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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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9461 | 2025-10-07 |
GRLGRN: graph representation-based learning to infer gene regulatory networks from single-cell RNA-seq data
2025-Apr-18, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06116-1
PMID:40251476
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研究论文 | 提出一种基于图表示学习的深度学习模型GRLGRN,用于从单细胞RNA测序数据推断基因调控网络 | 使用图变换器网络从先验基因调控网络中提取隐含链接,结合注意力机制改进特征提取,实现基因调控关系的预测 | 未明确说明模型在处理高度稀疏单细胞数据时的具体限制 | 从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络 | 基因调控网络中的转录因子与靶基因之间的调控关系 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图变换器网络, 注意力机制 | 基因表达谱数据 | 7个细胞系数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9462 | 2025-10-07 |
Novel PD-1-targeted, activity-optimized IL-15 mutein SOT201 acting in cis provides antitumor activity superior to PD1-IL2v
2025-Apr-17, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010736
PMID:40250867
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研究论文 | 本文介绍了一种新型PD-1靶向免疫细胞因子SOT201,通过顺式作用机制展示出优于PD1-IL2v的抗肿瘤活性 | 开发了新型顺式作用免疫细胞因子SOT201,通过PD-1靶向递送减毒IL-15,能更有效地重新激活耗竭CD8+ T细胞 | 研究主要基于小鼠肿瘤模型,临床疗效需进一步验证 | 评估新型PD-1靶向免疫细胞因子SOT201的抗肿瘤疗效和作用机制 | 人类外周血单核细胞、细胞系及小鼠肿瘤模型(MC38、CT26、B16F10、CT26 STK11 KO) | 免疫治疗 | 晚期转移性癌症 | 单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | 多种小鼠肿瘤模型及体外细胞实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9463 | 2025-10-07 |
Multi-omics analysis reveals key immunogenic signatures induced by oncolytic Zika virus infection of paediatric brain tumour cells
2025-Apr-16, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-97804-8
PMID:40240536
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了溶瘤寨卡病毒感染儿童脑肿瘤细胞诱导的关键免疫原性特征 | 首次全面研究寨卡病毒感染儿童髓母细胞瘤和非典型畸胎样横纹肌样瘤的转录组反应,并发现TNF-α信号通路在溶瘤作用中的关键作用 | 分子机制尚未完全阐明,需要进一步实验验证 | 探究溶瘤寨卡病毒感染儿童脑肿瘤细胞的分子机制和免疫反应特征 | 儿童髓母细胞瘤和非典型畸胎样横纹肌样瘤细胞 | 生物信息学 | 脑肿瘤 | 转录组分析, 49-plex ELISA, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组分析 | NA | NA |
9464 | 2025-10-07 |
JAK3 A573V and JAK3 M511I mutations in peripheral T-cell lymphoma mediating resistance to anti-PD-1 therapy through the STAT3/PD-L1 pathway
2025-Apr-08, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010783
PMID:40199606
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研究论文 | 本研究揭示了外周T细胞淋巴瘤中JAK3 A573V和M511I突变通过STAT3/PD-L1通路介导抗PD-1治疗耐药的新机制 | 首次发现JAK3特异性突变(A573V和M511I)通过STAT3/PD-L1通路导致抗PD-1治疗耐药,并证明Tofacitinib对JAK3突变患者更有效 | 研究样本量相对有限(109例患者),且为观察性研究,需要更大规模临床试验验证 | 阐明外周T细胞淋巴瘤抗PD-1治疗耐药的分子机制 | 复发/难治性外周T细胞淋巴瘤患者和细胞系模型 | 肿瘤免疫学 | 外周T细胞淋巴瘤 | 靶向二代测序, 单细胞转录组学, 蛋白质印迹, 流式细胞术 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 蛋白质数据 | 109例r/r PTCL患者 | NA | 单细胞转录组学, 靶向测序 | NA | NA |
9465 | 2025-10-07 |
Genome-coverage single-cell histone modifications for embryo lineage tracing
2025-Apr, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08656-1
PMID:40011786
