单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 9701 - 9720 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9701 | 2025-10-07 |
Leveraging machine learning for integrative analysis of T-cell receptor repertoires in colorectal cancer: Insights into MAIT cell dynamics and risk assessment
2025-May, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2025.102358
PMID:40088748
|
研究论文 | 通过机器学习整合分析结直肠癌患者T细胞受体库，揭示MAIT细胞动态与风险评估 | 发现跨不同数据集的共享TCR序列，识别MAIT细胞在转移和非转移患者中的升高现象，并验证TCR序列作为疾病结局生物标志物的潜力 | 样本量有限，单细胞数据集仅包含22例患者，且TCR序列重叠概率较低 | 研究结直肠癌中T细胞受体库的特征及其与疾病风险的关联 | 结直肠癌患者 | 机器学习 | 结直肠癌 | bulk测序, 单细胞测序 | 机器学习 | 序列数据 | 205例bulk测序患者 + 22例单细胞测序患者 | NA | 单细胞测序, bulk测序 | NA | NA |
| 9702 | 2025-10-07 |
The Potential Role of C4 MYH11+ Fibroblasts and the MDK-SDC2 Ligand-Receptor Pair in Lung Adenocarcinoma: Implications for Prognosis and Therapeutic Strategies
2025-May, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2025.102364
PMID:40121996
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析肺腺癌肿瘤微环境，揭示C4 MYH11+成纤维细胞亚型和MDK-SDC2配体-受体对在肿瘤进展中的作用 | 首次发现MDK-SDC2配体-受体对作为肺腺癌进展的关键调控机制，并构建了基于基因的预后预测模型 | 样本量较小（仅9例患者），需要更大规模研究验证 | 阐明肺腺癌肿瘤微环境特征和关键生物学过程 | 肺腺癌患者肿瘤组织 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 预后预测模型 | 单细胞转录组数据 | 9例肺腺癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9703 | 2025-10-07 |
Single-cell sequencing reveals PHLDA1-positive smooth muscle cells promote local invasion in head and neck squamous cell carcinoma
2025-May, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2025.102301
PMID:40132389
|
研究论文 | 通过单细胞测序发现PHLDA1阳性平滑肌细胞通过THBS1促进头颈部鳞状细胞癌的局部侵袭 | 首次鉴定出PHLDA1阳性平滑肌细胞亚群在头颈部鳞癌侵袭中的关键作用，并揭示THBS1-SDC1信号轴的作用机制 | 研究主要基于公共数据库数据和体外实验，缺乏体内实验验证 | 探究肿瘤微环境中平滑肌细胞介导的细胞相互作用在头颈部鳞癌局部侵袭中的作用 | 头颈部鳞状细胞癌肿瘤微环境中的平滑肌细胞 | 单细胞测序 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞测序, 免疫荧光染色, 体外实验 | NA | 单细胞测序数据 | 来自GSE164690和GSE181919公共数据库的数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9704 | 2025-10-07 |
PIS as a regulator of cellular heterogeneity, prognostic significance, and immune landscape in thyroid cancer
2025-May, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2025.102296
PMID:40132388
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析甲状腺癌的细胞异质性、预后标志物和免疫特征 | 首次在甲状腺癌中鉴定出RGS5+肿瘤亚群并构建预后模型，揭示了PIS评分与遗传不稳定性和免疫治疗反应的关系 | NA | 探索甲状腺癌的细胞异质性及其对预后的影响 | 甲状腺癌组织和细胞 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序 | 预后预测模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9705 | 2025-10-07 |
Shuanglu tongnao formula alleviates cerebral ischemia/reperfusion injury by rebuilding inflammatory microenvironment after cerebral ischemia
2025-Apr-25, Journal of ethnopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.jep.2025.119640
PMID:40107474
|
研究论文 | 本研究探讨双鹿通脑方通过AGE-RAGE信号通路逆转促炎微环境缓解脑缺血/再灌注损伤的机制 | 首次结合网络药理学和单细胞RNA测序技术，在体内验证双鹿通脑方通过调控小胶质细胞极化逆转促炎微环境的作用机制 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证；机制研究主要聚焦AGE-RAGE信号通路，可能存在其他未发现的通路 | 探究双鹿通脑方缓解脑缺血/再灌注损伤的作用机制 | 大脑中动脉闭塞模型小鼠 | 生物医学研究 | 脑缺血/再灌注损伤 | 单细胞RNA测序, 网络药理学, 蛋白质印迹, 免疫荧光 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 图像数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9706 | 2025-10-07 |
Relationship between retinol metabolism and hepatocellular carcinoma: a comprehensive analysis of Mendelian randomization, prognostic characteristic and experiment
2025-Apr-11, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02295-8
PMID:40210831
|
研究论文 | 通过孟德尔随机化、预后模型和实验验证综合分析视黄醇代谢与肝细胞癌的关系 | 首次整合孟德尔随机化分析、预后模型构建和体外实验验证，系统阐明视黄醇代谢活性降低与肝细胞癌发生的因果关系 | 研究主要基于公共数据库和体外实验，需要更多临床样本和体内实验验证 | 阐明视黄醇代谢在肝细胞癌发生发展中的特征和作用机制 | 肝细胞癌患者转录组数据、细胞系和临床样本 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 转录组测序、单细胞测序、机器学习、体外细胞实验 | Lasso回归、Cox回归、多种机器学习方法 | 转录组数据、基因表达数据 | TCGA和GEO数据库中的肝细胞癌数据 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 9707 | 2025-10-07 |
Natural variation in a cortex/epidermis-specific transcription factor bZIP89 determines lateral root development and drought resilience in maize
2025-Apr-11, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adt1113
PMID:40215297
|
研究论文 | 本研究通过整合转录组关联分析和单细胞RNA测序，鉴定出玉米皮层/表皮特异性转录因子ZmbZIP89调控侧根发育和干旱抗性的分子机制 | 首次发现bZIP89转录因子通过调控活性氧稳态影响侧根伸长，并鉴定其3'UTR自然变异通过增强mRNA稳定性提高基因表达和干旱耐受性 | 研究主要聚焦于玉米，在其他作物中的保守性和功能有待验证 | 解析作物侧根发育的转录调控机制及其在胁迫抗性中的作用 | 玉米侧根发育和干旱胁迫响应 | 植物分子生物学 | NA | 转录组关联分析，单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9708 | 2025-10-07 |
Identification and validation of pyroptosis patterns in AML via comprehensive bioinformatics analysis
2025-Apr-10, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02298-5
PMID:40208371
|
研究论文 | 通过综合生物信息学分析识别和验证急性髓系白血病中的细胞焦亡模式 | 首次在AML中系统分析细胞焦亡模式，发现两种不同预后亚型及其与免疫微环境的关联 | 样本量相对有限，需要进一步实验验证 | 探索细胞焦亡在急性髓系白血病中的临床意义和分子机制 | 急性髓系白血病患者和健康对照 | 生物信息学 | 急性髓系白血病 | RNA测序，单细胞RNA测序，生物信息学分析 | 非负矩阵分解，蛋白质相互作用网络分析 | 基因表达数据 | TCGA队列151例AML患者，GTEx队列386例健康对照，验证队列91例，单细胞队列15例 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 9709 | 2025-10-07 |
Machine learning-based prognostic modeling integrating PANoptosis in head and neck squamous cell carcinoma
2025-Apr-10, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02310-y
PMID:40208478
|
研究论文 | 本研究整合单细胞测序和机器学习算法，构建了基于PANoptosis的头颈鳞状细胞癌预后模型 | 首次在单细胞水平分析PANoptosis异质性，并采用101种机器学习算法组合构建预后模型 | 需要进一步的实验验证，模型在更广泛临床样本中的适用性有待验证 | 开发头颈鳞状细胞癌的预后预测模型 | 头颈鳞状细胞癌患者 | 机器学习 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序，bulk转录组测序，PCR | StepCox[backward] + RSF | 基因表达数据 | TCGA-HNSCC训练集，GSE41613和GSE65858验证集，另加临床样本PCR验证 | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 9710 | 2025-10-07 |
Identification of a deubiquitinating gene-related signature in ovarian cancer using integrated transcriptomic analysis and machine learning framework
2025-Apr-10, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02267-y
PMID:40208475
|
研究论文 | 通过整合转录组分析和机器学习框架，识别卵巢癌中与去泛素化基因相关的预后特征 | 首次在卵巢癌中系统分析DUB基因表达模式，并开发基于机器学习的DUB相关风险特征模型 | 基于公共数据库的回顾性分析，需要实验验证 | 探索去泛素化基因在卵巢癌肿瘤微环境中的作用并建立预后预测模型 | 卵巢癌患者单细胞和批量转录组数据 | 机器学习 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序 | 机器学习风险特征模型 | 基因表达数据 | 来自GEO和TCGA数据库的多队列卵巢癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 9711 | 2025-10-07 |
Role of METTL16 in PPARγ methylation and osteogenic differentiation
2025-Apr-10, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07527-x
PMID:40210616
|
研究论文 | 本研究探讨METTL16通过调控PPARγ m6A甲基化影响骨髓间充质干细胞成骨分化的机制 | 首次揭示METTL16通过介导PPARγ m6A甲基化促进BMSC铁死亡并抑制成骨分化的新机制 | 研究主要聚焦于小鼠模型，人类临床验证尚需进一步研究 | 探究METTL16在骨质疏松发病机制中的作用 | 骨髓间充质干细胞(BMSCs)和小鼠骨质疏松模型 | 表观遗传学 | 骨质疏松 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, m6A甲基化分析 | 动物模型 | RNA测序数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 9712 | 2025-10-07 |
Modeling the dynamics of EMT reveals genes associated with pan-cancer intermediate states and plasticity
2025-Apr-10, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-025-00512-2
PMID:40210876
|
研究论文 | 通过数学建模研究上皮-间质转化(EMT)动力学，识别与癌症中间状态相关的基因标志物 | 整合数学建模与单细胞RNA测序数据，首次系统识别EMT中间状态的保守基因标志物 | 模型简化了复杂的生物学过程，需要更多实验验证 | 研究EMT动力学过程，识别与癌症转移相关的中间状态基因标志物 | 多种肿瘤类型中的上皮-间质转化过程 | 计算生物学 | 泛癌研究 | 单细胞RNA测序, 贝叶斯参数推断, RNA速度分析 | EMT数学模型 | 单细胞RNA测序数据 | 多种肿瘤类型和刺激条件下的样本 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 9713 | 2025-10-07 |
A novel mitochondrial quality regulation gene signature for anticipating prognosis, TME, and therapeutic response in LUAD by multi-omics analysis and experimental verification
2025-Apr-10, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03764-4
PMID:40211263
|
研究论文 | 通过多组学分析和实验验证开发了一个线粒体质量调控基因特征用于预测LUAD患者的预后、肿瘤微环境和治疗反应 | 首次构建了基于四个线粒体质量相关基因(STRAP、SHCBP1、PKP2、CRTAC1)的风险模型来预测肺腺癌预后 | 研究主要基于公共数据库数据，需要进一步的前瞻性研究验证 | 开发肺腺癌预后预测模型并探索线粒体质量调控基因的作用机制 | 肺腺癌患者和肿瘤组织样本 | 生物信息学 | 肺癌 | 转录组分析, RT-qPCR, 免疫组化, 单细胞测序 | LASSO算法, 多元COX回归, 风险评分模型 | 转录组数据, 临床数据, 单细胞测序数据 | 来自TCGA和GEO数据库的肺腺癌患者数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 9714 | 2025-10-07 |
The glycolytic characteristics of hepatocellular carcinoma and its interaction with the microenvironment: a comprehensive omics study
2025-Apr-10, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06421-6
PMID:40211257
|
研究论文 | 通过多组学分析识别肝细胞癌中与糖酵解相关的预后标志物及其在肿瘤微环境中的表达特征 | 整合转录组、代谢组、16S rRNA和单细胞测序数据，首次系统揭示肝细胞癌糖酵解特征与免疫细胞亚群浸润的关联 | 样本来源和数量有限，部分发现需要在更大规模队列中验证 | 识别肝细胞癌中糖酵解相关预后标志物和免疫异常 | 肝细胞癌患者癌组织和癌旁组织样本 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 转录组测序, 代谢组学, 16S rRNA测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 质谱流式细胞术, 机器学习 | StepCox+随机生存森林 | 基因表达数据, 代谢物数据, 微生物组数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 | 癌组织和癌旁组织样本，整合TCGA、GSE14520、GSE76427和GSE202642公共数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 质谱流式细胞术, 16S rRNA测序 | NA | NA |
| 9715 | 2025-10-07 |
The CD163 + tissue-infiltrating macrophages regulate ferroptosis in thyroid-associated ophthalmopathy orbital fibroblasts via the TGF-β/Smad2/3 signaling pathway
2025-Apr-10, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06443-0
PMID:40211281
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量转录组分析，揭示CD163+组织浸润巨噬细胞通过TGF-β/Smad2/3信号通路调控甲状腺相关眼病眼眶成纤维细胞铁死亡的过程 | 首次发现CD163+巨噬细胞通过TGF-β1/SMAD2/3轴调控TAO眼眶成纤维细胞铁死亡，并利用RWR算法预测靶向治疗药物 | 样本量有限（4例TAO患者和2例健康对照），主要依赖体外实验验证 | 探究甲状腺相关眼病中铁死亡的调控机制及潜在治疗靶点 | 甲状腺相关眼病患者的眼眶脂肪组织和成纤维细胞 | 生物信息学 | 甲状腺相关眼病 | 单细胞RNA测序, 批量转录组分析, RT-qPCR, 细胞共培养模型 | 随机游走重启算法 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 6例人类组织样本（4例TAO患者，2例健康对照） | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 9716 | 2025-10-07 |
Shared and distinct peripheral blood immune cell landscape in MCTD, SLE, and pSS
2025-Apr-10, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-025-01374-1
PMID:40211396
|
研究论文 | 通过单细胞和批量RNA测序分析混合性结缔组织病、系统性红斑狼疮和原发性干燥综合征的外周血免疫细胞图谱 | 首次对MCTD患者外周血单核细胞进行单细胞RNA测序分析，并比较三种自身免疫疾病的免疫特征异同 | 样本量相对有限，且使用了公共数据库的对照数据 | 揭示三种自身免疫疾病的免疫细胞特征异同，为诊断和治疗提供新见解 | 混合性结缔组织病、系统性红斑狼疮和原发性干燥综合征患者的外周血单核细胞 | 生物信息学 | 自身免疫疾病 | RNA测序, 单细胞RNA测序, SCENIC分析 | NA | 基因表达数据 | MCTD患者样本及公共数据库SLE(GSE135779)和pSS(GSE157278)数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 9717 | 2025-10-07 |
Hyperglycemia as driver of glioblastoma progression: Insights from Mendelian randomization and single-cell transcriptomics
2025-Apr-08, Brain research
IF:2.7Q3
DOI:10.1016/j.brainres.2025.149636
PMID:40210146
|
研究论文 | 通过孟德尔随机化和单细胞转录组学探讨高血糖对胶质母细胞瘤进展的驱动作用 | 首次结合孟德尔随机化分析与单细胞转录组学技术，系统揭示高血糖通过改变肿瘤微环境促进胶质母细胞瘤进展的因果机制 | 研究主要基于遗传数据和动物模型，需要进一步临床验证；样本量相对有限 | 探究血糖水平与胶质母细胞瘤之间的因果关系及其分子机制 | 人类遗传数据、胶质母细胞瘤小鼠模型、糖尿病患者脑组织 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 孟德尔随机化分析, 单细胞RNA测序, 基因集富集分析 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 单细胞数据 | UK Biobank和FinnGen数据库的GWAS数据，胶质母细胞瘤小鼠模型，糖尿病患者脑组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 全基因组关联分析 | NA | NA |
| 9718 | 2025-10-07 |
Single-cell analysis of the epigenome and 3D chromatin architecture in the human retina
2025-Apr-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.28.630634
PMID:39764062
|
研究论文 | 通过单细胞多组学分析构建人类视网膜的转录组、表观基因组和3D基因组图谱 | 首次在人类视网膜中同时分析基因表达、染色质可及性、DNA甲基化组和3D染色质结构，并开发了基于深度学习的非编码风险变异解释工具 | 研究仅聚焦于人类视网膜组织，未涉及其他物种或组织的比较分析 | 解析人类视网膜细胞类型的基因调控元件和染色质状态 | 人类视网膜、黄斑区和视网膜色素上皮/脉络膜组织 | 生物信息学 | 眼科疾病 | 单细胞多组学测序 | 深度学习 | 单细胞多组学数据 | 23个视网膜细胞亚类，420,824个候选调控元件 | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 9719 | 2025-10-07 |
Integrating multiple spatial transcriptomics data using community-enhanced graph contrastive learning
2025-Apr, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012948
PMID:40179111
|
研究论文 | 提出一种基于社区增强图对比学习的空间转录组数据整合方法Tacos | 首次在基于图的方法中考虑切片内和切片间空间结构的异质性，并引入社区增强的图对比学习框架 | NA | 开发能够整合多平台空间转录组数据的方法 | 来自不同技术平台的多个空间转录组数据集 | 生物信息学 | NA | 空间转录组测序 | 图对比学习 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 9720 | 2025-10-07 |
scMEDAL for the interpretable analysis of single-cell transcriptomics data with batch effect visualization using a deep mixed effects autoencoder
2025-Mar-19, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6081478/v1
PMID:40166015
|
研究论文 | 提出scMEDAL框架，使用深度混合效应自编码器分析单细胞转录组数据并可视化批次效应 | 通过两个互补的自编码器网络分别建模批次不变和批次特异性效应，支持回顾性分析并能在细胞水平预测不同批次下的基因表达 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中技术和生物批次效应的混淆问题 | 单细胞转录组数据 | 单细胞分析 | 自闭症,白血病,心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 深度混合效应自编码器,对抗学习,贝叶斯自编码器 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |