单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
941	2025-09-03	Comprehensive Characterization of Bihormonal Cells and Endocrine Cell Lineages in Mammalian Pancreatic Islets 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416326 PMID:40439685	研究论文	本研究全面表征了哺乳动物胰腺胰岛中的双激素细胞和内分泌细胞谱系，揭示了其稀有性和非过渡性本质	通过多技术整合（基因工程小鼠、成像流式细胞术、单细胞RNA测序和双重组酶谱系追踪）系统验证双激素细胞的稀有性，重新定义内分泌细胞分类并发现物种特异性差异	主要基于小鼠模型，人类样本分析相对有限，可能无法完全代表人类胰岛生物学的复杂性	阐明双激素细胞在胰腺胰岛中的作用、 prevalence 及其在β细胞恢复中的潜力	哺乳动物（小鼠和人类）胰腺胰岛中的内分泌细胞，特别是双激素细胞	细胞生物学	糖尿病	基因工程小鼠模型、成像流式细胞术、单细胞RNA测序、双重组酶谱系追踪、基因共表达网络分析	NA	单细胞转录组数据、荧光成像数据	基因工程小鼠品系和人类胰岛样本（具体数量未在摘要中说明）
942	2025-09-03	HLA-DR⁺ Tumor Cells Show an Association with a Distinct Immune Microenvironment and CD8⁺ T-Cell Exhaustion in HBV-Associated Hepatocellular Carcinoma 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202502979 PMID:40464412	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和多尺度蛋白验证，揭示了HLA-DR⁺肿瘤细胞在HBV相关肝细胞癌中的独特作用及其与免疫微环境和T细胞耗竭的关联	首次在HBV相关肝癌中鉴定出HLA-DR⁺肿瘤细胞群体，并揭示其与免疫抑制微环境、CD8⁺ T细胞耗竭的特定关联机制	研究主要基于回顾性数据分析，需要进一步实验验证机制因果关系	探究HBV相关肝细胞癌中肿瘤微环境的免疫学特征和机制差异	HBV相关肝细胞癌患者肿瘤样本和免疫细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	scRNA-seq, 多重免疫荧光, 组织微阵列	NA	单细胞RNA测序数据, 蛋白质表达数据	160个样本（来自124名患者）的单细胞数据和198个HCC标本的蛋白验证数据
943	2025-09-03	Real-Time Evolutionary Landscape of the Bronchial Epithelium and Corresponding Dynamic Immune Cell Alterations in Lung Squamous Cell Carcinogenesis 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413256 PMID:40470646	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示肺鳞状细胞癌发生过程中支气管上皮细胞的进化轨迹及免疫微环境动态变化	首次在烟草致癌物诱导的大鼠模型中系统描绘从正常上皮到浸润性癌的全过程单细胞进化图谱，并发现CNV在癌前病变阶段已广泛出现	研究基于大鼠模型，与人类疾病存在物种差异；单细胞测序技术本身存在检测灵敏度限制	解析肺鳞癌发生过程中肿瘤细胞与微环境的协同进化机制	大鼠支气管上皮细胞及肿瘤微环境中的免疫细胞	单细胞组学	肺癌	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	涵盖正常、增生、化生、异型增生、原位癌到浸润性癌的多阶段样本
944	2025-09-03	Mapping the role of cytokine signaling at single-cell and structural resolution in uveal melanoma 2025-Aug, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-025-00337-3 PMID:40490526	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序和结构生物学方法，揭示葡萄膜黑色素瘤中细胞因子信号相关基因的预后和治疗意义	首次在单细胞和结构分辨率水平整合分析葡萄膜黑色素瘤的细胞因子信号网络，并发现ISG20作为关键预后标志物和治疗靶点	样本量较小（8个原发和3个转移样本），需要更大队列验证	解析葡萄膜黑色素瘤肿瘤微环境复杂性并识别新的治疗策略	葡萄膜黑色素瘤患者组织样本（原发和转移灶）	计算生物学	葡萄膜黑色素瘤	scRNA-seq, bulk RNA-seq, AlphaFold 2, 分子对接分析	Cox回归, LASSO风险模型	单细胞转录组数据, 批量RNA测序数据	8个原发眼组织样本和3个肝转移样本
945	2025-09-03	DNA damage repair (DDR) related prognostic risk model in multiple myeloma based on single-cell and bulk sequencing 2025-Aug, DNA repair IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.dnarep.2025.103857 PMID:40527059	研究论文	基于单细胞和批量测序构建多发性骨髓瘤DNA损伤修复相关预后风险模型	整合单细胞RNA测序和批量RNA-seq数据，首次构建多发性骨髓瘤DDR相关预后模型并鉴定关键基因	NA	开发多发性骨髓瘤的预后风险分层模型并探索治疗靶点	多发性骨髓瘤患者	生物信息学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序, 批量RNA-seq, WGCNA, 差异表达分析	预后风险模型	基因组测序数据	训练队列和验证队列患者样本
946	2025-09-03	Morphodynamics of human early brain organoid development 2025-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09151-3 PMID:40533563	研究论文	本研究通过活体光片显微镜和计算分析技术，系统追踪了人脑类器官发育过程中的形态动力学和细胞行为	开发了新型双通道多蛋白标记策略与计算解复用方法，首次实现长期同步量化脑类器官发育中多个亚细胞特征的动态变化	研究主要基于无引导脑类器官模型，可能与体内真实大脑发育存在差异	探究人脑早期发育的形态动力学机制及细胞自组织过程	人诱导多能干细胞衍生的脑类器官	发育生物学	NA	光片显微镜、单细胞转录组测序、计算解复用	NA	图像、转录组数据	未明确样本数量的人脑类器官
947	2025-09-03	[Research advances in perineural invasion of pancreatic cancer] 2025-Aug-01, Zhonghua wai ke za zhi [Chinese journal of surgery] DOI:10.3760/cma.j.cn112139-20241208-00561 PMID:40556405	综述	本文系统回顾了胰腺癌神经浸润领域的最新研究进展，涵盖其解剖基础、调控网络、实验模型及手术策略创新	整合单细胞空间转录组学的手术导航策略及分子靶向探针联合神经丛精准切除技术	多学科技术临床转化融合仍面临挑战	总结胰腺癌神经浸润机制并探索治疗策略优化	胰腺癌及其神经浸润现象	数字病理	胰腺癌	单细胞空间转录组学、分子靶向探针	NA	NA	NA
948	2025-09-03	Identifying Causal Brain Structures, Genes, and Proteins for Osteoarthritis: A Large-Scale Genetic Correlation Study Based on Brain Imaging-Derived Phenotypes, Transcriptomes, and Proteomes 2025-Jun-10, The journals of gerontology. Series A, Biological sciences and medical sciences DOI:10.1093/gerona/glaf083 PMID:40247738	研究论文	通过整合脑成像衍生表型、转录组和蛋白质组数据，识别与骨关节炎风险因果相关的脑结构、基因和蛋白质	首次大规模整合脑成像表型、转录组和蛋白质组数据，系统研究脑结构与骨关节炎的遗传相关性并识别因果基因	NA	验证脑结构与骨关节炎风险的相关性，并识别关键因果基因	骨关节炎患者及脑结构、基因和蛋白质数据	生物信息学	骨关节炎	LDSC, MR, TWAS, PWAS, 单细胞RNA-seq eQTL	NA	基因组关联研究(GWAS)数据、转录组数据、蛋白质组数据	826,690名参与者，5,138个脑转录组，152个人脑蛋白质组
949	2025-09-03	HemaScope: A Tool for Analyzing Single-cell and Spatial Transcriptomics Data of Hematopoietic Cells 2025-May-30, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf002 PMID:39862439	研究论文	介绍HemaScope，一个专用于分析造血细胞单细胞和空间转录组数据的生物信息学工具包	首个针对造血细胞设计的集成scRNA-seq和ST分析的专业工具包，提供多种用户友好部署形式	NA	开发能够处理单细胞和空间信息的组织良好且用户友好的分析工具	造血细胞	生物信息学	血液疾病	scRNA-seq, spatial transcriptomics	NA	单细胞RNA测序数据，空间转录组数据	涉及人类骨髓、小鼠急性髓系白血病细胞、血管免疫母细胞T细胞淋巴瘤和原发性中枢神经系统淋巴瘤样本
950	2025-09-03	Immune signatures of megakaryocytes in persistent inflammation-immunosuppression and catabolism syndrome 2025-May-30, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.3724/abbs.2025087 PMID:40443348	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析持续性炎症-免疫抑制和分解代谢综合征（PICS）患者中巨核细胞的免疫特征及其作用机制	首次发现巨核细胞在PICS中存在五个功能亚群（MK1-MK5），并揭示其通过CCL5表达和细胞间互作调节免疫稳态的新功能	样本量较小（仅11例人类样本），且动物模型与人类疾病存在潜在差异	探究巨核细胞在PICS中的免疫学作用及其分子机制	人类外周血单核细胞样本（PICS患者、脓毒症患者和健康对照）及PICS模型小鼠	免疫学	脓毒症后并发症	单细胞RNA测序（scRNA-seq），基因本体分析，配体-受体互作分析	NA	RNA测序数据	11例人类样本（6例PICS、5例脓毒症、5例健康对照）及小鼠模型
951	2025-09-03	EryDB: A Transcriptomic Profile Database for Erythropoiesis and Erythroid-related Diseases 2025-May-30, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae029 PMID:39436241	研究论文	介绍EryDB，一个专注于红细胞生成和红细胞相关疾病转录组数据的开放数据库	构建首个全面整合并精心策划的红细胞生成特异性数据库，支持多物种、多组织类型和多疾病的数据浏览与分析	NA	促进红细胞生成及红细胞相关疾病的基因表达数据挖掘和大规模研究	红细胞生成过程及红细胞相关疾病	生物信息学	红细胞相关疾病	RNA测序（包括bulk和单细胞RNA测序）	NA	转录组数据	3803个样本和1,187,119个单细胞，来自107项公共研究，涵盖3个物种、9种组织类型和5种疾病
952	2025-09-03	Systematic reconstruction of molecular pathway signatures using scalable single-cell perturbation screens 2025-Mar, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01622-z PMID:40011560	研究论文	利用可扩展的单细胞扰动筛选系统重建分子通路特征	开发改进的计算框架Mixscale处理扰动效率的细胞变异，并优化统计方法学习差异表达基因列表和保守分子特征	NA	系统识别信号调节因子在不同生物背景下的靶标，并推断扰动特征图谱	六种细胞系和五种生物信号背景中的分子通路	功能基因组学	NA	Perturb-seq（混合遗传筛选与单细胞测序），组合索引，NGS	NA	单细胞测序数据	超过1500次扰动，涉及六种细胞系和五种生物信号背景
953	2025-09-03	Single-Cell Transcriptome Sequencing and Analysis Provide a New Approach for the Treatment of Small Cell Neuroendocrine Carcinoma of the Cervix 2025, Neuroendocrinology IF:3.2Q2 DOI:10.1159/000542833 PMID:39602898	研究论文	首次对宫颈小细胞神经内分泌癌进行单细胞转录组测序，揭示其分子特征和肿瘤微环境，筛选关键预后基因	首次应用scRNA-Seq技术研究SCNECC，发现两种恶性细胞群及肿瘤进展路径，识别ERBB4/NRG1-mTOR等关键信号通路上调	样本量较小（仅1例患者肿瘤组织），依赖公共数据库健康对照数据	探究SCNECC的分子特征、细胞起源和发病机制	宫颈小细胞神经内分泌癌（SCNECC）患者肿瘤组织及健康宫颈组织	单细胞组学	宫颈癌	scRNA-Seq（单细胞转录组测序）	NA	单细胞转录组数据	1例SCNECC患者肿瘤样本 + 公共数据库健康宫颈组织数据
954	2025-09-03	Exploring the Expanded Role of Astrocytes in Primate Brain Evolution via Changes in Gene Expression 2025, Brain, behavior and evolution DOI:10.1159/000544004 PMID:39907990	综述	探讨灵长类大脑进化中星形胶质细胞基因表达变化及其功能扩展	聚焦灵长类特异性星形胶质细胞基因表达与调控的演化机制，关联细胞形态表型变化	NA	解析星形胶质细胞在灵长类大脑进化中的功能扩展及其与神经疾病的关联	灵长类（包括人类）星形胶质细胞	神经科学	神经退行性疾病（如阿尔茨海默病、帕金森病）	单细胞RNA测序、诱导多能干细胞技术	NA	基因表达数据	NA
955	2025-09-03	HMG Box-containing Protein 1 (HBP1) Protects Against Pancreatic Injury in Acute Pancreatitis but Promotes Neoplastic Progression 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101536 PMID:40404099	研究论文	本研究探讨HBP1在急性胰腺炎和胰腺癌前病变中的双重作用机制	首次揭示HBP1在胰腺炎中具有保护作用但在KRAS突变背景下促进肿瘤进展的双重功能	主要基于小鼠模型研究，人类样本验证仍需扩展	阐明HBP1在胰腺炎发生发展和胰腺肿瘤早期进展中的功能作用	人类胰腺炎样本、小鼠模型和人类胰腺导管上皮细胞	分子病理学	胰腺癌	空间转录组学、多重蛋白检测、组织学分析、免疫染色	条件性基因敲除小鼠模型	组织样本、细胞实验数据	人类胰腺炎样本、基因工程小鼠模型和诱导过表达人类细胞
956	2025-09-03	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	研究论文	提出一种名为RASP的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组数据	利用随机化两阶段PCA框架，结合稀疏矩阵运算和可配置空间平滑，实现比现有方法快数个数量级的计算速度	NA	开发高效降维方法以解析空间转录组数据中的组织域结构	人类和小鼠组织的空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学技术（10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 10x Xenium）	PCA	空间基因表达数据	四个公开ST数据集（涉及人类和小鼠组织）
957	2025-09-03	PD-L2 drives resistance to EGFR-TKIs: dynamic changes of the tumor immune environment and targeted therapy 2024-Sep, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01317-2 PMID:38816578	研究论文	本研究揭示PD-L2通过动态改变肿瘤免疫环境驱动EGFR-TKI耐药，并发现天然小分子抑制剂锌十一烯酸盐可逆转耐药	首次发现PD-L2/PD-1信号通路是介导EGFR-TKI耐药的关键驱动因素，并鉴定出新型天然PD-L2抑制剂	研究基于细胞系和同源肿瘤小鼠模型，临床转化效果需进一步验证	探究EGFR-TKI耐药机制并开发靶向治疗策略	EGFR突变肿瘤细胞系和同源肿瘤小鼠	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞测序、体内外功能实验	NA	测序数据、实验数据	细胞系和小鼠模型（具体数量未明确说明）
958	2025-09-03	Prominent role of gut dysbiosis in the pathogenesis of cystic fibrosis-related liver disease in mice 2024-Sep, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.03.041 PMID:38554847	研究论文	本研究通过小鼠模型揭示肠道菌群失调在囊性纤维化相关肝病（CFLD）发病机制中的关键作用	首次证明肠道CFTR功能缺陷通过维持病原性微生物群、增加肠道通透性和炎症环境，是CFLD样肝病发展的必要因素	研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究肠-肝轴在CFLD发病机制中的作用	野生型、全身性Cftr敲除和肠道校正CFTR小鼠	疾病机制研究	囊性纤维化相关肝病	单细胞RNA测序、16S核糖体RNA测序、蛋白质组阵列、FITC-葡聚糖检测	NA	转录组数据、微生物组数据、蛋白质数据	多组基因修饰小鼠模型（具体数量未明确说明）
959	2025-09-03	Sex-specific effects of injury and beta-adrenergic activation on metabolic and inflammatory mediators in a murine model of post-traumatic osteoarthritis 2024-Sep, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2024.03.109 PMID:38527663	研究论文	本研究探讨在小鼠创伤后骨关节炎模型中，损伤和β-肾上腺素能激活对代谢及炎症介质的性别特异性影响	揭示了β-肾上腺素能受体激动剂异丙肾上腺素在雌性小鼠中特异性抑制促纤维化和促炎基因表达，并首次发现损伤后关节滑液代谢物的显著变化	研究仅使用小鼠模型，结果可能无法直接外推至人类；代谢组学变化未受异丙肾上腺素显著影响	研究β-肾上腺素能受体刺激对创伤后骨关节炎相关炎症的调控作用	12周龄雄性和雌性小鼠的膝关节组织（髌下脂肪垫和滑膜）及滑液	骨关节疾病研究	骨关节炎	组织学分析、多重基因表达检测、代谢组学分析、机械性异常性疼痛测试	NA	基因表达数据、代谢物数据、组织图像数据、行为学数据	雄性和雌性小鼠膝关节样本（具体数量未明确说明）
960	2025-09-03	Inhibition of Renin Expression Is Regulated by an Epigenetic Switch From an Active to a Poised State 2024-Sep, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979) DOI:10.1161/HYPERTENSIONAHA.124.22886 PMID:38989586	研究论文	本研究探讨了肾素表达抑制的表观遗传调控机制，揭示了从活跃状态向预备状态转变的开关	首次发现肾素表达抑制涉及表观遗传状态切换，并关联细胞间通讯减少和上皮-间质转化	研究基于小鼠肿瘤源细胞系(As4.1)，可能不完全代表体内正常肾素细胞行为	阐明肾素表达的表观遗传调控机制及细胞表型转换的分子基础	小鼠肾小球旁细胞来源的As4.1肿瘤细胞系	表观遗传学	心血管疾病	ATAC-seq, 单细胞RNA测序, CUT&Tag, ChIP-seq	NA	基因组学数据，表观遗传学数据	经三种抑制剂处理和对照的As4.1细胞生物学重复样本