本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
9581 | 2025-10-07 |
Multiomic spatial landscape of innate immune cells at human central nervous system borders
2024-Jan, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-023-02673-1
PMID:38123840
|
研究论文 | 通过多组学方法全面表征人类中枢神经系统边界先天免疫细胞的空间分布特征 | 首次结合单细胞RNA测序、飞行时间质谱流式和单细胞空间转录组学等技术,系统揭示人类中枢神经系统边界先天免疫细胞的时空分布特征 | 样本数量相对有限,特别是干细胞移植患者仅15例 | 全面表征人类中枢神经系统边界先天免疫细胞的组成和分布 | 人类中枢神经系统边界免疫细胞,包括小胶质细胞和CNS相关巨噬细胞 | 空间转录组学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,飞行时间质谱流式,单细胞空间转录组学,命运图谱,免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据,蛋白质组数据 | 102名个体共356,000个转录组,15名干细胞移植患者 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,质谱流式 | NA | NA |
9582 | 2025-10-07 |
Differential chromatin accessibility and transcriptional dynamics define breast cancer subtypes and their lineages
2023-Nov-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.31.565031
PMID:37961519
|
研究论文 | 本研究通过多组学技术分析乳腺癌亚型与起源细胞之间的染色质可及性和转录动态特征 | 首次在单细胞水平整合染色质可及性和转录组数据,系统揭示乳腺癌亚型与特定起源细胞的谱系关系 | 样本量相对有限(37例患者),部分分子机制仍需进一步验证 | 阐明乳腺癌不同亚型的细胞起源及其转录调控网络 | 37名乳腺癌患者的61个样本(包括肿瘤和正常组织) | 数字病理 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,单核ATAC测序,空间转录组学,多重成像 | PAM50亚型分析算法,轨迹分析,调控网络分析 | 基因组,转录组,表观基因组,空间定位数据 | 37例乳腺癌患者的61个样本 | NA | 单细胞RNA-seq,单核ATAC-seq,空间转录组学,多重成像, bulk RNA-seq | NA | NA |
9583 | 2025-10-07 |
Nanoparticle-mediated sodium butyrate delivery for repairing hypoxic-ischemic brain injury in premature infants
2025-Jun, Materials today. Bio
DOI:10.1016/j.mtbio.2025.101665
PMID:40230649
|
研究论文 | 本研究开发了一种负载丁酸钠的磁性荧光纳米颗粒,通过调节Sp1和TGF-β1信号通路修复早产儿缺氧缺血性脑损伤 | 首次利用磁性荧光纳米颗粒递送丁酸钠,通过磁靶向和聚焦超声技术实现脑部精准给药,并阐明其通过Sp1/TGF-β1信号通路促进脑修复的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在临床患者中验证;纳米颗粒的长期生物安全性需要进一步评估 | 探索纳米颗粒介导的丁酸钠递送系统对早产儿缺氧缺血性脑损伤的修复机制 | 缺氧缺血性脑病早产儿模型小鼠 | 纳米医学 | 新生儿缺氧缺血性脑病 | 单细胞RNA测序, 高通量转录组分析, 非靶向代谢组学 | NA | 代谢组数据, 转录组数据, 图像数据 | HIEP小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9584 | 2025-10-07 |
Regulatory role of CD177+ neutrophils in BMP signaling pathway and its implications for inflammatory bowel disease, sepsis, and intestinal tumors
2025-May, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2025.102336
PMID:40158420
|
研究论文 | 本研究探讨CD177+中性粒细胞在BMP信号通路中的调控作用及其对炎症性肠病、脓毒症和肠道肿瘤的影响 | 首次系统揭示CD177+中性粒细胞通过调控BMP信号通路在多种疾病中的关键作用机制 | 需要进一步的临床验证才能转化为有效治疗策略 | 探索CD177+中性粒细胞在BMP信号通路中的调控作用及其对疾病发生发展和治疗的影响 | 炎症性肠病、脓毒症、肠道肿瘤 | 生物信息学 | 炎症性肠病、脓毒症、肠道肿瘤 | 生物信息学分析、单细胞转录组测序、qRT-PCR、流式细胞术、细胞培养 | WGCNA、差异表达分析、功能富集分析 | 基因表达数据、单细胞转录组数据、实验数据 | GEO数据库中的IBD和脓毒症数据集 | NA | 单细胞RNA-seq、bulk RNA-seq | NA | NA |
9585 | 2025-10-07 |
Dynamic changes of molecular pattern and cellular subpopulation in puncture-induced tendon injury model
2025-Apr-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112034
PMID:40230536
|
研究论文 | 本研究通过建立穿刺诱导的肌腱损伤模型,揭示了早期肌腱修复过程中的分子模式和细胞亚群动态变化 | 首次在多个时间点系统分析早期肌腱损伤的分子模式和细胞亚群,识别了7个特征基因集和15种参与修复的细胞类型 | 临床早期肌腱损伤样本获取困难,研究主要基于动物模型 | 探索早期肌腱修复的分子机制和细胞动态 | 穿刺诱导的肌腱损伤模型 | 单细胞组学 | 肌腱疾病 | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
9586 | 2025-10-07 |
Senescent CD8+ T cells: a novel risk factor in atrial fibrillation
2025-Apr-15, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae222
PMID:39382426
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和多色流式细胞术发现衰老CD8+ T细胞是心房颤动的关键免疫特征,并揭示了其通过干扰素-γ诱导钙处理异常促进房颤的机制 | 首次将衰老CD8+ T细胞鉴定为房颤的新型风险因素,并揭示了其通过干扰素-γ诱导心肌细胞钙处理异常致心律失常的机制 | NA | 全面表征房颤中的免疫细胞特征并探究其潜在机制 | 房颤患者和非房颤对照人群的免疫细胞及hiPSC来源的心房肌细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 多色流式细胞术, 心脏光学标测 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据, 电生理数据 | 房颤患者和非房颤对照人群的外周静脉和左心房样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9587 | 2025-10-07 |
Dual regulation of Atf3 and Lonp1 as therapeutic targets in cerebral ischaemia-reperfusion injury
2025-Apr-15, Stroke and vascular neurology
IF:4.4Q1
DOI:10.1136/svn-2024-003324
PMID:40044488
|
研究论文 | 本研究探讨了Atf3和Lonp1在脑缺血再灌注损伤中的双重调控机制及其治疗潜力 | 首次揭示Atf3通过调控Lonp1表达影响线粒体功能和神经元存活的分子机制 | NA | 研究Atf3和Lonp1在脑缺血再灌注损伤中的作用机制 | 脑缺血再灌注损伤模型中的神经元 | 生物医学 | 脑血管疾病 | 单细胞转录组学,蛋白质组学分析 | NA | 转录组数据,蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9588 | 2025-10-07 |
Determinants of Response to Sequential Pembrolizumab with Trastuzumab plus Platinum/5-FU in HER2-Positive Gastric Cancer: A Phase II Chemoimmunotherapy Trial
2025-Apr-14, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3528
PMID:40100100
|
研究论文 | 评估序贯使用帕博利珠单抗联合曲妥珠单抗加铂类/5-FU治疗HER2阳性胃癌的疗效和生物学机制 | 首次在HER2阳性胃癌中评估序贯免疫化疗方案,并通过多时间点活检揭示曲妥珠单抗诱导的NK细胞浸润和Fc受体介导的细胞毒性机制 | 样本量较小(16例患者),为单臂II期试验 | 评估序贯帕博利珠单抗联合曲妥珠单抗加铂类/5-FU在HER2阳性胃癌中的疗效和生物学决定因素 | 晚期HER2阳性胃食管腺癌患者 | 肿瘤免疫学 | 胃癌 | 全外显子测序, 单细胞RNA测序, T细胞受体测序, 空间转录组学 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 临床数据 | 16例治疗初治的转移性HER2阳性胃食管癌患者 | NA | 全外显子测序, 单细胞RNA测序, T细胞受体测序, 空间转录组学 | NA | NA |
9589 | 2025-10-07 |
Plasma CCL3 predicts adverse heart failure outcomes in patients with arrhythmogenic cardiomyopathy
2025-Apr-14, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-025-04024-y
PMID:40223064
|
研究论文 | 本研究探讨了致心律失常性心肌病(ACM)患者心肌纤维脂肪组织的特征及血浆趋化因子水平与心力衰竭负担的关系 | 首次发现ACM患者纤维脂肪组织中米色/棕色脂肪标志物表达升高,饱和甘油三酯水平增加,并通过单细胞RNA测序揭示了促炎巨噬细胞的明显积累 | 需要在更大规模和独立的队列中进行进一步验证 | 研究ACM患者纤维脂肪组织特征及血浆趋化因子水平与心力衰竭预后的关系 | 致心律失常性心肌病患者 | 心血管疾病研究 | 致心律失常性心肌病 | 实时定量PCR, 脂质组学分析(LC-MS), 单细胞RNA测序, 免疫染色, 酶联免疫吸附试验 | NA | 基因表达数据, 脂质组数据, 单细胞RNA测序数据, 蛋白质表达数据 | 纤维脂肪组织样本: 正常对照10例, ACM患者24例; 单细胞RNA测序: 正常对照2例, ACM患者6例; 随访研究: ACM患者102例 | NA | 单细胞RNA测序, 脂质组学分析 | NA | NA |
9590 | 2025-10-07 |
Two duplicated GhMML3 genes coordinately control development of lint and fuzz fibers in cotton
2025-Apr-14, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2025.101281
PMID:39943690
|
研究论文 | 本研究通过基因编辑和互补实验揭示了棉花中两个重复的GhMML3基因协调控制棉绒和绒毛纤维发育的分子机制 | 首次发现GhMML3_D12及其重复基因GhMML3_A12以剂量依赖方式调控棉纤维发育,并构建了基因调控网络模型 | 研究主要关注纤维发育早期阶段,对后期纤维伸长和成熟的调控机制仍需进一步探索 | 阐明棉花棉绒和绒毛纤维发育的遗传和分子调控机制 | 棉花纤维发育相关的基因和转录因子 | 植物分子生物学 | NA | 基因编辑(CRISPR-Cas9), 单细胞RNA测序, 比较转录组分析 | 基因调控网络模型 | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | 野生型棉花(J668), 隐性裸籽突变体(nNSM), 基因编辑突变体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9591 | 2025-10-07 |
A spatial transcriptomics study of MES-like and mono/macro cells in gliomas
2025-Apr-13, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-95277-3
PMID:40222970
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析胶质瘤中MES样恶性细胞和单核/巨噬细胞亚群的空间分布特征及其在肿瘤微环境中的作用 | 首次利用空间转录组学揭示MES样恶性肿瘤细胞在四个不同区域的精确定位,并发现CD14-ITGB2、LGALS1-CD69和APOE-TREM2等关键细胞间相互作用 | 研究基于公共数据库的回顾性分析,缺乏实验验证 | 识别胶质瘤的潜在治疗靶点和预后标志物 | 胶质母细胞瘤(GBM)和低级别胶质瘤(LGG)患者 | 空间转录组学 | 胶质瘤 | 空间转录组学,生物信息学分析,药物敏感性分析 | TIDE框架 | 基因表达数据,临床信息,空间转录组数据 | 1327个测序数据样本 | NA | 空间转录组学,多组学分析 | NA | NA |
9592 | 2025-10-07 |
Single cell transcriptome sequencing indicates the cellular heterogeneity of small intestine tissue in celiac disease
2025-Apr-11, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-90300-z
PMID:40216823
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示乳糜泻小肠组织的细胞异质性 | 首次构建乳糜泻小肠组织的单细胞表达谱,发现新的疾病相关生物标志物和T细胞亚群特征 | 样本量较小(仅3例患者和3例对照),仅在中国人群中进行验证 | 探索乳糜泻的发病机制,分析免疫微环境和细胞异质性 | 乳糜泻患者和健康对照者的小肠活检组织 | 单细胞组学 | 乳糜泻 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学,定量聚合酶链反应 | NA | 单细胞转录组数据 | 3例乳糜泻患者和3例健康对照的小肠活检组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9593 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomics reveals the mechanisms of lung injury induced by galt gene editing in mouse
2025-Apr-11, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151780
PMID:40233430
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示GALT基因编辑诱导小鼠肺损伤的分子机制 | 首次利用CRISPR/Cas9技术构建Galt c.847 + 1G>T突变小鼠模型,并通过单细胞RNA测序系统分析肺组织细胞群体变化 | 研究仅限于小鼠模型,未在人类样本中验证 | 探究GALT基因突变对肺组织的影响机制 | GALT基因编辑小鼠模型 | 单细胞转录组学 | 半乳糖血症 | 单细胞RNA测序, CRISPR/Cas9, PCR, Western blotting, 组织病理学分析 | NA | 基因表达数据, 组织图像 | 基因编辑小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9594 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals important role of monocytes and macrophages during mucopolysaccharidosis treatment
2025-Apr-10, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-97330-7
PMID:40210734
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究黏多糖贮积症II型患者在接受酶替代治疗过程中免疫细胞的动态变化 | 首次在MPS-II患者中应用单细胞RNA测序技术分析治疗过程中免疫细胞的动态变化,发现单核细胞和巨噬细胞在疾病进程和治疗响应中的关键作用 | 仅纳入1名10岁患者样本,样本量较小 | 研究MPS-II疾病进程中免疫细胞的动态变化及其在酶替代治疗中的作用机制 | 黏多糖贮积症II型患者的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 黏多糖贮积症 | 单细胞RNA测序,基因组分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 1名10岁MPS-II患者在不同疾病阶段的PBMC样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9595 | 2025-10-07 |
Integrated bioinformatics and experimental verification to dissect the mechanisms and bioactive ingredients of Radix Rehmanniae in treating multiple sclerosis
2025-Apr-08, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151790
PMID:40233432
|
研究论文 | 通过整合生物信息学和实验验证揭示生地黄治疗多发性硬化的作用机制及活性成分 | 首次采用网络药理学与实验验证相结合的策略系统阐明生地黄治疗多发性硬化的多成分-多靶点作用模式 | 机制研究主要集中于小胶质细胞,尚未在其他细胞类型中验证 | 探究生地黄治疗多发性硬化的作用机制和活性成分 | 生地黄及其活性成分松果菊苷和毛蕊花糖苷 | 生物信息学 | 多发性硬化 | 网络药理学,转录组学,单细胞RNA测序,分子对接,体外实验 | NA | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据 | 基于GSE数据集的转录组和单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序,转录组学 | NA | NA |
9596 | 2025-10-07 |
Epidermal Resident Memory T Cell Fitness Requires Antigen Encounter in the Skin
2025-Apr-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.31.646438
PMID:40236062
|
研究论文 | 本研究揭示了表皮组织驻留记忆T细胞(Trm)的适应性需要皮肤中抗原刺激的机制 | 首次证明表皮Trm前体细胞在发育过程中遭遇抗原可增强其竞争TGFβ的能力,并通过TGFβRIII表达提高TGFβ受体亲和力 | 研究主要关注表皮CD8 Trm细胞,其他组织或T细胞亚群的情况尚不明确 | 探究表皮组织驻留记忆T细胞持久性和适应性的分子机制 | 小鼠表皮CD8组织驻留记忆T细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9597 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA Sequencing Analysis of Sputum Cell Transcriptomes Reveals Pathways and Communication Networks That Contribute to the Pathogenesis of Asthma
2025-Apr-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.31.646405
PMID:40236103
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析哮喘患者痰液细胞转录组,揭示参与哮喘发病机制的细胞通路和通讯网络 | 首次在哮喘患者痰液样本中应用单细胞RNA测序技术,揭示了细胞表型和动态通讯模式的详细景观 | 样本量相对有限(16例哮喘患者和8例对照),仅基于痰液样本分析 | 研究哮喘发病机制中的细胞转录组特征和细胞间通讯网络 | 哮喘患者和非哮喘对照者的痰液细胞 | 单细胞转录组学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 16例哮喘患者和8例非哮喘对照,共37,565个细胞转录组 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9598 | 2025-10-07 |
Chromosomal Instability and Clonal Heterogeneity in Breast Cancer: From Mechanisms to Clinical Applications
2025-Apr-04, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17071222
PMID:40227811
|
综述 | 本文全面综述了乳腺癌中染色体不稳定性和克隆异质性的机制及其临床意义 | 整合了单细胞测序等最新检测技术进展,系统阐述CIN和CH在肿瘤免疫微环境塑造和免疫治疗中的作用 | 作为综述文章,未涉及原始实验数据和研究方法 | 探讨乳腺癌染色体不稳定性和克隆异质性的生物学机制及临床转化价值 | 乳腺癌肿瘤细胞 | 肿瘤生物学 | 乳腺癌 | 单细胞测序, 高分辨率技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9599 | 2025-10-07 |
Mapping the spatial architecture of glioblastoma from core to edge delineates niche-specific tumor cell states and intercellular interactions
2025-Apr-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.04.647096
PMID:40235981
|
研究论文 | 利用空间转录组学绘制胶质母细胞瘤从核心到边缘的空间结构,揭示肿瘤细胞状态和细胞间相互作用 | 首次通过空间转录组学系统描绘GBM生态系统的空间异质性,发现由基因表达和空间定位共同定义的肿瘤细胞状态 | NA | 解析胶质母细胞瘤的空间异质性和肿瘤微环境结构 | 胶质母细胞瘤组织样本 | 空间转录组学 | 胶质母细胞瘤 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
9600 | 2025-10-07 |
Spatial transcriptomics AI agent charts hPSC-pancreas maturation in vivo
2025-Apr-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.01.646731
PMID:40236029
|
研究论文 | 开发了一种名为STAgent的空间转录组学AI代理,用于自动化分析人类干细胞来源胰腺细胞在体内的成熟过程 | 整合多模态大语言模型与专业计算工具,将数周的分析任务转化为分钟级的自动化处理,具备动态代码生成、视觉推理和实时文献检索等自主研究能力 | NA | 开发自动化空间转录组学分析工具,研究人类干细胞来源胰腺细胞的体内成熟过程 | 人类干细胞来源的胰腺细胞移植到免疫缺陷小鼠后的发育过程 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,单细胞空间转录组学 | 多模态大语言模型 | 空间转录组数据 | 多个发育时间点的单细胞空间转录组数据 | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |