单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9601	2024-08-17	Dysfunction of infiltrating cytotoxic CD8+ T cells within the graft promotes murine kidney allotransplant tolerance 2024-Jun-18, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI179709 PMID:38888968	研究论文	研究探讨了在小鼠肾脏同种异体移植中，浸润的细胞毒性CD8+ T细胞功能障碍如何促进移植耐受	首次揭示了细胞毒性CD8+ T细胞在移植器官内被重新编程为耗竭/调节样表型，并通过IFN-γ介导的机制促进肾脏移植耐受	研究主要集中在小鼠模型上，可能需要进一步的人体研究来验证这些发现	探讨细胞毒性CD8+ T细胞在肾脏同种异体移植中的作用及其对移植耐受的影响	小鼠肾脏同种异体移植中的细胞毒性CD8+ T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	涉及小鼠肾脏同种异体移植模型
9602	2024-08-17	Advances and challenges in investigating B-cells via single-cell transcriptomics 2024-Jun, Current opinion in immunology IF:6.6Q1 DOI:10.1016/j.coi.2024.102443 PMID:38968762	research paper	本文探讨了通过单细胞转录组学研究B细胞的进展与挑战	利用单细胞RNA测序（scRNAseq）和VDJ分析，揭示了B细胞的中间状态及其在免疫反应中的保护作用	在研究跨组织的人类B细胞状态、空间位置与B细胞表型和功能的关系、抗体同型转换事件以及克隆关系的明确确定方面仍存在挑战	旨在通过单细胞转录组学技术深化对B细胞发育和分化的理解	B细胞的中间状态、其在免疫反应中的作用以及克隆关系的确定	digital pathology	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
9603	2024-08-17	Deciphering novel TCF4-driven mechanisms underlying a common triplet repeat expansion-mediated disease 2024-May, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011230 PMID:38713708	研究论文	本文研究了Fuchs角膜内皮营养不良（FECD）中由CTG18.1重复元素扩展驱动的分子机制，通过分析患者来源的角膜内皮细胞的转录组数据，揭示了扩展特异性的转录组标志物和TCF4异构体比例偏斜。	首次全面描述了CTG18.1扩展在FECD中的分子机制，包括全局剪接改变和独特的转录本，以及TCF4异构体比例的偏斜。	NA	揭示由CTG18.1重复元素扩展介导的FECD的分子机制	患者来源的角膜内皮细胞	数字病理学	眼科疾病	长读长测序、短读长测序和空间转录组技术	NA	转录组数据	134例FECD患者
9604	2024-08-17	NOP16 promotes hepatocellular carcinoma progression and triggers EMT through the Keap1-Nrf2 signaling pathway 2024, Technology and health care : official journal of the European Society for Engineering and Medicine IF:1.4Q3 DOI:10.3233/THC-231256 PMID:38251077	研究论文	本研究分析了NOP16在肝细胞癌中的表达及其临床意义，并探讨了其通过Keap1-Nrf2信号通路促进肝细胞癌进展和触发上皮-间质转化的机制。	首次报道NOP16在肝细胞癌中的高表达及其作为独立不良预后因素的作用，并揭示了NOP16通过激活Keap/Nrf2信号通路影响细胞周期、细胞凋亡和上皮-间质转化的功能。	研究主要基于TCGA和GEO数据库的分析以及体外实验，缺乏体内实验验证。	探讨NOP16在肝细胞癌中的表达及其临床意义，并揭示其促进肝细胞癌进展的分子机制。	NOP16在肝细胞癌中的表达及其与临床特征的关系，以及其通过Keap1-Nrf2信号通路影响肝细胞癌进展的机制。	数字病理学	肝细胞癌	RNA干扰、单细胞测序	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	包括20种癌症类型的泛癌分析，以及肝细胞癌患者的肿瘤组织和正常组织样本。
9605	2024-08-17	Evaluating the causal effect of circulating proteome on the risk of inflammatory bowel disease-related traits using Mendelian randomization 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1434369 PMID:39144148	研究论文	本研究通过孟德尔随机化（MR）分析框架，旨在识别与炎症性肠病（IBD）特征因果关联的循环蛋白质	本研究采用大规模的两样本MR方法，结合单细胞测序分析、蛋白质-蛋白质相互作用评估、通路富集分析和药物靶点评估，以深入探讨IBD的潜在机制和治疗靶点	NA	识别与炎症性肠病特征因果关联的循环蛋白质	循环蛋白质与炎症性肠病及其亚型的遗传关联	生物信息学	炎症性肠病	孟德尔随机化（MR）	NA	蛋白质	利用炎症性肠病遗传学联盟的信息进行分析
9606	2024-08-17	Upregulation of exosome secretion from tumor-associated macrophages plays a key role in the suppression of anti-tumor immunity 2023-10-31, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113224 PMID:37805922	研究论文	本文报道了肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)分泌的外泌体在抑制抗肿瘤免疫中的关键作用	首次揭示了TAMs通过增加外泌体分泌来抑制CD8 T细胞的增殖和功能，并提出靶向外泌体作为改善免疫疗法的潜在策略	NA	探讨肿瘤相关巨噬细胞分泌的外泌体在抑制抗肿瘤免疫中的作用及机制	肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)、外泌体、CD8 T细胞	免疫学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及患者黑色素瘤组织和小鼠黑色素瘤模型
9607	2024-08-17	Spatial transcriptomic profiling of coronary endothelial cells in SARS-CoV-2 myocarditis 2023, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2023.1118024 PMID:36968839	研究论文	本研究利用数字空间转录组学技术，探讨了严重COVID-19患者冠状动脉内皮细胞和心肌细胞的编程变化。	本研究首次采用空间转录组学技术，在保留心脏解剖结构和未改变的局部SARS-CoV-2表达的情况下，进行了原位转录组分析。	研究样本量较小，且仅基于尸检心脏组织，可能限制了结果的普遍性。	旨在研究严重COVID-19患者冠状动脉内皮细胞和心肌细胞的编程变化。	严重COVID-19患者的冠状动脉内皮细胞和心肌细胞。	数字病理学	心血管疾病	空间转录组学	NA	组织	控制组4例，COVID-19组8例
9608	2024-08-17	Quantification of extracellular proteins, protein complexes and mRNAs in single cells by proximity sequencing 2022-12, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01684-z PMID:36456784	研究论文	本文介绍了近端测序（Prox-seq）技术，该技术能够在数千个单细胞中同时测量蛋白质、蛋白质复合物和mRNA	Prox-seq结合了近端连接 assay 和单细胞测序，能够从所有目标蛋白质的成对组合中测量蛋白质及其复合物，提供了平方级扩展的多重分析能力	NA	验证Prox-seq技术并分析其在不同细胞类型中的应用，探索蛋白质相互作用	T细胞、B细胞、人外周血单个核细胞、人巨噬细胞	生物技术	NA	近端测序（Prox-seq）	NA	蛋白质、蛋白质复合物、mRNA	数千个单细胞
9609	2024-08-17	Unsupervised discovery of tissue architecture in multiplexed imaging 2022-12, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01657-2 PMID:36316562	研究论文	本文开发了一种名为UTAG的方法，用于在无监督的情况下识别和量化多重成像中的微解剖组织结构	UTAG方法能够结合细胞表型信息和细胞物理接近度，准确识别健康和疾病组织中的器官特异性微解剖域	NA	解决多重成像和空间转录组学中对组织高阶模式理解不足的问题	多重成像中的微解剖组织结构	数字病理学	NA	多重成像	NA	图像	多种健康和疾病状态的图像
9610	2024-08-17	Targeting Glutamine Metabolism to Enhance Immunoprevention of EGFR-Driven Lung Cancer 2022-09, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202105885 PMID:35861366	研究论文	本文报道了一种口服活性谷氨酰胺拮抗剂前药JHU083，其在EGFR驱动的肺癌小鼠模型中显示出强大的抗癌效果，并与EGFR肽疫苗EVax联合使用时显著抑制肺癌发展	JHU083通过抑制谷氨酰胺代谢，增加CD8 T细胞和CD4 Th1细胞的浸润，减少免疫抑制细胞，从而增强EVax的免疫预防效果	NA	研究谷氨酰胺代谢在EGFR驱动的肺癌免疫预防中的作用	EGFR驱动的肺癌小鼠模型	数字病理学	肺癌	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	小鼠模型
9611	2024-08-17	Single-Cell RNA-Seq of T Cells in B-ALL Patients Reveals an Exhausted Subset with Remarkable Heterogeneity 2021-10, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202101447 PMID:34365737	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）患者和健康个体的外周血T细胞，发现了患者中具有显著异质性的耗竭T细胞亚群	首次揭示了B-ALL患者中耗竭T细胞的异质性及其亚群特征，并探讨了其可能的起源	NA	旨在通过单细胞RNA测序技术揭示B-ALL患者中T细胞的功能集群，为免疫治疗和临床反应预测提供策略	B-ALL患者和健康个体的外周血T细胞	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA	健康个体和B-ALL患者的T细胞样本
9612	2024-08-17	CD177 modulates the function and homeostasis of tumor-infiltrating regulatory T cells 2021-10-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-26091-4 PMID:34599187	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析肾透明细胞癌患者的免疫细胞，发现肿瘤浸润调节T细胞（TI Treg）存在两种不同的转录命运，其中Fate-1与较差的预后相关，并发现CD177在Fate-1 TI Treg细胞上特异性表达，阻断CD177可减少Treg细胞的抑制活性，为TI Treg特异性免疫治疗提供新靶点	首次发现CD177在Fate-1 TI Treg细胞上特异性表达，并揭示其对Treg细胞功能和肿瘤生长的影响	研究主要在体外和小鼠模型中进行，需要进一步在临床试验中验证	探索肿瘤浸润调节T细胞的功能和潜在治疗靶点	肾透明细胞癌患者的免疫细胞及肿瘤浸润调节T细胞	免疫学	肾癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	肾透明细胞癌患者
9613	2024-08-17	Escape of hair follicle stem cells causes stem cell exhaustion during aging 2021-10, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-021-00103-w PMID:37118327	研究论文	本研究探讨了衰老过程中毛囊干细胞（HF-SCs）耗竭的机制	首次在活体动物中观察到衰老过程中毛囊干细胞的耗竭过程，并揭示了上皮细胞从毛囊干细胞微环境中逃逸的新机制	NA	阐明衰老过程中毛囊干细胞耗竭的机制及其对组织退化的影响	衰老小鼠的毛囊干细胞及其上皮细胞	NA	NA	单细胞RNA测序和转座酶可及染色质测序（ATAC-seq）	NA	细胞	衰老小鼠
9614	2024-08-17	Spatial Transcriptomics of Nematodes Identifies Sperm Cells as a Source of Genomic Novelty and Rapid Evolution 2021-01-04, Molecular biology and evolution IF:11.0Q1 DOI:10.1093/molbev/msaa207 PMID:32785688	研究论文	本文通过比较两种远缘线虫的空间转录组，揭示了精子细胞中新基因的富集及其在快速进化中的作用	首次在线虫中发现“睾丸外”假说，表明精子相关区域中新基因的富集	NA	探究基因表达的进化和新基因在空间分辨率下的作用	两种远缘线虫Caenorhabditis elegans和Pristionchus pacificus的空间转录组	基因组学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	两种线虫的成年虫体
9615	2024-08-16	Dissecting the dynamic cellular transcriptional atlas of adult teleost testis development throughout the annual reproductive cycle 2024-Oct-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202296 PMID:38477640	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，详细剖析了成年黑岩鱼在不同生殖周期阶段（退化、再生和分化）的睾丸细胞动态转录图谱，揭示了精子发生过程中的分子事件。	本研究首次描绘了从精原细胞到精子细胞的连续发育轨迹，并展示了精原细胞在年度发育周期中从糖酵解到线粒体呼吸的生物能量转换，以及通过重新聚类分析揭示的更深层次的异质性和分子特征。	NA	研究旨在揭示鱼类睾丸在年度生殖周期中的细胞组成和分子事件的动态变化。	成年黑岩鱼的睾丸细胞。	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	来自不同生殖周期阶段的成年黑岩鱼睾丸细胞
9616	2024-08-16	Interleukin-24: A molecular mediator of particulate matter's impact on skin aging 2024-Sep-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.116738 PMID:39029221	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序发现，在暴露于颗粒物（PM）的皮肤中，IL-24在角质形成细胞和成纤维细胞中高度上调，并探讨了IL-24在PM诱导的皮肤老化中的作用及潜在抑制策略。	首次揭示了IL-24在颗粒物诱导的皮肤老化中的关键作用，并通过高通量筛选找到了抑制IL-24-STAT3信号通路的化合物，如洛伐他汀。	研究主要集中在体外皮肤模型上，未来需要进一步的体内研究以验证这些发现。	探讨颗粒物对皮肤老化的影响及其分子机制，并寻找潜在的干预策略。	角质形成细胞和成纤维细胞中的IL-24表达及其在皮肤老化中的作用。	NA	皮肤老化	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及暴露于颗粒物的体外皮肤模型中的角质形成细胞和成纤维细胞
9617	2024-08-16	Integration of single-cell RNA sequencing of endothelial cells and proteomics to unravel the role of ICAM1-PTGS2 communication in apical periodontitis: A laboratory investigation 2024-Sep, International endodontic journal IF:5.4Q1 DOI:10.1111/iej.14080 PMID:38713190	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和蛋白质组学技术，探讨了内皮细胞在慢性根尖周炎中的多样性以及ICAM1与PTGS2在其中的相互作用	首次结合单细胞RNA测序和蛋白质组学技术，揭示了慢性根尖周炎中内皮细胞的多样性及其与ICAM1-PTGS2相互作用的关系	研究样本量较小，且仅限于特定的内皮细胞和巨噬细胞类型	探究内皮细胞在慢性根尖周炎中的多样性及其与ICAM1-PTGS2相互作用的关系	内皮细胞、巨噬细胞以及ICAM1和PTGS2的相互作用	数字病理学	牙周病	单细胞RNA测序、蛋白质组学	NA	RNA、蛋白质	五个慢性根尖周炎样本
9618	2024-08-16	Treating epidermolytic ichthyosis and ichthyosis with confetti with epidermal autografts cultured from revertant skin 2024-Aug-14, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljae193 PMID:38739763	研究论文	本文评估了从逆转皮肤培养的自体表皮移植物（CEAs）在治疗表皮松解性鱼鳞病（EI）和斑点状鱼鳞病（IWC）患者中的可行性	首次尝试使用从患者自身逆转表皮角质形成细胞生产的CEAs进行治疗，并证明了其潜在的安全性和局部治疗效果	研究样本量小，且在24周后观察到鱼鳞病病变的复发	评估从逆转表皮角质形成细胞生产的自体表皮移植物在EI和IWC患者中的治疗效果	表皮松解性鱼鳞病和斑点状鱼鳞病患者	NA	鱼鳞病	扩增子测序和液滴数字聚合酶链反应分析	NA	RNA测序数据	3名患者
9619	2024-08-16	Fibroblasts with high matrix metalloproteinase 2 expression regulate CD8+ T-cell residency and inflammation via CD100 in psoriasis 2024-Aug-14, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljae205 PMID:38752329	研究论文	本文探讨了高表达基质金属蛋白酶2（MMP2）的成纤维细胞通过CD100轴调节银屑病中CD8+ T细胞的驻留和炎症的作用。	首次揭示了MMP2hi成纤维细胞通过促进CD100从CD8+ T细胞膜上脱落以及上调CD103，增强CD8+ T细胞驻留，从而加剧银屑病炎症的新机制。	NA	阐明成纤维细胞和MMP2-CD100轴在调节银屑病炎症中的作用。	银屑病患者中的CD8+ T细胞和成纤维细胞。	数字病理学	银屑病	免疫荧光、酶联免疫吸附试验、单细胞转录组测序、细胞相互作用分析、定量逆转录聚合酶链反应。	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据。	从银屑病患者中分离的CD8+ T细胞样本。
9620	2024-08-16	Natural killer cells promote neutrophil extracellular traps and restrain macular degeneration in mice 2024-Aug-14, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adi6626 PMID:39141700	研究论文	本研究探讨了自然杀伤细胞（NK细胞）在促进中性粒细胞外陷阱形成和抑制小鼠脉络膜新生血管形成中的作用	首次揭示了NK细胞通过CCR5受体参与招募和渗出，以及通过NKG2D受体抑制中性粒细胞外陷阱形成，从而在脉络膜新生血管形成中发挥保护作用	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人体中验证NK细胞的作用	探讨NK细胞在年龄相关性黄斑变性（nvAMD）中的作用及其潜在的治疗价值	自然杀伤细胞（NK细胞）、中性粒细胞外陷阱、脉络膜新生血管形成	免疫学	年龄相关性黄斑变性	Olink蛋白质组分析、单细胞RNA测序	NA	蛋白质组数据、RNA序列数据	涉及人类捐赠者和小鼠模型的NK细胞