单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28749 篇文献，本页显示第 9481 - 9500 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9481 | 2024-09-28 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing data reveals a pan-cancer stemness signature predicting immunotherapy response
2022-04-29, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-022-01050-w
PMID:35488273
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研究论文 | 本文通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了一个泛癌症干细胞特征，该特征能够预测免疫治疗反应 | 开发了一种新的干细胞特征（Stem.Sig），并在多个癌症数据集中验证了其预测免疫治疗反应的能力，相较于其他特征表现出更好的预测性能 | NA | 揭示癌症干细胞与免疫治疗抵抗之间的关系，并开发一种新的特征用于预测免疫治疗反应 | 癌症干细胞特征与免疫治疗反应之间的关系 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | 机器学习模型 | RNA测序数据 | 包括34个单细胞RNA测序数据集、TCGA泛癌症队列和10个免疫治疗转录组队列 |
| 9482 | 2024-09-28 |
Multi-Modal Single-Cell Sequencing Identifies Cellular Immunophenotypes Associated With Juvenile Dermatomyositis Disease Activity
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.902232
PMID:35799782
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研究论文 | 研究使用多模态单细胞测序技术，分析了与青少年皮肌炎疾病活动相关的细胞免疫表型 | 首次通过多模态单细胞测序技术，揭示了青少年皮肌炎患者中不同细胞类型的免疫表型和基因表达特征，为该疾病的研究提供了新的资源 | 研究样本量较小，仅包括4名未治疗患者和4名治疗后疾病不活跃的患者 | 探讨青少年皮肌炎疾病活动相关的免疫表型和细胞特异性基因 | 未治疗和治疗后疾病不活跃的青少年皮肌炎患者的PBMCs | 数字病理学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序和蛋白质测序 | NA | 单细胞RNA和蛋白质数据 | 4名未治疗患者和4名治疗后疾病不活跃的患者，共分析了55,564个细胞 |
| 9483 | 2024-09-28 |
Inferring Gene Regulatory Networks From Single-Cell Transcriptomic Data Using Bidirectional RNN
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.899825
PMID:35692809
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研究论文 | 提出了一种名为BiRGRN的新算法，用于从时间序列单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络 | 利用双向循环神经网络来推断基因调控网络，将基因表达数据的推断转化为回归问题，并采用双向结构和先验知识过滤策略提高算法的准确性和稳定性 | NA | 推断基因调控规则以理解细胞过程 | 基因调控网络 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 双向循环神经网络 | 时间序列数据 | 四个模拟数据集和三个真实单细胞RNA测序数据集 |
| 9484 | 2024-09-28 |
A Toolkit for Profiling the Immune Landscape of Pediatric Central Nervous System Malignancies
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.864423
PMID:35464481
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综述 | 本文综述了用于儿童中枢神经系统恶性肿瘤免疫景观分析的技术，并详细介绍了这些技术在不同组织类型和研究中的应用 | 本文首次系统地探讨了儿童中枢神经系统恶性肿瘤的肿瘤免疫微环境（TIME），并提出了通过液体活检评估免疫系统的其他部分在免疫监测研究中的潜力 | 本文主要为综述性质，未提供具体的实验数据或模型 | 旨在深入了解和统一评估儿童中枢神经系统恶性肿瘤的肿瘤免疫微环境和免疫景观，以期将免疫疗法整合到临床实践中 | 儿童中枢神经系统恶性肿瘤的肿瘤免疫微环境 | NA | 中枢神经系统恶性肿瘤 | 免疫组化、流式细胞术、批量和单细胞转录组学、功能性检测 | NA | 组织、脑脊液、血液 | NA |
| 9485 | 2024-09-28 |
MOCA for Integrated Analysis of Gene Expression and Genetic Variation in Single Cells
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.831040
PMID:35432484
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研究论文 | 本文介绍了MOCA软件，用于联合分析单细胞RNA测序数据中的基因表达和遗传变异 | 提出了MOCA软件，能够同时分析基因表达和遗传变异，揭示基因表达模式与细胞分子进化轨迹的一致性 | NA | 探讨体细胞变异对基因表达模式进化的影响 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达和遗传变异 | 基因组学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 9486 | 2024-09-28 |
Discovering Cellular Mitochondrial Heteroplasmy Heterogeneity with Single Cell RNA and ATAC Sequencing
2021-Jun-05, Biology
DOI:10.3390/biology10060503
PMID:34198745
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综述 | 本文综述了利用单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序技术研究细胞线粒体异质性的方法 | 本文首次系统性地综述了单细胞测序技术在研究细胞线粒体异质性方面的应用 | 当前方法在研究线粒体异质性方面存在局限性，未来需要进一步解决 | 探讨单细胞测序技术在研究细胞线粒体异质性中的应用 | 细胞线粒体异质性 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序 | NA | 基因组数据 | 数千个细胞 |
| 9487 | 2024-09-27 |
Dysfunctional β-cell longevity in diabetes relies on energy conservation and positive epistasis
2024-Dec, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202402743
PMID:39313296
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研究论文 | 研究了PFKFB3表达的β细胞在糖尿病中的功能障碍及其与能量保存和正向上位性的关系 | 揭示了PFKFB3通过与抗凋亡基因的相互作用，促进糖尿病中功能障碍β细胞的长期存活，并提出了通过抑制PFKFB3来清除这些细胞以恢复葡萄糖耐量的方法 | NA | 探讨PFKFB3在糖尿病中如何掩盖功能障碍β细胞的竞争特性 | PFKFB3表达的β细胞及其在糖尿病中的功能障碍 | NA | 糖尿病 | scRNA-seq和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 来自nPOD T2D胰腺的PFKFB3阳性β细胞 |
| 9488 | 2024-09-27 |
The unveiled mosaic of intra-tumor heterogeneity in ovarian cancer through spatial transcriptomic technologies: A systematic review
2024-Nov, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine
IF:6.4Q1
DOI:10.1016/j.trsl.2024.08.001
PMID:39111726
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综述 | 本文综述了通过空间转录组技术揭示卵巢癌肿瘤内异质性的研究进展 | 利用空间转录组技术，本文揭示了卵巢癌肿瘤内异质性和肿瘤微环境组成的详细信息 | NA | 探讨空间转录组技术在揭示卵巢癌肿瘤内异质性和治疗反应预测中的应用 | 卵巢癌的肿瘤内异质性和肿瘤微环境 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 空间转录组技术 | NA | 转录组数据 | NA |
| 9489 | 2024-09-27 |
Practical Compass of Single-Cell RNA-Seq Analysis
2024-Oct, Current osteoporosis reports
IF:4.2Q1
DOI:10.1007/s11914-023-00840-4
PMID:38019344
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综述 | 本文提供了从处理fastq数据集到绘制图表和绘制轨迹的基本过程的逐步指导 | 本文介绍了用户友好的scRNA-seq包，用于配体-受体相互作用和轨迹分析 | 更新最新信息对许多研究人员来说很困难 | 提供单细胞RNA-seq数据分析的实用指南 | 单细胞RNA-seq数据分析的基本过程和工具 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | RNA序列数据 | NA |
| 9490 | 2024-08-07 |
Spatial transcriptomics of pemphigus vulgaris and bullous pemphigoid: Insights into pathogenesis and therapy on bullous formation
2024-Oct, Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology : JEADV
IF:8.4Q1
DOI:10.1111/jdv.19924
PMID:38433529
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 9491 | 2024-09-27 |
Single-cell RNA sequencing reveals surface markers of primordial germ cells in chicken and zebra finch
2024-Sep-26, Molecular genetics and genomics : MGG
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00438-024-02186-7
PMID:39325237
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术揭示了鸡和斑胸草雀原始生殖细胞的表面标记物 | 发现了鸡和斑胸草雀原始生殖细胞的新型表面标记物NEGR1、SLC34A2和ESYT3，这些标记物在后期发育阶段和生殖组织中持续表达 | 现有的分离方法在效率和适用性方面存在局限，特别是SSEA-1的特异性在后期发育阶段下降 | 揭示鸡和斑胸草雀原始生殖细胞的新型表面标记物，以解决现有分离方法的局限性 | 鸡和斑胸草雀的原始生殖细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 鸡和斑胸草雀的原始生殖细胞 |
| 9492 | 2024-09-27 |
Imputing abundance of over 2,500 surface proteins from single-cell transcriptomes with context-agnostic zero-shot deep ensembles
2024-Sep-18, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.08.006
PMID:39243755
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研究论文 | 提出了一种名为SPIDER的上下文无关零样本深度集成模型，用于从单细胞转录组中预测超过2500种表面蛋白的丰度 | SPIDER模型能够在大规模蛋白质丰度预测中表现出色，并且在不同上下文中具有更好的泛化能力 | NA | 开发一种能够从单细胞转录组数据中预测表面蛋白丰度的新方法 | 单细胞转录组数据中的表面蛋白丰度 | 机器学习 | NA | CITE-seq | 深度集成模型 | 转录组数据 | 超过2500种表面蛋白 |
| 9493 | 2024-09-27 |
High infiltration of immune cells with lower immune activity mediated the heterogeneity of gastric adenocarcinoma and promoted metastasis
2024-Sep-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e37092
PMID:39319155
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研究论文 | 研究使用单细胞RNA测序分析胃腺癌的转移特征 | 首次通过单细胞RNA测序分析揭示了低免疫活性的免疫细胞高浸润与胃腺癌异质性和转移的关系 | 研究仅限于体外实验验证，缺乏体内实验数据 | 探索胃腺癌的转移特征 | 胃腺癌的免疫细胞和基因表达 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 7697个细胞样本 |
| 9494 | 2024-09-27 |
A Quantitative Computational Framework for Allopolyploid Single-Cell Data Integration and Core Gene Ranking in Development
2024-Sep-04, Molecular biology and evolution
IF:11.0Q1
DOI:10.1093/molbev/msae178
PMID:39213378
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研究论文 | 开发了一种名为“伪基因组分化量化”（pgDQ）的定量计算框架，用于量化和追踪异源多倍体单细胞数据中的亚基因组分化 | 提出了pgDQ方法，能够直接在细胞水平上量化和追踪亚基因组分化，并能与单细胞RNA测序数据得出的细胞分化轨迹进行比较 | 未提及 | 探讨异源多倍体发育过程中不同基因组融合对发育的影响 | 异源多倍体单细胞数据中的亚基因组分化 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未提及 |
| 9495 | 2024-09-27 |
Scywalker: scalable end-to-end data analysis workflow for long-read single-cell transcriptome sequencing
2024-Sep-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae549
PMID:39254601
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研究论文 | 介绍了一种名为Scywalker的可扩展端到端数据分析工作流程，用于长读长单细胞转录组测序 | 开发了新的可扩展方法用于细胞条形码解复用和单细胞异构体调用与定量，并将其整合到一个易于部署的软件包中 | NA | 解决现有纳米孔单细胞数据分析工具在处理当前数据规模上的严重局限性 | 长读长单细胞或单核cDNA的转录组测序数据 | 生物信息学 | NA | 长读长单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 涉及人类大脑、拟南芥叶片和混合细胞系的数据集 |
| 9496 | 2024-09-26 |
Transcriptomic dysregulation and autistic-like behaviors in Kmt2c haploinsufficient mice rescued by an LSD1 inhibitor
2024-Sep, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-024-02479-8
PMID:38528071
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研究论文 | 研究探讨了Kmt2c基因半合子缺失小鼠的转录组失调和自闭症样行为，并发现LSD1抑制剂可以改善这些行为 | 首次揭示了Kmt2c基因半合子缺失导致的神经发育缺陷的分子机制，并证明了LSD1抑制剂在治疗这些缺陷中的有效性 | 研究主要集中在成年小鼠，未探讨LSD1抑制剂对幼年小鼠的影响 | 探讨Kmt2c基因半合子缺失如何导致神经发育缺陷及其治疗方法 | Kmt2c基因半合子缺失小鼠及其行为和转录组变化 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 成年和新生小鼠脑组织样本 |
| 9497 | 2024-09-27 |
Irradiated tumor cell-released microparticles enhance the therapeutic efficacy of PD-1 inhibitors by promoting M1-TAMs polarization in NSCLC brain metastases
2024-Aug-28, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.217133
PMID:39079563
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研究论文 | 研究探讨了放射治疗后肿瘤细胞释放的微粒子（RT-MPs）如何通过促进M1型肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的分化，增强PD-1抑制剂在非小细胞肺癌脑转移中的治疗效果 | 首次研究了RT-MPs在跨越血脑屏障后，通过改变TAMs的微环境，从M2型转变为M1型，从而增强免疫治疗效果 | 研究基于动物模型，尚未在临床试验中验证 | 探索提高非小细胞肺癌脑转移患者对免疫治疗反应的新方法 | 放射治疗后肿瘤细胞释放的微粒子（RT-MPs）和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs） | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序分析 | NA | 单细胞数据 | 动物模型 |
| 9498 | 2024-09-27 |
The Impact of Low Protein Diet on the Molecular and Cellular Development of the Fetal Kidney
2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.04.569988
PMID:38106143
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研究论文 | 研究低蛋白饮食对胎儿肾脏分子和细胞发育的影响 | 首次全面分析了低蛋白饮食对肾脏发育的影响，特别是对分支形态发生和肾元形成过程中细胞和分子变化的影响 | 研究基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类 | 探讨低蛋白饮食对胎儿肾脏发育的影响及其分子和细胞机制 | 胎儿肾脏的发育过程，特别是肾元的形成 | NA | 慢性肾脏疾病 | 单细胞RNA测序，光学投影断层扫描，共聚焦显微镜 | NA | 图像，基因表达数据 | 小鼠模型中的多个发育阶段样本 |
| 9499 | 2024-09-27 |
CellCover Captures Neural Stem Cell Progression in Mammalian Neocortical Development
2024-Aug-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.06.535943
PMID:37383947
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研究论文 | 本文提出了一种新的方法CellCover，用于在哺乳动物新皮质发育过程中捕捉神经干细胞的进展 | CellCover方法通过将基因面板选择视为组合优化中的“最小集合覆盖问题”，克服了单细胞RNA测序数据中的零膨胀问题，并能够同时分析多个基因，捕捉到细胞类别的特异性信号 | NA | 旨在识别能够区分细胞类别的基因面板 | 神经干细胞在哺乳动物新皮质发育中的进展 | 生物医学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 组合优化 | 基因表达数据 | 涉及小鼠、灵长类和人类的数据集 |
| 9500 | 2024-09-27 |
Dermal fibroblasts retain site-specific transcriptomic identity in keloids
2024-Aug-17, Journal of dermatological science
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.jdermsci.2024.08.002
PMID:39322512
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研究论文 | 研究探讨了瘢痕疙瘩中成纤维细胞是否保留了部位特异性的转录组身份 | 首次揭示了瘢痕疙瘩中不同部位的成纤维细胞保留了独特的解剖学相关的基因表达谱 | 研究仅限于瘢痕疙瘩中的成纤维细胞，未涉及其他皮肤细胞类型 | 评估不同解剖部位的瘢痕疙瘩中是否存在空间异质性和部位特异性 | 瘢痕疙瘩中的成纤维细胞 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 转录组测序 | NA | 转录组数据 | 139个瘢痕疙瘩皮肤组织和19个瘢痕疙瘩成纤维细胞样本 |