单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9761	2024-09-01	Macrophages upregulate mural cell-like markers and support healing of ischemic injury by adopting functions important for vascular support 2024-Jun, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00478-0 PMID:39196227	研究论文	本研究探讨了巨噬细胞在缺血性损伤后是否采取壁细胞表型，以促进组织修复	首次通过单细胞RNA测序证实巨噬细胞在缺血性肌肉中向壁细胞转变，并发现这一转变对血管成熟和功能恢复至关重要	研究主要在鼠模型中进行，未来需在人类样本中验证这些发现	探究巨噬细胞在缺血性损伤后的功能转变及其对组织修复的影响	巨噬细胞在缺血性肌肉中的表型转变及其功能相关性	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	鼠肌肉中的巨噬细胞
9762	2024-09-01	Multi-omics analysis of macrophage-associated receptor and ligand reveals a strong prognostic signature and subtypes in hepatocellular carcinoma 2024-05-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-62668-x PMID:38806553	研究论文	本研究通过多组学分析，识别与肝细胞癌相关的巨噬细胞相关受体配体标记基因，并探索其分子免疫机制	本研究开发了一种新的肝细胞癌风险调整模型，并发现了SPP1、ANGPT2和NCL作为肝细胞癌的关键生物学目标，以及wortmannin、ribavirin和tarnafloxin作为潜在的治疗药物	NA	旨在识别与肝细胞癌相关的巨噬细胞相关受体配体标记基因，并探索其分子免疫机制	肝细胞癌患者及其免疫细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序, ELISA	LASSO回归模型	RNA序列数据	包含原发和复发的单细胞RNA测序数据，以及来自The Cancer Genome Atlas和Gene Expression Omnibus数据库的bulk RNA-Seq数据
9763	2024-09-01	Variable expression of MECP2, CDKL5, and FMR1 in the human brain: Implications for gene restorative therapies 2024-Feb-27, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2312757121 PMID:38386709	研究论文	本文通过元分析单细胞转录组学数据，研究了MECP2、CDKL5和FMR1基因在人脑中的表达变异性，并探讨了这些变异性对基因修复疗法的潜在影响	首次系统地分析了MECP2、CDKL5和FMR1基因在人脑不同发育阶段、不同脑区和多个供体中的表达变异性，为基因修复疗法提供了新的治疗窗口和潜在的生物标志物	文章中提到的基因疗法、基因编辑和选择性Xi激活方法在脑组织渗透和整体递送方面仍面临挑战	探讨MECP2、CDKL5和FMR1基因在人脑中的表达变异性，以及这些变异性对基因修复疗法的影响	MECP2、CDKL5和FMR1基因在人脑中的表达变异性	神经发育	神经发育障碍	单细胞转录组学	NA	转录组数据	多个供体和多个脑区的数据
9764	2024-09-01	Cell-intrinsic effects of clonal hematopoiesis in heart failure 2023-Sep, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-023-00322-x PMID:39196061	研究论文	本文研究了克隆性造血（CHIP）在心力衰竭患者中的细胞内在效应	使用改进的单细胞测序流程（MutDetect-Seq）展示了DNMT3A突变型单核细胞、CD4+ T细胞和NK细胞的基因表达谱改变，并验证了突变型与野生型单核细胞和T细胞之间的旁分泌信号通路	NA	探讨CHIP在心力衰竭患者中的细胞内在效应及其对预后的影响	心力衰竭患者中的CHIP突变细胞	NA	心力衰竭	单细胞测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
9765	2024-09-01	Stress resilience-enhancing drugs preserve tissue structure and function in degenerating retina via phosphodiesterase inhibition 2023-05-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2221045120 PMID:37126699	研究论文	本文通过系统药理学平台，利用单细胞转录组学、蛋白质组学和磷酸蛋白质组学，研究了通过选择性抑制环核苷酸磷酸二酯酶（PDEs）来增强退化视网膜的应激抵抗能力，从而保护组织结构和功能。	本文首次报道了通过靶向抑制PDEs来稳定转录组、蛋白质组和磷酸蛋白质组，激活保护机制并协同抑制退化过程，从而增强视网膜对急性及慢性应激的抵抗能力。	NA	开发新的治疗策略，以应对慢性进行性视网膜疾病，如年龄相关性黄斑变性、糖尿病视网膜病变和视网膜色素变性。	年龄相关性和遗传性视网膜退化模型。	系统药理学	视网膜疾病	单细胞转录组学、蛋白质组学和磷酸蛋白质组学	NA	转录组、蛋白质组和磷酸蛋白质组数据	多种年龄相关性和遗传性视网膜退化模型的细胞样本
9766	2024-09-01	Spatiotemporal transcriptome analysis reveals critical roles for mechano-sensing genes at the border zone in remodeling after myocardial infarction 2022-Nov, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-022-00140-7 PMID:39195917	研究论文	本研究通过综合分析空间转录组学和单核RNA测序（snRNA-seq）在小鼠心肌梗死模型中的应用，揭示了机械应力反应基因在心肌梗死后左心室重塑中的关键作用	本研究首次综合利用空间转录组学和snRNA-seq技术，揭示了机械感应基因在心肌梗死边界区域的作用，为理解心肌梗死后心室重塑的分子机制提供了新视角	研究主要基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨心肌梗死后心室重塑的分子机制	心肌梗死后的心室重塑过程	数字病理学	心血管疾病	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	转录组数据	小鼠心肌梗死模型
9767	2024-09-01	Establishment of a reference single-cell RNA sequencing dataset for human pancreatic adenocarcinoma 2022-Aug-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.104659 PMID:35847558	研究论文	本文构建了一个人类胰腺导管腺癌（PDAC）的单细胞RNA测序数据集，并展示了其在重分析先前的批量转录组队列和推断细胞间通信中的应用	本文构建了一个包含超过70个样本和13万多个细胞的PDAC单细胞图谱，并展示了其在研究肿瘤微环境和细胞异质性中的应用	NA	建立一个参考的单细胞RNA测序数据集，用于研究胰腺导管腺癌的肿瘤微环境和细胞异质性	胰腺导管腺癌（PDAC）的细胞异质性和微环境	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	单细胞RNA测序数据	超过70个样本和13万多个细胞
9768	2024-09-01	Lessons from single-cell RNA sequencing of human islets 2022-08, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-022-05699-1 PMID:35482056	研究论文	本文总结了单细胞RNA测序（scRNAseq）在增进对胰岛生物学及2型糖尿病发病机制理解方面的贡献，并探讨了面临的挑战及未来发展方向	scRNAseq技术在解析每个胰岛细胞类型的转录组方面取得了突破，有助于揭示细胞类型特异性基因表达的调控机制	scRNAseq技术成本极高，低水平表达的基因可能无法被检测，噪声可能未得到适当过滤，且存在对某些细胞类型的选择偏差。此外，常用的计算工具可能不适用于小规模研究的scRNAseq数据分析	增进对胰岛作为器官的理解，并可能促进2型糖尿病治疗的改进	人类胰岛细胞及其在2型糖尿病中的功能	数字病理学	2型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
9769	2024-09-01	Single-cell transcriptome analysis of embryonic and adult endothelial cells allows to rank the hemogenic potential of post-natal endothelium 2022-07-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-16127-0 PMID:35842474	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析比较了胚胎和成年内皮细胞，探讨了成年血管内皮细胞转化为造血干细胞的潜力	发现了成年内皮细胞与胚胎内皮细胞在转录因子表达上的关键差异，并确定了胰腺、大脑、肾脏和肝脏内皮细胞作为细胞重编程为造血干细胞的最合适目标	缺乏合适的供体是造血干细胞移植的主要限制	探讨成年血管内皮细胞转化为造血干细胞的潜力，为造血干细胞的生成提供重编程策略	胚胎和成年内皮细胞的单细胞转录组	数字病理学	血液疾病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
9770	2024-09-01	R-SPONDIN2+ mesenchymal cells form the bud tip progenitor niche during human lung development 2022-07-11, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2022.05.010 PMID:35679862	研究论文	研究探讨了人类肺发育过程中R-SPONDIN2+间充质细胞在芽尖前体细胞微环境中的作用	首次鉴定出在人类肺发育期间表达WNT激动剂RSPO2的间充质细胞群，并发现其与芽尖前体细胞中的RSPO2受体LGR5的表达富集相关	NA	揭示人类肺发育过程中间充质细胞的异质性和功能	人类肺发育中的间充质细胞和芽尖前体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	多个人类肺样本
9771	2024-09-01	Cross-tissue, single-cell stromal atlas identifies shared pathological fibroblast phenotypes in four chronic inflammatory diseases 2022-07-08, Med (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.medj.2022.05.002 PMID:35649411	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，构建了一个跨组织的成纤维细胞图谱，识别了四种慢性炎症疾病中共有的病理成纤维细胞表型	首次构建了一个跨组织的成纤维细胞图谱，揭示了四种慢性炎症疾病中共有的病理激活状态	研究仅限于四种慢性炎症疾病，可能无法完全代表所有慢性炎症疾病的情况	识别和理解多种慢性炎症疾病中共有的成纤维细胞表型和病理途径	来自炎症和非炎症滑膜、肠道、肺和唾液腺的成纤维细胞	数字病理学	慢性炎症疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自受影响个体的炎症和非炎症组织的成纤维细胞
9772	2024-09-01	Joint dimension reduction and clustering analysis of single-cell RNA-seq and spatial transcriptomics data 2022-07-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac219 PMID:35349708	研究论文	本文开发了一种名为DR-SC的计算方法，能够在统一框架内同时进行降维和（空间）聚类分析	DR-SC方法通过联合分析，产生准确的空间聚类结果并有效提取生物学上有意义的低维特征	NA	开发一种新的计算方法，以同时进行单细胞RNA-seq和空间转录组数据的空间聚类和降维分析	单细胞RNA-seq和空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	隐马尔可夫随机场模型	转录组数据	适用于大规模样本
9773	2024-09-01	PU.1 and MYC transcriptional network defines synergistic drug responses to KIT and LSD1 inhibition in acute myeloid leukemia 2022-07, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-022-01594-1 PMID:35590033	研究论文	本文研究了急性髓系白血病（AML）中KIT和LSD1抑制剂联合治疗的协同效应	首次报道了KIT和LSD1联合抑制在KIT突变AML细胞系和患者样本中产生协同细胞死亡的效果	需要临床试验来评估KIT和LSD1抑制在患者中的实际疗效	探讨KIT和LSD1联合抑制在急性髓系白血病治疗中的协同作用	KIT突变的急性髓系白血病细胞系和患者样本	NA	急性髓系白血病	scRNA-seq, ATAC-seq, CUT&Tag	NA	细胞	KIT突变的AML细胞系和患者样本
9774	2024-09-01	Lymph node fibroblastic reticular cells preserve a tolerogenic niche in allograft transplantation through laminin α4 2022-07-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI156994 PMID:35775481	研究论文	研究探讨了淋巴结（LN）成纤维网状细胞（FRCs）通过产生层粘连蛋白α4（Lama4）在同种异体移植中维持耐受性微环境的作用	首次揭示了FRC-Lama4在维持淋巴结耐受性微环境中的关键作用，并提出其作为免疫工程治疗的新靶点	研究主要基于小鼠模型，未来需要进一步在人类中验证其效果	探究FRC-Lama4在同种异体移植中维持耐受性微环境的作用	淋巴结成纤维网状细胞（FRCs）和层粘连蛋白α4（Lama4）	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA	使用FRC-Lama4条件性敲除Pdgfrb-Cre-/- × Lama4fl/fl小鼠进行研究
9775	2024-09-01	How genetic risk contributes to autoimmune liver disease 2022-07, Seminars in immunopathology IF:7.9Q1 DOI:10.1007/s00281-022-00950-8 PMID:35650446	研究论文	本文通过全基因组关联研究（GWAS）和全基因组元分析（GWMA）探讨了自身免疫性肝病（AILDs）的遗传风险，并分析了遗传风险变异对肝脏细胞及其免疫微环境的影响	本文利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）实验和基因组范围内的比较分析，为理解遗传风险变异在肝脏驻留免疫细胞和肝脏细胞亚群中的作用提供了新的视角	基于当前全基因组数据的多元遗传风险评分（PRSs）在预测个体疾病风险方面的潜力有限	探讨遗传风险如何影响自身免疫性肝病的发病机制	自身免疫性肝炎（AIH）、原发性胆汁性胆管炎（PBC）和原发性硬化性胆管炎（PSC）	遗传学	自身免疫性疾病	全基因组关联研究（GWAS）、全基因组元分析（GWMA）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据、转录组数据	约100个易感位点
9776	2024-09-01	Microglia Phenotypes in Aging and Neurodegenerative Diseases 2022-06-30, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11132091 PMID:35805174	综述	本文综述了在健康、衰老和神经退行性疾病中微胶质细胞表型和炎症反应的当前研究	强调了微胶质细胞在急性和慢性疾病中的异质性表型反应，并探讨了潜在的治疗靶点	NA	全面概述微胶质细胞在不同病理状态下的表型和炎症反应	微胶质细胞在健康、衰老和神经退行性疾病中的表型和炎症反应	NA	神经退行性疾病	NA	NA	NA	NA
9777	2024-09-01	Bookend: precise transcript reconstruction with end-guided assembly 2022-06-29, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02700-3 PMID:35768836	研究论文	开发了Bookend软件包，用于结合不同RNA-seq技术数据的转录本组装，特别关注RNA的5'和3'端识别与利用	Bookend通过利用端标记读取数据，显著提高了单细胞中转录本组装的精确度，并展示了跨短读、长读和端捕获RNA-seq数据集的混合组装能力	NA	旨在提高转录本组装的精确度，并探索不同RNA-seq技术数据的整合应用	RNA-seq数据中的转录本组装，特别是RNA的5'和3'端识别	基因组学	NA	RNA-seq	NA	序列数据	涉及拟南芥和单个小鼠胚胎干细胞的RNA-seq数据集
9778	2024-09-01	TAS-Seq is a robust and sensitive amplification method for bead-based scRNA-seq 2022-06-27, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-03536-0 PMID:35760847	研究论文	本文介绍了一种基于终止子、末端转移酶和纳米孔/珠基平台的单细胞RNA测序方法TAS-Seq，该方法在鼠和人类肺样本中显示出比10X Chromium v2和Smart-seq2更高的基因检测灵敏度和更稳健的细胞间相互作用及生长因子/白细胞介素表达检测	TAS-Seq方法对末端转移酶反应的变化具有高度耐受性，提高了单细胞RNA测序数据的准确性和细胞组成的分析	NA	开发一种新的单细胞RNA测序方法，以提高细胞组成的准确性和细胞间相互作用的检测	鼠和人类肺样本的单细胞RNA测序	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	鼠和人类肺样本
9779	2024-09-01	The immune cell atlas of human neuroblastoma 2022-06-21, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2022.100657 PMID:35688160	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重免疫组织化学技术，分析了19个人类神经母细胞瘤样本的免疫细胞组成，并与正常胎儿肾上腺数据进行比较	本研究揭示了神经母细胞瘤中27种免疫细胞亚型，并发现与成人癌症和先前研究不同，神经母细胞瘤中炎症性单核细胞状态增加，而T细胞的细胞毒性和耗竭评分以及Treg活性没有差异	NA	旨在理解人类神经母细胞瘤的完整免疫细胞组成，为开发免疫治疗提供依据	人类神经母细胞瘤的免疫细胞组成	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	19个人类神经母细胞瘤样本
9780	2024-09-01	Human umbilical cord mesenchymal stem cell-derived treatment of severe pulmonary arterial hypertension 2022-Jun, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-022-00083-z PMID:39195868	研究论文	本文报道了人脐带间充质干细胞（HUCMSC）衍生的治疗方法在肺动脉高压（PAH）中的应用	首次使用HUCMSC的条件培养基（CM）进行连续血管内输注治疗PAH，并展示了其显著的临床和血流动力学改善效果	需要进一步的前瞻性临床研究来确认和探索HUCMSC衍生治疗对PAH的益处	探索HUCMSC衍生治疗在PAH中的应用及其潜在机制	HUCMSC的条件培养基（CM）及其在PAH治疗中的效果	NA	肺动脉高压	单细胞RNA测序	NA	蛋白质组学数据	涉及三个人脐带间充质干细胞（HUCMSC）和两个人脐带静脉内皮细胞（HUVEC）的控制样本