单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
941	2025-05-30	Single-cell RNAseq of Angiotensin II-induced abdominal aortic tissue identifies aneurysm-associated cell clusters in C57BL/6J mice 2025-May-28, Bioscience reports IF:3.8Q2 DOI:10.1042/BSR20241235 PMID:40440080	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究血管紧张素II诱导的小鼠腹主动脉瘤（AAA）模型中与动脉瘤相关的特定细胞群	首次识别出一种由内皮细胞转化的特殊细胞群（恶性ECs），并发现Cxcl12-Cxcr4/Ackr3轴可能在AAA形成中发挥作用	研究仅在小鼠模型中进行，未在人类样本中验证	探究腹主动脉瘤形成过程中特定细胞群的作用	C57BL/6J小鼠的腹主动脉组织	单细胞测序	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	不同年龄（14周、20周、32周）和不同血管紧张素II剂量（1.44 mg/kg/day、2.16 mg/kg/day）的C57BL/6J小鼠
942	2025-05-30	Image guided construction of a common coordinate framework for spatial transcriptome data 2025-May-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-01862-x PMID:40413226	research paper	本文提出了一种名为STaCker的深度学习算法，通过图像配准过程统一转录组切片的坐标，以解决空间转录组数据缺乏共同坐标框架的问题	STaCker通过整合组织图像和基因表达数据生成复合图像表示，并利用合成数据进行训练，克服了训练数据稀缺的问题，显著提高了切片间的空间一致性	NA	构建空间转录组数据的共同坐标框架，以促进数据比较和整合	空间转录组数据	digital pathology	NA	空间转录组技术	深度学习算法	图像和基因表达数据	多种基准数据集和真实空间转录组数据集
943	2025-05-30	Progress in single-cell sequencing of retinal vein occlusion or ischemic hypoxic retinopathy 2025-May-23, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2025.110436 PMID:40414336	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在视网膜静脉阻塞（RVO）和缺血性低氧视网膜病变（IHR）研究中的最新进展	利用scRNA-seq技术解析RVO和IHR的细胞和分子异质性，探索潜在治疗靶点和生物标志物，并整合snRNA-seq、空间转录组学和多组学方法增强视网膜响应的时空映射	当前挑战包括样本保存、视网膜细胞类型注释和跨物种翻译	深入了解RVO和IHR的细胞和分子机制，推动精准诊断和靶向治疗	视网膜静脉阻塞（RVO）和缺血性低氧视网膜病变（IHR）	digital pathology	retinal vascular diseases	scRNA-seq, snRNA-seq, spatial transcriptomics, multi-omics	NA	RNA sequencing data	NA
944	2025-05-30	Chemotaxis overrides killing response in alloreactive cytotoxic T-cells providing vascular immune privilege during cellular rejection 2025-May-22, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI155191 PMID:40435228	研究论文	本文探讨了在细胞排斥反应中，趋化作用如何覆盖杀伤反应，从而为同种异体反应性细胞毒性T细胞提供血管免疫特权	挑战了传统的细胞内在免疫特权观点，提出了一种细胞外在机制，即趋化作用在T细胞介导的排斥反应中保护移植物血管	研究主要基于小鼠模型和人类肾移植样本，可能不适用于所有类型的移植或病理条件	揭示在T细胞介导的排斥反应中移植物血管免疫特权的机制	同种异体反应性细胞毒性T细胞（CTLs）、移植物内皮细胞（ECs）和上皮细胞	免疫学	移植排斥	转录组分析、内皮-间质转化评估、共培养实验、活体显微镜检查、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、显微镜图像、单细胞RNA测序数据	小鼠肾移植模型和人类肾移植样本
945	2025-05-30	Dynamic heterogeneity towards drug resistance in AML cells is primarily driven by epigenomic mechanism unveiled by multi-omics analysis 2025-May-21, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.05.038 PMID:40409464	研究论文	通过多组学分析揭示急性髓系白血病（AML）细胞耐药性的动态异质性主要由表观基因组机制驱动	开发了一种新型多重scRNA-seq策略NAMUL-seq，提高了单细胞转录组研究的效率和可扩展性，并揭示了AML细胞耐药性主要由表观基因组机制而非基因突变驱动	研究仅使用了AML细胞系（KG-1a、Kasumi-1和HL-60），未涉及原代细胞或体内模型	阐明AML细胞耐药性的细胞和分子机制	AML细胞系（KG-1a、Kasumi-1和HL-60）	多组学分析	急性髓系白血病（AML）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、染色质可及性分析（scATAC-seq）、DNA甲基化分析、全外显子测序（WES）	NA	单细胞转录组数据、表观基因组数据、外显子数据	三种AML细胞系（KG-1a、Kasumi-1和HL-60）
946	2025-05-30	Deciphering the regulatory networks of human male germline development from embryo to adulthood 2025-May-21, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167918 PMID:40409516	research paper	该研究通过整合92,488个人类睾丸细胞，构建了从六周胚胎到老年男性的全面男性生殖细胞图谱，揭示了男性生殖细胞发育的调控网络	揭示了WNT6-FZD3/LRP6-JUN/MYC信号轴在未分化精原细胞前体调控网络重构中的作用，并发现JUN和MYC可能是抑制精原细胞分化的核心转录因子	研究主要基于单细胞RNA测序数据，缺乏功能验证实验	解析人类男性生殖细胞从胚胎到成年的发育调控网络	人类睾丸细胞（从六周胚胎到老年男性）	生殖生物学	男性不育症（特发性非梗阻性无精症）	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	92,488个人类睾丸细胞
947	2025-05-30	Heterogeneous pericoerulear neurons tune arousal and exploratory behaviours 2025-May-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08952-w PMID:40335695	research paper	该研究揭示了大脑蓝斑核（LC）周围异质性GABA能神经元在调节觉醒和探索行为中的作用	首次识别并描述了LC周围转录、空间和功能多样的GABA能神经元群体，这些神经元通过调节LC放电模式来控制全局觉醒水平和相关行为	研究主要基于小鼠模型，人类中的相关性尚需进一步验证	探索局部神经调节输入如何控制LC功能及其在觉醒和行为调节中的作用	小鼠大脑蓝斑核（LC）及其周围神经元	神经科学	神经精神疾病	病毒追踪、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据、神经电生理数据	NA
948	2025-05-30	Construction of a deep learning model and identification of the pivotal characteristics of FGF7- and MGST1- positive fibroblasts in heart failure post-myocardial infarction 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143171 PMID:40258553	research paper	该研究构建了一个深度学习模型，并鉴定了心肌梗死后心力衰竭（post-MI HF）中FGF7-和MGST1-阳性成纤维细胞的关键特征	发现了FGF7MGST1成纤维细胞在post-MI HF中的下调，并通过机器学习算法鉴定了17个特征基因，构建了预测心力衰竭的深度学习模型	成纤维细胞在正常心脏组织和心力衰竭组织中的异质性仍需进一步研究	探究心肌梗死后心力衰竭中成纤维细胞的功能失调及其关键特征	FGF7-和MGST1-阳性成纤维细胞	digital pathology	cardiovascular disease	scRNA-seq, qRT-PCR, mendelian randomization analysis	deep learning model	single-cell RNA sequencing data, gene expression data	NA
949	2025-05-30	Neurotrophin-3/chitosan inhibits cuproptosis-related genes to enable functional recovery after spinal cord injury 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143403 PMID:40268016	research paper	本研究探讨了铜死亡相关基因(CRGs)在脊髓损伤(SCI)中的调控机制，并探索了负载神经营养因子-3(NT3)的壳聚糖在促进功能恢复中的治疗潜力	首次发现四个关键CRGs (Atp7a, Cp, Loxl2, 和 Pde3b)和三个关键转录因子(C/EBPα, Stat6, 和 Runx1)在SCI后上调，促进铜死亡和神经炎症，并证明NT3负载壳聚糖能显著抑制CRG表达并增强功能恢复	需要在更大的队列中验证这些发现，并探索NT3负载壳聚糖调节CRG表达的详细机制	研究SCI中CRGs的调控机制及NT3负载壳聚糖的治疗潜力	小鼠脊髓组织	神经科学	脊髓损伤	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 分子对接分析	动物模型, 机器学习	RNA-seq数据	NA
950	2025-05-30	Role of Galactosylceramide Metabolism in Satellite Glial Cell Dysfunction and Neuron-Glia Interactions in Painful Diabetic Peripheral Neuropathy 2025-03-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14060393 PMID:40136642	research paper	本研究探讨了半乳糖神经酰胺（GalCer）在糖尿病周围神经病变（DPN）进展过程中卫星胶质细胞（SGCs）功能障碍和神经元-胶质细胞相互作用中的作用	首次揭示了GalCer代谢在SGC功能障碍和神经元-胶质细胞相互作用中的核心作用，并识别出GalCer代谢作为潜在治疗靶点	研究仅基于大鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究GalCer在糖尿病周围神经病变（DPN）进展中的作用机制	卫星胶质细胞（SGCs）和神经元-胶质细胞相互作用	神经科学	糖尿病周围神经病变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、靶向质谱分析和免疫荧光分析	大鼠模型	RNA测序数据、质谱数据和图像数据	NA
951	2025-05-30	Multihormone-producing capabilities of normal pancreatic islet cells-spatial transcriptomics analysis using Xenium 2025, Biomedical research (Tokyo, Japan) DOI:10.2220/biomedres.46.129 PMID:40436764	research paper	本研究通过空间转录组学分析探讨了成人胰岛细胞是否具有同时产生多种胰腺激素的能力	首次使用Xenium技术进行空间转录组学分析，揭示了成人胰岛细胞可能具有同时产生多种胰腺激素的基因表达能力	样本量较小，仅来自3名胰腺肿瘤患者的11个胰岛组织	阐明成人胰岛细胞是否具有同时产生多种胰腺激素的基因表达能力	成人胰岛细胞	空间转录组学	胰腺肿瘤	Xenium空间转录组学分析	NA	基因转录数据	3名患者的11个胰岛组织中的773个胰岛细胞
952	2025-05-29	Impact of HLA alloimmunization on clinical outcomes of severe aplastic anemia treated with immunosuppressive therapy 2025-Jun-10, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024015301 PMID:40085951	research paper	该研究探讨了HLA同种免疫对接受免疫抑制治疗的严重再生障碍性贫血患者临床结果的影响	首次在大型iAA患者队列中研究了HLA同种免疫的临床相关性，并发现其与疾病预后相关	研究样本量有限，且来自特定临床试验队列	评估HLA同种免疫对iAA患者临床结局的影响	444名接受免疫抑制治疗的严重再生障碍性贫血患者	血液病学	再生障碍性贫血	单细胞RNA测序	NA	临床数据和RNA测序数据	444名患者（其中99名存在HLA同种免疫）
953	2025-05-29	Decellularised Amniotic Membrane for the Neurogenic Expression of Human Mesenchymal Stem Cells 2025-Jun, Journal of biomedical materials research. Part B, Applied biomaterials DOI:10.1002/jbm.b.35588 PMID:40424302	研究论文	研究脱细胞羊膜（DAM）对人间充质干细胞（hMSCs）神经分化的诱导作用，以促进周围神经病变的神经再生	使用DAM诱导hMSCs神经分化，并通过空间转录组测序和网络药理学分析揭示其促进神经修复的机制	未提及具体样本量及实验设计的详细局限性	探究DAM在神经再生中的作用及其潜在治疗应用	人间充质干细胞（hMSCs）和脱细胞羊膜（DAM）	再生医学	周围神经病变	空间转录组测序、免疫荧光染色、网络药理学分析	NA	基因表达数据、细胞图像数据	NA
954	2025-05-29	Targeting Ferroptosis Alleviates Pulmonary Arterial Hypertension, Insights from Transcriptomic and Experimental Analyses 2025-May-28, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202500001 PMID:40432432	研究论文	本研究探讨了铁死亡在肺动脉高压（PAH）发展中的作用及其分子机制，并通过转录组和实验分析验证了靶向铁死亡对PAH的治疗潜力	首次揭示了铁死亡在PAH内皮细胞损伤和血管重塑中的关键作用，并发现HIF1α信号在铁死亡诱导中的重要性	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证有限	探究铁死亡在PAH发病机制中的作用并开发潜在治疗策略	肺动脉高压（PAH）患者和小鼠模型	分子病理学	肺动脉高压	转录组测序、单细胞RNA测序	PAH小鼠模型（缺氧+SU5416诱导）	基因表达数据、组织学数据	未明确说明患者样本量，使用小鼠模型进行实验
955	2025-05-29	Immunotyping the Tumor Microenvironment Reveals Molecular Heterogeneity for Personalized Immunotherapy in Cancer 2025-May-28, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417593 PMID:40433880	research paper	开发了一种名为TMEclassifier的机器学习工具，用于将肿瘤微环境（TME）分类为三种亚型，以指导个性化免疫治疗	首次提出了一种高度可访问、高通量的方法来定义肿瘤微环境的异质性，并通过机器学习工具TMEclassifier对癌症进行分类	虽然在小鼠模型和前瞻性胃癌队列中验证了TMEclassifier的预测能力，但还需要在更广泛的癌症类型和更大样本中进行验证	研究肿瘤微环境的异质性，以指导个性化免疫治疗策略	肿瘤微环境（TME）及其在癌症免疫治疗中的作用	machine learning	cancer	bulk RNA sequencing, single-cell RNA sequencing	machine-learning tool (TMEclassifier)	RNA sequencing data	前瞻性胃癌队列（TIMES-001）及其他多样本队列
956	2025-05-29	Blood Biomarker-Based Predictive Indicator for Liver Metastasis in Alpha-Fetoprotein-Producing Gastric Cancer and Multi-Omics Tumor Microenvironment Insights 2025-May-28, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202503499 PMID:40433893	研究论文	本研究开发了一种基于血液生物标志物的预测指标（ANLiM评分），用于预测甲胎蛋白产生性胃癌（AFPGC）患者的肝转移风险，并通过多组学分析揭示了肝转移AFPGC的免疫抑制性肿瘤微环境特征	结合AFP和中性粒细胞-淋巴细胞比率（NLR）开发了新型预测指标ANLiM评分，并通过单细胞RNA测序等技术首次揭示了AFPGC肝转移的免疫微环境特征	回顾性研究设计可能引入选择偏倚，样本量相对有限（317例）	开发AFPGC肝转移预测工具并探索其肿瘤微环境特征	甲胎蛋白产生性胃癌（AFPGC）患者	肿瘤学	胃癌	全外显子组测序、蛋白质组学分析、单细胞RNA测序、多重免疫荧光	多变量逻辑回归模型、列线图	临床数据、基因组数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据	317例AFPGC患者
957	2025-05-29	Single-Cell Analysis Reveals that Vitamin C Inhibits Bone Metastasis of Renal Cancer via Cell Cycle Arrest and Microenvironment Remodeling 2025-May-28, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202501011 PMID:40433925	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示了维生素C通过细胞周期阻滞和微环境重塑抑制肾癌骨转移的机制	首次使用单细胞RNA测序技术揭示了维生素C在骨转移微环境中的抗肿瘤作用，并提出了维生素C与CXCR2拮抗剂联合治疗的新策略	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探索维生素C抑制肾癌骨转移的分子机制及其治疗潜力	肾癌细胞及其骨转移微环境	肿瘤学	肾癌	单细胞RNA测序	小鼠骨转移模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用纤维蛋白凝胶诱导的3D肿瘤球体来源的肾癌细胞
958	2025-05-29	PROS1-MERTK Axis Drives Tumor Microenvironment Crosstalk and Progression in Papillary Thyroid Microcarcinoma 2025-May-28, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413474 PMID:40433916	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了PROS1-MERTK轴在甲状腺微小乳头状癌（PTMC）进展中的关键作用	首次揭示了PROS1-MERTK信号通路通过旁分泌和自分泌机制加速PTMC进展，并鉴定出NFYB和FOXP2作为PROS1转录的激活剂	样本量较小（19个手术组织标本），且仅针对PTMC进行研究	探索甲状腺微小乳头状癌（PTMC）进展的分子机制和生物标志物	15名患者的19个手术组织标本，包括癌旁组织、非进展性PTMC、进展性PTMC和进展性PTC	肿瘤生物学	甲状腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	RNA测序数据	19个手术组织标本（来自15名患者）
959	2025-05-29	Single-cell targeted transcriptomics reveals subset-specific immune signatures differentiating asymptomatic and cardiac patients with chronic Chagas disease 2025-May-28, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1 DOI:10.1093/infdis/jiaf269 PMID:40434116	研究论文	通过单细胞靶向转录组学揭示了慢性查加斯病无症状患者和心脏病患者亚群特异性免疫特征	首次应用免疫基因靶向单细胞RNA测序技术，揭示了慢性查加斯病不同临床形式患者的免疫细胞亚群特异性基因表达模式	研究仅基于外周血单个核细胞(PBMCs)，未涉及其他组织或更广泛的样本	揭示慢性查加斯病不同临床形式(无症状和心脏病)患者的免疫特征差异	慢性查加斯病患者的外周血单个核细胞(PBMCs)	单细胞转录组学	查加斯病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	来自无症状(IND)和心脏病(CCC)患者的外周血单个核细胞样本
960	2025-05-29	Circadian Gene BMAL1 Regulation of Cellular Senescence in Thyroid Aging 2025-May-28, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70119 PMID:40434135	研究论文	研究昼夜节律基因BMAL1在甲状腺衰老过程中对细胞衰老的调控作用	揭示了BMAL1基因下调通过抑制NFKBIA表达加速甲状腺细胞衰老和损害激素合成的新机制	NA	探究甲状腺衰老的分子和功能特征及其与甲状腺激素合成的关系	人类甲状腺组织和小鼠模型	分子生物学	甲状腺疾病	scRNA-seq, 转录组测序	甲状腺特异性Bmal1敲除小鼠模型	基因表达数据	年轻、中年和老年组的人类甲状腺组织