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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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9661 | 2025-10-07 |
Genome-wide Cas9-mediated screening of essential non-coding regulatory elements via libraries of paired single-guide RNAs
2024-07, Nature biomedical engineering
IF:26.8Q1
DOI:10.1038/s41551-024-01204-8
PMID:38778183
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研究论文 | 开发了一种通过配对sgRNA文库进行Cas9介导的全基因组非编码调控元件功能筛选的方法 | 首次使用配对sgRNA文库系统性地删除全基因组非编码调控元件来研究其功能 | 研究仅限于K562、293T细胞系和人胚胎干细胞,尚未在更多细胞类型中验证 | 系统研究非编码调控元件的功能及其在生物学过程中的作用 | 人类基因组中的非编码调控元件 | 基因组学 | NA | CRISPR-Cas9筛选,单细胞测序 | NA | 基因组数据,测序数据 | K562细胞系、293T细胞系和人胚胎干细胞 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
9662 | 2025-10-07 |
Transcript and protein signatures derived from shared molecular interactions across cancers are associated with mortality
2024-05-11, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05268-7
PMID:38734658
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研究论文 | 通过分析多种实体癌中的共享细胞间相互作用,构建多细胞肿瘤模型并识别与死亡率相关的基因特征 | 首次构建跨癌种的共享多细胞肿瘤模型,并在mRNA和蛋白质水平验证基因特征与死亡率关联 | 研究仅涵盖五种实体癌,样本来源有限 | 识别跨癌种的共享细胞间相互作用及其与癌症死亡率的关系 | 乳腺癌、结肠癌、肝癌、肺癌和卵巢癌患者 | 生物信息学 | 多癌种 | 单细胞RNA测序,NicheNet分析,Cox比例风险模型 | 共享多细胞肿瘤模型 | 单细胞RNA测序数据,蛋白质组数据 | TCGA队列:9185个肿瘤样本和727个对照;UKBB队列:10384名癌症患者和5063个对照 | NA | 单细胞RNA-seq,蛋白质组学 | NA | NA |
9663 | 2025-10-07 |
Choline metabolism reprogramming mediates an immunosuppressive microenvironment in non-small cell lung cancer (NSCLC) by promoting tumor-associated macrophage functional polarization and endothelial cell proliferation
2024-05-10, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05242-3
PMID:38730286
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研究论文 | 本研究探讨胆碱代谢通过调控肿瘤相关巨噬细胞功能和内皮细胞增殖重塑非小细胞肺癌免疫抑制微环境的机制 | 首次发现胆碱酯酶水平与免疫治疗预后的关联,并构建了胆碱代谢相关基因特征揭示其在免疫抑制微环境中的作用机制 | 研究为单中心回顾性分析,样本量有限,需要多中心前瞻性研究验证 | 探索胆碱代谢在非小细胞肺癌免疫治疗耐药中的作用机制 | 277例接受一线免疫治疗的晚期非小细胞肺癌患者 | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,Cox回归分析,Kaplan-Meier生存分析,功能富集分析 | 预后模型,列线图 | 临床数据,基因表达数据,单细胞测序数据 | 277例晚期NSCLC患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9664 | 2025-10-07 |
Integrative analyses of bulk and single-cell transcriptomics reveals the infiltration and crosstalk of cancer-associated fibroblasts as a novel predictor for prognosis and microenvironment remodeling in intrahepatic cholangiocarcinoma
2024-05-03, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05238-z
PMID:38702814
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研究论文 | 本研究通过整合分析和单细胞转录组学揭示了癌症相关成纤维细胞在肝内胆管癌中的浸润特征及其与肿瘤细胞的相互作用 | 首次构建了CAFs浸润评分系统并揭示了成纤维细胞与肿瘤细胞通过多种信号通路相互作用的机制 | 研究结果需要进一步实验验证,样本量相对有限 | 探索肝内胆管癌肿瘤微环境中癌症相关成纤维细胞的异质性及其与肿瘤细胞的相互作用 | 肝内胆管癌组织和癌旁正常组织 | 生物信息学 | 肝内胆管癌 | 加权基因共表达网络分析,单细胞转录组学分析,SCENIC分析 | WGCNA,回归分析 | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | TCGA-CHOL队列,GSE89748队列和107,943队列 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
9665 | 2025-10-07 |
De novo antibody discovery in human blood from full-length single B cell transcriptomics and matching haplotyped-resolved germline assemblies
2024-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.26.586834
PMID:38585716
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研究论文 | 本研究结合单细胞转录组测序和单倍型解析的种系基因组组装,从人血液中发现了新的抗体 | 首次将单倍型解析的种系免疫球蛋白位点组装与单B细胞全长转录组测序相结合,能够完全解析母源和父源对种系V、D、J基因库的贡献 | 研究仅针对麻疹、腮腺炎和风疹疫苗接种后的B细胞反应,样本来源和免疫挑战类型有限 | 理解种系免疫球蛋白单倍型如何影响表达的抗体库 | 人类B细胞及其表达的抗体 | 免疫基因组学 | 传染病 | 单细胞全长转录组测序, 基因组测序, 单倍型组装 | NA | 基因组序列, 转录组序列 | 来自同一供体的B细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 全基因组测序 | NA | NA |
9666 | 2025-10-07 |
Macrophage polarization-mediated PKM2/mTORC1/YME1L signaling pathway activation in fibrosis associated with Cardiorenal syndrome
2025-Jul, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111664
PMID:39961408
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示巨噬细胞极化通过PKM2/mTORC1/YME1L信号通路促进心肾综合征相关肾纤维化的机制 | 首次发现HIF-1α诱导的M1巨噬细胞极化通过PKM2/mTORC1/YME1L信号轴驱动肾纤维化 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需进一步验证 | 探究心肾综合征中肾纤维化的分子机制 | 心肾综合征相关的肾纤维化过程 | 单细胞生物学 | 心肾综合征 | 单细胞RNA测序, CRISPR/Cas9基因编辑, 慢病毒载体, 免疫浸润分析, 伪时间分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 组织学图像 | CRS小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9667 | 2025-10-07 |
Identification of potential biomarkers in cardiovascular calcification based on bioinformatics combined with single-cell RNA-seq and multiple machine learning analysis
2025-Jul, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111705
PMID:40024421
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研究论文 | 本研究通过生物信息学结合单细胞RNA测序和多种机器学习方法,识别心血管钙化的潜在生物标志物 | 首次结合单细胞RNA测序与多种机器学习方法识别心血管钙化相关生物标志物,并通过孟德尔随机化分析验证其与冠状动脉钙化的因果关系 | 研究主要基于公共数据库分析,需要更多实验验证 | 探索血管钙化的分子和遗传机制,识别诊断性生物标志物 | 巨噬细胞中的钙化标志物相关基因 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 机器学习, 孟德尔随机化分析, ELISA, 免疫组化 | 多种机器学习方法 | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | 多个数据集(GSE104140, GSE235995, GSE159677), ApoE-/-小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9668 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals B cell dynamics and osteoclast activation in Talaromycosis-related bone destruction
2025-Jul, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111708
PMID:40032159
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示马尔尼菲篮状菌感染引起的B细胞动态变化和破骨细胞活化在骨破坏中的作用机制 | 首次在马尔尼菲篮状菌感染模型中应用单细胞RNA测序技术分析B细胞组成变化,并揭示其通过氧化磷酸化过程影响骨破坏的新机制 | 研究仅使用小鼠模型,未在人类样本中验证;机制研究主要集中于MAPK通路,可能存在其他未探索的调控途径 | 探索马尔尼菲篮状菌感染引起的骨破坏变化及其潜在分子机制 | 小鼠胫骨骨髓细胞,特别是B细胞和破骨细胞 | 单细胞组学 | 真菌感染相关骨病 | 单细胞RNA测序,Micro CT,流式细胞术,qRT-PCR,Western blot,免疫荧光,酶联免疫吸附试验 | NA | 单细胞RNA测序数据,影像数据,蛋白质数据 | 小鼠胫骨骨髓样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9669 | 2025-10-07 |
Therapeutic potential of Da Cheng Qi Decoction and its ingredients in regulating ferroptosis via the NOX2-GPX4 signaling pathway to alleviate and predict severe acute pancreatitis
2025-Jul, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111733
PMID:40081545
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研究论文 | 本研究探讨大承气汤及其成分通过NOX2-GPX4信号通路调控铁死亡对重症急性胰腺炎的治疗潜力 | 首次揭示大承气汤通过NOX2/GPX4通路抑制铁死亡的治疗机制,并建立基于铁死亡相关基因的预测模型 | 样本量相对有限,需要更大规模临床验证 | 阐明大承气汤对重症急性胰腺炎的保护作用机制并建立风险预测模型 | 重症急性胰腺炎患者、胰腺腺泡细胞、小鼠模型 | 生物医学研究 | 急性胰腺炎 | 微阵列分析、机器学习、单细胞RNA测序、HPLC分析 | LASSO回归、机器学习算法 | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 32名健康对照和87名急性胰腺炎患者 | NA | 单细胞RNA测序, 微阵列分析 | NA | NA |
9670 | 2025-10-07 |
OTUB1 promotes glioma progression by stabilizing TRAF4
2025-Jul, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111704
PMID:40090557
