单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
941	2025-04-16	Transcript and protein signatures derived from shared molecular interactions across cancers are associated with mortality 2024-05-11, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05268-7 PMID:38734658	研究论文	通过分析多种实体癌中的共享细胞间相互作用，构建了一个共享多细胞肿瘤模型，并从中提取了一个与癌症死亡率相关的基因特征	首次构建了一个跨癌种的共享多细胞肿瘤模型，并从中提取了一个与死亡率相关的基因特征，揭示了基质癌相关成纤维细胞在肿瘤微环境中的调控作用	研究仅基于五种癌症类型的数据，可能无法完全代表所有癌症类型	识别跨癌种的共享细胞间相互作用及其与癌症死亡率的关系	乳腺癌、结肠癌、肝癌、肺癌和卵巢癌	肿瘤微环境	多种实体癌	单细胞RNA测序、NicheNet分析	共享多细胞肿瘤模型(shared-MCTM)	RNA测序数据、蛋白质组学数据	TCGA队列(9185个肿瘤样本和727个对照，22种癌症)和UK生物银行队列(10,384名癌症患者和5063名对照，17种癌症)
942	2025-04-16	Choline metabolism reprogramming mediates an immunosuppressive microenvironment in non-small cell lung cancer (NSCLC) by promoting tumor-associated macrophage functional polarization and endothelial cell proliferation 2024-05-10, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05242-3 PMID:38730286	研究论文	本研究探讨了胆碱代谢在非小细胞肺癌(NSCLC)免疫抑制微环境中的作用及其对免疫治疗的影响	发现胆碱酯酶(ChE)作为NSCLC预后标志物，揭示了胆碱代谢相关基因特征与免疫抑制微环境的关联，并阐明了MTHFD1在巨噬细胞分化和内皮细胞增殖中的作用	研究样本量有限(277例)，且机制研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证	探究胆碱代谢在NSCLC免疫微环境中的作用及其对免疫治疗反应的影响	277例接受一线免疫治疗的晚期NSCLC患者	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，Cox回归分析，Kaplan-Meier生存分析	预后模型(nomogram)，风险特征模型	临床数据，基因表达数据	277例晚期NSCLC患者
943	2025-04-16	Integrative analyses of bulk and single-cell transcriptomics reveals the infiltration and crosstalk of cancer-associated fibroblasts as a novel predictor for prognosis and microenvironment remodeling in intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-05-03, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05238-z PMID:38702814	研究论文	本研究通过整合大量和单细胞转录组学数据，揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）的浸润和相互作用作为肝内胆管癌（ICC）预后和微环境重塑的新型预测因子	首次通过WGCNA和单细胞转录组学分析构建了CAFs浸润的生物标志物，并揭示了成纤维细胞与肿瘤细胞间的关键相互作用及其在免疫抑制微环境重塑中的作用	研究结果需要进一步的实验验证，且样本量在某些队列中可能不足	探索肝内胆管癌微环境中癌症相关成纤维细胞的异质性和相互作用，及其对预后和微环境重塑的影响	肝内胆管癌（ICC）患者样本	数字病理学	肝内胆管癌	WGCNA, 单细胞转录组学分析	NA	转录组数据	TCGA-CHOL、GSE89748和107,943队列的样本
944	2025-04-16	Whole-cortex in situ sequencing reveals input-dependent area identity 2024-Apr-24, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07221-6 PMID:38658747	研究论文	利用高通量原位测序技术BARseq研究小鼠大脑皮层神经元转录组特征及其发育依赖关系	首次在全皮层范围应用BARseq技术，揭示了输入依赖性区域身份的形成机制	研究仅针对小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究大脑皮层神经元转录组特征的空间组织及其发育机制	小鼠前脑半球中的4,194,658个皮层神经元	神经科学	NA	BARseq高通量原位测序	NA	基因表达数据	9个小鼠前脑半球中的10.3百万个细胞（含4,194,658个皮层神经元）
945	2025-04-16	De novo antibody discovery in human blood from full-length single B cell transcriptomics and matching haplotyped-resolved germline assemblies 2024-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.26.586834 PMID:38585716	研究论文	该研究通过结合基因组测序和单细胞转录组测序，探索了人类B细胞中抗体多样性的形成机制	首次将单细胞转录组测序与匹配的单倍型解析的种系组装相结合，用于新抗体的发现	研究仅针对MMR疫苗接种后的B细胞，可能无法全面反映所有免疫挑战下的抗体多样性	理解种系IG单倍型如何影响表达的抗体库	人类B细胞及其表达的抗体	基因组学	麻疹	单细胞转录组测序, 基因组测序	NA	基因组数据, 转录组数据	来自同一供体的B细胞
946	2025-04-15	Macrophage polarization-mediated PKM2/mTORC1/YME1L signaling pathway activation in fibrosis associated with Cardiorenal syndrome 2025-Jul, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111664 PMID:39961408	研究论文	本文研究了巨噬细胞极化介导的PKM2/mTORC1/YME1L信号通路在心肾综合征相关纤维化中的作用	首次揭示了HIF-1α诱导的M1巨噬细胞极化通过PKM2/mTORC1/YME1L信号轴驱动肾纤维化的机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床样本验证不足	探索心肾综合征中肾纤维化的分子机制	巨噬细胞极化过程及其下游信号通路	分子病理学	心肾综合征	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、CRISPR/Cas9基因编辑、慢病毒载体	CRS小鼠模型	基因表达数据、组织学图像	未明确说明具体样本数量，使用CRS小鼠模型和体外共培养系统
947	2025-04-15	Identification of potential biomarkers in cardiovascular calcification based on bioinformatics combined with single-cell RNA-seq and multiple machine learning analysis 2025-Jul, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111705 PMID:40024421	研究论文	本研究通过生物信息学结合单细胞RNA测序和多种机器学习分析，识别心血管钙化的潜在生物标志物	结合单细胞RNA测序和多种机器学习方法识别新的心血管钙化生物标志物，并探索其与免疫过程的关联	研究样本量有限，且主要依赖公共数据集，需进一步实验验证	探索血管钙化的分子和遗传机制，识别相关生物标志物	巨噬细胞中的钙化标志物相关基因	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序, 机器学习, ELISA, 免疫组化	多种机器学习方法	基因表达数据	公共数据集GSE104140和GSE235995，以及GSE159677单细胞RNA测序数据
948	2025-04-15	Single-cell RNA sequencing reveals B cell dynamics and osteoclast activation in Talaromycosis-related bone destruction 2025-Jul, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111708 PMID:40032159	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了马尔尼菲篮状菌病相关骨破坏中B细胞动态和破骨细胞活化的机制	首次使用单细胞RNA测序技术分析马尔尼菲篮状菌感染后小鼠胫骨骨髓中B细胞组成的变化，并探讨了其与骨破坏的潜在关联	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探索马尔尼菲篮状菌病引起的骨破坏及其潜在机制	马尔尼菲篮状菌感染的小鼠模型	单细胞测序	马尔尼菲篮状菌病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、Micro CT、流式细胞术、qRT-PCR、Western blot	NA	单细胞RNA测序数据、影像数据、蛋白质数据	小鼠模型(具体数量未明确说明)
949	2025-04-15	Therapeutic potential of Da Cheng Qi Decoction and its ingredients in regulating ferroptosis via the NOX2-GPX4 signaling pathway to alleviate and predict severe acute pancreatitis 2025-Jul, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111733 PMID:40081545	research paper	本研究探讨了大承气汤及其成分通过调节NOX2-GPX4信号通路中的铁死亡来缓解和预测重症急性胰腺炎的治疗潜力	首次揭示了大承气汤通过NOX2/GPX4通路抑制铁死亡的机制，并开发了基于机器学习的预测模型和列线图用于急性胰腺炎风险评估	样本量相对有限（32名健康对照和87名AP患者），且需要进一步临床验证	阐明大承气汤对重症急性胰腺炎的保护作用机制，并建立急性胰腺炎风险评估的预测模型	胰腺腺泡细胞和急性胰腺炎患者	生物医学研究	急性胰腺炎	微阵列分析、机器学习算法（LASSO回归）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、HPLC分析	预测性列线图模型	基因表达数据、单细胞转录组数据	32名健康对照和87名AP患者
950	2025-04-15	OTUB1 promotes glioma progression by stabilizing TRAF4 2025-Jul, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111704 PMID:40090557	研究论文	本研究探讨了OTUB1在胶质瘤中的功能作用及其对TRAF4稳定性的影响，以寻找潜在的治疗靶点	揭示了OTUB1通过抑制TRAF4的泛素化来稳定TRAF4，从而促进胶质瘤细胞的增殖和侵袭	样本量较小（12名患者），且仅在LN229和U87MG细胞系中进行了体外实验	研究OTUB1在胶质瘤中的功能作用及其对TRAF4稳定性的影响，寻找潜在的治疗靶点	胶质瘤组织和细胞系（LN229和U87MG）	肿瘤生物学	胶质瘤	单细胞测序、Western blot、qPCR、免疫共沉淀、泛素化实验	裸鼠异种移植模型	测序数据、蛋白质表达数据	12名胶质瘤患者的20,145个胶质瘤细胞
951	2025-04-15	Fibroblast-derived versican exacerbates periodontitis progression by regulating macrophage migration and inflammatory cytokine secretion 2025-Jul, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111755 PMID:40112905	研究论文	研究探讨了纤维母细胞衍生的Versican（VCAN）在牙周炎进展中的作用及其通过调节巨噬细胞迁移和炎症因子分泌加剧疾病的机制	首次揭示了VCAN在牙周炎中主要由纤维母细胞产生，并通过激活巨噬细胞的MAPK信号通路加剧炎症反应	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	探讨VCAN在牙周炎中的病理作用及其调控机制	牙周炎中的纤维母细胞和巨噬细胞	分子病理学	牙周炎	RNA测序（bulk RNA和单细胞RNA测序）、定量实时聚合酶链反应（qRT-PCR）、免疫组织化学染色、免疫荧光染色	动物模型和细胞模型（L929细胞和RAW264.7细胞）	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及动物模型和细胞实验
952	2025-04-15	MBD2 promotes epithelial-to-mesenchymal transition (EMT) and ARDS-related pulmonary fibrosis by modulating FZD2 2025-Jun, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167798 PMID:40081619	研究论文	本研究探讨了甲基化CpG结合域蛋白2（MBD2）在急性呼吸窘迫综合征（ARDS）相关肺纤维化发病机制中的作用及其潜在机制	发现MBD2通过调控FZD2的表达促进上皮-间质转化（EMT）和ARDS相关肺纤维化	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类样本验证有限	探究MBD2在ARDS相关肺纤维化中的作用及机制	小鼠模型、MLE-12细胞、原代人II型肺泡上皮细胞、ARDS患者单细胞测序数据、人类肺纤维化样本	分子生物学	急性呼吸窘迫综合征（ARDS）、肺纤维化	RNA-Seq、ChIP、免疫组化（IHC）、免疫荧光、Western blot	小鼠ARDS相关肺纤维化模型、体外EMT模型	基因表达数据、蛋白质表达数据、单细胞测序数据	野生型和MBD2敲除小鼠、TGF-β处理的MLE-12细胞和原代人II型肺泡上皮细胞、ARDS患者单细胞测序数据、人类肺纤维化样本
953	2025-04-15	PANoptosis-related gene biomarkers in aortic dissection 2025-Jun, Archives of biochemistry and biophysics IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.abb.2025.110385 PMID:40086567	研究论文	该研究探讨了PANoptosis相关基因在主动脉夹层中的作用，并鉴定了关键基因	首次在单细胞水平评估主动脉夹层中VSMCs的PANoptosis水平，并鉴定了19个PANoptosis相关差异表达基因	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证	阐明PANoptosis在主动脉夹层发病机制中的作用	血管平滑肌细胞(VSMCs)和主动脉夹层组织	生物信息学	心血管疾病	单细胞测序，加权基因共表达网络分析	NA	基因表达数据	多个GEO数据集(GSE213740, GSE153434等)和患者/小鼠主动脉组织
954	2025-04-15	Bioinformatics identification of shared signaling pathways and core targets linking Benzo[a]pyrene exposure to HCC progression 2025-Jun, Toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.tox.2025.154129 PMID:40174762	研究论文	本研究通过生物信息学方法探索苯并[a]芘(BaP)在肝癌进展中的潜在分子机制	首次通过综合数据库分析和分子对接技术，识别出BaP与肝癌相关的核心靶点及其在免疫细胞中的表达特征	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探索环境污染物BaP在肝癌进展中的分子机制	苯并[a]芘(BaP)及其在肝癌中的潜在靶点	生物信息学	肝癌	生物信息学分析、分子对接	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	从多个数据库(ChEMBL、SwissTargetPrediction、STITCH、TCGA)获取的数据，涉及169个潜在靶点
955	2025-04-15	Reevaluating the role of Pou3f1 in striatal development: Evidence from transgenic mouse models 2025-May, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2025.111302 PMID:40088991	research paper	本研究通过转基因小鼠模型重新评估了Pou3f1在纹状体发育中的作用	挑战了基于人类数据的计算机预测，发现Pou3f1缺失并不显著影响MSNs的数量或亚型组成	不能完全排除Pou3f1在纹状体发育其他方面的潜在作用	重新评估Pou3f1在纹状体发育中的角色	转基因小鼠模型中的纹状体和中等多棘神经元(MSNs)	神经生物学	NA	条件性敲除(cko)技术	转基因小鼠模型	基因表达数据	NA
956	2025-04-15	Understanding the cellular and molecular heterogeneity in colorectal cancer through the use of single-cell RNA sequencing 2025-May, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102374 PMID:40163910	research paper	通过单细胞RNA测序技术研究结直肠癌的细胞和分子异质性	使用单细胞RNA测序技术深入解析结直肠癌的肿瘤微环境，发现新的B细胞亚型及其在免疫调节中的作用，并构建预测模型用于患者生存结果分类	样本量相对较小（51,204个细胞），且仅针对结直肠癌，结果可能不适用于其他癌症类型	揭示结直肠癌的细胞和分子异质性，为靶向治疗和个体化医疗提供新思路	结直肠癌肿瘤微环境中的细胞类型及其相互作用	digital pathology	colorectal cancer	single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)	predictive model	RNA-seq data	51,204个细胞
957	2025-04-15	TriDeNT : Triple deep network training for privileged knowledge distillation in histopathology 2025-May, Medical image analysis IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.media.2025.103479 PMID:40174325	研究论文	提出了一种名为TriDeNT的新型自监督方法，用于利用推理时不可用的特权数据来提高计算病理学模型的性能	TriDeNT是一种创新的自监督方法，能够利用推理阶段不可获取的特权数据（如额外的免疫组化染色和空间转录组学数据）来提升模型性能	未明确提及具体限制	提高计算病理学模型的性能，特别是在处理常规输入时	免疫组化、空间转录组学和专家核注释等多种配对数据	数字病理学	NA	自监督学习	TriDeNT（三重深度网络）	图像、空间转录组数据、专家注释	未明确提及具体样本量
958	2025-04-15	Discovering genetically-supported drug targets for multisite chronic pain through multi-omics Mendelian randomization and single-cell RNA-sequencing 2025-Apr-19, Neuroscience IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.neuroscience.2025.02.038 PMID:39993665	研究论文	通过多组学孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，发现多部位慢性疼痛的基因支持药物靶点	结合多组学孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，首次鉴定出KLC1和LANCL1作为多部位慢性疼痛的潜在药物靶点，并揭示了其作用机制	研究主要基于UK Biobank的数据，可能受到样本来源和数量的限制	发现多部位慢性疼痛的基因支持药物靶点	多部位慢性疼痛(MCP)患者	生物信息学	慢性疼痛	多组学孟德尔随机化、单细胞RNA测序、蛋白质-蛋白质相互作用分析	孟德尔随机化、贝叶斯共定位、转录组关联研究(TWAS)	基因表达数据、蛋白质丰度数据、单细胞测序数据	UK Biobank的汇总数据
959	2025-04-15	Identification of Recurrence-associated Gene Signatures and Machine Learning-based Prediction in IDH-Wildtype Histological Glioblastoma 2025-Apr-14, Journal of molecular neuroscience : MN IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12031-025-02345-4 PMID:40227386	研究论文	本研究通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)和机器学习方法，识别了IDH野生型组织学胶质母细胞瘤(GBM)复发相关的基因特征，并建立了预测模型	首次鉴定出8个与GBM复发相关的基因(CERS2, EML2等)，并开发了基于随机森林的高精度预测模型	样本量相对有限(n=190和n=111)，且仅在特定亚型GBM中进行验证	探索GBM复发的分子机制并建立预测模型	IDH野生型组织学胶质母细胞瘤患者	数字病理学	胶质母细胞瘤	WGCNA, RT-qPCR, scRNA-seq	随机森林(RF)	转录组数据	CGGA-693队列190例，CGGA-325队列111例，另加两个scRNA-seq数据集
960	2025-04-15	Identification of a Novel Mitochondrial-Related Gene Signature for BMSCs in Osteoporosis Combining Single-Cell and Bulk Transcriptome Data 2025-Apr-13, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-025-11099-y PMID:40221950	研究论文	通过整合单细胞和批量转录组数据，识别骨质疏松症患者骨髓间充质干细胞中线粒体相关基因特征	结合单细胞和批量转录组数据，首次识别出与骨质疏松症相关的线粒体基因特征，并发现DUT基因在其中的关键作用	研究样本量有限，且仅针对骨髓间充质干细胞进行研究	识别骨质疏松症患者骨髓间充质干细胞中线粒体相关基因特征	骨质疏松症患者和健康个体的骨髓间充质干细胞	数字病理学	骨质疏松症	单细胞RNA测序、批量转录组测序、RT-qPCR、Western blot、免疫荧光	LASSO logistic回归、随机森林算法	转录组数据	GSE147287和GSE35956数据集中的样本