毛囊真皮凝聚物数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	LMD	基因表达数据	十个单细胞RNA测序数据集
972	2025-07-24	Pan-Cancer Spatial Profiling Reveals Conserved Subtypes and Niches of Cancer-Associated Fibroblasts 2025-Jul-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-2181 PMID:40440095	research paper	该研究通过泛癌空间分析揭示了癌症相关成纤维细胞（CAF）的保守亚型和微环境	利用空间多组学数据首次定义了四种基于空间组织和细胞邻域的CAF亚型，为CAF分类提供了新框架	研究主要依赖于空间多组学数据，可能未完全涵盖所有肿瘤类型的CAF异质性	解析肿瘤微环境中CAF的空间异质性及其在治疗反应中的作用	多种癌症类型中的癌症相关成纤维细胞（CAF）	digital pathology	cancer	single-cell spatial multiomics	NA	spatial multiomic data	多种癌症类型的广泛单细胞空间多组学数据集
973	2025-07-24	Single-cell transcriptional profiling reveals PAX5-mediated naïve B cell differentiation defect in severe adenoid hypertrophy 2025-Jul-15, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114675 PMID:40675241	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了严重腺样体肥大中PAX5介导的幼稚B细胞分化缺陷	首次在严重腺样体肥大中发现幼稚B细胞积累和PAX5过表达导致的B细胞分化阻滞	样本量相对较小，未进行功能验证实验	探究腺样体肥大的分子机制	儿科腺样体肥大患者的腺样体组织	单细胞转录组学	腺样体肥大	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	45,917个单细胞转录组(来自SHA和MHA患者)
974	2025-07-24	Interleukin-27-producing cells in gram-negative neonatal sepsis display diverse phenotypes and functions in the liver 2025-Jul-14, ImmunoHorizons DOI:10.1093/immhor/vlaf026 PMID:40682363	research paper	该研究通过单细胞水平分析揭示了在革兰氏阴性新生儿败血症中，肝脏内产生IL-27的细胞具有多样化的表型和功能	首次在单细胞水平上详细描述了新生儿败血症中IL-27产生细胞的表型和功能多样性，并揭示了这些细胞的转录组特征	研究仅使用了小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究新生儿败血症中IL-27产生细胞的特性及其在免疫失调中的作用	新生小鼠的肝脏细胞	免疫学	新生儿败血症	单细胞RNA测序、流式细胞术、全动物成像	IL-27p28eGFP报告小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明具体样本数量，使用报告小鼠模型进行研究
975	2025-07-24	Cellular basis for cortical network aging in primates 2025-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.08.663725 PMID:40672262	研究论文	该研究通过整合皮质相似性网络与全脑空间转录组学，揭示了灵长类动物大脑网络老化的细胞基础	首次将皮质相似性网络与全脑空间转录组学整合，揭示了深部兴奋性神经元和少突胶质细胞在皮质相似性中的主导作用，以及特定细胞类型与区域脆弱性的关联	研究样本仅限于猕猴，人类数据的验证仍需进一步研究	探索大脑网络老化的细胞机制	猕猴（N=64，年龄1-26岁）的大脑皮质网络	神经科学	老年疾病	全脑空间转录组学	NA	转录组数据、影像数据	64只猕猴，年龄跨度1-26岁
976	2025-07-24	NeuN expression in health and disease: A histological perspective on neuronal heterogeneity 2025-Jul-11, Histology and histopathology IF:2.5Q2 DOI:10.14670/HH-18-965 PMID:40697072	综述	本文综述了神经元核蛋白（NeuN）在健康和疾病状态下的表达模式及其在神经科学研究与诊断中的应用	提出NeuN不应被视为二元标记物，而应作为神经元状态的动态指标，并建议采用多标记策略和分子工具提高神经元分析的分辨率	NeuN并非在所有成熟神经元中普遍表达，且在病理条件下其表达可能动态变化，这限制了其作为神经元死亡标志物的解释	探讨NeuN表达模式、调控机制及其在研究和诊断中的意义	神经元核蛋白（NeuN/Rbfox3）及其在不同神经元类型和病理条件下的表达	神经病理学	神经退行性疾病（如阿尔茨海默病和帕金森病）、脑缺血再灌注损伤、创伤性脑损伤和癫痫	免疫组织化学、空间转录组学、RNA测序	NA	组织学数据和转录组数据	NA
977	2025-07-24	scGGC: a two-stage strategy for single-cell clustering through cellular gene pathway construction 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf368 PMID:40698866	研究论文	提出了一种名为scGGC的新型单细胞聚类模型，通过整合图自编码器和生成对抗网络技术，提高了单细胞RNA测序数据的聚类准确性	scGGC的创新包括两部分：(i)构建包含细胞-细胞和细胞-基因关系的邻接矩阵，以捕捉图结构中的复杂相互作用，实现非线性降维和初始聚类；(ii)通过从初始聚类中选择高置信度样本进行对抗神经网络训练，提升聚类性能	未明确提及具体限制，但高维度、噪声和数据稀疏性仍是单细胞聚类分析的普遍挑战	提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性和细胞类型特异性标记基因的识别	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图自编码器(GAE)和生成对抗网络(GAN)	单细胞RNA测序数据	九个公开可用的scRNA-seq数据集
978	2025-07-24	Applications and techniques of single-cell RNA sequencing across diverse species 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf354 PMID:40698863	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在不同物种中的应用和技术	scRNA-seq技术提供了前所未有的细胞异质性、谱系分化和细胞类型特异性基因表达模式的见解	技术和财务障碍限制了其在非模式生物和具有复杂细胞组成的组织中的应用	探讨scRNA-seq在分子生物学、肿瘤学、发育生物学和生态基因组学等领域的应用	不同物种的细胞	分子生物学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
979	2025-07-24	Path-MGCN: a pathway activity-based multi-view graph convolutional network for determining spatial domains 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf365 PMID:40698867	研究论文	提出了一种基于通路活性的多视图图卷积网络Path-MGCN，用于确定空间转录组数据中的空间域	Path-MGCN首次整合了通路信息，通过注意力机制自适应融合空间和功能邻近性的多视图图卷积网络，提高了空间转录组数据分析的准确性和可解释性	未明确提及具体限制，但可能受限于通路数据库的覆盖范围和计算复杂度	开发一个准确且可解释的框架来分析空间转录组数据，以理解组织结构和分子通路	人类背外侧前额叶皮层、乳腺癌和小鼠脑组织的空间转录组数据	数字病理学	乳腺癌	基因集变异分析(GSVA)、Zero-inflated negative binomial解码器	多视图图卷积网络(GCN)与注意力机制	空间转录组数据	多个数据集(人类背外侧前额叶皮层、乳腺癌和小鼠脑组织)
980	2025-07-24	SpaDCN: Deciphering Spatial Functional Landscape from Spatially Resolved Transcriptomics by Aligning Cell-Cell Communications 2025-Jul, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202402111 PMID:39962819	研究论文	提出了一种名为SpaDCN的空间动态图卷积网络框架，用于从空间分辨转录组数据中解析空间功能景观	通过整合细胞间通讯动态和基因表达数据，在空间背景下揭示具有一致细胞组织的空间功能区域	未明确提及具体局限性	解决空间分辨转录组技术中识别病理相关空间功能景观的挑战	空间分辨转录组数据	数字病理	癌症	空间分辨转录组技术(SRT)	动态图卷积网络(SpaDCN)	基因表达数据	NA