单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9481	2024-08-26	Definitive hematopoietic stem cells minimally contribute to embryonic hematopoiesis 2021-09-14, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.109703 PMID:34525360	研究论文	本研究使用单细胞转录组学和谱系追踪方法，探讨了造血干细胞在胚胎造血中的贡献及其功能特性	定义了区分新生造血干细胞与胚胎血祖细胞的基因特征，并发现造血干细胞在胚胎发育阶段的淋巴骨髓贡献显著延迟	NA	揭示新生造血干细胞的自更新能力和分化延迟特性，以及造血干细胞独立胚胎祖细胞在发育造血中的作用	造血干细胞及其在胚胎造血中的功能	NA	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
9482	2024-08-26	Chromosomal instability accelerates the evolution of resistance to anti-cancer therapies 2021-09-13, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2021.07.009 PMID:34352222	研究论文	研究探讨了染色体不稳定性（CIN）如何促进肿瘤细胞对癌症疗法的抗性发展	发现短暂的CIN可以重复性地加速肿瘤细胞对癌症疗法的抗性获取，并揭示了这种抗性发展与特定染色体丢失事件相关	研究主要在细胞水平进行，尚未在临床样本中验证这些发现	探究染色体不稳定性如何影响肿瘤细胞对癌症疗法的抗性	人类肿瘤细胞及其对不同抗癌疗法的反应	NA	NA	单细胞测序	NA	细胞	具体样本数量未在摘要中提及
9483	2024-08-26	The genetic architecture of Parkinson's disease 2020-02, The Lancet. Neurology DOI:10.1016/S1474-4422(19)30287-X PMID:31521533	研究论文	本文探讨了帕金森病的遗传结构，包括罕见和常见遗传变异对疾病风险、发作和进展的贡献	本文介绍了新兴技术如机器学习、单细胞RNA测序和高通量筛选在研究帕金森病遗传风险中的应用	大多数已识别的风险变异是在欧洲血统的患者中发现的，对其他人群的帕金森病遗传学了解较少	进一步识别与疾病相关的常见遗传变异，并开始识别罕见风险等位基因	帕金森病的遗传结构和风险等位基因的生物学功能	遗传学	帕金森病	机器学习, 单细胞RNA测序, 高通量筛选	NA	遗传变异数据	90个独立的风险相关变异
9484	2024-08-25	A highly neutralizing human monoclonal antibody targeting a novel linear epitope on staphylococcal enterotoxin B 2024-Dec-31, Human vaccines & immunotherapeutics IF:4.1Q2 DOI:10.1080/21645515.2024.2360338 PMID:38857905	研究论文	本研究通过单细胞测序技术从参与五价疫苗临床试验的志愿者中分离的PBMCs中鉴定出一种针对SEB的新型线性表位的人源单克隆抗体Hm0487，并通过X射线晶体学和功能研究验证了其高效中和SEB的能力	本研究首次鉴定出一种针对SEB的新型线性表位的人源单克隆抗体Hm0487，并揭示了其通过别构效应而非竞争受体结合位点来中和SEB的机制	NA	研究旨在发现和验证一种新型的人源单克隆抗体，用于中和SEB的毒性及其引起的感染	SEB毒素及其引起的中毒性休克综合征	NA	中毒性休克综合征	单细胞测序，X射线晶体学	NA	蛋白质结构	从参与五价疫苗临床试验的志愿者中分离的PBMCs
9485	2024-08-25	Transcriptomic analysis of mouse TRAMP cell lines and tumors provide insights into shared pathways and therapeutic targets 2024-Oct, Cell insight DOI:10.1016/j.cellin.2024.100184 PMID:39175940	研究论文	本研究比较了不同小鼠前列腺癌模型的基因表达谱，重点关注TRAMP转基因模型及其衍生细胞系，并扩展到相关的遗传工程小鼠模型和人类前列腺癌数据集	本研究通过RNA测序分析，揭示了TRAMP模型中细胞周期调控、免疫反应和有丝分裂过程的上调基因，以及TC2和TC2R细胞在ECM组织、组织发育、细胞因子和运动基因表达上的差异	NA	研究旨在通过比较不同前列腺癌小鼠模型的基因表达谱，揭示共同通路和治疗靶点	TRAMP转基因小鼠模型及其衍生细胞系，以及其他遗传工程小鼠模型和人类前列腺癌数据集	数字病理学	前列腺癌	RNA测序	NA	基因表达数据	涉及TRAMP细胞、TC2细胞、TC2R细胞及其肿瘤，以及人类前列腺癌数据集
9486	2024-08-25	Association Between COVID-19 and Neurological Diseases: Evidence from Large-Scale Mendelian Randomization Analysis and Single-Cell RNA Sequencing Analysis 2024-Sep, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-024-03975-2 PMID:38300446	研究论文	本研究通过孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序分析，探讨了COVID-19与神经系统疾病之间的因果关系	首次通过孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序分析，揭示了SARS-CoV-2感染与癫痫和躁狂等神经系统疾病的因果关系	研究未观察到COVID-19对其他特征的显著影响	评估SARS-CoV-2感染与神经系统疾病之间的因果关系，并分析SARS-CoV-2在细胞水平的潜在入侵途径	SARS-CoV-2感染与神经系统疾病的关系	NA	神经系统疾病	孟德尔随机化分析, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	23种细胞亚型
9487	2024-08-25	Global transcription regulation revealed from dynamical correlations in time-resolved single-cell RNA sequencing 2024-Aug-21, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.07.002 PMID:39121860	研究论文	本研究通过时间分辨的单细胞RNA测序数据，利用代谢标记协议和细胞周期报告系统，开发了一种随机基因表达模型，以揭示细胞生长和分裂过程中细胞大小和细胞周期依赖的转录动力学机制	本研究开发了一种高度可扩展的近似贝叶斯计算方法，能够校正技术变异并准确量化细胞周期中绝对爆发频率、爆发大小和降解率，以及转录速率与细胞大小的关系	NA	揭示单细胞中全局转录调控的动态机制	单细胞转录组动态	基因组学	NA	单细胞RNA测序	随机模型	RNA测序数据	NA
9488	2024-08-25	Denoiseit: denoising gene expression data using rank based isolation trees 2024-Aug-21, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05899-z PMID:39169300	研究论文	本文提出了一种名为DenoiseIt的方法，用于从基因表达数据中去除潜在的异常基因，以构建一个更稳健的基因集，从而提高下游基因表达分析的质量。	DenoiseIt采用了一种反向搜索方法，结合非负矩阵分解和隔离森林来识别和去除异常基因，与传统的正向基因搜索方法不同。	NA	开发一种新的方法来提高基因表达数据分析的质量，通过去除异常基因来增强生物标志物的识别。	基因表达数据中的异常基因	生物信息学	NA	非负矩阵分解，隔离森林	NA	基因表达数据	应用了来自TCGA和COVID-19队列的bulk和单细胞RNA-seq数据
9489	2024-08-25	Integrated bioinformatics analysis and experimental validation reveal the relationship between ALOX5AP and the prognosis and immune microenvironment in glioma 2024-Aug-21, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-024-01991-8 PMID:39169376	研究论文	本文通过综合生物信息学分析和实验验证，揭示了ALOX5AP与胶质瘤预后及免疫微环境之间的关系	首次详细探讨了ALOX5AP在胶质瘤中的表达及其与免疫微环境和预后的关联	NA	研究ALOX5AP在胶质瘤中的作用及其作为预后和免疫治疗反应预测标志物的潜力	ALOX5AP在胶质瘤中的表达及其与免疫微环境和预后的关系	数字病理学	脑瘤	多重免疫荧光染色	NA	RNA测序数据	使用了胶质瘤组织微阵列进行验证
9490	2024-08-25	Identification of novel compound heterozygous ZFP36L2 variants implicated in oocyte maturation defects and female infertility 2024-Aug, Journal of assisted reproduction and genetics IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10815-024-03154-1 PMID:38829516	研究论文	本研究通过全外显子测序和Sanger测序鉴定了与卵母细胞成熟缺陷和女性不孕相关的ZFP36L2基因的新型复合杂合变异	首次报道了ZFP36L2变异与人类卵母细胞转录组改变的关联	NA	探索卵母细胞成熟缺陷的病理机制	ZFP36L2基因变异及其对卵母细胞成熟和女性不孕的影响	NA	女性不孕	全外显子测序, Sanger测序, 实时RT-PCR, 单细胞RNA测序	NA	基因组数据, 转录组数据	涉及一名患者及其家系成员, HeLa细胞和鼠/人卵母细胞
9491	2024-08-25	Single-cell transcriptome analysis revealed heterogeneity in glycolysis and identified IGF2 as a therapeutic target for ovarian cancer subtypes 2024-Jul-31, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-12688-7 PMID:39085784	研究论文	本文通过单细胞转录组分析揭示了卵巢癌中糖酵解的异质性，并确定IGF2为治疗卵巢癌亚型的潜在靶点	开发了基于糖酵解评分的新型卵巢癌亚型，并建立了稳定的预后模型	NA	探索卵巢癌的分子机制和个性化治疗途径	卵巢癌及其亚型	数字病理学	卵巢癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	85种机器学习组合
9492	2024-08-25	Immunosuppressive CD29+ Treg accumulation in the liver in mice on checkpoint inhibitor therapy 2024-02-23, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-330024 PMID:37770128	研究论文	本研究使用流式细胞术和单细胞RNA测序技术，探讨了免疫检查点抑制剂治疗前后小鼠肝脏中调节性T细胞（Tregs）的特征和变化	发现肝脏中的CD29+ Tregs在免疫检查点抑制剂治疗后数量翻倍，且这种扩张并非由PD-1表达的Tregs主导，而是CD29+ Tregs的特异性反应	NA	探讨免疫检查点抑制剂治疗对肝脏中调节性T细胞的影响及其在肿瘤免疫抵抗中的作用	小鼠肝脏中的调节性T细胞（Tregs）及其亚群CD29+ Tregs	免疫学	肿瘤	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	小鼠肝脏和脾脏中的Tregs
9493	2024-08-25	Dictionary learning for integrative, multimodal and scalable single-cell analysis 2024-Feb, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01767-y PMID:37231261	研究论文	本文介绍了一种名为'桥接整合'的方法，用于跨模态整合单细胞数据集，使用多组学数据集作为分子桥接。	引入了'桥接整合'方法，通过多组学数据集的细胞元素构建字典，实现不同模态数据的整合和共享空间转换。	NA	开发一种新的方法来整合和比较不同分子模态的单细胞数据集。	单细胞测序数据集，包括转录组数据、染色质可及性、组蛋白修饰、DNA甲基化和蛋白质水平。	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	字典学习	多组学数据	860万个人类免疫细胞
9494	2024-08-25	Prediction Model for Therapeutic Responses in Ovarian Cancer Patients using Paclitaxel-resistant Immune-related lncRNAs 2024, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673281438231217151129 PMID:38357948	研究论文	本研究开发了一种基于紫杉醇耐药免疫相关长链非编码RNAs（lncRNAs）的卵巢癌患者治疗反应预测模型	首次构建了包含9个紫杉醇耐药免疫相关lncRNAs的预测模型，用于预测卵巢癌患者的免疫治疗和化疗反应及预后	NA	开发一种预测卵巢癌患者治疗反应的模型	卵巢癌患者	数字病理学	卵巢癌	RNA-seq	LASSO Cox回归分析	RNA序列数据	186个差异表达的紫杉醇耐药lncRNAs和225个免疫相关lncRNAs
9495	2024-08-25	Multi-transcriptomics analysis of microvascular invasion-related malignant cells and development of a machine learning-based prognostic model in hepatocellular carcinoma 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1436131 PMID:39176099	研究论文	本研究通过多组学分析探索肝细胞癌中与微血管侵犯相关的恶性细胞，并开发了一种基于机器学习的预后模型	本研究首次通过综合多组学分析揭示了与微血管侵犯相关的恶性细胞的生物学功能，并开发了一种新的预后模型	NA	探索肝细胞癌中微血管侵犯的机制并开发预后模型	肝细胞癌中的微血管侵犯相关恶性细胞	机器学习	肝细胞癌	RNA-seq	机器学习算法	RNA-seq数据	使用TCGA和HCCDB的bulk RNA-seq数据，GEO数据库的单细胞RNA-seq数据，以及CNCB数据库的空间转录组数据
9496	2024-08-25	Revealing the regulation of allergic asthma airway epithelial cell inflammation by STEAP4 targeting MIF through machine learning algorithms and single-cell sequencing analysis 2024, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2024.1427352 PMID:39176391	研究论文	本研究通过机器学习算法和单细胞测序分析，揭示了STEAP4通过调控MIF在过敏性哮喘气道上皮细胞炎症中的作用。	首次发现STEAP4在过敏性哮喘中的作用，并通过机器学习和单细胞测序技术验证了其调控MIF的机制。	研究主要基于数据库中的微阵列数据和动物模型，尚未在人体中进行直接验证。	探索过敏性哮喘气道上皮细胞炎症的调控机制。	过敏性哮喘患者的气道上皮细胞。	机器学习	过敏性哮喘	单细胞RNA测序	机器学习算法	微阵列数据	包括哮喘患者和健康个体的气道上皮样本，以及哮喘小鼠模型。
9497	2024-08-25	Behind the Indolent Facade: Uncovering the Molecular Features and Malignancy Potential in Lung Minimally Invasive Adenocarcinoma by Single-Cell Transcriptomics 2023-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202303753 PMID:37991139	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了肺微小侵袭性腺癌（MIA）的分子特征及其恶性潜能	首次通过单细胞转录组学分析，揭示了MIA与侵袭性腺癌（IA）之间的联系和异质性，并发现了可能导致MIA恶性进展的机制	研究样本仅来自三位患者，可能影响结果的普遍性	揭示肺微小侵袭性腺癌的分子特征及其恶性潜能	肺微小侵袭性腺癌（MIA）及其免疫微环境	数字病理学	肺腺癌	单细胞转录组学	NA	转录组	156,447个细胞，来自三位同步多发性肺腺癌患者的MIA和IA肿瘤样本、外周血单个核细胞及邻近正常组织样本
9498	2024-08-25	Single-Cell Analysis Reveals Malignant Cells Reshape the Cellular Landscape and Foster an Immunosuppressive Microenvironment of Extranodal NK/T-Cell Lymphoma 2023-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202303913 PMID:37949673	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了外周NK/T细胞淋巴瘤的肿瘤微环境，揭示了恶性NK细胞在重塑细胞景观和促进免疫抑制微环境中的关键作用	首次在单细胞分辨率下解析了外周NK/T细胞淋巴瘤肿瘤微环境的异质组成，强调了携带EBV编码LMP1的恶性NK细胞在重塑细胞景观和促进免疫抑制微环境中的重要作用	NA	更好地理解外周NK/T细胞淋巴瘤的异质性起源	外周NK/T细胞淋巴瘤的肿瘤微环境	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个患者队列
9499	2024-08-25	Single-Cell RNA-Sequencing Provides Insight into Skeletal Muscle Evolution during the Selection of Muscle Characteristics 2023-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202305080 PMID:37870215	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序技术（scRNA-seq）探讨了人工选择对猪骨骼肌细胞特征的影响	本研究首次提供了全景式的肌肉常驻细胞特征，并识别了新的和品种特异性的细胞类型，以及它们在伪时间轨迹上的分布	NA	探究人工选择对骨骼肌细胞特征的影响及其机制	猪的骨骼肌细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	涉及不同品种的猪的骨骼肌细胞
9500	2024-08-25	Identification and Characterization of CD8+ CD27+ CXCR3- T Cell Dysregulation and Progression-Associated Biomarkers in Systemic Lupus Erythematosus 2023-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202300123 PMID:37875396	研究论文	本研究通过质谱流式细胞术、流式细胞术和单细胞RNA测序，全面分析了263例临床外周血样本中系统性红斑狼疮（SLE）患者的免疫细胞失调情况，并探讨了CD8+ CD27+ CXCR3- T细胞在SLE病理和疾病进展中的作用。	本研究首次详细描述了CD8+ CD27+ CXCR3- T细胞在SLE中的失调情况及其与疾病活动性的关联，并构建了动态网络生物标志物（DNB）模型，用于预测SLE的疾病进展。	NA	探讨CD8+ CD27+ CXCR3- T细胞在系统性红斑狼疮（SLE）中的失调情况及其作为疾病进展相关生物标志物的潜力。	CD8+ CD27+ CXCR3- T细胞在系统性红斑狼疮（SLE）中的作用及其作为生物标志物的可能性。	免疫学	系统性红斑狼疮	质谱流式细胞术、流式细胞术、单细胞RNA测序	动态网络生物标志物（DNB）模型	外周血样本	263例临床外周血样本，包括活动性SLE（aSLE）、缓解期SLE（rSLE）和健康对照（HCs）