单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 29949 篇文献，本页显示第 941 - 960 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 941 | 2025-07-17 |
Strain-Specific Tropism and Transcriptional Responses of Enterovirus D68 Infection in Human Spinal Cord Organoids
2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.27.661907
PMID:40666885
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了人类脊髓类器官中肠道病毒D68（EV-D68）感染的细胞趋向性和转录反应 | 首次在人类脊髓类器官模型中揭示了EV-D68不同毒株的细胞趋向性差异及其宿主转录反应 | 研究仅使用了体外类器官模型，可能无法完全模拟体内感染情况 | 探究EV-D68感染导致急性弛缓性脊髓炎（AFM）的潜在机制 | 人类脊髓类器官（hSCOs） | 神经生物学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 人类诱导多能干细胞（iPSCs）衍生的脊髓类器官模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量，使用了两种EV-D68毒株（B2和B3）感染的人类脊髓类器官 |
| 942 | 2025-07-17 |
EVscope: A Comprehensive Bioinformatics Pipeline for Accurate and Robust Analysis of Total RNA Sequencing from Extracellular Vesicles
2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.24.660984
PMID:40666973
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研究论文 | 介绍了一个名为EVscope的开源生物信息学流程，专门用于处理EV RNA-seq数据集，以提高RNA生物标志物和细胞间通讯研究的准确性和鲁棒性 | EVscope采用优化的全基因组期望最大化（EM）算法，显著提高了单碱基分辨率下的多映射读取分配，并首次生成基于EM的BigWig文件用于下游分析 | 未明确提及具体限制，但可能涉及对特定RNA类型的分析能力或对参考数据集的依赖 | 开发一个标准化的计算工作流程，以确保EV RNA测序数据的质量控制和特征分析 | 细胞外囊泡（EV）RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | EM算法 | RNA测序数据 | NA |
| 943 | 2025-07-17 |
Uncovering the Regional and Cell Specific Bioactivity of Injectable Extracellular Matrix Biomaterials in Myocardial Infarction through Spatial and Single Nucleus Transcriptomics
2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.25.661525
PMID:40667036
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研究论文 | 通过空间转录组学和单核RNA测序技术，研究可注射细胞外基质生物材料在心肌梗死中的区域和细胞特异性生物活性 | 首次将单细胞和空间分辨转录组学应用于探究生物材料支架在心脏中的治疗活性 | 未提及具体样本量或实验设计的详细限制 | 揭示ECM水凝胶在心肌梗死治疗中的区域和细胞特异性生物活性 | 心肌梗死模型中的细胞外基质生物材料 | 生物医学工程 | 心血管疾病 | 空间转录组学、单核RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 944 | 2025-07-17 |
Genital herpes shedding episodes associate with alterations in the spatial organization and activation of mucosal immune cells
2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.24.661157
PMID:40667113
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研究论文 | 本文研究了HSV-2感染对宫颈阴道道免疫的影响，通过流式细胞术、免疫荧光成像、可溶性免疫因子分析和空间转录组学等方法，分析了232名HSV-2血清阳性和阴性参与者的样本 | 首次利用空间转录组学技术定义了HSV-2脱落期间阴道黏膜免疫细胞亚群的空间分布和局部基因表达变化 | 研究样本量相对有限，且未探讨长期HSV-2感染对免疫系统的累积影响 | 探究HSV-2感染对宫颈阴道道免疫系统的影响 | HSV-2血清阳性和阴性参与者的宫颈阴道组织和血液样本 | 免疫学 | 生殖器疱疹 | 流式细胞术, 免疫荧光成像, 可溶性免疫因子分析, 空间转录组学 | NA | 组织样本, 血液样本, 基因表达数据 | 232名HSV-2血清阳性和阴性参与者 |
| 945 | 2025-07-17 |
Personalized Gut-Liver Microphysiological System Maps Donor-Specific Tissue-Resident Immunity and Reveals a Conserved Metabolic Crosstalk
2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.05.652244
PMID:40667172
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研究论文 | 本研究构建了一个个性化的肠道-肝脏微生理系统（MPS），用于模拟个体特异的组织驻留免疫（TRI）特征，并揭示了一种保守的代谢互作 | 首次构建了个性化的肠道-肝脏微生理系统，结合原代结肠上皮细胞、肝细胞和自体CD45⁺ TRI细胞，揭示了TRI的个体差异和保守的代谢互作 | 研究仅涉及两名供体的样本，样本量较小 | 探索个体特异的组织驻留免疫特征及其在免疫代谢疾病中的作用 | 肠道和肝脏的组织驻留免疫细胞及其代谢互作 | 免疫代谢 | 免疫代谢疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 微生理系统（MPS） | 单细胞转录组数据 | 两名供体的原代结肠上皮细胞、肝细胞和自体CD45⁺ TRI细胞 |
| 946 | 2025-07-17 |
Taurine Transporter SLC6A6 Expression Promotes Mesenchymal Stromal Cell Function
2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.24.661367
PMID:40667251
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研究论文 | 本文研究了牛磺酸转运体SLC6A6在间充质基质细胞（MSC）功能中的作用 | 发现SLC6A6表达在MSC中富集，并揭示了牛磺酸摄取通过Wnt/β-catenin信号通路调控MSC的维持和成骨命运决定 | 研究主要基于小鼠模型，人类MSC的研究样本量较小 | 探究牛磺酸转运体SLC6A6对间充质基质细胞功能的影响 | 小鼠和人类的间充质基质细胞（MSC） | 细胞生物学 | 骨缺陷 | 单细胞RNA测序、shRNA敲低、RNA测序分析 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据 | 小鼠模型和原代人类MSCs |
| 947 | 2025-07-17 |
Stiffness sensing fuels matrix-driven metabolic reboot for kidney repair and regeneration
2025-Jun-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.22.660927
PMID:40667238
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研究论文 | 该研究揭示了Mfap2在肾脏修复过程中作为细胞外基质动态和机械信号传导的关键调节因子，连接组织硬度与代谢重编程 | 首次将Mfap2定位为ECM动态和机械信号传导的关键调节因子，并揭示了其通过Esr2介导的转录抑制影响肾脏代谢和修复的机制 | 研究主要基于动物模型，尚未在人类肾脏损伤中进行验证 | 探索急性肾损伤后肾脏修复的细胞外基质驱动机制 | 肾脏修复过程中的成纤维细胞、周细胞和肾小管细胞 | 组织工程与再生医学 | 急性肾损伤 | 组织工程、遗传和药理学模型、多组学分析、全局蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、空间转录组学 | NA | 蛋白质组数据、转录组数据 | NA |
| 948 | 2025-07-17 |
A pair-rule-like transcription network coordinates neural tube closure in a proto-vertebrate
2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.18.660479
PMID:40666853
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研究论文 | 本研究揭示了在原始脊椎动物中，一种类似于对偶规则的转录网络如何协调神经管闭合的过程 | 发现了一个涉及特定基因的转录回路，该回路通过动态表达模式调控神经管闭合过程中的细胞行为 | 研究主要基于原始脊椎动物模型，结果在高等脊椎动物中的普适性尚待验证 | 探究神经管闭合过程中转录程序如何协调细胞行为 | 原始脊椎动物（被囊动物）的神经管闭合过程 | 发育生物学 | NA | HCR杂交、单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 949 | 2025-07-17 |
Spatial isoform sequencing at sub-micrometer single-cell resolution reveals novel patterns of spatial isoform variability in brain cell types
2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.25.661563
PMID:40667010
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研究论文 | 本文开发了一种名为Spl-ISO-Seq2的空间长读技术及其配套软件，用于在亚微米单细胞分辨率下研究小鼠大脑中空间异构体的变异性 | 开发了220nm点大小和500nm分辨率的Spl-ISO-Seq2技术及其配套软件Spl-IsoQuant-2和Spl-IsoFind，首次在单细胞水平揭示了大脑细胞类型中空间异构体的新变异性模式 | 技术尚未达到纳米级分辨率，可能影响对更细微空间变异的检测 | 研究大脑细胞类型中空间异构体的变异性模式 | 成年小鼠大脑中的细胞类型，特别是少突胶质细胞和兴奋性神经元 | 空间转录组学 | NA | Spl-ISO-Seq2, 空间长读技术 | NA | 空间转录组数据 | 成年小鼠大脑样本 |
| 950 | 2025-07-17 |
MYD88 mutations in clonal hematopoiesis promote inflammation and hematopoietic stem cell expansion
2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.19.660202
PMID:40667002
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研究论文 | 该研究探讨了MYD88突变在克隆造血中的作用及其对炎症和造血干细胞扩增的影响 | 揭示了MYD88突变在克隆造血中的功能增益作用及其通过激活先天免疫通路促进造血干细胞扩增的机制 | 未明确MYD88突变在不同类型癌症中的具体作用机制 | 研究MYD88突变在克隆造血中的作用及其与炎症和造血干细胞扩增的关系 | 造血干细胞和祖细胞(HSPCs) | 血液学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因测序数据 | 普通人群和新诊断的实体癌患者血液样本 |
| 951 | 2025-07-17 |
Tumor Cells Enriched for Interferon and Inflammatory Programs Pre-Exist in High Grade Serous Ovarian Cancer and are Proportionately Significantly Increased Post Chemotherapy
2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.24.661404
PMID:40667229
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析化疗前后高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）肿瘤细胞的转录组变化，揭示了干扰素和炎症基因特征在化疗后的显著增加 | 首次在HGSOC中发现了化疗前后干扰素和炎症基因特征的变化，并揭示了这些变化与内源性逆转录转座子LINE1的去抑制和先天免疫激活相关 | 样本量较小（7对匹配肿瘤），且仅关注了HGSOC，未涉及其他类型的卵巢癌 | 探索化疗后HGSOC肿瘤细胞的转录组变化及其潜在的生物学机制 | 高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）肿瘤细胞 | 癌症生物学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫荧光成像 | NA | 单细胞转录组数据、图像数据 | 7对匹配的化疗前后肿瘤样本，以及超过130个未经治疗的肿瘤样本 |
| 952 | 2025-07-17 |
A spatial atlas of chemoradiation therapy in pancreatic cancer identifies cellular and microenvironmental determinants of persister populations
2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.20.660757
PMID:40667350
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研究论文 | 本研究构建了胰腺导管腺癌（PDAC）在放射治疗（RT）下的转录组景观，揭示了细胞亚型和空间解析的微环境，并开发了一种新的统计方法SpaCCI来分析细胞间相互作用 | 开发了SpaCCI方法用于空间数据中细胞类型混合物的分析，揭示了CXCL12/TGFβ驱动的持久性细胞生态位及其对RT的适应性机制 | 样本量相对较小（50例患者样本），且研究结果需要在更大的队列中进行验证 | 阐明PDAC对RT的适应性机制和细胞间相互作用 | 胰腺导管腺癌（PDAC）患者样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | SpaCCI | 转录组数据 | 50例患者样本（16例纵向匹配的单细胞RNA测序样本和34例空间转录组样本） |
| 953 | 2025-07-17 |
The transcriptome of playfulness is sex biased in the juvenile rat medial amygdala: A role for inhibitory neurons
2025-Jun-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115782
PMID:40478737
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研究论文 | 本研究探讨了幼年大鼠内侧杏仁核中与玩耍行为相关的转录组性别差异，并发现抑制性神经元在这一性别差异中起主要作用 | 首次揭示了幼年大鼠内侧杏仁核中与玩耍行为相关的转录组性别差异，并确定抑制性神经元是驱动这一差异的关键因素 | 研究仅在大鼠中进行，结果是否适用于其他物种尚不清楚 | 探索玩耍行为性别差异的分子机制 | 幼年大鼠的内侧杏仁核 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 未明确说明样本数量，研究对象为幼年大鼠 |
| 954 | 2025-07-17 |
Immunosuppressive Tumor Microenvironment of Osteosarcoma
2025-Jun-24, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17132117
PMID:40647416
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，揭示了骨肉瘤的免疫抑制微环境及其关键细胞类型和相互作用 | 首次在骨肉瘤中系统描述了免疫抑制微环境的细胞组成和相互作用机制，特别是MDSCs与其他细胞的相互作用导致NF-κB上调 | 样本量较小（12个活检样本），可能需要更大规模的研究验证发现 | 深入理解骨肉瘤的免疫微环境特征及其在肿瘤进展中的作用 | 骨肉瘤肿瘤活检样本 | 肿瘤免疫学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 细胞-细胞通讯模型 | RNA测序数据 | 12个骨肉瘤活检样本（6个新测序+6个已发表） |
| 955 | 2025-07-17 |
Developmental Plasticity and Stromal Co-option Shape a Pituitary Neuroendocrine Tumor Transcriptional Continuum
2025-Jun-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.18.659743
PMID:40666832
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research paper | 该研究通过单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了垂体神经内分泌肿瘤（PitNETs）的细胞起源、分子异质性和微环境相互作用 | 发现了正常和肿瘤组织中多激素神经内分泌细胞的存在，揭示了垂体神经内分泌肿瘤的转录连续性和细胞起源的多样性，挑战了传统的分类方法 | 研究样本量虽大，但可能仍不足以涵盖所有类型的PitNETs，且空间转录组学的分辨率有限 | 解析垂体神经内分泌肿瘤的细胞起源、分子异质性和微环境相互作用 | 人类正常垂体和垂体神经内分泌肿瘤 | digital pathology | pituitary neuroendocrine tumors | 单核RNA测序（snRNA-seq）, 空间转录组学 | NA | RNA序列数据, 空间转录组数据 | 419,874个细胞来自人类正常垂体和PitNETs |
| 956 | 2025-07-17 |
Spatially defined multicellular functional units in colorectal cancer revealed from single cell and spatial transcriptomics
2025-Jun-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2022.10.02.508492
PMID:40667258
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了结直肠癌中空间定义的多细胞功能单元 | 结合单细胞RNA-seq、Slide-seq空间转录组学和多重RNA分析，创建了健康和异常结肠细胞生态系统的详细空间图谱，并发现了细胞邻域的组织方式 | 研究主要基于小鼠模型，虽然与人类数据有相关性，但直接应用于人类疾病仍需进一步验证 | 揭示结直肠癌中细胞的空间组织和功能相互作用 | 健康和异常结肠细胞生态系统 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA-seq, Slide-seq空间转录组学, 多重RNA分析 | NA | RNA-seq数据, 空间转录组数据 | 诱导性遗传CRC小鼠模型及人类CRC样本 |
| 957 | 2025-07-17 |
Spatial determinants of tumor cell dedifferentiation and plasticity in primary cutaneous melanoma
2025-Jun-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.21.660851
PMID:40667360
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研究论文 | 本研究通过整合高plex循环免疫荧光成像、空间转录组学和传统组织学方法，探讨了早期黑色素瘤中肿瘤细胞去分化和真皮侵袭的相关因素 | 揭示了早期黑色素瘤中肿瘤可塑性和空间异质性的早期出现，以及微环境局部特征对肿瘤异质性的影响 | 研究主要集中于早期原发性皮肤黑色素瘤，可能不适用于晚期或其他类型的黑色素瘤 | 探索早期黑色素瘤中肿瘤细胞去分化和侵袭的机制 | 原发性皮肤黑色素瘤 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 高plex循环免疫荧光成像(CyCIF)、空间转录组学、传统组织学 | NA | 图像、转录组数据 | 多个原发性癌症样本，每个样本分析100-300个细胞的微区域 |
| 958 | 2025-07-17 |
Cerebellum metastasis model of HER2-positive breast cancer unveils key role of IL34-induced Arg1+ macrophages
2025-Jun-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.17.660224
PMID:40666928
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研究论文 | 本研究开发了一种HER2阳性乳腺癌小脑转移的同源免疫活性小鼠模型，揭示了IL34诱导的Arg1+巨噬细胞在转移过程中的关键作用 | 首次开发了HER2阳性乳腺癌小脑转移的免疫活性小鼠模型，并发现IL34通过诱导Arg1+巨噬细胞促进转移生长 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证 | 探究HER2阳性乳腺癌小脑转移的机制并寻找潜在治疗靶点 | HER2阳性乳腺癌小脑转移 | 肿瘤学 | 乳腺癌 | 空间转录组学、MRI、光学成像 | 小鼠模型 | 影像数据、转录组数据 | 未明确说明小鼠数量 |
| 959 | 2025-07-17 |
QCatch: A framework for quality control assessment and analysis of single-cell sequencing data
2025-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.15.659779
PMID:40667252
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research paper | 介绍了一个名为QCatch的Python命令行工具，用于生成单细胞测序数据的全面交互式QC报告 | QCatch专门针对alevin-fry和simpleaf的输出设计，提供标准化的QC报告，并支持无缝集成到下游分析工作流中 | NA | 提高单细胞测序数据分析的质量控制水平 | 单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 测序数据 | NA |
| 960 | 2025-07-17 |
Spatial Transcriptomics Analysis Uncovers ER stress in MANF-deficient Purkinje Cells Underlying Alcohol-induced Cerebellar Vulnerability in Mice
2025-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.19.660571
PMID:40667236
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析揭示了MANF缺失的小鼠Purkinje细胞在酒精诱导下内质网应激的性别特异性机制 | 首次发现MANF蛋白在酒精诱导的Purkinje细胞ER应激中的保护作用及其性别差异 | 研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证 | 探究MANF蛋白在酒精诱导的Purkinje细胞ER应激中的保护机制 | MANF敲除小鼠的Purkinje细胞 | 神经科学 | 酒精性神经毒性 | 空间转录组学分析、高通量原位分析 | MANF敲除小鼠模型 | 基因表达数据、行为学数据 | 性别特异性MANF敲除小鼠群体 |