单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9721	2024-09-02	A Comparison of Tools That Identify Tumor Cells by Inferring Copy Number Variations from Single-Cell Experiments in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2024-Aug-05, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12081759 PMID:39200223	研究论文	本文比较了sciCNV、InferCNV、CopyKAT和SCEVAN工具通过推断单细胞实验中的拷贝数变异来识别胰腺导管腺癌中的肿瘤细胞的性能	本文揭示了现有工具在识别肿瘤细胞时的局限性，强调了开发更可靠算法的重要性	现有工具的预测结果与肿瘤生物标志物的预测存在大量假阳性，且预测结果高度依赖于样本和使用的软件	比较不同工具在识别胰腺导管腺癌肿瘤细胞中的性能，并评估其可靠性	sciCNV、InferCNV、CopyKAT和SCEVAN工具的性能	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	胰腺导管腺癌患者、邻近和健康组织的测序数据
9722	2024-09-02	circADAMTS6 via stabilizing CAMK2A is involved in smoking-induced emphysema through driving M2 macrophage polarization 2024-Aug, Environment international IF:10.3Q1 DOI:10.1016/j.envint.2024.108832 PMID:38936066	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了吸烟相关肺气肿中M2巨噬细胞比例的增加，并发现circADAMTS6通过稳定CAMK2A mRNA促进M2巨噬细胞极化，从而参与吸烟诱导的肺气肿。	本研究首次揭示了circADAMTS6在吸烟相关肺气肿中的新机制，即通过稳定CAMK2A mRNA促进M2巨噬细胞极化。	研究主要集中在细胞和动物模型上，需要进一步的人体临床研究来验证这些发现。	探索吸烟诱导肺气肿的分子机制，并寻找潜在的诊断和治疗标志物。	吸烟相关肺气肿中的M2巨噬细胞极化和circADAMTS6的作用机制。	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括人类和鼠类的肺组织样本
9723	2024-09-02	Single-Cell RNA-seq Analysis Reveals a Positive Correlation between Ferroptosis and Beta-Cell Dedifferentiation in Type 2 Diabetes 2024-Jul-29, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12081687 PMID:39200152	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了铁死亡与2型糖尿病中β细胞去分化之间的潜在关联	首次揭示了铁死亡在2型糖尿病β细胞去分化过程中的作用，并识别了关键的转录因子和长非编码RNA	研究仅基于公共数据集，未进行体内实验验证所有发现	探究铁死亡在2型糖尿病β细胞去分化中的作用	2型糖尿病患者的β细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	六个公共数据集
9724	2024-09-02	Identifying cell states in single-cell RNA-seq data at statistically maximal resolution 2024-Jul, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012224 PMID:38995959	研究论文	本文提出了一种新的方法Cellstates，用于在单细胞RNA测序数据中以统计上最大分辨率识别细胞状态	Cellstates工具直接操作原始数据，自动确定最佳分区和聚类数量，无需可调参数，并且能够从第一原理推导出唯一解	NA	旨在解决在单细胞RNA测序数据中准确识别不同基因表达状态的挑战	单细胞RNA测序数据中的细胞状态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
9725	2024-09-02	MR1-restricted T cell clonotypes are associated with "resistance" to Mycobacterium tuberculosis infection 2024-May-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.166505 PMID:38716731	研究论文	研究探讨了MR1限制性T细胞克隆型与抵抗结核分枝杆菌感染之间的关系	发现MR1限制性T细胞克隆型与抵抗结核分枝杆菌感染有关，揭示了人类MR1T细胞TCR谱系的捐赠者特异性多样性	NA	研究MR1限制性T细胞与抵抗结核分枝杆菌感染的关联	MR1限制性T细胞克隆型及其与结核分枝杆菌感染的关系	NA	结核病	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	18,251个MR1T细胞，来自8名捐赠者
9726	2024-09-02	In Vivo Profiling of Individual Multiciliated Cells during Acute Influenza A Virus Infection 2022-07-27, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00505-22 PMID:35867557	研究论文	本研究利用H1N1流感病毒编码的荧光报告基因、细胞系标记转基因小鼠和单细胞RNA测序技术，探索了急性流感A病毒感染期间易感上皮细胞群体的反应范围，特别是多纤毛细胞的反应。	研究首次识别了在感染前基础表达干扰素刺激基因的多纤毛细胞亚群，并假设这可能对早期感染反应至关重要。	研究主要集中在小鼠模型上，尚未完全阐明这些发现如何转化为人类流感感染。	旨在理解流感A病毒感染期间上皮细胞的异质性反应及其对疾病建立的影响。	急性流感A病毒感染期间的多纤毛细胞和上皮细胞。	数字病理学	流感	单细胞RNA测序	NA	RNA	数千个单个的小鼠肺上皮细胞
9727	2024-09-02	Single-cell multimodal analysis identifies common regulatory programs in synovial fibroblasts of rheumatoid arthritis patients and modeled TNF-driven arthritis 2022-07-26, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01081-3 PMID:35879783	研究论文	本研究通过单细胞转录组和表观基因组分析，揭示了类风湿性关节炎患者和TNF驱动关节炎模型中滑膜成纤维细胞的常见调控程序。	本研究首次通过单细胞多模态分析，揭示了从健康到关节炎的滑膜成纤维细胞动态景观，并确定了跨物种保守的调控和转录网络。	NA	揭示从健康到关节炎的滑膜成纤维细胞动态景观，并为理解关节病理生理学和治疗慢性炎症性及破坏性关节炎提供功能基因组蓝图。	滑膜成纤维细胞的转录组和表观基因组特征，以及其在健康和关节炎状态下的差异。	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	Seurat和ArchR软件包	转录组和表观基因组数据	来自健康和hTNFtg小鼠的滑膜成纤维细胞样本
9728	2024-09-02	ZetaSuite: computational analysis of two-dimensional high-throughput data from multi-target screens and single-cell transcriptomics 2022-07-25, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02729-4 PMID:35879727	研究论文	介绍了一种新的统计方法Zeta及其软件包ZetaSuite，用于分析二维高通量数据，并在功能基因组学研究中展示了其广泛应用	开发了一种新的统计方法Zeta和相应的软件包ZetaSuite，用于处理二维高通量数据，特别是在识别全局剪接调控因子方面	NA	开发新的统计方法和软件工具，以应对功能基因组学中二维高通量数据分析的新挑战	二维高通量数据，包括大规模癌症依赖性筛选和单细胞转录组学研究的数据	功能基因组学	癌症	二维高通量筛选	Zeta统计方法	二维高通量数据	NA
9729	2024-09-02	ccImpute: an accurate and scalable consensus clustering based algorithm to impute dropout events in the single-cell RNA-seq data 2022-Jul-22, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-022-04814-8 PMID:35869420	研究论文	本文提出了一种基于共识聚类的算法ccImpute，用于在单细胞RNA测序数据中准确且可扩展地填补丢失事件	ccImpute算法利用新的相似性度量来填补单细胞RNA测序数据中的最可能丢失事件，其性能超过现有填补方法，并引入了最少的新噪声	NA	解决单细胞RNA测序技术中低表达基因的检测和准确记录问题	单细胞RNA测序数据中的丢失事件	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	共识聚类	基因表达矩阵	包含M个基因和N个细胞样本的矩阵
9730	2024-09-02	Choroidal endothelial and macrophage gene expression in atrophic and neovascular macular degeneration 2022-07-21, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddac043 PMID:35181781	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了21个人类脉络膜样本，其中11个来自早期萎缩性或新生血管性年龄相关性黄斑变性（AMD）患者，鉴定了新的基因表达特征并免疫组化表征了脉络膜中的特定免疫细胞群体。	本研究首次在单细胞水平上揭示了AMD中脉络膜内皮细胞和单核吞噬细胞的新分子特征，并发现了与AMD遗传风险因子相关的独特表达模式。	研究样本数量有限，且仅限于早期AMD患者，可能无法全面代表所有AMD阶段的分子特征。	旨在揭示年龄相关性黄斑变性（AMD）中脉络膜内皮细胞和单核吞噬细胞的分子特征。	人类脉络膜样本中的内皮细胞和单核吞噬细胞。	数字病理学	年龄相关性黄斑变性	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	21个人类脉络膜样本，其中11个来自早期AMD患者
9731	2024-09-02	Spacemake: processing and analysis of large-scale spatial transcriptomics data 2022-07-19, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giac064 PMID:35852420	研究论文	本文介绍了一种名为spacemake的模块化、稳健且可扩展的空间转录组学数据处理和分析管道，该管道基于Snakemake和Python构建	spacemake能够处理和分析来自不同技术的多种空间转录组学数据集，并提供样本合并、饱和度分析和长读取分析等额外功能	NA	开发一种能够处理和分析大规模空间转录组学数据的新工具	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	多种样本，包括来自不同实验方法的数据
9732	2024-09-02	Exfoliated Kidney Cells from Urine for Early Diagnosis and Prognostication of CKD: The Way of the Future? 2022-Jul-09, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms23147610 PMID:35886957	综述	本文综述了利用尿液中脱落的肾细胞进行慢性肾脏病（CKD）早期诊断和预后评估的现状与未来发展方向	介绍了多光谱自体荧光成像和单细胞RNA测序（scRNA-seq）等新技术在尿液脱落肾细胞临床应用中的潜力	NA	探讨尿液中脱落的近端小管细胞、足细胞、间质细胞、细胞外囊泡和干细胞/祖细胞作为CKD早期诊断和预后评估替代标记物的实用性	尿液中脱落的肾细胞及其在CKD诊断和预后中的应用	生物医学技术	慢性肾脏病	多光谱自体荧光成像、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、酶联免疫吸附试验（ELISA）、免疫荧光技术	NA	细胞、蛋白质特异性信使RNA/微小RNA	NA
9733	2024-09-02	Identification of Endoplasmic Reticulum Stress-Related Subtypes, Infiltration Analysis of Tumor Microenvironment, and Construction of a Prognostic Model in Colorectal Cancer 2022-Jul-08, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers14143326 PMID:35884393	研究论文	本研究分析了内质网应激相关基因模式在结直肠癌中的作用，并构建了一个预测患者生存的预后模型	首次识别出两种与内质网应激相关的基因模式，并探讨了其在肿瘤微环境中的细胞浸润模式和临床特征	研究主要基于Gene Expression Omnibus数据库的数据，可能存在样本选择偏倚	探讨内质网应激相关基因模式在结直肠癌发展和免疫逃逸中的作用	结直肠癌患者及其肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学	风险评分和诺模图	基因表达数据	884名结直肠癌患者
9734	2024-09-02	Evolution and developmental expression of the sodium-iodide symporter (NIS, slc5a5) gene family: Implications for perchlorate toxicology 2022-Jul, Evolutionary applications IF:3.5Q1 DOI:10.1111/eva.13424 PMID:35899258	研究论文	本文研究了钠碘同向转运体（NIS或SLC5A5）基因家族的进化和发育表达模式，并探讨了高氯酸盐对性发育的影响机制。	发现了NIS基因家族在刺鱼和斑马鱼中的新表达域，并提出了高氯酸盐通过影响这些基因在生殖组织中的表达来影响性发育的假设。	文章未详细说明高氯酸盐影响性发育的具体分子机制。	探究NIS基因家族的进化历史及其在发育中的表达模式，以及高氯酸盐对性发育的影响。	NIS基因家族及其在刺鱼和斑马鱼中的表达模式。	NA	甲状腺疾病	单细胞转录组学（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	刺鱼和斑马鱼的胚胎、幼体及成体样本
9735	2024-08-08	Single-cell sequencing of mouse heart cellular heterogeneity in hypercholesterolemia reveals the mechanism of myocardial damage 2022-07, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.951 PMID:35859355	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
9736	2024-09-02	The CSF in neurosarcoidosis contains consistent clonal expansion of CD8 T cells, but not CD4 T cells 2022-06-15, Journal of neuroimmunology IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.jneuroim.2022.577860 PMID:35405431	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和T及B细胞受体测序，分析了神经类肉瘤患者的脑脊液（CSF）和血液细胞，发现CSF中CD8 T细胞克隆扩增，而CD4 T细胞未见扩增	首次揭示了神经类肉瘤中CSF特异性的CD8 T细胞克隆扩增现象，并发现其与肺类肉瘤中CD4 T细胞驱动的机制不同	研究样本仅来自神经类肉瘤患者，可能限制了结果的普遍性	识别神经类肉瘤中脑脊液特异性的抗原驱动T和B细胞反应	神经类肉瘤患者的脑脊液和血液细胞	免疫学	神经类肉瘤	单细胞RNA测序，T和B细胞受体测序	NA	细胞	具体样本数量未在摘要中提及
9737	2024-09-02	Update Breast Cancer 2022 Part 1 - Early Stage Breast Cancer 2022-Jun, Geburtshilfe und Frauenheilkunde IF:2.4Q2 DOI:10.1055/a-1811-6106 PMID:35903719	综述	本文综述了近年来关于早期乳腺癌治疗的最新证据，特别是关于新药物如Abemaciclib、olaparib和pembrolizumab的疗效，以及新的生物标志物分析方法如空间基因表达分析（spatial transcriptomics）在临床试验中的应用	介绍了新药物Abemaciclib、olaparib和pembrolizumab在早期乳腺癌患者中的良好疗效，以及新的生物标志物分析方法如空间基因表达分析在临床试验中的应用	对于哪些激素受体阳性乳腺癌的绝经前患者可以避免不必要的治疗，以及化疗对肿瘤的直接细胞毒性作用或通过化疗减少卵巢功能的程度等问题仍未明确	总结近期科学会议和出版物中关于早期乳腺癌治疗的科学创新	早期乳腺癌患者及其治疗	NA	乳腺癌	空间基因表达分析（spatial transcriptomics）	NA	基因表达数据	NA
9738	2024-09-02	Alignment and integration of spatial transcriptomics data 2022-05, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01459-6 PMID:35577957	研究论文	本文介绍了一种名为PASTE的方法，用于对齐和整合来自多个相邻组织切片的空间转录组数据	PASTE方法通过使用最优传输公式，结合转录相似性和斑点间的物理距离，计算切片间的成对对齐，并进一步组合成对齐以构建组织的三维对齐	NA	开发一种方法来对齐和整合多个相邻组织切片的空间转录组数据	空间转录组数据的对齐和整合	生物信息学	NA	空间转录组学	最优传输模型	转录组数据	数千个来自组织切片的斑点
9739	2024-09-02	Single-cell RNA-seq reveals cell type-specific molecular and genetic associations to lupus 2022-04-08, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abf1970 PMID:35389781	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了系统性红斑狼疮（SLE）患者的外周血单个核细胞，揭示了细胞类型特异性的分子和遗传关联	首次使用大规模单细胞RNA测序技术（mux-seq）对SLE患者的免疫细胞进行全面分析，并结合基因型数据进行细胞类型特异性的cis-表达数量性状位点映射	NA	探索系统性红斑狼疮（SLE）中免疫细胞类型特异性的分子和遗传关联	系统性红斑狼疮（SLE）患者的外周血单个核细胞	数字病理学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序（mux-seq）	NA	基因表达数据	162例SLE患者和99例对照组的外周血单个核细胞，共计超过120万个细胞
9740	2024-09-02	Spatially Resolved Transcriptomes of Mammalian Kidneys Illustrate the Molecular Complexity and Interactions of Functional Nephron Segments 2022, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2022.873923 PMID:35872784	研究论文	本研究使用空间转录组测序（ST-seq）技术，对正常小鼠和人类肾脏进行分析，揭示了功能性肾单位结构在分子层面的复杂性和相互作用	首次应用ST-seq技术于正常哺乳动物肾脏，提供了跨物种的生理学和细胞间通信的转录组学见解	研究仅限于正常肾脏，未涉及病理状态下的肾脏	深入理解哺乳动物肾脏功能性肾单位结构的复杂性	小鼠和人类的正常肾脏	数字病理学	NA	空间转录组测序（ST-seq）	NA	转录组数据	6只小鼠和4个人类肾脏