单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9661	2024-08-12	Tumor-associated macrophage clusters linked to immunotherapy in a pan-cancer census 2024-Aug-09, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-024-00660-4 PMID:39117688	研究论文	本研究通过跨九种癌症类型的单细胞RNA测序分析，识别了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的不同组成模式，并探讨了TAMs在塑造肿瘤微环境（TME）和影响免疫治疗中的作用。	首次进行了跨多种癌症类型的TAMs单细胞RNA测序分析，并开发了机器学习模型来预测免疫检查点阻断反应。	NA	研究TAMs在不同癌症类型中的普遍特征及其与肿瘤微环境的相互作用。	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其在肿瘤微环境（TME）中的功能。	数字病理学	多种癌症	单细胞RNA测序	机器学习模型	RNA序列数据	九种癌症类型的样本
9662	2024-08-12	Spatial transcriptomic characterization of pathologic niches in IPF 2024-Aug-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adl5473 PMID:39121212	研究论文	本文通过空间转录组学技术分析了特发性肺纤维化（IPF）患者的肺组织，识别了与疾病相关的三种独特微环境。	本文首次将空间转录组学与单细胞RNA测序数据结合，提供了细胞组织背景和基因表达定位，填补了以往研究中缺乏的空间信息。	NA	旨在通过空间转录组学技术深入理解IPF的病理微环境，并识别潜在的药物靶点和开发相关的体外模型。	特发性肺纤维化（IPF）患者的肺组织。	数字病理学	肺纤维化	空间转录组学	NA	转录组数据	IPF患者和对照组患者的肺组织样本
9663	2024-08-12	3D chromatin architecture, BRD4, and Mediator have distinct roles in regulating genome-wide transcriptional bursting and gene network 2024-Aug-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adl4893 PMID:39121214	研究论文	本文通过数学建模和单细胞RNA测序数据分析，研究了基因组范围内转录爆发的调控机制，并发现Mediator复合体亚单位26（MED26）、MYC、cohesin和Bromodomain-containing蛋白4（BRD4）在调控转录爆发中的不同作用。	本文首次揭示了MED26、MYC、cohesin和BRD4在调控转录爆发中的具体作用，并阐明了染色质三维结构在基因调控网络中的重要性。	本文主要依赖数学建模和单细胞RNA测序数据进行分析，可能存在实验验证不足的问题。	研究基因组范围内转录爆发的调控机制及其在单细胞基因调控网络中的作用。	研究对象包括Mediator复合体亚单位26（MED26）、MYC、cohesin和Bromodomain-containing蛋白4（BRD4）等分子机制。	基因调控	NA	单细胞RNA测序	数学建模	RNA测序数据	多个条件下的单细胞RNA测序数据
9664	2024-08-12	Multiplexed single-cell characterization of alternative polyadenylation regulators 2024-Aug-08, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.06.005 PMID:38925112	研究论文	本文介绍了CPA-Perturb-seq技术，通过3'单细胞RNA测序分析42个CPA调控因子的扰动数据，以推断转录组范围内的多聚腺苷酸化位点使用情况	开发了一种新的框架来检测扰动依赖性的多聚腺苷酸化变化，并训练了一个深度神经网络模型APARENT-Perturb来预测并揭示调控复合体间的相互作用	NA	旨在更好地理解CPA机器如何调控多聚腺苷酸化位点的选择	42个CPA调控因子和它们对多聚腺苷酸化位点选择的影响	生物信息学	NA	3'单细胞RNA测序	深度神经网络	RNA测序数据	42个CPA调控因子的扰动数据
9665	2024-08-12	The life-saving benefit of dexamethasone in severe COVID-19 is linked to a reversal of monocyte dysregulation 2024-Aug-08, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.06.014 PMID:38964327	research paper	本文研究了地塞米松在严重COVID-19患者中的治疗机制，发现其通过逆转单核细胞的转录特征来改善生存率	首次揭示了地塞米松通过逆转严重COVID-19患者的单核细胞失调来提高生存率的分子机制	尽管地塞米松治疗及时，但仍有部分患者病情恶化或死亡	探讨地塞米松在严重COVID-19患者中的治疗机制及其对单核细胞的影响	严重COVID-19患者的单核细胞	NA	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	两组独立队列的致命结果患者
9666	2024-08-12	Occlusion enhanced pan-cancer classification via deep learning 2024-Aug-08, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05870-y PMID:39118043	研究论文	本文介绍了一种名为GENESO的新框架，通过结合遮挡方法和深度学习进行泛癌分类和标记基因发现	提出了一种新的标记基因发现方法Symmetrical Occlusion (SO)，能够模拟基因的“功能获得”和“功能丧失”，并使用较少的关键基因训练出性能更高的LSTM模型	NA	开发一种新的深度学习框架，用于泛癌分类和标记基因发现	RNA-Seq数据中的泛癌样本及其标记基因	机器学习	NA	RNA-Seq	LSTM	RNA表达数据	未具体说明样本数量
9667	2024-08-12	Single-cell genomic profiling to study regeneration 2024-Aug, Current opinion in genetics & development IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.gde.2024.102231 PMID:39053027	综述	本文综述了近年来利用高通量单细胞转录组学和其他单细胞分析技术在不同动物模型中研究再生机制的最新进展	探讨了不同动物和细胞类型在再生能力上的差异，并总结了关键概念	NA	理解再生过程中的细胞和分子机制	不同动物模型中的再生能力	基因组学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	多种动物模型
9668	2024-08-12	Single-cell landscape reveals the immune heterogeneity of bone marrow involvement in peripheral T-cell lymphoma 2024-Aug, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16227 PMID:38845192	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了外周T细胞淋巴瘤患者骨髓浸润的免疫异质性	首次揭示了外周T细胞淋巴瘤患者骨髓微环境的单细胞景观	NA	探讨外周T细胞淋巴瘤患者骨髓浸润的免疫景观及其与预后的关联	外周T细胞淋巴瘤患者的骨髓样本	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	11份新鲜骨髓样本
9669	2024-08-12	A comparison of scRNA-seq annotation methods based on experimentally labeled immune cell subtype dataset 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae392 PMID:39120646	研究论文	本研究构建了一个实验标记的免疫细胞亚型单细胞数据集，并系统评估了18种细胞注释方法	首次使用实验标记的免疫细胞亚型数据集来评估细胞注释方法，揭示了无监督聚类方法的不足，并为监督方法提供了新的数据集支持	无监督聚类方法无法完全拟合实际的细胞类型分布	评估和比较不同细胞注释方法在单细胞数据分析中的效果	免疫细胞亚型单细胞数据集和18种细胞注释方法	单细胞测序	NA	scRNA-seq	SVM, scBERT, scDeepSort, Seurat	单细胞数据	同一批次实验标记的免疫细胞亚型单细胞数据集
9670	2024-08-12	Integrating single-cell RNA-seq to identify fibroblast-based molecular subtypes for predicting prognosis and therapeutic response in bladder cancer 2024-Jul-18, Aging DOI:10.18632/aging.206021 PMID:39033778	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据，通过识别纤维母细胞标记基因，为膀胱癌患者建立了基于分子亚型的预后和治疗反应预测模型	首次基于纤维母细胞标记基因建立了一个新的预后和免疫治疗反应预测模型	NA	旨在通过单细胞RNA测序技术识别膀胱癌的分子亚型，以预测患者的预后和治疗反应	膀胱癌患者的纤维母细胞及其在肿瘤微环境中的作用	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	UMAP	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
9671	2024-08-12	Commensal bacteria promote type I interferon signaling to maintain immune tolerance in mice 2024-Jan-01, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20230063 PMID:38085267	研究论文	本文揭示了共生细菌Bacteroides fragilis通过经典的抗病毒途径调节肠道树突细胞和调节T细胞反应，从而促进肠道免疫耐受	首次阐明共生细菌通过I型干扰素信号途径支持肠道免疫耐受的机制	NA	探究共生细菌如何通过I型干扰素信号途径维持肠道免疫耐受	共生细菌Bacteroides fragilis、肠道树突细胞和调节T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	肠道调节T细胞
9672	2024-08-12	Defining the cellular complexity of the zebrafish bipotential gonad 2023-Nov-15, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioad096 PMID:37561446	研究论文	本文利用转基因报告基因和单细胞测序分析技术，研究了斑马鱼幼体性腺中不同关键细胞类型的到达情况，揭示了性腺发育过程中的细胞复杂交互作用。	首次详细描述了斑马鱼性腺发育过程中血管和淋巴管的并发发展，以及卵巢中pdgfrb+周细胞在血管生成中的作用，并发现了卵巢周细胞特有的基因表达特征。	NA	旨在深入理解斑马鱼性腺早期双潜能发育过程中的基本步骤和细胞交互作用。	斑马鱼性腺发育过程中的血管内皮细胞、周细胞和巨噬细胞的到达及其在性腺生长和分化中的作用。	发育生物学	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	215个特异表达基因
9673	2024-08-12	Opsonization-independent antigen-specific recognition by myeloid phagocytes expressing monoclonal antibodies 2023-Sep, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adg1812 PMID:37656789	研究论文	本报告展示了一种新型先天免疫细胞类别，称为“可变免疫受体表达髓系细胞”（VIREMs），通过单细胞转录组学和全基因组表观遗传学分析，证实VIREMs是与淋巴细胞无关的髓系细胞，并展示了B-VIREMs细胞能够表达单克隆抗体基因，这是B淋巴细胞的独特功能。	首次发现并描述了B-VIREMs细胞，这些细胞能够在不依赖调理作用的情况下，通过表达特定抗体来识别抗原，从而进行细胞碎片的吞噬。	NA	探索和验证新型先天免疫细胞VIREMs的特性和功能，特别是在组织维护中的作用。	研究对象包括VIREMs细胞及其在免疫系统中的作用，特别是B-VIREMs细胞的单克隆抗体表达和功能。	免疫学	NA	单细胞转录组学，全基因组表观遗传学分析，活细胞成像	NA	细胞表面标志物，基因表达数据	健康个体的血液样本
9674	2024-08-12	MuSiC2: cell-type deconvolution for multi-condition bulk RNA-seq data 2022-11-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac430 PMID:36208175	研究论文	本文提出了一种名为MuSiC2的迭代估计程序，用于在多临床条件下对bulk RNA-seq数据进行细胞类型反卷积分析	MuSiC2是MuSiC的扩展，能够在单细胞参考与bulk样本临床条件不同时，提高细胞类型比例估计的准确性	现有的细胞类型反卷积方法通常需要与bulk RNA-seq数据临床条件相匹配的单细胞RNA-seq数据作为参考，这在疾病样本中获取较为困难	旨在解决在不同临床条件下，使用单细胞RNA-seq参考数据进行bulk RNA-seq数据反卷积时可能导致的细胞类型比例估计偏差问题	研究对象包括来自人类胰腺胰岛和视网膜的两个bulk RNA-seq数据集	生物信息学	NA	RNA-seq	MuSiC2	RNA-seq数据	涉及两个bulk RNA-seq数据集，一个来自人类胰腺胰岛，另一个来自人类视网膜
9675	2024-08-12	A survey of the mouse hindbrain in the fed and fasted states using single-nucleus RNA sequencing 2021-11, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2021.101240 PMID:33962048	综述	本研究利用单核RNA测序技术，详细调查了在进食和禁食状态下小鼠延髓中的最后区（AP）和孤束核（NTS）的细胞	首次在延髓水平上进行深入的单细胞转录组学研究，揭示了关键抗肥胖药物受体表达细胞的转录组特征	NA	旨在详细描述AP和NTS细胞中关键抗肥胖药物受体的单细胞水平特征	小鼠延髓中的最后区（AP）和孤束核（NTS）细胞	数字病理学	肥胖症	单核RNA测序	NA	转录组	16,034个细胞，其中8,910个是神经元，7,124个是非神经元细胞
9676	2024-08-12	Boosting scRNA-seq data clustering by cluster-aware feature weighting 2021-Jun-02, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-021-04033-7 PMID:34078287	研究论文	本文提出了一种名为CaFew的新方法，通过集群感知特征加权来选择基因，以提高单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据聚类的性能	CaFew方法通过优化聚类目标函数，获得特征权重矩阵，用于特征选择，从而提高聚类效果	NA	提高scRNA-seq数据聚类的性能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	8个真实scRNA-seq数据集
9677	2024-08-12	Neural G0: a quiescent-like state found in neuroepithelial-derived cells and glioma 2021-06, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20209522 PMID:34101353	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了人类神经干细胞（hNSCs）的细胞周期状态，并构建了一个细胞周期分类器，识别出神经上皮来源细胞类型中的传统细胞周期阶段和一个类似静止状态（Neural G0），该状态在哺乳动物神经发生和胶质瘤中存在。	本研究首次识别出神经上皮来源细胞和胶质瘤中的类似静止状态（Neural G0），并发现该状态与较不具侵袭性的肿瘤和患者生存期延长相关。	NA	研究神经上皮来源细胞和胶质瘤中的细胞周期状态，特别是类似静止状态（Neural G0）。	人类神经干细胞（hNSCs）的细胞周期状态，以及神经上皮来源细胞和胶质瘤中的类似静止状态（Neural G0）。	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
9678	2024-08-12	EyeDiseases: an integrated resource for dedicating to genetic variants, gene expression and epigenetic factors of human eye diseases 2021-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqab050 PMID:34085038	研究论文	开发了一个名为EyeDiseases的数据库，用于整合和解释人类眼病的多组学数据	首次开发了一个专门用于整合和解释人类眼病多组学数据的数据库	NA	加速发现和验证与各种眼病相关的候选位点和基因，以促进分子诊断和治疗	人类眼病的遗传变异、基因表达和表观遗传因子	数字病理学	眼病	多组学技术	NA	基因组数据	包含1344个与疾病相关的基因、1774个转录文件和105个表观基因组数据
9679	2024-08-12	Ventricular, atrial, and outflow tract heart progenitors arise from spatially and molecularly distinct regions of the primitive streak 2021-05, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3001200 PMID:33999917	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序结合遗传谱系追踪和活体成像技术，揭示了在小鼠胚胎原条阶段，第一和第二心场（FHF和SHF）被细分为不同的前体细胞池，这些前体细胞在原条中具有不同的起源和分子特征	本研究首次在更早的胚胎发育阶段发现了FHF和SHF的细分前体细胞池，并揭示了这些细胞在原条中的不同起源和分子特征	NA	探讨心脏前体细胞在原条中的起源和分子特征	小鼠胚胎原条中的心脏前体细胞	发育生物学	NA	单细胞转录组测序	NA	分子数据	小鼠胚胎原条中的多个前体细胞亚群
9680	2024-08-12	An integrative microenvironment approach for laryngeal carcinoma: the role of immune/methylation/autophagy signatures on disease clinical prognosis and single-cell genotypes 2021, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.58076 PMID:34093817	研究论文	本研究全面探讨了甲基化/自噬相关基因（MARGs）和免疫浸润在肿瘤微环境中对喉癌预后的影响	本研究结合单细胞和转录组学分析，探索了肿瘤微环境与预后特征之间的联系，并建立了基于神经网络的深度学习模型	NA	探讨甲基化/自噬相关基因和免疫浸润在肿瘤微环境中对喉癌预后的影响	喉癌的预后和单细胞基因型	数字病理学	喉癌	单细胞RNA测序	神经网络	基因数据	126个MARGs和10种免疫细胞，以及临床样本和GEO数据集