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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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9601 | 2025-10-07 |
Epidermal Resident Memory T Cell Fitness Requires Antigen Encounter in the Skin
2025-Apr-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.31.646438
PMID:40236062
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研究论文 | 本研究揭示了表皮组织驻留记忆T细胞(Trm)的适应性需要皮肤中抗原刺激的机制 | 首次证明表皮Trm前体细胞在发育过程中遭遇抗原可增强其竞争TGFβ的能力,并通过TGFβRIII表达提高TGFβ受体亲和力 | 研究主要关注表皮CD8 Trm细胞,其他组织或T细胞亚群的情况尚不明确 | 探究表皮组织驻留记忆T细胞持久性和适应性的分子机制 | 小鼠表皮CD8组织驻留记忆T细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9602 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA Sequencing Analysis of Sputum Cell Transcriptomes Reveals Pathways and Communication Networks That Contribute to the Pathogenesis of Asthma
2025-Apr-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.31.646405
PMID:40236103
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析哮喘患者痰液细胞转录组,揭示参与哮喘发病机制的细胞通路和通讯网络 | 首次在哮喘患者痰液样本中应用单细胞RNA测序技术,揭示了细胞表型和动态通讯模式的详细景观 | 样本量相对有限(16例哮喘患者和8例对照),仅基于痰液样本分析 | 研究哮喘发病机制中的细胞转录组特征和细胞间通讯网络 | 哮喘患者和非哮喘对照者的痰液细胞 | 单细胞转录组学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 16例哮喘患者和8例非哮喘对照,共37,565个细胞转录组 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9603 | 2025-10-07 |
Chromosomal Instability and Clonal Heterogeneity in Breast Cancer: From Mechanisms to Clinical Applications
2025-Apr-04, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17071222
PMID:40227811
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综述 | 本文全面综述了乳腺癌中染色体不稳定性和克隆异质性的机制及其临床意义 | 整合了单细胞测序等最新检测技术进展,系统阐述CIN和CH在肿瘤免疫微环境塑造和免疫治疗中的作用 | 作为综述文章,未涉及原始实验数据和研究方法 | 探讨乳腺癌染色体不稳定性和克隆异质性的生物学机制及临床转化价值 | 乳腺癌肿瘤细胞 | 肿瘤生物学 | 乳腺癌 | 单细胞测序, 高分辨率技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9604 | 2025-10-07 |
Mapping the spatial architecture of glioblastoma from core to edge delineates niche-specific tumor cell states and intercellular interactions
2025-Apr-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.04.647096
PMID:40235981
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研究论文 | 利用空间转录组学绘制胶质母细胞瘤从核心到边缘的空间结构,揭示肿瘤细胞状态和细胞间相互作用 | 首次通过空间转录组学系统描绘GBM生态系统的空间异质性,发现由基因表达和空间定位共同定义的肿瘤细胞状态 | NA | 解析胶质母细胞瘤的空间异质性和肿瘤微环境结构 | 胶质母细胞瘤组织样本 | 空间转录组学 | 胶质母细胞瘤 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
9605 | 2025-10-07 |
Spatial transcriptomics AI agent charts hPSC-pancreas maturation in vivo
2025-Apr-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.01.646731
PMID:40236029
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研究论文 | 开发了一种名为STAgent的空间转录组学AI代理,用于自动化分析人类干细胞来源胰腺细胞在体内的成熟过程 | 整合多模态大语言模型与专业计算工具,将数周的分析任务转化为分钟级的自动化处理,具备动态代码生成、视觉推理和实时文献检索等自主研究能力 | NA | 开发自动化空间转录组学分析工具,研究人类干细胞来源胰腺细胞的体内成熟过程 | 人类干细胞来源的胰腺细胞移植到免疫缺陷小鼠后的发育过程 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,单细胞空间转录组学 | 多模态大语言模型 | 空间转录组数据 | 多个发育时间点的单细胞空间转录组数据 | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
9606 | 2025-10-07 |
Defining effective strategies to integrate multi-sample single-nucleus ATAC-seq datasets via a multimodal-guided approach
2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.02.646871
PMID:40236024
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研究论文 | 本研究通过多模态引导方法评估了58种单细胞ATAC-seq数据集整合流程的性能 | 开发了首个系统性评估多样本单细胞ATAC-seq数据集整合策略的框架,使用多模态数据集作为金标准 | 研究仅评估了7种整合方法和5种特征集,可能未涵盖所有可用方法 | 确定最有效的多样本单细胞ATAC-seq数据集整合策略 | 单细胞ATAC-seq数据集整合方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学测序 | SnapATAC2, PeakVI, Harmony, 潜在语义索引(LSI) | 染色质可及性数据, 基因表达数据 | 5个多模态数据集 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
9607 | 2025-10-07 |
Airway Spatial Transcriptomics in Smoking
2025-Apr-03, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.04.01.25325047
PMID:40236402
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组数据,建立了预测吸烟者肺部细胞间通讯改变的框架 | 通过将单细胞转录组数据映射到空间转录组数据,创建了虚拟单细胞分辨率的空间转录组数据,用于推断空间邻近的细胞间通讯 | 样本量较小(3名当前吸烟者和3名从不吸烟者),需要未来功能实验验证 | 识别吸烟引起的肺部细胞间通讯改变 | 从不吸烟者和当前吸烟者的肺组织样本 | 空间转录组学 | 吸烟相关肺部疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 数据整合分析框架 | 转录组数据 | 6个肺组织样本(3名从不吸烟者,3名当前吸烟者) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
9608 | 2025-10-07 |
Female-biased vascular smooth muscle cell gene regulatory networks predict MYH9 as a key regulator of fibrous plaque phenotype
2025-Apr-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.28.645955
PMID:40236025
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研究论文 | 本研究通过性别特异性基因调控网络分析,揭示了女性偏向的血管平滑肌细胞调控机制,并确定MYH9为纤维斑块表型的关键调控因子 | 首次构建了性别特异性的血管平滑肌细胞基因调控网络,发现女性偏向的MYH9基因在纤维斑块形成中的关键作用 | 样本量相对有限(151名心脏移植供体),且主要基于相关性分析 | 探究动脉粥样硬化斑块性别差异的分子机制,特别关注纤维斑块的形成机制 | 血管平滑肌细胞和动脉粥样硬化斑块 | 计算生物学 | 心血管疾病 | 基因调控网络分析,单细胞RNA测序,贝叶斯网络建模,蛋白质组学分析 | 贝叶斯网络 | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据,蛋白质表达数据 | 119名男性和32名女性心脏移植供体的血管平滑肌细胞,以及颈动脉斑块样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9609 | 2025-10-07 |
Predicting Prognosis and Immunotherapy Response in Glioblastoma (GBM) With a 5-Gene CAF-Risk Signature
2025-Apr, Cancer reports (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/cnr2.70158
PMID:40226936
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研究论文 | 本研究开发并验证了一个5基因CAF风险特征,用于预测胶质母细胞瘤患者的预后和免疫治疗反应 | 首次构建了针对胶质母细胞瘤的5基因CAF风险特征模型,并系统评估了其与免疫浸润和免疫治疗反应的关系 | 研究基于公共数据库的回顾性数据,需要前瞻性临床研究进一步验证 | 探究癌症相关成纤维细胞在胶质母细胞瘤中的作用及其临床意义 | 胶质母细胞瘤患者样本 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | WGCNA, LASSO Cox回归, GSEA, ssGSEA, scRNA-seq | CAF风险特征模型 | mRNA表达谱, 临床数据, 单细胞RNA测序数据 | 来自两个数据库的胶质母细胞瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序, 基因表达分析 | NA | NA |
9610 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA Sequencing Contributes to the Treatment of Acute Myeloid Leukaemia With Hematopoietic Stem Cell Transplantation, Chemotherapy, and Immunotherapy
2025-Apr, Journal of biochemical and molecular toxicology
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jbt.70218
PMID:40233268
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综述 | 本文探讨单细胞RNA测序在急性髓系白血病治疗中的应用,特别是对造血干细胞移植、化疗和免疫治疗的贡献 | 利用单细胞RNA测序技术识别细胞亚克隆和肿瘤特征,为AML治疗开辟新的诊断和治疗靶点 | NA | 研究单细胞RNA测序如何改善急性髓系白血病的治疗策略 | 急性髓系白血病患者和造血干细胞 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9611 | 2025-10-07 |
Tracing Early Migratory Neurons in the Developing Nose Using Contactin-2 (Cntn2)CreERT2
2025-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.27.645843
PMID:40236046
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研究论文 | 本研究开发了Cntn2CreERT2诱导性小鼠品系,用于追踪发育过程中鼻部早期迁移神经元 | 首次创建Cntn2CreERT2诱导性小鼠品系,实现对特定神经元群体的时间可控性操作 | NA | 研究发育过程中鼻部神经元的迁移机制 | 啮齿类动物发育过程中的早期迁移神经元 | 发育神经生物学 | NA | 单细胞RNA测序,基因工程小鼠模型 | NA | 基因表达数据,组织学图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9612 | 2025-10-07 |
Loss of Kmt2c / d promotes gastric cancer initiation and confers vulnerability to mTORC1 inhibition and anti-PD1 immunotherapy
2025-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.27.645747
PMID:40236091
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研究论文 | 本研究通过基因工程小鼠模型揭示了Kmt2c/d缺失在胃癌发生中的作用及其对mTORC1抑制剂和抗PD1免疫疗法的敏感性 | 首次发现Kmt2c/d缺失通过调控蛋白质合成和MHC-I表达促进胃癌发生,并揭示其对mTORC1抑制剂和免疫疗法的特殊敏感性 | 研究基于小鼠模型,在人类胃癌中的直接适用性需要进一步验证 | 探究Kmt2c/d基因缺失在胃癌发生中的作用及潜在治疗策略 | 基因工程小鼠模型的胃上皮细胞 | 癌症生物学 | 胃癌 | 基因敲除、单细胞RNA测序、组织学染色 | 基因工程小鼠模型 | 基因表达数据、组织图像 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9613 | 2025-10-07 |
mcDETECT: Decoding 3D Spatial Synaptic Transcriptomes with Subcellular-Resolution Spatial Transcriptomics
2025-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.27.645744
PMID:40236251
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研究论文 | 开发mcDETECT框架,通过亚细胞分辨率空间转录组学解码3D空间突触转录组 | 首次整合机器学习算法与靶向基因panel的空间转录组学,实现在三维空间中基于突触mRNA聚集识别单个突触并构建单突触空间转录组谱 | NA | 研究神经退行性疾病中突触的分子机制 | 大脑神经网络中的突触结构 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学,靶向基因panel,机器学习 | 机器学习算法 | 空间转录组数据,电子显微镜数据,遗传标记数据 | NA | 10x Genomics, Vizgen, NanoString | 空间转录组学 | Xenium, Xenium 5K, MERSCOPE, CosMx | 多种空间转录组学平台数据 |
9614 | 2025-10-07 |
Gut microbiota-derived tryptophan metabolites improve total parenteral nutrition-associated infections by regulating Group 3 innate lymphoid cells
2025-Apr, iMeta
IF:23.7Q1
DOI:10.1002/imt2.70007
PMID:40236767
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研究论文 | 本研究揭示了肠道微生物来源的色氨酸代谢物通过调节第3组先天淋巴细胞改善全肠外营养相关感染的机制 | 首次发现色氨酸代谢物通过激活核受体Rorγt促进ILC3分泌IL-22的分子机制 | 机制研究仍需进一步深入,临床转化需要更多验证 | 探究全肠外营养相关感染的发病机制及治疗策略 | 慢性肠衰竭患者和小鼠模型 | 免疫学 | 肠道感染 | RNA测序,单细胞RNA测序,16S rRNA基因测序,宏基因组测序 | NA | 基因表达数据,微生物组数据 | 慢性肠衰竭患者和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序,16S rRNA测序,宏基因组测序 | NA | NA |
9615 | 2025-10-07 |
HLF and PPARα axis regulates metabolic-associated fatty liver disease through extracellular vesicles derived from the intestinal microbiota
2025-Apr, iMeta
IF:23.7Q1
DOI:10.1002/imt2.70022
PMID:40236774
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研究论文 | 本研究揭示肠道HLF/PPARα轴通过调控肠道微生物来源的细胞外囊泡改善代谢相关脂肪肝疾病的机制 | 首次发现肠道HLF通过抑制PPARα表达调节肠道屏障功能,并阐明微生物囊泡中牛磺鹅去氧胆酸在抑制肝细胞铁死亡中的关键作用 | 研究主要基于动物模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 探究肠道在代谢相关脂肪肝疾病发展中的分子机制 | 食蟹猴肠道组织、基因敲除小鼠、肠道微生物来源的细胞外囊泡 | 分子生物学 | 代谢相关脂肪肝病 | 单细胞转录组测序、脂质组学分析 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据、代谢物数据 | 食蟹猴肠道组织样本和基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9616 | 2025-10-07 |
The tectum transversum(TTR) maintains patency of the developing coronal suture
2025-Mar-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.30.646197
PMID:40236170
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型探究了横梁软骨在冠状缝发育中的作用机制 | 首次通过遗传消融实验证明横梁软骨对维持冠状缝开放性的关键作用,并发现其可能作为BMP信号通路的屏障 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 探究横梁软骨在冠状缝发育过程中的功能机制 | 小鼠模型的冠状缝发育过程及相关组织 | 发育生物学 | 颅缝早闭 | 遗传消融技术,空间转录组学 | 小鼠模型 | 基因表达数据,组织形态数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
9617 | 2025-10-07 |
Androgen Deprivation-Induced TET2 Activation Fuels Prostate Cancer Progression via Epigenetic Priming and Slow-Cycling Cancer Cells
2025-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.26.645495
PMID:40196510
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研究论文 | 本研究揭示了雄激素剥夺通过激活TET2驱动前列腺癌进展的表观遗传机制 | 首次提供了前列腺癌中5hmC动态的单核苷酸分辨率图谱,发现TET2是调控慢循环细胞的关键因子 | NA | 探索雄激素剥夺治疗诱导的前列腺癌进展机制 | 前列腺癌细胞和模型 | 表观遗传学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, 四环素诱导型H2BeGFP报告系统, 全基因组5-羟甲基胞嘧啶分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9618 | 2025-10-07 |
Extracellular vesicle-packaged GBP2 from macrophages aggravates sepsis-induced acute lung injury by promoting ferroptosis in pulmonary vascular endothelial cells
2025-Mar-25, Redox biology
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.redox.2025.103614
PMID:40156957
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研究论文 | 本研究揭示了巨噬细胞来源的细胞外囊泡通过GBP2-OTUD5-GPX4轴促进肺血管内皮细胞铁死亡,从而加剧脓毒症诱导的急性肺损伤 | 首次发现巨噬细胞来源的细胞外囊泡中GBP2蛋白通过直接结合OTUD5促进GPX4泛素化,驱动内皮细胞铁死亡的新机制 | 研究主要基于细胞和小鼠模型,在人体中的临床验证仍需进一步研究 | 探究巨噬细胞来源的细胞外囊泡在脓毒症诱导的急性肺损伤中的作用机制 | 肺血管内皮细胞、巨噬细胞、脓毒症患者外周血样本、THP-1和RAW264.7细胞、CLP小鼠模型 | 分子生物学 | 脓毒症诱导的急性肺损伤 | 蛋白质组测序、转录组测序、单细胞测序、RNA干扰、腺相关病毒转染、分子对接、分子动力学模拟、细胞热位移分析 | NA | 蛋白质组数据、转录组数据、单细胞测序数据 | 脓毒症患者外周血样本、细胞系(THP-1、RAW264.7)、CLP小鼠模型 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
9619 | 2025-10-07 |
Deep learning powered single-cell clustering framework with enhanced accuracy and stability
2025-02-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-87672-7
PMID:39900656
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研究论文 | 提出了一种名为scG-cluster的深度结构聚类方法,用于提高单细胞RNA测序数据的聚类精度和稳定性 | 开发了双拓扑邻接图和双拓扑自适应图卷积网络(TAGCN),通过整合节点分布信息和注意力机制来增强图表示,并采用残差连接防止过平滑 | NA | 解决单细胞RNA测序数据聚类中图卷积网络的过平滑问题,提高细胞类型识别的准确性和稳定性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞群体 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图卷积网络(GCN), 双拓扑自适应图卷积网络(TAGCN) | 单细胞RNA测序数据 | 六个不同的scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9620 | 2025-10-07 |
Single-cell landscape of dynamic changes in CD8+ T cells, CD4+ T cells and exhausted T cells in hepatocellular carcinoma
2025-02-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-88377-7
PMID:39900964
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研究论文 | 通过单细胞测序分析肝细胞癌中CD8+ T细胞、CD4+ T细胞和耗竭T细胞的动态变化景观 | 首次使用hdWGCNA算法识别与T细胞亚群相关的基因模块,并揭示耗竭T细胞中信号通路活性的改变 | 仅包含12例肝细胞癌样本,样本量相对较小 | 研究T细胞相关基因在肝细胞癌预后中的价值 | 肝细胞癌患者组织样本 | 单细胞分析 | 肝细胞癌 | 单细胞测序, 免疫组化, 实时PCR | hdWGCNA, AUCell算法 | 单细胞测序数据, 转录组数据 | 12例肝细胞癌单细胞测序样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |