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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 941 | 2025-11-26 |
Distinct Sarcoma Microenvironments Predict Benefit from Addition of Pembrolizumab to Preoperative Radiotherapy and Surgery in SU2C-SARC032
2025-Nov-04, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.11.01.25339299
PMID:41282894
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研究论文 | 本研究通过多组学分析识别了两种不同的肉瘤微环境,揭示了帕博利珠单抗联合术前放疗对不同微环境亚型患者的疗效机制 | 首次构建了UPS和LPS的单细胞RNA-seq图谱,发现两种相反的肿瘤微环境均能从帕博利珠单抗治疗中获益,并阐明了不同的免疫应答机制 | 研究样本量有限,仅针对特定肉瘤亚型,需要更大规模的验证研究 | 精确识别能从帕博利珠单抗联合术前放疗中获益的肉瘤患者 | III期未分化多形性肉瘤和去分化/多形性脂肪肉瘤患者 | 数字病理学 | 肉瘤 | bulk RNA-seq, 流式细胞术, 飞行时间细胞术, 单细胞RNA-seq, 数字细胞术 | NA | RNA测序数据, 细胞计数数据 | 65,786个细胞来自UPS和LPS肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 多组学分析 | NA | NA |
| 942 | 2025-11-26 |
Dynamics of local B cell migration during affinity maturation in the human tonsil
2025-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.31.685876
PMID:41279088
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研究论文 | 本研究通过分析空间转录组数据揭示了人类扁桃体中B细胞在亲和力成熟过程中的局部迁移动态 | 首次证明B细胞局部迁移遵循类似时钟的过程,迁移率约为每50次细胞分裂发生一次,且在不同谱系和时间中保持一致 | 研究基于对现有空间转录组数据的重新分析,可能受原始数据采集和解析方法的限制 | 探究人类扁桃体中B细胞在亲和力成熟过程中的迁移动态及其对序列多样性的影响 | 人类扁桃体中的B细胞 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 943 | 2025-11-26 |
Empirical Evaluation of Single-Cell Foundation Models for Predicting Cancer Outcomes
2025-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.31.685892
PMID:41279698
|
研究论文 | 系统评估九种单细胞基础模型在六种癌症相关任务中的表现 | 首次对多种单细胞基础模型在临床相关任务中进行系统性评估,涵盖零样本学习、持续训练和微调等多种条件 | 当前单细胞基础模型在预测癌症患者临床和生物学结果方面相比简单基线模型优势有限 | 评估单细胞基础模型在癌症转化研究中的临床应用价值 | 单细胞RNA测序数据和癌症患者临床结果 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 基础模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 944 | 2025-11-26 |
Endocrine disruptors and male infertility: multi-omics identification of key genes in non-obstructive azoospermia
2025-Nov, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-025-03664-6
PMID:40956397
|
研究论文 | 通过多组学方法识别环境内分泌干扰物与男性非梗阻性无精子症相关的关键基因 | 整合转录组学、毒理基因组学和孟德尔随机化分析,首次系统识别EDC相关基因在NOA中的因果作用 | 研究主要基于公共数据库和生物信息学分析,需要进一步实验验证 | 探索环境内分泌干扰物导致男性不育的基因机制 | 非梗阻性无精子症患者及相关基因 | 生物信息学 | 男性不育症 | 转录组分析,孟德尔随机化,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,基因组数据 | GEO数据库数据集及单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq,转录组分析 | NA | NA |
| 945 | 2025-11-26 |
Monod: model-based discovery and integration through fitting stochastic transcriptional dynamics to single-cell sequencing data
2025-Nov, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02832-x
PMID:41203866
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研究论文 | 提出一种基于物理模型的方法Monod,通过拟合随机转录动力学来分析单细胞RNA测序数据 | 利用单细胞数据中的新生和成熟RNA计数,在生物物理转录模型下进行有意义的整合,揭示传统方法无法识别的转录调控 | NA | 开发新方法以区分单细胞RNA测序数据的生物学和技术层面,同时揭示基础调控过程 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机转录动力学模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 946 | 2025-11-26 |
Comment on "Melanoma microsatellites exhibit a metastatic signature by spatial transcriptomics and overexpress mediators of immune evasion"
2025-Nov, Virchows Archiv : an international journal of pathology
IF:3.4Q1
DOI:10.1007/s00428-025-04305-0
PMID:41091168
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 947 | 2025-11-26 |
Spatial analysis reveals the cellular microenvironments and mechanisms of inflammation and kidney injury in acute interstitial nephritis
2025-Oct-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.29.684811
PMID:41278888
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研究论文 | 通过空间分析技术揭示急性间质性肾炎中细胞微环境、炎症机制和肾损伤的分子通路 | 首次使用高分辨率成像质谱流式和单细胞空间转录组学识别CXCL9-CXCR3轴为AIN的特异性免疫特征,并发现烟酰胺磷酸核糖转移酶协调代谢-炎症微环境 | 研究样本仅限于人类肾活检组织,样本量未明确说明 | 阐明急性间质性肾炎的发病机制并识别潜在治疗靶点 | 人类肾活检组织(包括AIN、非免疫性急性肾小管损伤和参考组织) | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 成像质谱流式技术, 单细胞空间转录组学 | NA | 空间蛋白质组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学, 成像质谱流式 | NA | NA |
| 948 | 2025-11-26 |
Subclinical Fields of BRAF V600E-Mutant Melanocytes Populate Human Skin and Are Enriched Around Melanoma and Naevi
2025-Oct-28, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljaf412
PMID:41148046
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研究论文 | 本研究在黑色素瘤高风险人群的正常皮肤中发现普遍存在BRAF V600E突变黑色素细胞亚临床区域 | 首次证实正常皮肤中存在BRAF V600E突变黑色素细胞区域,这些区域在肿瘤邻近皮肤中密度更高、频率更高 | 样本主要来自高风险澳大利亚人群,样本量为97例 | 确定BRAF V600E突变黑色素细胞是否常见于高风险成人非病变皮肤 | 高风险澳大利亚黑色素瘤队列的非病变皮肤样本及新生儿包皮来源的黑色素母细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 免疫组织化学,液滴数字PCR,单细胞RNA测序 | NA | 组织切片,基因表达数据 | 97例非病变皮肤样本及新生儿包皮黑色素母细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 949 | 2025-11-26 |
Identification of tumor initiating cells and early marker genes in normal colonic epithelium that lead to neoplastic transformation
2025-Oct-27, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7914753/v1
PMID:41282138
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别了结肠癌起始细胞和早期转录标志物 | 首次在组织学正常的结肠上皮中识别出肿瘤起始细胞,并揭示了从正常到癌前病变的早期转录重编程事件 | 样本量相对较小(7名受试者),需要在更大队列中验证 | 识别结直肠癌发生过程中的肿瘤起始细胞和早期分子标志物 | 人类结肠组织样本,包括正常外观黏膜和配对的息肉组织 | 单细胞组学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,RNA-FISH,生物信息学分析 | Seurat,Monocle 2,CytoTRACE,GSVA,GSEA,RNA velocity,InferCNV | 单细胞转录组数据 | 7名人类受试者,51,054个高质量单细胞转录组 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
| 950 | 2025-11-26 |
Cardiomyocyte-specific plakophilin-2 loss is sufficient to induce aging and senescence of nonmyocytes. Relevance to arrhythmogenic cardiomyopathy
2025-Oct-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.22.682160
PMID:41279511
|
研究论文 | 本研究通过心肌细胞特异性PKP2敲除模型,首次证实仅心肌细胞中plakophilin-2缺失足以诱导非心肌细胞衰老和心脏整体早衰 | 首次将细胞衰老和早衰机制与桥粒性心律失常心肌病相关联,揭示了心肌细胞基因缺陷通过旁分泌机制引发非心肌细胞衰老的新路径 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证;衰老机制的具体信号通路尚未完全阐明 | 探究PKP2缺陷是否仅通过心肌细胞即可引发非心肌细胞衰老和心脏早衰 | 心肌细胞特异性PKP2敲除小鼠模型中的心肌细胞和非心肌细胞 | 心血管疾病研究 | 心律失常性心肌病 | 多重成像、细胞因子阵列、表观遗传时钟、空间转录组学、扩展显微镜、结构照明显微镜 | 基因敲除小鼠模型 | 图像、转录组、蛋白质组、表观遗传数据 | PKP2cKO小鼠模型,具体数量未明确说明 | NA | 空间转录组学、多重免疫组化 | NA | NA |
| 951 | 2025-11-26 |
Glutamine synthetase loss in β-catenin-mutant hepatocellular carcinoma promotes tumor burden through macrophage metabolic reprogramming
2025-Oct-23, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001591
PMID:41129335
|
研究论文 | 本研究探讨β-连环蛋白突变肝细胞癌中谷氨酰胺合成酶缺失如何通过巨噬细胞代谢重编程促进肿瘤负荷 | 首次揭示肿瘤细胞GS缺失后巨噬细胞通过代谢适应维持mTOR激活的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证仍需进一步研究 | 阐明β-连环蛋白突变肝癌中谷氨酰胺合成酶缺失对肿瘤进展的影响机制 | 肝细胞癌小鼠模型和TCGA数据库中的肝癌患者数据 | 癌症代谢研究 | 肝细胞癌 | 单细胞空间转录组学,基因条件性敲除,巨噬细胞清除 | 基因工程小鼠模型 | 转录组数据,组织学数据 | TCGA数据库中的CTNNB1突变肝癌患者和小鼠肿瘤模型 | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 952 | 2025-11-26 |
Modeling Alzheimer's Disease with APOE4 Neuron-Glial Brain Assembloids Reveals IGFBPs as Therapeutic Targets
2025-Oct-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.17.683162
PMID:41279729
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研究论文 | 本研究开发了一种模拟阿尔茨海默病的3D脑类组装体模型,揭示了IGFBP通路在疾病进展中的新作用 | 首次创建包含神经元、星形胶质细胞和小胶质细胞的3D类组装体模型,能够完整模拟阿尔茨海默病病理特征 | 模型仍需进一步验证其与人类疾病进展的完全一致性 | 开发能够准确模拟阿尔茨海默病进展的人类遗传背景模型,并探索治疗靶点 | iPSC来源的神经元、星形胶质细胞和小胶质细胞 | 疾病建模 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,iPSC分化技术 | 3D类组装体模型 | 基因表达数据 | APOE4/4和同基因对照细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 953 | 2025-11-26 |
Activated fatty acid synthesis pathway in macrophages propagates pathogenic fibroblast expansion after myocardial infarction
2025-Oct-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.10.681697
PMID:41279812
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研究论文 | 本研究揭示心肌梗死后巨噬细胞中脂肪酸合成通路通过ACLY和FASN促进致病性成纤维细胞扩增的机制 | 首次发现心脏巨噬细胞通过脂肪酸合成通路调控成纤维细胞扩增,并阐明ACLY通过乙酰化调控促纤维化细胞因子IL-33产生的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究巨噬细胞脂肪酸合成通路在心肌梗死后炎症和心脏重塑中的作用 | 心肌梗死小鼠模型和人类心脏样本中的巨噬细胞与成纤维细胞 | 代谢组学与单细胞生物学 | 心血管疾病 | 空间代谢组学,CUT&RUN,RNA测序,单细胞RNA测序,空间多组学 | 基因敲除小鼠模型 | 代谢组数据,基因组数据,转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序,空间多组学 | NA | NA |
| 954 | 2025-11-26 |
ST2HE: A Cross-Platform Framework for Virtual Histology and Annotation of High-Resolution Spatial Transcriptomics Data
2025-Oct-13, ArXiv
PMID:41281202
|
研究论文 | 提出ST2HE跨平台生成框架,能够从高分辨率空间转录组数据直接合成虚拟H&E图像 | 首次开发了基于一步扩散模型的跨平台框架,整合细胞核形态和空间转录坐标生成组织学忠实的虚拟H&E图像 | NA | 为高分辨率空间转录组数据开发标准化的组织学注释框架 | 乳腺癌、非小细胞肺癌和卡波西肉瘤组织样本 | 计算病理学 | 多种癌症 | 空间转录组学 | 扩散模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 高分辨率空间转录组学 | NA | NA |
| 955 | 2025-11-26 |
Transposable Elements and Homotypic Niches Drive Immune Dynamics and Resistance in Melanoma Epigenetic-based immunotherapy
2025-Oct-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.09.679175
PMID:41278906
|
研究论文 | 本研究通过单细胞多组学和高分辨率空间转录组学分析,揭示了表观遗传免疫疗法如何重塑黑色素瘤生态系统 | 发现转座子元件激活和同型生态位驱动免疫动态,识别NFATC2作为神经嵴样表型的主调控因子和耐药促进因子 | 样本来源于单一临床试验队列,需要更大规模验证 | 探索表观遗传免疫疗法对黑色素瘤生态系统重塑的机制 | 黑色素瘤患者纵向活检样本 | 空间转录组学 | 黑色素瘤 | 单细胞多组学,空间转录组学 | 空间建模 | 单细胞多组学数据,空间转录组数据 | NIBIT-M4临床试验患者纵向活检样本 | NA | 单细胞多组学,空间转录组学 | NA | NA |
| 956 | 2025-11-26 |
Nutritional hyperketonemia by dietary medium-chain fatty acids is driven by the liver without contribution from the intestine
2025-Oct-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.08.681190
PMID:41279942
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研究论文 | 本研究通过基因敲除小鼠模型和细胞实验证明膳食中链脂肪酸诱导的营养性高酮血症主要由肝脏介导,肠道几乎不参与此过程 | 首次明确区分肝脏和肠道在膳食中链脂肪酸诱导酮体生成中的具体作用,挑战了通过门静脉代谢物测量推断肠道贡献的常规做法 | 研究主要聚焦于C8:0中链脂肪酸,其他类型中链脂肪酸的作用尚未验证;细胞实验可能无法完全模拟体内复杂环境 | 阐明膳食中链脂肪酸诱导营养性高酮血症的主要器官来源 | 基因敲除小鼠、原代肝细胞、人和小鼠肠道细胞系 | 代谢研究 | 代谢疾病 | RNA测序、细胞培养、代谢物测量 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据、代谢物浓度数据 | 多种基因型小鼠、原代细胞和细胞系 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 957 | 2025-11-26 |
A Single-Cell Atlas of Transcriptional and Immunoglobulin Repertoire Evolution in Early B Cell Development
2025-Oct-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.08.681095
PMID:41278878
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建早期B细胞发育过程中转录组和免疫球蛋白库演化的单细胞图谱 | 首次在pro-B细胞发育阶段发现每次重组事件后的增殖爆发,并详细描述了重链CDR3缩短和V/D/J基因使用变化等库特征演变 | 仅包含6名健康供体的样本,样本量相对有限 | 研究早期B细胞发育过程中转录组和免疫球蛋白库的演化规律 | 人类骨髓中的B细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序,NGS,生物信息学分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 6名健康供体的65,110个B细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 958 | 2025-11-26 |
Islet-intrinsic sex differences in inflammatory signaling contribute to autoimmune diabetes susceptibility
2025-Oct-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.06.680429
PMID:41279069
|
研究论文 | 本研究通过转录组学和蛋白质组学分析揭示了胰岛β细胞内在的性别差异如何通过炎症信号通路影响自身免疫性糖尿病的易感性 | 首次系统揭示了胰岛β细胞对炎症反应的性别特异性差异,并阐明了雌激素通过重编程β细胞降低其免疫原性的分子机制 | 研究主要基于体外实验和动物模型,在人类中的直接验证仍需进一步研究 | 探究性别差异在1型糖尿病易感性中的分子机制 | 人类胰岛组织、小鼠β细胞、非肥胖糖尿病小鼠模型 | 生物医学研究 | 1型糖尿病 | 转录组学分析、蛋白质组学分析、单细胞RNA测序、共培养实验 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据 | 人类供体胰岛组织、NOD小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 959 | 2025-11-26 |
IFN-I-Mediated Transcriptional Reprogramming Drives Myeloid-skewed Hematopoiesis in Sickle Cell Anemia
2025-Oct-07, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7766748/v1
PMID:41282081
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示镰状细胞贫血中I型干扰素驱动的髓系偏向造血机制 | 首次发现镰状细胞贫血中I型干扰素信号异常激活导致造血干细胞向髓系分化重编程 | NA | 阐明镰状细胞贫血中病理性髓系生成和炎症的内在机制 | 镰状细胞贫血患者的造血干细胞和多能祖细胞 | 单细胞基因组学 | 镰状细胞贫血 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 960 | 2025-11-26 |
VISTA Uncovers Missing Gene Expression and Spatial-induced Information for Spatial Transcriptomic Data Analysis
2025-Oct-07, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7564369/v1
PMID:41282090
|
研究论文 | 本文提出了一种名为VISTA的新方法,用于预测空间转录组数据中未观测基因的表达水平 | 基于变分推断和几何深度学习联合建模scRNA-seq和SST数据,并引入不确定性量化 | NA | 解决空间转录组技术同时分析基因数量有限的问题 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 变分推断, 几何深度学习 | 基因表达数据, 空间数据 | 四个SST数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |