单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
941	2025-05-02	Unveiling fine-scale spatial structures and amplifying gene expression signals in ultra-large ST slices with HERGAST 2025-Apr-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59139-w PMID:40295488	研究论文	提出HERGAST系统，用于超大规模和高分辨率空间转录组数据的空间结构识别和信号放大	设计了Divide-Iterate-Conquer框架处理超大规模空间转录组数据，构建异构图网络结合局部和全局空间关系	未明确提及	提升超大规模空间转录组数据的分析能力	超大规模和高分辨率空间转录组数据	空间转录组学	结直肠癌, 乳腺癌	空间转录组学技术	异构图网络	空间转录组数据	未明确提及
942	2025-05-02	Disulfidptosis in tumor progression 2025-Apr-28, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02495-9 PMID:40295497	review	本文系统阐述了二硫键凋亡在肿瘤代谢重编程中的关键作用，重点关注其分子机制及与其他细胞死亡途径的区别	通过整合多组学数据和单细胞转录组学，全面解析了二硫键凋亡相关基因的异质性表达模式及其与免疫微环境重塑的动态相互作用	NA	探讨二硫键凋亡在肿瘤进展中的作用及其在精准肿瘤学中的潜在应用	二硫键凋亡相关基因（DRGs）和二硫键凋亡相关长链非编码RNA（DRLs）	肿瘤学	肿瘤	多组学数据整合、单细胞转录组学	NA	多组学数据、单细胞转录组数据	NA
943	2025-05-02	DNA damage in proximal tubules triggers systemic metabolic dysfunction through epigenetically altered macrophages 2025-Apr-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59297-x PMID:40295524	研究论文	研究发现肾近端小管上皮细胞的DNA损伤通过表观遗传学改变的巨噬细胞引发全身代谢功能障碍	揭示了肾脏DNA损伤通过巨噬细胞的表观遗传学改变影响全身代谢的新机制	未明确DNA损伤如何具体导致巨噬细胞基因低甲基化的分子机制	探究肾近端小管上皮细胞DNA损伤对全身代谢功能的影响	肾近端小管上皮细胞、巨噬细胞、脂肪组织和肝脏	表观遗传学	代谢功能障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
944	2025-05-02	Single-nucleus RNA sequencing reveals a preclinical model for the most common subtype of glioblastoma 2025-Apr-28, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08092-x PMID:40295632	研究论文	通过单核RNA测序技术，研究了一种免疫活性小鼠模型中胶质母细胞瘤（GBM）及其肿瘤微环境（TME）的特征，并验证了该模型与人类GBM中最常见亚型的相似性	利用单核RNA测序（snRNA-seq）和Visium空间转录组学技术，首次在免疫活性小鼠模型中详细描述了GBM及其TME的特征，并识别了与神经回路整合、免疫逃逸和免疫抑制相关的关键靶点	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证，且样本量有限	探索胶质母细胞瘤（GBM）的肿瘤微环境（TME）特征，为开发新的治疗方法提供临床前模型	免疫活性小鼠模型中的胶质母细胞瘤（GBM）及其肿瘤微环境（TME）	数字病理学	胶质母细胞瘤	单核RNA测序（snRNA-seq）、Visium空间转录组学	免疫活性小鼠模型	RNA测序数据、空间转录组数据	未明确说明具体样本数量，但涉及不同阶段和处理的GBM干细胞
945	2025-05-02	Integrated spatial and single cell transcriptomics identifies PRKDC as a dual prognostic biomarker and therapeutic target in hepatocellular carcinoma 2025-Apr-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-98866-4 PMID:40295654	research paper	该研究通过整合空间转录组学和单细胞转录组学，揭示了PRKDC作为肝细胞癌（HCC）的双重预后生物标志物和治疗靶点	首次整合空间转录组学、单细胞转录组学和批量RNA-seq技术，揭示了PRKDC在HCC中的新角色及其与肿瘤免疫微环境的关联	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探索PRKDC在HCC预后和治疗中的潜在作用	肝细胞癌（HCC）组织和细胞系	digital pathology	liver cancer	spatial transcriptomics, scRNA-seq, bulk RNA-seq, CNV analysis	NA	RNA sequencing data, genomic data	HCC组织样本和细胞系（具体数量未明确说明）
946	2025-05-02	Unveiling the heterogeneity and immunotherapy potency of tumor-associated neutrophils in the tumor microenvironment of gastric cancer 2025-Apr-28, BMC gastroenterology IF:2.5Q2 DOI:10.1186/s12876-025-03920-0 PMID:40295944	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据集分析了胃癌肿瘤微环境中肿瘤相关中性粒细胞（TANs）的异质性及其与恶性胃上皮细胞的相互作用	揭示了TANs在胃癌肿瘤微环境中的异质性及其与恶性胃上皮细胞的相互作用模块，并发现RGS2在N4亚群中高表达，可能成为免疫治疗的潜在靶点	样本量较小（12个样本），且仅基于转录组数据，缺乏功能实验验证	探究胃癌肿瘤微环境中TANs的异质性及其免疫治疗潜力	胃癌肿瘤微环境中的肿瘤相关中性粒细胞（TANs）和恶性胃上皮细胞	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	12个样本（包括胃原发肿瘤、非肿瘤组织和转移性肿瘤）
947	2025-05-02	Characterization of T cells in the progression of dry eye disease using single-cell RNA sequencing in mice 2025-Apr-28, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02607-2 PMID:40296131	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究小鼠干眼病进展过程中T细胞的特征	首次使用单细胞RNA测序和CyTOF技术揭示干眼病中T细胞的动态变化及其功能状态	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全适用于人类	阐明T细胞在干眼病进展中的调控作用	小鼠干眼病模型中的T细胞	免疫学	干眼病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 飞行时间质谱流式细胞术(CyTOF)	NA	基因表达数据	小鼠干眼病模型在不同时间点(D3和D7)的样本
948	2025-05-02	Cardiac endothelial cells and cardiomyocytes alter their communication properties in diabetic mice 2025-Apr-28, Biological research IF:4.3Q1 DOI:10.1186/s40659-025-00602-9 PMID:40296165	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索了糖尿病小鼠心脏中心肌细胞和内皮细胞的异质性及其通讯特性	揭示了糖尿病心脏中内皮细胞和心肌细胞的异质性变化及其通讯网络的改变，特别是ANGPTL和SEMA4信号通路的增强	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类需要进一步验证	探索糖尿病心脏中心肌细胞和内皮细胞的异质性及其通讯特性	糖尿病小鼠心脏中的心肌细胞和内皮细胞	生物医学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	来自对照和链脲佐菌素诱导的糖尿病小鼠的心脏组织
949	2025-05-02	Unraveling the immune activation mechanisms of DAMPs in coronary artery disease through transcriptomic and single-cell analyses 2025-Apr-28, Cytokine IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.cyto.2025.156952 PMID:40306092	research paper	本研究通过转录组学和单细胞分析探讨了损伤相关分子模式（DAMPs）在冠状动脉疾病（CAD）中触发免疫激活的机制	揭示了P2RY14和IFIH1基因在CAD中的显著表达差异，以及免疫细胞（特别是T细胞和巨噬细胞）在CAD患者中的显著浸润和激活	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	探讨DAMPs在CAD中触发免疫激活的机制	冠状动脉疾病（CAD）患者和健康对照的RNA-seq和单细胞RNA-seq数据	生物信息学	心血管疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据	来自GSE202625、GSE242046和GSE159677数据集的数据
950	2025-05-02	Deciphering immune cell heterogeneity in vascular diseases: Insights from single-cell sequencing 2025-Apr-28, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114719 PMID:40306113	review	本文综述了单细胞测序技术在血管疾病中免疫细胞异质性研究的最新应用	系统总结了单细胞测序在血管疾病中的最新应用，突出了新发现的免疫细胞亚群及其相互作用和对血管病理的影响	文献中关于免疫细胞功能可塑性和时间动态的现有空白尚未完全解决	研究免疫细胞在血管疾病中的动态变化、功能状态和细胞间相互作用	血管疾病中的免疫细胞	digital pathology	cardiovascular disease	single-cell sequencing (SCS)	NA	NA	NA
951	2025-05-02	Novel biomarkers related to mitochondrial permeability transition driven-necrosis in hypertrophic cardiomyopathy 2025-Apr-28, Journal of cardiology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.jjcc.2025.04.008 PMID:40306461	research paper	本研究通过转录组学和孟德尔随机化分析，探索了与线粒体通透性转换驱动的坏死相关基因在肥厚型心肌病中的作用	首次结合转录组学和孟德尔随机化分析，识别出与肥厚型心肌病中线粒体通透性转换驱动坏死相关的两个关键基因ITGB2和STAT3	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	探索线粒体通透性转换驱动坏死相关基因与肥厚型心肌病的关联	肥厚型心肌病患者相关基因表达数据	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, mRNA-seq, 孟德尔随机化分析	NA	基因表达数据	三个GEO数据集(GSE36961, GSE141910, GSE174691)
952	2025-05-02	Distinct adipose progenitor cells emerging with age drive active adipogenesis 2025-Apr-25, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adj0430 PMID:40273250	研究论文	研究揭示了中年时期脂肪祖细胞（APCs）在促进内脏脂肪生成中的关键作用	发现了一种新型的脂肪祖细胞亚群CP-A，其在中年时期显著增加并驱动活跃的脂肪生成	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	探究年龄依赖性脂肪重塑的分子机制及其与代谢疾病的关联	小鼠脂肪祖细胞（APCs）	细胞生物学	代谢疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
953	2025-05-02	Prunella vulgaris: A potential molecule for the treatment of hepatocellular carcinoma 2025-Apr-25, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042267 PMID:40295240	研究论文	本研究评估了夏枯草（PV）在肝细胞癌（HCC）治疗中的潜力及其分子机制	首次系统性地识别了PV在HCC治疗中的关键生物活性成分及其分子机制，并提出了这些靶点作为新型生物标志物的潜力	研究主要基于体外实验，未来需要在体内实验和临床研究中进一步验证	探索夏枯草（PV）在肝细胞癌（HCC）治疗中的潜力及其分子机制	夏枯草（PV）的活性成分及其对HCC的作用靶点	药物发现	肝细胞癌	单细胞RNA测序、分子对接、体外实验	NA	基因表达数据	185个药物靶点和635个HCC相关靶点
954	2025-05-02	scRNA-seq reveals an immune microenvironment and JUN-mediated NK cell exhaustion in relapsed T-ALL 2025-Apr-25, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102098 PMID:40306275	research paper	通过单细胞转录组分析揭示T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）复发患者的骨髓免疫微环境及JUN介导的NK细胞耗竭	首次在复发性T-ALL患者中鉴定出13种主要细胞簇，发现JUN作为维持T-ALL增殖的关键因子，并证实JUN抑制剂可有效杀伤白血病细胞并改善NK细胞耗竭	研究主要基于细胞系和小鼠模型，临床样本验证仍需进一步扩大	探究T-ALL复发的免疫微环境机制及潜在治疗靶点	T-ALL患者骨髓免疫微环境中的细胞亚群（特别是HSCs、GMPs、CD4 T、CD8 T和NK细胞）	digital pathology	leukemia	scRNA-seq	CDX/PDX/NOTCH1突变小鼠模型	单细胞转录组数据	T-ALL患者样本（未明确数量）+ 三种动物模型
955	2025-05-02	Ferroptosis and low-grade Glioma: The breakthrough potential of NUAK2 2025-Apr-24, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.04.035 PMID:40286882	研究论文	本研究探讨了铁死亡相关基因（FRGs）在低级别胶质瘤（LGG）预后和肿瘤微环境调控中的作用，特别关注NUAK2基因的关键作用	首次全面分析了FRGs在LGG中的预后价值，并发现NUAK2基因在肿瘤进展和免疫逃逸中的关键调控作用	研究结果需要在更大的队列中进行验证，NUAK2的临床应用潜力有待进一步探索	探索铁死亡相关基因在低级别胶质瘤预后和治疗中的作用	低级别胶质瘤患者和肿瘤微环境	肿瘤基因组学	低级别胶质瘤	多组学数据分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、伪时间轨迹分析	NA	基因组数据、转录组数据	来自TCGA、CGGA和GEO数据库的多组学数据
956	2025-05-02	Response of astrocytes and their interaction with surrounding brain cells after acute ischemia-reperfusion analyzed by single-cell transcriptome sequencing 2025-Apr-24, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2025.111355 PMID:40286940	研究论文	通过单细胞转录组测序分析急性缺血再灌注后星形胶质细胞的反应及其与周围脑细胞的相互作用	揭示了星形胶质细胞在缺血再灌注后的异质性及其与周围脑细胞的通讯机制，并识别了潜在的9个治疗靶点基因和6个特异性抵抗缺血再灌注损伤的基因	研究仅关注了缺血再灌注后12小时的时间点，未涵盖其他时间段的动态变化	揭示星形胶质细胞在缺血性中风中的抗损伤反应机制	小鼠星形胶质细胞及其与周围脑细胞的相互作用	单细胞转录组学	缺血性中风	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）	NA	转录组数据	NA
957	2025-05-02	Single-cell RNA and TCR repertoire analysis identify markers of virus-specific T cells 2025-Apr-23, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152904 PMID:40305898	研究论文	通过单细胞RNA和TCR库分析识别病毒特异性T细胞的标记物	发现了七个上调基因作为增殖抗原特异性T细胞的标记物，用于早期识别病毒抗原反应性T细胞	研究仅针对CMV和EBV肽，可能不适用于其他病毒或抗原	识别抗原特异性T细胞的生物标记物，以改进过继性细胞疗法	健康供体的外周血单个核细胞和CD3/CD8 T细胞	免疫学	病毒感染	单细胞RNA测序、TCR库分析、CFSE染色	NA	RNA-seq数据、TCR序列数据	健康供体的外周血单个核细胞
958	2025-05-02	Vitamin A treatment restores vision failures arising from Leber's hereditary optic neuropathy-linked mtDNA mutation 2025-Apr-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.188962 PMID:40036074	research paper	该研究探讨了维生素A治疗对Leber遗传性视神经病变（LHON）相关mtDNA突变引起的视力障碍的恢复作用	揭示了LHON相关mtDNA突变导致视网膜细胞特异性缺陷的机制，并首次证明维生素A补充能显著改善视网膜功能和结构	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探索LHON相关mtDNA突变的视网膜细胞特异性效应机制并寻找有效治疗方法	携带LHON相关ND6P25L突变的小鼠模型	mitochondrial retinopathy	Leber hereditary optic neuropathy (LHON)	single-cell RNA sequencing, electrophysiological analysis	mouse model	RNA sequencing data, electrophysiological data, morphological data	未明确说明小鼠数量
959	2025-05-02	SGTB: A graph representation learning model combining transformer and BERT for optimizing gene expression analysis in spatial transcriptomics data 2025-Apr-21, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108482 PMID:40306096	研究论文	提出了一种结合Transformer和BERT的图表示学习模型SGTB，用于优化空间转录组学数据中的基因表达分析	整合了图卷积网络（GCN）、Transformer和BERT语言模型，以优化空间转录组学数据的表示能力	未提及具体的数据集或实验规模限制	优化空间转录组学数据的表示能力，提高细胞类型分类和基因调控网络构建等任务的准确性	空间转录组学数据	数字病理学	NA	空间转录组学（ST）	GCN, Transformer, BERT	基因表达矩阵	NA
960	2025-05-02	Spatial transcriptomics delineates potential differences in intestinal phenotypes of cardiac and classical necrotizing enterocolitis 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112166 PMID:40201118	研究论文	通过空间转录组学比较心脏性和经典坏死性小肠结肠炎（NEC）的肠道表型差异	首次使用空间转录组学揭示心脏性和经典NEC在免疫和上皮细胞层面的通路和网络差异	样本量较小，未明确说明具体样本数量	探究心脏性和经典坏死性小肠结肠炎的潜在病理机制差异	坏死性小肠结肠炎患者的回肠组织	数字病理学	坏死性小肠结肠炎	空间转录组学	NA	转录组数据	NA