单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9581	2024-08-22	Monocytes and Macrophages in Kidney Transplantation and Insights from Single Cell RNA-Seq Studies 2021-10-28, Kidney360 IF:3.2Q1 DOI:10.34067/KID.0003842021 PMID:35372970	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在肾移植中对单核细胞和巨噬细胞的命名、起源和功能的研究，特别关注了肾移植领域的新发现。	scRNA-seq技术提供了无偏见的转录组学方法，揭示了巨噬细胞的起源和功能，这是传统方法无法实现的。	目前关于这一主题的发表研究较少。	探讨单细胞RNA测序在肾移植中对免疫细胞景观和同种异体免疫反应的研究。	单核细胞和巨噬细胞在肾移植中的作用。	NA	肾移植	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
9582	2024-08-22	Loss of ESRP1 blocks mouse oocyte development and leads to female infertility 2021-01-18, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.196931 PMID:33318146	研究论文	研究通过干扰ESRP1控制的pre-mRNA剪接事件，发现ESRP1的缺失导致小鼠卵母细胞发育受阻和雌性不育	首次阐明了ESRP1介导的母源mRNA转录本的AS程序，揭示了其在卵母细胞减数分裂和雌性生育中的作用	NA	探究ESRP1在卵母细胞发育和雌性生育中的作用	小鼠卵母细胞和雌性生育能力	NA	雌性不育	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及六个月大的ESRP1敲除小鼠
9583	2024-08-22	Integrated single-cell and bulk gene expression and ATAC-seq reveals heterogeneity and early changes in pathways associated with resistance to cetuximab in HNSCC-sensitive cell lines 2020-07, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-020-0851-5 PMID:32362655	研究论文	本研究通过综合单细胞和批量基因表达以及ATAC-seq数据，揭示了HNSCC敏感细胞系中与西妥昔单抗耐药相关的异质性和早期通路变化	首次生成了敏感头颈鳞状细胞癌（HNSCC）细胞的综合多组学数据，以识别西妥昔单抗的即时反应	NA	识别肿瘤细胞在仍对治疗有反应时潜在的耐药机制，以延迟获得性耐药	头颈鳞状细胞癌（HNSCC）敏感细胞系中西妥昔单抗耐药的早期反应和相关通路	数字病理学	头颈癌	单细胞RNA测序, ATAC-seq	NA	基因表达数据	多个HNSCC敏感细胞系
9584	2024-08-22	Single-Cell RNA Sequencing for Precision Oncology: Current State-of-Art 2020, Journal of the Indian Institute of Science IF:1.8Q2 DOI:10.1007/s41745-020-00178-1 PMID:32837038	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在精准肿瘤学中的应用现状，包括数据处理步骤和其在精准肿瘤学中的意义	scRNA-seq技术为肿瘤内异质性（ITH）及其在药物抗性和转移中的影响提供了前所未有的见解	NA	为进入scRNA-seq领域的新人提供框架和指南	scRNA-seq技术的分析步骤和其在精准肿瘤学中的应用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA
9585	2024-08-21	Integrative analysis of single-Cell RNA sequencing and experimental validation in the study of abdominal aortic aneurysm progression 2024-Dec-15, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2024.148820 PMID:39103059	研究论文	本研究整合单细胞RNA测序数据和实验验证，探讨腹主动脉瘤进展中的细胞相互作用和分子机制	通过单细胞RNA测序和细胞间相互作用分析，揭示了腹主动脉瘤中特定的配体-受体对在疾病发生中的关键作用	NA	理解腹主动脉瘤发展的细胞相互作用和分子机制，以识别潜在的治疗靶点	腹主动脉瘤及其对照样本的单细胞和批量RNA测序数据	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	使用了来自GEO数据库的GSE197748、GSE164678和GSE183464数据集，包括腹主动脉瘤和对照样本的单细胞和批量RNA测序数据
9586	2024-08-21	Comparative assessment of the intragenomic variations of dinoflagellate Tripos species through single-cell sequencing 2024-Sep, Marine pollution bulletin IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.marpolbul.2024.116690 PMID:39024906	研究论文	本研究通过单细胞测序技术评估和比较了三角藻属（Tripos）物种的基因组内变异（IGVs）	首次使用高通量测序（HTS）对Tripos物种的18S rDNA V4区域进行单细胞测序，揭示了高水平的基因组内变异	研究仅限于Tripos物种的30个单细胞，可能无法代表所有Tripos物种的基因组内变异情况	评估和比较Tripos物种的基因组内变异，探讨其在分子多样性分析中的影响	Tripos物种的基因组内变异	生物信息学	NA	高通量测序（HTS）	NA	DNA序列	30个Tripos物种的单细胞
9587	2024-08-21	Targeting mitochondrial dysfunction in atopic dermatitis with trilinolein: A triacylglycerol from the medicinal plant Cannabis fructus 2024-Sep, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2024.155856 PMID:39024674	研究论文	本研究探讨了从药用植物大麻果实中提取的三亚油酸甘油酯（trilinolein）在治疗特应性皮炎（AD）中的作用及其机制	首次揭示了trilinolein通过AhR-Nrf2途径减轻NOX2依赖的线粒体功能障碍，修复皮肤屏障	研究主要集中在细胞和小鼠模型上，尚未进行人体临床试验	评估trilinolein在预防和治疗特应性皮炎中的潜力及其作用机制	特应性皮炎患者和健康对照者的皮肤样本，以及DNCB诱导的BALB/c小鼠和IL-4及TNF-α诱导的HaCaT细胞	NA	特应性皮炎	HPLC-ESI-MS/MS分析，单细胞转录组分析，蛋白质组学分析	NA	蛋白质表达数据	慢性AD患者和健康对照者的皮肤样本，DNCB诱导的BALB/c小鼠，IL-4及TNF-α诱导的HaCaT细胞
9588	2024-08-21	FAT1 as a tumor mutation burden specific gene affects the immunotherapy effect in head and neck squamous cell cancer 2024-Sep, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2024.101095 PMID:38986165	研究论文	本研究探讨了FAT1基因突变与头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者免疫治疗反应之间的关系	发现FAT1基因突变与HNSCC患者对免疫治疗的抵抗性相关，并涉及多个代谢相关通路	样本量较小，仅包括33名HNSCC患者	研究肿瘤突变负荷（TMB）特异性基因如何影响头颈部鳞状细胞癌的免疫治疗效果	头颈部鳞状细胞癌患者	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	下一代测序（NGS）	NA	转录组数据	33名头颈部鳞状细胞癌患者
9589	2024-08-21	Expansion of effector regulatory T cells in steroid responders of severe alcohol-associated hepatitis 2024-Sep-01, Liver transplantation : official publication of the American Association for the Study of Liver Diseases and the International Liver Transplantation Society IF:4.7Q1 DOI:10.1097/LVT.0000000000000378 PMID:38809243	研究论文	研究探讨了严重酒精相关性肝炎患者中，糖皮质激素治疗与效应调节T细胞（eTreg）的关系及其对临床结果的影响	首次揭示了糖皮质激素治疗严重酒精相关性肝炎患者中eTreg细胞数量的增加及其与治疗效果的关联	研究样本量较小，且仅包括了酒精相关性肝炎患者，可能限制了结果的普遍性	探究糖皮质激素治疗严重酒精相关性肝炎的效果及其与eTreg细胞的关系	严重酒精相关性肝炎患者及其治疗反应	NA	酒精相关性肝炎	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	血液单个核细胞	47名酒精相关性肝炎患者，其中18名接受糖皮质激素治疗，29名未接受治疗
9590	2024-08-21	A distinct subset of urothelial cells with enhanced EMT features promotes chemotherapy resistance and cancer recurrence by increasing COL4A1-ITGB1 mediated angiogenesis 2024-Sep, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2024.101116 PMID:38968684	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序，发现具有上皮-间质转化（EMT）特征的尿路上皮细胞亚群（EMT-UC）与化疗耐药和癌症复发显著相关，并验证了EMT-UC通过COL4A1-ITGB1相互作用促进肿瘤血管生成的作用。	首次揭示了EMT-UC通过COL4A1-ITGB1相互作用促进尿路上皮癌化疗耐药和复发的机制。	EMT-UC不仅在肿瘤组织中被识别，也在邻近的正常组织中被发现，这限制了对EMT-UC特异性的理解。	探究尿路上皮癌化疗耐药和复发的潜在机制。	尿路上皮细胞亚群（EMT-UC）及其在化疗耐药和癌症复发中的作用。	数字病理学	尿路上皮癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自不良预后患者的尿路上皮癌组织样本
9591	2024-08-21	Reversal of injury-associated retinal ganglion cell gene expression by a phosphodiesterase anchoring disruptor peptide 2024-Sep, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2024.110017 PMID:39097072	研究论文	本研究探讨了通过表达一种修饰的磷酸二酯酶4D3 N端肽4D3(E)来改变视网膜神经节细胞（RGCs）基因表达，以逆转损伤相关的基因表达变化	通过使用单细胞RNA测序技术，研究了4D3(E)肽表达对视网膜神经节细胞在受到视神经压迫损伤后基因表达的影响	NA	探索磷酸二酯酶4D3位移促进神经保护的机制	视网膜神经节细胞（RGCs）及其在视神经压迫损伤后的基因表达	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
9592	2024-08-21	Recryopreservation impairs blastocyst implantation potential via activated endoplasmic reticulum stress pathway and induced apoptosis 2024-Sep, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.689 PMID:39156765	研究论文	本研究探讨了重复冷冻保存对胚泡植入潜能的影响及其机制	首次揭示了重复冷冻保存通过激活内质网应激途径和诱导细胞凋亡影响胚泡植入潜能的机制	研究样本仅来自一个学术生殖医学中心，可能限制了结果的普遍性	探究重复冷冻保存对胚泡植入潜能的影响及其分子机制	人类胚泡及其植入潜能	生殖医学	NA	单细胞RNA测序、免疫荧光、TUNEL检测	NA	细胞	捐赠的人类胚泡
9593	2024-08-21	Prognostic and immune infiltration implications of SIGLEC9 in SKCM 2024-Aug-17, Diagnostic pathology IF:2.4Q2 DOI:10.1186/s13000-024-01536-8 PMID:39153970	研究论文	本研究探讨了SIGLEC9在皮肤黑色素瘤（SKCM）中的表达、预后及免疫相关性	首次详细分析了SIGLEC9在SKCM中的表达与患者预后及免疫细胞浸润的关系	NA	探究SIGLEC9在SKCM中的表达与患者预后及免疫细胞浸润的关系	SIGLEC9在SKCM中的表达及其对患者预后和免疫细胞浸润的影响	数字病理学	皮肤黑色素瘤	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	基于TCGA-SKCM数据
9594	2024-08-21	TLR9 activation in large wound induces tissue repair and hair follicle regeneration via γδT cells 2024-Aug-17, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06994-y PMID:39153998	研究论文	本研究利用成年小鼠的伤口诱导毛发新生（WIHN）模型，探讨了损伤程度与愈合过程及结果之间的关联，并揭示了 toll 样受体 9（TLR9）在感知皮肤损伤和通过调节 γδT 细胞迁移影响组织修复和再生的新作用。	首次揭示了 TLR9 在感知皮肤损伤和通过调节 γδT 细胞迁移影响组织修复和再生的新作用，并识别了 TLR9-γδT 细胞-areg 轴作为增强组织再生的新潜在靶点。	NA	探讨损伤程度与愈合过程及结果之间的关联，并揭示 TLR9 在组织修复和再生中的作用。	成年小鼠的伤口诱导毛发新生（WIHN）模型。	免疫学	NA	单细胞 RNA 测序	NA	RNA	TLR9 缺陷小鼠及伤口注射 TLR9 拮抗剂的小鼠，以及抑制 γδT 细胞迁移或敲除 γδT 细胞的小鼠。
9595	2024-08-21	Transcriptomic analysis unveils bona fide molecular signatures of microglia under conditions of homeostasis and viral encephalitis 2024-Aug-17, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03197-2 PMID:39153993	研究论文	本研究通过多种实验方法描绘了病毒感染期间小胶质细胞的转录组图谱，并发现细胞分选过程中的剪切应力是激活基因人工诱导的关键因素	开发了一种利用核糖体标签方法富集小胶质细胞特异性转录本的策略，并定义了健康和病毒感染条件下小胶质细胞的真实分子特征	NA	研究小胶质细胞在健康和病毒性脑炎条件下的转录组特征	小胶质细胞在健康和病毒感染条件下的转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	大规模
9596	2024-08-21	Breaking barriers: improving time and space resolution of arbuscular mycorrhizal symbiosis with single-cell sequencing approaches 2024-Aug-17, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-024-00501-1 PMID:39154166	研究论文	本文通过采用单细胞RNA测序技术，提高了丛枝菌根共生体时间和空间分辨率的细胞和分子基础研究	采用单细胞RNA测序技术，提供了对植物-微生物相互作用转录组复杂性的前所未有的洞察	单细胞分析虽然提高了分辨率，但牺牲了空间视角，需要与空间转录组学方法结合以获得全面概览	深入解析丛枝菌根共生体的复杂相互作用和关键过程	丛枝菌根共生体的细胞和分子基础	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
9597	2024-08-21	Combining single-cell spatial transcriptomics and molecular simulation to develop in vivo probes targeting the perineural invasion region of adenoid cystic carcinoma 2024-Aug-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e34628 PMID:39157355	研究论文	本文通过结合单细胞空间转录组学和分子模拟技术，开发了一种针对腺样囊性癌神经周围侵犯区域的体内探针	设计了基于神经周围侵犯区域施万细胞抗原呈递特性的肽探针，用于动态标记肿瘤细胞侵入神经的过程	NA	开发针对腺样囊性癌神经周围侵犯区域的体内探针	腺样囊性癌的神经周围侵犯区域	数字病理学	头颈部肿瘤	空间转录组学和单细胞转录组测序	NA	转录组数据	一例腺样囊性癌伴有神经周围侵犯的组织样本
9598	2024-08-21	Identification of epithelial-related artificial neural network prognostic models for the prediction of bladder cancer prognosis through comprehensive analysis of single-cell and bulk RNA sequencing 2024-Aug-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e34632 PMID:39157397	研究论文	本研究通过综合分析单细胞和批量RNA测序数据，识别出与膀胱癌预后相关的上皮细胞相关的人工神经网络预测模型	本研究创新性地融合了单细胞RNA测序和RNA测序评估，以识别膀胱癌的新型生物标志物，并构建了包含17个特征基因的人工神经网络预后模型	NA	旨在通过融合单细胞RNA测序和RNA测序评估，识别膀胱癌的潜在生物标志物，并建立实用的临床预后模型	膀胱癌（BLCA）及其相关生物标志物	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	人工神经网络	RNA测序数据	训练集来自TCGA数据库，验证集（GSE32894）和单细胞数据集（GSE135337）来自GEO数据库
9599	2024-08-21	Diversity of group 1 innate lymphoid cells in human tissues 2024-Aug, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01885-y PMID:38956380	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和流式细胞术研究了人类组织中第1组先天淋巴细胞（ILC1s）的多样性	首次在人类组织中识别出高度可变的ILC1亚型，并描述了不同组织中ILC1和自然杀伤（NK）细胞的表达谱	NA	探究人类组织中第1组先天淋巴细胞（ILC1s）的多样性及其在疾病中的潜在作用	人类组织中的第1组先天淋巴细胞（ILC1s）及其亚型	免疫学	NA	单细胞RNA测序, 流式细胞术	NA	RNA	多个组织样本
9600	2024-08-21	ScRNA-seq revealed the tumor microenvironment heterogeneity related to the occurrence and metastasis in upper urinary tract urothelial carcinoma 2024-Aug, Cancer gene therapy IF:4.8Q1 DOI:10.1038/s41417-024-00779-3 PMID:38877164	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，研究了上尿路上皮癌（UTUC）的肿瘤微环境异质性及其与发生和转移的关系	首次揭示了UTUC肿瘤细胞的起源及其与转移性肿瘤细胞的同源性，并发现UTUC肿瘤微环境中不存在免疫抑制现象	研究样本仅来自3名高级别UTUC患者，可能存在样本量较小的问题	探索UTUC发生和转移的可能机制，并寻找潜在的诊断和治疗靶点	上尿路上皮癌的正常组织、原发肿瘤病变和淋巴转移	数字病理学	泌尿系统疾病	单细胞RNA测序（ScRNA-seq）	NA	转录组数据	28,315个细胞来自3名高级别UTUC患者