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研究论文 | 本研究揭示了OTUB1通过稳定TRAF4促进胶质瘤进展的分子机制 | 首次发现OTUB1通过抑制TRAF4泛素化来稳定TRAF4,从而促进胶质瘤细胞增殖和侵袭 | 样本量相对有限(12例患者),需要更大规模研究验证 | 探讨OTUB1在胶质瘤中的功能作用及其对TRAF4稳定性的影响,寻找潜在治疗靶点 | 胶质瘤组织、LN229和U87MG胶质瘤细胞系、裸鼠异种移植模型 | 癌症生物学 | 胶质瘤 | 单细胞测序、Western blot、qPCR、免疫共沉淀、泛素化检测 | NA | 单细胞测序数据、蛋白质印迹数据、基因表达数据 | 12例胶质瘤患者的20,145个胶质瘤细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9671 | 2025-10-07 |
Fibroblast-derived versican exacerbates periodontitis progression by regulating macrophage migration and inflammatory cytokine secretion
2025-Jul, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111755
PMID:40112905
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研究论文 | 本研究揭示了成纤维细胞来源的versican通过调控巨噬细胞迁移和炎症因子分泌加剧牙周炎进展的机制 | 首次明确versican在牙周炎中主要由成纤维细胞产生,并系统阐明其通过激活MAPK通路促进巨噬细胞M1极化的新机制 | 研究主要基于动物模型和细胞实验,临床验证不足;机制研究尚未涉及其他潜在信号通路 | 探究versican在牙周炎发病过程中的分子机制和病理作用 | 牙周炎相关细胞(成纤维细胞、巨噬细胞)及动物模型 | 分子生物学 | 牙周炎 | RNA测序,单细胞RNA测序,qRT-PCR,免疫组织化学,免疫荧光 | 细胞共培养模型 | 基因表达数据,蛋白质表达数据,细胞功能数据 | 未明确具体样本数量 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
9672 | 2025-10-07 |
PANoptosis-related gene biomarkers in aortic dissection
2025-Jun, Archives of biochemistry and biophysics
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.abb.2025.110385
PMID:40086567
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析确定了主动脉夹层中血管平滑肌细胞PANoptosis相关的关键基因标志物 | 首次在主动脉夹层中系统评估了包含焦亡、凋亡和坏死性凋亡的PANoptosis过程,并识别出三个关键基因标志物 | 研究依赖于公共数据库数据,样本量有限,需要进一步实验验证 | 探究PANoptosis在主动脉夹层发病机制中的作用并识别相关基因标志物 | 主动脉夹层患者的血管平滑肌细胞 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞测序, 加权基因共表达网络分析, 基因富集分析 | NA | 基因表达数据 | 多个GEO数据集(GSE213740, GSE153434, GSE147026, GSE52093)和患者组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9673 | 2025-10-07 |
Reevaluating the role of Pou3f1 in striatal development: Evidence from transgenic mouse models
2025-May, Brain research bulletin
IF:3.5Q2
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研究论文 | 通过转基因小鼠模型重新评估Pou3f1在纹状体发育中的作用 | 通过遗传学实验证明Pou3f1缺失不影响纹状体中间棘神经元的发育,挑战了基于人类单细胞RNA测序数据的计算预测 | 不能完全排除Pou3f1在纹状体发育其他方面的潜在作用 | 研究Pou3f1转录因子在纹状体发育中的具体功能 | 转基因小鼠模型中的纹状体中间棘神经元 | 神经发育生物学 | NA | 条件性基因敲除,单细胞RNA测序数据分析 | NA | 基因表达数据,细胞计数数据 | Pou3f1条件性敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9674 | 2025-10-07 |
Understanding the cellular and molecular heterogeneity in colorectal cancer through the use of single-cell RNA sequencing
2025-May, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2025.102374
PMID:40163910
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术解析结直肠癌的细胞和分子异质性 | 首次在结直肠癌中系统鉴定B细胞亚型并发现C3 B细胞在免疫调控中的关键作用,构建了基于C3 B细胞标志基因的生存预测模型 | 样本量相对有限,未进行多中心验证 | 解析结直肠癌的肿瘤微环境异质性 | 结直肠癌患者肿瘤组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 预测模型 | 单细胞转录组数据 | 51,204个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9675 | 2025-10-07 |
TriDeNT : Triple deep network training for privileged knowledge distillation in histopathology
2025-May, Medical image analysis
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.media.2025.103479
PMID:40174325
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研究论文 | 提出一种名为TriDeNT的新型自监督方法,用于在组织病理学中利用推理时不可用的特权数据进行知识蒸馏 | 开发了TriDeNT三重深度网络训练方法,能够利用推理时不可用的特权数据(如额外免疫组化染色和空间转录组学)来提升模型性能 | 需要配对的特权数据进行训练,这些数据可能稀缺或获取成本高昂 | 提高计算病理学模型的性能,通过利用推理时不可用的特权数据 | 组织病理学数据,包括免疫组化染色、空间转录组学和专家核注释 | 数字病理学 | NA | 深度学习,知识蒸馏 | 三重深度网络 | 图像,空间转录组数据,专家注释 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
9676 | 2025-10-07 |
Discovering genetically-supported drug targets for multisite chronic pain through multi-omics Mendelian randomization and single-cell RNA-sequencing
2025-Apr-19, Neuroscience
IF:2.9Q2
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研究论文 | 通过多组学孟德尔随机化和单细胞RNA测序发现多部位慢性疼痛的遗传支持药物靶点 | 首次结合多组学孟德尔随机化与单细胞RNA测序识别多部位慢性疼痛的药物靶点 | 研究主要基于UK Biobank的汇总数据,缺乏实验验证 | 识别多部位慢性疼痛的潜在治疗靶点 | 多部位慢性疼痛患者 | 生物信息学 | 慢性疼痛 | 多组学孟德尔随机化,单细胞RNA测序,贝叶斯共定位,蛋白互作分析 | 孟德尔随机化,贝叶斯模型 | 基因表达数据,蛋白质丰度数据,单细胞测序数据 | UK Biobank数据库样本 | NA | 单细胞RNA测序,转录组关联研究 | NA | NA |
9677 | 2025-10-07 |
Identification of a Novel Mitochondrial-Related Gene Signature for BMSCs in Osteoporosis Combining Single-Cell and Bulk Transcriptome Data
2025-Apr-13, Biochemical genetics
IF:2.1Q3
DOI:10.1007/s10528-025-11099-y
PMID:40221950
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研究论文 | 通过整合单细胞和批量转录组数据,鉴定骨质疏松中骨髓间充质干细胞的新型线粒体相关基因特征 | 首次结合单细胞RNA测序和批量转录组数据识别骨质疏松中BMSCs的线粒体相关基因特征,并发现DUT基因的关键调控作用 | 研究样本量有限,需要更大规模的验证研究 | 鉴定骨质疏松患者BMSCs中线粒体相关基因特征并探索其功能 | 骨质疏松患者和健康个体的骨髓间充质干细胞(BMSCs) | 单细胞转录组学 | 骨质疏松 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, RT-qPCR, Western blot, 免疫荧光, 电镜扫描 | LASSO逻辑回归, 随机森林 | 转录组数据 | 使用GSE147287(单细胞)和GSE35956(批量)数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
9678 | 2025-10-07 |
Identification of the disulfidptosis-related key gene CD2AP as a potential biomarker and new therapeutic target for LUAD patients by comprehensive multi-omics analysis
2025-Apr-11, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02308-6
PMID:40214854
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研究论文 | 通过多组学分析鉴定双硫死亡相关关键基因CD2AP作为肺腺癌患者的潜在生物标志物和治疗靶点 | 首次将双硫死亡机制与CD2AP基因在肺腺癌中的功能联系起来,并系统评估其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 | 基于公共数据库的回顾性分析,缺乏实验验证 | 探索CD2AP在肺腺癌中的功能及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 | 肺腺癌患者 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 转录组学、甲基化分析、免疫浸润分析、空间转录组学 | Kaplan-Meier生存分析、富集分析 | 基因组数据、转录组数据、临床数据 | TCGA、GEO等公共数据库中的肺腺癌样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
9679 | 2025-10-07 |
Integrated single cell and bulk RNA sequencing analyses reveal the impact of tryptophan metabolism on prognosis and immunotherapy in colon cancer
2025-Apr-11, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-85893-4
PMID:40216815
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序分析,揭示了色氨酸代谢对结肠癌预后和免疫治疗的影响 | 首次结合单细胞和批量RNA测序系统分析色氨酸代谢在结肠癌中的作用,并构建了色氨酸代谢风险评分模型 | 研究依赖于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 分析结肠癌中色氨酸代谢特征并预测免疫治疗反应 | 结肠癌患者 | 生物信息学 | 结肠癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | 随机森林算法 | 基因表达数据 | 训练队列473个肿瘤和41个正常组织,验证队列902名癌症患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
9680 | 2025-10-07 |
Spatiotemporal transcriptomics reveals key gene regulation for grain yield and quality in wheat
2025-Apr-11, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03569-8
PMID:40217326
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析小麦籽粒早期发育过程,鉴定了关键调控基因 | 首次构建小麦籽粒发育的空间转录组图谱,识别了10种细胞类型和192个标记基因,发现TaABI3-B1等关键调控因子 | 仅关注早期发育阶段(授粉后4-12天),未覆盖完整籽粒发育周期 | 解析小麦籽粒发育的时空基因调控网络,为提升产量和品质提供遗传资源 | 小麦籽粒发育过程 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,WGCNA分析,基序分析 | NA | 空间转录组数据 | 授粉后4-12天的小麦籽粒发育阶段 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |