单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9761	2024-08-12	MuSiC2: cell-type deconvolution for multi-condition bulk RNA-seq data 2022-11-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac430 PMID:36208175	研究论文	本文提出了一种名为MuSiC2的迭代估计程序，用于在多临床条件下对bulk RNA-seq数据进行细胞类型反卷积分析	MuSiC2是MuSiC的扩展，能够在单细胞参考与bulk样本临床条件不同时，提高细胞类型比例估计的准确性	现有的细胞类型反卷积方法通常需要与bulk RNA-seq数据临床条件相匹配的单细胞RNA-seq数据作为参考，这在疾病样本中获取较为困难	旨在解决在不同临床条件下，使用单细胞RNA-seq参考数据进行bulk RNA-seq数据反卷积时可能导致的细胞类型比例估计偏差问题	研究对象包括来自人类胰腺胰岛和视网膜的两个bulk RNA-seq数据集	生物信息学	NA	RNA-seq	MuSiC2	RNA-seq数据	涉及两个bulk RNA-seq数据集，一个来自人类胰腺胰岛，另一个来自人类视网膜
9762	2024-08-12	A survey of the mouse hindbrain in the fed and fasted states using single-nucleus RNA sequencing 2021-11, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2021.101240 PMID:33962048	综述	本研究利用单核RNA测序技术，详细调查了在进食和禁食状态下小鼠延髓中的最后区（AP）和孤束核（NTS）的细胞	首次在延髓水平上进行深入的单细胞转录组学研究，揭示了关键抗肥胖药物受体表达细胞的转录组特征	NA	旨在详细描述AP和NTS细胞中关键抗肥胖药物受体的单细胞水平特征	小鼠延髓中的最后区（AP）和孤束核（NTS）细胞	数字病理学	肥胖症	单核RNA测序	NA	转录组	16,034个细胞，其中8,910个是神经元，7,124个是非神经元细胞
9763	2024-08-12	Boosting scRNA-seq data clustering by cluster-aware feature weighting 2021-Jun-02, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-021-04033-7 PMID:34078287	研究论文	本文提出了一种名为CaFew的新方法，通过集群感知特征加权来选择基因，以提高单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据聚类的性能	CaFew方法通过优化聚类目标函数，获得特征权重矩阵，用于特征选择，从而提高聚类效果	NA	提高scRNA-seq数据聚类的性能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	8个真实scRNA-seq数据集
9764	2024-08-12	Neural G0: a quiescent-like state found in neuroepithelial-derived cells and glioma 2021-06, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20209522 PMID:34101353	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了人类神经干细胞（hNSCs）的细胞周期状态，并构建了一个细胞周期分类器，识别出神经上皮来源细胞类型中的传统细胞周期阶段和一个类似静止状态（Neural G0），该状态在哺乳动物神经发生和胶质瘤中存在。	本研究首次识别出神经上皮来源细胞和胶质瘤中的类似静止状态（Neural G0），并发现该状态与较不具侵袭性的肿瘤和患者生存期延长相关。	NA	研究神经上皮来源细胞和胶质瘤中的细胞周期状态，特别是类似静止状态（Neural G0）。	人类神经干细胞（hNSCs）的细胞周期状态，以及神经上皮来源细胞和胶质瘤中的类似静止状态（Neural G0）。	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
9765	2024-08-12	EyeDiseases: an integrated resource for dedicating to genetic variants, gene expression and epigenetic factors of human eye diseases 2021-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqab050 PMID:34085038	研究论文	开发了一个名为EyeDiseases的数据库，用于整合和解释人类眼病的多组学数据	首次开发了一个专门用于整合和解释人类眼病多组学数据的数据库	NA	加速发现和验证与各种眼病相关的候选位点和基因，以促进分子诊断和治疗	人类眼病的遗传变异、基因表达和表观遗传因子	数字病理学	眼病	多组学技术	NA	基因组数据	包含1344个与疾病相关的基因、1774个转录文件和105个表观基因组数据
9766	2024-08-12	Ventricular, atrial, and outflow tract heart progenitors arise from spatially and molecularly distinct regions of the primitive streak 2021-05, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3001200 PMID:33999917	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序结合遗传谱系追踪和活体成像技术，揭示了在小鼠胚胎原条阶段，第一和第二心场（FHF和SHF）被细分为不同的前体细胞池，这些前体细胞在原条中具有不同的起源和分子特征	本研究首次在更早的胚胎发育阶段发现了FHF和SHF的细分前体细胞池，并揭示了这些细胞在原条中的不同起源和分子特征	NA	探讨心脏前体细胞在原条中的起源和分子特征	小鼠胚胎原条中的心脏前体细胞	发育生物学	NA	单细胞转录组测序	NA	分子数据	小鼠胚胎原条中的多个前体细胞亚群
9767	2024-08-12	An integrative microenvironment approach for laryngeal carcinoma: the role of immune/methylation/autophagy signatures on disease clinical prognosis and single-cell genotypes 2021, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.58076 PMID:34093817	研究论文	本研究全面探讨了甲基化/自噬相关基因（MARGs）和免疫浸润在肿瘤微环境中对喉癌预后的影响	本研究结合单细胞和转录组学分析，探索了肿瘤微环境与预后特征之间的联系，并建立了基于神经网络的深度学习模型	NA	探讨甲基化/自噬相关基因和免疫浸润在肿瘤微环境中对喉癌预后的影响	喉癌的预后和单细胞基因型	数字病理学	喉癌	单细胞RNA测序	神经网络	基因数据	126个MARGs和10种免疫细胞，以及临床样本和GEO数据集
9768	2024-08-11	MICROPHERRET: MICRObial PHEnotypic tRait ClassifieR using Machine lEarning Techniques 2024-Aug-08, Environmental microbiome IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40793-024-00600-6 PMID:39113074	研究论文	本文利用一系列监督机器学习算法，从广泛可获得的微生物基因组注释中建立了一系列86种代谢和其他生态功能分类模型	开发了一种名为MICROPHERRET的工具，能够对微生物基因组进行功能分类，适用于高质量和低质量的基因组数据	NA	开发快速自动化的策略，用于微生物基因组的功能分类	微生物基因组的功能分类	机器学习	NA	机器学习算法	监督学习模型	基因组注释	86种功能分类模型
9769	2024-08-11	Dedifferentiation-like reprogramming of degenerative nucleus pulposus cells into notochordal-like cells by defined factors 2024-Aug-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.06.018 PMID:38879755	研究论文	本研究聚焦于椎间盘退行性疾病，发现通过特定因子组合（OCT4、FOXA2、TBXT）可以诱导退行性髓核细胞向诱导的脊索样细胞进行去分化样重编程	首次证明通过因子基础策略可以将退行性体细胞去分化样重编程为相应的祖细胞，为退行性椎间盘疾病的再生提供了一种有前景的方法	NA	探索在椎间盘退行性疾病中，通过特定因子组合诱导退行性髓核细胞向脊索样细胞重编程的可能性	退行性髓核细胞及脊索样细胞	NA	椎间盘退行性疾病	单细胞转录组学	NA	细胞	使用大鼠模型进行研究
9770	2024-08-11	PDIA3 orchestrates effector T cell program by serving as a chaperone to facilitate the non-canonical nuclear import of STAT1 and PKM2 2024-Aug-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.05.038 PMID:38822524	研究论文	本文通过分析类风湿性关节炎（RA）患者的批量和单细胞RNA测序数据，验证了蛋白质二硫键异构酶家族A成员3（PDIA3）作为潜在治疗靶点的角色，并揭示了其在调节T细胞效应程序中的机制。	首次揭示PDIA3通过作为伴侣蛋白促进STAT1和PKM2的非经典核输入，从而调控T辅助1（Th1）和Th17谱系相关基因的转录。	NA	探究PDIA3在类风湿性关节炎中作为治疗靶点的潜力及其作用机制。	类风湿性关节炎患者的T细胞和PDIA3蛋白。	免疫学	类风湿性关节炎	RNA测序	NA	RNA	来自类风湿性关节炎患者的T细胞样本
9771	2024-08-11	Exome-wide association study identifies KDELR3 mutations in extreme myopia 2024-Aug-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50580-x PMID:39112444	研究论文	本研究通过全外显子测序和单细胞RNA测序，识别了与极端近视相关的KDELR3基因突变，并探讨了其在极端近视发病机制中的作用	首次通过全外显子测序和单细胞技术，发现了KDELR3基因在极端近视中的重要作用	NA	探索极端近视的遗传风险基因	极端近视患者和对照组	遗传学	眼科疾病	全外显子测序, 单细胞RNA测序	NA	基因序列, 细胞表达数据	449名极端近视患者和9606名对照组
9772	2024-08-11	Single-cell transcriptome profiles the heterogeneity of tumor cells and microenvironments for different pathological endometrial cancer and identifies specific sensitive drugs 2024-Aug-07, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06960-8 PMID:39112478	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了不同病理类型子宫内膜癌的肿瘤细胞和肿瘤微环境的异质性，并鉴定了对特定病理类型敏感的药物。	首次全面描绘了不同病理类型子宫内膜癌的单细胞转录组图谱，并发现了与特定病理类型相关的潜在有效药物。	研究样本量相对较小，且仅限于体外验证，需要进一步的临床试验验证药物的有效性。	深入了解子宫内膜癌的病理机制，为不同病理类型的个性化治疗提供依据。	不同病理类型的子宫内膜癌肿瘤细胞及其肿瘤微环境。	数字病理学	子宫内膜癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	18个子宫内膜癌样本
9773	2024-08-11	RankCompV3: a differential expression analysis algorithm based on relative expression orderings and applications in single-cell RNA transcriptomics 2024-Aug-07, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05889-1 PMID:39112940	研究论文	本文介绍了一种名为RankCompV3的新方法，用于在单细胞RNA测序数据中识别差异表达基因（DEGs），该方法基于基因对的相对表达顺序（REOs）进行比较	RankCompV3通过比较基因对的相对表达顺序，有效地控制了假阳性率（FPR），并在模拟和真实单细胞RNA测序数据中展示了高准确性和对弱生物信号的高敏感性	NA	开发一种新的算法用于在单细胞RNA测序数据中准确识别差异表达基因	单细胞RNA测序数据中的差异表达基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
9774	2024-08-11	COMSE: analysis of single-cell RNA-seq data using community detection-based feature selection 2024-Aug-07, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-024-01963-5 PMID:39113021	研究论文	本研究提出了一种基于社区检测的无监督特征选择框架COMSE，用于从单细胞RNA测序数据中捕获信息基因	COMSE通过社区检测方法识别与批次效应相关的基因社区，从而从噪声中解析出反映生物差异的信号，支持批次效应校正和通路分析等应用	NA	提高单细胞RNA测序数据中细胞亚状态识别和细胞聚类的效率	单细胞RNA测序数据中的信息基因选择	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	社区检测	RNA-seq数据	涉及真实和模拟的单细胞RNA测序数据集
9775	2024-08-11	Multi-omics analysis reveals a feedback loop amplifying immune responses in acute graft-versus-host disease due to imbalanced gut microbiota and bile acid metabolism 2024-Aug-07, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05577-x PMID:39113144	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了急性移植物抗宿主病中免疫反应增强的反馈循环，该循环由肠道微生物群和胆汁酸代谢失衡引起	本研究首次识别了免疫细胞-肠道微生物-胆汁酸代谢物之间的反馈循环，并提出了一种新的非免疫抑制方法来预防急性移植物抗宿主病	NA	揭示急性移植物抗宿主病中免疫反应增强的机制，并开发新的预防方法	急性移植物抗宿主病患者及其肠道微生物群和胆汁酸代谢	数字病理学	移植物抗宿主病	单细胞RNA测序, 16SrRNA测序	NA	RNA, 微生物群, 胆汁酸代谢物	12名接受异基因造血干细胞移植的患者（6名有急性移植物抗宿主病，6名无），82名患者的粪便样本（30名有急性移植物抗宿主病，52名无）
9776	2024-08-11	Robust analysis of allele-specific copy number alterations from scRNA-seq data with XClone 2024-Aug-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51026-0 PMID:39107346	研究论文	本文介绍了一种名为XClone的统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中检测染色体拷贝数变异	XClone通过在细胞邻域和基因坐标图上进行有效平滑，增强了读取深度和等位基因不平衡信号，从而能够检测到单细胞RNA测序数据中的等位基因特异性拷贝数变异	NA	开发一种新的统计方法，用于从单细胞转录组数据中准确检测等位基因特异性的拷贝数变异	单细胞RNA测序数据中的等位基因特异性拷贝数变异	生物信息学	癌症	scRNA-seq	统计方法	转录组数据	多个具有挑战性组成的多个数据集
9777	2024-08-11	Large-scale foundation model on single-cell transcriptomics 2024-Aug, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02305-7 PMID:38844628	research paper	本文开发了一个名为scFoundation的大型预训练模型，用于单细胞转录组学研究	scFoundation模型具有1亿参数，覆盖约2万个基因，并在超过5000万个单细胞转录组数据上进行预训练，采用非对称transformer架构，能有效捕捉基因间的复杂上下文关系	NA	开发基础模型以解析细胞‘语言’并促进生物医学研究	单细胞转录组数据	natural language processing	NA	NA	transformer	text	超过5000万个单细胞转录组数据
9778	2024-08-11	scGPT: toward building a foundation model for single-cell multi-omics using generative AI 2024-Aug, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02201-0 PMID:38409223	研究论文	本研究利用生成预训练模型构建了一个针对单细胞多组学的基石模型scGPT	本研究首次将生成预训练模型应用于单细胞生物学领域，通过大规模多样化的数据集和预训练的transformer模型，推动了细胞生物学和遗传学研究	NA	探索并验证基石模型在细胞生物学和遗传学研究中的应用	单细胞生物学和遗传学	机器学习	NA	单细胞测序	生成预训练transformer模型	单细胞测序数据	超过3300万个细胞
9779	2024-08-11	Biophysical modeling with variational autoencoders for bimodal, single-cell RNA sequencing data 2024-Aug, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02365-9 PMID:39054391	研究论文	本文介绍了biVI模型，该模型结合了变分自编码器框架scVI与描述RNA分子转录和剪接动力学的生物物理模型，用于双模态单细胞RNA测序数据分析	biVI模型不仅保留了变分自编码器在低维空间中捕获细胞类型结构的能力，还能探索影响观察结果的生物物理机制，如系统爆发大小和降解速率	NA	开发一种新的模型来分析双模态单细胞RNA测序数据，并探索其生物物理机制	单细胞RNA测序数据及其生物物理机制	机器学习	NA	单细胞RNA测序	变分自编码器	RNA测序数据	模拟和实验数据
9780	2024-08-07	Studying RNA dynamics from single-cell RNA sequencing snapshots 2024-Aug, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02366-8 PMID:39103448	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA