单细胞与空转测序相关文章

本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!

如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!

Sample Image
添加微信请说明来意
Sample Image
微信赞赏

除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。

当前筛选条件: [分区不过滤] [IF不过滤] [发表日期不过滤] [清除筛选条件]
当前共找到 34043 篇文献,本页显示第 941 - 960 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
941 2025-12-04
Integrative analysis of single-cell and bulk transcriptome data reveals age-related immune cell alterations in primary glioblastoma associated with prognosis
2025-Nov-12, Cancer immunology, immunotherapy : CII
研究论文 本研究通过整合单细胞和批量转录组数据分析,揭示了原发性胶质母细胞瘤中与年龄相关的免疫细胞变化及其与预后的关联 首次系统比较了原发性与复发性胶质母细胞瘤中年龄相关的免疫细胞差异,并发现小胶质细胞在老年原发性患者中经历显著的细胞状态变化,其中HSPB1高表达与不良预后相关 研究样本量相对有限,单细胞数据仅来自25名患者,且主要依赖公共数据库数据,需要进一步实验验证 探究衰老如何影响胶质母细胞瘤进展,特别是年龄相关的免疫细胞变化在原发性与复发性肿瘤中的差异 胶质母细胞瘤患者(包括原发性和复发性)以及年轻和老年小鼠的异种移植模型 数字病理学 胶质母细胞瘤 单细胞RNA测序,批量转录组分析,细胞间通讯分析,轨迹分析 NA 转录组数据,临床数据,基因组变异数据 13名原发性胶质母细胞瘤患者和12名复发性患者,共计88,908个细胞的单细胞数据;TCGA和CGGA数据库的批量数据;年轻和老年小鼠模型 NA 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq NA NA
942 2025-12-04
Transcriptomic plasticity of cholinergic adipose macrophages in the acute thermogenic response
2025-Nov-07, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术,揭示了小鼠皮下白色脂肪组织中胆碱能脂肪巨噬细胞在急性冷暴露下的转录组可塑性及其混合起源 首次在单细胞水平上全面解析了胆碱能脂肪巨噬细胞在急性冷暴露下的转录组动态变化,并揭示了其混合起源(成年骨髓和胚胎来源) 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证;急性冷暴露的长期效应和具体机制仍需进一步探索 探究胆碱能脂肪巨噬细胞在急性产热反应中的转录组可塑性和细胞起源 小鼠皮下白色脂肪组织中的ChAT-eGFP+细胞(表达胆碱乙酰转移酶) 单细胞转录组学 代谢性疾病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 未明确样本数量,但涉及热中性或急性冷暴露条件下的小鼠脂肪组织 未明确指定 单细胞RNA-seq 未明确指定 未明确指定
943 2025-12-04
Tumor microenvironment remodeling across thyroid cancer differentiation states revealed by spatial transcriptomics
2025-Nov-03, Cancer immunology, immunotherapy : CII
研究论文 本研究利用空间转录组学技术揭示了甲状腺癌去分化过程中肿瘤微环境的动态重塑 首次在甲状腺癌不同分化状态中应用空间转录组学技术,系统揭示了去分化与免疫抑制性肿瘤微环境(特别是髓系细胞和CAFs增加)的空间关联,并识别了JAK-STAT和VEGF信号通路的激活 样本量较小(仅12例患者),需要更大队列研究验证结果;空间转录组学分辨率有限,可能无法完全解析细胞亚型异质性 探究甲状腺癌去分化过程中肿瘤微环境的动态变化及其与临床侵袭性的关系 甲状腺癌患者的肿瘤组织样本,包括分化型(PTC、FTC)和去分化型(PDTC、ATC) 数字病理学 甲状腺癌 空间转录组学、免疫组化、生物信息学分析(CellDART、PROGENy、REACTOME) NA 空间转录组数据、组织图像数据 12例甲状腺癌患者(涵盖PTC、FTC、PDTC、ATC亚型)的FFPE肿瘤组织 10x Genomics 空间转录组学 Visium CytAssist Visium CytAssist平台用于FFPE组织的空间转录组分析
944 2025-12-04
Partial Reprogramming in Senescent Schwann Cells Enhances Peripheral Nerve Regeneration via Restoration of Stress Granule Homeostasis
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究通过单细胞转录组学分析,揭示了衰老过程中雪旺细胞应激颗粒稳态失衡是导致周围神经再生受损的关键机制,并证明部分重编程可通过恢复该稳态来促进神经再生 首次发现Runx2雪旺细胞群在神经再生中的病理积累与应激颗粒稳态失衡相关,并证明部分重编程可通过恢复该稳态来逆转衰老相关的神经再生缺陷 研究主要基于大鼠模型,尚未在人类样本中得到验证;部分重编程的长期安全性和具体分子调控网络仍需进一步探索 探究部分重编程对衰老过程中周围神经再生的影响及其分子机制 年轻和衰老大鼠的坐骨神经损伤模型中的雪旺细胞 单细胞转录组学 周围神经损伤 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 年轻和衰老大鼠的坐骨神经样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
945 2025-12-04
Enhancer Reprogramming Reveals the Tumorigenic Role of PTPRZ1 in Lung Squamous Cell Carcinoma
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究通过整合多组学分析揭示了肺鳞状细胞癌中增强子驱动的转录网络,并识别出PTPRZ1-MDK轴作为关键的可靶向通路 首次通过整合ChIP-seq、bulk RNA-seq、单细胞ATAC/RNA-seq和空间转录组学等多组学数据,系统描绘了LUSC中的肿瘤特异性致癌增强子网络,并发现PTPRZ1-MDK轴在肿瘤发生中的关键作用 研究样本量相对有限(59对匹配样本),且主要基于体外和体内功能验证,临床转化应用仍需进一步探索 识别肺鳞状细胞癌的新型致癌驱动因子并解析其表观遗传调控机制 59对匹配的肺鳞状细胞癌肿瘤组织和邻近正常组织 数字病理学 肺癌 ChIP-seq, bulk RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA 基因组学数据、表观基因组学数据、转录组学数据、空间转录组数据 59对匹配的LUSC肿瘤和邻近正常组织 NA 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq, ChIP-seq NA NA
946 2025-12-04
Spatial Transcriptomics Reveals Transcriptomic and Immune Microenvironment Reprogramming during Thyroid Carcinoma Dedifferentiation
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究利用空间转录组学技术揭示了甲状腺癌去分化过程中的转录组和免疫微环境重编程机制 首次在共存的不同分化程度甲状腺癌区域进行空间转录组测序,揭示了从分化型甲状腺癌向未分化型甲状腺癌逐步重编程的轨迹,并鉴定出PDCD4和TYMP等关键调控因子及其在诱导免疫抑制性肿瘤相关巨噬细胞形成中的作用 样本量较小(7例),且为回顾性研究,需要更大样本的前瞻性研究验证 阐明甲状腺癌去分化过程的分子机制和免疫微环境变化 甲状腺癌组织样本(包含未分化型、低分化型和分化型甲状腺癌共存区域) 空间转录组学 甲状腺癌 空间转录组测序、全外显子组测序、inferCNV分析、轨迹分析 NA 空间转录组数据、基因组数据 7个包含共存区域的样本 NA 空间转录组测序 NA NA
947 2025-12-04
Inhibition of Macrophage ARID3A Alleviates Myocardial Ischemia-Reperfusion Injury After Heart Transplantation by Reducing THBS1/CD47 Signaling-Mediated Neutrophil Extracellular Traps Formation
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究探讨了巨噬细胞ARID3A在心脏移植后心肌缺血再灌注损伤中的作用,发现通过THBS1/CD47信号通路减少中性粒细胞胞外陷阱形成可缓解损伤 首次揭示了M1巨噬细胞通过THBS1/CD47轴促进NETs形成,并发现4-OI能特异性抑制巨噬细胞ARID3A,为治疗心肌缺血再灌注损伤提供了新靶点 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性尚需进一步验证,且具体信号通路的详细机制有待深入探索 探究心脏移植后心肌缺血再灌注损伤的分子机制,并寻找潜在治疗策略 巨噬细胞、中性粒细胞及其相互作用在心肌缺血再灌注损伤中的角色 单细胞组学 心血管疾病 单细胞RNA测序、分子对接分析 NA 单细胞转录组数据 使用髓系特异性ARID3A敲除小鼠模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
948 2025-12-04
CFTR High Expresser BEST4+ cells are pH-sensing neuropod cells: new implications for intestinal physiology and cystic fibrosis disease
2025-Nov-01, American journal of physiology. Cell physiology
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和蛋白质免疫定位,首次将大鼠小肠中的CFTR高表达细胞鉴定为能够感知和响应管腔pH的神经足细胞,并确认BEST4+细胞在近端小肠中即为CHEs,为肠道生理和囊性纤维化疾病提供了新见解 首次将大鼠小肠中的CFTR高表达细胞鉴定为神经足细胞,并揭示其在管腔pH调节中的关键作用,同时首次在CF大鼠模型中表征了CHEs中CFTR及相关mRNA和蛋白质的变化 研究主要基于大鼠模型,人类数据验证有限;样本量未明确说明;未探讨CHEs在其他肠道疾病中的潜在作用 探究肠道中BEST4+细胞的身份、功能及其在囊性纤维化疾病中的作用机制 人类和大鼠肠道上皮细胞,特别是BEST4+细胞和CFTR高表达细胞(CHEs) 数字病理学 囊性纤维化 单细胞RNA测序(scRNA-Seq),蛋白质免疫定位 NA RNA序列数据,蛋白质表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
949 2025-12-04
Intrinsic changes in cell differentiation and identity drive impaired wound healing in aged female murine skin
2025-Nov-01, Biogerontology IF:4.4Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术,揭示了老年雌性小鼠皮肤中细胞内在变化如何导致伤口愈合受损的机制 首次在老年雌性小鼠皮肤和伤口中应用单细胞RNA测序,全面解析了细胞内在变化对伤口微环境的影响 研究仅针对雌性小鼠,且伤口观察时间点限于损伤后3天,未涵盖其他性别或更长时间窗口 探究老年皮肤中细胞内在变化如何影响伤口愈合的早期反应 年轻和老年雌性小鼠的完整皮肤及损伤后3天的伤口组织 数字病理学 老年疾病 单细胞RNA测序 NA RNA序列数据 年轻和老年雌性小鼠的皮肤及伤口组织样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
950 2025-12-04
SpaBatch: Deep Learning-Based Cross-Slice Integration and 3D Spatial Domain Identification in Spatial Transcriptomics
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究提出了一个名为SpaBatch的深度学习框架,用于整合和分析多切片空间转录组数据,以进行跨切片的3D空间域识别 SpaBatch是首个能够有效校正批次效应并实现跨切片3D空间域识别的框架,克服了现有方法仅关注单一切片内2D空间域识别且忽略切片间空间相关性的局限 论文未明确提及该方法的计算复杂度或对大规模数据集的可扩展性限制 开发一个鲁棒可靠的多切片空间转录组数据整合框架,以实现准确的3D空间域识别 人类皮层切片、小鼠脑切片、小鼠胚胎切片、人类胚胎心脏切片、HER2+乳腺癌组织和小鼠下丘脑切片 空间转录组学 乳腺癌 空间转录组学 深度学习 空间转录组数据 八个真实空间转录组数据集 MERFISH 空间转录组学 MERFISH平台 使用MERFISH平台分析的小鼠下丘脑切片和HER2+乳腺癌组织
951 2025-12-04
Spatial Transcriptional Dynamics of CD74⁺ B Cells in Tertiary Lymphoid Structures Drive Immune Evolution in Penile Squamous Cell Carcinoma
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究整合空间转录组学、单细胞测序和免疫组化技术,揭示了阴茎鳞状细胞癌中三级淋巴结构内CD74⁺ B细胞的空间转录动态及其驱动免疫演化的机制 首次在PSCC中系统阐明了三级淋巴结构内CD74⁺ B细胞的空间分布动态、与初始T细胞的相互作用机制及其通过HLA-DRA激活NF-κB等转录因子的免疫调控网络 研究样本量有限,未在独立队列中验证CD74⁺ B细胞的预后价值,机制研究主要基于转录组数据缺乏功能实验验证 解析阴茎鳞状细胞癌三级淋巴结构的免疫架构与功能机制 阴茎鳞状细胞癌组织样本及其中的三级淋巴结构、CD74⁺ B细胞、初始T细胞 空间转录组学 阴茎鳞状细胞癌 空间转录组学、单细胞RNA测序、bulk RNA测序、免疫组织化学 NA 空间转录组数据、单细胞转录组数据、bulk RNA-seq数据、组织图像 未明确说明具体样本数量 NA 空间转录组学, 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
952 2025-12-04
Role of Mitophagy in Ischemia-Reperfusion Renal Injury: New Insights from Bioinformatics Analysis
2025-Oct-30, Nephron IF:2.3Q2
研究论文 本研究通过生物信息学分析结合单细胞测序,探讨了线粒体自噬在缺血再灌注肾损伤中的作用,并识别了关键基因SLC3A2作为潜在治疗靶点 结合转录组测序、单细胞测序和机器学习算法,筛选出与线粒体自噬相关的差异表达基因SLC3A2和TXN,并通过多层面实验验证了SLC3A2在缺血再灌注肾损伤中的关键作用 研究中TXN在细胞实验中的结果与先前分析相反,表明可能存在未考虑的调控机制或实验条件差异 阐明线粒体自噬在急性肾损伤(AKI)发病机制中的分子相互作用,以开发新的治疗策略 缺血再灌注损伤(IRI)相关的急性肾损伤(AKI) 生物信息学 急性肾损伤 转录组测序,单细胞测序,生物信息学分析,机器学习算法 机器学习算法(未指定具体类型) 转录组数据,单细胞数据 未明确指定样本数量,但涉及体外实验、体内大鼠实验和临床AKI病例 NA 单细胞测序,转录组测序 NA NA
953 2025-12-04
Coxiella burnetii Strains Elicit Distinct Inflammatory Responses in Human Macrophages
2025-Oct-29, Pathogens (Basel, Switzerland)
研究论文 本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序,揭示了不同毒力的贝氏柯克斯体菌株在人巨噬细胞中引发差异化的炎症反应和极化状态 首次系统比较了不同毒力贝氏柯克斯体菌株在人肺泡巨噬细胞和THP-1细胞中引发的宿主转录组反应异质性,并揭示了菌株特异性和细胞特异性因素在塑造宿主免疫中的重要性 研究主要基于体外细胞模型,未在动物模型或临床样本中验证;单细胞RNA测序仅针对NMII菌株感染的THP-1细胞 阐明贝氏柯克斯体不同菌株与宿主巨噬细胞相互作用的分子机制,为Q热的靶向治疗提供依据 人肺泡巨噬细胞(hAMs)和THP-1巨噬细胞系 感染免疫学 Q热 RNA测序(RNA-seq), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 细胞因子检测 NA 转录组数据, 单细胞转录组数据 未明确样本数量,使用人肺泡巨噬细胞和THP-1细胞系进行感染实验 NA RNA测序, 单细胞RNA测序 NA NA
954 2025-12-04
Discovery of disease-associated cellular states using ResidPCA in single-cell RNA and ATAC sequencing data
2025-Oct-27, HGG advances
研究论文 本文介绍了一种名为ResidPCA的鲁棒方法,用于在单细胞RNA和ATAC测序数据中发现疾病相关的细胞状态 ResidPCA通过显式建模细胞类型异质性,在检测跨多种细胞类型表达的状态时,比传统PCA和NMF方法具有更高的准确性 NA 推进对单细胞测序数据中疾病相关细胞异质性的理解 小鼠视觉皮层细胞和阿尔茨海默病队列的单细胞数据 机器学习 阿尔茨海默病 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 PCA 单细胞RNA和ATAC测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq NA NA
955 2025-12-04
Decoding the human PBMC isonome: Isoform-level resolution with single-cell long-read transcriptomics
2025-Oct-16, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究利用单细胞长读长转录组学技术,解码了人类外周血单个核细胞的异构体组,实现了异构体水平的分辨率 通过改进的PIPseq工作流程和计算管道,生成了迄今为止最大的人类PBMC长读长单细胞数据集,并发现了128个新异构体,其中一些具有细胞类型特异性模式 NA 理解人类健康和疾病在异构体水平上的细胞多样性和疾病机制 人类外周血单个核细胞(PBMCs) 单细胞转录组学 NA 单细胞长读长RNA测序 NA 转录组数据 NA Oxford Nanopore 单细胞RNA-seq NA Oxford Nanopore长读长测序
956 2025-12-04
Induction of menstruation in mice reveals the regulation of menstrual shedding
2025-Oct-09, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过转基因小鼠模型模拟人类月经过程,揭示了子宫内膜周期性脱落与再生的空间调控机制 首次建立能重现人类月经关键特征的转基因小鼠模型,并利用单细胞空间转录组学定义了驱动子宫内膜分层和脱落的空间调控成纤维细胞分化新范式 转基因小鼠模型与人类自然月经过程仍存在生理差异,且研究主要关注成纤维细胞分化机制,其他细胞类型的作用有待进一步探索 研究月经过程中子宫内膜选择性脱落的调控机制 转基因小鼠子宫内膜组织 空间转录组学 妇科生理 单细胞空间转录组学、化学遗传学激活 转基因小鼠模型 空间转录组数据 NA NA 单细胞空间转录组学 NA NA
957 2025-09-18
Author Correction: Spatial transcriptomics reveals the distinct organization of mouse prefrontal cortex and neuronal subtypes regulating chronic pain
2025-Oct, Nature neuroscience IF:21.2Q1
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
958 2025-12-04
Identification of novel biomarkers and drug targets for frailty-related skeletal muscle aging: a multi-omics study
2025-Sep-01, QJM : monthly journal of the Association of Physicians
研究论文 本研究通过多组学方法识别了与衰弱相关骨骼肌衰老的新型生物标志物和药物靶点 首次发现24个生物标志物基因,并利用单细胞RNA测序数据集揭示内皮细胞在肌肉退化中的关键作用 NA 早期检测和治疗干预衰弱相关骨骼肌衰老 人类骨骼肌 机器学习 老年疾病 转录组学,单细胞RNA测序 机器学习预测模型 转录组数据,单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
959 2025-12-04
APOBEC3B Promotes SARS-CoV-2 Through Activation of PKR/eIF2⍺ and AMPD2 Dysregulation
2025-Aug-28, Viruses
研究论文 本研究揭示了APOBEC3B通过激活PKR/eIF2α通路和调控AMPD2表达,在SARS-CoV-2感染中发挥促病毒作用 首次发现A3B在重症COVID-19患者中过表达,并通过整合应激反应和嘌呤代谢调控网络促进SARS-CoV-2感染 研究主要基于细胞模型和测序数据,缺乏体内实验验证;不同细胞系中A3B的作用机制存在差异 阐明APOBEC3B在SARS-CoV-2感染中的分子机制及其与COVID-19严重程度的关联 支气管肺泡灌洗液细胞、Caco-2细胞、A549-ACE2细胞、重症与轻症COVID-19患者样本 生物信息学 COVID-19 单细胞RNA测序、批量RNA测序、基因敲降、机器学习预测 Transformer(Geneformer) RNA测序数据、临床样本数据 未明确样本数量,包括重症与轻症COVID-19患者的BALF细胞及多种细胞系 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
960 2025-12-04
Enhanced M2 Polarization of Retinal Microglia in Streptozotocin-Induced Diabetic Mice upon Autoimmune Stimulation
2025-Aug-22, Biomedicines IF:3.9Q1
研究论文 本研究探讨了糖尿病环境对实验性自身免疫性葡萄膜视网膜炎(EAU)发展的影响以及眼内小胶质细胞的激活状态 首次在链脲佐菌素诱导的糖尿病小鼠模型中,结合单细胞RNA测序技术,揭示了糖尿病环境下小胶质细胞向抗炎M2表型极化的转变及其对EAU的抑制作用 研究仅基于小鼠模型,未在人类样本中验证,且糖尿病模型的特定诱导方式可能影响结果的普适性 探究糖尿病环境如何影响自身免疫性疾病EAU的发病机制及小胶质细胞的激活状态 野生型小鼠和链脲佐菌素诱导的糖尿病小鼠 数字病理学 糖尿病 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术、免疫组织化学、眼底镜检查、光学相干断层扫描(OCT) NA 基因表达数据、图像数据 未明确指定样本数量,但涉及野生型和糖尿病小鼠组 NA 单细胞RNA测序 NA NA
回到顶部