单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9541	2024-09-23	Benchmarking clustering, alignment, and integration methods for spatial transcriptomics 2024-Aug-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03361-0 PMID:39123269	研究论文	本文系统地评估了多种最先进的算法在空间转录组学数据上的聚类、对齐和整合性能	首次对空间转录组学数据的聚类、对齐和整合方法进行了全面的基准测试	未提及具体限制	评估和比较不同空间转录组学数据处理方法的性能	空间转录组学数据的聚类、对齐和整合方法	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组学数据	涉及多种真实和模拟数据集，大小、技术、物种和复杂性各异
9542	2024-09-23	Transcriptomic changes and gene fusions during the progression from Barrett's esophagus to esophageal adenocarcinoma 2024-Aug-07, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-024-00623-8 PMID:39113153	研究论文	研究了从Barrett食管到食管腺癌进展过程中的转录组变化和基因融合	首次全面分析了Barrett食管到食管腺癌进展过程中的转录组变化和基因融合	样本量较小，仅包括8个个体	揭示Barrett食管到食管腺癌进展过程中的转录组变化和基因融合	Barrett食管和食管腺癌组织	数字病理学	食管癌	RNA测序	NA	转录组数据	8个个体
9543	2024-09-23	Digital Spatial Profiling Identifies Distinct Molecular Signatures of Vascular Lesions in Pulmonary Arterial Hypertension 2024-08-01, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202307-1310OC PMID:38568479	研究论文	研究使用数字空间转录组学技术，分析了特发性肺动脉高压（IPAH）血管病变中的独特分子特征	首次通过数字空间转录组学技术，揭示了IPAH血管病变中的独特分子特征，并发现了与转化生长因子β信号传导、细胞外基质和内皮-间充质转化相关的基因富集	研究样本量较小，且仅限于IPAH和对照组的肺动脉	验证特发性肺动脉高压（IPAH）血管病变是否具有独特的分子特征	特发性肺动脉高压（IPAH）的血管病变和对照组的肺动脉	数字病理学	肺动脉高压	数字空间转录组学	NA	转录组数据	11个IPAH肺样本和5个对照组肺动脉样本
9544	2024-09-23	Compound models and Pearson residuals for single-cell RNA-seq data without UMIs 2024-Jul-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.02.551637 PMID:37577688	研究论文	本文提出了一种扩展非UMI单细胞RNA-seq数据标准化方法的复合模型，使用复合Pearson残差进行基因选择和数据嵌入	本文创新性地将复合分布应用于非UMI数据的建模，提出了复合Pearson残差方法，并发现放大分布可以用破幂律描述	NA	扩展Pearson残差方法至非UMI单细胞RNA-seq数据标准化	非UMI单细胞RNA-seq数据	数字病理学	NA	RNA-seq	复合模型	RNA-seq数据	NA
9545	2024-09-23	Pan-cancer mapping of single CD8+ T cell profiles reveals a TCF1:CXCR6 axis regulating CD28 co-stimulation and anti-tumor immunity 2024-Jul-16, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101640 PMID:38959885	研究论文	本文通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了TCF1与CXCR6轴在调节CD28共刺激信号和抗肿瘤免疫中的作用	本文首次揭示了TCF1与CXCR6轴在调节CD8+ T细胞功能和抗肿瘤免疫中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	揭示CD8+ T细胞在不同肿瘤微环境中的表达程序，为下一代免疫疗法提供依据	CD8+ T细胞在七种人类癌症中的表达模式	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	矩阵分解算法	基因表达数据	33,161个CD8+ T细胞样本，来自132名患有七种癌症的患者
9546	2024-09-23	A brief history of somatostatin interneuron taxonomy or: how many somatostatin subtypes are there, really? 2024, Frontiers in neural circuits IF:3.4Q2 DOI:10.3389/fncir.2024.1436915 PMID:39091993	研究论文	本文回顾了催产素中间神经元分类学的历史，并讨论了单细胞RNA测序技术在皮质神经元分类中的应用	提出了将催产素中间神经元细分为约十个“超类型”的分类方法，认为这种分类更符合传统形态学、电生理学和神经化学特征	指出基于基因表达微小差异的更细分类（如“t-类型”或“集群”）可能对研究人员不太有用，甚至可能违背分类的初衷	探讨催产素中间神经元的分类及其在实验神经科学中的应用	催产素中间神经元的分类及其在皮质网络中的作用	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	大量皮质神经元样本
9547	2024-09-23	Mitophagy Promotes Hair Regeneration by Activating Glutathione Metabolism 2024, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0433 PMID:39091635	研究论文	本文研究了线粒体自噬通过调节谷胱甘肽代谢促进毛发生长的机制	首次揭示了线粒体自噬在毛发生长早期通过激活谷胱甘肽代谢促进毛囊干细胞增殖的作用	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证	探讨线粒体自噬在毛发生长中的作用及其分子机制	毛囊干细胞和线粒体自噬相关基因	NA	NA	单细胞RNA测序、透射电子显微镜、免疫荧光染色、分子对接	NA	RNA	小鼠毛囊干细胞样本
9548	2024-09-23	CD36 restricts lipid-associated macrophages accumulation in white adipose tissues during atherogenesis 2024, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2024.1436865 PMID:39156133	研究论文	研究探讨了CD36在动脉粥样硬化过程中对白色脂肪组织中脂质相关巨噬细胞积累的调控作用	首次发现CD36缺陷通过促进脂质相关巨噬细胞的积累，减少炎症并增加脂质代谢	研究仅在饮食诱导的动脉粥样硬化小鼠模型中进行，结果的普适性有待验证	探讨CD36在白色脂肪组织中对脂质代谢和炎症的调控作用	白色脂肪组织中的巨噬细胞及其亚群	心血管疾病	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用饮食诱导的动脉粥样硬化小鼠模型进行研究
9549	2024-09-23	Spatial transcriptomics of fetal membrane-Decidual interface reveals unique contributions by cell types in term and preterm births 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0309063 PMID:39159152	研究论文	本研究使用单细胞转录组学方法，分析了足月和早产情况下胎儿膜-蜕膜界面各层的转录组网络，揭示了不同细胞类型在妊娠结局中的独特贡献	首次在空间水平上解析了胎儿膜-蜕膜界面各层在足月和早产情况下的转录组网络，识别了不同细胞类型在早产中的关键作用	样本量较小，仅包括13名患者的数据，可能影响结果的普适性	研究胎儿膜-蜕膜界面各层在足月和早产情况下的转录组特征，揭示其在妊娠结局中的作用	胎儿膜-蜕膜界面的各层细胞，包括羊膜上皮细胞、羊膜间质细胞、绒毛膜和蜕膜	数字病理学	妊娠疾病	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	13名患者，包括足月未分娩、足月分娩、早产和早产伴胎膜早破
9550	2024-09-23	Blockade of IL-6R prevents preterm birth and adverse neonatal outcomes 2023-Dec, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2023.104865 PMID:37944273	研究论文	研究探讨了IL-6R阻断剂在预防早产和不良新生儿结局中的作用	首次证明了IL-6R阻断剂可以有效预防由无菌性羊膜内炎症引起的早产和不良新生儿结局	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类临床试验中验证	探讨IL-6R阻断剂在预防早产和不良新生儿结局中的潜在治疗作用	IL-6和IL-1α在无菌性羊膜内炎症中的作用，以及IL-6R阻断剂的治疗效果	NA	早产	蛋白质组学、单细胞RNA测序、QUEST-MRI、宏基因组测序	NA	蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据、MRI图像、宏基因组数据	C57BL/6小鼠模型，具体样本数量未明确提及
9551	2024-09-23	Single-cell profiling and zebrafish avatars reveal LGALS1 as immunomodulating target in glioblastoma 2023-11-08, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1 DOI:10.15252/emmm.202318144 PMID:37791581	研究论文	研究使用单细胞RNA测序和斑马鱼模型揭示了胶质母细胞瘤中LGALS1作为免疫调节靶点的潜力	首次通过单细胞RNA测序和斑马鱼模型研究了胶质母细胞瘤相关巨噬细胞与肿瘤细胞的动态相互作用，并识别出LGALS1作为主要的免疫抑制调节因子	NA	揭示胶质母细胞瘤中肿瘤异质性和免疫抑制微环境的关键因素，并寻找新的免疫调节靶点	胶质母细胞瘤相关巨噬细胞与肿瘤细胞的相互作用	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个胶质母细胞瘤患者样本
9552	2024-09-23	Microfluidics-free single-cell genomics with templated emulsification 2023-Nov, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01685-z PMID:36879006	研究论文	本文介绍了一种无需微流控设备的新型单细胞基因组学方法，基于粒子模板乳化技术	开发了一种无需微流控设备和专业硬件的单细胞RNA测序方法，通过粒子模板乳化技术实现单细胞封装和cDNA条码化	NA	开发一种简便、灵活且可扩展的单细胞测序工作流程	单细胞RNA测序和多组学测量	基因组学	急性白血病	RNA测序	NA	转录组	数千个样本或数百万个细胞
9553	2024-09-23	Does Chronic Obstructive Pulmonary Disease Originate from Different Cell Types? 2023-11, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2023-0175PS PMID:37584669	研究论文	本文探讨了慢性阻塞性肺病（COPD）是否由不同细胞类型引起，并讨论了当前研究中的知识空白和技术应用	本文提出了通过新技术如单细胞转录组学和蛋白质组学来研究COPD的潜在机制	本文主要讨论了当前研究的局限性和知识空白，未提供具体实验数据	探讨COPD是否由不同细胞类型引起，并研究这些细胞在疾病发展中的作用	COPD的病理机制和不同细胞类型在疾病发展中的作用	NA	慢性阻塞性肺病	单细胞转录组学、蛋白质组学	NA	NA	NA
9554	2024-09-23	Loss of ANT1 Increases Fibrosis and Epithelial Cell Senescence in Idiopathic Pulmonary Fibrosis 2023-11, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2022-0315OC PMID:37487137	研究论文	研究探讨了ANT1在特发性肺纤维化中的作用及其对细胞衰老和纤维化的影响	首次揭示了ANT1缺失通过线粒体功能障碍、增加细胞衰老和减少AT2细胞再生能力，促进特发性肺纤维化的机制	NA	探究ANT1在特发性肺纤维化中的作用及其对细胞衰老和纤维化的影响	特发性肺纤维化患者肺组织中的ANT1和ANT2表达	数字病理学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序和组织染色	NA	RNA	特发性肺纤维化患者肺组织样本
9555	2024-09-23	A new Bayesian factor analysis method improves detection of genes and biological processes affected by perturbations in single-cell CRISPR screening 2023-Nov, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-023-02017-4 PMID:37770710	研究论文	本文介绍了一种新的贝叶斯因子分析方法，用于改进单细胞CRISPR筛选中受扰动影响的基因和生物过程的检测	开发了一种名为引导稀疏因子分析（GSFA）的新统计方法，通过推断潜在因子来检测基因扰动效应，显著提高了检测能力	NA	改进单细胞CRISPR筛选数据的分析方法，提高基因扰动效应的检测能力	单细胞CRISPR筛选数据，特别是受扰动影响的基因和生物过程	生物信息学	NA	单细胞RNA测序，CRISPR筛选	贝叶斯因子分析	基因表达数据	人类CD8 T细胞和神经前体细胞的单细胞CRISPR数据
9556	2024-09-23	Camel nanobody-based B7-H3 CAR-T cells show high efficacy against large solid tumours 2023-09-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-41631-w PMID:37739951	研究论文	研究基于骆驼纳米抗体的B7-H3 CAR-T细胞对大型实体瘤的高效性	开发了基于骆驼纳米抗体识别B7-H3 IgC域的CAR-T细胞，显示出对大型肿瘤的强大抗肿瘤活性	研究仅在雌性小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	优化基于CAR-T细胞的免疫疗法，特别是针对实体瘤	B7-H3蛋白及其在实体瘤中的作用	NA	NA	单细胞转录组RNA测序，功能性T细胞蛋白质组学分析	NA	RNA测序数据，蛋白质组学数据	雌性小鼠
9557	2024-09-23	Genetic activation of glycolysis in osteoblasts preserves bone mass in type I diabetes 2023-09-21, Cell chemical biology IF:6.6Q1 DOI:10.1016/j.chembiol.2023.07.003 PMID:37562406	研究论文	研究探讨了I型糖尿病中骨形成受损的机制，并发现通过激活成骨细胞中的糖酵解可以维持骨量	首次揭示了I型糖尿病中成骨细胞糖代谢缺陷是骨质疏松的致病机制，并提出增强成骨细胞糖酵解可能是一种潜在的骨形成疗法	研究基于小鼠模型，尚未在人类患者中验证	探讨I型糖尿病中骨形成受损的机制，并寻找潜在的治疗策略	I型糖尿病小鼠的成骨细胞和骨组织	NA	糖尿病	单细胞RNA测序、稳定同位素示踪	NA	RNA序列数据	小鼠模型
9558	2024-09-23	Bulk brain tissue cell-type deconvolution with bias correction for single-nuclei RNA sequencing data using DeTREM 2023-Sep-19, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-023-05476-w PMID:37726653	研究论文	本文提出了一种名为DeTREM的改进方法，用于校正单核RNA测序数据与批量RNA测序数据之间的偏差，以提高脑组织细胞类型反卷积的准确性	DeTREM方法通过补偿单核RNA测序与批量RNA测序数据之间的差异，提高了细胞类型反卷积的准确性，并优于其他反卷积方法	NA	提高脑组织细胞类型反卷积的准确性	人脑组织的细胞类型反卷积	数字病理学	NA	单核RNA测序 (snRNA-seq)	MuSiC	RNA测序数据	NA
9559	2024-09-23	SiGra: single-cell spatial elucidation through an image-augmented graph transformer 2023-09-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-41437-w PMID:37699885	研究论文	本文提出了一种名为SiGra的方法，通过图像增强的图变换器来揭示单细胞空间域并增强稀疏和噪声的转录组数据	SiGra方法结合了多通道免疫组化图像信息，通过混合图变换器在单细胞空间图上进行处理，显著提高了模型性能	NA	开发一种方法来利用图像信息揭示空间域并增强转录组数据	单细胞和斑点级别的空间转录组数据	数字病理学	NA	免疫组化	图变换器	图像	复杂组织中的单细胞和斑点级别的空间转录组数据
9560	2024-09-23	Alk1 acts in non-endothelial VE-cadherin+ perineurial cells to maintain nerve branching during hair homeostasis 2023-09-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40761-5 PMID:37699906	研究论文	研究了VE-cadherin和Alk1在非内皮细胞中的作用，特别是在神经分支维持中的作用	发现VE-cadherin和Alk1不仅在内皮细胞中起作用，还在非内皮细胞中维持神经分支	NA	探讨VE-cadherin和Alk1在皮肤血管重塑和神经分支维持中的作用	VE-cadherin阳性细胞和Alk1在皮肤中的作用	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