单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
941	2025-06-05	Transcriptional signatures of endothelial cells shape immune responses in cardiopulmonary health and disease 2025-May-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.191059 PMID:40401523	review	本文综述了心肺血管系统中内皮细胞（ECs）在健康和疾病状态下对免疫反应的调控作用	利用单细胞RNA测序技术揭示了心肺血管系统中内皮细胞的异质性及其免疫调节特性	NA	探讨内皮细胞在心肺健康和疾病中的免疫调节功能	心肺血管系统中的内皮细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
942	2025-06-05	Prg4+ fibro-adipogenic progenitors in muscle are crucial for bone fracture repair 2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.14.654160 PMID:40462922	研究论文	本文研究了肌肉中Prg4+纤维脂肪祖细胞在骨折修复中的关键作用	揭示了Prg4+纤维脂肪祖细胞在骨折修复中的新机制，即这些细胞可以从肌肉迁移到骨折部位并分化为软骨细胞、成骨细胞和骨细胞	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证；在膜内骨损伤模型中，Prg4+ FAPs的贡献显著低于骨折模型	探究肌肉细胞在骨折修复中的作用机制	小鼠模型中的Prg4+纤维脂肪祖细胞	骨科学	骨折	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠骨折模型和膜内骨损伤模型	基因表达数据和细胞定位数据	未明确说明具体样本数量，但使用了小鼠模型进行研究
943	2025-06-05	Single-Cell RNA Sequencing and Inferred Protein Activity Analysis Reveal a Distinct Tumor Phenotype in Early-Onset Colorectal Cancer Patients 2025-May-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.15.653154 PMID:40462964	research paper	通过单细胞RNA测序和推断的蛋白质活性分析，揭示了早发性结直肠癌患者的独特肿瘤表型	整合公共数据和内部临床样本，结合scRNA-seq和mIF技术，首次定义了EO-CRC中一个以前未被识别的上皮亚群，该亚群以TLR4和CCR5的高表达为特征	研究样本量可能有限，且仅比较了EO-CRC和LO-CRC，未涉及其他类型的结直肠癌	探究早发性结直肠癌（EO-CRC）与晚发性结直肠癌（LO-CRC）在分子和微环境驱动因素上的差异	早发性结直肠癌（EO-CRC）和晚发性结直肠癌（LO-CRC）患者	digital pathology	colorectal cancer	scRNA-seq, mIF, VIPER	NA	RNA sequencing data, immunofluorescence data	公共数据和内部临床样本（具体数量未提及）
944	2025-06-05	High-Resolution Spatial Profiling of Microglia Reveals Proximity Associated Immunometabolic Reprogramming in Alzheimer's Disease 2025-May-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.16.654329 PMID:40462993	研究论文	利用高分辨率空间转录组学技术揭示阿尔茨海默病中小胶质细胞的免疫代谢重编程	首次提供了跨物种、解剖区域和AD病理负担的小胶质细胞免疫代谢状态的高分辨率图谱	研究依赖于小鼠模型和人类尸检组织，可能无法完全反映活体情况	探究阿尔茨海默病病理标志物附近小胶质细胞基因表达与代谢特征的关系	PS19、APP/PS1和5xFAD小鼠模型及人类死后背外侧前额叶皮层组织	数字病理学	阿尔茨海默病	高分辨率空间转录组学(Xenium平台)	机器学习	空间转录组数据	三种小鼠模型和人类尸检组织
945	2025-06-05	PML1-Mediated Feedforward Loop Through PI3K and MAPK Axes Drives Endocrine Resistance 2025-May-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.15.653365 PMID:40463196	研究论文	该研究揭示了PML1通过PI3K和MAPK信号轴驱动的正反馈环路在雌激素受体阳性乳腺癌内分泌抵抗中的作用	首次发现PML1蛋白是克服内分泌抵抗的关键治疗靶点，并阐明了其通过PI3K/MAPK信号轴形成正反馈环路的分子机制	研究主要基于细胞实验和部分临床样本分析，尚未进行大规模临床试验验证	探索雌激素受体阳性乳腺癌内分泌抵抗的分子机制并寻找潜在治疗靶点	雌激素受体阳性乳腺癌细胞及内分泌治疗耐药机制	肿瘤生物学	乳腺癌	scRNA-seq分析、空间转录组学	NA	基因表达数据、蛋白质水平数据	多种内分泌治疗耐药细胞系（包括4-羟基他莫昔芬、氟维司群、elacestrant和CDK4/6抑制剂耐药细胞）
946	2025-06-05	Mapping Inherited Genetic Variation with Opposite Effects on Autoimmune Disease and Four Cancer Types Identifies Candidate Drug Targets Associated with the Anti-Tumor Immune Response 2025-May-14, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16050575 PMID:40428397	research paper	该研究通过基因组关联研究（GWAS）和功能基因组分析，识别出与自身免疫/自身炎症性疾病和四种癌症风险相反的遗传变异，并提出了可能的癌症免疫治疗靶点	首次系统地搜索具有自身免疫疾病和癌症风险相反效应的遗传变异，并识别出五个可能的癌症免疫治疗靶点基因	研究依赖于GWAS数据，可能受到样本选择和统计方法的限制，且功能验证尚未在实验中进行	识别与自身免疫疾病和癌症风险相反的遗传变异，以发现潜在的癌症免疫治疗靶点	乳腺癌、前列腺癌、卵巢癌和子宫内膜癌患者及自身免疫/自身炎症性疾病患者	genetics	breast cancer, prostate cancer, ovarian cancer, endometrial cancer, autoimmune/autoinflammatory diseases	GWAS, RNA-Seq, single-cell RNA-Seq	NA	genomic data, RNA-Seq data	240,540 癌症病例/317,000 对照, 112,631 自身免疫病例/895,386 对照
947	2025-06-05	Sex-dependent effects of peptidylarginine deiminases on neutrophil function and long-term outcomes after spinal cord injury 2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.08.652924 PMID:40463031	research paper	研究肽基精氨酸脱亚胺酶（PADs）对脊髓损伤后中性粒细胞功能及长期恢复的性别依赖性影响	首次描述了脊髓损伤后PAD介导的中性粒细胞功能中的性别差异，并强调了在临床前研究中纳入两性的重要性	未观察到PAD4缺失对运动恢复的影响，仅观察到对组织保留的性别依赖性效应	探讨PADs在脊髓损伤恢复中的作用及其性别差异	小鼠模型中的中性粒细胞功能及脊髓损伤后的恢复情况	神经科学	脊髓损伤	scRNA-seq	小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠模型和公开的scRNA-seq数据
948	2025-06-05	Pseudoassembly of k-mers 2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.11.653354 PMID:40463286	research paper	介绍了一种通过彩色de Bruijn图识别基因组序列变异的方法	提出了一种名为klue的程序，能够将k-mer组装成与变异感知的伪对齐扩展兼容的序列	NA	识别基因组序列中的变异	小鼠黑色素瘤模型的单细胞RNA-seq数据	genomics	melanoma	single-cell RNA-seq	colored de Bruijn graphs	genomic sequences	NA
949	2025-06-05	Bridging Large Language Models and Single-Cell Transcriptomics in Dissecting Selective Motor Neuron Vulnerability 2025-May-12, ArXiv PMID:40463696	研究论文	提出了一种利用大型语言模型（LLMs）和NCBI基因数据库的基因特异性文本注释生成生物上下文细胞嵌入的新框架	通过结合单细胞RNA测序数据和基因描述文本，利用LLMs生成语义丰富的细胞嵌入表示，为细胞类型聚类和细胞脆弱性分析提供更可解释的方法	NA	解决计算生物学中通过单细胞水平测序数据理解细胞身份和功能的关键挑战	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的细胞	计算生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	OpenAI text-embedding-ada-002, text-embedding-3-small, text-embedding-3-large, BioBERT, SciBERT	基因表达数据和文本数据	NA
950	2025-06-05	Klf9 promotes the repair of myocardial infarction by regulating macrophage recruitment and polarization 2025-May-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187072 PMID:40198141	研究论文	研究揭示了Klf9通过调节巨噬细胞招募和极化促进心肌梗死后修复的机制	首次揭示了Klf9通过调控IFN-γ/STAT1信号通路影响巨噬细胞表型和功能，从而促进心肌梗死后修复	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究Klf9在心肌梗死后巨噬细胞表型和功能调控中的作用	心肌梗死小鼠模型和巨噬细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术分析	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	野生型和Klf9敲除小鼠
951	2025-06-05	The brain-body circuit mediates acute stress-induced antiinflammatory reflex in bacterial cystitis by suppressing ILC2 activation 2025-May-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.189362 PMID:40100274	研究论文	本研究揭示了急性应激通过脑-体回路抑制ILC2细胞激活，从而在细菌性膀胱炎中产生抗炎反射的机制	首次发现急性应激通过PVN脑区激活抑制ILC2细胞的促炎因子表达，揭示了脑-体回路在UTI治疗中的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床验证	探究心理应激如何通过脑-体回路调节膀胱感染的免疫反应	小鼠UTI模型中的PVN神经元和ILC2细胞	神经免疫学	尿路感染/膀胱炎	单细胞RNA测序(scRNA-Seq),逆行标记技术	动物模型(小鼠)	基因表达数据	未明确说明数量的小鼠UTI模型
952	2025-06-05	Target Screening and Single Cell Analysis of Diabetic Retinopathy and Hepatocarcinoma 2025-May, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70521 PMID:40293350	研究论文	本研究通过单细胞分析筛选糖尿病视网膜病变（DR）和肝细胞癌（HCC）之间的共享基因和通路，以揭示潜在的治疗靶点	首次将铁蛋白吞噬相关基因（FRHG）与DR和HCC联系起来，并利用机器学习模型验证了这些关键枢纽基因的诊断效能	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索DR和HCC之间的共同病理调控通路和潜在治疗靶点	糖尿病视网膜病变（DR）和肝细胞癌（HCC）	生物信息学	糖尿病视网膜病变和肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、qRT-PCR	机器学习模型	单细胞RNA测序数据	GEO数据集GSM7494113（HCC）、GSE209872和GSE160306（大鼠视网膜）
953	2025-06-05	A Robust Kernel-Based Workflow for Niche Trajectory Analysis 2025-05, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401199 PMID:40411819	研究论文	提出了一种基于核的稳健工作流程，用于生态位轨迹分析，以模拟组织微环境的空间连续变化	提出了一种新的基于核的策略，将生态位的结构组成建模为基因表达空间中的连续函数，无需细胞类型注释	NA	克服现有生态位轨迹分析方法的局限性，提高稳健性和准确性	组织微环境	空间转录组学	NA	核方法	NA	空间转录组数据	NA
954	2025-06-05	SpaMask: Dual masking graph autoencoder with contrastive learning for spatial transcriptomics 2025-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012881 PMID:40179332	research paper	提出了一种名为SpaMask的双重掩码图自编码器结合对比学习方法，用于空间转录组数据分析	SpaMask通过同时掩码部分节点和边，结合MGAE和MGCL模块，提升了模型的性能和鲁棒性	未明确提及具体局限性	提升空间转录组数据中空间域表征的准确性和鲁棒性	空间转录组数据	digital pathology	NA	spatial resolved transcriptomics (SRT)	GNN, Masked Graph Autoencoders (MGAE), Masked Graph Contrastive Learning (MGCL)	基因表达数据	五个不同平台的八个数据集
955	2025-06-05	[Mechanism of Quanduzhong Capsules in treating knee osteoarthritis from perspective of spatial heterogeneity] 2025-Apr, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica DOI:10.19540/j.cnki.cjcmm.20241211.401 PMID:40461230	研究论文	本研究通过整合空间转录组数据挖掘和动物实验验证，系统表征了全杜仲胶囊对膝骨关节炎软骨病变的靶向作用，并阐明了相关分子机制	首次从空间异质性角度揭示了全杜仲胶囊在膝骨关节炎病理软骨区域的空间特异性靶向作用和保护机制	研究主要基于大鼠模型和有限的空间转录组数据集，临床转化需要进一步验证	阐明全杜仲胶囊治疗膝骨关节炎的作用机制	SD大鼠膝骨关节炎模型和临床膝骨关节炎患者的软骨组织	生物医学	膝骨关节炎	空间转录组学、HE染色、免疫组化	动物模型	空间转录组数据、病理图像数据	SD大鼠模型和GSE254844数据集中的临床样本
956	2025-06-05	Proximal tubule cells contribute to the thin descending limb of the loop of Henle during mouse kidney development 2025-Mar-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.14.633065 PMID:39868227	研究论文	本研究通过整合多个非突变发育小鼠肾脏的单细胞RNA测序数据集，揭示了近端小管细胞在Henle环薄降支形成过程中的贡献	首次发现近端小管细胞可以转化为Henle环薄降支细胞，并揭示了转录因子Hnf4a在调节这一过程中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类肾脏发育中验证	探究Henle环薄降支细胞在肾脏发育中的形成机制	小鼠肾脏发育过程中的近端小管细胞和Henle环薄降支细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 谱系追踪	NA	基因表达数据	多个非突变发育小鼠肾脏数据集
957	2025-06-05	Single-cell transcriptome analysis reveals atypical monocytes circulating ahead of acute graft-versus-host disease clinical onset 2025-Mar-14, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae229 PMID:39432735	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了在急性移植物抗宿主病（aGVHD）临床发作前循环中的非典型单核细胞	发现了在aGVHD临床发作前18天即可检测到的特定单核细胞和细胞毒性T细胞亚群，这些细胞具有特定的标志物上调	样本量较小，仅包括3名aGVHD患者和4名对照	探索aGVHD的早期诊断标志物和预防策略	接受异基因造血干细胞移植（HSCT）的患者	单细胞转录组学	急性移植物抗宿主病（aGVHD）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	3名aGVHD患者和4名对照
958	2025-06-05	CoupleVAE: coupled variational autoencoders for predicting perturbational single-cell RNA sequencing data 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf126 PMID:40178283	研究论文	提出了一种名为CoupleVAE的新型深度学习方法，用于预测扰动后的单细胞RNA测序数据	CoupleVAE由两个耦合的VAE组成，通过耦合器在潜在空间中进行更复杂的细胞状态转换	NA	预测单细胞扰动响应，以理解生物体的功能和行为	单细胞RNA测序数据	计算生物学	NA	单细胞RNA测序	VAE（变分自编码器）	单细胞RNA测序数据	三个真实数据集（感染、刺激和跨物种预测）
959	2025-06-05	Single-cell transcriptomic analysis and luteolin treatment reveal three adipogenic genes, including Aspn, Htra1 and Efemp1 2025-03, Biochimica et biophysica acta. Molecular and cell biology of lipids DOI:10.1016/j.bbalip.2024.159585 PMID:39662603	研究论文	通过单细胞转录组分析比较肥胖和瘦小鼠的脂肪干细胞和祖细胞（ASPCs），发现了三个脂肪生成基因Aspn、Htra1和Efemp1，并研究了黄酮类化合物木犀草素对这些基因的影响	首次在肥胖和瘦小鼠的ASPCs中鉴定出三个脂肪生成相关基因，并揭示木犀草素可通过上调这些基因抑制脂肪生成	研究仅基于小鼠模型和3T3-L1细胞系，未在人体中进行验证	探究肥胖与瘦小鼠脂肪干细胞和祖细胞的转录组差异，寻找新的脂肪生成调控基因	小鼠皮下脂肪组织中的脂肪干细胞和祖细胞（ASPCs）及3T3-L1细胞系	转录组学	肥胖症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	三个独立的小鼠单细胞RNA测序数据集
960	2025-06-05	Single-cell profiling transcriptomic reveals cellular heterogeneity and cellular crosstalk in breast cancer lymphatic node, bone, and brain metastases 2025-01-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85531-z PMID:39820531	research paper	该研究通过单细胞转录组分析揭示了乳腺癌淋巴结、骨和脑转移的细胞异质性和细胞间通讯	首次在单细胞水平上比较了原发性乳腺癌与淋巴结、骨和脑转移的差异，并鉴定了与转移相关的恶性上皮细胞亚群和癌症相关成纤维细胞(pCAFs)的作用	样本量较小(原发性乳腺癌n=4，淋巴结转移n=4，脑转移n=3，骨转移n=2)，且数据来源于公共数据库	探究乳腺癌转移至淋巴结、骨和脑的潜在细胞起源和驱动因素	乳腺癌原发灶及淋巴结、骨和脑转移灶的细胞组成	digital pathology	breast cancer	single-cell sequencing, InferCNV算法, CellChat包, 基因集变异分析, 免疫组化染色, 多光谱免疫组化染色	NA	单细胞转录组数据	原发性乳腺癌(n=4)、淋巴结转移(n=4)、脑转移(n=3)和骨转移(n=2)样本