单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
941	2025-08-09	Isolation of Mouse Bone Marrow Niche Cells for Single-Cell Sequencing 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/7651_2025_630 PMID:40397275	研究论文	描述了一种从小鼠股骨和胫骨中分离骨髓微环境细胞用于单细胞RNA测序的方法	提供了一种确保高活性和高纯度骨髓微环境细胞分离的方法	NA	研究骨髓微环境细胞的异质性及其在造血和疾病中的作用	小鼠骨髓微环境细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序, 荧光激活细胞分选	NA	RNA测序数据	NA
942	2025-08-09	Stem Cell Niche: iPSC-Based Assembloids for Modeling Human Hematopoiesis 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/7651_2025_629 PMID:40459837	研究论文	本文介绍了一种生成患者特异性3D骨髓模拟组装体的协议，用于模拟人类造血过程	利用iPSC生成3D骨髓模拟组装体，精确控制细胞组成和遗传背景，为造血调控和骨髓微环境重塑机制研究提供了新平台	NA	研究造血调控机制和骨髓微环境重塑	人类造血系统和骨髓微环境	干细胞研究	骨髓增生性肿瘤	单细胞RNA测序	3D组装体模型	基因表达数据	NA
943	2025-08-09	Integrated Bioinformatics and Experimental Validation Reveal Macrophage Polarization-Related Biomarkers for Osteoarthritis Diagnosis 2025, Journal of multidisciplinary healthcare IF:2.7Q2 DOI:10.2147/JMDH.S537507 PMID:40765736	研究论文	通过整合生物信息学和实验验证，识别与巨噬细胞极化相关的骨关节炎诊断生物标志物并构建诊断模型	首次通过WGCNA和差异表达分析识别与OA巨噬细胞极化相关的关键基因，并利用LASSO、RF和SVM-RFE算法构建诊断模型	需要进一步的临床研究和实验评估来验证这些发现	识别骨关节炎的早期诊断生物标志物并提供治疗策略的新见解	骨关节炎患者和对照组的基因表达数据及临床样本	生物信息学	骨关节炎	WGCNA, LASSO, RF, SVM-RFE, RT-qPCR, IHC	诊断模型	RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据	临床样本（OA: 对照组 = 10:5 RT-qPCR, 6:5 IHC）
944	2025-08-09	The novel diagnostic markers for systemic lupus erythematosus and periodontal disease 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1614044 PMID:40766309	研究论文	本研究通过分析系统性红斑狼疮（SLE）和牙周病（PD）的基因表达数据，探索了两种疾病的共同遗传标记及其诊断和治疗潜力	首次识别出LY96和TMEM140作为SLE和PD的新型诊断和治疗标记	研究依赖于公开的基因表达数据集，可能需要进一步的实验验证	探索SLE和PD的共同遗传标记及其诊断和治疗意义	系统性红斑狼疮（SLE）和牙周病（PD）患者	生物信息学	系统性红斑狼疮, 牙周病	微阵列分析, WGCNA, 随机森林(RF), scRNA-seq, 免疫组织化学(IHC)	随机森林(RF)	基因表达数据	多个GEO数据集（GSE61635, GSE16134, GSE10334, GSE50772）
945	2025-08-09	Integrating proteomics and machine learning reveals characteristics and risks of lymph node-independent distant metastasis in colorectal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1622528 PMID:40766310	研究论文	该研究通过整合蛋白质组学和机器学习，揭示了结直肠癌中不依赖淋巴结的远处转移的特征和风险	开发了不依赖淋巴结的转移基因（LIMGs）特征，用于预测I-II期结直肠癌患者的同步远处转移风险，并验证了其在多队列中的预测性能	样本量较小（仅12例患者），可能影响结果的普遍性	研究结直肠癌中不依赖淋巴结的远处转移的生物学特征和预测方法	结直肠癌患者样本	数字病理学	结直肠癌	DIA-MS、多组学数据整合、机器学习、scRNA-seq、IHC、伤口愈合和transwell实验	机器学习	蛋白质组学数据、RNA测序数据、免疫组化数据	12例结直肠癌患者样本
946	2025-08-09	Single-cell and multi-omics analysis reveals the role of stem cells in prognosis and immunotherapy of lung adenocarcinoma patients 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1634830 PMID:40766320	research paper	该研究通过单细胞和多组学分析，揭示了干细胞在肺腺癌患者预后和免疫治疗中的作用	构建了一个基于干细胞的预后模型（SCPM），能够准确预测肺腺癌患者的生存和免疫治疗反应，并识别出免疫学上的'冷'肿瘤	研究结果需要在更大规模的临床队列中进行进一步验证	探究干细胞在肺腺癌预后和免疫治疗中的作用	肺腺癌患者	digital pathology	lung cancer	single-cell RNA sequencing, machine learning	CoxBoost+Enet	RNA-seq data, immunotherapy datasets	七个独立的肺腺癌队列和免疫治疗数据集，以及一个内部医院队列
947	2025-08-09	Targeting PDCD4 in cancer and atrial fibrillation: mechanistic insights from integrated multi-omics and single-cell analysis 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1593815 PMID:40766329	research paper	该研究通过整合多组学和单细胞分析，探索了PDCD4在心房颤动（AF）和癌症中的机制作用	首次揭示了PDCD4在AF中的调控机制，并通过单细胞RNA测序数据鉴定了关键细胞类型和细胞间通讯模式	研究样本量有限，且主要基于PBMCs，未涉及更多组织类型	探索PDCD4在AF中的分子机制及其作为治疗靶点的潜力	心房颤动患者和健康对照者的外周血单核细胞（PBMCs）	生物信息学	心血管疾病	转录组分析、单细胞RNA测序（SCRNA-SEQ）、qRT-PCR、分子对接	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	AF患者和健康对照者的PBMCs样本
948	2025-08-09	Inferring Metabolic Flux from Gene Expression Data Using METAFlux 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4566-6_10 PMID:40779111	研究论文	介绍了一种名为METAFlux的计算技术，用于从RNA测序数据推断代谢反应的通量	开发了METAFlux技术，利用通量平衡分析从RNA测序数据推断代谢反应的通量，并扩展到表征代谢异质性和细胞类型间的代谢相互作用	当前代谢组学技术的局限性限制了肿瘤代谢组的广泛和深入表征	理解癌症生物学并改善患者护理	肿瘤和肿瘤微环境中的代谢途径	计算生物学	癌症	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	通量平衡分析（FBA）	RNA测序数据	NA
949	2025-08-09	Inferring Phenotypes of Copy Number Clones in Cancer Populations Using TreeAlign 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4566-6_7 PMID:40779108	研究论文	介绍了一种名为TreeAlign的计算方法，用于将单细胞RNA数据与单细胞全基因组序列数据中的克隆进行匹配，以联合分析拷贝数和基因表达	TreeAlign方法能够结合系统发育信息，稳健地模拟基因剂量对基因表达的影响	需要同时具备单细胞RNA测序和单细胞全基因组测序数据，这在当前并不常见	开发一种计算方法，以联合分析单细胞水平的拷贝数变异和基因表达变化	癌症细胞中的拷贝数克隆和基因表达表型	计算生物学	癌症	scRNA-seq, scWGS	TreeAlign	基因组序列数据, 基因表达数据	NA
950	2025-08-09	Genome-scale modeling identifies dynamic metabolic vulnerabilities during the epithelial to mesenchymal transition 2024-Dec-27, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07408-7 PMID:39730911	研究论文	通过基因组尺度代谢建模，研究上皮-间质转化(EMT)过程中的动态代谢脆弱性	整合多种组学数据，利用计算模型揭示EMT过程中的时间依赖性和细胞状态特异性代谢依赖关系	研究主要基于细胞培养模型，可能无法完全反映体内复杂情况	探索上皮-间质转化过程中的代谢网络重构	TGF-β刺激的细胞培养模型	计算生物学	肺癌	基因组尺度代谢建模、时间序列转录组学、时间序列蛋白质组学、单细胞转录组学、CRISPR-Cas9筛选	基因组尺度代谢模型	转录组数据、蛋白质组数据	多个细胞培养模型的组学数据集
951	2025-08-09	Associations between cuprotosis-related genes and the spectrum of metabolic dysfunction-associated fatty liver disease: An exploratory study 2024-12, Diabetes, obesity & metabolism DOI:10.1111/dom.15946 PMID:39285685	研究论文	探讨铜死亡相关基因（CRGs）与代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MAFLD）不同阶段（包括肝细胞癌HCC）的关联	首次探索铜死亡相关基因在MAFLD及其进展至HCC过程中的作用机制，发现GLS基因通过铜死亡和T细胞激活促进MAFLD进展	研究样本量相对有限，且主要依赖回顾性数据分析，需要进一步实验验证	揭示铜死亡相关基因在MAFLD疾病谱中的分子机制	MAFLD患者（n=331）、MAFLD相关HCC患者（n=271）及温州PERSONS队列（n=656）	生物医学研究	代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MAFLD）和肝细胞癌（HCC）	RNA测序（bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq）、全基因组关联分析（GWAS）	逻辑回归分析、差异相关性分析	基因表达数据、临床指标数据	总样本量1258例（MAFLD 331例，MAFLD-HCC 271例，验证队列656例）
952	2025-08-09	Mapping the gene space at single-cell resolution with gene signal pattern analysis 2024-Dec, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-024-00734-0 PMID:39706866	research paper	本文提出了一种名为基因信号模式分析（GSPA）的图信号处理方法，用于从单细胞数据中学习丰富的基因表示	GSPA利用细胞-细胞图上的扩散小波字典学习基因表示，能够基于基因在细胞流形上的模式和定位进行表征	NA	解决单细胞测序分析中基因空间映射或嵌入的问题	单细胞测序数据中的基因	computational biology	NA	single-cell sequencing	graph signal processing	single-cell data	NA
953	2025-08-09	Advancing toward a unified eosinophil signature from transcriptional profiling 2024-Nov-27, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae188 PMID:39213186	review	本文总结了小鼠和人类嗜酸性粒细胞在血液和组织中的转录分析研究，讨论了各种方法的优势和潜在缺陷	提出了建立嗜酸性粒细胞转录特征的最小基因集，以及人类疾病活动期与缓解期或发育阶段的比较研究	嗜酸性粒细胞细胞脆弱性和高质量RNA分离困难限制了转录分析的研究	提高嗜酸性粒细胞相关疾病的诊断精确度和治疗选择	小鼠和人类的嗜酸性粒细胞	转录组学	嗜酸性粒细胞相关疾病	单细胞RNA测序、批量RNA测序、微阵列	NA	转录组数据	NA
954	2025-08-09	[Ionizing radiation-induced damage (IRD) to and repair mechanisms of the male reproductive system: Report of testicular function changes in a case of IRD] 2024-Aug, Zhonghua nan ke xue = National journal of andrology PMID:40778793	research paper	研究电离辐射对睾丸结构和功能的影响，并提供预防和治疗辐射损伤的策略	使用单细胞转录组测序技术分析电离辐射对睾丸细胞功能的影响，并探索通过改善脂质代谢来减轻辐射损伤	研究仅基于一个病例和小鼠模型，样本量较小	探讨电离辐射对男性生殖系统的损伤机制及修复策略	睾丸结构和功能、精子、激素水平、Leydig细胞和巨噬细胞	生殖医学	辐射损伤	辐射剂量模拟、精液分析、激素检测、电子显微镜、单细胞转录组测序	小鼠模型	生物医学数据	一个病例和小鼠模型
955	2025-08-09	Distinct mesenchymal cell states mediate prostate cancer progression 2024-01-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44210-1 PMID:38191471	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了前列腺癌进展中肿瘤间质细胞的分子变化及其作用	识别了8个具有跨物种一致性的基质细胞亚群，并发现了periostin在侵袭和分化中的作用，提出了超越传统Gleason评分的转移预测基因特征	主要基于小鼠模型数据，人类样本验证仍需进一步研究	阐明间质细胞在前列腺癌进展中的具体作用机制	前列腺癌肿瘤微环境中的间质细胞	肿瘤生物学	前列腺癌	单细胞RNA测序	基因工程小鼠模型(GEMMs)	RNA测序数据	4种基因工程小鼠模型和人类肿瘤样本
956	2025-08-09	Distinct mesenchymal cell states mediate prostate cancer progression 2023-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.29.534769 PMID:37034687	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序比较了不同阶段前列腺癌小鼠模型与野生型小鼠的间质细胞，揭示了间质细胞在前列腺癌进展中的作用	识别了8个转录和功能上不同的间质细胞群体，并构建了一个能预测前列腺癌转移进展的基因特征	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证相对有限	探究间质细胞在前列腺癌进展中的作用及其分子机制	前列腺癌小鼠模型和人类前列腺癌样本	癌症研究	前列腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	四种基因工程小鼠模型(GEMMs)及对应野生型小鼠，以及人类肿瘤样本
957	2025-08-09	Universal prediction of cell-cycle position using transfer learning 2022-01-31, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02581-y PMID:35101061	research paper	介绍了一个名为tricycle的R/Bioconductor包，用于通过单细胞RNA-seq数据高分辨率推断细胞周期位置	利用细胞周期的生物学特征、周期性函数主成分分析的数学特性以及迁移学习，开发了一种通用的细胞周期位置预测方法	NA	开发一种通用的方法来高分辨率推断细胞周期位置	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	迁移学习	RNA-seq数据	NA
958	2025-08-09	Single-Cell RNA-Seq Analysis of Retinal Development Identifies NFI Factors as Regulating Mitotic Exit and Late-Born Cell Specification 2019-06-19, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2019.04.010 PMID:31128945	研究论文	通过单细胞RNA测序分析视网膜发育过程，鉴定NFI转录因子在调控有丝分裂退出和晚期出生细胞命运决定中的作用	首次利用单细胞RNA测序技术全面解析视网膜神经发生过程中的基因表达变化，并发现NFI转录因子在调控晚期视网膜祖细胞命运决定中的新功能	研究仅关注视网膜发育过程，未验证NFI因子在其他神经发育系统中的功能	揭示视网膜神经发生过程中的基因调控网络	视网膜发育过程中的细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	涵盖视网膜神经发生全过程的10个发育阶段样本
959	2025-08-09	Decomposing Cell Identity for Transfer Learning across Cellular Measurements, Platforms, Tissues, and Species 2019-05-22, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2019.04.004 PMID:31121116	研究论文	本文介绍了scCoGAPS和projectR工具，用于通过转移学习在单细胞RNA测序数据中分解和验证细胞状态的潜在空间	提出了scCoGAPS和projectR工具，通过转移学习在不同数据集间验证潜在空间，避免了批次效应和技术特征的影响	潜在空间的解释和验证仍是一个挑战	探索单细胞RNA测序数据的潜在空间表示，以比较和识别细胞	小鼠视网膜、人视网膜发育时间序列、发育中的脑单细胞RNA测序数据集、染色质可及性数据和小鼠细胞类型图谱	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	多个数据集，包括小鼠和人的视网膜、脑发育数据等
960	2025-08-08	Single cell analyses of the HIV reservoir in the CNS and CSF: recent insights and implications 2025-Sep-01, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000958 PMID:40742782	review	本文综述了单细胞组学技术在理解中枢神经系统（CNS）和脑脊液（CSF）中HIV病毒库的最新进展	应用单细胞和单核RNA-seq、ATAC-seq、CITE-seq、AIRR-seq、多组学平台和空间转录组学技术，揭示了HIV在CNS中的持续存在机制	研究主要基于尸检脑组织和CSF样本，可能无法完全反映活体动态	探讨HIV在CNS和CSF中的病毒库特性及其对治疗策略的影响	中枢神经系统（CNS）和脑脊液（CSF）中的HIV病毒库	生物医学研究	HIV感染	单细胞RNA-seq、ATAC-seq、CITE-seq、AIRR-seq、多组学平台、空间转录组学	NA	单细胞组学数据	尸检脑组织和CSF样本