本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 941 | 2026-05-05 |
Cell Type Resolved Expression of Duplicate Genes Retained From Whole Genome Duplication in Atlantic salmon
2025-04-30, Genome biology and evolution
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/gbe/evaf076
PMID:40305003
|
研究论文 | 利用单细胞转录组学解析大西洋鲑全基因组复制后保留的重复基因的细胞类型特异性表达 | 首次通过单细胞转录组学技术,在细胞类型水平上研究全基因组复制事件后重复基因的表达差异和进化后果,并揭示不同细胞类型对细菌感染的转录反应差异 | 研究仅针对肝脏组织,且统计能力因细胞类型异质性而有所降低 | 理解全基因组复制事件后重复基因的细胞特异性表达及其功能与进化意义 | 大西洋鲑肝脏组织中的主要细胞类型(如肝细胞和免疫细胞) | 数字病理学 | 细菌感染(由杀鲑气单胞菌引起) | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 大西洋鲑肝脏组织样本(具体数量未在摘要中提及) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 942 | 2026-05-05 |
Evidence of off-target probe binding in the 10x Genomics Xenium v1 Human Breast Gene Expression Panel compromises accuracy of spatial transcriptomic profiling
2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.31.646342
PMID:40236200
|
研究论文 | 研究10x Genomics Xenium平台基因表达探针组中脱靶结合对空间转录组分析准确性的影响 | 开发了Off-target Probe Tracker(OPT)软件工具,通过探针序列比对识别脱靶结合,并利用正交的空间和单细胞转录组数据验证预测结果 | 未提及具体局限性,但研究仅针对乳腺癌组织样本和特定基因面板,可能限制推广性 | 评估基于探针的空间转录组技术中脱靶结合对基因表达谱准确性的影响,提高数据生物学可解释性 | 10x Genomics Xenium v1人类乳腺癌基因表达面板中的280个基因 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组测序,单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 使用已发表的乳腺癌数据集,同一肿瘤块采集的Xenium、Visium CytAssist和3'单细胞RNA-seq样本 | 10x Genomics | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 10x Xenium, 10x Visium CytAssist | 10x Genomics Xenium v1 Human Breast Gene Expression Panel, Visium CytAssist, 10x 3'单细胞RNA测序 |
| 943 | 2026-05-05 |
Single-cell analysis revealing the metabolic landscape of prostate cancer
2024-09-01, Asian journal of andrology
IF:3.0Q1
DOI:10.4103/aja20243
PMID:38657119
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示前列腺癌的代谢景观 | 利用计算流程进行单细胞RNA测序,首次描绘了前列腺癌中上皮细胞与基质细胞的代谢活性差异,并发现神经内分泌细胞具有高代谢率,可能解释神经内分泌前列腺癌的高营养和能量需求 | 仅基于计算和部分实验验证,未进行大规模临床样本验证 | 通过单细胞水平分析揭示前列腺癌的代谢异质性和疾病进展机制 | 前列腺癌细胞及其微环境中的上皮细胞、基质细胞和神经内分泌细胞 | 数字病理 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 944 | 2026-05-05 |
Graph Fourier transform for spatial omics representation and analyses of complex organs
2024-08-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51590-5
PMID:39209833
|
研究论文 | 介绍Spatial Graph Fourier Transform (SpaGFT)方法,利用图信号处理技术对空间组学数据进行表征分析,支持复杂器官的空间生物学研究 | 提出基于图傅里叶变换的空间组学表征方法,可解释性强,能识别空间可变基因和稀有亚细胞结构,并提升多种机器学习任务的准确性 | NA | 开发一种可解释的图表示方法用于空间组学数据的表征和分析 | 人类和小鼠的空间转录组数据、人类淋巴结Visium数据、人类扁桃体CODEX数据、高分辨率空间蛋白组学数据 | 计算机视觉 | NA | 空间转录组学、空间蛋白组学、图信号处理 | 图傅里叶变换 | 空间组学数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 945 | 2026-05-05 |
High-resolution diffusion magnetic resonance imaging and spatial-transcriptomic in developing mouse brain
2024-08-15, NeuroImage
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.neuroimage.2024.120734
PMID:39032791
|
研究论文 | 该研究获取了小鼠发育大脑的32微米各向同性分辨率多壳扩散磁共振成像数据集,并整合艾伦发育小鼠脑图谱的空间转录组学数据,探究脑组织微观结构变化 | 首次提供了包括DTI、DKI和NODDI模型的高分辨率dMRI来追踪小鼠出生后大脑白质和灰质的微观结构变化,并强调了空间转录组学与dMRI的基因型-表型相关性 | 未见明确说明 | 利用高分辨率扩散磁共振成像和空间转录组学探究发育中小鼠大脑的微观结构变化及其分子基础 | 出生后不同天数的小鼠大脑 | 机器学习 | NA | 高分辨率扩散磁共振成像,空间转录组学 | NA | 图像 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 946 | 2026-05-05 |
Single-cell RNA sequencing to explore cancer-associated fibroblasts heterogeneity: "Single" vision for "heterogeneous" environment
2024-May, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13592
PMID:38158643
|
综述 | 综述单细胞RNA测序技术在揭示癌症相关成纤维细胞异质性中的应用 | 从单细胞RNA测序视角系统综述癌症相关成纤维细胞异质性,并探讨多模态单细胞平台整合策略 | 未提供具体实验验证或定量分析结果 | 探讨单细胞RNA测序在理解癌症相关成纤维细胞异质性中的应用及临床转化潜力 | 癌症相关成纤维细胞 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 947 | 2026-05-05 |
Single-cell transcriptomic data reveal the increase in extracellular matrix organization and antigen presentation abilities of fibroblasts and smooth muscle cells in patients with pelvic organ prolapse
2023-10, International urogynecology journal
IF:1.8Q3
DOI:10.1007/s00192-023-05539-9
PMID:37222740
|
研究论文 | 通过单细胞转录组数据分析盆腔器官脱垂患者阴道壁成纤维细胞和平滑肌细胞的细胞特性变化 | 首次在单细胞水平揭示POP中成纤维细胞和平滑肌细胞在细胞外基质组织和抗原呈递能力方面的增强 | 仅基于公共数据集,样本量较小(5例POP和5例对照),需要更多独立验证 | 探索盆腔器官脱垂(POP)患者阴道壁主要细胞类型(成纤维细胞和平滑肌细胞)的细胞特性,以增进对POP分子机制的理解 | 盆腔器官脱垂患者阴道壁组织中的成纤维细胞和平滑肌细胞 | NA | 盆腔器官脱垂 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 10个样本(5例POP患者和5例对照) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 948 | 2026-05-05 |
Single-Cell Sequencing of Developing Human Gut Reveals Transcriptional Links to Childhood Crohn's Disease
2020-12-21, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2020.11.010
PMID:33290721
|
研究论文 | 通过单细胞测序绘制人类肠道发育图谱,揭示与儿童克罗恩病的转录联系 | 首次在单细胞水平解析6-10周人类胚胎肠道发育,发现与LGR5阳性的干细胞不同的循环上皮前体细胞,并揭示克罗恩病中胎儿转录因子的重新激活 | 未提及 | 解析人类肠道发育过程中的细胞图谱,并探索其与儿童克罗恩病的关联 | 6-10周人类胚胎肠道组织及儿童克罗恩病上皮组织 | 单细胞组学 | 儿童克罗恩病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6-10周人类胚胎肠道样本及儿童克罗恩病与健康对照上皮样本(具体数量未提及) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 949 | 2026-05-05 |
Optimized workflow for single-cell transcriptomics on infectious diseases including COVID-19
2020-12-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2020.100233
PMID:33377120
|
研究论文 | 为包括COVID-19在内的传染病单细胞转录组学提供优化工作流程 | 提出了一套完整且安全的工作流程,涵盖从细胞分离到数据分析的全过程,采用基于微孔的BD Rhapsody平台处理潜在感染性样本 | 未提及其局限性 | 开发适用于传染病样本的单细胞RNA测序安全实验方案 | 传染病(包括COVID-19)患者的血液样本 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | BD Biosciences | 单细胞RNA-seq | BD Rhapsody | 基于微孔的BD Rhapsody平台 |
| 950 | 2026-05-05 |
Gene expression distribution deconvolution in single-cell RNA sequencing
2018-07-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1721085115
PMID:29946020
|
研究论文 | 提出一种名为DESCEND的方法,用于从单细胞RNA测序数据中解卷积基因表达分布,以获得更准确的表达离散度和非零比例等特性估计 | 基于对九个公共数据集的重新检验,提出适用于UMI标记scRNA-seq数据的简单技术噪声模型,并开发DESCEND方法解卷积真实的跨细胞基因表达分布,能够调整细胞大小、细胞周期和批次效应等协变量 | 未在文中明确提及 | 改进单细胞RNA测序数据中基因表达分布特性的推断,解决数据噪声和低覆盖度带来的困难 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达分布 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 九个公共数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 951 | 2026-05-04 |
Molecular PET imaging of tumor-associated macrophages in precision oncology
2026-Jul-10, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2026.218526
PMID:42019605
|
综述 | 系统评述了用于肿瘤相关巨噬细胞定量成像的正电子发射断层扫描策略的演变,重点介绍了高亲和力分子探针的范式转变及其临床潜力 | 强调从间接代谢成像向高亲和力分子探针的范式转变,特别突出了纳米抗体和肽类示踪剂在肿瘤穿透性和快速清除方面优于全长抗体的优势 | 跨物种标志物不一致等转化障碍限制了临床应用 | 评估分子PET成像在肿瘤相关巨噬细胞量化中的进展及其在精准肿瘤学中的潜在应用 | 肿瘤相关巨噬细胞 | 计算机视觉 | 肿瘤 | PET | NA | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 952 | 2026-05-04 |
GLT8D2-mediated PD-L1 N-glycosylation promotes tumor immune evasion in ovarian cancer peritoneal metastasis
2026-Jul-10, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2026.218478
PMID:41936856
|
研究论文 | 本研究探讨糖基转移酶GLT8D2通过PD-L1 N-糖基化促进卵巢癌腹膜转移和肿瘤免疫逃逸的作用机制 | 首次发现GLT8D2通过催化PD-L1在Asn192位点的N-糖基化修饰来增强PD-L1稳定性,从而促进卵巢癌腹膜转移和免疫逃逸,并揭示了HIF-1α作为其直接转录激活因子 | 尚需进一步验证GLT8D2在其他癌症类型中的功能和临床转化潜力 | 阐明GLT8D2在卵巢癌腹膜转移中调控免疫逃逸的分子机制 | 卵巢癌腹膜转移组织和肿瘤细胞 | 机器学习 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 临床样本和单细胞数据 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 953 | 2026-05-04 |
Decoupling lactylation-associated metabolic remodelling in Asthma: Integrated multi-omics and machine learning identify RCC2 as a potential therapeutic target
2026-Jul, Computer methods and programs in biomedicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1016/j.cmpb.2026.109371
PMID:42000636
|
研究论文 | 通过整合多组学和机器学习,解析哮喘中乳酸化相关的代谢重塑,并识别RCC2作为潜在治疗靶点 | 首次结合批量转录组和单细胞RNA测序,构建可解释的乳酸代谢生物标志物诊断框架,并发现RCC2连接糖酵解与表观遗传重塑的调控作用 | 未提及具体局限性,但可能需要体内和临床队列进一步验证 | 绘制哮喘中乳酸/组蛋白乳酸化相关的代谢状态,并开发乳酸代谢生物标志物诊断框架 | 哮喘患者的气道细胞和16HBE细胞 | 机器学习 | 哮喘 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | 高斯混合模型引导的逻辑回归分类器 | 转录组数据 | 批量转录组训练集GSE63142和验证集GSE43696,单细胞RNA测序数据集GSE193816 | NA | NA | NA | NA |
| 954 | 2026-05-04 |
Curcumin modulates the function of SPP1+ macrophages via NF-κB signaling to alleviate endometriosis
2026-Jul-01, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116644
PMID:42001649
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和多组学分析,揭示SPP1+巨噬细胞通过NF-κB信号通路促进子宫内膜异位症发病,并阐明姜黄素通过靶向该通路缓解疾病的分子机制 | 首次鉴定SPP1+巨噬细胞为子宫内膜异位症的关键致病巨噬细胞亚群,并阐明姜黄素靶向NF-κB信号通路抑制炎症重编程的新机制 | NA | 探索子宫内膜异位症的细胞异质性及其核心致病机制,并评估姜黄素的治疗潜力 | 子宫内膜异位症病灶组织中的细胞,特别是SPP1+巨噬细胞 | 数字病理学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序,多组学分析,细胞间通讯分析,动物实验 | NA | 单细胞转录组数据,多组学数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 955 | 2026-05-04 |
DECTIN-2 regulates macrophage M1 polarization via the SYK/ROS/JNK axis to influence the progress of apical periodontitis
2026-Jul-01, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116694
PMID:42019388
|
研究论文 | 本研究揭示DECTIN-2通过SYK/ROS/JNK信号轴调控巨噬细胞M1极化,从而影响根尖周炎的进展 | 首次阐明DECTIN-2在根尖周炎中通过SYK/ROS/JNK轴调控巨噬细胞M1极化的分子机制 | 未提及具体局限性 | 探究DECTIN-2在巨噬细胞极化和根尖周炎中的功能及潜在机制 | 人类根尖周炎病变组织、Dectin-2敲除小鼠模型及体外培养的巨噬细胞 | 机器学习 | 根尖周炎 | 单细胞测序、转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据、转录组测序数据 | 人类根尖周炎病变组织样本及Dectin-2敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序、转录组测序 | NA | NA |
| 956 | 2026-05-04 |
From cells to niches: Rewiring cardiovascular disease through spatial immunity
2026-Jul-01, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116731
PMID:42044575
|
综述 | 提出从细胞中心转向微环境中心的心血管疾病空间免疫学新框架 | 提出从细胞中心模型转向微环境中心模型,将组织视为结构化免疫生态系统,并整合空间转录组学等多模态技术 | 目前从空间相关性推断因果关系的能力有限 | 整合空间免疫学进展,推动心血管疾病免疫机制的概念转变 | 心血管疾病中的免疫细胞、基质细胞及其空间微环境 | 计算生物学、免疫学 | 心血管疾病 | 空间转录组学、多重成像、单细胞多组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、成像数据 | NA | NA | 空间转录组学、单细胞RNA测序、单细胞多组学 | NA | NA |
| 957 | 2026-05-04 |
Targeted inhibition of microglial C5aR1 by PMX205 mitigates post-ischemic stroke neuroinflammation and promotes functional recovery
2026-Jun-01, Brain research bulletin
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和功能实验,发现PMX205靶向抑制小胶质细胞C5aR1可减轻缺血性脑卒中后神经炎症并促进功能恢复 | 首次利用单细胞RNA测序识别缺血性脑卒中后小胶质细胞中C5aR1的关键调控作用,并通过PMX205靶向抑制验证其治疗潜力 | NA | 识别缺血性脑卒中小胶质细胞中的关键调节因子,并将其转化为临床治疗靶点 | 小胶质细胞C5aR1在缺血性脑卒中的表达及功能 | 数字病理学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序,免疫荧光,定量免疫印迹,分子对接,ELISA,TTC染色,TUNEL/Nissl染色 | NA | 基因表达数据,图像 | 公共单细胞RNA测序数据集,两种小鼠模型(永久性局灶性缺血和短暂缺血再灌注损伤) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 958 | 2026-05-04 |
Exploring the toxicological impact of perfluorooctanoic acid and perfluorooctane sulfonate on glioblastoma through network toxicology, machine learning, and multi-dimensional bioinformatics analysis
2026-Jun-01, Brain research bulletin
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 结合网络毒理学、机器学习和多维生物信息学分析,探究全氟辛酸(PFOA)和全氟辛烷磺酸(PFOS)对胶质母细胞瘤(GBM)的毒性影响及其分子机制 | 首次联合网络毒理学、机器学习、免疫浸润分析、单细胞RNA测序、分子对接、孟德尔随机化和分子动力学模拟等多维度方法,系统揭示PFOA/PFOS暴露与GBM之间的潜在毒性靶点和机制,并提出了新的不良结局通路框架 | 研究主要基于计算分析和公共数据库,缺乏体外或体内实验验证,且MR分析中ODC1与GBM风险的关联需要进一步在更大样本中确认 | 探索PFOA和PFOS对胶质母细胞瘤的潜在毒性靶点和分子机制 | PFOA和PFOS两种化学物质、GBM相关基因表达数据、免疫细胞浸润数据、单细胞RNA测序数据 | 计算生物学、机器学习和生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 网络毒理学、机器学习、免疫浸润分析、单细胞RNA测序、分子对接、孟德尔随机化、分子动力学模拟 | 机器学习模型(具体类型未明确) | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据、分子对接数据、分子动力学模拟数据 | 3个外部独立数据集用于验证,具体样本数量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 959 | 2026-05-04 |
Multi-omic and functional analyses identified an endoplasmic reticulum stress-driven TIMD4⁺ IL1β⁺ macrophage subpopulation contributes to osteoarthritis progression
2026-Jun, Pathology, research and practice
DOI:10.1016/j.prp.2026.156442
PMID:41875622
|
研究论文 | 通过多组学与功能分析鉴定了一种内质网应激驱动的TIMD4⁺ IL1β⁺巨噬细胞亚群,该亚群促进骨关节炎进展 | 首次通过整合单细胞RNA测序和空间多组学技术,在滑膜和髌下脂肪垫中发现了特定的TIMD4⁺ IL1β⁺巨噬细胞亚群,并揭示内质网应激驱动其激活,促进骨关节炎进展 | 尚未在更大样本量或不同物种中验证该亚群的普遍性,且体内干预实验仅使用小鼠模型 | 探索滑膜和髌下脂肪垫在骨关节炎进展中的作用及细胞机制 | 人类滑膜和髌下脂肪垫组织,以及骨关节炎小鼠模型 | 机器学习 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序, 空间多组学测序 | NA | 测序数据, 图像 | 人类滑膜和髌下脂肪垫样本,骨关节炎小鼠 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 960 | 2026-05-04 |
Intelligence-responsive wettability switch coating on magnesium implants for treating osteoporotic fracture
2026-May-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72683-3
PMID:42069674
|
研究论文 | 开发一种智能响应性可湿性开关涂层,用于镁基植入体治疗骨质疏松性骨折 | 首次在镁合金植入体上构建活性氧响应性水凝胶涂层,实现按需清除活性氧并减缓降解,结合单细胞转录组学揭示分子机制 | 未提及 | 开发一种多功能涂层以改善镁合金植入体在氧化应激微环境下的性能,促进骨质疏松性骨折愈合 | 骨质疏松性骨折大鼠模型及骨髓间充质基质细胞与骨髓来源巨噬细胞 | 机器学习 | 骨质疏松性骨折 | 单细胞转录组测序 | 未提及 | 单细胞转录组数据 | 骨质疏松大鼠模型(具体数量未提及) | 未提及 | 单细胞RNA测序 | 未提及 | 未提及 |