单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9501	2024-09-02	Exfoliated Kidney Cells from Urine for Early Diagnosis and Prognostication of CKD: The Way of the Future? 2022-Jul-09, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms23147610 PMID:35886957	综述	本文综述了利用尿液中脱落的肾细胞进行慢性肾脏病（CKD）早期诊断和预后评估的现状与未来发展方向	介绍了多光谱自体荧光成像和单细胞RNA测序（scRNA-seq）等新技术在尿液脱落肾细胞临床应用中的潜力	NA	探讨尿液中脱落的近端小管细胞、足细胞、间质细胞、细胞外囊泡和干细胞/祖细胞作为CKD早期诊断和预后评估替代标记物的实用性	尿液中脱落的肾细胞及其在CKD诊断和预后中的应用	生物医学技术	慢性肾脏病	多光谱自体荧光成像、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、酶联免疫吸附试验（ELISA）、免疫荧光技术	NA	细胞、蛋白质特异性信使RNA/微小RNA	NA
9502	2024-09-02	Identification of Endoplasmic Reticulum Stress-Related Subtypes, Infiltration Analysis of Tumor Microenvironment, and Construction of a Prognostic Model in Colorectal Cancer 2022-Jul-08, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers14143326 PMID:35884393	研究论文	本研究分析了内质网应激相关基因模式在结直肠癌中的作用，并构建了一个预测患者生存的预后模型	首次识别出两种与内质网应激相关的基因模式，并探讨了其在肿瘤微环境中的细胞浸润模式和临床特征	研究主要基于Gene Expression Omnibus数据库的数据，可能存在样本选择偏倚	探讨内质网应激相关基因模式在结直肠癌发展和免疫逃逸中的作用	结直肠癌患者及其肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学	风险评分和诺模图	基因表达数据	884名结直肠癌患者
9503	2024-09-02	Evolution and developmental expression of the sodium-iodide symporter (NIS, slc5a5) gene family: Implications for perchlorate toxicology 2022-Jul, Evolutionary applications IF:3.5Q1 DOI:10.1111/eva.13424 PMID:35899258	研究论文	本文研究了钠碘同向转运体（NIS或SLC5A5）基因家族的进化和发育表达模式，并探讨了高氯酸盐对性发育的影响机制。	发现了NIS基因家族在刺鱼和斑马鱼中的新表达域，并提出了高氯酸盐通过影响这些基因在生殖组织中的表达来影响性发育的假设。	文章未详细说明高氯酸盐影响性发育的具体分子机制。	探究NIS基因家族的进化历史及其在发育中的表达模式，以及高氯酸盐对性发育的影响。	NIS基因家族及其在刺鱼和斑马鱼中的表达模式。	NA	甲状腺疾病	单细胞转录组学（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	刺鱼和斑马鱼的胚胎、幼体及成体样本
9504	2024-08-08	Single-cell sequencing of mouse heart cellular heterogeneity in hypercholesterolemia reveals the mechanism of myocardial damage 2022-07, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.951 PMID:35859355	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
9505	2024-09-02	The CSF in neurosarcoidosis contains consistent clonal expansion of CD8 T cells, but not CD4 T cells 2022-06-15, Journal of neuroimmunology IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.jneuroim.2022.577860 PMID:35405431	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和T及B细胞受体测序，分析了神经类肉瘤患者的脑脊液（CSF）和血液细胞，发现CSF中CD8 T细胞克隆扩增，而CD4 T细胞未见扩增	首次揭示了神经类肉瘤中CSF特异性的CD8 T细胞克隆扩增现象，并发现其与肺类肉瘤中CD4 T细胞驱动的机制不同	研究样本仅来自神经类肉瘤患者，可能限制了结果的普遍性	识别神经类肉瘤中脑脊液特异性的抗原驱动T和B细胞反应	神经类肉瘤患者的脑脊液和血液细胞	免疫学	神经类肉瘤	单细胞RNA测序，T和B细胞受体测序	NA	细胞	具体样本数量未在摘要中提及
9506	2024-09-02	Update Breast Cancer 2022 Part 1 - Early Stage Breast Cancer 2022-Jun, Geburtshilfe und Frauenheilkunde IF:2.4Q2 DOI:10.1055/a-1811-6106 PMID:35903719	综述	本文综述了近年来关于早期乳腺癌治疗的最新证据，特别是关于新药物如Abemaciclib、olaparib和pembrolizumab的疗效，以及新的生物标志物分析方法如空间基因表达分析（spatial transcriptomics）在临床试验中的应用	介绍了新药物Abemaciclib、olaparib和pembrolizumab在早期乳腺癌患者中的良好疗效，以及新的生物标志物分析方法如空间基因表达分析在临床试验中的应用	对于哪些激素受体阳性乳腺癌的绝经前患者可以避免不必要的治疗，以及化疗对肿瘤的直接细胞毒性作用或通过化疗减少卵巢功能的程度等问题仍未明确	总结近期科学会议和出版物中关于早期乳腺癌治疗的科学创新	早期乳腺癌患者及其治疗	NA	乳腺癌	空间基因表达分析（spatial transcriptomics）	NA	基因表达数据	NA
9507	2024-09-02	Alignment and integration of spatial transcriptomics data 2022-05, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01459-6 PMID:35577957	研究论文	本文介绍了一种名为PASTE的方法，用于对齐和整合来自多个相邻组织切片的空间转录组数据	PASTE方法通过使用最优传输公式，结合转录相似性和斑点间的物理距离，计算切片间的成对对齐，并进一步组合成对齐以构建组织的三维对齐	NA	开发一种方法来对齐和整合多个相邻组织切片的空间转录组数据	空间转录组数据的对齐和整合	生物信息学	NA	空间转录组学	最优传输模型	转录组数据	数千个来自组织切片的斑点
9508	2024-09-02	Single-cell RNA-seq reveals cell type-specific molecular and genetic associations to lupus 2022-04-08, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abf1970 PMID:35389781	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了系统性红斑狼疮（SLE）患者的外周血单个核细胞，揭示了细胞类型特异性的分子和遗传关联	首次使用大规模单细胞RNA测序技术（mux-seq）对SLE患者的免疫细胞进行全面分析，并结合基因型数据进行细胞类型特异性的cis-表达数量性状位点映射	NA	探索系统性红斑狼疮（SLE）中免疫细胞类型特异性的分子和遗传关联	系统性红斑狼疮（SLE）患者的外周血单个核细胞	数字病理学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序（mux-seq）	NA	基因表达数据	162例SLE患者和99例对照组的外周血单个核细胞，共计超过120万个细胞
9509	2024-09-02	Spatially Resolved Transcriptomes of Mammalian Kidneys Illustrate the Molecular Complexity and Interactions of Functional Nephron Segments 2022, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2022.873923 PMID:35872784	研究论文	本研究使用空间转录组测序（ST-seq）技术，对正常小鼠和人类肾脏进行分析，揭示了功能性肾单位结构在分子层面的复杂性和相互作用	首次应用ST-seq技术于正常哺乳动物肾脏，提供了跨物种的生理学和细胞间通信的转录组学见解	研究仅限于正常肾脏，未涉及病理状态下的肾脏	深入理解哺乳动物肾脏功能性肾单位结构的复杂性	小鼠和人类的正常肾脏	数字病理学	NA	空间转录组测序（ST-seq）	NA	转录组数据	6只小鼠和4个人类肾脏
9510	2024-09-02	Theories, laws, and models in evo-devo 2022-01, Journal of experimental zoology. Part B, Molecular and developmental evolution DOI:10.1002/jez.b.23096 PMID:34570438	综述	本文回顾了进化发育生物学（evo-devo）中的一些理论、模型和定律，包括历史上的重演理论、原型理论以及新的框架移位理论、发育工具箱、ABC模型等	文章提出了对von Baer定律的重新审视以及对时钟模型修正的可能性，并探讨了利用高通量测序数据发展新理论和模型的前景	文章指出evo-devo中所谓的“定律”实际上只是特定谱系趋势的概括，且“体计划”作为一种原型，其科学意义常被忽视	探讨和总结进化发育生物学中的理论、模型和定律，并展望未来的发展方向	进化发育生物学中的理论、模型和定律	NA	NA	高通量测序，单细胞测序	NA	NA	NA
9511	2024-09-02	Mapping the genetic architecture of human traits to cell types in the kidney identifies mechanisms of disease and potential treatments 2021-09, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-021-00909-9 PMID:34385711	研究论文	本研究通过生成659个微切割人肾样本的表达数量性状位点（eQTL）综合图谱，并利用分层连锁不平衡得分回归方法整合全基因组关联研究（GWAS）与单细胞RNA测序及单核测序数据，揭示了肾功能和高血压发病机制中的细胞类型特异性遗传变异。	本研究首次生成了人肾样本的细胞类型特异性eQTL图谱，并通过贝叶斯共定位分析提名了200多个与肾功能和高血压相关的基因，为药物再利用提供了新机会。	NA	旨在通过解析人类特征的遗传结构与肾细胞类型的关系，揭示疾病机制并探索潜在治疗方案。	人肾样本的遗传变异及其在肾功能和高血压发病机制中的作用。	遗传学	肾脏疾病	全基因组关联研究（GWAS）、单细胞RNA测序、单核测序	分层连锁不平衡得分回归	基因组数据	659个微切割人肾样本
9512	2024-09-02	The developmental hourglass model is applicable to the spinal cord based on single-cell transcriptomes and non-conserved cis-regulatory elements 2021-Sep, Development, growth & differentiation DOI:10.1111/dgd.12750 PMID:34473348	研究论文	本研究通过数据挖掘和实验验证，证明了发育沙漏模型适用于脊髓这一简化元素	首次通过单细胞转录组数据和非保守的顺式调控元件验证了脊髓发育的沙漏模型	仅限于脊髓的发育过程，未涉及其他器官或组织的发育	验证发育沙漏模型在脊髓发育中的适用性	脊髓的发育过程及其分子机制	NA	NA	单细胞转录组	NA	转录组数据	小鼠和斑马鱼的单细胞转录组数据
9513	2024-09-01	Comprehensive analysis of single-cell transcriptomics and genetic factors reveals the mechanisms and preventive strategies for the progression from pulmonary fibrosis to lung cancer 2024-Oct-25, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112803 PMID:39094357	研究论文	本文通过综合分析单细胞转录组学和遗传因素，揭示了从肺纤维化到肺癌进展的机制和预防策略。	本文首次使用孟德尔随机化方法确定肺纤维化诱发的肺癌初期属于小细胞肺癌，并通过伪时间序列分析识别出具有致癌潜力的肺神经内分泌细胞。	NA	研究从肺纤维化到肺癌的进展机制及其预防策略。	肺纤维化细胞、肺神经内分泌细胞及其相互作用，以及肺纤维化微环境中纤维母细胞对免疫细胞的影响。	数字病理学	肺纤维化	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
9514	2024-09-01	Alterations in intratumoral and peripheral immune status in recurrent gliomas and their prognostic implications for patients underwent reoperation 2024-Oct-25, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112797 PMID:39083926	研究论文	本文分析了复发性胶质瘤中肿瘤内和外周免疫状态的特征及其对患者再次手术后生存的预测意义	发现复发性胶质瘤中肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的浸润增加，并且TAMs在复发性胶质瘤中表现出显著的表型异质性和代谢重编程	NA	研究复发性胶质瘤中免疫状态的特征及其对患者再次手术后生存的预测意义	复发性胶质瘤患者的肿瘤内和外周免疫状态	数字病理学	脑瘤	免疫组织化学染色、血液学检查、批量和单细胞测序	NA	组织样本、血液样本、测序数据	使用自家的样本和公开来源的数据进行分析
9515	2024-09-01	Single-cell RNA sequencing and spatial transcriptome reveal potential molecular mechanisms of lung cancer brain metastasis 2024-Oct-25, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112804 PMID:39079345	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，揭示了肺癌脑转移的潜在分子机制	首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，识别并验证了早期转移上皮细胞集群（EMEC）及其在肺癌脑转移中的作用	NA	揭示肺癌脑转移的分子机制，为临床检测和治疗提供参考	肺癌脑转移的分子机制	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	RNA测序数据	共获得55,763个单细胞，分为9种细胞类型
9516	2024-09-01	Enhancing insight into ferroptosis mechanisms in sepsis: A genomic and pharmacological approach integrating single-cell sequencing and Mendelian randomization 2024-Oct-25, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112910 PMID:39121604	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和孟德尔随机化方法，利用先进的基因组学和药理学手段，探讨了铁死亡与脓毒症之间的复杂关系	本研究首次结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，深入探讨了铁死亡相关基因在脓毒症中的作用，并通过计算分子对接预测了潜在的治疗化合物	研究主要基于UK Biobank的数据，可能存在样本选择偏倚；此外，分子对接预测的药物靶点需要进一步的实验验证	探讨铁死亡机制在脓毒症中的作用，并为脓毒症的治疗提供新的策略	铁死亡相关基因及其在脓毒症中的表达和作用	基因组学	脓毒症	单细胞RNA测序、孟德尔随机化分析、基因集富集分析(GSEA)、计算分子对接	NA	基因表达数据	10,154名脓毒症患者和452,764名对照组
9517	2024-09-01	Suppression of GATA3 promotes epithelial-mesenchymal transition and simultaneous cellular senescence in human extravillous trophoblasts 2024-Oct, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2024.119768 PMID:38838858	研究论文	本研究利用胎盘类器官模型和胎盘组织的单细胞RNA测序数据，探讨了GATA3在早期妊娠胎盘外绒毛滋养层细胞（EVT）成熟过程中的动态变化及其在妊娠障碍发生中的相关性	本研究首次揭示了GATA3在EVT分化和成熟过程中调控上皮-间质转化（EMT）和细胞衰老的双重作用	研究主要集中在体外细胞模型上，未来需要进一步的体内研究来验证这些发现	探讨GATA3在早期妊娠胎盘EVT分化和成熟过程中的调控机制及其与妊娠障碍的关系	早期妊娠胎盘的外绒毛滋养层细胞（EVT）	NA	妊娠障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA	胎盘类器官模型和胎盘组织的单细胞RNA测序数据
9518	2024-09-01	Combination of radiotherapy and PD-L1 blockade induces abscopal responses in EGFR-mutated lung cancer through activating CD8+ T cells 2024-Oct, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102074 PMID:39106551	研究论文	研究结合放疗和PD-L1阻断剂在EGFR突变型肺癌中通过激活CD8+ T细胞诱导远隔效应	首次探讨了放疗与免疫检查点抑制剂联合治疗EGFR突变型非小细胞肺癌的效果，并揭示了CD8+ T细胞在其中的作用机制	研究主要基于小鼠模型，需要进一步的人体临床试验验证	探讨放疗与PD-L1阻断剂联合治疗EGFR突变型肺癌的效果及其机制	EGFR突变型非小细胞肺癌中的CD8+ T细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	小鼠模型LLC-19del和LLC-EGFR
9519	2024-09-01	Glycyrrhizic acid alleviates concanavalin A-induced acute liver injury by regulating monocyte-derived macrophages 2024-Oct, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2024.155586 PMID:39159503	研究论文	本研究探讨了甘草中的活性成分甘草酸（GA）通过调节单核细胞衍生的巨噬细胞（MoMFs）减轻刀豆蛋白A（ConA）诱导的急性肝损伤的作用机制	本研究通过CyTOF和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，全面阐释了GA干预后ConA诱导的肝损伤的免疫景观，为GA的作用机制提供了深入理解	研究中的部分单细胞数据仍处于原始状态，需要进一步处理和注释	探究甘草酸在自身免疫性肝炎治疗中的免疫调节机制	甘草酸对刀豆蛋白A诱导的小鼠急性肝损伤的影响及其免疫调节作用	NA	自身免疫性肝炎	CyTOF分析，单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA数据	小鼠模型
9520	2024-09-01	Gene expression profile of human placental villous pericytes in the first trimester - An analysis by single-cell RNA sequencing 2024-Sep, Reproductive biology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.repbio.2024.100919 PMID:38941941	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了第一孕期人类胎盘绒毛周细胞的基因表达谱	首次揭示了胎盘绒毛周细胞在第一孕期的特定标记物和功能，并发现了其在整合素介导的信号通路和细胞外囊泡中的组织特异性功能	NA	探讨胎盘绒毛周细胞的标记物和功能，以增进对早期胎盘发育的理解并寻找治疗胎盘相关妊娠并发症的新靶点	人类胎盘绒毛周细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	第一孕期的胎盘绒毛样本