单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
941	2025-05-25	Distinct myeloid-derived suppressor cell populations in human glioblastoma 2025-Jan-17, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abm5214 PMID:39818911	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，鉴定了人类胶质母细胞瘤中两种不同的髓系来源抑制细胞（MDSC）群体，并揭示了它们与肿瘤细胞的相互作用机制	首次在IDH野生型胶质母细胞瘤中发现两种功能不同的MDSC亚群（E-MDSC和M-MDSC），并阐明其空间分布特征及与肿瘤干细胞的互作网络	样本量相对有限（33例胶质瘤），且仅关注了IDH野生型与突变型之间的差异	探究胶质瘤相关髓系细胞在肿瘤进展和免疫逃逸中的作用机制	人类胶质瘤组织中的免疫细胞和肿瘤细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	33例胶质瘤样本
942	2025-05-25	Isolation and Preparation of Embryonic Zebrafish Retinal Cells for Single-Cell RNA Sequencing 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4087-6_6 PMID:39240518	研究论文	本文描述了从斑马鱼胚胎视网膜中分离和制备单细胞用于单细胞RNA测序的方法	提供了一种可重复生成高质量单细胞悬浮液的方法，适用于斑马鱼眼睛及其他发育或再生组织的scRNA-Seq实验	方法主要针对斑马鱼胚胎视网膜细胞，可能不直接适用于其他物种或组织类型	开发适用于斑马鱼眼睛单细胞RNA测序的高质量单细胞悬浮液制备方法	斑马鱼胚胎视网膜细胞	单细胞测序	NA	scRNA-Seq, 10× Genomics v3.1系统	NA	RNA序列数据	斑马鱼胚胎视网膜细胞（具体数量未提及）
943	2025-05-25	Insights into early acne pathogenesis: Exploring intercellular dynamics and key dysregulated genes 2025, Cell signaling DOI:10.46439/signaling.3.053 PMID:40401196	评论	探讨早期痤疮发病机制中的细胞间动态和关键失调基因	利用单细胞RNA测序和空间转录组学数据集分析痤疮患者的细胞通讯，识别与炎症反应和角化过度相关的失调基因	NA	探索早期痤疮的发病机制和潜在治疗靶点	痤疮患者的主要皮肤细胞类型，包括内皮细胞、成纤维细胞、淋巴细胞、髓系细胞、角质形成细胞和平滑肌细胞	生物医学研究	痤疮	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	NA
944	2025-05-25	Huntington's disease cellular phenotypes are rescued non-cell autonomously by healthy cells in mosaic telencephalic organoids 2024-Aug-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50877-x PMID:39095390	research paper	研究亨廷顿病（HD）细胞表型在镶嵌端脑类器官中通过健康细胞的非细胞自主机制得到挽救	揭示了健康细胞通过非细胞自主机制改善HD细胞表型，强调了细胞间通讯在疾病进展和治疗中的潜在作用	研究局限于端脑类器官模型，未涉及体内环境或其他脑区	探究HD细胞与健康细胞间的非细胞自主机制及其对疾病表型的影响	亨廷顿病（HD）细胞和健康细胞在端脑类器官中的相互作用	神经科学	亨廷顿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	端脑类器官模型	转录组数据	健康或HD细胞单独培养或混合培养的端脑类器官
945	2025-05-24	Response of astrocytes and their interaction with surrounding brain cells after acute ischemia-reperfusion analyzed by single-cell transcriptome sequencing 2025-Jun-15, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2025.111355 PMID:40286940	研究论文	通过单细胞转录组测序分析急性缺血再灌注后星形胶质细胞的反应及其与周围脑细胞的相互作用	揭示了星形胶质细胞在缺血再灌注后12小时的异质性，并鉴定了9个潜在的治疗靶点基因和6个特异性抵抗缺血再灌注损伤的基因	研究仅关注缺血再灌注后12小时的时间点，未涉及其他时间段的动态变化	揭示星形胶质细胞在缺血性中风中的抗损伤反应机制	小鼠星形胶质细胞及其与周围脑细胞的相互作用	神经科学	缺血性中风	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，研究对象为小鼠星形胶质细胞
946	2025-05-24	The janus face of astrocytes in multiple sclerosis: Balancing protection and pathology 2025-Jun-15, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2025.111356 PMID:40288545	review	本文综述了星形胶质细胞在多发性硬化症（MS）中的双重作用及其治疗潜力	揭示了人类星形胶质细胞状态的连续性，超越了传统的A1/A2二分法，并探讨了星形胶质细胞-小胶质细胞串扰和代谢重编程在MS病理中的关键作用	将小鼠A1/A2概念转化到人类MS研究中存在挑战，人类星形胶质细胞表现出异质性、依赖于区域微环境和疾病阶段的反应	探讨星形胶质细胞在MS中的双重作用及其作为治疗靶点的潜力	多发性硬化症（MS）中的星形胶质细胞	神经科学	多发性硬化症	单细胞转录组学、空间转录组学、空间多组学	NA	转录组数据	NA
947	2025-05-24	Single-cell analysis reveals fibroblast heterogeneity and myofibroblast conversion in ligamentum flavum hypertrophy 2025-Jun, The spine journal : official journal of the North American Spine Society DOI:10.1016/j.spinee.2024.12.001 PMID:39653186	研究论文	通过单细胞分析揭示韧带黄韧带肥大中的成纤维细胞异质性和肌成纤维细胞转化	识别了成纤维细胞向肌成纤维细胞的转分化过程，以及新的信号通路如GAS和GRN在黄韧带肥大中的作用	样本量较小，仅来自3名患者	研究黄韧带肥大中的细胞比例和信号通路	黄韧带组织	单细胞分析	腰椎管狭窄症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	3名患者的黄韧带组织
948	2025-05-24	Characterization of ROMK cellular heterogeneity along the mouse kidney thick ascending limb 2025-Jun, Pflugers Archiv : European journal of physiology DOI:10.1007/s00424-025-03086-4 PMID:40358700	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重成像技术，揭示了小鼠肾脏厚升支中ROMK通道的细胞异质性	首次发现ROMK蛋白在厚升支细胞中的分布与分子不同的细胞类型一致，揭示了ROMK的功能异质性	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类组织中验证	探究肾脏厚升支中ROMK通道的细胞异质性及其功能意义	小鼠肾脏厚升支细胞	肾脏生理学	NA	单细胞RNA测序、RNAscope原位杂交、迭代间接免疫荧光成像(4i多重成像)、机器学习	NA	RNA测序数据、图像数据	NA
949	2025-05-24	Single-cell transcriptomic profiling of the whole colony of Botrylloides diegensis: Insights into tissue specialization and blastogenesis 2025-May-23, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204265 PMID:40406997	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术对Botrylloides diegensis整个群体进行了转录组分析，揭示了细胞异质性和组织特异性标记	首次对整个B diegensis群体进行单细胞转录组测序，识别了29个主要细胞簇，并发现了胃上皮特定区域的独特标记基因	NA	解析B diegensis的细胞异质性、组织特化和芽殖过程	Botrylloides diegensis群体的所有细胞(包括个体、芽体和血管被膜)	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、原位杂交	NA	单细胞转录组数据	整个B diegensis群体(包含多种组织类型)
950	2025-05-24	Comprehensive single-cell RNA atlas of human laryngeal normal, preneoplastic and tumorigenic states 2025-May-23, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3679 PMID:40407728	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，构建了人类喉部正常、癌前和肿瘤状态的全面单细胞图谱	首次生成了声带息肉(VCP)和声带白斑(VCL)的单细胞图谱，并扩展了喉鳞状细胞癌(LSCC)的癌细胞图谱，揭示了VCL作为良恶性过渡病变的混合微环境特征	样本量相对有限(36例患者)，且仅基于手术组织样本，可能无法完全反映疾病发展的全过程	阐明声带白斑(VCL)向喉鳞状细胞癌(LSCC)进展的分子机制，为早期诊断和靶向治疗提供依据	36例诊断为声带息肉(VCP)、声带白斑(VCL)和喉鳞状细胞癌(LSCC)患者的手术组织标本	单细胞组学	喉癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	36例患者(318,907个细胞和12,679个空间转录组位点)
951	2025-05-24	GCNLA: Inferring Cell-Cell Interactions From Spatial Transcriptomics With Long Short-Term Memory and Graph Convolutional Networks 2025-May-22, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3572383 PMID:40402695	research paper	提出了一种基于图卷积网络和长短期记忆注意力模块的网络架构GCNLA，用于从空间转录组数据推断细胞间相互作用	GCNLA不仅学习细胞的空间结构，还捕获远端细胞间的相互作用信息，注意力模块进一步提取和增强与细胞间相互作用相关的特征	现有方法仅考虑邻近细胞的基因表达信息和空间位置信息，存在一定局限性	推断细胞间相互作用，理解细胞活动	细胞间相互作用	digital pathology	NA	空间转录组分析	GCN, LSTM	空间转录组数据	seqFISH和MERFISH数据集
952	2025-05-24	stDGAC: A novel identifying spatial domains method via graph attention contrastive network for spatial transcriptomics data 2025-May-21, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110280 PMID:40403639	研究论文	提出了一种名为stDGAC的新方法，通过结合去噪自编码器和图注意力对比网络，更准确地识别空间转录组数据中的空间域	结合去噪自编码器和图注意力对比网络，有效利用高维和噪声空间转录组数据，提高空间域识别的准确性	NA	提高空间转录组数据中空间域识别的准确性	空间转录组数据	数字病理学	NA	空间转录组学	去噪自编码器, 图注意力对比网络	空间转录组数据	NA
953	2025-05-24	Single-cell RNA sequencing identifies cellular heterogeneity in endothelial and epithelial cells associated with nitrogen dioxide-induced acute lung injury 2025-May-21, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118385 PMID:40403690	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究二氧化氮诱导的急性肺损伤中内皮细胞和上皮细胞的异质性	首次使用scRNA-seq技术揭示了NO-ALI中内皮细胞和上皮细胞的异质性变化，并发现Lrg1和Ucp2在内皮细胞中的上调以及Ly6a肺泡细胞的新亚群	研究仅关注了内皮细胞和上皮细胞，未涉及其他可能参与NO-ALI的细胞类型	探究二氧化氮诱导的急性肺损伤的分子机制	内皮细胞和上皮细胞	生物医学	急性肺损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
954	2025-05-24	Characterizing microglial heterogeneity in autophagy impairment of Paraquat-induced Parkinson's disease-like neurodegeneration 2025-May-21, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118364 PMID:40403688	研究论文	本研究通过建立百草枯诱导的帕金森病样神经退行性变模型，利用单细胞RNA测序技术揭示了小胶质细胞在自噬相关转录组景观中的核心作用及其亚型异质性	首次在百草枯暴露背景下生成自噬相关的单细胞RNA测序图谱，发现并验证了一个特定的自噬相关小胶质细胞亚型	研究主要基于动物模型和体外细胞实验，人类样本验证不足	探究百草枯诱导的帕金森病样神经退行性变中自噬障碍的细胞异质性机制	百草枯诱导的帕金森病样神经退行性变模型中的小胶质细胞	神经科学	帕金森病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	动物模型和体外细胞模型	转录组数据	未明确提及具体样本数量，使用动物模型和BV2细胞系
955	2025-05-24	High-Sensitivity PD-L1 Staining Using Clone 73-10 Antibody and Spatial Transcriptomics for Precise Expression Analysis in Non-Tumorous, Intraepithelial Neoplasia, and Squamous Cell Carcinoma of Head and Neck 2025-May-20, Head and neck pathology DOI:10.1007/s12105-025-01798-8 PMID:40392349	研究论文	本研究使用高灵敏度的73-10抗体和空间转录组学技术，评估头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中PD-L1的表达，以扩大免疫检查点抑制剂治疗的适用患者范围	采用高灵敏度的73-10抗体和空间转录组学技术，首次在HNSCC中系统评估PD-L1表达及其与免疫微环境和临床预后的关系	样本量相对有限，特别是空间转录组学分析仅涉及6对样本	评估PD-L1在HNSCC中的表达模式及其临床意义	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）、鳞状上皮内瘤变（SIN）和正常口腔黏膜（NOM）样本	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	免疫组织化学染色（IHC）、空间转录组学（ST）	NA	组织样本、基因表达数据	94例HNSCC临床样本及配对的SIN和NOM样本，其中6对样本进行ST分析
956	2025-05-24	Neuron-like macrophage differentiation via the APOE-TREM2 axis contributes to chronic pain in nasopharyngeal carcinoma 2025-May-20, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-025-10035-5 PMID:40392335	研究论文	本研究探讨了APOE-TREM2轴在鼻咽癌慢性疼痛中通过巨噬细胞神经元样分化所起的作用	揭示了APOE-TREM2轴调控巨噬细胞向神经元样细胞分化的新机制及其在鼻咽癌慢性疼痛中的作用	研究主要基于体外和小鼠模型，临床转化仍需进一步验证	阐明APOE-TREM2轴在鼻咽癌慢性疼痛中的作用机制	鼻咽癌患者和小鼠模型中的肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	鼻咽癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、TCGA转录组数据分析、体外共培养系统	小鼠疼痛模型	转录组数据、单细胞测序数据	TCGA-NPC数据集和单细胞测序样本（具体数量未明确说明）
957	2025-05-24	ACSS2 mediates an epigenetic pathway to regulate β-cell adaptation during gestation in mice 2025-May-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58322-3 PMID:40393969	研究论文	本研究揭示了小鼠妊娠期间β细胞适应的表观遗传调控机制，特别是ACSS2在其中的作用	首次在单细胞水平揭示了妊娠期β细胞适应的精确过程，并确定了ACSS2介导的特异性表观遗传通路	研究主要基于小鼠模型，在人类妊娠期β细胞适应中的直接应用仍需验证	探究妊娠期胰腺β细胞适应性变化的分子机制	妊娠期小鼠的胰腺β细胞	表观遗传学	妊娠糖尿病	单细胞转录组分析、遗传分析	小鼠模型	基因表达数据、表观遗传数据	未明确说明具体样本数量（小鼠β细胞）
958	2025-05-24	CellFM: a large-scale foundation model pre-trained on transcriptomics of 100 million human cells 2025-May-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59926-5 PMID:40393991	研究论文	本文介绍了一个基于1000万人类细胞转录组数据预训练的大规模基础模型CellFM	使用1000万人类细胞的多样化数据集训练了一个包含8亿参数的模型，采用改进的RetNet框架在MindSpore上进行训练	未提及具体局限性	解决单细胞数据分析中的噪声、批次效应和稀疏性问题，建立一个统一的细胞状态表示模型	人类单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞测序	RetNet框架改进模型	转录组数据	1000万人类细胞
959	2025-05-24	TGF-β signaling redirects Sox11 gene regulatory activity to promote partial EMT and collective invasion of oncogenically transformed intestinal organoids 2025-May-20, Oncogenesis IF:5.9Q1 DOI:10.1038/s41389-025-00560-7 PMID:40393982	research paper	该研究探讨了TGF-β信号如何通过调控Sox11基因的活性，促进部分上皮-间质转化（pEMT）和癌变肠道类器官的集体侵袭	发现Sox11在TGF-β1诱导的pEMT和集体侵袭中的关键作用，并揭示其在肠道组织稳态、肿瘤抑制和癌细胞侵袭中的多重调控功能	Sox11对于TGF-β1诱导的pEMT和集体侵袭是必要但不充分的条件，其具体机制仍需进一步研究	探究TGF-β1诱导的pEMT和集体侵袭的分子机制	携带结直肠癌驱动突变的肠道类器官	癌症研究	结直肠癌	scRNA-seq, 免疫荧光染色, 功能丧失和过表达实验	肠道类器官模型	基因表达数据, 影像数据	人类结直肠癌样本和肠道类器官
960	2025-05-24	The unique hypertrophic and fibrotic features of neonatal right ventricle in response to pressure overload 2025-May-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-01427-y PMID:40394014	研究论文	本研究介绍了一种新生儿大鼠/小鼠右心室压力超负荷模型，并揭示了压力超负荷诱导的右心室肥厚和纤维化的分子特征	首次建立了新生儿大鼠/小鼠右心室压力超负荷模型，并通过单细胞RNA测序揭示了新生儿右心室对压力超负荷反应的独特特征	研究仅关注了新生儿期右心室对压力超负荷的反应，未涉及其他发育阶段	研究儿科心力衰竭的发病机制，特别是右心室压力超负荷导致的肥厚和纤维化	新生儿大鼠/小鼠的右心室组织	心血管疾病研究	心血管疾病	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 组织学染色	NA	RNA测序数据	新生儿大鼠/小鼠右心室组织