单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
941	2025-05-28	scAI-SNP: a method for inferring ancestry from single-cell data 2025, BMC methods DOI:10.1186/s44330-025-00029-4 PMID:40401145	research paper	介绍了一种名为scAI-SNP的工具，用于直接从单细胞基因组数据推断祖先信息	开发了scAI-SNP工具，能够直接从单细胞数据中推断祖先，解决了自我报告种族和民族信息的偏差和不可用性问题	NA	确保单细胞图谱能够代表人类遗传多样性，通过推断数据捐赠者的祖先信息	单细胞基因组数据	基因组学	NA	单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq	NA	单细胞基因组数据	3201名来自26个种群群体的个体
942	2025-05-28	Bulk and single-cell RNA sequencing identify prognostic signatures related to FGFBP2+ NK cell in hepatocellular carcinoma 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.19337 PMID:40416605	research paper	本研究通过批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，识别了与FGFBP2+ NK细胞相关的肝细胞癌（HCC）预后标志物	首次利用单细胞RNA测序技术分析FGFBP2+ NK细胞在HCC中的异质性及其与预后的关系，并构建了RiskScore模型	研究主要依赖于公共数据库的数据，缺乏独立队列验证	识别与FGFBP2+ NK细胞相关的HCC预后标志物，探索其作为潜在治疗靶点的可能性	肝细胞癌（HCC）组织和FGFBP2+ NK细胞	digital pathology	liver cancer	bulk RNA-seq, scRNA-seq	RiskScore model	RNA sequencing data	未明确说明样本数量，数据来源于公共数据库
943	2025-05-28	Single-cell and spatial transcriptomics reveal correlation between RNA methylation-related miRNA risk model and immune infiltration in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1553239 PMID:40416872	research paper	该研究通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了RNA甲基化相关miRNA风险模型与肝细胞癌免疫浸润之间的相关性	首次构建了基于RNA甲基化相关miRNAs（RMRMs）的风险评分模型，并发现其与HCC免疫微环境的相关性	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外细胞实验	探索RNA甲基化相关miRNAs在肝细胞癌免疫微环境中的作用及其预后预测价值	肝细胞癌（HCC）患者样本和Huh-7细胞系	digital pathology	liver cancer	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、miRNA测序	machine learning	RNA-seq数据、单细胞数据、空间转录组数据	未明确说明患者样本量（包含高风险和低风险组），体外实验使用Huh-7细胞系
944	2025-05-28	Uncovering key regulatory pathways and prognostic biomarkers in the tumor microenvironment of high-grade serous ovarian cancer through single-cell RNA sequencing and experimental validation 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1591430 PMID:40416874	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和实验验证，揭示了高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境中的关键调控通路和预后生物标志物	发现了PTN信号通路作为潜在治疗靶点，并确定SDC4作为预后不良的生物标志物	需要进一步研究以全面阐明SDC4在卵巢癌进展中的功能作用	识别高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境中的新型调控靶点和信号通路	高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）的肿瘤微环境	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、qRT-PCR、Western blotting	NA	RNA测序数据、临床数据	GSE146026数据集中的HGSOC样本、TCGA数据集、OVCAR3和SKOV3卵巢癌细胞系
945	2025-05-28	Acetylcholine from tuft cells promotes M2 macrophages polarization in Hirschsprung-associated enterocolitis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1559966 PMID:40416975	研究论文	本研究探讨了乙酰胆碱（ACH）在先天性巨结肠相关肠炎（HAEC）中的抗炎机制及其来源	首次发现tuft细胞分泌的ACH通过促进M2巨噬细胞极化在HAEC中发挥抗炎作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索ACH在HAEC中的抗炎机制，为HAEC的防治提供新方向	先天性巨结肠相关肠炎（HAEC）	医学研究	先天性巨结肠	单细胞转录组测序（scRNA-seq）、免疫荧光、Western blot、RT-qPCR、ELISA、类器官培养	Ednrb-/-小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明样本数量，使用Ednrb-/-小鼠和体外培养的类器官
946	2025-05-28	Single-cell transcriptomic analysis identifies a stress response Schwann cell subtype 2025, Open medicine (Warsaw, Poland) DOI:10.1515/med-2025-1186 PMID:40417312	research paper	通过单细胞转录组学分析，鉴定出一种与压力感知相关的雪旺细胞亚型（SRSCs），并揭示其在周围神经损伤修复中的关键作用	首次发现并命名了一种新的雪旺细胞亚型（SRSCs），揭示了其在压力感知和神经损伤修复中的独特功能	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究雪旺细胞在周围神经系统中的异质性及其在神经损伤修复中的作用	正常和脊髓神经损伤小鼠模型的背根神经节中的雪旺细胞	单细胞转录组学	周围神经疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠背根神经节细胞
947	2025-05-28	Integration of Bulk and Single-Cell RNA Sequencing to Identify RNA Modifications-Related Prognostic Signature in Ovarian Cancer 2025, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S523878 PMID:40417417	研究论文	通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，识别与RNA修饰相关的卵巢癌预后特征基因	首次整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，识别与RNA修饰相关的卵巢癌预后基因，并构建风险预测模型	研究依赖于公共数据库的数据，未进行独立队列验证	识别和验证与RNA修饰相关的卵巢癌预后基因	卵巢癌患者	数字病理	卵巢癌	RNA测序（包括批量RNA测序和单细胞RNA测序），RT-qPCR	LASSO回归	RNA测序数据	公共数据库中的卵巢癌患者RNA测序数据
948	2025-05-28	Association of High Tumor-Stroma Ratio with Prostate Cancer Progression: Insights from Clinical and Genomic Data 2025, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S515066 PMID:40417419	研究论文	本研究探讨了肿瘤间质比例（TSR）在前列腺癌中的预后价值，并通过临床病理数据和RNA测序技术探索了肿瘤-间质相互作用及潜在治疗靶点	首次系统评估TSR在前列腺癌中的预后意义，发现间质细胞相关基因BGN可作为潜在治疗靶点，并预测了针对高TSR患者的抗癌药物靶点	研究采用回顾性设计，需要前瞻性验证	评估肿瘤间质比例在前列腺癌中的预后价值并探索肿瘤-间质相互作用机制	前列腺腺癌患者（两个队列：TCGA队列453例和LUSH队列320例）	数字病理学	前列腺癌	bulk/single-cell RNA测序、数字图像分析、定量实时PCR、体外实验和体内异种移植实验	多变量Cox回归	临床病理数据、RNA测序数据、图像数据	773例前列腺癌患者（TCGA 453例 + LUSH 320例）
949	2025-05-28	Integrative analysis of bulk and single-cell RNA sequencing data reveals increased arachidonic acid metabolism in osteoarthritic chondrocytes 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1552029 PMID:40417665	research paper	通过整合分析大量和单细胞RNA测序数据，揭示了骨关节炎软骨细胞中花生四烯酸代谢的增加	首次揭示了MIF刺激软骨细胞通过激活ERK/PLA2G4A信号通路增加花生四烯酸产生的机制	研究主要基于公共数据库数据，实验验证样本量有限	探究骨关节炎中软骨细胞的代谢调控机制	人类膝关节软骨细胞	digital pathology	osteoarthritis	RNA-seq, scRNA-seq, GSVA, WGCNA, qPCR, WB, ELISA, IHC	NA	RNA sequencing data, protein expression data	公共数据库数据及OA患者软骨样本
950	2025-05-28	Near-infrared fluorescent nanoprobe enables noninvasive, longitudinal monitoring of graft outcome in RPE transplantation 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1583790 PMID:40417666	研究论文	开发了一种近红外荧光纳米探针，用于无创、长期监测视网膜色素上皮细胞移植后的移植效果和免疫排斥反应	利用近红外荧光纳米探针标记供体RPE细胞，实现了移植细胞在体内的长期追踪和免疫排斥反应的评估	纳米探针信号强度随时间减弱，且信号分布扩展至脉络膜，可能影响长期监测的准确性	开发一种简单有效的方法，用于定量评估RPE细胞移植的治疗效果和免疫排斥反应	视网膜色素上皮细胞（RPE）移植和免疫排斥反应	生物医学工程	视网膜退行性疾病	近红外荧光成像、免疫荧光染色、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	荧光信号图像、RNA测序数据	小鼠模型
951	2025-05-28	Disrupting CENP-N mediated SEPT9 methylation as a strategy to inhibit aerobic glycolysis and liver metastasis in colorectal cancer 2024-Dec, Clinical & experimental metastasis IF:4.2Q2 DOI:10.1007/s10585-024-10316-z PMID:39424682	研究论文	本研究探讨了CENP-N介导的SEPT9甲基化在结直肠癌有氧糖酵解和肝转移中的作用	发现CENP-N通过介导SEPT9甲基化促进有氧糖酵解和肝转移的新通路	NA	探索抑制结直肠癌进展和肝转移的潜在治疗靶点	结直肠癌细胞	肿瘤学	结直肠癌	单细胞RNA测序、甲基化特异性PCR (MSP)、ChIP实验	NA	基因表达数据、甲基化数据	NA
952	2025-05-28	OrthologAL: A Shiny application for quality-aware humanization of non-human pre-clinical high-dimensional gene expression data 2024-Nov-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.25.625000 PMID:39651293	研究论文	介绍了一个名为OrthologAL的Shiny应用程序，用于将非人类临床前高维基因表达数据质量感知地转换为人类同源数据	利用BioMart数据库访问Ensembl中的不同基因集，无需用户生成代码即可实现非人类转录组的人类同源转换	未提及具体局限性	促进药物转录组学数据库在临床前研究模型中的应用，并简化非人类转录组的人类同源转换	单细胞或其他高维基因表达数据	生物信息学	NA	单细胞转录组学、空间转录组学	Shiny应用	基因表达数据	包括髓母细胞瘤患者来源的异种移植模型、小鼠和大鼠脊髓损伤模型的数据
953	2025-05-28	Controlling human stem cell-derived islet composition using magnetic sorting 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.19.624394 PMID:39605713	research paper	该研究开发了一种使用磁激活细胞分选（MACS）技术富集干细胞衍生胰岛（SC-islets）中CD49a标记的β细胞的方法，以提高其治疗1型糖尿病的潜力	首次利用MACS技术对SC-islets进行CD49a标记的β细胞富集，显著提升了β细胞比例和功能	研究仅针对CD49a标记进行富集，可能忽略了其他潜在的重要细胞标记	提高干细胞衍生胰岛中β细胞的比例和功能，以改善1型糖尿病的细胞替代治疗	人类多能干细胞（hPSCs）衍生的胰岛细胞	干细胞研究	1型糖尿病	磁激活细胞分选（MACS）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据、免疫染色图像	人类多能干细胞衍生的胰岛细胞样本
954	2025-05-28	Exponential family measurement error models for single-cell CRISPR screens 2024-Oct-01, Biostatistics (Oxford, England) DOI:10.1093/biostatistics/kxae010 PMID:38649751	研究论文	本文介绍了一种名为GLM-EIV的新方法，用于分析单细胞CRISPR筛选数据，解决了现有方法中的偏差和方差问题	提出了GLM-EIV方法，将经典的误差变量模型扩展到指数族分布的响应和噪声预测变量，并开发了跨数百个处理器部署的计算基础设施	未明确提及具体限制，但暗示了现有方法中存在难以选择的调谐参数问题	解决单细胞CRISPR筛选数据分析中的统计挑战	单细胞CRISPR筛选数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序, CRISPR	GLM-EIV	基因表达数据	两个大规模单细胞CRISPR筛选数据集
955	2025-05-28	Cell Simulation as Cell Segmentation 2024-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.25.591218 PMID:38712065	research paper	本文提出了一种基于细胞模拟的细胞分割方法，用于提高单细胞空间转录组学数据的准确性	采用从头细胞模拟方法快速推断形态学上合理的细胞边界，保持细胞类型异质性，并在性能上优于现有方法	方法仅在三种商业平台生成的数据集上进行了基准测试，可能在其他平台上的适用性未经验证	提高单细胞空间转录组学中细胞分割的准确性，以更准确地识别肿瘤浸润免疫细胞	单细胞空间转录组学数据中的细胞边界和肿瘤浸润免疫细胞	digital pathology	renal cell carcinoma	single-cell spatial transcriptomics	NA	transcriptomics data	renal cell carcinoma患者样本数据
956	2025-05-28	Biallelic variants in POPDC2 cause a novel autosomal recessive syndrome presenting with cardiac conduction defects and variable hypertrophic cardiomyopathy 2024-Jul-05, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.07.04.24309755 PMID:39006410	研究论文	研究发现POPDC2基因的双等位基因变异导致一种新型常染色体隐性遗传综合征，表现为心脏传导缺陷和可变性肥厚型心肌病	首次将POPDC2基因的双等位基因变异与人类心脏传导缺陷和肥厚型心肌病联系起来，并通过电生理研究证实了这些变异的功能影响	患者肌肉活检未显示明显的肌病，但POPDC1和POPDC2的表达显著减少，具体机制仍需进一步研究	探究POPDC2基因变异与心脏传导缺陷和肥厚型心肌病之间的关系	4个携带POPDC2双等位基因变异的家族	遗传学	心血管疾病	同源建模、电生理研究、单细胞RNA测序	NA	遗传数据、电生理数据、RNA测序数据	4个家族和超过100万人的群体遗传数据
957	2025-05-28	scAI-SNP: a method for inferring ancestry from single-cell data 2024-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.14.594208 PMID:38798590	research paper	介绍了一种名为scAI-SNP的工具，用于直接从单细胞基因组数据推断供体的祖先信息	开发了scAI-SNP工具，能够直接从单细胞数据中推断祖先信息，解决了自我报告种族和民族信息的偏差和不可用性问题	NA	确保单细胞图谱能代表人类遗传多样性，通过推断供体祖先信息	单细胞基因组数据	genomics	NA	single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq	NA	genomic data	3201名来自26个人群群体的个体
958	2025-05-28	Single-cell and Spatial Transcriptomics Identified Fatty Acid-binding Proteins Controlling Endothelial Glycolytic and Arterial Programming in Pulmonary Hypertension 2024-Apr-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.11.579846 PMID:38370670	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了脂肪酸结合蛋白FABP4和FABP5在肺动脉高压（PAH）中调控内皮细胞糖酵解和动脉编程的作用	首次发现FABP4和FABP5在PAH内皮细胞中的异常表达及其通过调控糖酵解和动脉编程促进血管重塑的机制	研究主要基于动物模型和有限的患者样本，需要在更大规模的人群中进行验证	探究肺动脉高压的细胞和分子机制，寻找新的治疗靶点	肺动脉高压患者和小鼠模型的内皮细胞	生物医学	肺动脉高压	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	基因敲除小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质组数据	IPAH患者样本、PH大鼠和基因敲除小鼠模型
959	2025-05-28	Expression of Key Steroidogenic Enzymes in Human Placenta and Associated Adverse Pregnancy Outcomes 2023-Jul, Maternal-fetal medicine (Wolters Kluwer Health, Inc.) DOI:10.1097/FM9.0000000000000167 PMID:40416852	综述	本文综述了人类胎盘中关键类固醇生成酶的表达及其与不良妊娠结局的关系	总结了胎盘类固醇生成酶在生理和病理状态下的上游调控机制，并探讨了单细胞测序技术在评估类固醇生成酶功能和细胞来源中的应用潜力	关于胎盘类固醇生成酶失调与不良妊娠结局之间关联的现有证据仍存在争议	探讨胎盘类固醇生成酶的表达与不良妊娠结局之间的关系	人类胎盘	生殖医学	不良妊娠结局	单细胞测序	NA	NA	NA
960	2025-05-27	Costunolide: Targeting endothelial cell PANoptosis to mitigate lung injury in acute pancreatitis mice 2025-Jul, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156767 PMID:40318531	research paper	本研究探讨了costunolide（COS）通过抑制内皮细胞PANoptosis来减轻急性胰腺炎（AP）小鼠肺损伤的治疗效果和机制	首次发现COS可作为新型ALDH2激活剂，通过抑制ZBP1介导的内皮细胞PANoptosis来治疗AP相关急性肺损伤（ALI），为AP相关ALI治疗提供了全新靶点	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未进行人体临床试验	探究COS对AP相关ALI的治疗效果及其分子机制	急性胰腺炎小鼠模型和人脐静脉内皮细胞	生物医学	急性胰腺炎和急性肺损伤	转录组测序、单细胞RNA测序、孟德尔随机化、分子对接、分子动力学模拟、Western blot、ELISA	小鼠急性胰腺炎模型和体外内皮细胞损伤模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明具体样本数量，但涉及健康小鼠、AP模型小鼠和人脐静脉内皮细胞