单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
961	2025-05-07	Inhibition of glutathione peroxidase 4 suppresses gastric cancer peritoneal metastasis via regulation of RCC2 homeostasis 2025-Mar, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103519 PMID:39908861	研究论文	本研究探讨了谷胱甘肽过氧化物酶4（GPx4）在胃癌腹膜转移中的作用及其分子机制	揭示了GPx4通过调节RCC2的稳态和泛素化降解来促进胃癌腹膜转移的新机制	研究主要基于体外和体内实验，临床样本验证仍需进一步扩大	探索胃癌腹膜转移的新治疗靶点	胃癌细胞及腹膜转移模型	癌症生物学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、蛋白质组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据	回顾性临床样本及实验模型
962	2025-05-07	Identification of a liver fibrosis and disease progression-related transcriptome signature in non-alcoholic fatty liver disease 2025-Mar, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2025.106751 PMID:39909111	研究论文	本研究旨在建立一个转录组特征来区分非酒精性脂肪肝病（NAFLD）患者的轻度或晚期纤维化，并监测疾病进展	通过最小绝对收缩选择算子回归分析，识别出一个包含11个枢纽基因的特征，用于区分NAFLD患者的纤维化阶段和监测疾病进展	研究依赖于公共数据库中的转录组数据，可能受到样本来源和数量的限制	建立NAFLD相关肝纤维化和疾病进展的转录组特征	非酒精性脂肪肝病（NAFLD）患者	数字病理学	非酒精性脂肪肝病	转录组分析	最小绝对收缩选择算子回归	转录组数据	六个批量转录组图谱和三个批量及一个单细胞转录组数据
963	2025-05-07	FLASH radiation reprograms lipid metabolism and macrophage immunity and sensitizes medulloblastoma to CAR-T cell therapy 2025-Mar, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00905-6 PMID:39910249	研究论文	本文研究了FLASH放射治疗对髓母细胞瘤中肿瘤免疫的影响，特别是对巨噬细胞脂质代谢和CAR-T细胞治疗的增敏作用	揭示了FLASH放射通过重编程巨噬细胞脂质代谢来逆转肿瘤免疫抑制的新机制，并首次证明其能增强CAR-T细胞治疗的疗效	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探索FLASH放射治疗对肿瘤免疫微环境的影响及其与CAR-T细胞治疗的协同作用	髓母细胞瘤小鼠模型中的肿瘤相关巨噬细胞和CAR-T细胞	肿瘤免疫治疗	髓母细胞瘤	单细胞转录组分析、FLASH质子束放射治疗	基因工程小鼠模型	转录组数据	NA
964	2025-05-07	A comprehensive spatio-cellular map of the human hypothalamus 2025-Mar, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08504-8 PMID:39910307	研究论文	通过单核测序和空间转录组学技术，构建了人类下丘脑的全面空间细胞转录图谱'HYPOMAP'	首次结合单核测序和空间转录组学技术，对人类下丘脑进行全面的空间细胞转录图谱分析，并发现与BMI相关的基因	研究主要基于转录组数据，可能未涵盖所有细胞功能和神经环路	构建人类下丘脑的空间细胞转录图谱，并探索其与代谢等疾病的关系	人类下丘脑细胞	基因组学	代谢紊乱	单核测序、空间转录组学	NA	转录组数据	433,369个人类下丘脑细胞
965	2025-05-07	SLC13A5 plays an essential role in the energy shift to oxidative phosphorylation in cisplatin-resistant mesothelioma stem cells 2025-Mar, Pathology international IF:2.5Q2 DOI:10.1111/pin.70001 PMID:39912507	research paper	该研究探讨了SLC13A5在顺铂耐药间皮瘤干细胞能量代谢向氧化磷酸化转变中的关键作用	揭示了SLC13A5通过调节代谢转变和信号通路增强间皮瘤干细胞的顺铂耐药性	研究主要基于体外实验和数据库分析，缺乏体内实验验证	探索靶向癌症干细胞的新型治疗方法	人类间皮瘤细胞系和间皮瘤干细胞样细胞	肿瘤生物学	间皮瘤	微阵列分析、scRNA-seq	水凝胶培养模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	人类间皮瘤细胞系和临床间皮瘤样本
966	2025-05-07	Effects of maternal edible THC consumption on offspring lung growth and function in a rhesus macaque model 2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00360.2024 PMID:39903192	研究论文	本研究探讨了母体食用THC对恒河猴后代肺生长和功能的影响	首次在恒河猴模型中研究了母体食用THC对后代肺发育和功能的长期影响，并揭示了相关的表观遗传调控机制	样本量较小，且仅研究了恒河猴模型，结果可能不完全适用于人类	评估产前THC暴露对后代肺发育和功能的潜在负面影响	恒河猴及其后代	生物医学研究	呼吸系统疾病	MRI、RNAseq、全基因组亚硫酸氢盐测序、空间RNAseq	恒河猴动物模型	影像数据、分子数据	接受THC或安慰剂处理的怀孕恒河猴及其后代
967	2025-05-07	scRecover: Discriminating True and False Zeros in Single-Cell RNA-Seq Data for Imputation 2025-Feb-28, Statistics in medicine IF:1.8Q1 DOI:10.1002/sim.10334 PMID:39912305	研究论文	介绍了一种名为scRecover的新工具，用于区分单细胞RNA-seq数据中的真实零值和假零值，并进行有效的插补	提出了一种统计框架，能有效区分真实零值（基因未表达）和假零值（信号丢失），并开发了新的插补工具scRecover	需要与其他插补方法（如scImpute、SAVER和MAGIC）结合使用	提高单细胞RNA-seq数据中零值插补的准确性	单细胞RNA-seq数据中的零值	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	零膨胀负二项模型，Good和Toulmin模型的改进版	单细胞RNA-seq数据	NA
968	2025-05-07	A single-cell and spatial wheat root atlas with cross-species annotations delineates conserved tissue-specific marker genes and regulators 2025-Feb-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115240 PMID:39893633	research paper	该研究构建了一个小麦根部的单细胞和空间转录组图谱，并通过跨物种注释鉴定了保守的组织特异性标记基因和调控因子	利用跨物种同源注释方法预测并验证了小麦根部细胞类型的标记基因，构建了细胞类型特异性基因调控网络	研究主要关注小麦根部，可能不适用于其他植物组织或物种	解决非模式植物物种中单细胞RNA测序数据注释的挑战，鉴定保守的组织特异性标记基因和调控因子	小麦根部组织，以及水稻、玉米和拟南芥的公开数据集	植物生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据，空间转录组数据	土壤生长的小麦根部组织
969	2025-05-07	Spatial transcriptomics-aided localization for single-cell transcriptomics with STALocator 2025-Feb-19, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101195 PMID:39904340	研究论文	开发了一种名为STALocator的工具，用于将单细胞转录组数据定位到空间转录组数据中	STALocator能够将单细胞转录组数据与空间转录组数据结合，提高基因表达模式的空间分辨率，并预测全基因组基因表达数据	未明确提及具体限制	提高单细胞转录组数据的空间分辨率	人类大脑和鳞状细胞癌数据	生物信息学	鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）、Slide-seqV2、FISH、Xenium	STALocator	基因表达数据、空间数据	模拟数据、人类大脑和鳞状细胞癌数据
970	2025-05-07	Inferring cell trajectories of spatial transcriptomics via optimal transport analysis 2025-Feb-19, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101194 PMID:39904341	研究论文	介绍了一种名为SpaTrack的方法，通过最优传输分析整合细胞转录组和空间位置信息，重构细胞分化轨迹	利用最优传输方法将基因表达和空间位置信息整合到过渡成本中，从而重建细胞分化轨迹	NA	解决细胞转录组和空间位置信息整合以组织分化轨迹的挑战	空间转录组数据	生物信息学	NA	最优传输分析	SpaTrack	空间转录组数据	涉及蝾螈端脑再生和小鼠中脑发育的多个样本
971	2025-05-07	In Vivo Time-Resolved Single-Cell RNA-Seq Reveals Chemotherapy-Induced Transcriptional Dynamics in Tumor Infiltrating Lymphocytes 2025-Feb-18, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c05648 PMID:39908452	research paper	该研究开发了一种名为scDyna-seq的时间分辨单细胞RNA测序方法，用于在体内应用中追踪基因表达的动态变化	开发了scDyna-seq方法，能够在体内环境中高效捕获新生RNA，并精确追踪基因表达动态，突破了传统方法仅限于体外研究的限制	研究主要基于小鼠膀胱癌模型，尚未在人类临床样本中验证	探索化疗药物在肿瘤浸润淋巴细胞中诱导的转录动态变化	肿瘤浸润淋巴细胞	单细胞测序技术	膀胱癌	scRNA-seq, 4-thiouridine (4sU)标记, scTCR-seq	小鼠膀胱癌模型	单细胞RNA测序数据	小鼠模型中的肿瘤浸润淋巴细胞
972	2025-05-07	Spatially resolved transcriptomics reveal the determinants of primary resistance to immunotherapy in NSCLC with mature tertiary lymphoid structures 2025-Feb-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.101934 PMID:39909044	research paper	该研究通过空间转录组学揭示了非小细胞肺癌中成熟三级淋巴结构对免疫检查点抑制剂原发性耐药的决定因素	发现了两种特定的癌症相关成纤维细胞亚群在介导mTLS阳性NSCLC对ICIs的原发性耐药中的关键作用	研究样本量虽大(n=509)，但来自单一机构(BIP研究)，可能需要更多外部验证	探究mTLS阳性NSCLC患者对免疫治疗产生原发性耐药的机制	非小细胞肺癌患者(n=509)及其肿瘤微环境	digital pathology	lung cancer	spatial transcriptomics, multiplex immunofluorescence (mIF)	NA	transcriptomic data, immunofluorescence imaging	509名NSCLC患者
973	2025-05-07	Kernel-bounded clustering for spatial transcriptomics enables scalable discovery of complex spatial domains 2025-Feb-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278983.124 PMID:39909714	research paper	提出了一种名为核边界聚类（KBC）的新算法，用于处理空间转录组数据，以发现复杂的空间域	KBC是首个使用分布核来招募聚类成员的算法，能够发现不同密度、大小和形状的聚类，并且是一种线性时间聚类算法，显著提高了聚类分析的速度	未明确提及具体局限性	开发一种新的聚类算法，以更有效地处理大规模空间转录组数据集	空间转录组数据	machine learning	NA	Weisfeiler-Lehman scheme	KBC	spatial transcriptomics data	NA
974	2025-05-07	Hypoxia-Mimicking Microenvironment Scaffold for Enhanced Tendon Regeneration 2025-Feb-12, ACS applied materials & interfaces IF:8.3Q1 DOI:10.1021/acsami.4c18082 PMID:39901352	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探索肌腱愈合中的细胞群体和信号通路，并开发了一种模拟缺氧环境的PCL-DFOA支架以增强肌腱组织再生	利用单细胞RNA测序揭示缺氧在肌腱愈合中的关键作用，并开发了能模拟缺氧环境的PCL-DFOA支架	NA	探索肌腱损伤修复的新治疗策略	肌腱组织	组织工程	肌腱损伤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
975	2025-05-07	Defining the regulatory logic of breast cancer using single-cell epigenetic and transcriptome profiling 2025-Feb-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100765 PMID:39914387	研究论文	通过单细胞表观遗传和转录组分析揭示乳腺癌的调控逻辑	结合单细胞染色质可及性（scATAC-seq）和转录组（scRNA-seq）分析，识别乳腺癌亚型特异性肿瘤的起源细胞，并量化恶性细胞与正常细胞中调控元件与基因表达的关联	研究仅针对乳腺癌，未涉及其他癌症类型	解析乳腺癌细胞中非编码调控机制及其在致癌过程中的作用	人类乳腺肿瘤和健康乳腺组织，以及乳腺癌细胞系	表观遗传学	乳腺癌	scATAC-seq, scRNA-seq	线性混合效应模型	单细胞表观遗传和转录组数据	未明确提及具体样本数量，但包括人类乳腺肿瘤、健康乳腺组织和乳腺癌细胞系
976	2025-05-07	Single-cell delineation of the microbiota-gut-brain axis: Probiotic intervention in Chd8 haploinsufficient mice 2025-Feb-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100768 PMID:39914389	研究论文	通过构建野生型和突变型小鼠在三个发育阶段的大脑和肠道组织的单细胞转录组图谱，探索了宿主-肠道微生物群的相互作用，并研究了益生菌干预对CHD8单倍不足小鼠社交缺陷的潜在治疗效果	首次在CHD8单倍不足的ASD模型中，利用单细胞转录组学技术详细描绘了微生物群-肠-脑轴的相互作用，并发现特定益生菌干预可选择性挽救社交缺陷	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类ASD患者中验证益生菌干预的效果	探索微生物群-肠-脑轴在自闭症谱系障碍(ASD)中的作用，并寻找潜在的治疗策略	野生型和CHD8单倍不足突变型小鼠的大脑和肠道组织	神经科学	自闭症谱系障碍(ASD)	单细胞转录组测序	CHD8单倍不足小鼠模型	单细胞转录组数据	野生型和突变型小鼠在三个发育阶段的大脑和肠道组织样本
977	2025-05-07	Characterization and bioinformatic filtering of ambient gRNAs in single-cell CRISPR screens using CLEANSER 2025-Feb-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100766 PMID:39914388	research paper	该研究开发了一种名为CLEANSER的混合模型，用于过滤单细胞CRISPR筛选中的环境gRNAs，以提高gRNA细胞分配的准确性	开发了CLEANSER模型，结合gRNA和细胞特异性归一化参数，有效过滤环境gRNAs，提高单细胞RNA测序CRISPR筛选的准确性	NA	提高单细胞RNA测序CRISPR筛选的准确性，减少环境gRNAs带来的假阳性	单细胞RNA测序CRISPR筛选中的环境gRNAs	生物信息学	NA	单细胞RNA测序CRISPR筛选	混合模型（CLEANSER）	RNA测序数据	NA
978	2025-05-07	Exploring molecular disparities of H-type vasculature endothelial cells in osteonecrosis of the femoral head through single-cell analysis 2025-Feb-06, BMC musculoskeletal disorders IF:2.2Q3 DOI:10.1186/s12891-024-08267-3 PMID:39910554	research paper	通过单细胞RNA测序分析，探索股骨头坏死中H型血管内皮细胞的分子差异	首次在股骨头坏死和髋骨关节炎中，利用单细胞RNA测序技术研究H型血管内皮细胞的分子变化，特别是铁死亡、焦亡和parthanatos等死亡模式	样本量较小，仅包括9个股骨头样本，可能影响结果的普遍性	研究股骨头坏死中H型血管内皮细胞的分子变化及其在疾病进展中的作用	股骨头坏死和髋骨关节炎患者的H型血管内皮细胞	digital pathology	osteonecrosis of the femoral head	scRNA-seq, Gene Ontology, KEGG analysis, CellChat	NA	RNA sequencing data	9个股骨头样本（3个髋骨关节炎、3个股骨头坏死3A期、3个股骨头坏死4期）
979	2025-05-07	Myeloma cell-derived CXCL7 facilitates proliferation of tumor cells and occurrence of osteolytic lesions through JAK/STAT3 pathway 2025-Feb-06, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07413-6 PMID:39915476	研究论文	探讨骨髓瘤细胞衍生的CXCL7通过JAK/STAT3通路促进肿瘤细胞增殖和溶骨性病变的发生	发现CXCL7通过激活JAK/STAT3通路促进骨髓瘤细胞增殖和溶骨性病变，为多发性骨髓瘤的治疗提供了新的靶点	研究主要基于小鼠异种移植肿瘤模型，临床样本验证仍需进一步研究	揭示CXCL7在多发性骨髓瘤溶骨性病变中的作用机制	多发性骨髓瘤细胞和小鼠异种移植肿瘤模型	肿瘤生物学	多发性骨髓瘤	转录组数据分析、单细胞RNA-seq、小鼠异种移植肿瘤模型	小鼠异种移植肿瘤模型	RNA-seq数据、临床数据	未明确提及具体样本数量，涉及中心数据和GEO数据库数据
980	2025-05-07	Single-cell atlas of human pancreatic islet and acinar endothelial cells in health and diabetes 2025-Feb-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55415-3 PMID:39915484	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，构建了人类胰腺胰岛和腺泡内皮细胞在健康和糖尿病状态下的单细胞图谱	首次开发了富集胰岛特异性内皮细胞(ISECs)和腺泡特异性内皮细胞(ASECs)的策略，并揭示了它们在健康和糖尿病状态下的独特分子特征	研究仅基于三个人类胰腺样本和三个已发表的胰腺数据集，样本量相对较小	揭示胰腺血管异质性及其在糖尿病中的变化	人类胰腺胰岛和腺泡内皮细胞	单细胞测序	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	三个人类胰腺样本和三个已发表的胰腺数据集