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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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9501 | 2025-10-07 |
Multiscale Dissection of Spatial Heterogeneity by Integrating Multi-Slice Spatial and Single-Cell Transcriptomics
2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202413124
PMID:39999288
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研究论文 | 提出一种名为SMILE的新型深度学习方法,用于整合多切片空间转录组和单细胞转录组数据以解析空间异质性 | 首次结合图对比自编码器和多层感知器,通过局部约束学习多尺度信息性spot表示,能够同时分析不同尺度的空间变异 | 未明确说明方法在计算效率或大规模数据集上的表现 | 开发能够同时进行多切片空间对齐和细胞类型解卷积的计算方法 | 空间转录组数据和单细胞转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组测序,单细胞RNA测序 | 图对比自编码器,多层感知器 | 空间转录组数据,单细胞转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
9502 | 2025-10-07 |
Immune pathogenic response landscape of acute posterior multifocal placoid pigment epitheliopathy revealed by scRNA sequencing
2025-Apr, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-024-00316-0
PMID:39774261
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示急性后部多灶性鳞状色素上皮病变的免疫致病反应图谱 | 首次在APMPPE患者中发现单核细胞的五个不同亚群,并识别IFITM3作为疾病发病机制的关键因子 | 仅基于一名患者的样本进行分析,样本量有限 | 阐明急性后部多灶性鳞状色素上皮病变的免疫致病机制 | APMPPE患者的外周血单核细胞 | 单细胞测序分析 | 眼部炎症性疾病 | 单细胞RNA测序 | 伪时间推断分析 | 单细胞转录组数据 | 1名APMPPE患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9503 | 2025-10-07 |
Crosstalk Between Gastric Cancer and Adjacent Mucosa Reveals EDN1-EDNRA-Mediated Regulation of Cancer Stemness and Immunomodulation Networks
2025-Apr, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70547
PMID:40245183
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示胃黏膜与胃癌细胞之间EDN1-EDNRA信号通路调控癌症干细胞特性和免疫调节网络的新机制 | 首次绘制胃黏膜与胃癌细胞间通讯图谱,发现EDNRA作为组织特异性癌症通讯的关键介质 | 研究基于两个独立数据集,需要更多临床样本验证 | 探究胃黏膜与胃癌细胞间的相互作用机制及其对癌症进展的影响 | 胃癌组织、癌旁正常组织和胃黏膜组织 | 单细胞转录组学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 两个独立研究数据集(GSE183904和GSE184198) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9504 | 2025-10-07 |
ANKRD11 as a potential biomarker for brain metastasis from lung adenocarcinoma via cerebrospinal fluid liquid biopsy
2025-Mar-31, Translational lung cancer research
IF:4.0Q1
DOI:10.21037/tlcr-24-800
PMID:40248734
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研究论文 | 本研究通过脑脊液液体活检识别ANKRD11作为肺腺癌脑转移的潜在生物标志物 | 首次通过脑脊液ctDNA测序结合单细胞RNA测序分析发现ANKRD11在肺腺癌脑转移中的表达逐渐降低及其抑癌功能 | 样本量较小(仅7例患者),需要更大规模研究验证 | 探索肺腺癌脑转移的新型生物标志物 | 肺腺癌脑转移患者、细胞系、裸鼠模型 | 数字病理学 | 肺癌 | ctDNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 7例BM-LUAD患者脑脊液样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 液体活检 | NA | NA |
9505 | 2025-10-07 |
Single cell RNA-seq and bulk RNA-seq analysis identifies MUC1 as a key gene for lung adenocarcinoma to neuroendocrine transformation
2025-Mar-31, Translational lung cancer research
IF:4.0Q1
DOI:10.21037/tlcr-24-806
PMID:40248742
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析,揭示了MUC1基因在肺腺癌向神经内分泌癌转化过程中的关键作用 | 首次结合孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序技术系统研究肺腺癌向神经内分泌癌转化的分子机制,并识别MUC1作为关键调控基因 | 样本量相对有限(6个组织活检样本),需要在更大规模队列中验证研究结果 | 探索肺腺癌向神经内分泌癌转化过程中的遗传和免疫特征 | 肺腺癌和神经内分泌癌组织样本 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, 孟德尔随机化分析, WGCNA, CIBERSORT | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 16,765个细胞,来自6个组织活检样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
9506 | 2025-10-07 |
A factor-based analysis of individual human microglia uncovers regulators of an Alzheimer-related transcriptional signature
2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.27.641500
PMID:40196633
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研究论文 | 通过单细胞分析人类小胶质细胞异质性,发现阿尔茨海默病相关转录特征的新型调控因子 | 开发了基于单细胞层次泊松因子分解的分析框架,识别了23个连续基因表达特征因子,并发现了AD相关DAM2特征的四个新调控因子 | 研究主要基于死后组织样本和神经外科手术样本,可能受到取样时间和技术限制的影响 | 解析人类小胶质细胞异质性及其在神经退行性疾病中的作用机制 | 441,088个活体小胶质细胞,来自161名捐赠者的不同脑区样本 | 单细胞转录组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,MERFISH | 单细胞层次泊松因子分解(scHPF) | 单细胞基因表达数据,空间转录组数据 | 441,088个小胶质细胞,来自161名捐赠者 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
9507 | 2025-10-07 |
Male-Dominant Spinal Microglia Contribute to Neuropathic Pain by Producing CC-Chemokine Ligand 4 Following Peripheral Nerve Injury
2025-03-23, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14070484
PMID:40214438
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研究论文 | 本研究揭示了雄性小鼠脊髓小胶质细胞通过产生CCL4促进神经病理性疼痛的性别特异性机制 | 首次发现雄性小鼠脊髓小胶质细胞中CCL4表达显著增加,并证实其通过CCL4-CCR5信号通路特异性加剧雄性小鼠的神经病理性疼痛 | 研究主要基于小鼠模型,人类相关性尚需验证;机制研究尚未完全阐明CCL4作用的下游通路 | 探究外周神经损伤后脊髓小胶质细胞在神经病理性疼痛中的性别特异性作用机制 | 雄性小鼠脊髓小胶质细胞 | 神经科学 | 神经病理性疼痛 | 单细胞RNA测序,行为学测试,药理学干预 | NA | 基因表达数据,行为学数据 | 小鼠模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9508 | 2025-10-07 |
Integrative transcriptome profiling elucidates molecular and immunovascular characteristics of macrotrabecular HCC
2025-Feb-26, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001284
PMID:40009602
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研究论文 | 通过整合大规模单细胞和批量RNA测序数据,阐明巨梁型肝细胞癌的分子特征和免疫血管特性 | 整合多个单细胞数据集识别HCC细胞亚群,发现p53和MYC在侵袭性HCC中的关键作用,并验证血管靶向与免疫检查点阻断的联合治疗策略 | 样本量相对有限(6个单细胞数据集,691个肿瘤样本),动物模型结果需进一步临床验证 | 解析侵袭性肝细胞癌亚型的分子机制和肿瘤微环境特征 | 肝细胞癌(HCC)肿瘤样本和同系小鼠模型 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,基因调控网络分析,基因集富集分析 | 基因调控网络分析,小鼠肿瘤模型 | RNA测序数据 | 228,564个活细胞(来自6个单细胞数据集)和691个肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
9509 | 2025-10-07 |
Cancer-associated fibroblasts: multidimensional players in liver cancer
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1454546
PMID:40248197
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综述 | 本文综述了癌症相关成纤维细胞在肝癌微环境中的多维作用及其亚群功能 | 利用单细胞RNA测序技术结合基因工程小鼠模型,首次在肝癌前微环境和肝内胆管癌微环境中鉴定出多种CAF亚群 | NA | 阐明不同CAF亚群在肝癌发展中的具体作用和调控机制 | 癌症相关成纤维细胞(CAFs)及其亚群 | 肿瘤微环境研究 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | 基因工程小鼠模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9510 | 2025-10-07 |
Exploring wound management in dental pulp: Utilizing single-cell RNA sequencing for global transcriptomic analysis in healthy and inflamed pulpal tissues
2024-Mar, International wound journal
IF:2.6Q1
DOI:10.1111/iwj.14804
PMID:38385817
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术分析健康和炎症牙髓组织的转录组景观,探索牙髓伤口愈合的细胞和分子机制 | 首次在牙髓研究中应用单细胞RNA测序技术揭示龋齿条件下细胞组成变化和细胞间相互作用网络 | 样本量相对有限,仅包含50例患者样本 | 研究牙髓伤口愈合过程中信号级联、细胞反应和细胞外基质动力学的复杂相互作用 | 人类牙髓组织(健康和炎症状态) | 单细胞组学 | 牙髓疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 50例患者牙髓组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9511 | 2025-10-07 |
Evaluating the role of wound-healing genes in conjunction with stool routine and serum tumor markers for colorectal cancer diagnosis and prognostic implications
2024-Mar, International wound journal
IF:2.6Q1
DOI:10.1111/iwj.14768
PMID:38446012
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研究论文 | 本研究评估粪便常规检查联合血清肿瘤标志物检测在结直肠癌诊断中的临床应用价值 | 首次将伤口愈合基因(VEGFA、TP53、TGFA)与粪便常规和血清肿瘤标志物结合用于结直肠癌诊断和预后评估 | 样本量较小(仅56例患者),需要更大规模研究验证结果 | 探索结直肠癌的新型诊断和预后评估方法 | 结直肠癌患者和健康对照者 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 生物信息学分析 | NA | 临床数据, 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 56例结直肠癌患者和56例健康对照者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9512 | 2025-10-07 |
Simultaneous CRISPR screening and spatial transcriptomics reveals intracellular, intercellular, and functional transcriptional circuits
2023-Dec-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.30.569494
PMID:38076932
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研究论文 | 开发了一种结合CRISPR筛选和空间转录组学的新方法Perturb-FISH,用于研究单细胞分辨率下的遗传和分子关联 | 首次将成像空间转录组学与并行光学检测扩增的引导RNA相结合,能够同时分析细胞内、细胞间和功能转录回路 | NA | 开发一种能够在单细胞分辨率下研究空间和功能生物学遗传和分子关联的通用方法 | 培养的单核细胞、诱导多能干细胞衍生的星形胶质细胞 | 空间转录组学 | 自闭症谱系障碍 | CRISPR筛选、空间转录组学、成像技术 | NA | 转录组数据、空间位置数据、功能表型数据 | NA | NA | 空间转录组学、单细胞转录组学 | NA | Perturb-FISH平台 |
9513 | 2025-10-07 |
Heterogeneity of human prostate carcinoma-associated fibroblasts implicates a role for subpopulations in myeloid cell recruitment
2020-02, The Prostate
DOI:10.1002/pros.23929
PMID:31763714
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示人类前列腺癌相关成纤维细胞的异质性及其在髓系细胞招募中的作用 | 首次在前列腺癌中发现CAF存在六个功能异质性亚群,并证实特定亚群通过分泌CCL2趋化因子招募髓系细胞 | 研究样本量有限(3321个CAF),机制研究主要基于体外实验,需要更多体内验证 | 鉴定前列腺癌相关成纤维细胞的功能亚群及其在肿瘤微环境中的作用机制 | 人类前列腺癌相关成纤维细胞(CAF)和正常前列腺成纤维细胞(NPF) | 单细胞生物学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序,贝叶斯分析,体外迁移实验 | 无监督聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 3321个CAF细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9514 | 2025-10-07 |
OmniClust: A versatile clustering toolkit for single-cell and spatial transcriptomics data
2025-Jun, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2025.03.007
PMID:40057293
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研究论文 | 开发了一个名为OmniClust的多功能聚类工具包,用于单细胞和空间转录组学数据分析 | 开发了首个同时整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据的聚类工具包,采用深度学习算法处理空间转录组数据,机器学习算法处理单细胞RNA测序数据 | NA | 开发一个能够整合单细胞和空间转录组学数据的通用聚类工具包 | 单细胞RNA测序数据和空间转录组学数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 深度学习,机器学习 | 转录组数据 | 12个空间转录组基准数据集和4个单细胞RNA测序基准数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
9515 | 2025-10-07 |
Senescent Syncytiotrophoblast Secretion During Early Onset Preeclampsia
2025-May, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979)
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研究论文 | 本研究通过单核RNA测序和空间转录组学分析,发现早发性子痫前期中胎盘合体滋养层细胞存在衰老相关分泌表型 | 首次在早发性子痫前期中鉴定出合体滋养层细胞的衰老相关分泌表型,并发现其分泌标志物在妊娠早期母血中已升高 | 需要进一步研究验证这些生物标志物在更大人群中的预测价值 | 识别早发性子痫前期的早期标志物和信号通路 | 人类母胎界面单位(胎儿绒毛和母体蜕膜) | 空间转录组学 | 子痫前期 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA测序数据, 空间转录组数据 | 来自多中心队列的胎盘组织 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
9516 | 2025-02-23 |
Decoding cell-cell communication using spatial transcriptomics
2025-May, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-025-00824-3
PMID:39984677
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
9517 | 2025-10-07 |
Identification of the crucial roles of BAXhigh NK cells in human derived mesenchymal stem cell therapy for chronic heart failure patients
2025-May, Pathology, research and practice
DOI:10.1016/j.prp.2025.155924
PMID:40174277
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析,揭示了BAX高表达NK细胞在间充质干细胞治疗慢性心力衰竭中的关键作用机制 | 首次发现BAX高表达NK细胞在心力衰竭发病机制中的作用,并阐明间充质干细胞通过抑制BAX表达改善NK细胞功能的治疗机制 | 样本量有限,机制研究仍需进一步实验验证 | 探究间充质干细胞治疗心力衰竭的分子机制 | 慢性心力衰竭患者的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 心力衰竭患者治疗前后外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9518 | 2025-10-07 |
Identification of a cancer stem cell-like subpopulation that promotes HCC metastasis
2025-May, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101302
PMID:40242316
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析,鉴定并表征了肝细胞癌中促进转移的癌症干细胞样亚群 | 首次在肝细胞癌中鉴定出促进转移的癌症干细胞样亚群,并揭示其通过ICAM1信号通路诱导免疫抑制微环境的新机制 | 样本量相对有限(19例单细胞RNA测序样本和12例空间转录组样本),需要更大规模研究验证 | 探索癌症干细胞在肝细胞癌转移中的作用机制 | 肝细胞癌患者肿瘤组织中的癌症干细胞样细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 生物信息学分析, 免疫组织化学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 临床队列数据 | 19例肝细胞癌样本(单细胞RNA测序), 12例肝细胞癌样本(空间转录组), 9个临床队列 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
9519 | 2025-04-19 |
Single-Cell Transcriptomics Revealed E-Cigarettes-Induced Vascular Remodeling by Enhancing Tcf21 Expression
2025-May, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.70183
PMID:40248042
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
9520 | 2025-10-07 |
CRISPR/Cas9-mediated SHP-1-knockout T cells combined with simvastatin enhances anti-tumor activity in humanized-PDX HCC model
2025-Apr-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112266
PMID:40241752
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研究论文 | 本研究通过CRISPR/Cas9敲除SHP-1的CD8 T细胞联合辛伐他汀治疗,增强了对肝细胞癌的抗肿瘤活性 | 首次将CRISPR编辑的SHP-1敲除T细胞与HMGCR抑制剂辛伐他汀联合使用,通过双重策略克服肝癌免疫治疗耐药性 | 研究基于人源化PDX模型,尚未进行临床试验验证 | 开发增强肝细胞癌免疫治疗疗效的新策略 | 肝细胞癌患者T细胞、人源化PDX肝癌模型 | 癌症免疫治疗 | 肝细胞癌 | CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序、转录组学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |