本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
9481 | 2025-10-07 |
MIRO1 mutation leads to metabolic maladaptation resulting in Parkinson's disease-associated dopaminergic neuron loss
2025-Apr-17, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-025-00509-x
PMID:40246848
|
研究论文 | 本研究利用携带MIRO1 p.R272Q突变的患者特异性iPSC来源中脑类器官,探索帕金森病多巴胺能神经元退化的细胞和分子机制 | 首次通过单细胞RNA测序分析和代谢建模揭示MIRO1突变导致多巴胺能神经元发育路径异常和代谢缺陷,破坏神经元-星形胶质细胞代谢互作 | 研究基于单一患者来源的iPSC模型,样本规模有限 | 探索MIRO1突变导致帕金森病多巴胺能神经元丢失的分子机制 | 携带MIRO1 p.R272Q突变的人iPSC来源中脑类器官 | 神经科学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序, 代谢建模 | NA | 单细胞转录组数据 | 患者特异性iPSC来源中脑类器官 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9482 | 2025-10-07 |
PRC1 as an independent adverse prognostic factor in Wilms tumor via integrated bioinformatics and experimental validation
2025-Apr-17, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-98030-y
PMID:40247060
|
研究论文 | 本研究通过整合生物信息学分析和实验验证,揭示了PRC1作为Wilms肿瘤独立不良预后因子及其作用机制 | 首次系统性地将PRC1鉴定为Wilms肿瘤的独立预后因子,并通过单细胞RNA-seq和功能实验验证了其在EMT和肿瘤转移中的作用 | 研究主要基于公共数据库和体外细胞实验,需要更多临床样本和体内实验验证 | 探究PRC1在Wilms肿瘤中的预后价值和分子机制 | Wilms肿瘤患者样本和WIT-49细胞系 | 生物信息学 | Wilms肿瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 功能富集分析, 免疫分析, 基因组分析, 体外功能实验 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 基因组变异数据 | 来自TARGET数据库的批量RNA-seq数据和GSE200256单细胞RNA-seq数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
9483 | 2025-10-07 |
Dynamic evolution and antitumor mechanisms of CXCR6+CD8+ T cells in small cell lung cancer treated with low-dose radiotherapy and immunotherapy
2025-Apr-17, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06450-1
PMID:40247265
|
研究论文 | 本研究揭示了低剂量放疗联合免疫治疗中小细胞肺癌内CXCR6+CD8+ T细胞的动态演变及其抗肿瘤机制 | 首次描绘了CD8+ T细胞从肿瘤引流淋巴结向肿瘤部位迁移并分化为效应表型的动态轨迹,并发现树突状细胞在此过程中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,临床验证仍需进一步扩大样本量 | 阐明低剂量放疗联合免疫治疗中小细胞肺癌T细胞动态变化及抗肿瘤机制 | 小细胞肺癌小鼠模型及临床患者队列 | 肿瘤免疫学 | 小细胞肺癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,免疫荧光 | NA | 单细胞RNA测序数据,流式细胞数据,免疫荧光图像,临床队列数据 | Kaede荷瘤小鼠及临床患者队列(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9484 | 2025-10-07 |
High-fat diet alters retinal lipid composition and gene expression networks in mice
2025-Apr-17, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-025-02212-z
PMID:40247316
|
研究论文 | 通过多组学研究揭示高脂饮食通过替代性胆汁酸合成途径影响视网膜脂质代谢和基因表达网络 | 首次在单细胞分辨率下系统分析高脂饮食对不同视网膜细胞类型的影响,发现穆勒胶质细胞在视网膜脂质代谢中的关键作用 | 研究仅使用小鼠模型,结果向人类临床应用的转化需要进一步验证 | 探究高脂饮食对视网膜脂质代谢和基因表达的影响机制 | 高脂饮食喂养6个月的小鼠视网膜组织 | 生物医学 | 视网膜疾病 | 脂质组学,蛋白质组学,单细胞转录组测序 | NA | 脂质组数据,蛋白质组数据,单细胞转录组数据 | 高脂饮食和正常饮食小鼠的视网膜样本 | NA | 单细胞RNA-seq,脂质组学,蛋白质组学 | NA | NA |
9485 | 2025-10-07 |
Molecular features and diagnostic modeling of synovium- and IPFP-derived OA macrophages in the inflammatory microenvironment via scRNA-seq and machine learning
2025-Apr-17, Journal of orthopaedic surgery and research
IF:2.8Q1
DOI:10.1186/s13018-025-05793-1
PMID:40247403
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和机器学习研究骨关节炎滑膜和髌下脂肪垫来源巨噬细胞的分子特征及诊断模型 | 首次通过单细胞RNA测序揭示OA巨噬细胞在炎症微环境中的核心作用,并开发了基于四个基因的OAMGS诊断评分系统 | 研究样本量有限,需要更大规模验证;动物模型与人类疾病存在差异 | 探究骨关节炎中巨噬细胞的功能及其临床意义 | 正常和骨关节炎患者的滑膜和髌下脂肪垫组织 | 机器学习 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序,机器学习,免疫荧光染色,RT-qPCR | 机器学习算法 | 单细胞RNA测序数据 | 正常和OA患者样本,大鼠OA模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9486 | 2025-10-07 |
Explainable modeling of single-cell perturbation data using attention and sparse dictionary learning
2025-Apr-16, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101245
PMID:40187352
|
研究论文 | 提出了一种名为CellCap的可解释深度学习模型,用于分析单细胞扰动数据 | 结合注意力机制和稀疏字典学习,在潜在空间中解构细胞状态特异性扰动响应,提高了模型的可解释性 | 未明确说明模型在更广泛数据集上的泛化能力 | 开发可解释的计算方法分析单细胞扰动实验数据 | 单细胞转录组数据及其对遗传和化合物扰动的响应 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组测序 | 深度生成模型, 注意力机制, 稀疏字典学习 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9487 | 2025-10-07 |
Clinical significance and immune infiltration analyses of the coagulation factor V gene in brain lower grade glioma
2025-Apr-16, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02124-y
PMID:40237931
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析探讨凝血因子V在低级别脑胶质瘤中的临床意义和免疫浸润特征 | 首次在泛癌分析中发现FV在LGG中高表达,鉴定hsa-miR-665为其最有效上游miRNA,并揭示FV表达与肿瘤免疫浸润的负相关关系 | 研究主要基于生物信息学分析,缺乏实验验证 | 探究凝血因子V在低级别脑胶质瘤中的生物学功能和临床意义 | 低级别脑胶质瘤组织和相关基因表达数据 | 生物信息学 | 脑胶质瘤 | 单细胞RNA测序, DNA甲基化分析, 生物信息学分析 | NA | 基因表达数据, 临床预后数据, 甲基化数据 | TCGA和GTEx数据库中的泛癌样本和LGG样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
9488 | 2025-10-07 |
Inflammatory conditions shape phenotypic and functional characteristics of lung-resident memory T cells in mice
2025-Apr-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-58931-y
PMID:40240341
|
研究论文 | 本研究比较了腺病毒载体疫苗和H1N1感染诱导的小鼠肺组织驻留记忆T细胞的特征差异 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了疫苗诱导与感染诱导的肺组织驻留记忆T细胞在表型和功能特征上的差异 | 研究仅限于BALB/c小鼠模型,未在人类或其他动物模型中验证 | 探究炎症条件如何影响肺组织驻留记忆T细胞的表型和功能特征 | BALB/c小鼠的肺组织驻留记忆T细胞 | 免疫学 | 呼吸道感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | BALB/c小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9489 | 2025-10-07 |
PDT-regulated immune gene prognostic model reveals tumor microenvironment in colorectal cancer liver metastases
2025-Apr-16, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-97667-z
PMID:40240471
|
研究论文 | 构建了PDT调控的免疫基因预后模型用于评估结直肠癌肝转移患者的预后和临床治疗反应 | 首次建立基于光动力疗法调控的免疫相关基因预后模型,并揭示了该模型与肿瘤免疫微环境的关系 | 模型验证仍需更大样本量的临床研究确认 | 构建结直肠癌肝转移的预后预测模型并探索其临床应用价值 | 结直肠癌肝转移患者 | 生物信息学 | 结直肠癌 | WGCNA, GO分析, GSEA, 单细胞测序, 甲基化分析, 突变分析 | 基因预后模型 | 基因表达数据, 甲基化数据, 突变数据, 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
9490 | 2025-10-07 |
Multiple machine learning algorithms identified SLC6A8 as a diagnostic biomarker of the late stage of Hepatocellular carcinoma
2025-Apr-16, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02351-3
PMID:40240560
|
研究论文 | 本研究通过机器学习算法鉴定SLC6A8作为肝细胞癌晚期诊断的生物标志物 | 首次通过多种机器学习算法(LASSO-LR/SVM-RFE/RF-Boruta)联合鉴定SLC6A8作为HCC晚期诊断标志物,并结合单细胞转录组数据验证 | 基于已发表数据集进行整合分析,缺乏独立验证队列 | 识别肝细胞癌早期诊断关键基因并研究早期与晚期HCC免疫细胞浸润差异 | 肝细胞癌患者基因表达数据和免疫细胞浸润特征 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 基因集富集分析(GSEA), 单细胞转录组测序 | LASSO-LR, SVM-RFE, RF-Boruta | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 基于两个已发表数据集,包含575个差异表达基因 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9491 | 2025-10-07 |
Integrating bulk, single-cell, and spatial transcriptomics to identify and functionally validate novel targets to enhance immunotherapy in NSCLC
2025-Apr-16, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-00893-x
PMID:40240582
|
研究论文 | 本研究通过整合多种转录组数据识别并验证了非小细胞肺癌中程序性细胞死亡相关基因作为免疫治疗新靶点 | 首次构建结合坏死性凋亡和自噬基因的联合细胞死亡指数(CCDI),并通过多组学数据验证其在免疫治疗预测中的价值 | 样本量有限,仅验证了12对临床样本,需要更大规模研究确认 | 识别和验证增强非小细胞肺癌免疫治疗疗效的新靶点 | 非小细胞肺癌患者样本、癌细胞系、小鼠模型 | 生物信息学 | 肺癌 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 多基因特征模型 | 基因表达数据 | 5个单细胞RNA测序数据集, 2个空间转录组数据集, 12对NSCLC肿瘤和正常组织 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
9492 | 2025-10-07 |
Targeting LHPP in neoadjuvant chemotherapy resistance of gastric cancer: insights from single-cell and multi-omics data on tumor immune microenvironment and stemness characteristics
2025-Apr-16, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07614-z
PMID:40240758
|
研究论文 | 通过单细胞和多组学数据分析LHPP在胃癌新辅助化疗耐药中的作用机制 | 首次发现LHPP通过调节GSK-3β磷酸化抑制胃癌干细胞特性和化疗耐药性,并建立干细胞-免疫风险评分模型 | 样本量有限,需要进一步实验验证机制 | 研究LHPP在胃癌新辅助化疗耐药中的作用机制 | 胃癌患者样本 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序,多组学分析 | 风险评分模型 | 基因组数据,临床数据 | 375个TCGA样本和141个临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq,多组学分析 | NA | NA |
9493 | 2025-10-07 |
Deciphering the heterogeneity of epithelial cells in pancreatic ductal adenocarcinoma: implications for metastasis and immune evasion
2025-Apr-16, World journal of surgical oncology
IF:2.5Q1
DOI:10.1186/s12957-025-03793-3
PMID:40240899
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示胰腺导管腺癌上皮细胞的异质性及其在肿瘤进展、转移和免疫抑制中的作用 | 首次整合多个单细胞RNA测序数据集,系统识别PDAC上皮细胞亚群并揭示其与肿瘤转移和免疫调节的关系 | 研究基于已有数据集,缺乏实验验证和更大样本量的独立验证 | 探究胰腺导管腺癌上皮细胞异质性及其在肿瘤进展和免疫逃避中的作用机制 | 胰腺导管腺癌患者的上皮细胞 | 单细胞转录组学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,拷贝数变异分析,轨迹分析,细胞间通讯分析 | Harmony算法整合,CellChat平台,预后预测模型 | 单细胞RNA测序数据 | 两个公共数据集(GSE154778和GSE158356)的整合分析 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9494 | 2025-10-07 |
CAFs activated by YAP1 upregulate cancer matrix stiffness to mediate hepatocellular carcinoma progression
2025-Apr-16, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06325-5
PMID:40241143
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析发现YAP1阳性癌症相关成纤维细胞通过上调细胞外基质硬度相关基因表达促进肝细胞癌进展 | 首次在单细胞水平揭示YAP1阳性CAF亚群通过调控基质硬度促进肝癌进展的具体机制 | NA | 探索特定CAF亚群与肝癌基质硬度的关系,寻找新的治疗靶点 | 肝细胞癌、癌症相关成纤维细胞 | 单细胞测序分析 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、伪时间分析、细胞间通讯分析、转录因子活性分析、GO分析 | NA | 单细胞测序数据、基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9495 | 2025-10-07 |
Distribution of gut microbiota across intestinal segments and their impact on human physiological and pathological processes
2025-Apr-16, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-025-01385-y
PMID:40241220
|
综述 | 系统总结肠道微生物在不同肠段的分布特征及其对人类生理和病理过程的影响 | 首次系统总结了六个肠段(十二指肠、空肠、回肠、盲肠、结肠、直肠)的微生物分布特征及其与特定疾病的关联 | NA | 阐明特定解剖部位微生物在精确调控特定疾病过程中的作用 | 人类肠道微生物 | 微生物组学 | 肠道相关疾病 | 宏基因组学、代谢组学、单细胞测序 | NA | 微生物组数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
9496 | 2025-10-07 |
High-throughput drug screening identifies SMAC mimetics as enhancers of NK-cell cytotoxicity in chronic myeloid leukemia
2025-Apr-10, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024025286
PMID:39792962
|
研究论文 | 通过高通量药物筛选发现SMAC模拟物可增强NK细胞在慢性髓性白血病中的细胞毒性 | 首次系统评估500多种小分子化合物对NK细胞功能的影响,并发现SMAC模拟物能显著增强NK细胞杀伤活性 | 研究主要基于体外实验,临床转化效果需进一步验证 | 探索增强NK细胞免疫疗法在慢性髓性白血病中疗效的药物策略 | 原代NK细胞和慢性髓性白血病细胞系及患者样本 | 免疫肿瘤学 | 慢性髓性白血病 | 高通量药物筛选, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 细胞功能数据 | 超过500种小分子化合物,包含细胞系和原代患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9497 | 2025-10-07 |
Cell-cycle dependence of bursty gene expression: insights from fitting mechanistic models to single-cell RNA-seq data
2025-Apr-10, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf295
PMID:40240003
|
研究论文 | 通过将机制模型拟合到单细胞RNA测序数据,研究细胞周期对爆发性基因表达的影响 | 首次在转录组水平系统分析细胞周期对爆发频率和爆发大小的依赖关系,并开发了考虑基因拷贝数变异和外在噪声的机制模型 | 仅使用小鼠基因数据,技术噪声校正相对不充分 | 探究细胞周期不同阶段基因表达爆发参数的动态变化 | 小鼠数千个基因的等位基因表达 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序,深度学习 | 机制模型 | mRNA计数数据 | 数千个小鼠基因 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9498 | 2025-10-07 |
Benchmarking computational methods for detecting spatial domains and domain-specific spatially variable genes from spatial transcriptomics data
2025-Apr-10, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf303
PMID:40240000
|
研究论文 | 对19种空间转录组数据分析方法在识别空间域和空间可变基因方面的性能进行全面基准测试 | 首次对空间转录组数据分析方法进行大规模综合评估,提出量化策略评估域特异性SVG识别结果,并发现整合不同方法可改善聚类和SVG结果 | 没有单一方法在所有数据集上表现最佳,方法性能高度依赖于数据和SRT平台 | 评估和比较空间转录组数据分析方法的性能,为方法选择提供实用指南 | 空间转录组数据分析方法 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | GNN | 空间转录组数据 | 30个真实数据集和27个合成数据集,覆盖6种SRT技术 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
9499 | 2025-10-07 |
NAT10 Promotes Gastric Cancer Liver Metastasis by Modulation of M2 Macrophage Polarization and Metastatic Tumor Cell Hepatic Adhesion
2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202410263
PMID:39985269
|
研究论文 | 本研究揭示了RNA乙酰转移酶NAT10通过调控M2巨噬细胞极化和肿瘤细胞肝粘附促进胃癌肝转移的分子机制 | 首次发现NAT10介导的RNA修饰在胃癌肝转移中的关键作用,并阐明NAT10/KLF5信号轴通过调控巨噬细胞极化和肿瘤细胞粘附的双重机制 | 研究主要基于临床样本分析和小鼠模型,需要进一步在人体中验证治疗靶点的有效性 | 探究RNA修饰在胃癌肝转移中的作用机制及潜在治疗靶点 | 胃癌细胞、肝转移灶、巨噬细胞、小鼠模型和类器官模型 | 癌症生物学 | 胃癌 | 单细胞测序, 临床样本分析, 小鼠模型, 类器官模型 | 动物模型, 类器官模型 | 基因表达数据, 临床数据, 实验数据 | 临床样本和小鼠模型,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
9500 | 2025-10-07 |
CpG-Based Nanovaccines Enhance Ovarian Cancer Immune Response by Gbp2-Mediated Remodeling of Tumor-Associated Macrophages
2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202412881
PMID:39985265
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于CpG的纳米疫苗,通过Gbp2介导的机制重塑肿瘤相关巨噬细胞,增强卵巢癌免疫反应 | 开发了PLGA-CpG@ID8-M纳米疫苗,首次阐明Gbp2-Pin1-NFκB通路在TAMs M1极化中的作用机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体中验证 | 开发新型纳米疫苗并阐明其通过重塑肿瘤相关巨噬细胞增强抗肿瘤免疫的机制 | ID8卵巢癌细胞、4T1乳腺癌细胞、肿瘤相关巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 卵巢癌 | RNA-seq, scRNA-seq, 蛋白质组学 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | ID8荷瘤小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序, 蛋白质组学 | NA | NA |