单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27353 篇文献，本页显示第 9581 - 9600 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9581 | 2024-08-18 |
MD-ALL: an Integrative Platform for Molecular Diagnosis of B-cell Acute Lymphoblastic Leukemia
2023-Apr-14, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2798895/v1
PMID:37090504
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研究论文 | 介绍MD-ALL平台，该平台基于基因表达谱和关键遗传改变，提供敏感且准确的B-细胞急性淋巴母细胞白血病分类 | MD-ALL平台整合了关键遗传病变，包括序列突变、大规模拷贝数变异和基因重排，实现全面的B-ALL分类 | NA | 开发一个用户友好的平台，用于B-细胞急性淋巴母细胞白血病的综合、准确和全面分类 | B-细胞急性淋巴母细胞白血病的分类 | 数字病理学 | 白血病 | RNA测序 | 机器学习算法 | RNA测序数据 | 2,955个B-ALL RNA测序样本和974个验证样本 |
| 9582 | 2024-08-18 |
Omnibus and robust deconvolution scheme for bulk RNA sequencing data integrating multiple single-cell reference sets and prior biological knowledge
2022-09-30, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac563
PMID:35980155
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Integrated and Robust Deconvolution (InteRD)的算法，用于从目标批量RNA测序数据中推断细胞类型比例 | InteRD算法通过创新的惩罚回归和新的评估标准，能够有效整合来自多个单细胞RNA测序数据集的去卷积结果，并考虑额外的生物信息作为先验，从而校准基于参考的去卷积估计 | NA | 开发一种新的去卷积方法，以提高从批量RNA测序数据中推断细胞类型比例的准确性和鲁棒性 | 批量RNA测序数据和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | 惩罚回归 | RNA测序数据 | NA |
| 9583 | 2024-08-18 |
Six Shades of Vascular Smooth Muscle Cells Illuminated by KLF4 (Krüppel-Like Factor 4)
2021-11, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.121.316600
PMID:34470477
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review | 本文综述了血管平滑肌细胞（vSMCs）的六种表型及其在血管疾病中的作用 | 通过单细胞RNA测序研究，本文首次分类了六种vSMC表型，并探讨了表型转换对血管病理的影响 | 目前关于vSMC表型的共识尚未形成，研究结果可能受限于当前数据和分类方法 | 旨在详细描述vSMC的表型并识别表型转换的触发因素，以揭示不同表型在血管疾病中的相关性 | 血管平滑肌细胞（vSMCs）及其在血管疾病中的表型转换 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 9584 | 2024-08-18 |
Comprehensive investigations revealed consistent pathophysiological alterations after vaccination with COVID-19 vaccines
2021-Oct-26, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-021-00329-3
PMID:34697287
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研究论文 | 本研究报告了在接受灭活SARS-CoV-2疫苗接种的健康志愿者中，除了产生中和抗体外，还观察到血红蛋白A1c、血清钠和钾水平、凝血谱和肾功能的一致性改变 | 通过单细胞mRNA测序揭示了接种疫苗后免疫细胞类型的基因表达变化，以及NF-κB信号通路的增加和I型干扰素反应的减少 | 研究主要集中在健康志愿者中，对于有预先存在的临床条件的人群的具体影响需要进一步研究 | 探讨COVID-19疫苗接种后的生理变化，并评估其对特定人群的影响 | 健康志愿者接种COVID-19疫苗后的生理变化 | NA | NA | 单细胞mRNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未具体说明样本数量 |
| 9585 | 2024-08-18 |
Large-scale analysis of imprinting in naive human pluripotent stem cells reveals recurrent aberrations and a potential link to FGF signaling
2021-10-12, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2021.09.002
PMID:34597600
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研究论文 | 本文研究了人类多能干细胞在转化为原始多能状态时基因组印记的异常表达情况，并探讨了其与FGF信号通路的可能关联 | 首次在大规模样本中分析了原始人类多能干细胞中的印记丢失（LOI）现象，并揭示了不同转化协议导致的LOI程度差异与FGF信号通路的紧密关联 | NA | 探讨人类多能干细胞在转化为原始多能状态时基因组印记的异常表达及其与FGF信号通路的关联 | 原始和激活的人类多能干细胞 | 基因组学 | NA | RNA测序 | NA | RNA | 大量批量和单细胞RNA测序样本 |
| 9586 | 2024-08-18 |
The Advances of Single-Cell RNA-Seq in Kidney Immunology
2021, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2021.752679
PMID:34721077
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研究论文 | 本文讨论了利用单细胞RNA测序技术在肾脏免疫学中的应用，特别是针对几种特定的肾脏疾病 | 应用单细胞RNA测序技术成功定义了常驻和浸润免疫细胞的转录组特征，以及免疫细胞与邻近细胞之间的细胞内通信网络 | NA | 增加对肾脏免疫学的理解，并为肾脏疾病患者开发新的治疗方法 | 肾脏疾病的免疫细胞 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 血液、次级淋巴组织、肾活检和尿液样本中的免疫细胞 |
| 9587 | 2024-08-18 |
Discovering Myeloid Cell Heterogeneity in Mandibular Bone - Cell by Cell Analysis
2021, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2021.731549
PMID:34658914
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研究论文 | 本研究通过流式细胞术和高通量单细胞RNA测序技术，探讨了下颌骨与长骨（股骨）中髓系前体细胞群体的差异 | 本研究首次揭示了下颌骨骨髓细胞在髓系分化方面的持续缺陷，并发现了下颌骨髓系细胞在转录组层面的独特特征 | NA | 探索不同解剖位置骨髓中髓系前体细胞群体的差异 | 下颌骨与长骨（股骨）中的髓系前体细胞 | 数字病理学 | NA | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 9588 | 2024-08-17 |
Non-invasive determination of gene expression in placental tissue using maternal plasma cell-free DNA fragmentation characters
2024-Nov-30, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2024.148789
PMID:39047956
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研究论文 | 本文介绍了一种通过母体血浆中游离DNA片段特征非侵入性地确定胎盘组织基因表达的方法 | 开发了一种基于母体血浆游离DNA片段特征的非侵入性方法来预测胎盘基因表达 | 目前无法实时获取胎盘基因表达 | 克服无法实时获取胎盘基因表达的限制，并改进对胎盘源性妊娠综合征的非侵入性预测研究 | 孕妇的外周血和胎盘样本 | 数字病理学 | 妊娠综合征 | 深度测序 | 深度神经网络 | DNA序列 | 从五名孕妇中获得了超过2000万条深度测序的游离DNA读取数据，以及32,401个单细胞表达谱和156,546个胎盘组织的单细胞表达谱 |
| 9589 | 2024-08-17 |
Elimination of the extra chromosome of Dup15q syndrome iPSCs for cellular and molecular investigation
2024-Sep, European journal of cell biology
IF:4.5Q2
DOI:10.1016/j.ejcb.2024.151446
PMID:39059105
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研究论文 | 本文提出了一种使用CRISPR-Cas9系统插入puro-ΔTK选择盒到多余染色体中，并通过两步药物选择去除isodicentric染色体15的策略，以消除Dup15q综合征iPSCs中的多余染色体，并分析了由此产生的细胞系的分子和细胞变化。 | 本文首次成功去除了Dup15q综合征iPSCs中的多余染色体，并建立了同源细胞系，为研究Dup15q综合征相关的细胞和分子改变提供了重要资源。 | NA | 研究Dup15q综合征中与拷贝数变异相关的病理细胞表型。 | Dup15q综合征iPSCs及其同源细胞系。 | 分子生物学 | 自闭症谱系障碍 | CRISPR-Cas9系统 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 9590 | 2024-08-17 |
Histone lactylation dynamics: Unlocking the triad of metabolism, epigenetics, and immune regulation in metastatic cascade of pancreatic cancer
2024-Aug-28, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.217117
PMID:39019144
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研究论文 | 本研究通过多组学方法探讨了组蛋白乳酸化在胰腺导管腺癌（PDAC）进展中的病理作用及其对预后预测、患者分层和肿瘤微环境（TME）表征的潜在影响 | 本研究揭示了“LDHA-H4K12la-免疫基因”轴在代谢-表观遗传-免疫调控框架中的新节点，为PDAC进展提供了新的视角 | NA | 探索组蛋白乳酸化在胰腺癌转移过程中的作用及其对代谢、表观遗传和免疫调控的影响 | 胰腺导管腺癌（PDAC）的进展和转移 | 表观遗传学 | 胰腺癌 | 多组学方法（bulk和单细胞RNA测序、代谢组学、ATAC-seq和CUT&Tag） | NA | RNA序列、代谢数据 | NA |