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研究论文 | 开发TACIT方法实现小鼠早期胚胎七种组蛋白修饰的单细胞全基因组覆盖分析 | 开发了TACIT方法首次实现单细胞水平七种组蛋白修饰的全基因组覆盖分析,建立了多模态染色质状态注释系统 | 研究仅限于小鼠早期胚胎发育阶段,尚未在其他物种或发育阶段验证 | 探索早期胚胎发育过程中的表观遗传重编程和细胞命运决定机制 | 小鼠早期胚胎(从受精到囊胚形成阶段) | 发育生物学 | NA | 单细胞组蛋白修饰分析,单细胞RNA测序,CRISPR激活 | 机器学习 | 表观基因组数据,转录组数据 | 小鼠早期胚胎单细胞 | NA | 单细胞组蛋白修饰分析,单细胞RNA-seq | NA | NA |
9466 | 2025-10-07 |
RETRACTION: Exploring Wound Management in Dental Pulp: Utilizing Single-Cell RNA Sequencing for Global Transcriptomic Analysis in Healthy and Inflamed Pulpal Tissues
2025-Apr, International wound journal
IF:2.6Q1
DOI:10.1111/iwj.70539
PMID:40251782
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撤稿声明 | 关于牙髓伤口管理研究的论文因同行评审过程存在问题而被撤稿 | NA | 论文因同行评审过程被破坏而被撤稿,研究结果不可靠 | 利用单细胞RNA测序分析健康和炎症牙髓组织的转录组 | 牙髓组织 | 数字病理学 | 牙髓疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9467 | 2025-10-07 |
Integrative machine learning approach for identification of new molecular scaffold and prediction of inhibition responses in cancer cells using multi-omics data
2025-Jan-15, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elaf006
PMID:40251828
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法,识别新的分子支架并预测癌细胞中的抑制反应 | 结合机器学习与多组学数据预测药物反应,并采用相似性搜索方法从ChEMBL数据库识别潜在先导化合物 | 研究为计算机模拟分析,尚未进行实验验证 | 开发预测癌症细胞药物抑制反应的方法并识别新的治疗分子 | 癌细胞系和MDM2抑制剂 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA-seq, 分子对接, 分子动力学 | 机器学习 | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9468 | 2025-10-07 |
Understanding developing kidneys and Wilms tumors one cell at a time
2025, Current topics in developmental biology
DOI:10.1016/bs.ctdb.2024.11.005
PMID:40254343
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综述 | 本文总结了单细胞测序技术在肾脏发育和Wilms肿瘤研究中的应用现状与技术选择 | 系统比较不同单细胞测序技术在肾脏发育和Wilms肿瘤研究中的适用性,并提出技术组合策略 | NA | 评估单细胞测序技术在肾脏发育和Wilms肿瘤研究中的最佳应用方案 | 肾脏发育过程与Wilms肿瘤 | 生物医学 | Wilms肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9469 | 2025-10-07 |
Nanoceria-Mediated Cyclosporin A Delivery for Dry Eye Disease Management through Modulating Immune-Epithelial Crosstalk
2024-04-30, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.3c11514
PMID:38632691
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研究论文 | 开发了一种基于纳米酶的滴眼液,通过调节免疫-上皮细胞相互作用来治疗干眼病 | 首次开发具有长期抗氧化和抗炎能力的纳米酶滴眼液,能够同时打破氧化应激-炎症恶性循环并调节细胞间通讯 | 未提及临床研究阶段及具体样本量限制 | 开发干眼病的新型治疗方法 | 干眼病的治疗机制研究 | 生物医学工程 | 干眼病 | 流式细胞术、单细胞测序 | NA | 测序数据、细胞实验数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
9470 | 2025-10-07 |
Interleukin-1β polarization in M1 macrophage mediates myocardial fibrosis in diabetes
2024-Apr-20, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.111858
PMID:38492336
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研究论文 | 本研究探讨了M1巨噬细胞通过白细胞介素-1β介导糖尿病心肌纤维化的机制 | 首次通过单细胞RNA测序揭示糖尿病发展中巨噬细胞M1极化通过IL-1β促进心肌纤维化的具体机制 | 研究仅限于db/db小鼠模型,未在人类样本中验证 | 探究巨噬细胞在糖尿病心肌纤维化中的作用机制 | db/db糖尿病模型小鼠的心脏组织 | 单细胞组学 | 糖尿病心肌病 | 单细胞RNA测序, 超声心动图, Masson三色染色, 细胞共培养 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | 不同糖尿病阶段的db/db小鼠心脏组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9471 | 2025-10-07 |
KRT19 is a Promising Prognostic Biomarker and Associates with Immune Infiltrates in Serous Ovarian Cystadenocarcinoma
2023, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S419235
PMID:37916194
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析发现KRT19是浆液性卵巢囊腺癌中具有前景的预后生物标志物,并与免疫浸润相关 | 首次系统分析KRT19在卵巢癌中的表达特征、预后价值和免疫浸润关联 | 研究主要基于生物信息学分析,缺乏实验验证 | 探讨KRT19在卵巢癌中的表达特征、预后价值和免疫学功能 | 浆液性卵巢囊腺癌患者样本 | 生物信息学 | 卵巢癌 | 生物信息学分析,单细胞测序分析 | NA | 基因表达数据,单细胞测序数据 | 来自TCGA、GTEx、GEO和HPA数据库的卵巢癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
9472 | 2025-04-21 |
Elevated Serum and Urinary Secreted Protein Acidic and Rich in Cysteine Levels are Novel Biomarkers of Kidney Fibrosis Severity
2025-Apr, Archives of medical research
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.arcmed.2024.103125
PMID:39612526
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research paper | 该研究探讨了血清和尿液中SPARC水平作为肾脏纤维化严重程度的新型生物标志物的诊断价值 | 首次发现血清和尿液中的SPARC水平与肾脏纤维化严重程度相关,并验证了其作为非侵入性诊断标志物的潜力 | 研究样本仅包括CKD患者,未在其他肾脏疾病中验证SPARC的诊断价值 | 探索SPARC在肾脏纤维化中的诊断价值 | 674名接受肾活检的CKD患者及肾脏纤维化的体内外模型 | 生物标志物研究 | 慢性肾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 血清和尿液样本数据 | 674名CKD患者(训练队列322人,验证队列352人) | NA | NA | NA | NA |
9473 | 2025-04-21 |
Asherman syndrome at single-cell resolution
2025-Apr, American journal of obstetrics and gynecology
IF:8.7Q1
DOI:10.1016/j.ajog.2024.12.023
PMID:40253078
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综述 | 本文全面回顾了Asherman综合征的历史背景、临床表现、分类、产科挑战及当前治疗方法 | 探讨了单细胞RNA测序技术在揭示Asherman综合征分子机制中的潜力 | 现有治疗方法如宫腔镜粘连松解术仍面临粘连复发和产科并发症的挑战 | 深入了解Asherman综合征的病理机制并探索创新治疗策略 | Asherman综合征患者及其相关治疗方法 | 生殖医学 | Asherman综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
9474 | 2025-04-21 |
Uterine fibroids at single-cell resolution: unveiling cellular heterogeneity to improve understanding of pathogenesis and guide future therapies
2025-Apr, American journal of obstetrics and gynecology
IF:8.7Q1
DOI:10.1016/j.ajog.2024.08.037
PMID:40253076
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综述 | 本文通过单细胞RNA测序技术揭示了子宫肌瘤的细胞异质性,以增进对其发病机制的理解并指导未来治疗 | 利用单细胞RNA测序技术首次详细描述了子宫肌瘤中平滑肌细胞和成纤维细胞的异质性,并发现了MED12突变肌瘤可能非单克隆性质的新证据 | 主要基于MED12突变型肌瘤的研究,对其他遗传突变型肌瘤的细胞异质性研究较少 | 深入理解子宫肌瘤的细胞和分子机制,为开发更有效的非侵入性治疗方案提供依据 | 子宫肌瘤组织和平滑肌组织 | 数字病理学 | 子宫肌瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫染色、流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量,但涉及MED12突变型肌瘤和正常肌层组织的比较研究 | NA | NA | NA | NA |
9475 | 2025-04-21 |
"Thin endometrium" at single-cell resolution
2025-Apr, American journal of obstetrics and gynecology
IF:8.7Q1
DOI:10.1016/j.ajog.2024.10.002
PMID:40253077
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综述 | 本文综述了薄型子宫内膜在单细胞分辨率下的研究进展,探讨了其细胞群、信号通路和细胞间通讯的关键变化 | 利用单细胞测序技术揭示了薄型子宫内膜在细胞水平上的加速衰老过程及其对子宫内膜容受性的影响 | 目前的研究仍处于基础研究阶段,尚未提出具体的临床治疗方案 | 探索薄型子宫内膜的潜在机制,为开发新的治疗方法提供理论基础 | 薄型子宫内膜与正常子宫内膜在晚增殖期的比较 | 生殖医学 | 不孕症 | 单细胞测序 | NA | 单细胞数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
9476 | 2025-04-21 |
Single-cell technology: the key to an improved understanding of the human endometrium in health and disease
2025-Apr, American journal of obstetrics and gynecology
IF:8.7Q1
DOI:10.1016/j.ajog.2024.08.042
PMID:40253082
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综述 | 本文总结了利用单细胞RNA测序技术研究子宫内膜在月经周期中单细胞分辨率下的变化及其在健康和疾病中的作用 | 利用单细胞RNA测序技术揭示子宫内膜不同细胞类型在月经周期中的基因表达谱及细胞间复杂协作 | NA | 深入理解子宫内膜在月经周期中的细胞水平变化及其在病理条件下的差异 | 子宫内膜中的上皮细胞、基质细胞、内皮细胞和免疫细胞 | 单细胞测序 | 子宫内膜异位症、子宫内膜癌、Asherman综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
9477 | 2025-10-07 |
Development and validation of a transcription factor regulatory network-based signature for individualized prognostic risk in lung adenocarcinoma
2025-Jun-15, International journal of cancer
IF:5.7Q1
DOI:10.1002/ijc.35375
PMID:39960662
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研究论文 | 开发并验证基于转录因子调控网络的肺腺癌个体化预后风险特征 | 利用单细胞RNA测序数据构建上皮细胞特异性转录因子调控网络,开发了包含3521个基因对的单细胞基因对特征(scGPS)用于预后预测 | NA | 开发可靠的肺腺癌预后特征用于风险分层 | 肺腺癌患者 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,微阵列 | 基因对特征模型 | 基因表达数据 | 来自23个队列的2740名患者,包括1个单细胞RNA测序数据集、5个bulk RNA测序数据集和17个微阵列数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
9478 | 2025-10-07 |
Fast analysis of Spatial Transcriptomics (FaST): an ultra lightweight and fast pipeline for the analysis of high resolution spatial transcriptomics
2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf044
PMID:40248491
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研究论文 | 开发了一个名为FaST的超轻量快速分析流程,用于处理高分辨率空间转录组数据 | 首个能够在标准多核工作站上快速分析大规模空间转录组数据的流程,无需高性能计算集群 | 依赖spateo-release包进行RNA分割,未集成成像引导的细胞分割功能 | 开发高效的空间转录组数据分析工具 | 空间转录组测序数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组测序 | NA | 空间转录组测序数据 | >5亿条测序reads | Illumina | 空间转录组学 | Illumina flow cells | 兼容OpenST、seq-scope、Stereo-seq等协议 |
9479 | 2025-10-07 |
SciGeneX: enhancing transcriptional analysis through gene module detection in single-cell and spatial transcriptomics data
2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf043
PMID:40248490
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研究论文 | 介绍用于单细胞和空间转录组数据分析的R包SciGeneX,通过基因模块检测增强转录分析能力 | 采用邻域分析和图分割方法生成共表达基因模块,能够发现传统方法忽略的稀有细胞群体 | NA | 开发新的计算方法来更好地解析单细胞和空间转录组数据中的细胞异质性 | 单细胞RNA测序和空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 邻域分析,图分割方法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
9480 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing highlights the role of proinflammatory fibroblasts, vascular endothelial cells, and immune cells in the keloid immune microenvironment
2025-May, International journal of dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/ijd.17516
PMID:39450923
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示促炎性成纤维细胞、血管内皮细胞和免疫细胞在瘢痕疙瘩免疫微环境中的作用 | 首次系统阐明促炎性成纤维细胞和血管内皮细胞在瘢痕疙瘩免疫微环境中的关键作用 | 样本量较小(3例瘢痕疙瘩和2例正常皮肤),需进一步验证 | 探究瘢痕疙瘩免疫微环境中细胞的功能状态 | 瘢痕疙瘩组织和正常皮肤组织 | 单细胞测序分析 | 瘢痕疙瘩 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 3例瘢痕疙瘩病变组织,2例正常皮肤标本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |