单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
941	2025-04-17	Female-biased vascular smooth muscle cell gene regulatory networks predict MYH9 as a key regulator of fibrous plaque phenotype 2025-Apr-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.28.645955 PMID:40236025	research paper	该研究通过性别特异性基因调控网络分析，揭示了女性血管平滑肌细胞在纤维斑块形成中的分子机制	首次构建了女性偏向的血管平滑肌细胞基因调控网络，并鉴定MYH9为纤维斑块表型的关键调控因子	样本量相对较小（119名男性和32名女性心脏移植供体），且仅分析了冠状动脉和颈动脉斑块	探究动脉粥样硬化斑块性别差异的分子机制	血管平滑肌细胞(VSMC)和动脉粥样硬化斑块	分子生物学	心血管疾病	基因调控网络分析、单细胞RNA测序、贝叶斯网络建模、蛋白质组学分析	贝叶斯网络	基因表达数据、单细胞RNA测序数据、蛋白质表达数据	119名男性和32名女性心脏移植供体的VSMC基因表达数据，以及颈动脉斑块单细胞RNA测序数据
942	2025-04-17	The essential role of connective-tissue cells during axolotl limb regeneration 2025-Apr-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.30.645595 PMID:40236065	research paper	该研究探讨了结缔组织细胞在蝾螈肢体再生过程中的关键作用	通过空间转录组学技术揭示了结缔组织细胞在再生芽基中的占比及其分子特征	未详细探讨其他类型细胞在再生过程中的具体作用	研究蝾螈肢体再生的细胞机制	蝾螈及其肢体再生过程中的结缔组织细胞	发育生物学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
943	2025-04-17	Single-cell RNA sequencing reveals sex differences in the subcellular composition and associated gene-regulatory network activity of human carotid plaques 2025-Apr, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00628-y PMID:40211055	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了人类颈动脉斑块在亚细胞组成及相关基因调控网络活性上的性别差异	首次在单细胞水平上揭示了颈动脉斑块中性别特异的亚细胞表型和基因调控网络差异	样本量相对有限(7690个细胞)，且仅针对颈动脉斑块	探究动脉粥样硬化斑块中性别差异的细胞和分子机制	人类颈动脉斑块细胞	单细胞组学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	基因调控网络(GRN)分析	单细胞转录组数据	7,690个颈动脉斑块细胞(来自男女患者)
944	2025-04-17	Predicting Prognosis and Immunotherapy Response in Glioblastoma (GBM) With a 5-Gene CAF-Risk Signature 2025-Apr, Cancer reports (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/cnr2.70158 PMID:40226936	research paper	本研究通过开发和验证一个5基因CAF风险签名，探讨了癌症相关成纤维细胞（CAF）在胶质母细胞瘤（GBM）中的作用及其与免疫浸润和免疫治疗反应的相关性	首次构建了一个5基因CAF风险签名，用于预测GBM患者的预后和免疫治疗反应，并揭示了CAF在GBM中的潜在作用机制	研究主要基于公共数据库的回顾性分析，缺乏前瞻性临床验证	探究CAF在GBM中的作用及其与免疫治疗反应的关系	胶质母细胞瘤（GBM）患者	digital pathology	glioblastoma	WGCNA, LASSO Cox回归分析, GSEA, ssGSEA, scRNA-seq	5-gene CAF-risk signature	mRNA表达谱和临床数据	来自两个数据库的GBM样本
945	2025-04-17	Single-cell RNA Sequencing Contributes to the Treatment of Acute Myeloid Leukaemia With Hematopoietic Stem Cell Transplantation, Chemotherapy, and Immunotherapy 2025-Apr, Journal of biochemical and molecular toxicology IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jbt.70218 PMID:40233268	research paper	该文章探讨了单细胞RNA测序在急性髓系白血病治疗中的应用，特别是在造血干细胞移植、化疗和免疫治疗中的作用	利用单细胞RNA测序技术识别细胞亚克隆和肿瘤特征，为AML的诊断和治疗提供了新的靶点	未提及具体样本量或实验设计的局限性	提高急性髓系白血病的治疗效果，特别是通过造血干细胞移植、化疗和免疫治疗	急性髓系白血病（AML）患者及其造血干细胞	digital pathology	acute myeloid leukemia	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
946	2025-04-17	Tracing Early Migratory Neurons in the Developing Nose Using Contactin-2 (Cntn2)CreERT2 2025-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.27.645843 PMID:40236046	research paper	该研究通过生成可诱导的Cntn2CreERT2小鼠系，追踪发育中嗅觉系统的早期迁移神经元	利用Cntn2作为分子标记，开发了新的小鼠系来追踪和研究早期迁移神经元	研究中可用的分子标记数量有限，可能限制了更广泛的神经元群体研究	研究发育中嗅觉系统早期迁移神经元的追踪和功能操控	啮齿动物发育中的鼻子早期迁移神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序，可诱导CreERT2系统	Cntn2CreERT2小鼠模型	基因表达数据	NA
947	2025-04-17	Expansion of OSMR expression and signaling in the human dorsal root ganglion links OSM to neuropathic pain 2025-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.26.645611 PMID:40236060	研究论文	该研究通过RNA测序和免疫组织化学方法，揭示了OSM-OSMR信号通路在人类背根神经节中的表达及其与神经病理性疼痛的关联	首次在人类背根神经节中广泛检测到OSMR的表达，并证实OSM通过MAPK信号通路直接激活感觉神经元，与神经病理性疼痛相关	研究主要基于体外实验和RNA测序数据，缺乏在体实验验证	探究OSM-OSMR信号通路在人类感觉神经元中的表达及其在神经病理性疼痛中的作用	人类背根神经节(hDRG)及感觉神经元	神经科学	神经病理性疼痛	RNA测序、免疫组织化学、膜片钳电生理、CRISPR编辑	NA	RNA-seq数据、电生理数据	未明确说明样本数量，使用人类背根神经节组织及培养的感觉神经元
948	2025-04-17	Loss of Kmt2c / d promotes gastric cancer initiation and confers vulnerability to mTORC1 inhibition and anti-PD1 immunotherapy 2025-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.27.645747 PMID:40236091	研究论文	本研究探讨了Kmt2c/d缺失在胃癌起始中的作用及其对mTORC1抑制和抗PD1免疫治疗的敏感性	揭示了Kmt2c/d缺失在胃癌起始中的关键作用，并提出了针对Kmt2c/d缺失胃癌的潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型，结果在人类胃癌中的适用性需要进一步验证	探究Kmt2c/d在胃癌起始中的作用及其治疗潜力	胃癌上皮细胞	癌症研究	胃癌	基因敲除小鼠模型、单细胞RNA测序	基因工程小鼠模型	基因表达数据、组织学图像	基因敲除小鼠模型中的胃癌组织
949	2025-04-17	mcDETECT: Decoding 3D Spatial Synaptic Transcriptomes with Subcellular-Resolution Spatial Transcriptomics 2025-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.27.645744 PMID:40236251	研究论文	介绍了一种名为mcDETECT的新框架，用于解码3D空间突触转录组	整合机器学习算法和空间转录组学（iST）与靶向基因面板，研究突触	NA	揭示神经退行性疾病的分子机制	突触	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组学（iST）	机器学习算法	3D空间转录组数据	多平台数据（Xenium, Xenium 5K, MERSCOPE, CosMx）
950	2025-04-17	The tectum transversum(TTR) maintains patency of the developing coronal suture 2025-Mar-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.30.646197 PMID:40236170	研究论文	本研究探讨了横跨顶骨（TTR）在维持冠状缝开放中的关键作用及其潜在的分子机制	首次证实TTR通过抑制BMP信号通路维持冠状缝开放，并揭示其与硬脑膜的潜在相互作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	阐明冠状缝发育的调控机制及冠状缝早闭的病因学	小鼠模型的横跨顶骨（TTR）及冠状缝组织	发育生物学	颅缝早闭症	基因敲除技术、空间转录组学	小鼠疾病模型	基因表达数据、组织形态学数据	未明确说明实验用小鼠数量
951	2025-04-17	Identification of maize genes that condition early systemic infection of sugarcane mosaic virus through single-cell transcriptomics 2025-Mar-04, Plant communications IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.xplc.2025.101297 PMID:40045576	研究论文	通过单细胞转录组学识别玉米中影响甘蔗花叶病毒早期系统性感染的基因	首次利用单细胞RNA测序技术研究甘蔗花叶病毒在玉米早期系统性感染中的基因表达变化	研究仅关注早期感染阶段，未涉及症状表现后的过程	探究植物病毒早期系统性感染过程中宿主基因表达与病毒积累的关系	甘蔗花叶病毒(SCMV)感染的玉米叶片细胞	植物病理学	植物病毒感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA-seq数据	未明确说明样本数量，研究对象为SCMV感染的玉米叶片细胞
952	2025-04-17	Deep learning powered single-cell clustering framework with enhanced accuracy and stability 2025-02-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-87672-7 PMID:39900656	研究论文	提出了一种名为scG-cluster的深度结构聚类方法，用于提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性和稳定性	1) 双拓扑邻接图：将节点分布信息整合到传统邻接图中，丰富了图的表示；2) 双拓扑自适应图卷积网络(TAGCN)：采用注意力机制动态加权图内特征，并通过残差连接防止过平滑	未明确提及具体局限性，但暗示传统GCN方法存在过平滑问题	提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性和稳定性	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	TAGCN（双拓扑自适应图卷积网络）	基因表达数据	六个不同的scRNA-seq数据集
953	2025-04-17	Single-cell landscape of dynamic changes in CD8+ T cells, CD4+ T cells and exhausted T cells in hepatocellular carcinoma 2025-02-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-88377-7 PMID:39900964	研究论文	通过单细胞测序数据研究肝细胞癌中T细胞相关基因在预后中的价值	使用hdWGCNA算法识别与CD4 T细胞、CD8 T细胞和耗竭T细胞相关的基因模块，并揭示耗竭T细胞中信号通路活性的改变	样本量较小，仅包括12例肝细胞癌单细胞测序数据	研究肝细胞癌中T细胞相关基因的预后价值及免疫治疗反应的预测	肝细胞癌患者的CD8+ T细胞、CD4+ T细胞和耗竭T细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞测序、hdWGCNA、AUCell算法、免疫细胞浸润分析、免疫组化、实时PCR	hdWGCNA	单细胞测序数据、转录组数据	12例肝细胞癌单细胞测序样本
954	2025-04-17	Exploring biomarkers and molecular mechanisms of Type 2 diabetes mellitus promotes colorectal cancer progression based on transcriptomics 2025-02-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-88520-4 PMID:39901036	研究论文	本研究探讨了2型糖尿病（T2DM）促进结直肠癌（CRC）进展的潜在生物标志物和分子机制	揭示了T2DM促进CRC进展与O-连接糖基化相关的过程，构建了T2DM-CRC共病的诊断模型，并鉴定COX11为潜在的免疫相关分子标志物	研究主要基于转录组学数据，未涉及实验验证	探索T2DM促进CRC进展的分子机制和生物标志物	结直肠癌患者（伴或不伴T2DM）的肿瘤组织	生物信息学	结直肠癌	转录组学分析、基因本体分析、基因集富集分析、免疫浸润算法、单细胞转录分析、分子对接	Lasso逻辑回归模型	转录组数据	未明确说明样本数量
955	2025-04-17	Single-Cell RNA Sequencing on Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded (FFPE) Tissue Identified Multi-Ciliary Cells in Breast Cancer 2025-01-29, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14030197 PMID:39936988	研究论文	评估福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)样本和新鲜固定(FF)样本在单细胞RNA测序(scRNAseq)中的适用性，并识别乳腺癌中的多纤毛细胞亚群	首次在乳腺癌中识别并验证了肿瘤性多纤毛细胞(MCCs)这一先前认知不足的亚群，并证实FFPE组织适用于scRNAseq分析	研究仅分析了两种乳腺癌亚型(IDC和ILC)的四个样本，样本量有限	评估FFPE和FF样本在scRNAseq中的适用性，并探索乳腺癌细胞异质性	乳腺癌组织样本(包括IDC和ILC亚型)	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNAseq)、免疫组化(IHC)、荧光原位杂交(FISH)、电子显微镜	NA	单细胞RNA测序数据、免疫组化图像	4个乳腺癌样本(2种亚型各1例FFPE+FF匹配样本)，外加214例ER阳性浸润性癌验证队列
956	2025-04-17	Mapping Human Uterine Disorders Through Single-Cell Transcriptomics 2025-01-21, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14030156 PMID:39936948	research paper	该论文通过单细胞转录组学技术研究人类子宫疾病的细胞异质性和分子机制	利用单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了子宫疾病中的关键细胞类型、信号通路和动态变化	存在可扩展性和可重复性方面的挑战	研究子宫疾病的分子机制及其对健康和生育的影响	子宫内膜异位症、腺肌症、子宫内膜癌和子宫肌瘤等子宫疾病	digital pathology	gynecological disease	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	NA	RNA-seq data	NA
957	2025-04-17	Multidimensional transcriptomics based to illuminate the mechanisms of taurine metabolism in immune resistance of pancreatic cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1567805 PMID:40230840	研究论文	本研究通过多维转录组学技术探讨了牛磺酸代谢在胰腺癌免疫抵抗中的作用机制	首次鉴定了四种不同的肿瘤细胞亚群，并揭示了RPS4Y1+肿瘤细胞在胰腺癌免疫抑制微环境中的重要作用，提出了'牛磺酸-免疫互作'标准	研究主要基于单细胞和空间转录组数据分析，需要进一步的体内实验验证	探索牛磺酸代谢紊乱与胰腺癌免疫治疗之间的潜在治疗关系	胰腺癌肿瘤微环境中的免疫细胞和肿瘤细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞转录组测序, 空间转录组测序	NA	转录组数据	NA
958	2025-04-17	CD121b-positive neutrophils predict immunosuppression in septic shock 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1565797 PMID:40230851	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，发现CD121b阳性中性粒细胞在脓毒性休克患者中的免疫抑制作用	首次识别出脓毒性休克患者外周血中的CD10-CD121b+中性粒细胞亚群，并发现其与疾病严重程度及免疫抑制状态相关	研究样本量未明确说明，且机制研究主要基于体外实验和小鼠模型	探究中性粒细胞在脓毒性休克病理生理中的具体作用机制	健康供体和脓毒性休克患者的外周血免疫细胞	免疫学	脓毒性休克	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	人源化小鼠脓毒症模型	RNA测序数据, 血清蛋白检测数据	健康供体和脓毒性休克患者（具体数量未说明）
959	2025-04-17	Discovering biomarkers associated with infiltration of CD8+ T cells and tumor-associated fibrosis in colon adenocarcinoma using single-cell RNA sequencing and gene co-expression network 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1496640 PMID:40230854	research paper	通过单细胞RNA测序和基因共表达网络分析，发现与结肠腺癌中CD8+ T细胞浸润和肿瘤相关纤维化相关的生物标志物	识别了三个与CD8+ T细胞和结肠腺癌预后相关的关键基因（LARS2、SEZ6L2和SOX7），为结肠腺癌的诊断和治疗提供了新的预后生物标志物	研究依赖于GEO数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	识别与结肠腺癌中CD8+ T细胞浸润和肿瘤相关纤维化相关的生物标志物，并评估其预后价值	结肠腺癌（COAD）样本	digital pathology	colon adenocarcinoma	single-cell RNA sequencing, gene co-expression network analysis, CIBERSORT, ESTIMATE, WGCNA, deconvolution algorithm, univariate Cox regression, LASSO analysis, immunohistochemistry, real-time PCR, western blot	prognostic model (LASSO and univariate COX regression)	RNA-seq data, protein-protein interaction data	COAD samples from GEO database (exact number not specified)
960	2025-04-17	The role of transketolase in the immunotherapy and prognosis of hepatocellular carcinoma: a multi-omics approach 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1529029 PMID:40230848	研究论文	探讨转酮醇酶(TKT)在肝细胞癌(HCC)免疫治疗和预后中的作用	采用多组学方法分析TKT在多种癌症中的表达及其与肿瘤免疫和预后的关联，揭示了TKT在HCC中的新作用机制	需要进一步研究以完全阐明TKT在免疫治疗中的作用	探索TKT在HCC免疫治疗和预后中的潜在作用	肝细胞癌(HCC)患者	癌症研究	肝细胞癌	RNA-seq分析、甲基化分析、单细胞分析、空间转录组学、RT-qPCR、siRNA转染、荧光素酶报告基因检测、染色质免疫沉淀	NA	多组学数据	多种癌症样本(具体数量未提及)