| 9591 | 2024-08-17 |
A single-cell analysis of the NK-cell landscape reveals that dietary restriction boosts NK cell antitumor immunity via Eomesdermin
2024-Aug-16, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-23-0944
PMID:39150687
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析，探讨了饮食限制（DR）如何通过Eomesdermin增强NK细胞的抗肿瘤免疫 | 首次揭示了饮食限制通过Eomesdermin调控NK细胞，增强其抗肿瘤免疫功能 | NA | 研究饮食限制如何通过调节免疫细胞增强抗肿瘤免疫 | NK细胞及其在饮食限制下的抗肿瘤免疫作用 | 免疫学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及小鼠模型和NK细胞样本 |
| 9592 | 2024-08-17 |
Bipotential B-neutrophil progenitors are present in human and mouse bone marrow and emerge in the periphery upon stress hematopoiesis
2024-Aug-14, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.01599-24
PMID:39012145
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研究论文 | 本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序分析了健康对照组和COVID-19患者的嗜中性粒细胞，揭示了在严重感染情况下B细胞和嗜中性粒细胞谱系之间的潜在关系。 | 首次在人类和小鼠骨髓中发现双潜能B-嗜中性粒细胞前体，并揭示了在应激造血过程中这些细胞在周围组织中的出现及其在严重感染中的潜在作用。 | NA | 探究COVID-19患者中嗜中性粒细胞反应的复杂性，并揭示B细胞和嗜中性粒细胞谱系在严重感染中的关系。 | 健康对照组和COVID-19患者的嗜中性粒细胞，以及人类和小鼠骨髓中的粒细胞。 | 数字病理学 | NA | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 健康对照组和COVID-19患者的嗜中性粒细胞样本，以及人类和小鼠骨髓中的粒细胞样本。 |
| 9593 | 2024-08-17 |
Cryptosporidium impacts epithelial turnover and is resistant to induced death of the host cell
2024-Aug-14, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.01720-24
PMID:38995074
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研究论文 | 研究了隐孢子虫感染对小肠上皮细胞动态结构的影响 | 发现隐孢子虫感染的上皮细胞不易发生凋亡，且感染导致上皮细胞增殖和迁移增加 | NA | 探讨隐孢子虫感染对小肠上皮细胞动态结构的影响及其对细胞凋亡的调节作用 | 隐孢子虫感染的小肠上皮细胞 | NA | 腹泻疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像和分子数据 | NA |
| 9594 | 2024-08-17 |
Integration of QTL and comprehensive analysis in the circulating inflammatory cytokines for pan-cancer
2024-Aug-13, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-024-12726-4
PMID:39138392
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研究论文 | 本研究通过整合eQTL和pQTL分析，探讨了循环炎症细胞因子在泛癌中的作用及其对肿瘤免疫微环境的影响 | 首次使用cis-pQTL工具变量进行两样本MR设计，并通过综合敏感性分析验证结果的稳健性 | 研究仅基于GWAS的汇总统计数据，未涉及个体水平的数据分析 | 探究循环炎症细胞因子在泛癌中的遗传代理作用及其对肿瘤免疫微环境的影响 | 109种细胞因子和趋化因子在18种实体瘤中的作用 | 数字病理学 | NA | eQTL, pQTL, GWAS, scRNA细胞分析 | 两样本MR设计 | 基因组数据 | 18种实体瘤 |
| 9595 | 2024-08-17 |
The spatial distribution of intermediate fibroblasts and myeloid-derived cells dictate lymph node metastasis dynamics in oral cancer
2024-Aug-13, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05511-1
PMID:39138492
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研究论文 | 研究口腔鳞状细胞癌（GB-OSCC）肿瘤边缘基因和细胞类型的空间分布，以及这些分布如何影响淋巴结转移的动力学 | 发现了肿瘤-基质界面是GB-OSCC疾病进展最活跃的区域，并识别了与淋巴结转移和疾病进展相关的空间定位基因 | NA | 探讨口腔鳞状细胞癌肿瘤边缘基因和细胞类型的空间分布，以及这些分布如何影响淋巴结转移 | 口腔鳞状细胞癌（GB-OSCC）肿瘤边缘的基因和细胞类型 | 数字病理学 | 口腔癌 | 数字空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 23个切除的GB-OSCC样本 |
| 9596 | 2024-08-17 |
Single-cell long-read targeted sequencing reveals transcriptional variation in ovarian cancer
2024-Aug-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51252-6
PMID:39134520
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研究论文 | 本文开发了一种名为scTaILoR-seq的单细胞靶向长读长测序方法，用于揭示卵巢癌中的转录变异 | scTaILoR-seq方法通过靶向捕获感兴趣的基因，提高了单细胞中目标转录本的检测数量，增强了RNA异构体的全面表征能力 | 长读长测序技术在单细胞RNA异构体检测中受到通量较低和非预期序列伪影的影响 | 开发一种新的单细胞长读长靶向测序方法，以探索单细胞分辨率下的转录变异 | 卵巢癌细胞系和原发性肿瘤中的RNA异构体 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞靶向异构体长读长测序（scTaILoR-seq） | NA | 转录组数据 | 10,796个单细胞转录组 |
| 9597 | 2024-08-17 |
Mutual exclusivity and co-occurrence patterns of immune checkpoints indicate NKG2A relates to anti-PD-1 resistance in gastric cancer
2024-Aug-03, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05503-1
PMID:39097734
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和多元线性回归交互模型，分析了胃癌中CD8+ T细胞的免疫检查点表达特征及其与抗PD-1治疗抵抗的关系。 | 揭示了两种不同的免疫检查点表达模式（ICEP），并阐明了NKG2A与PD-1的互斥性和共现特征，为胃癌提供了新的免疫治疗靶点。 | NA | 探索克服胃癌中抗PD-1治疗抵抗的新机会，并识别与抗PD-1抑制剂联合使用的最佳免疫检查点抑制剂组合方案。 | 胃癌中的CD8+ T细胞及其免疫检查点表达模式。 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 多元线性回归交互模型 | RNA | NA |
| 9598 | 2024-08-17 |
The shared role of neutrophils in ankylosing spondylitis and ulcerative colitis
2024-Aug, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-024-00286-3
PMID:39060428
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序数据分析，探讨了强直性脊柱炎和溃疡性结肠炎中免疫细胞的相互作用 | 发现了中性粒细胞在两种疾病中的重要作用，并识别出XBP1作为潜在的治疗靶点 | 样本量较小，仅包括三名强直性脊柱炎患者 | 研究强直性脊柱炎和溃疡性结肠炎中免疫细胞的相互作用 | 强直性脊柱炎和溃疡性结肠炎患者的椎骨骨髓血液 | NA | 强直性脊柱炎, 溃疡性结肠炎 | 10X单细胞测序 | NA | 单细胞数据 | 三名强直性脊柱炎患者 |
| 9599 | 2024-08-17 |
Toward universal cell embeddings: integrating single-cell RNA-seq datasets across species with SATURN
2024-Aug, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02191-z
PMID:38366243
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SATURN的深度学习方法，用于学习跨物种的通用细胞嵌入，通过结合蛋白质语言模型的蛋白质嵌入和RNA表达，实现不同物种单细胞RNA测序数据集的整合 | SATURN方法能够检测跨物种共同表达的功能相关基因，并为跨物种分析重新定义差异表达 | NA | 开发一种方法以整合来自不同物种的单细胞RNA测序数据集，揭示细胞类型的保守性和多样性进化过程 | 跨物种的单细胞RNA测序数据集 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 深度学习模型 | RNA测序数据 | 涉及三种物种的整体器官图谱以及蛙和斑马鱼胚胎发育数据集 |
| 9600 | 2024-08-17 |
Comparative single-cell analysis reveals IFN-γ as a driver of respiratory sequelae after acute COVID-19
2024-Jul-17, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adn0136
PMID:39018367
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研究论文 | 本研究通过比较来自临床PASC样本和PASC小鼠模型的支气管肺泡灌洗液单细胞RNA测序数据，揭示了IFN-γ在呼吸系统后遗症中的作用 | 首次在单细胞水平上比较了人类和鼠类的PASC样本，并发现IFN-γ是调节呼吸系统PASC免疫异常的关键因子 | 研究主要集中在动物模型和小规模的临床样本上，需要进一步的大规模临床研究来验证结果 | 探讨SARS-CoV-2感染后呼吸系统后遗症的病因 | PASC患者的支气管肺泡灌洗液样本和小鼠模型 | 数字病理学 | COVID-19相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 涉及人类和小鼠的样本 |