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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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9681 | 2025-10-07 |
Discovering genetically-supported drug targets for multisite chronic pain through multi-omics Mendelian randomization and single-cell RNA-sequencing
2025-Apr-19, Neuroscience
IF:2.9Q2
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研究论文 | 通过多组学孟德尔随机化和单细胞RNA测序发现多部位慢性疼痛的遗传支持药物靶点 | 首次结合多组学孟德尔随机化与单细胞RNA测序识别多部位慢性疼痛的药物靶点 | 研究主要基于UK Biobank的汇总数据,缺乏实验验证 | 识别多部位慢性疼痛的潜在治疗靶点 | 多部位慢性疼痛患者 | 生物信息学 | 慢性疼痛 | 多组学孟德尔随机化,单细胞RNA测序,贝叶斯共定位,蛋白互作分析 | 孟德尔随机化,贝叶斯模型 | 基因表达数据,蛋白质丰度数据,单细胞测序数据 | UK Biobank数据库样本 | NA | 单细胞RNA测序,转录组关联研究 | NA | NA |
9682 | 2025-10-07 |
Identification of a Novel Mitochondrial-Related Gene Signature for BMSCs in Osteoporosis Combining Single-Cell and Bulk Transcriptome Data
2025-Apr-13, Biochemical genetics
IF:2.1Q3
DOI:10.1007/s10528-025-11099-y
PMID:40221950
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研究论文 | 通过整合单细胞和批量转录组数据,鉴定骨质疏松中骨髓间充质干细胞的新型线粒体相关基因特征 | 首次结合单细胞RNA测序和批量转录组数据识别骨质疏松中BMSCs的线粒体相关基因特征,并发现DUT基因的关键调控作用 | 研究样本量有限,需要更大规模的验证研究 | 鉴定骨质疏松患者BMSCs中线粒体相关基因特征并探索其功能 | 骨质疏松患者和健康个体的骨髓间充质干细胞(BMSCs) | 单细胞转录组学 | 骨质疏松 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, RT-qPCR, Western blot, 免疫荧光, 电镜扫描 | LASSO逻辑回归, 随机森林 | 转录组数据 | 使用GSE147287(单细胞)和GSE35956(批量)数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
9683 | 2025-10-07 |
Identification of the disulfidptosis-related key gene CD2AP as a potential biomarker and new therapeutic target for LUAD patients by comprehensive multi-omics analysis
2025-Apr-11, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02308-6
PMID:40214854
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研究论文 | 通过多组学分析鉴定双硫死亡相关关键基因CD2AP作为肺腺癌患者的潜在生物标志物和治疗靶点 | 首次将双硫死亡机制与CD2AP基因在肺腺癌中的功能联系起来,并系统评估其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 | 基于公共数据库的回顾性分析,缺乏实验验证 | 探索CD2AP在肺腺癌中的功能及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 | 肺腺癌患者 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 转录组学、甲基化分析、免疫浸润分析、空间转录组学 | Kaplan-Meier生存分析、富集分析 | 基因组数据、转录组数据、临床数据 | TCGA、GEO等公共数据库中的肺腺癌样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
9684 | 2025-10-07 |
Integrated single cell and bulk RNA sequencing analyses reveal the impact of tryptophan metabolism on prognosis and immunotherapy in colon cancer
2025-Apr-11, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-85893-4
PMID:40216815
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序分析,揭示了色氨酸代谢对结肠癌预后和免疫治疗的影响 | 首次结合单细胞和批量RNA测序系统分析色氨酸代谢在结肠癌中的作用,并构建了色氨酸代谢风险评分模型 | 研究依赖于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 分析结肠癌中色氨酸代谢特征并预测免疫治疗反应 | 结肠癌患者 | 生物信息学 | 结肠癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | 随机森林算法 | 基因表达数据 | 训练队列473个肿瘤和41个正常组织,验证队列902名癌症患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
9685 | 2025-10-07 |
Spatiotemporal transcriptomics reveals key gene regulation for grain yield and quality in wheat
2025-Apr-11, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03569-8
PMID:40217326
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析小麦籽粒早期发育过程,鉴定了关键调控基因 | 首次构建小麦籽粒发育的空间转录组图谱,识别了10种细胞类型和192个标记基因,发现TaABI3-B1等关键调控因子 | 仅关注早期发育阶段(授粉后4-12天),未覆盖完整籽粒发育周期 | 解析小麦籽粒发育的时空基因调控网络,为提升产量和品质提供遗传资源 | 小麦籽粒发育过程 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,WGCNA分析,基序分析 | NA | 空间转录组数据 | 授粉后4-12天的小麦籽粒发育阶段 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
9686 | 2025-10-07 |
The crucial role of neutrophil extracellular traps and IL-17 signaling in indomethacin-induced gastric injury in mice
2025-Apr-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-95880-4
PMID:40204883
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研究论文 | 本研究探讨了中性粒细胞胞外诱捕网和IL-17信号通路在吲哚美辛诱导的小鼠胃损伤中的关键作用 | 首次通过蛋白质组学和单细胞RNA测序揭示IL-17信号通路是NETs形成的关键细胞内机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人体中验证 | 阐明吲哚美辛诱导胃损伤的分子机制 | 小鼠胃组织、外周血中性粒细胞、胃上皮细胞系 | 分子生物学 | 胃损伤 | 蛋白质组学分析、单细胞RNA测序、ELISA、免疫荧光、Western blot、实时PCR、透射电镜 | NA | 蛋白质组数据、单细胞转录组数据、图像数据 | 小鼠模型,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9687 | 2025-10-07 |
Development of a fully human glioblastoma-in-brain-spheroid model for accelerated translational research
2025-Apr-04, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.03.055
PMID:40188875
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研究论文 | 开发了一种完全人源的胶质母细胞瘤-脑球体模型(hGliCS),用于研究肿瘤与神经元相互作用 | 结合患者来源的胶质母细胞瘤细胞和iPSC分化的人皮质神经元,创建了首个完全人源的脑肿瘤模型 | 模型系统仍为体外环境,无法完全模拟体内复杂微环境 | 开发生理相关的人脑肿瘤模型以加速转化研究 | 胶质母细胞瘤细胞与人类皮质神经元的相互作用 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,药物筛选 | hGliCS模型 | 基因表达数据,钙信号成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9688 | 2025-10-07 |
Identification of BHLHE40-Expressing CD4+ T Cells Producing GM-CSF in Rheumatoid Arthritis
2025-Apr, International journal of rheumatic diseases
IF:2.4Q2
DOI:10.1111/1756-185X.70219
PMID:40223427
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研究论文 | 本研究分析了类风湿关节炎患者CD4+ T细胞中BHLHE40和CSF2基因的表达特征 | 首次在IL-1富集的炎症部位揭示了BHLHE40表达与GM-CSF产生的CD4+ T细胞在类风湿关节炎中的关联 | 研究基于已有数据库的二次分析,缺乏实验验证 | 探究BHLHE40和CSF2基因在类风湿关节炎CD4+ T细胞中的表达关系 | 类风湿关节炎患者和健康对照者的外周血和滑膜液CD4+ T细胞 | 生物信息学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序, RNA测序, 微阵列 | NA | 基因表达数据 | 来自公共数据库的类风湿关节炎患者和健康对照者样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 微阵列 | NA | NA |
9689 | 2025-10-07 |
Genome-wide association meta-analysis identifies 126 novel loci for diverticular disease and implicates connective tissue and colonic motility
2025-Mar-28, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.03.27.25324777
PMID:40196262
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研究论文 | 本研究通过全基因组关联分析荟萃分析发现了126个新的憩室病相关基因位点,并揭示了该疾病与结缔组织和结肠运动功能的关联 | 发现了126个新的憩室病相关基因位点,首次通过多种分析策略系统性地将憩室病与结缔组织生物学和结肠运动功能联系起来 | NA | 识别憩室病的遗传风险因素并阐明其生物学机制 | 憩室病患者群体 | 基因组学 | 憩室病 | 全基因组关联分析, 单细胞RNA测序, 组织富集分析, 统计精细定位, 等位基因特异性表达, 蛋白数量性状位点分析 | NA | 基因组数据, 单细胞RNA测序数据, 手术标本数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 全基因组关联分析 | NA | NA |
9690 | 2025-10-07 |
Multi-Manifolds fusing hyperbolic graph network balanced by pareto optimization for identifying spatial domains of spatial transcriptomics
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf162
PMID:40220278
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研究论文 | 提出一种融合双曲图网络的多流形方法,通过帕累托优化平衡,用于识别空间转录组学中的空间域 | 首次在空间转录组学分析中引入双曲流形,开发多流形编码器和基于注意力机制的融合方法,使用帕累托优化平衡多重重建损失 | 未在摘要中明确说明 | 识别空间转录组学中的空间域,以深入了解基因表达的发病机制 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 图神经网络,双曲神经网络,注意力机制,帕累托优化 | 双曲图网络,多流形编码器 | 空间转录组数据 | 常用基准数据集(未指定具体数量) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
9691 | 2025-10-07 |
Role of TGF-β/SMAD/YAP/TAZ signaling in skeletal muscle fibrosis
2025-Mar-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00541.2024
PMID:39925133
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研究论文 | 本研究揭示了TGF-β通过SMAD/YAP/TAZ信号通路调控骨骼肌纤维化的分子机制 | 首次阐明TGF-β通过机械敏感性转录调节因子YAP/TAZ决定FAPs向肌成纤维细胞分化的新机制 | 对FAPs分化的核因子调控机制研究尚处于早期阶段 | 探究TGF-β/SMAD/YAP/TAZ信号通路在骨骼肌纤维化中的作用机制 | 骨骼肌纤维化、纤维/脂肪生成祖细胞(FAPs)、肌成纤维细胞 | 分子生物学 | 肌肉萎缩症 | 空间转录组学分析、原代细胞培养 | NA | 基因表达数据、蛋白质活性数据 | 小鼠模型和原代FAPs细胞 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
9692 | 2025-10-07 |
Cohesin rad21 mutation dysregulates erythropoiesis and granulopoiesis output within the whole kidney marrow of adult zebrafish
2025-Jan-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00657.2024
PMID:39548947
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了cohesin亚基rad21突变对成年斑马鱼肾脏骨髓中红细胞生成和粒细胞生成的调控作用 | 首次在成年斑马鱼模型中系统研究cohesin亚基rad21杂合突变对造血过程的特异性影响 | 未观察到明显的造血细胞形态学异常,突变的具体分子机制仍需进一步研究 | 探究cohesin突变对造血过程的影响机制 | 携带rad21杂合突变的成年斑马鱼 | 单细胞测序分析 | 血液系统恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 斑马鱼疾病模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9693 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomics reveal distinctive patterns of fibroblast activation in heart failure with preserved ejection fraction
2024-12, Basic research in cardiology
IF:7.5Q1
DOI:10.1007/s00395-024-01074-w
PMID:39311911
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示射血分数保留型心衰中成纤维细胞激活的独特模式 | 首次在早期HFpEF模型中系统鉴定疾病特异性成纤维细胞表型,并发现血管生成素样4(ANGPTL4)的核心调控作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 解析HFpEF疾病进展中成纤维细胞的分子激活机制 | 小鼠心脏间质细胞(成纤维细胞和巨噬细胞)及人类心肌组织 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNAseq) | NA | 单细胞转录组数据、批量转录组数据 | 小鼠HFpEF模型及两种HFrEF模型,人类心肌样本和血浆样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9694 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptome unveils unique transcriptomic signatures of human organ-specific endothelial cells
2024-12, Basic research in cardiology
IF:7.5Q1
DOI:10.1007/s00395-024-01087-5
PMID:39508863
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研究论文 | 构建了包含超过21万个来自24个人类组织38个区域的内皮细胞图谱,揭示了不同组织内皮细胞的转录组异质性 | 首次系统性描绘了人类组织特异性内皮细胞的转录组特征,发现了毛细血管内皮细胞的高度异质性和组织特异性衰老模式 | 研究主要基于转录组数据,可能未完全捕捉蛋白质水平和功能层面的异质性 | 探索人类不同组织中内皮细胞的异质性和转录组特征 | 人类24个组织38个区域的210,000多个内皮细胞 | 单细胞转录组学 | 多种疾病(与不同组织内皮细胞相关) | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | >210,000个内皮细胞,来自24个人类组织的38个区域 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9695 | 2025-10-07 |
Evaluating cell type deconvolution in FFPE breast tissue: application to benign breast disease
2024-09, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqae098
PMID:40162103
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研究论文 | 评估FFPE乳腺组织中细胞类型反卷积方法的性能,并开发用于良性乳腺疾病分析的R包 | 构建了乳腺组织单细胞RNA-seq参考数据,测试了多种反卷积方法在FFPE样本中的表现,发现深度学习方法的优越性 | FFPE伪影显著影响反卷积方法的准确性,RMSE误差范围在0.04-0.17之间 | 优化从FFPE样本中定义个体细胞类型组成的策略 | 良性乳腺疾病组织 | 生物信息学 | 乳腺疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 数字病理学 | 深度学习, 细胞类型反卷积方法 | 转录组数据, 图像数据 | 62个良性乳腺疾病RNA-seq样本 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9696 | 2025-10-07 |
Integrative single-cell and bulk transcriptomes analyses reveals heterogeneity of serine-glycine-one-carbon metabolism with distinct prognoses and therapeutic vulnerabilities in HNSCC
2024-06-17, International journal of oral science
IF:10.8Q1
DOI:10.1038/s41368-024-00310-2
PMID:38886346
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研究论文 | 通过整合单细胞和批量转录组分析揭示头颈鳞状细胞癌中丝氨酸-甘氨酸-一碳代谢异质性及其与预后和治疗脆弱性的关联 | 首次在HNSCC中系统揭示SGOC代谢异质性,构建4-SGOC基因预后特征,并鉴定IMPDH1作为潜在代谢治疗靶点 | 研究主要基于转录组数据,需要进一步实验验证代谢通路的直接功能 | 解析HNSCC代谢异质性以推进精准肿瘤治疗 | 头颈鳞状细胞癌患者 | 生物信息学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,批量转录组分析,LASSO-COX回归分析 | 预后特征模型 | RNA测序数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
9697 | 2025-10-07 |
Single cell analysis unveils B cell-dominated immune subtypes in HNSCC for enhanced prognostic and therapeutic stratification
2024-04-16, International journal of oral science
IF:10.8Q1
DOI:10.1038/s41368-024-00292-1
PMID:38622125
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研究论文 | 通过单细胞分析揭示头颈鳞状细胞癌中B细胞主导的免疫亚型,用于改善预后和治疗分层 | 首次通过单细胞RNA测序系统分析头颈鳞癌中肿瘤浸润B细胞的基因表达模式,并建立基于B细胞活化的新型肿瘤分类系统 | 研究依赖于公共数据库数据,需要进一步实验验证B细胞在免疫微环境中的具体作用机制 | 探索肿瘤浸润B细胞在头颈鳞癌免疫微环境中的作用及其对免疫治疗反应的影响 | 头颈鳞状细胞癌患者样本和肿瘤浸润B细胞 | 数字病理学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类 | 基因表达数据 | 来自GEO和TCGA数据库的头颈鳞癌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9698 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomics reveals cell atlas and identifies cycling tumor cells responsible for recurrence in ameloblastoma
2024-02-29, International journal of oral science
IF:10.8Q1
DOI:10.1038/s41368-024-00281-4
PMID:38424060
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示成釉细胞瘤的细胞图谱,并鉴定导致肿瘤复发的循环肿瘤细胞 | 首次在单细胞分辨率下揭示成釉细胞瘤的细胞景观,鉴定出具有干细胞特性的循环肿瘤细胞亚群及其EZH2介导的调控机制 | NA | 探究成釉细胞瘤肿瘤起始和复发的分子机制 | 成釉细胞瘤肿瘤细胞 | 数字病理学 | 成釉细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9699 | 2025-10-07 |
Tim4 deficiency reduces CD301b+ macrophage and aggravates periodontitis bone loss
2024-02-28, International journal of oral science
IF:10.8Q1
DOI:10.1038/s41368-023-00270-z
PMID:38418808
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研究论文 | 本研究探讨Tim4缺陷通过减少CD301b+巨噬细胞加剧牙周炎骨丢失的机制 | 首次揭示Tim4作为CD301b+巨噬细胞的上游调控因子,通过p38 MAPK信号通路调控其在牙周炎中的作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 探究Tim4在牙周炎骨丢失中对CD301b+巨噬细胞的调控机制 | 小鼠牙周炎模型中的CD301b+巨噬细胞 | 免疫学 | 牙周炎 | 高通量RNA测序, 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9700 | 2025-10-07 |
PRX1-positive mesenchymal stem cells drive molar morphogenesis
2024-02-19, International journal of oral science
IF:10.8Q1
DOI:10.1038/s41368-024-00277-0
PMID:38369512
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和谱系追踪揭示了PRX1阳性间充质干细胞通过Wnt5a信号调控磨牙形态发生的机制 | 首次发现PRX1阳性间充质细胞在磨牙形态发生中的关键作用,并阐明Wnt5a通过WNT信号通路调控细胞增殖的分子机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类或其他物种中验证 | 探究调控牙齿形态发生的关键因素和分子机制 | 小鼠磨牙发育过程中的间充质细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 谱系追踪 | NA | 基因表达数据, 细胞谱系数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |